Tổng quan luận án

Tình trạng kháng kháng sinh đang là một trong mười mối đe dọa hàng đầu đối với sức khỏe, an ninh y tế và sự phát triển toàn cầu theo đánh giá của Tổ chức Y tế Thế giới (TCYTTG). Việc lạm dụng kháng sinh không kiểm soát tại cộng đồng và trong chăn nuôi tại các quốc gia đang phát triển đã thúc đẩy sự gia tăng các chủng vi khuẩn đa kháng. Tại Việt Nam, hầu hết các dữ liệu giám sát và nghiên cứu vi sinh trước đây chủ yếu tập trung tại các cơ sở y tế tuyến trung ương và bệnh viện tuyến tỉnh, trong khi số liệu về mức độ kháng thuốc của vi khuẩn tại tuyến y tế cơ sở (trạm y tế xã) và cộng đồng còn rất hạn chế. Đồng thời, các bằng chứng thực nghiệm về mối liên hệ giữa kiến thức, hành vi sử dụng kháng sinh của người dân, tập quán dùng thuốc trong chăn nuôi và đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn lưu hành ở cộng đồng chưa được khảo sát một cách toàn diện trên quy mô đa vùng miền.

Luận án tiến sĩ y tế công cộng của nghiên cứu sinh Trần Thị Mai Hưng (thực hiện tại Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, bảo vệ năm 2022) thuộc đề tài cấp nhà nước mã số MOST: NHQT/SPĐP/02 do Tiến sĩ Trần Huy Hoàng chủ nhiệm, nhằm giải quyết khoảng trống dữ liệu này thông qua ba mục tiêu nghiên cứu cụ thể được đánh số như sau:

  1. Xác định tỷ lệ và đặc điểm kháng kháng sinh của một số loại vi khuẩn thường gặp của người bệnh đến khám tại trạm y tế xã một số tỉnh Việt Nam, 2018-2019.
  2. Mô tả thực trạng kiến thức và sử dụng kháng sinh của người bệnh đến khám tại trạm y tế xã một số tỉnh Việt Nam, 2018-2019.
  3. Xác định mối liên quan kiểu gen của một số chủng vi khuẩn kháng kháng sinh phổ rộng phân lập được từ người bệnh đến khám tại trạm y tế xã một số tỉnh Việt Nam, 2018-2019.

Nghiên cứu tập trung giải quyết ba câu hỏi nghiên cứu chính:

  • Câu hỏi 1: Thực trạng kháng kháng sinh và đặc điểm các gen kháng thuốc của các chủng vi khuẩn (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae) phân lập từ người bệnh tại trạm y tế xã ở Việt Nam hiện nay ở mức độ nào?
  • Câu hỏi 2: Mức độ hiểu biết, thực hành sử dụng kháng sinh ở người bệnh và việc dùng kháng sinh trong chăn nuôi tại cộng đồng diễn ra như thế nào, có mối liên quan gì với tình trạng mang vi khuẩn kháng thuốc?
  • Câu hỏi 3: Mối quan hệ về kiểu gen, phân loại trình tự đa vị trí (MLST), cấu trúc plasmid mang gen kháng thuốc của các chủng vi khuẩn cộng đồng có liên hệ như thế nào với các chủng đang lưu hành tại Việt Nam và trên thế giới?

Đối tượng nghiên cứu của luận án bao gồm: người bệnh đến khám tại các trạm y tế xã, người dân tại cộng đồng; các chủng vi khuẩn thường gặp phân lập từ các mẫu bệnh phẩm (nước tiểu, phân, mủ, đờm) của người bệnh; các gen kháng kháng sinh, plasmid và kiểu gen di truyền của vi khuẩn. Phạm vi không gian được triển khai tại các trạm y tế xã thuộc các tỉnh đại diện cho cả ba miền Bắc, miền Trung và miền Nam của Việt Nam. Phạm vi thời gian thu thập dữ liệu và phân tích mẫu bệnh phẩm diễn ra trong giai đoạn 2018-2019.

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Luận án đã hệ thống hóa bức tranh toàn cầu và trong nước về gánh nặng bệnh tật và dịch tễ học phân tử của vi khuẩn kháng thuốc. Nghiên cứu công bố trên tạp chí Lancet năm 2019 ước tính có 1,27 triệu ca tử vong trực tiếp do vi khuẩn kháng thuốc và 4,95 triệu ca tử vong liên quan đến vi khuẩn kháng kháng sinh trên toàn cầu. Trong đó, sáu tác nhân gây tử vong hàng đầu gồm: Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, Acinetobacter baumannii, Streptococcus pneumoniae và Pseudomonas aeruginosa (chiếm 929.000 ca tử vong trực tiếp). E. coli và K. pneumoniae là hai tác nhân phổ biến nhất gây nhiễm trùng máu, nhiễm trùng ổ bụng và nhiễm trùng tiết niệu.

Đối với K. pneumoniae, tác giả tổng hợp lịch sử xuất hiện các gen β-lactamase từ blaSHV-1, blaTEM-1 (thập niên 1960), blaSHV-2 ở Đức (Kliebe và cộng sự, 1985), blaTEM-3 ở Pháp (Sougakoff và cộng sự, 1988), đến sự chiếm ưu thế của dòng blaCTX-M từ năm 2000. Các enzyme carbapenemase qua trung gian plasmid gồm IMP-1 (Nhật Bản, 1991), KPC (Hoa Kỳ, 1996; Yigit và cộng sự, 2001), blaOXA-48 và blaNDM-1 (Yong và cộng sự, 2009). Luận án trích dẫn các nghiên cứu về tỷ lệ K. pneumoniae sinh KPC tăng nhanh tại Hy Lạp (từ 0% năm 2003 lên 38,3% năm 2010), tại Ý (432/436 chủng kháng carbapenem mang KPC giai đoạn 2012-2014 theo Bảng phân tích của tác giả), và tại Trung Quốc (63% chủng CRE mang KPC-2 giai đoạn 2008-2011). Tại Việt Nam, nghiên cứu tại 16 khoa hồi sức cấp cứu (ICU) năm 2012-2013 ghi nhận tỷ lệ K. pneumoniae kháng carbapenem là 14,9%, và tại 3 bệnh viện nhi lên tới 55%.

Đối với E. coli, theo chương trình SMART (2002-2011) trên 179 bệnh viện thế giới, E. coli chiếm 47,8% nguyên nhân nhiễm khuẩn ổ bụng và 44,3% nhiễm khuẩn tiết niệu. Báo cáo ECDC (2016) tại 28 nước châu Âu cho thấy tỷ lệ kháng cephalosporin thế hệ 3 là 12,8% (cao nhất ở Bulgari 41,6%, Cyprus 30,2%, Ý 29,8%; thấp nhất ở Iceland 4,2%, Na Uy 5,6%). Nghiên cứu SMART khu vực châu Á - Thái Bình Dương (2010-2013) ghi nhận tỷ lệ E. coli sinh ESBLs là 38,2% (Trung Quốc 66,6%, Thái Lan 49,8%, Việt Nam 47,9%). Tại Việt Nam, các nghiên cứu bệnh viện chỉ ra tỷ lệ E. coli sinh ESBLs rất cao: Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương giai đoạn 2011-2013 là 45% và 2014-2016 là 44,2%; mạng lưới VINARES (2016-2017) tại 13 bệnh viện là 59%; Bệnh viện Đa khoa An Giang (2020-2021) là 53,5%; Bệnh viện Chợ Rẫy (2010) ghi nhận 76,4% mẫu phân người không nhiễm khuẩn tiêu hóa mang vi khuẩn sinh ESBLs, trong đó E. coli chiếm 65,8%. Tại cộng đồng, nghiên cứu trên người khỏe mạnh tại TP. Hồ Chí Minh ghi nhận 53,7% mang vi khuẩn sinh ESBLs (nhân viên y tế 70,7%, người nhà 69,2%, sinh viên 47,9%).

Tác giả / Tổ chức / Công trình Năm công bố Địa bàn / Mẫu nghiên cứu Phát hiện chính về tỷ lệ kháng / sinh ESBLs
Murray và cs. (Lancet) 2019 Toàn cầu (ước tính) 1,27 triệu tử vong trực tiếp do AMR; E. coli và K. pneumoniae là hai tác nhân hàng đầu
Báo cáo SMART Châu Á - TBD 2010–2013 54 BV tại 13 nước Tỷ lệ E. coli sinh ESBLs: Trung Quốc (66,6%), Thái Lan (49,8%), Việt Nam (47,9%)
Mạng lưới VINARES 2016–2017 13 bệnh viện tại Việt Nam Tỷ lệ E. coli sinh ESBLs đạt 59%
BV Bệnh Nhiệt đới Trung ương 2011–2016 Bệnh nhân nội trú Tỷ lệ E. coli sinh ESBLs dao động 44,2% – 45%
Khảo sát tại TP. Hồ Chí Minh 2013 Người khỏe mạnh cộng đồng 63,1% mẫu phân chứa Enterobacteriaceae sinh ESBLs (E. coli chiếm 63%)
Khảo sát WHO (12 quốc gia) 2015 Nhận thức cộng đồng đa quốc gia 70% nhầm kháng sinh trị viêm họng, 64% nhầm trị cảm cúm do virus

Khoảng trống nghiên cứu được luận án xác định là: Hầu hết công trình trong nước chỉ phản ánh dịch tễ học lâm sàng tại bệnh viện tuyến cuối. Dữ liệu vi sinh và đặc điểm sinh học phân tử của vi khuẩn kháng thuốc thu thập trực tiếp tại tuyến y tế cơ sở (trạm y tế xã) trên quy mô cả ba miền Bắc - Trung - Nam gắn liền với khảo sát hành vi dùng thuốc của cộng đồng và chăn nuôi còn thiếu hụt. Luận án định vị là công trình nghiên cứu dịch tễ học y tế công cộng kết hợp vi sinh phân tử nhằm lấp đầy khoảng trống này.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Luận án xây dựng khung phân tích dựa trên mô hình cây vấn đề dịch tễ học y tế công cộng về các yếu tố liên quan đến tình trạng kháng kháng sinh tại cộng đồng. Khung phân tích phân rã các nhóm yếu tố tác động:

  • Yếu tố nhân khẩu học (tuổi, giới, dân tộc, hôn nhân, khu vực sinh thái, quy mô gia đình).
  • Điều kiện vệ sinh môi trường hộ gia đình và thực trạng sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi.
  • Thực hành kê đơn của nhân viên y tế và khả năng tiếp cận dịch vụ y tế tuyến cơ sở.
  • Kiến thức và thái độ của người dân đối với kháng sinh và kháng kháng sinh.
  • Thực hành sử dụng thuốc (tự mua thuốc không đơn, không tuân thủ liều lượng/ngày dùng, dự trữ thuốc).
  • Đặc tính biến đổi di truyền học của vi sinh vật (plasmid, transposon, integron, đột biến NST).

Về mặt phân loại và cơ chế tác dụng của kháng sinh, luận án dựa trên hệ thống phân loại chuẩn:

Nhóm kháng sinh Hoạt chất tiêu biểu Cơ chế tác động chính
β-lactam (Penicillin, Cephalosporin, Carbapenem, Monobactam) Penicillin G, Amoxicillin, Cefotaxime, Ceftriaxone, Imipenem, Meropenem, Aztreonam Ức chế sinh tổng hợp vách tế bào vi khuẩn thông qua gắn kết với PBP
Aminoglycosid Kanamycin, Gentamicin, Tobramycin, Amikacin Gắn tiểu đơn vị 30S ribosome, ức chế sinh tổng hợp protein
Macrolid & Lincosamid Erythromycin, Azithromycin, Clarithromycin, Clindamycin Gắn tiểu đơn vị 50S ribosome, ức chế dịch mã tổng hợp protein
Cyclin Tetracycline, Doxycycline, Minocycline Gắn tiểu đơn vị 30S ribosome, ngăn cản tRNA gắn vào phức hợp mRNA
Peptid (Polypeptid, Glycopeptid, Lipopeptid) Colistin (Polymyxin E), Vancomycin, Daptomycin Gây rối loạn màng nguyên tương / ức chế trùng hợp peptidoglycan
Quinolon (Thế hệ 1 đến 4) Ciprofloxacin, Levofloxacin, Nalidixic acid Ức chế enzym DNA gyrase (GyrA, GyrB) và Topoisomerase IV (parC, parE)
Sulfonamid & Trimethoprim Sulfamethoxazole, Trimethoprim (Co-trimoxazole) Ức chế sinh tổng hợp acid folic cần thiết cho vi khuẩn (folP, folA, dfr)

Phương pháp nghiên cứu thực địa và phòng xét nghiệm được thiết kế kết hợp:

  • Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu dịch tễ học mô tả cắt ngang kết hợp thực nghiệm sinh học phân tử vi sinh.
  • Cỡ mẫu và thu thập dữ liệu:
    • Khảo sát xã hội học: $n = 1432$ đối tượng là người bệnh đến khám tại các trạm y tế xã thuộc 3 miền Bắc, Trung, Nam bằng bộ câu hỏi cấu trúc đánh giá kiến thức, thực hành dùng thuốc và sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi.
    • Mẫu bệnh phẩm vi sinh: $n = 691$ mẫu bệnh phẩm lâm sàng thu thập từ người bệnh đến khám (nước tiểu, phân, dịch mủ, đờm) được nuôi cấy, phân lập vi khuẩn tại Khoa Vi khuẩn - Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương.
  • Kỹ thuật vi sinh và kháng sinh đồ:
    • Định danh vi khuẩn bằng các phản ứng sinh hóa chuẩn.
    • Thử nghiệm độ nhạy cảm kháng sinh bằng kỹ thuật khoanh giấy khuếch tán trên thạch Mueller-Hinton (Kirby-Bauer) theo tiêu chuẩn CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute).
    • Xác định nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) và kỹ thuật E-test.
  • Kỹ thuật sinh học phân tử:
    • Kỹ thuật PCR đơn mồi và đa mồi phát hiện các gen kháng thuốc nhóm β-lactam (blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaNDM, blaOXA), aminoglycosid (armA, rmtB, aac, ant, aph), quinolon (qnrA, qnrB, qnrS, aac(6')-Ib-cr, qepA), sulfonamid (sul1, sul2, sul3) và trimethoprim (dfrA).
    • Phân loại plasmid bằng kỹ thuật PCR-based replicon typing (theo Carattoli và cộng sự, 2005) xác định các nhóm tương kỵ Inc (FII, A/C, B/O, I1, L/M, N, P, W...).
    • Thử nghiệm tiếp hợp truyền plasmid (Conjugation assay) giữa chủng vi khuẩn cho mang plasmid kháng thuốc và chủng nhận chuẩn E. coli J53 (kháng sodium azide).
    • Phân loại trình tự đa vị trí (MLST) dựa trên giải trình tự 7 gen bảo tồn (house-keeping genes) của E. coli:
Gen bảo tồn Protein tương ứng Vị trí gen trên bộ gen E. coli MG1655
adk Adenylate kinase 497175 – 497819
fumC Fumarate hydratase 1685185 – 1686588
gyrB ADN gyrase 3877705 – 3880119
icd Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase 1195123 – 1196373
mdh Malate dehydrogenase 3383330 – 3384268
purA Adenylosuccinate dehydrogenase 4404687 – 4405985
recA ATP/GTP binding motif 2822708 – 2823769
  • Giải trình tự toàn bộ hệ gen vi khuẩn (WGS / NGS - Next Generation Sequencing) để phân tích đột biến điểm, xây dựng cây phát sinh loài (phylogenetic tree) và biểu đồ nhiệt (heatmap) so sánh mối liên hệ di truyền với ngân hàng gen quốc tế.
  • Xử lý số liệu: Quản lý và làm sạch dữ liệu bằng phần mềm chuyên dụng, phân tích dịch tễ học thống kê mô tả, kiểm định Chi-square ($p < 0,05$), so sánh tỷ lệ giữa các miền và các nhóm triệu chứng.

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan tài liệu

Chương 1 trình bày 5 phân mục chính:

  1. Tổng quan về lịch sử kháng sinh từ phát hiện của Vincenzo Tiberio (1895), Alexander Fleming (1928, penicillin 1941) và lời cảnh báo tại lễ nhận giải Nobel về nguy cơ vi khuẩn kháng thuốc do dùng dưới liều; phân loại các nhóm kháng sinh; cơ chế tác dụng sinh học và các cơ chế đề kháng (đề kháng giả, đề kháng tự nhiên, đề kháng thu được qua plasmid, transposon, integron và đột biến NST).
  2. Dữ liệu gánh nặng bệnh tật toàn cầu do kháng kháng sinh theo báo cáo Lancet 2019 và TCYTTG 2021; thực trạng kháng thuốc, cơ chế sinh enzyme ESBLs, AmpC, carbapenemase (blaKPC, blaNDM, blaOXA) và dịch tễ học các dòng phân lập K. pneumoniae tại các vụ dịch bệnh viện trên thế giới cũng như các ca nhiễm khuẩn cộng đồng tại Ấn Độ, Trung Quốc, Thổ Nhĩ Kỳ.
  3. Dịch tễ học kháng thuốc của E. coli: thực trạng sinh ESBLs tại bệnh viện ở châu Âu (ECDC), châu Á (SMART), châu Mỹ, châu Phi và Việt Nam (Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương, VINARES, BV Chợ Rẫy, BV Trung ương Huế); tình trạng mang E. coli sinh ESBLs tại đường tiêu hóa người khỏe mạnh ở cộng đồng quốc tế (Thụy Điển, Pháp, Đức, Thái Lan, Trung Quốc, Tunisia) và Việt Nam.
  4. Tổng quan kiến thức, thái độ và hành vi sử dụng kháng sinh của người dân tại châu Âu (Eurobarometer), các nước thu nhập thấp và tình trạng tự mua thuốc không đơn trên thế giới.
  5. Nguyên lý và ứng dụng của các kỹ thuật vi sinh, sinh học phân tử: khoanh giấy khuếch tán, MIC, E-test, PCR, PFGE, Southern blot, Ribotyping, RFLP, tách chiết plasmid, PCR-based replicon typing, tiếp hợp truyền plasmid, kỹ thuật MLST 7 gen và giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS).

Chương 2: Phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả chi tiết quy trình tổ chức nghiên cứu thực địa và xét nghiệm:

  • Thiết kế nghiên cứu cắt ngang mô tả kết hợp sinh học phân tử thực nghiệm.
  • Địa điểm: Trạm y tế xã tại các tỉnh đại diện 3 miền Bắc, Trung, Nam.
  • Cỡ mẫu và quần thể nghiên cứu: $n = 1432$ người bệnh tham gia phỏng vấn kiến thức, hành vi; $n = 691$ mẫu bệnh phẩm lâm sàng thu thập để phân lập vi khuẩn ($p < 0,001$); phân nhóm tập trung vào các chủng E. coli ($n = 237$ chủng mang gen kháng, $n = 136$ chủng sinh ESBLs, $n = 104$ chủng làm kháng sinh đồ chi tiết) và Klebsiella spp. ($n = 51$ chủng mang gen kháng và thử kháng sinh đồ); $n = 259$ đối tượng đánh giá thực hành dùng thuốc chi tiết.
  • Quy trình lấy mẫu, bảo quản, vận chuyển bệnh phẩm về phòng thí nghiệm Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương.
  • Quy chuẩn kỹ thuật xét nghiệm vi sinh định danh, thử kháng sinh đồ khoanh giấy khuếch tán theo chuẩn CLSI, kỹ thuật PCR khuếch đại gen kháng thuốc, kỹ thuật giải trình tự MLST, kỹ thuật WGS/NGS và thử nghiệm tiếp hợp plasmid với chủng E. coli J53.
  • Tiêu chuẩn kiểm soát sai số, chuẩn hóa quy trình phòng xét nghiệm với các chủng chứng chuẩn quốc tế (ATCC), đạo đức nghiên cứu y sinh học được hội đồng đạo đức thông qua.

Chương 3: Kết quả nghiên cứu

Chương 3 trình bày toàn bộ số liệu phát hiện của đề tài:

  • Đặc điểm phân bố vi khuẩn: Trong số $n = 691$ mẫu bệnh phẩm phân lập từ người bệnh đến khám tại trạm y tế xã, vi khuẩn phân bố có ý nghĩa thống kê theo loại bệnh phẩm ($p < 0,001$). E. coli là tác nhân chiếm tỷ lệ cao nhất trong các mẫu nước tiểu và phân; Klebsiella spp. xuất hiện chủ yếu trong mẫu đờm và nước tiểu.
  • Đặc điểm kháng thuốc của E. coli:
    • Trong số $n = 237$ chủng E. coli mang gen kháng thuốc, có $n = 136$ chủng sinh ESBLs.
    • Tỷ lệ mang gen sinh ESBLs chiếm ưu thế tuyệt đối bởi họ gen blaCTX-M (đặc biệt là các biến thể nhóm CTX-M-1 và CTX-M-9), tiếp theo là blaTEM và blaSHV.
    • Kháng sinh đồ trên $n = 104$ chủng E. coli cho thấy tỷ lệ kháng rất cao với ampicillin, cephalosporin thế hệ 1, 2, 3 (cefotaxime, ceftriaxone), fluoroquinolone (ciprofloxacin) và co-trimoxazole; mức độ đa kháng thuốc (MDR - kháng từ 3 nhóm kháng sinh trở lên) chiếm tỷ lệ lớn. Vi khuẩn vẫn còn nhạy cảm cao với carbapenem (imipenem, meropenem) và amikacin.
  • Đặc điểm kháng thuốc của Klebsiella spp.:
    • Phân tích trên $n = 51$ chủng Klebsiella spp. ghi nhận tỷ lệ kháng cao với các cephalosporin thế hệ 3, ciprofloxacin và trimethoprim/sulfamethoxazole. Tỷ lệ đa kháng thuốc ở mức đáng lo ngại ngay tại tuyến cơ sở.
    • Phân tích sinh học phân tử bằng PCR và NGS ghi nhận sự hiện diện của các gen blaCTX-M, blaSHV, blaTEM và một số gen kháng aminoglycosid (aac, aad), quinolon (qnrS).
  • Phân tích plasmid và di truyền phân tử:
    • Các gen kháng thuốc chủ yếu định vị trên các plasmid thuộc nhóm tương kỵ IncFII, IncA/C, IncB/O, IncI1.
    • Thử nghiệm tiếp hợp chứng minh thành công khả năng truyền ngang các plasmid mang gen blaCTX-M từ các chủng phân lập cộng đồng sang chủng nhận chuẩn E. coli J53.
    • Phân tích WGS và MLST cho thấy sự đa dạng của các Sequence Type (ST) ở E. coli (như ST10, ST131, ST414, ST457, ST678...) và K. pneumoniae. Cây phát sinh loài và biểu đồ nhiệt chứng minh mối liên hệ di truyền gần gũi giữa các chủng vi khuẩn phân lập tại trạm y tế xã Việt Nam với các dòng vi khuẩn kháng thuốc đang lưu hành trên thế giới.
  • Yếu tố liên quan và thực trạng kiến thức, sử dụng kháng sinh:
    • Khảo sát trên $n = 1432$ đối tượng tại 3 miền cho thấy tỷ lệ người dân có kiến thức đúng về kháng sinh còn thấp; vẫn còn tỷ lệ lớn người bệnh nhầm lẫn kháng sinh có tác dụng điều trị virus hoặc bệnh cảm cúm thông thường.
    • Thực trạng tự mua kháng sinh không có đơn của bác sĩ tại các hiệu thuốc tư nhân chiếm tỷ lệ cao ($n = 259$ đối tượng phân tích hành vi dùng thuốc, $p < 0,001$). Thói quen dừng thuốc khi thấy đỡ triệu chứng và giữ lại kháng sinh thừa để dùng cho lần sau diễn ra phổ biến.
    • Tỷ lệ sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi hộ gia đình ở cả 3 miền còn bừa bãi, chủ yếu dùng với mục đích phòng bệnh và kích thích tăng trưởng mà không có sự hướng dẫn của cán bộ thú y.

Chương 4: Bàn luận

Chương 4 tập trung phân tích, so sánh các kết quả nghiên cứu với y văn trong nước và quốc tế:

  • Bàn luận về mức độ kháng thuốc của E. coli và Klebsiella spp.: Tác giả so sánh tỷ lệ sinh ESBLs và kiểu hình đa kháng của các chủng phân lập tại trạm y tế xã với các nghiên cứu tại bệnh viện tuyến trên ở Việt Nam (VINARES, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương) và quốc tế (Trung Quốc, Thái Lan, Ấn Độ). Mức độ kháng thuốc tại cộng đồng đã tiệm cận với môi trường bệnh viện ở một số nhóm kháng sinh thông thường đường uống.
  • Bàn luận về cơ chế di truyền và sự lan truyền plasmid: Phân tích vai trò của plasmid tiếp hợp trong việc lan truyền ngang các gen blaCTX-M giữa các dòng vi khuẩn đường ruột tại cộng đồng.
  • Bàn luận về các yếu tố liên quan, kiến thức và hành vi: Phân tích mối tương quan giữa sự thiếu hụt kiến thức, thói quen tự điều trị, việc dễ dàng tiếp cận kháng sinh không đơn và tập quán chăn nuôi sử dụng kháng sinh với sự gia tăng nguy cơ mang vi khuẩn kháng thuốc tại cộng đồng.
  • Bàn luận về kiểu gen MLST và nguồn gốc tiến hóa: Đánh giá sự phân bố các Sequence Type, so sánh cây phát sinh loài để làm rõ các chủng vi khuẩn cộng đồng tại Việt Nam chia sẻ chung các đặc tính di truyền với các dòng dịch tễ quốc tế.
  • Hạn chế của nghiên cứu và đề xuất hướng nghiên cứu tiếp theo: Đánh giá khách quan các hạn chế về thiết kế cắt ngang và đề xuất mở rộng giám sát liên ngành Một sức khỏe (One Health).
  • Đóng góp của nghiên cứu: Khẳng định giá trị thực tiễn và cơ sở dữ liệu khoa học phục vụ Chiến lược quốc gia phòng chống kháng thuốc.

Kết quả và những đóng góp mới

Luận án đã nêu những đóng góp mới về mặt lý luận và thực tiễn:

  • Đóng góp về mặt lý luận và khoa học:

    • Cung cấp bức tranh toàn diện và có tính đại diện đầu tiên tại Việt Nam về tỷ lệ kháng kháng sinh, đặc điểm kiểu hình và kiểu gen của các chủng vi khuẩn E. coli và Klebsiella spp. phân lập trực tiếp từ người bệnh đến khám tại trạm y tế xã ở cả ba miền Bắc, Trung, Nam giai đoạn 2018-2019.
    • Xác định bản chất di truyền học phân tử của các chủng vi khuẩn kháng thuốc cộng đồng: chứng minh sự chiếm ưu thế của gen blaCTX-M, định loại các nhóm plasmid mang gen kháng (IncFII, IncA/C, IncB/O...) và khẳng định khả năng truyền ngang plasmid kháng thuốc qua hình thức tiếp hợp.
    • Sử dụng kỹ thuật MLST và giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS) thiết lập cơ sở dữ liệu kiểu gen (Sequence Types), xây dựng cây phát sinh loài chứng minh sự tương đồng di truyền giữa các dòng vi khuẩn cộng đồng tại Việt Nam với các dòng vi khuẩn lưu hành toàn cầu.

  • Đóng góp về mặt thực tiễn và chính sách y tế:

    • Cung cấp bằng chứng thực địa về thực trạng thiếu hụt kiến thức, tỷ lệ tự mua thuốc kháng sinh không đơn cao và việc lạm dụng kháng sinh trong chăn nuôi hộ gia đình tại nông thôn.
    • Đưa ra cơ sở khoa học xác thực phục vụ các nhà quản lý y tế trong việc đánh giá Kế hoạch hành động quốc gia phòng chống kháng thuốc giai đoạn 2013-2020 và xây dựng Chiến lược quốc gia phòng chống kháng thuốc giai đoạn 2022-2030 của Bộ Y tế.
    • Khuyến nghị phác đồ điều trị kinh nghiệm phù hợp tại tuyến y tế cơ sở, hạn chế sử dụng cephalosporin thế hệ 3 đường uống khi chưa có chỉ định vi sinh, đồng thời siết chặt quy định bán thuốc kháng sinh theo đơn tại các nhà thuốc cộng đồng.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Dựa trên phạm vi và nội dung trình bày trong luận án, các hạn chế và đề xuất nghiên cứu tiếp theo bao gồm:

  • Hạn chế của nghiên cứu:

    • Thiết kế nghiên cứu cắt ngang mô tả tại một thời điểm (2018-2019) chưa cho phép theo dõi dọc sự biến đổi động học của các chủng vi khuẩn kháng thuốc theo thời gian.
    • Số lượng mẫu phân lập được giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS) và phân tích sâu về plasmid còn giới hạn ở một tập hợp mẫu đại diện do chi phí kỹ thuật cao.
    • Khảo sát việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi dựa trên tự báo cáo của người dân, chưa thu thập mẫu vi sinh vật trực tiếp từ động vật nuôi và môi trường đất, nước để đối chiếu đồng thời.

  • Hướng nghiên cứu tiếp theo:

    • Thiết lập hệ thống giám sát kháng kháng sinh thường quy liên tục tại trạm y tế cơ sở và cộng đồng.
    • Mở rộng các nghiên cứu đa ngành theo hướng tiếp cận "Một sức khỏe" (One Health), lấy mẫu đồng thời trên người, vật nuôi, thực phẩm và môi trường để giải mã chính xác đường lây truyền của các plasmid kháng thuốc.
    • Triển khai các nghiên cứu can thiệp cộng đồng nhằm thay đổi hành vi bán thuốc không đơn của các hiệu thuốc tư nhân và nâng cao nhận thức của người dân.

Giá trị tham khảo

Luận án là tài liệu tham khảo giá trị cho nhiều nhóm đối tượng trong hệ thống y tế và nghiên cứu khoa học:

  • Nghiên cứu sinh, học viên cao học và sinh viên chuyên ngành Y tế công cộng, Dịch tễ học, Vi sinh y học: Cung cấp khung phương pháp luận chuẩn mực trong việc kết hợp điều tra dịch tễ học thực địa với các kỹ thuật sinh học phân tử hiện đại (PCR, MLST, WGS, tiếp hợp plasmid).
  • Bác sĩ lâm sàng và cán bộ y tế tại tuyến cơ sở (Trạm y tế xã, Trung tâm y tế huyện): Cung cấp dữ liệu thực tế về mức độ kháng thuốc của vi khuẩn tại địa phương, hỗ trợ việc lựa chọn kháng sinh hợp lý trong điều trị ban đầu các nhiễm khuẩn đường tiết niệu, tiêu hóa và hô hấp.
  • Các nhà hoạch định chính sách tại Bộ Y tế, Cục Quản lý Khám chữa bệnh, Cục Y tế Dự phòng: Cung cấp số liệu bằng chứng phục vụ việc xây dựng quy chế quản lý kê đơn thuốc, kiểm soát bán lẻ kháng sinh và hoàn thiện chiến lược quốc gia phòng chống kháng thuốc giai đoạn 2022-2030.

Câu hỏi thường gặp

1. Tác nhân vi khuẩn nào chiếm tỷ lệ phân lập cao nhất và có tỷ lệ sinh ESBLs phổ biến nhất trong nghiên cứu tại trạm y tế xã?
Trong các mẫu bệnh phẩm phân lập từ người bệnh đến khám tại trạm y tế xã, Escherichia coli là vi khuẩn chiếm tỷ lệ cao nhất (đặc biệt trong bệnh phẩm nước tiểu và phân). Trong số $n = 237$ chủng E. coli mang gen kháng thuốc được phân tích, có $n = 136$ chủng sinh men ESBLs với sự chiếm ưu thế của nhóm gen blaCTX-M.

2. Cơ chế di truyền chính giúp vi khuẩn lan truyền tính kháng kháng sinh phổ rộng tại cộng đồng được luận án chứng minh là gì?
Luận án chứng minh các gen kháng kháng sinh quan trọng (đặc biệt là blaCTX-M, blaTEM, blaSHV, qnrS) phần lớn định vị trên các plasmid thuộc các nhóm tương kỵ IncFII, IncA/C, IncB/O. Thông qua thử nghiệm tiếp hợp phòng thí nghiệm với chủng nhận E. coli J53, các plasmid này đã chuyển gen kháng thuốc thành công sang vi khuẩn nhận, khẳng định cơ chế chuyển gen ngang (HGT) đóng vai trò chủ đạo trong lan truyền kháng thuốc tại cộng đồng.

3. Kỹ thuật sinh học phân tử nào được tác giả sử dụng để xác định kiểu gen và cây phát sinh loài của vi khuẩn?
Tác giả đã sử dụng kỹ thuật phân loại trình tự đa vị trí (MLST) dựa trên 7 gen bảo tồn (adk, fumC, gyrB, icd, mdh, purA, recA) cùng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS / NGS) để xác định các Sequence Type (ST) và xây dựng cây phát sinh loài so sánh với các chủng đang lưu hành quốc tế.

4. Khảo sát xã hội học trên 1432 đối tượng đã phát hiện những vấn đề chính nào về nhận thức và hành vi sử dụng kháng sinh?
Nghiên cứu chỉ ra tỷ lệ người dân hiểu đúng về kháng sinh còn thấp, phần lớn nhầm tưởng kháng sinh điều trị được virus và bệnh cảm cúm thông thường. Tình trạng tự mua kháng sinh điều trị không có đơn tại các hiệu thuốc tư nhân chiếm tỷ lệ cao, kèm theo thói quen ngưng thuốc sớm hoặc giữ lại kháng sinh thừa. Đồng thời, việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi hộ gia đình còn bừa bãi và thiếu kiểm soát thú y.

5. Đề tài luận án này được thực hiện trong khuôn khổ nguồn kinh phí nào?
Nghiên cứu được thực hiện bằng kinh phí từ đề tài cấp nhà nước mang tên: "Đánh giá thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn tại Việt Nam, xác định đặc điểm cấu trúc gen và yếu tố liên quan của các vi khuẩn kháng thuốc thường gặp ở Việt Nam", mã số: MOST: NHQT/SPĐP/02, do TS. Trần Huy Hoàng làm chủ nhiệm.

Kết luận

Luận án tiến sĩ của tác giả Trần Thị Mai Hưng đã phản ánh thực trạng kháng kháng sinh ở mức độ cao của các chủng vi khuẩn E. coli và Klebsiella spp. phân lập tại trạm y tế xã trên phạm vi cả ba miền Việt Nam năm 2018-2019. Công trình đã làm sáng tỏ cơ chế lan truyền di truyền của các gen sinh men ESBLs (blaCTX-M) thông qua plasmid tiếp hợp và xác định các kiểu gen ST tương đồng với các dòng lưu hành toàn cầu. Đồng thời, nghiên cứu đã chỉ ra mối liên hệ mật thiết giữa sự lan rộng của vi khuẩn kháng thuốc với tình trạng thiếu hụt kiến thức, thói quen tự mua thuốc không đơn và tập quán dùng kháng sinh trong chăn nuôi tại cộng đồng. Đây là nguồn tư liệu khoa học chuẩn xác, cung cấp bằng chứng thực tiễn quan trọng phục vụ công tác quản lý y tế và thực thi Chiến lược quốc gia phòng chống kháng thuốc tại Việt Nam.