Mở đầu là nhà Ngô, tiếp theo là nhà Đinh, Lê, Lý. Dưới các triều đại này, chưa tìm thấy tài liệu nào ghi chép về hệ thống tổ chức y tế. Đến nhà Lý, nước ta đã có nhiều thầy thuốc chuyên nghiệp, triều đình đã có Ty thái y, trong đó có các ngự y chuyên chăm sóc sức khỏe cho vua. Năm 1136, vua Lý GIÁO TRÌNH ĐÔNG DƯỢC Trang 4 Trường Trung cấp Tây Sài Gòn Thân Tông phát bệnh điên cuồng, mình mọc đầy lông dài, miệng luôn gào thét, đã được Minh Không thiền sư điều trị khỏi bằng cách cho tắm nước Bồ hòn.
Y học cổ truyền dưới triều nhà Trần (1225 - 1399) Thời kỳ này, Nho học phát triển mạnh. Về y học, có Ty thái y sau nâng lên thành Viện thái y với chức năng chăm sóc sức khỏe cho vua quan trong triều đình, đồng thời có nhiệm vụ quản lý y tế trong cả nước. Khi có bệnh dịch, triều đình đã có chủ trương phát thuốc cho dân để chữa bệnh. Năm 1362, vua Trần Dụ Tông đã cho cấp phát tiền gạo và thuốc viên Hồng ngọc sương hoàn để chống dịch cho nhân dân ở hạt Tam Đới (Phú Thọ) và phủ Thiên Tường (Hà Nam Ninh).
Từ năm 1201, nhà Trần đã mở các khóa thi để tuyển lương y vào làm việc trong Viện thái y. Viện thái y đã chỉ đạo việc đào tạo thầy thuốc và có kế hoạch thu trữ, cấp phát dược liệu, phục vụ công tác trị bệnh cho vua quan và quân đội. Viện thái y đã thường xuyên tổ chức đi hái thuốc mọc hoang ở núi An Tử, Đông Triều. Lúc này, Phạm Ngũ Lão phụ trách việc trồng thuốc ở Phả Lại (vườn thuốc Vạn An và Dược Sơn xã Hưng Đạo, huyện Chi Lih ngày nay) để tự túc thuốc men, không phụ thuộc vào thuốc Trung Quốc (vì lúc này đang có sự bất hòa với phong kiến Nguyên Mông).
Như vậy, ông cha ta đã tiến hành việc trồng thuốc và thu hái thuốc mọc hoang từ khá sớm. Trong thời này, Tuệ Tĩnh, một nhà sư, cũng là một lương y, đã gây dựng phong trào trồng thuốc ở các đền chùa, vườn nhà để phục vụ việc trị bệnh cho dân. Cũng từ đó, xuất hiện ý thức trồng cây thuốc trong cộng đồng người Việt, có những làng chuyên trồng thuốc như Đại Yên (Ba Đình - Hà Nội), Nghĩa Trai (Văn Lâm - Hải Hưng) mà ngày nay vẫn còn truyền thống. Song song với việc dùng thuốc để trị bệnh, phương pháp châm cứu cũng được tin dùng hơn trước.
Trâu Canh là con Trâu Tôn, thầy thuốc của quân Nguyên Mông bị bắt và xin ở lại Việt Nam làm nghề thuốc đã cứu sống Trần Hạo (Trần Dụ Tông), khi đó mới 4 tuổi, khỏi bị chết đuối. Dưới thời nhà Trần, đã xuất hiện một số thầy thuốc tiêu biểu của Việt Nam như: - Phạm Công Bân (Cẩm Bình - Hải Dương) giữ chức Thái y lệnh từ 1278 - 1314, ngoài việc chăm sóc sức khỏe cho nhân dân, ông còn bỏ tiền riêng để mua sắm thuốc men, dựng nhà nuôi dưỡng bệnh nhân nghèo bị tàn tật, hoặc trẻ mồ côi cơ nhỡ. - Tuệ Tĩnh còn gọi là Nguyễn Bá Tĩnh đã đề xuất tư tưởng “Nam dược trị Nam nhân - thuốc Nam Việt chữa người Nam Việt”, dùng thang thuốc tại chỗ để chữa bệnh kịp thời. Ông đã biên soạn cuốn Nam dược thần hiệu với 499 vị thuốc và các phương thuốc nam dùng điều trị 184 loại bệnh.
Quyển sách của ông đã được Hòa thượng bản lai biên tập, bổ sung và in khắc lại năm 1761. Quyển Nam được chỉnh bản (có tựa của Chúa Trịnh-1717) gồm 2 quyển Nam dược quốc ngũ phủ gồm 590 vị thuốc và Trực giải chỉ nam dược tính phủ gồm 220 vị.