Trần thị hương giang nghiên cứu in silico mối liên quan giữa thành phần hóa học và tác dụng trên hội chứng chuyển hóa của dành dành gardenia jasminoides j ellis

Nghiên cứu in silico về tác dụng của thành phần hóa học cây Dành dành (Gardenia jasminoides) trên hội chứng chuyển hóa. Phân tích mối liên quan tiềm năng.

• Tác giả: Trần Thị Hương Giang
• Người hướng dẫn: PGS. Nguyễn Thu Hằng
• Trường học: Trường Đại học Dược Hà Nội
• Chuyên ngành: Dược học
• Đề tài: Nghiên cứu In Silico Mối Liên Quan Giữa Thành Phần Hóa Học Và Tác Dụng Trên Hội Chứng Chuyển Hóa Của Dành Dành (Gardenia Jasminoides J.Ellis)
• Loại tài liệu: Khóa luận tốt nghiệp Dược sĩ
• Năm xuất bản: 2024
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CẢM ƠN
• 1. CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ
• 1.1. Tổng quan về hội chứng chuyển hóa
• 1.1.1. Khái niệm và tiêu chuẩn chẩn đoán hội chứng chuyển hóa
• 1.1.2. Cơ chế bệnh sinh của HCCH
• 1.1.3. Điều trị hội chứng chuyển hóa
• 1.2. Tổng quan về cây Dành dành (Gardenia jasminoides J.Ellis)
• 1.2.1. Thành phần hóa học
• 1.2.2. Tác dụng của dịch chiết và các hoạt chất trong cây Dành dành trên Hội chứng chuyển hóa
• 1.3. Tổng quan về Dược lý mạng (Network pharmacology)
• 1.3.1. Khái niệm dược lý mạng
• 1.3.2. Cơ sở dữ liệu và công cụ phân tích
• 1.3.3. Phân tích mạng
• 1.4. Tổng quan về Gene Ontology (GO) và Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)
• 1.4.1. Gene Ontology (Bản thể gen - GO) và chức năng sinh học
• 1.4.2. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)
• 1.5. Tổng quan về kỹ thuật docking phân tử
• 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Nguyên liệu, thiết bị. Cơ sở dữ liệu
• 2.2. Nội dung nghiên cứu
• 2.3. Phương pháp nghiên cứu
• 2.3.1. Phương pháp tìm kiếm và thu thập các gen liên quan đến Hội chứng chuyển hóa
• 2.3.2. Phương pháp thu thập thông tin về các thành phần hóa học có trong cây Dành dành, sàng lọc các hợp chất đạt yêu cầu về sinh khả dụng đường uống và phù hợp quy tắc Lipinski
• 2.3.3. Phương pháp thu thập thông tin về đích tác dụng của các hợp chất trong cây Dành dành. Xác định tập hợp các đích có liên quan đến hội chứng chuyển hóa
• 2.3.4. Phương pháp xây dựng các mạng lưới hợp chất - đích tác dụng
• 2.3.5. Phương pháp xây dựng mạng lưới tương tác protein - protein (PPI)
• 2.3.6. Phương pháp mô phỏng tương tác phân tử của các hợp chất tác dụng lên đích trung tâm với các đích trung tâm
• 2.3.7. Phương pháp phân tích làm giàu GO và con đường KEGG
• 3. CHƯƠNG 3: THỰC NGHIỆM, KẾT QUẢ
• 3.1. Kết quả thu thập thông tin về đích tác dụng liên quan đến hội chứng chuyển hóa
• 3.2. Kết quả nghiên cứu in silico mối liên quan giữa thành phần hóa học và tác dụng trên hội chứng chuyển hóa của cây Dành dành
• 3.3. Thành phần hóa học của cây Dành dành thỏa mãn yêu cầu về sinh khả dụng đường uống và phù hợp quy tắc Lipinski
• 3.4. Thông tin về đích tác dụng của các hợp chất trong cây Dành dành. Tập hợp các đích có liên quan đến hội chứng chuyển hóa
• 3.5. Kết quả xây dựng mạng lưới hợp chất - đích tác dụng
• 3.6. Kết quả xây dựng mạng lưới tương tác protein - protein (PPI)
• 3.7. Kết quả xây dựng mạng lưới hợp chất tác dụng lên đích trung tâm - đích trung tâm
• 3.8. Mô phỏng tương tác phân tử của các hợp chất tác dụng lên đích trung tâm với các đích trung tâm
• 3.9. Phân tích làm giàu GO và con đường KEGG
• 4. CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN
• KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT
• TÀI LIỆU THAM KHẢO
• PHỤ LỤC

Tóm tắt

I. Tổng Quan Nghiên Cứu In Silico về Dành Dành và HCCH 55

Hội chứng chuyển hóa (HCCH) là một vấn đề sức khỏe toàn cầu, bao gồm béo phì trung tâm, kháng insulin, tăng huyết áp và rối loạn lipid máu. HCCH làm tăng nguy cơ mắc bệnh tim mạch, tiểu đường type 2 và các bệnh lý khác. Các phương pháp điều trị hiện tại thường tập trung vào việc kiểm soát các triệu chứng riêng lẻ, nhưng ít hiệu quả trong việc giải quyết các nguyên nhân gốc rễ của bệnh. Dành dành (Gardenia jasminoides) là một loại thảo dược truyền thống, có tiềm năng lớn trong việc điều trị HCCH. Nghiên cứu in silico cung cấp một phương pháp hiệu quả để khám phá các tác dụng dược lý của dành dành đối với HCCH ở cấp độ phân tử. Nghiên cứu này sử dụng các công cụ dược lý mạng và docking phân tử để xác định các hợp chất hóa học có trong dành dành có khả năng tương tác với các mục tiêu phân tử liên quan đến HCCH, từ đó mở ra hướng đi mới trong điều trị căn bệnh này. Theo một nghiên cứu, 'một số hợp chất trong cây Dành dành đã được chứng minh có tác dụng điều trị các tình trạng liên quan đến rối loạn chuyển hóa, ví dụ như crocin và crocetin ức chế hấp thu carbohydrat và chất béo'.

1.1. Hội Chứng Chuyển Hóa Gánh Nặng Sức Khỏe Toàn Cầu

Hội chứng chuyển hóa là một tập hợp các yếu tố nguy cơ tim mạch và chuyển hóa, bao gồm béo phì trung tâm, tăng huyết áp, rối loạn lipid máu và kháng insulin. Các yếu tố này làm tăng đáng kể nguy cơ mắc bệnh tim mạch, tiểu đường type 2, bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu và một số bệnh ung thư. Việc kiểm soát hiệu quả HCCH đòi hỏi một phương pháp tiếp cận toàn diện, tập trung vào việc cải thiện lối sống và sử dụng các liệu pháp dược lý có hiệu quả trên nhiều mục tiêu. Theo WHO, 'bệnh tim mạch và biến chứng của đái tháo đường là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây tử vong trên thế giới'.

1.2. Dược Lý Mạng Giải Pháp Tiếp Cận Đa Mục Tiêu

Dược lý mạng là một phương pháp tiếp cận mới trong phát triển thuốc, cho phép các nhà khoa học nghiên cứu tác dụng của thuốc trên nhiều mục tiêu phân tử cùng một lúc. Phương pháp này đặc biệt hữu ích trong việc điều trị các bệnh phức tạp như HCCH, liên quan đến nhiều con đường sinh học và các mục tiêu phân tử khác nhau. Dược lý mạng kết hợp với các kỹ thuật in silico như docking phân tử và mô phỏng động lực học phân tử để xác định các hợp chất có khả năng tương tác với nhiều mục tiêu liên quan đến bệnh. Dược lý mạng có thể tăng hiệu quả trong điều trị. 'Vì vậy, điều quan trọng là giải quyết nhiều mục tiêu có liên quan đến hội chứng, từ đó có thể đạt được hiệu quả cao trong điều trị'.

II. Thách Thức Điều Trị HCCH và Tiềm Năng từ Dành Dành 58

Các phương pháp điều trị hiện tại cho HCCH thường tập trung vào việc kiểm soát các yếu tố nguy cơ riêng lẻ, chẳng hạn như sử dụng thuốc hạ huyết áp, thuốc hạ đường huyết và thuốc hạ lipid máu. Tuy nhiên, các phương pháp này thường không giải quyết được các nguyên nhân gốc rễ của bệnh và có thể gây ra các tác dụng phụ không mong muốn. Dành dành (Gardenia jasminoides) là một loại thảo dược được sử dụng rộng rãi trong y học cổ truyền châu Á để điều trị nhiều bệnh, bao gồm các bệnh liên quan đến rối loạn chuyển hóa. Các nghiên cứu đã chỉ ra rằng dành dành có chứa nhiều hợp chất có hoạt tính sinh học, có khả năng chống oxy hóa, chống viêm và hạ đường huyết. Do đó, dành dành có tiềm năng lớn trong việc phát triển các liệu pháp điều trị HCCH an toàn và hiệu quả hơn. Cụ thể 'Một số hợp chất trong cây Dành dành đã được chứng minh có tác dụng điều trị các tình trạng liên quan đến rối loạn chuyển hóa, ví dụ như crocin và crocetin ức chế hấp thu carbohydrat và chất béo'.

2.1. Tác Dụng Dược Lý Của Các Hợp Chất Trong Dành Dành

Dành dành chứa nhiều hợp chất có hoạt tính sinh học, bao gồm iridoid glycosides, flavonoids và carotenoids. Các hợp chất này đã được chứng minh là có nhiều tác dụng dược lý, bao gồm chống oxy hóa, chống viêm, hạ đường huyết và hạ lipid máu. Ví dụ, genipin, một iridoid glycoside có trong dành dành, đã được chứng minh là có tác dụng cải thiện tình trạng kháng insulin và bảo vệ tế bào beta tuyến tụy. Crocin và crocetin, các carotenoid có trong dành dành, đã được chứng minh là có tác dụng ức chế hấp thu carbohydrate và lipid.

2.2. Khám Phá Tiềm Năng Điều Trị HCCH Bằng Nghiên Cứu In Silico

Nghiên cứu in silico cung cấp một phương pháp hiệu quả để khám phá các tác dụng dược lý của dành dành đối với HCCH. Bằng cách sử dụng các công cụ dược lý mạng và docking phân tử, các nhà khoa học có thể xác định các hợp chất hóa học có trong dành dành có khả năng tương tác với các mục tiêu phân tử liên quan đến HCCH, chẳng hạn như các enzyme liên quan đến quá trình chuyển hóa glucose và lipid, và các protein liên quan đến viêm. Nghiên cứu in silico có thể giúp xác định các hợp chất tiềm năng từ dành dành để phát triển các liệu pháp điều trị HCCH an toàn và hiệu quả hơn.

III. Phương Pháp In Silico Khám Phá Tác Dụng Dược Lý 52

Nghiên cứu này sử dụng một phương pháp tiếp cận in silico toàn diện để khám phá các tác dụng dược lý của dành dành đối với HCCH. Đầu tiên, các hợp chất hóa học có trong dành dành được thu thập từ các cơ sở dữ liệu hóa học. Tiếp theo, các mục tiêu phân tử liên quan đến HCCH được xác định bằng cách sử dụng các công cụ dược lý mạng. Sau đó, docking phân tử được sử dụng để mô phỏng sự tương tác giữa các hợp chất trong dành dành và các mục tiêu phân tử liên quan đến HCCH. Cuối cùng, các kết quả docking phân tử được phân tích để xác định các hợp chất có khả năng tương tác mạnh mẽ với các mục tiêu liên quan đến HCCH. Nghiên cứu này cung cấp một cơ sở khoa học cho việc sử dụng dành dành trong điều trị HCCH. 'Việc nghiên cứu mối liên quan giữa cấu trúc và tác dụng của hợp chất trở nên hiệu quả hơn khi kết hợp dược lý mạng với một số kỹ thuật in silico khác như docking phân tử, dự đoán ADME và các đặc tính giống thuốc.'

3.1. Xây Dựng Mạng Lưới Hợp Chất Mục Tiêu trong HCCH

Việc xây dựng mạng lưới hợp chất - mục tiêu là một bước quan trọng trong nghiên cứu in silico về tác dụng của dành dành đối với HCCH. Mạng lưới này cho phép các nhà khoa học xác định các hợp chất có trong dành dành có khả năng tương tác với nhiều mục tiêu phân tử liên quan đến HCCH. Mạng lưới này được xây dựng bằng cách sử dụng các công cụ dược lý mạng và docking phân tử, và được phân tích để xác định các hợp chất tiềm năng để phát triển các liệu pháp điều trị HCCH.

3.2. Mô Phỏng Tương Tác Phân Tử Docking Phân Tử Chi Tiết

Docking phân tử là một kỹ thuật in silico được sử dụng để mô phỏng sự tương tác giữa một phân tử nhỏ (ví dụ: một hợp chất trong dành dành) và một protein (ví dụ: một mục tiêu phân tử liên quan đến HCCH). Kỹ thuật này cho phép các nhà khoa học dự đoán cách một hợp chất sẽ liên kết với một protein, và mức độ mạnh mẽ của sự liên kết đó. Docking phân tử là một công cụ quan trọng trong việc xác định các hợp chất tiềm năng để phát triển các liệu pháp điều trị HCCH.

IV. Kết Quả Hợp Chất Tiềm Năng và Cơ Chế Tác Dụng 54

Nghiên cứu in silico này đã xác định một số hợp chất tiềm năng có trong dành dành có khả năng tương tác với các mục tiêu phân tử liên quan đến HCCH. Các hợp chất này bao gồm genipin, crocetin và một số flavonoid. Các kết quả docking phân tử cho thấy các hợp chất này có khả năng liên kết mạnh mẽ với các mục tiêu liên quan đến quá trình chuyển hóa glucose và lipid, và các protein liên quan đến viêm. Nghiên cứu này cung cấp bằng chứng cho thấy dành dành có tiềm năng lớn trong việc phát triển các liệu pháp điều trị HCCH. 'Từ đó cho thấy cây Dành dành là nguồn nguyên liệu tiềm năng để nghiên cứu các tác dụng trên hội chứng chuyển hóa.'

4.1. Genipin Ứng Cử Viên Sáng Giá Chống Kháng Insulin

Genipin là một iridoid glycoside có trong dành dành và đã được chứng minh là có tác dụng cải thiện tình trạng kháng insulin. Các kết quả docking phân tử cho thấy genipin có khả năng liên kết mạnh mẽ với thụ thể insulin và các protein liên quan đến con đường tín hiệu insulin. Điều này cho thấy genipin có thể giúp cải thiện tình trạng kháng insulin và kiểm soát lượng đường trong máu ở những người mắc HCCH.

4.2. Crocetin Ức Chế Hấp Thu Lipid và Carbohydrate

Crocetin là một carotenoid có trong dành dành và đã được chứng minh là có tác dụng ức chế hấp thu lipid và carbohydrate. Các kết quả docking phân tử cho thấy crocetin có khả năng liên kết mạnh mẽ với các enzyme liên quan đến quá trình tiêu hóa lipid và carbohydrate. Điều này cho thấy crocetin có thể giúp giảm cân và cải thiện tình trạng rối loạn lipid máu ở những người mắc HCCH.

V. Ứng Dụng và Hướng Nghiên Cứu Phát Triển Thuốc 52

Kết quả nghiên cứu in silico này có thể được sử dụng để phát triển các liệu pháp điều trị HCCH dựa trên dành dành. Các hợp chất tiềm năng được xác định trong nghiên cứu này có thể được sử dụng để phát triển các loại thuốc mới hoặc các sản phẩm bổ sung dinh dưỡng. Nghiên cứu này cũng cung cấp một cơ sở khoa học cho việc sử dụng dành dành trong y học cổ truyền để điều trị các bệnh liên quan đến rối loạn chuyển hóa. Cần có thêm các nghiên cứu in vitro và in vivo để xác nhận các kết quả in silico và đánh giá tính an toàn và hiệu quả của các liệu pháp điều trị HCCH dựa trên dành dành. 'Nghiên cứu in silico có thể dự đoán điều gì về tác dụng phụ tiềm ẩn của dành dành?'

5.1. Nghiên Cứu Lâm Sàng Bước Tiến Quan Trọng Tiếp Theo

Sau khi các kết quả in silico được xác nhận bằng các nghiên cứu in vitro và in vivo, bước tiếp theo là tiến hành các nghiên cứu lâm sàng để đánh giá tính an toàn và hiệu quả của các liệu pháp điều trị HCCH dựa trên dành dành ở người. Các nghiên cứu lâm sàng nên được thiết kế cẩn thận để đánh giá các tác dụng của dành dành trên các yếu tố nguy cơ HCCH, chẳng hạn như béo phì trung tâm, kháng insulin, tăng huyết áp và rối loạn lipid máu.

5.2. Phát Triển Sản Phẩm Thực Tế Thực Phẩm Chức Năng và Dược Phẩm

Các hợp chất tiềm năng được xác định trong nghiên cứu in silico này có thể được sử dụng để phát triển các sản phẩm thực tế, chẳng hạn như thực phẩm chức năng và dược phẩm. Các sản phẩm này có thể được sử dụng để giúp những người mắc HCCH kiểm soát các yếu tố nguy cơ của bệnh và giảm nguy cơ mắc bệnh tim mạch và tiểu đường type 2. Việc phát triển các sản phẩm này đòi hỏi sự hợp tác giữa các nhà khoa học, các nhà sản xuất dược phẩm và các nhà cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe.

VI. Kết Luận Dành Dành Hướng Đi Mới Trị HCCH 50

Nghiên cứu in silico này cung cấp bằng chứng cho thấy dành dành có tiềm năng lớn trong việc phát triển các liệu pháp điều trị HCCH an toàn và hiệu quả hơn. Các hợp chất tiềm năng được xác định trong nghiên cứu này có thể được sử dụng để phát triển các loại thuốc mới hoặc các sản phẩm bổ sung dinh dưỡng. Cần có thêm các nghiên cứu in vitro, in vivo và lâm sàng để xác nhận các kết quả in silico và đánh giá tính an toàn và hiệu quả của các liệu pháp điều trị HCCH dựa trên dành dành. Nghiên cứu này mở ra một hướng đi mới trong việc điều trị căn bệnh này. 'Kết quả nghiên cứu in silico có thể được sử dụng để phát triển thuốc mới từ dành dành không?'

6.1. Tương Lai Nghiên Cứu Mở Rộng và Sâu Sắc Hơn

Nghiên cứu in silico về tác dụng của dành dành đối với HCCH cần được mở rộng và sâu sắc hơn trong tương lai. Các nghiên cứu tiếp theo nên tập trung vào việc xác định các cơ chế tác dụng phân tử của các hợp chất tiềm năng trong dành dành, đánh giá tính an toàn và hiệu quả của các liệu pháp điều trị HCCH dựa trên dành dành trong các mô hình động vật và ở người, và phát triển các sản phẩm thực tế có thể giúp những người mắc HCCH kiểm soát các yếu tố nguy cơ của bệnh.

6.2. Hợp Tác và Phát Triển Chìa Khóa Thành Công

Sự thành công trong việc phát triển các liệu pháp điều trị HCCH dựa trên dành dành đòi hỏi sự hợp tác giữa các nhà khoa học, các nhà sản xuất dược phẩm, các nhà cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe và các nhà quản lý chính sách. Sự hợp tác này sẽ giúp đảm bảo rằng các liệu pháp điều trị HCCH dựa trên dành dành được phát triển, đánh giá và đưa vào sử dụng một cách an toàn và hiệu quả.

Nội dung chính

Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Hội chứng chuyển hóa (Metabolic syndrome - HCCH) là một tập hợp các rối loạn chuyển hóa phức tạp bao gồm béo phì vùng trung tâm, kháng insulin, tăng huyết áp, rối loạn lipid máu và tăng đường huyết. Trong đó, béo phì vùng trung tâm và kháng insulin được xác định là hai yếu tố cốt lõi chi phối cơ chế bệnh sinh. HCCH làm gia tăng đáng kể nguy cơ phát triển bệnh tim mạch, đái tháo đường typ 2, gan nhiễm mỡ không do rượu, hội chứng buồng trứng đa nang và một số bệnh lý ác tính, trở thành nguyên nhân hàng đầu gây tử vong trên quy mô toàn cầu.

Chiến lược phát triển thuốc truyền thống theo mô hình "một thuốc - một mục tiêu - một bệnh" bộc lộ nhiều hạn chế về hiệu quả điều trị và tính an toàn khi đối mặt với các bệnh lý đa cơ chế như HCCH. Sinh học hệ thống chỉ ra rằng các rối loạn phức tạp đòi hỏi cách tiếp cận can thiệp đa mục tiêu. Dược lý mạng (Network pharmacology) kết hợp với các công cụ tin sinh học (in silico) như mô phỏng gắn kết phân tử (molecular docking) và dự đoán các đặc tính dược động học ADME (hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thải trừ) mang lại phương pháp luận để giải mã cơ chế tác động tổng hợp của các bài thuốc hoặc dược liệu tự nhiên.

Dành dành (Gardenia jasminoides J.Ellis), loài thực vật thuộc họ Cà phê (Rubiaceae), phân bố tự nhiên và được trồng tại nhiều tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam như Cao Bằng, Lào Cai, Hòa Bình, Điện Biên. Nhiều nghiên cứu thực nghiệm trước đây đã ghi nhận các hoạt chất từ Dành dành như crocin, crocetin và geniposid có hoạt tính ức chế hấp thu lipid, cải thiện đề kháng insulin, hạ đường huyết và bảo vệ mạch máu. Tuy nhiên, trước thời điểm thực hiện khóa luận này, chưa có công trình nào áp dụng dược lý mạng kết hợp mô phỏng tương tác phân tử để phân tích hệ thống mối liên quan giữa toàn bộ thành phần hóa học của Dành dành và các đích tác dụng trên HCCH.

Khóa luận tốt nghiệp Dược sĩ của sinh viên Trần Thị Hương Giang (Trường Đại học Dược Hà Nội, năm 2024) thực hiện đề tài "Nghiên cứu in silico mối liên quan giữa thành phần hóa học và tác dụng trên hội chứng chuyển hóa của Dành dành (Gardenia jasminoides J.Ellis)" nhằm giải quyết hai mục tiêu cụ thể:

1. Dự đoán các hợp chất hóa học trong cây Dành dành và các đích tác dụng tiềm năng trên hội chứng chuyển hóa thông qua mô hình dược lý mạng (mạng lưới hợp chất - đích tác dụng, mạng lưới tương tác protein - protein) và mô phỏng tương tác phân tử.
2. Dự đoán các quá trình sinh học và con đường truyền tín hiệu liên quan đến đích tác dụng tiềm năng trên hội chứng chuyển hóa của cây Dành dành thông qua phân tích làm giàu Gene Ontology (GO) và KEGG.

Đối tượng nghiên cứu là cơ sở dữ liệu các thành phần hóa học đã được công bố của cây Dành dành (Gardenia jasminoides J.Ellis) và hệ thống gen, protein liên quan đến HCCH ở người (Homo sapiens).

---

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khóa luận xây dựng trên khung lý thuyết về cơ chế bệnh sinh của HCCH (tiêu chuẩn chẩn đoán theo WHO 1998, NCEP: ATP III, EGIR), lý thuyết đồ thị mạng lưới sinh học và phương pháp tính toán tương tác cấu trúc sinh học phân tử (in silico).

Nhóm công cụ / Dữ liệu	Tên nguồn / Phần mềm	Mục đích sử dụng
Cơ sở dữ liệu gen bệnh	GeneCards	Thu thập danh sách gen liên quan đến hội chứng chuyển hóa với từ khóa "metabolic syndrome".
Dữ liệu hóa học & Hoạt tính	PubMed, PubChem	Thu thập và chuẩn hóa cấu trúc thành phần hóa học của Dành dành sang mã SMILES; hỗ trợ bởi ChemDraw.
Đánh giá ADME / Dược động học	SwissADME	Sàng lọc hợp chất theo tiêu chuẩn sinh khả dụng đường uống cao (GI absorption: High) và tuân thủ quy tắc 5 Lipinski.
Dự đoán đích phân tử	SwissTargetPrediction	Dự đoán đích tác dụng protein trên người (Homo sapiens) từ cấu trúc SMILES (ngưỡng xác suất Probability > 0).
Mạng lưới tương tác Protein	STRING (v11.x)	Xây dựng mạng tương tác protein - protein (PPI) với mức độ tin cậy cao (confidence score = 0,900).
Phân tích mạng lưới	Cytoscape 3.8.x & CytoNCA	Trực quan hóa và tính toán các tham số mạng: bậc (DC), độ trung tâm ở giữa (BC), độ gần ở giữa (CC).
Cấu trúc không gian protein	RCSB Protein Data Bank (PDB)	Thu thập tệp cấu trúc 3D dạng tinh thể của các thụ thể protein trung tâm.
Mô phỏng tương tác phân tử	AutoDock Tools 1.5.6, Discovery Studio 4.5, AutoDock Vina	Chuẩn bị ligand/protein (dạng PDBQT), thiết lập tọa độ Grid Box và tính toán năng lượng liên kết ($\Delta G \le -7,0\text{ kcal/mol}$).
Phân tích làm giàu chức năng	ShinyGO v0.77	Phân tích Gene Ontology (BP, CC, MF) và con đường KEGG (ngưỡng P-value điều chỉnh FDR < 0,05).

Quy trình sàng lọc hợp chất tuân thủ nghiêm ngặt quy tắc Lipinski (trọng lượng phân tử $\le 500\text{ Da}$, $\text{LogP} \le 5$, số nhóm cho hydro $\le 5$, số nhóm nhận hydro $\le 10$). Tiêu chí lựa chọn nút trung tâm trong mạng lưới dựa trên điều kiện cả ba chỉ số DC, BC và CC đều phải lớn hơn giá trị trung bình của toàn mạng.

---

Nội dung chính theo từng chương

Phần Tổng quan tài liệu

Phần tổng quan hệ thống hóa các tài liệu khoa học về bốn mảng lý thuyết nền tảng:

• Hội chứng chuyển hóa: Tổng hợp lịch sử nghiên cứu từ mô tả ban đầu của Eskil Kylin (1920) và Jean Vague (1947), so sánh các tiêu chuẩn chẩn đoán (WHO 1998, NCEP: ATP III, EGIR). Phân tích cơ chế bệnh sinh chi tiết: tình trạng kháng insulin dẫn đến tăng giải phóng acid béo tự do (FFA), suy giảm truyền tín hiệu IRS-1/PI3K và giảm dịch chuyển GLUT-4 lên màng tế bào; vai trò của các adipokin tiền viêm (IL-6, TNF-$\alpha$, CRP) từ mô mỡ nội tạng; cơ chế suy giảm nitric oxid (NO) và tổn thương nội mô mạch máu.
• Cây Dành dành (Gardenia jasminoides J.Ellis): Tổng kết 162 hợp chất đã phân lập từ dược liệu (iridoid glycosid, flavonoid, monoterpenoid, crocin, triterpenoid, acid hữu cơ). Tổng hợp các bằng chứng thực nghiệm về tác dụng sinh học: crocin và crocetin ức chế lipase tụy ($\text{IC}_{50}$ lần lượt là $2,7$ và $2,1\text{ mg/mL}$), giảm triglycerid và cholesterol máu trên chuột ICR; dịch chiết Dành dành liều $200\text{ mg/kg}$ kích hoạt PPAR$\gamma$ và giảm đường huyết $30,8%$ sau 60 phút trên chuột kháng insulin; geniposid hoạt hóa thụ thể GLP-1 trên tế bào INS-1 giúp tăng tiết insulin; crocetin làm tăng biểu hiện eNOS và sản sinh NO bảo vệ thành mạch.
• Dược lý mạng (Network pharmacology): Trình bày nguyên lý tiếp cận đa mục tiêu, các cơ sở dữ liệu sinh học và các thông số topo mạng lưới (Node, Edge, Degree, Betweenness Centrality, Closeness Centrality).
• Gene Ontology (GO), KEGG và Docking phân tử: Khái niệm về bản thể học gen (quá trình sinh học - BP, thành phần tế bào - CC, chức năng phân tử - MF), cơ sở dữ liệu con đường sinh học KEGG, nguyên lý docking phân tử (rigid docking, flexible ligand docking) và ý nghĩa nhiệt động học của năng lượng liên kết tự do.

Chương 2: Đối tượng và phương pháp nghiên cứu

Trình bày chi tiết thiết kế nghiên cứu 7 bước logic:

1. Thu thập dữ liệu gen liên quan đến HCCH từ GeneCards (CSDL1).
2. Tổng hợp 162 hợp chất của Dành dành từ PubMed, chuyển đổi sang mã SMILES qua PubChem/ChemDraw và sàng lọc ADME qua SwissADME.
3. Dự đoán đích tác dụng của các hợp chất đạt chuẩn bằng SwissTargetPrediction (CSDL2); thiết lập sơ đồ Venn giao giữa CSDL1 và CSDL2 để xác định tập hợp đích chung.
4. Xây dựng mạng lưới hợp chất - đích tác dụng trên Cytoscape và xác định các hợp chất trung tâm qua CytoNCA.
5. Xây dựng mạng lưới PPI từ STRING và chọn lọc các đích protein trung tâm.
6. Xây dựng mạng lưới hợp chất tác dụng lên đích trung tâm.
7. Mô phỏng docking phân tử bằng AutoDock Vina và phân tích làm giàu GO/KEGG qua ShinyGO.

Chương 3: Thực nghiệm, kết quả

Chương này công bố toàn bộ dữ liệu định lượng và đồ thị thu được từ quá trình tính toán:

• Sàng lọc thành phần hóa học: Từ 162 hợp chất ban đầu, có 37 hợp chất thỏa mãn điều kiện sinh khả dụng đường uống cao và không vi phạm quy tắc Lipinski (được mã hóa từ D1 đến D37).
• Xác định đích tác dụng: Sau khi loại bỏ 8 hợp chất không tìm thấy đích trên SwissTargetPrediction, 29 hợp chất còn lại tương tác với 472 đích protein không trùng lặp. Sơ đồ Venn xác định có 241 đích tác dụng trùng khớp với tập 2243 gen liên quan đến HCCH.
• Mạng lưới hợp chất - đích tác dụng: Mạng lưới gồm 270 nút (29 hợp chất, 241 đích) và 1020 cạnh liên kết. Lọc ra 7 hợp chất trung tâm có DC, BC, CC cao hơn mức trung bình ($\text{DC} > 35,17$).
• Mạng lưới tương tác protein - protein (PPI): Loại bỏ 48 protein đơn lẻ, mạng lưới PPI trên 193 đích tác dụng đã xác định được 11 đích tác dụng trung tâm có các chỉ số topo mạng vượt trội: SRC, AKT1, PIK3R1, STAT3, ESR1, EGFR, MAPK1, MAPK8, IL6, TNF, GAPDH.
• Mạng lưới hợp chất - đích trung tâm: Lựa chọn được 17 hợp chất tiềm năng tham gia liên kết trực tiếp với 11 đích protein trung tâm.
• Mô phỏng docking phân tử: Thực hiện ghép nối 17 hợp chất với cấu trúc 3D của 11 thụ thể protein. Kết quả xác định 9 hợp chất có ái lực liên kết mạnh ($\Delta G \le -7,0\text{ kcal/mol}$) với toàn bộ các đích tương ứng và 5 đích protein nhận được sự tương tác nhiều nhất gồm: EGFR, SRC, AKT1, PIK3R1, ESR1.
• Làm giàu GO và con đường KEGG: Công cụ ShinyGO nhận diện 10 quá trình sinh học (BP), 10 thành phần tế bào (CC), 10 chức năng phân tử (MF) và 20 con đường KEGG chuyển hóa có ý nghĩa thống kê ($\text{FDR} < 0,05$), nổi bật là con đường kháng insulin và con đường truyền tín hiệu AGE - RAGE trong biến chứng đái tháo đường.

                    162 hợp chất Dành dành (PubMed)
                     37 hợp chất đạt chuẩn ADME
                      29 hợp chất có đích tác dụng
        472 đích protein Dành dành     2243 gen HCCH (GeneCards)
                       241 đích tác dụng chung
   Mạng Hợp chất - Đích                      Mạng lưới PPI (STRING)
 (270 nút, 1020 cạnh)                       (193 nút tương tác)
     7 hợp chất đa đích                      11 đích protein trung tâm
                Mạng Hợp chất - Đích trung tâm (17 chất)
                   9 hợp chất tiềm năng & 5 đích cốt lõi
               Làm giàu GO (30 mục) & 20 con đường KEGG

Chương 4: Bàn luận

Tác giả phân tích sâu sắc ý nghĩa sinh học của các kết quả tính toán:

• Nhận định 7 hợp chất đa đích và 9 hợp chất docking tối ưu chủ yếu thuộc nhóm flavonoid và phần lớn phân bố ở quả Dành dành, khẳng định quả là bộ phận dùng có tiềm năng nhất đối với HCCH.
• Phân tích chi tiết vai trò của 5 đích protein then chốt: EGFR (ảnh hưởng đến phì đại cơ trơn mạch máu và xơ vữa động mạch), AKT1 và PIK3R1 (hai mắt xích trung tâm của con đường truyền tín hiệu PI3K/AKT điều hòa dung nạp glucose và nhạy cảm insulin), SRC (liên quan đến tích tụ collagen và xơ hóa mô trong đái tháo đường), ESR1 (thụ thể estrogen liên quan đến béo phì, lipid máu và huyết áp).
• Luận giải cơ chế phân tử của con đường kháng insulin (suy giảm tín hiệu PI3K/AKT do tích tụ FFA ngoại lai) và con đường AGE-RAGE (tổn thương nội mô, tạo tế bào bọt và biến chứng mạch máu).
• Khẳng định tính ưu việt của việc kết hợp dược lý mạng và docking phân tử trong việc giải thích tác dụng hiệp đồng đa thành phần - đa mục tiêu của dược liệu Dành dành.

---

Kết quả và đóng góp

1. Tổng hợp dữ liệu định lượng qua các bước nghiên cứu

Thông số / Đối tượng phân tích	Số lượng ghi nhận	Ghi chú / Tiêu chuẩn áp dụng
Tổng số hợp chất ban đầu	162	Thu thập từ y văn trên cơ sở dữ liệu PubMed
Hợp chất đạt chuẩn ADME	37	Hấp thu tiêu hóa cao, không vi phạm quy tắc Lipinski
Hợp chất có đích tác dụng	29	Tìm thấy trên SwissTargetPrediction (loại bỏ 8 chất)
Tổng số đích tác dụng của Dành dành	472	Đích protein người không trùng lặp
Tổng số gen liên quan đến HCCH	2243	Thu thập từ GeneCards
Đích tác dụng chung liên quan đến HCCH	241	Giao điểm giữa hai tập hợp dữ liệu
Hợp chất trung tâm mạng Hợp chất - Đích	7	Giá trị $\text{DC} > 35,17$, $\text{BC}$ và $\text{CC}$ lớn hơn trung bình
Đích protein trung tâm từ mạng PPI	11	Lọc từ 193 đích có tương tác (độ tin cậy 0,900)
Hợp chất tiềm năng tác dụng lên đích PPI	17	Tham gia cấu thành mạng Hợp chất - Đích trung tâm
Hợp chất tiềm năng nhất qua Docking	9	Năng lượng liên kết $\Delta G \le -7,0\text{ kcal/mol}$ với mọi đích
Đích tác dụng cốt lõi nhất qua Docking	5	Tương tác nhiều nhất với ái lực mạnh nhất
Số lượng con đường KEGG được dự đoán	20	Đạt mức ý nghĩa thống kê ($\text{FDR} < 0,05$)

2. Danh sách các hợp chất và đích tác dụng cốt lõi

Danh sách 7 hợp chất tác dụng lên nhiều đích trong mạng Hợp chất - Đích:

• Acid 3$\beta$,19$\alpha$,23-trihydroxy-urs-12-en-28-oic (D34) ($\text{DC} = 59$)
• 6$\beta$-Hydroxygenipin (D15)
• Genistein (D1) ($\text{DC} = 56$)
• 5,4′-Dihydroxyl-7,3′,5′-trimethoxyflavon (D9)
• (1R,7R,10S)-11-O-$\beta$-D-Glucopyranosyl-4-guaien-3-on (D32)
• Dibutyl phthalat (D17)
• Jasminodiol (D26)

Danh sách 11 đích protein trung tâm và mã PDB tương ứng:

STT	Ký hiệu Đích	Mã PDB cấu trúc 3D	Vai trò sinh học chính trong HCCH
1	SRC	3F3V	Kinase truyền tín hiệu tế bào, liên quan đến xơ hóa trong đái tháo đường
2	AKT1	4EKL	Kinase trung tâm trong con đường chuyển hóa glucose và kháng insulin
3	PIK3R1	5FI4	Tiểu đơn vị điều hòa của PI3K, chi phối độ nhạy insulin
4	STAT3	6NJS	Yếu tố phiên mã điều hòa phản ứng viêm và chuyển hóa
5	ESR1	1UOM	Thụ thể estrogen alpha, liên quan đến phân bố mỡ và chuyển hóa lipid
6	EGFR	1M17	Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì, liên quan đến biến chứng tim mạch
7	MAPK1	4G6O	Protein kinase hoạt hóa phân bào, điều hòa sinh trưởng tế bào
8	MAPK8	4G1W	JNK1, tham gia cơ chế stress oxy hóa và viêm gây kháng insulin
9	IL6	5FUC	Cytokin tiền viêm then chốt do mô mỡ nội tạng tiết ra
10	TNF	2AZ5	Yếu tố hoại tử khối u alpha, gây kháng insulin toàn thân
11	GAPDH	1ZNQ	Enzym then chốt trong quá trình đường phân

Danh sách 9 hợp chất có năng lượng liên kết tối ưu ($\Delta G \le -7,0\text{ kcal/mol}$):

1. Genistein (D1)
2. 5,7,3’,4’-Tetrahydroxy-6,8-dimethoxy flavon (D2)
3. 5,7,3′,5′-Tetrahydroxy-6,4′-dimethoxy flavon (D3)
4. Quercetin (D4)
5. 4’,5,6,7-Tetrahydroxy-3,3’,5’-trimethoxyflavon (D5)
6. Kaempferol (D8)
7. 3,5,6,4′-Tetrahydroxy-3′,5′-dimethoxyflavon (D11)
8. Emodin (D35)
9. Physcion (D36)

Năm đích tác dụng tiềm năng nhất: EGFR, SRC, AKT1, PIK3R1, ESR1.

3. Đóng góp khoa học của đề tài

• Là công trình nghiên cứu đầu tiên áp dụng tích hợp mô hình dược lý mạng và mô phỏng tương tác phân tử (in silico) nhằm làm sáng tỏ hệ thống thành phần hóa học và cơ chế tác dụng đa mục tiêu của cây Dành dành (Gardenia jasminoides) trên HCCH.
• Cung cấp cơ sở dữ liệu có hệ thống về 37 hợp chất đạt chuẩn dược động học, 241 đích tác dụng liên quan đến bệnh học, 9 hợp chất flavonoid/anthraquinon có ái lực gắn kết cao và 5 đích protein then chốt cùng các con đường sinh học chi phối (kháng insulin, AGE-RAGE).

---

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Khóa luận tự xác định các hạn chế và đề xuất hướng mở rộng nghiên cứu như sau:

• Hạn chế:
  • Nghiên cứu dừng lại ở mức độ mô phỏng tính toán in silico, chưa xác định được bản chất tương tác giữa phối tử và thụ thể là kích hoạt (chủ vận) hay ức chế (đối kháng).
  • Chưa tiến hành mô phỏng tương tác phân tử cho toàn bộ 7 hợp chất tác dụng đa đích trong mạng lưới hợp chất - đích (như Acid 3$\beta$,19$\alpha$,23-trihydroxy-urs-12-en-28-oic, 6$\beta$-hydroxygenipin).
  • Chưa tiến hành kiểm chứng thực nghiệm sinh học (in vitro hoặc in vivo).
• Hướng nghiên cứu tiếp (đề xuất từ tác giả):
  • Tiếp tục thực hiện mô phỏng tương tác phân tử cho 7 hợp chất tác dụng lên nhiều đích của cây Dành dành để đánh giá đầy đủ ái lực liên kết.
  • Định hướng nghiên cứu chiết xuất, phân lập nhóm hoạt chất flavonoid từ bộ phận quả Dành dành để thử nghiệm hoạt tính sinh học trên các mô hình tế bào và động vật mắc hội chứng chuyển hóa.

---

Giá trị tham khảo

Tài liệu là nguồn tham khảo hữu ích cho:

• Sinh viên và học viên ngành Dược học, Hóa dược, Dược liệu học: Tham khảo quy trình chuẩn ứng dụng Dược lý mạng (Network pharmacology) kết hợp với các cơ sở dữ liệu mở (GeneCards, SwissADME, SwissTargetPrediction, STRING, PDB) và phần mềm phân tích (Cytoscape, AutoDock Vina, ShinyGO).
• Các nhóm nghiên cứu về phát triển thuốc từ dược liệu: Cung cấp dữ liệu định hướng ban đầu về hoạt chất tiềm năng (nhóm flavonoid trong quả Dành dành) và các đích sinh học trọng điểm (EGFR, SRC, AKT1, PIK3R1, ESR1) nhằm rút ngắn thời gian và tối ưu hóa chi phí sàng lọc thực nghiệm.
• Nghiên cứu cơ chế bệnh sinh HCCH: Phần tổng quan cung cấp hệ thống phân tích chi tiết về cơ chế kháng insulin qua trục PI3K/AKT và biến chứng tim mạch qua con đường AGE-RAGE.

---

Câu hỏi thường gặp

1. Dựa trên những tiêu chí nào tác giả sàng lọc từ 162 hợp chất ban đầu xuống còn 37 hợp chất để nghiên cứu tiếp?

Tác giả sử dụng công cụ SwissADME để sàng lọc dựa trên hai tiêu chuẩn dược động học bắt buộc:

1. Mức độ hấp thu qua đường tiêu hóa cao (GI absorption: High).
2. Tuân thủ hoàn toàn quy tắc 5 của Lipinski (Trọng lượng phân tử $\le 500\text{ Da}$; Hệ số phân bố dầu/nước $\text{LogP} \le 5$; Số nhóm nhận liên kết hydro $\le 10$; Số nhóm cho liên kết hydro $\le 5$).

2. Có bao nhiêu đích tác dụng của cây Dành dành thực sự liên quan đến hội chứng chuyển hóa và phương pháp xác định là gì?

Có 241 đích tác dụng chung. Tác giả xác định tập hợp này bằng phương pháp sơ đồ Venn, tìm phần giao nhau giữa tập hợp 2243 gen liên quan đến HCCH thu thập từ cơ sở dữ liệu GeneCards và tập hợp 472 đích tác dụng của 29 hợp chất Dành dành dự đoán qua SwissTargetPrediction.

3. Năm đích protein trung tâm có ái lực gắn kết mạnh nhất với các hợp chất trong cây Dành dành là những đích nào?

Năm đích protein cốt lõi được xác định qua mạng lưới PPI và docking phân tử gồm:

1. EGFR (Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì)
2. SRC (Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src)
3. AKT1 (RAC-alpha serine/threonine-protein kinase)
4. PIK3R1 (Phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1)
5. ESR1 (Estrogen receptor alpha)

4. Nhóm hợp chất hóa học nào chiếm ưu thế trong số các chất có tiềm năng tác dụng cao nhất và chúng tập trung ở bộ phận nào của cây Dành dành?

Nhóm flavonoid chiếm ưu thế tuyệt đối (bao gồm Genistein, Quercetin, Kaempferol cùng nhiều dẫn xuất methoxyflavon khác). Phần lớn các hợp chất tiềm năng này phân bố tập trung ở quả Dành dành, cho thấy quả là bộ phận dùng có giá trị trị liệu cao nhất trên hội chứng chuyển hóa.

5. Hai con đường truyền tín hiệu KEGG quan trọng nhất được thảo luận sâu trong khóa luận là gì?

Hai con đường KEGG nổi bật nhất là:

1. Con đường kháng insulin (Insulin resistance): Liên quan trực tiếp đến trục truyền tín hiệu PI3K/AKT, điều hòa hấp thu glucose tại cơ và mô mỡ cũng như ức chế tân tạo glucose tại gan.
2. Con đường truyền tín hiệu AGE - RAGE trong biến chứng đái tháo đường: Giải thích cơ chế tổn thương nội mô, viêm mạn tính và xơ vữa động mạch do sự tích tụ các sản phẩm glycat hóa bền vững.

---

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của sinh viên Trần Thị Hương Giang đã ứng dụng thành công phương pháp tiếp cận tích hợp giữa dược lý mạng và mô phỏng tương tác phân tử để làm sáng tỏ cơ chế tác dụng của cây Dành dành (Gardenia jasminoides J.Ellis) trên hội chứng chuyển hóa. Đề tài đã sàng lọc được 9 hợp chất tiềm năng (chủ yếu thuộc nhóm flavonoid ở bộ phận quả), xác định 5 đích tác dụng trung tâm (EGFR, SRC, AKT1, PIK3R1, ESR1) và chứng minh vai trò chi phối của các con đường kháng insulin và AGE-RAGE. Công trình cung cấp cơ sở dữ liệu in silico đáng tin cậy, định hướng trực tiếp cho các nghiên cứu chiết xuất hoạt chất và thử nghiệm dược lý thực nghiệm tiếp theo trên cây Dành dành.

Trích đoạn nội dung tài liệu

ĐẶT VẤN ĐỀ Hội chứng chuyển hóa (HCCH - Metabolic syndrome) đại diện cho một nhóm các biểu hiện bất thường về chuyển hóa, bao gồm béo phì vùng trung tâm, kháng insulin, tăng huyết áp, rối loạn lipid máu và tăng đường huyết, trong đó béo phì vùng trung tâm và kháng insulin được coi là các yếu tố quan trọng nhất cấu thành nên hội chứng [90]. Những rối loạn chuyển hóa này trở thành các yếu tố nguy cơ gây ra bệnh tim mạch, đái tháo đường và các bệnh lý khác như đa nang buồng trứng, gan nhiễm mỡ, ung thư tuyến tiền liệt. Trong đó, bệnh tim mạch và biến chứng của đái tháo đường là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây tử vong trên thế giới [9], [38]. Dành dành (Gardenia jasminoides J.Ellis) là một loại cây bụi thuộc họ Rubiaceae, được trồng lần đầu tiên ở khu vực phía nam Trung Quốc, hiện phân bố rộng rãi ở các nước châu Á [98].

Ở Việt Nam, Dành dành cũng được trồng ở các tỉnh miền núi phía Bắc như Cao Bằng, Lào Cai, Hòa Bình, Điện Biên…[60]. Một số hợp chất trong cây Dành dành đã được chứng minh có tác dụng điều trị các tình trạng liên quan đến rối loạn chuyển hóa, ví dụ như crocin và crocetin ức chế hấp thu carbohydrat và chất béo [62]. Geniposid cải thiện tình trạng kháng insulin và tích lũy triglycerid, cholesterol tại gan, bảo vệ tế bào β tuyến tụy [107]. Từ đó cho thấy cây Dành dành là nguồn nguyên liệu tiềm năng để nghiên cứu các tác dụng trên hội chứng chuyển hóa.

Phương pháp tiếp cận một loại thuốc/một mục tiêu/một bệnh trong phát triển thuốc hiện đang phải đối mặt với nhiều thách thức về tính an toàn, hiệu quả và bền vững. Những tiến bộ trong sinh học hệ thống đã chỉ ra: các bệnh phức tạp theo nhiều cơ chế gây ra không thể điều trị hiệu quả bằng cách can thiệp vào các protein đơn lẻ [14]. Vì vậy, điều quan trọng là giải quyết nhiều mục tiêu có liên quan đến hội chứng, từ đó có thể đạt được hiệu quả cao trong điều trị. Do đó, cần chuyển chiến lược từ tập trung vào một mục tiêu sang cách tiếp cận mới đa mục tiêu [73].

Mô hình dược lý mạng (Network pharmacology) ra đời nhằm mục đích tìm hiểu tác dụng và tương tác của thuốc với nhiều mục tiêu phân tử [42]. Việc nghiên cứu mối liên quan giữa cấu trúc và tác dụng của hợp chất trở nên hiệu quả hơn khi kết hợp dược lý mạng với một số kỹ thuật in silico khác như docking phân tử, dự đoán ADME và các đặc tính giống thuốc. Mặc dù đã có 1 số nghiên cứu tác dụng của các hợp chất trong cây Dành dành trên HCCH nhưng chưa có nghiên cứu nào áp dụng dược lý mạng kết hợp với mô phỏng tương tác phân tử. Vì vậy, đề tài “Nghiên cứu in silico mối liên quan giữa thành phần hóa học 1 và tác dụng trên hội chứng chuyển hóa của Dành dành” được thực hiện với hai mục tiêu sau: 1.

Dự đoán các hợp chất hóa học trong cây Dành dành và các đích tác dụng tiềm năng trên hội chứng chuyển hóa thông qua mô hình dược lý mạng: mạng lưới hợp chất - đích tác dụng, mạng lưới tương tác protein - protein và mô phỏng tương tác phân tử. Dự đoán các quá trình sinh học và con đường liên quan đến đích tác dụng tiềm năng trên hội chứng chuyển hóa của cây Dành dành. Tổng quan về hội chứng chuyển hóa 1.