Tổng quan luận án

Tình trạng bùng phát các bệnh truyền nhiễm và bệnh nan y cùng sự gia tăng nhanh chóng của các chủng vi sinh vật kháng thuốc đang đặt ra thách thức lớn đối với công tác chăm sóc sức khỏe cộng đồng. Thực trạng thiếu hụt thuốc mới tại các quốc gia đang phát triển thúc đẩy nhu cầu tìm kiếm các hợp chất tự nhiên có hoạt tính sinh học từ các nguồn tài nguyên chưa được khai phá triệt để. Trong đó, hệ sinh thái biển nhiệt đới với chiều dài bờ biển hơn 3.200 km của Việt Nam, đặc biệt là hệ sinh thái rạn san hô ven biển miền Trung, sở hữu nguồn tài nguyên sinh vật phong phú. Mặc dù vi sinh vật biển nói chung và vi nấm biển nói riêng được đánh giá là nguồn sinh tổng hợp dồi dào các chất chuyển hóa thứ cấp có cấu trúc mới cùng hoạt tính sinh học đa dạng, các công trình nghiên cứu hệ thống về vi nấm biển tại khu vực miền Trung Việt Nam vẫn còn rất hạn chế. Để giải quyết khoảng trống này, đề tài “Nghiên cứu hóa học và hoạt tính sinh học của một số hợp chất từ vi nấm biển phân lập tại miền Trung Việt Nam” đã được thực hiện.

Mục tiêu nghiên cứu tổng quát của luận án là thu nhận các hợp chất chuyển hóa thứ cấp từ vi nấm biển phân lập ở vùng biển miền Trung và xác định một số hoạt tính sinh học (kháng sinh, gây độc tế bào ung thư, chống oxy hóa, bảo vệ tế bào thần kinh) của các hợp chất sạch thu được.

Nội dung nghiên cứu của luận án được chia thành 4 nhiệm vụ cụ thể:

  1. Phân lập, đánh giá hoạt tính kháng sinh và tuyển chọn các chủng vi nấm biển cho nghiên cứu tiếp theo.
  2. Xác định điều kiện lên men rắn thích hợp cho sinh tổng hợp chất kháng sinh thô của chủng vi nấm biển tuyển chọn.
  3. Phân tách, tinh sạch và xác định cấu trúc của các hợp chất chuyển hóa thứ cấp từ cặn chiết lên men chủng vi nấm tuyển chọn.
  4. Xác định hoạt tính sinh học của các hợp chất chuyển hóa thứ cấp tinh sạch được thu nhận trong nghiên cứu.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

  • Đối tượng nghiên cứu: Các chủng vi nấm biển phân lập từ mẫu sinh vật (hải miên, san hô mềm, rong biển) và trầm tích biển tại miền Trung Việt Nam; các hợp chất chuyển hóa thứ cấp tinh sạch thu nhận từ các chủng tuyển chọn.
  • Phạm vi không gian: Ba vùng biển thuộc miền Trung Việt Nam gồm Ninh Thuận (11°70'B; 109°21'Đ, độ sâu 10–20 m), Nha Trang (12°18'B; 109°31'Đ, độ sâu 5–10 m) và Đà Nẵng (16°11'B; 108°31'Đ, độ sâu 8–15 m).
  • Phạm vi thời gian: Mẫu nghiên cứu được thu nhận vào tháng 06/2013 (Ninh Thuận), tháng 02/2016 (Nha Trang) và tháng 08/2016 (Đà Nẵng).
  • Phạm vi chuyên môn: Nghiên cứu tập trung vào phân lập vi sinh vật biển, kỹ thuật lên men rắn (SSF) trên môi trường gạo, phân tách và tinh chế hóa học các hợp chất chuyển hóa thứ cấp, xác định cấu trúc hóa học bằng các phương pháp phổ học hiện đại (NMR, MS/HR-MS) và đánh giá hoạt tính sinh học in vitro.

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Tổng quan tài liệu quốc tế ghi nhận lịch sử nghiên cứu các chất chuyển hóa thứ cấp từ vi nấm biển bắt đầu từ thập niên 1950 khi nhóm nghiên cứu của Abraham phân lập thành công kháng sinh cephalosporin C nhóm β-lactam từ loài Cephalosporium spp. tại vùng biển Sardinia (Ý). Đến cuối thập niên 1970, hợp chất diketopiperazine gliotoxin được tìm thấy từ chủng Aspergillus sp. MO-10 ở vùng biển Seto từ trầm tích biển sâu. Giai đoạn từ năm 2000 đến 2005 có khoảng 100 hợp chất từ vi nấm biển được mô tả; con số này tăng lên 690 hợp chất trong giai đoạn 2006–2010. Các hợp chất mới chủ yếu bắt nguồn từ các chi Penicillium, Aspergillus và một số chi ít phổ biến hơn như Acremonium, Emericella, Epicoccum, Exophiala, Paraphaeosphaeria, Phomopsis và Halorosellinia. Khoảng 38% đến 59% các hợp chất chiết xuất từ vi nấm biển thể hiện hoạt tính kháng sinh; trong đó 50% thuộc nhóm polypeptide, 14–20% thuộc nhóm alkaloid, terpene và peptide.

Nhóm hợp chất Tên hợp chất tiêu biểu Chủng vi nấm nguồn gốc Hoạt tính sinh học ghi nhận
Indol-alkaloid β-aflatrem
Cristatumin A và D
Neoechinulin A
Stachyin B
Aspergillus flavus OUCMDZ-2205
Eurotium cristatum EN-220
Aspergillus sp. PSU-SP2/4
Stachybotrys sp. MF347
Kháng S. aureus (MIC 20,5 µM)
Kháng E. aureus (MIC 64 μg/mL)
Kháng S. aureus kháng methicillin (MRSA, MIC 2,0 μg/mL)
Kháng S. epidermidis (IC50 1,42 và 1,02 μM)
Pyridine & Pyridinone Trichodin A
5,6-dihydro-3-hydroxy-5-methylcyclopenta pyridin-7-one
Curvulamine
Trichoderma sp. MF106
Wallemia sebi PXP-89
Curvularia sp. IFB-Z10
Kháng S. epidermidis và C. albicans (IC50 ~24–27 μM)
Kháng E. aerogenes (MIC 76,7 µM)
Kháng V. parvula, Streptococcus sp., B. vulgatus, Peptostreptococcus sp. (MIC 0,37 μM)
Piperazine / Diketopiperazine Terremides B
Dẫn xuất aroyl uridine kipukasin H, I
Waikialoid A và B
Aspergillus terreus PT06-2
Aspergillus versicolor ATCC 9577
Aspergillus sp.
Kháng E. aerogenes (MIC 33,5 μM)
Kháng S. epidermidis (MIC 12,5 μM)
Kháng C. albicans (IC50 1,4 và 46,3 μM)
Chứa nitơ khác 4-methoxyl-asperphenamate
Isaridin G, desmethylisaridin G, C1
Terremide A
Flavuside A và B
Aspergillus elegans ZJ-2008010
Beauveria felina EN-135
Aspergillus terreus PT06-2
Aspergillus flavus
Kháng S. epidermidis (MIC 10 μM)
Kháng E. coli (MIC 8–64 μg/mL)
Kháng S. aureus (MIC 63,9 μM)
Kháng S. aureus và MRSA (MIC 15,6 và 31,2 μg/mL)
Steroid & Terpenoid Steroid
Aspergiterpenoid A, sydonol, axit sydonic
Chevalone E
Penicillatide A và B
A. niger PT05-1
Aspergillus sp. ZJ-2008004
Aspergillus similanensis KUFA 0013
Penicillium sp.
Kháng khuẩn (MIC 1,6–3,3 μM)
Kháng E. coli và M. tetragenus (MIC 10–20 μM)
Kháng S. aureus kháng methicillin (MRSA)
Kháng S. aureus, V. anguillarum, C. albicans
Polyketide Engyodontiumone H
Anhydrit tubingenoic A
Communol A
Isomonodictyphenone
Engyodontium album DFFSCS021
A. tubingensis OY907
Penicillium commune 518
Penicillium sp. MA-37
Kháng B. subtilis (MIC 32–64 µg/mL)
Kháng Neurospora crassa (MIC 330 μM)
Kháng E. aerogenes (MIC 4,1 và 16,4 μM)
Kháng Aeromonas hydrophilia (MIC 8 μg/mL)

Các nghiên cứu về hoạt tính gây độc tế bào ung thư ghi nhận hợp chất anthraquinone SZ-685C từ Halorosellinia sp. 1403 kháng dòng tế bào ung thư vòm họng CNE2, CNE2R và ức chế các dòng ung thư vú kháng adriamycin, tuyến tiền liệt, thần kinh đệm, ung thư gan (Wang và cs., 2013); hợp chất verrucarin A từ Myrothecium roridum; trichodermamide B từ Trichoderma virens CNL910 gây độc tế bào ung thư đại tràng (Garo và cs., 2003); cephalimysin A từ A. fumigatus OPUST106B-5 gây độc tế bào ung thư bạch cầu P-388 và HL-60 (Zhou và cs., 2013); các dẫn xuất leptosin M, M1, N từ Leptosphaeria sp. OUPS-N80; và plinabulin (NPI 2358) từ Aspergillus sp. CNC-139 đang thử nghiệm lâm sàng giai đoạn 3. Về hoạt tính chống oxy hóa, các công trình của Samanthi và cs. (2015) trên P. citrinum US/PA/06, variecolortin A từ Eurotium sp. SCSIO F452, arthone C từ Arthrinium sp. UJNMF0008, và wentiquinone C cùng các hợp chất phenolic từ A. wentii EN-48 đã chứng minh khả năng bắt gốc tự do DPPH và ABTS. Về bảo vệ thần kinh, neoechinulin A bảo vệ tế bào PC12 trước độc tính mô hình bệnh Parkinson; axit secalonic A từ A. ochraceus bảo vệ tế bào SH-SY5Y chống lại độc tính MPP+; xyloketal B từ Xylaria sp. 2508 thể hiện khả năng bảo vệ tế bào thần kinh thông qua tính chất chống oxy hóa (Zhao và cs., 2009).

Tại Việt Nam, các nghiên cứu bước đầu được thực hiện bởi Lê Mai Hương và cộng sự (khảo sát 38 chủng vi nấm biển, 23 chủng thể hiện hoạt tính kháng sinh, dịch chiết P. citrinum BB8 ức chế B. subtilis và S. cerevisiae với MIC 200–400 µg/mL); Cao Ngọc Điệp (khảo sát 33 chủng từ hải miên Hà Tiên - Kiên Giang, 28 chủng có hoạt tính kháng sinh); Nguyễn Tấn Bình (2018) phân lập P. citrinum ND7a từ hải miên Hà Tiên và xác định 16 hợp chất kháng khuẩn qua GC-MS; Trần Hồng Quang và cộng sự (2018) phân lập các hợp chất modiolide D–G và dẫn xuất kháng viêm từ Paraconiothyrium sp.; chương trình hợp tác giữa Viện Nghiên cứu và Ứng dụng công nghệ Nha Trang với Viện Hóa sinh Hữu cơ Thái Bình Dương (Nga) phân lập 4-hydroxy-3,6-dimethyl-2-pyrone, 4-methoxyisoquinolin-1(2H)-one, N,N-diethyl-3-methylbenzamide, 3-methylorsellinic acid và 8-methoxy-3,5-dimethylisochroman-6-ol từ chủng Penicillium sp. KMM 4672 ở vịnh Vân Phong. Luận án này lựa chọn giải quyết khoảng trống về việc nghiên cứu có hệ thống từ khâu phân lập diện rộng, định danh hình thái - phân tử, tối ưu hóa lên men rắn, đến tinh sạch và xác định cấu trúc các hợp chất mới từ vi nấm biển miền Trung Việt Nam.


Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Cơ sở lý thuyết

  • Khái niệm và sinh lý vi nấm biển: Định nghĩa hiện đại xác định vi nấm biển là vi sinh vật nhân chuẩn, thành tế bào chitin, được thu nhận lặp lại từ môi trường biển dựa trên khả năng sinh trưởng/sinh bào tử, quan hệ cộng sinh/hoại sinh hoặc có sự thích ứng di truyền và trao đổi chất ở điều kiện biển (áp suất, nồng độ muối NaCl, nguồn dinh dưỡng).
  • Quá trình sinh tổng hợp chất chuyển hóa thứ cấp: Các hợp chất kháng sinh và hoạt chất sinh học thường được sinh tổng hợp vào giữa và cuối pha cân bằng của quá trình nuôi cấy, chịu sự chi phối chặt chẽ của các yếu tố môi trường (thời gian, độ mặn, pH, nhiệt độ, nguồn carbon và nitơ).
  • Phương pháp lên men rắn (Solid State Fermentation - SSF): Nuôi cấy vi sinh vật trên cơ chất rắn ẩm (môi trường gạo RYE) giúp sợi nấm bám vào chất nền, tạo nồng độ sản phẩm cao, tiêu hao năng lượng thấp, thích hợp cho đặc tính sinh lý sợi của vi nấm.

Vật liệu nghiên cứu

  • Mẫu thực địa: 111 mẫu gồm 29 mẫu hải miên, 28 mẫu san hô mềm, 33 mẫu rong biển và 21 mẫu trầm tích thu tại Ninh Thuận, Nha Trang và Đà Nẵng.
  • Vi sinh vật kiểm định: Bacillus cereus ATCC 11778, Escherichia coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus ATCC 25923, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Streptococcus faecalis ATCC 19433, Listeria monocytogenes ATCC 19111 và Candida albicans ATCC 10231 (do Viện Nghiên cứu và Ứng dụng công nghệ Nha Trang cung cấp).
  • Các dòng tế bào ung thư người: HCT-15 (ung thư đại tràng), NUGC-3 (ung thư dạ dày), NCI-H23 (ung thư phổi), ACHN (ung thư thận), PC-3 (ung thư tuyến tiền liệt), MDA-MB-231 (ung thư vú) do Viện Khoa học và Công nghệ Hải dương Hàn Quốc (KIOST) cung cấp.
  • Dòng tế bào thần kinh: Neuro2a (ATCC CCL-131) do Viện Hóa sinh Hữu cơ Thái Bình Dương (Nga) cung cấp.
  • Hóa chất và thiết bị: Môi trường Sabouraud, môi trường RYE (20 g gạo, 20 mg dịch chiết nấm men, 10 mg KH2PO4, 40 mL nước biển); thuốc thử DPPH, ABTS, MTT, Sulforhodamine B (SRB), 6-OHDA; máy đo NMR Varian Unity 500 MHz, Bruker DPX-500 và DRX-700; máy khối phổ SYNAPT G2 và Maxis; máy HPLC PrimeLine và Shimadzu LC-20; máy đọc ELISA Biotek.

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm

  • Phân lập và bảo quản: Mẫu sinh vật được đồng nhất với nước biển vô trùng, cấy trang trên môi trường thạch Sabouraud (bổ sung penicillin 1,5 g/L và streptomycin 1,5 g/L) ở 28°C. Chủng thuần được giữ ngắn hạn trên thạch nghiêng ở 4°C và giữ lâu dài trong canh Sabouraud bổ sung 40% glycerol ở -80°C.
  • Đánh giá hoạt tính kháng sinh và sàng lọc cặn chiết: Đánh giá hoạt tính kháng vi sinh vật kiểm định bằng phương pháp khuếch tán đĩa giấy (đường kính 6 mm, nồng độ cặn chiết ~100 μg/đĩa). Phân tích cặn chiết trên sắc ký bản mỏng (TLC Silica gel 60 F254, hệ dung môi toluen : isopropanol 6:1 v/v, hiện màu bằng H2SO4 10%) và đo phổ 1H-NMR để nhận diện tín hiệu proton vòng thơm vùng trường thấp (5–8 ppm).
  • Phân loại vi nấm:
    • Hình thái: Quan sát đại thể (hình dạng khuẩn lạc, bề mặt, độ dày, màu sắc, giọt tiết, sắc tố) và vi thể (sợi nấm, cấu trúc bào tử conidia, cuống sinh bào tử) theo các khóa phân loại của Raper & Thom (1949), Samson và cs. (2011), Crous & Groenewald (2015), Stolk & Samson (1972).
    • Phân tử: Tách chiết DNA bằng kit Nucleospin DNA; nhân bản vùng gen ITS bằng cặp mồi ITS1 (5’-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3’) / ITS4 (5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’) và đoạn 28S rDNA bằng cặp mồi NL209 (5’-AAGCGCAGGAAAAGAAACCAACAC-3’) / NL912 (5’-TCAAATCCATCCGAGAACATCAG-3’). Chu trình nhiệt PCR: 95°C (4 phút); 30 chu kỳ (95°C 1 phút, 55°C 1 phút, 72°C 2 phút); 72°C (10 phút). So sánh trình tự gen trên ngân hàng gen NCBI bằng công cụ BLAST.
  • Khảo sát điều kiện lên men rắn: Đánh giá ảnh hưởng của thời gian nuôi cấy (8–26 ngày, bước nhảy 2 ngày), độ mặn nước biển (5–45 g/L) và pH ban đầu (pH 4, 5, 6, 7, 8, 9) đến khả năng sinh tổng hợp chất kháng sinh thô của các chủng tuyển chọn.
  • Phân tách và tinh sạch hợp chất:
    • Chủng A. flocculosus 01NT.3 (A.5): Lên men tĩnh trên môi trường RYE (45 bình 500 mL) trong 20 ngày; chiết ethyl acetate thu 17 g cặn thô; phân bố lỏng-lỏng giữa MeOH 85% và n-hexane thu 10 g cặn MeOH; sắc ký cột C18 ODS (hệ MeOH:H2O từ 20% đến 100%) kết hợp HPLC.
    • Chủng Aspergillus sp.3: Lên men trong 40 bình RYE trong 22 ngày; ngâm chiết ethyl acetate thu 20 g cặn thô; phân đoạn với n-hexane, ethyl acetate và n-butanol; nạp 14 g cặn ethyl acetate lên cột silica gel rửa giải bằng n-hexane : ethyl acetate tăng độ phân cực, kết hợp HPLC.
    • Chủng P. chrysogenum 045-357-2: Lên men trong 40 bình RYE trong 14 ngày; chiết ethyl acetate thu 12,5 g cặn thô; phân bố lỏng-lỏng thu 8,9 g cặn MeOH; sắc ký cột C18 ODS (MeOH:H2O từ 10% đến 100%) và tinh sạch bằng HPLC.
  • Xác định cấu trúc hóa học: Phân tích phổ 1D-NMR (1H, 13C), 2D-NMR (HSQC, HMBC, COSY) và phổ khối lượng phân giải cao HR-ESI-MS; tra cứu dữ liệu hóa học trên SciFinder (CAS).
  • Thử nghiệm hoạt tính sinh học:
    • Kháng sinh: Xác định nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) trên đĩa 96 giếng (dải nồng độ 256 đến 0,125 µg/mL) theo tiêu chuẩn CLSI (2016); đo OD ở 600 nm.
    • Gây độc tế bào ung thư: Phương pháp nhuộm Sulforhodamine B (SRB) trên 6 dòng tế bào ở nồng độ thử nghiệm 30 µg/mL; đo OD ở 510 nm; tính % sống sót (CS%) và % ức chế.
    • Chống oxy hóa: Đánh giá khả năng bắt gốc tự do DPPH (đo OD ở 517 nm, tính EC50) và ABTS (đo OD ở 734 nm) ở các nồng độ 12,5–200 µg/mL.
    • Bảo vệ tế bào thần kinh: Nuôi cấy dòng Neuro2a trong môi trường DMEM; xác định khả năng sống bằng thử nghiệm MTT; gây tổn thương bằng 6-hydroxydopamine (6-OHDA) 50 µM và đánh giá mức độ bảo vệ tế bào của các hợp chất ở nồng độ 1 và 10 µM.
  • Xử lý số liệu: Thí nghiệm lặp lại 3 lần, biểu thị dưới dạng Mean ± SD bằng Microsoft Excel 2010.

Nội dung chính theo từng chương

Mở đầu và tổng quan tài liệu về vi nấm biển

Nội dung chương trình bày tính cấp thiết, mục tiêu và các nhiệm vụ nghiên cứu của đề tài. Phần tổng quan hệ thống hóa các công trình nghiên cứu về đa dạng sinh học vi nấm biển trên thế giới và tại Việt Nam. Phân tích chi tiết các nhóm chất chuyển hóa thứ cấp chính có hoạt tính sinh học (kháng khuẩn, kháng nấm, gây độc tế bào ung thư, chống oxy hóa, bảo vệ thần kinh, kháng viêm, ức chế enzyme α-glucosidase). Đồng thời, chương này tổng kết cơ chế tác động của các yếu tố môi trường (thời gian lên men, độ mặn NaCl, pH ban đầu, nhiệt độ nuôi cấy, nguồn carbon và nitơ) trong phương pháp lên men rắn (SSF) và lên men chìm (SmF) đến khả năng sinh tổng hợp các hoạt chất tự nhiên.

Vật liệu và phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả chi tiết địa điểm thu mẫu, số lượng mẫu sinh vật biển và trầm tích tại 3 tỉnh Ninh Thuận, Nha Trang và Đà Nẵng. Trình bày đầy đủ nguồn gốc các chủng vi sinh vật kiểm định, các dòng tế bào ung thư người và dòng tế bào thần kinh chuột Neuro2a. Mô tả chi tiết quy trình thực nghiệm: từ phân lập thuần khiết, sàng lọc hoạt tính kháng sinh, sàng lọc hóa học bằng TLC và 1H-NMR, định danh vi nấm bằng khóa hình thái kết hợp phân tích phân tử trình tự vùng ITS và 28S rDNA; quy trình khảo sát điều kiện lên men rắn trên môi trường RYE; quy trình chiết tách phân đoạn và sắc ký tinh sạch (Silica gel, ODS C18, HPLC) đối với 3 chủng vi nấm tuyển chọn; phương pháp xác định cấu trúc bằng phổ NMR và MS; cùng các quy trình đánh giá hoạt tính sinh học in vitro chuẩn hóa (MIC, SRB, DPPH, ABTS, MTT bảo vệ thần kinh).

Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Chương 3 trình bày các kết quả thực nghiệm thu được từ quá trình phân lập, sàng lọc, lên men, tách chiết và thử nghiệm hoạt tính sinh học:

  • Kết quả phân lập vi nấm biển: Từ 111 mẫu thu nhận tại miền Trung, đã phân lập và làm thuần được 273 chủng vi nấm biển.
    • Ninh Thuận: Phân lập được 100 chủng từ 32 mẫu (gồm 4 mẫu hải miên, 11 mẫu san hô mềm, 9 mẫu rong biển, 8 mẫu trầm tích).
    • Nha Trang: Phân lập được 100 chủng từ 37 mẫu (gồm 17 mẫu hải miên, 3 mẫu san hô mềm, 8 mẫu rong biển, 9 mẫu trầm tích).
    • Đà Nẵng: Phân lập được 73 chủng từ 42 mẫu (gồm 8 mẫu hải miên, 14 mẫu san hô mềm, 16 mẫu rong biển, 4 mẫu trầm tích).
Nguồn mẫu phân lập Ninh Thuận (n=32 mẫu) Nha Trang (n=37 mẫu) Đà Nẵng (n=42 mẫu) Tổng số chủng Tỷ lệ (%)
Hải miên 4 44 28 76 27,8%
San hô mềm 25 3 31 59 21,6%
Rong biển 25 28 31 84 30,7%
Trầm tích biển 46* (tổng) 25 4 54 19,8%
Tổng số chủng 100 100 73 273 100%

(Ghi chú: Số lượng phân lập từ rong biển đạt tỷ lệ cao nhất 30,7% với 84 chủng; hải miên chiếm 27,8% với 76 chủng, trong đó riêng mẫu hải miên Nha Trang cung cấp 44 chủng).

  • Đặc điểm hình thái khuẩn lạc: Trong số 273 chủng vi nấm biển, dạng khuẩn lạc tròn chiếm ưu thế với 86,1% (n=235), dạng khuẩn lạc vô định hình chiếm 13,9% (n=38). Tỷ lệ khuẩn lạc tròn phân bố tại Đà Nẵng là 94,5% (69/73 chủng), Ninh Thuận là 85,0% (85/100 chủng), và Nha Trang là 81,0% (81/100 chủng). Riêng các mẫu nấm từ rong biển Nha Trang có tỷ lệ khuẩn lạc vô định hình đạt 32,1% (9/28 chủng).

  • Tuyển chọn chủng vi nấm và tối ưu hóa lên men: Qua sàng lọc hoạt tính kháng sinh ban đầu, 8 chủng vi nấm có hoạt tính cao được tuyển chọn. Phân tích TLC và 1H-NMR vùng trường thấp (5–8 ppm) kết hợp định danh đã chọn ra 3 chủng vi nấm giàu tiềm năng chuyển hóa:

    1. Aspergillus flocculosus 01NT.3 (A.5)
    2. Aspergillus sp.3
    3. Penicillium chrysogenum 045-357-2 Các khảo sát điều kiện lên men rắn RYE đã xác định được thời gian nuôi cấy tối ưu (14–22 ngày tùy chủng), độ mặn nước biển và pH môi trường thích hợp cho quá trình sinh tổng hợp hoạt chất kháng sinh thô.
  • Phân tách và xác định cấu trúc 14 hợp chất: Từ 3 chủng vi nấm tuyển chọn, luận án đã phân tách và tinh sạch thành công 14 hợp chất chuyển hóa thứ cấp:

    • Từ chủng Aspergillus flocculosus 01NT.3: Thu nhận 8 hợp chất gồm phomaligol A2 (1), wasabidienone E (2), aspertetranone D (3), mactanamide (4), cycloechinulin (5), asteltoxin (6), ochraceopone F (7), asterriquinone C1 (8).
    • Từ chủng Aspergillus sp.3: Thu nhận 4 hợp chất gồm dihydroaspyrone (9), aspilactonol F (10), 6β,7α,14-trihydroxyconfertifolin (11), 6β,9α,14-trihydroxycinnamolide (12).
    • Từ chủng Penicillium chrysogenum 045-357-2: Thu nhận 2 hợp chất gồm andrastin A (13) và citreohybridonol (14).
    • Trong số 14 hợp chất trên, có 4 hợp chất mới được xác định cấu trúc lần đầu tiên gồm: phomaligol A2 (1), ochraceopone F (7), 6β,7α,14-trihydroxyconfertifolin (11), và 6β,9α,14-trihydroxycinnamolide (12).
  • Đánh giá hoạt tính sinh học của các hợp chất tinh sạch:

    • Hoạt tính kháng vi sinh vật kiểm định: Xác định giá trị MIC trên các chủng vi khuẩn Gram (+), Gram (-) và nấm men C. albicans.
    • Hoạt tính gây độc tế bào ung thư: Đánh giá khả năng ức chế trên 6 dòng tế bào ung thư người (HCT-15, NUGC-3, NCI-H23, ACHN, PC-3, MDA-MB-231) bằng phương pháp SRB.
    • Hoạt tính chống oxy hóa: Xác định giá trị EC50 trên thử nghiệm dập tắt gốc tự do DPPH và ABTS.
    • Hoạt tính bảo vệ tế bào thần kinh: Đánh giá tỷ lệ sống của dòng tế bào thần kinh Neuro2a chịu tổn thương bởi chất độc thần kinh 6-OHDA ở các nồng độ 1 và 10 µM qua phép thử MTT.

Kết quả và những đóng góp mới

  1. Đóng góp mới về mặt khoa học:

    • Luận án là công trình nghiên cứu hệ thống về phân lập, định danh và đánh giá hoạt tính kháng sinh của tập hợp 273 chủng vi nấm phân lập từ các nguồn mẫu hải miên, san hô mềm, rong biển và trầm tích tại vùng biển miền Trung Việt Nam (Ninh Thuận, Nha Trang, Đà Nẵng).
    • Tinh sạch và xác định cấu trúc hóa học của 14 hợp chất chuyển hóa thứ cấp từ 3 chủng vi nấm biển tuyển chọn (Aspergillus flocculosus 01NT.3, Aspergillus sp.3 và Penicillium chrysogenum 045-357-2).
    • Phát hiện và xác định cấu trúc hóa học của 4 hợp chất mới đối với khoa học:
      • Phomaligol A2 (1)
      • Ochraceopone F (7)
      • 6β,7α,14-trihydroxyconfertifolin (11)
      • 6β,9α,14-trihydroxycinnamolide (12)
    • Cung cấp bộ dữ liệu thực nghiệm toàn diện về hoạt tính sinh học in vitro (kháng sinh, gây độc tế bào ung thư người, chống oxy hóa, bảo vệ tế bào thần kinh trước độc tính của 6-OHDA) của 14 hợp chất tinh sạch thu được.
  2. Đóng góp mới về mặt thực tiễn và công nghệ:

    • Xây dựng quy trình sàng lọc kết hợp hiệu quả giữa thử nghiệm sinh học (kháng khuẩn) và phân tích hóa học (TLC, 1H-NMR vùng trường thấp) nhằm rút ngắn thời gian và nâng cao độ chính xác trong tuyển chọn chủng vi nấm sinh chất chuyển hóa có giá trị.
    • Xác lập các thông số điều kiện lên men rắn thích hợp (thời gian, độ mặn nước biển, pH ban đầu) trên môi trường cơ chất gạo (RYE) cho các chủng vi nấm biển tuyển chọn, tạo tiền đề công nghệ cho việc thu nhận hoạt chất sinh học ở quy mô lớn hơn.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

  • Hạn chế:

    • Phạm vi thu thập mẫu thực địa tập trung tại 3 vùng biển ven bờ miền Trung (Ninh Thuận, Nha Trang, Đà Nẵng), chưa mở rộng ra các vùng biển sâu hoặc các đảo xa bờ.
    • Quá trình lên men rắn khảo sát tối ưu hóa các yếu tố (thời gian, độ mặn, pH) được thực hiện ở quy mô phòng thí nghiệm (bình tam giác 500 mL).
    • Các thử nghiệm hoạt tính sinh học mới dừng lại ở mức độ sàng lọc in vitro trên các chủng vi sinh vật kiểm định và dòng tế bào nuôi cấy, chưa tiến hành thử nghiệm in vivo hoặc đánh giá sâu về cơ chế phân tử chi tiết của từng hợp chất mới.
  • Hướng nghiên cứu tiếp:

    • Mở rộng khảo sát đa dạng sinh học và sàng lọc vi nấm biển ở các vùng sinh thái đặc thù khác của Việt Nam (vùng biển sâu, vùng biển quần đảo).
    • Nghiên cứu sâu hơn về cơ chế tác động dược lý phân tử của 4 hợp chất mới (phomaligol A2, ochraceopone F, 6β,7α,14-trihydroxyconfertifolin, 6β,9α,14-trihydroxycinnamolide) trên các đích phân tử liên quan đến ung thư và bảo vệ tế bào thần kinh.
    • Thử nghiệm mở rộng quy mô lên men (bioreactor lên men rắn) và tối ưu hóa bổ sung các nguồn tiền chất, nhằm nâng cao hiệu suất thu hồi các chất chuyển hóa thứ cấp có hoạt tính cao phục vụ nghiên cứu phát triển dược phẩm.

Giá trị tham khảo

  • Đối tượng thụ hưởng:

    • Nghiên cứu sinh, học viên cao học và sinh viên các chuyên ngành Hóa học các hợp chất thiên nhiên, Hóa dược, Công nghệ sinh học, Vi sinh vật học và Dược học.
    • Các cán bộ nghiên cứu tại các viện nghiên cứu, trường đại học hoạt động trong lĩnh vực khai thác tài nguyên sinh vật biển và tìm kiếm hoạt chất y dược tự nhiên.
    • Các doanh nghiệp và đơn vị phát triển sản phẩm định hướng nghiên cứu ứng dụng các hợp chất thiên nhiên từ biển.
  • Nội dung giá trị phục vụ tham khảo:

    • Quy trình phân lập, bảo quản tập đoàn vi sinh vật biển và phương pháp sàng lọc kết hợp hóa học - sinh học (đĩa giấy kháng khuẩn kết hợp sắc ký lớp mỏng TLC và phổ 1H-NMR vùng trường thấp).
    • Phương pháp phân loại hình thái vi nấm và kỹ thuật sinh học phân tử dựa trên giải trình tự gen vùng ITS và 28S rDNA.
    • Quy trình chiết xuất phân đoạn và kỹ thuật sắc ký cột kết hợp HPLC pha đảo/pha thuận để phân tách các hợp chất có độ phân cực gần nhau từ dịch lên men rắn.
    • Phương pháp luận phân tích phổ cấu trúc (NMR 1D, 2D và HR-ESI-MS) đối với các hợp chất tự nhiên có cấu trúc phức tạp.
    • Quy trình thử nghiệm chuẩn hóa hoạt tính sinh học in vitro: nồng độ ức chế tối thiểu MIC (CLSI), phương pháp nhuộm protein tế bào SRB, phương pháp bắt gốc tự do DPPH/ABTS và mô hình bảo vệ tế bào thần kinh Neuro2a bằng MTT.

Câu hỏi thường gặp

1. Luận án đã khảo sát bao nhiêu mẫu thực địa và phân lập được bao nhiêu chủng vi nấm biển?
Luận án đã thu thập tổng cộng 111 mẫu thực địa (gồm 29 mẫu hải miên, 28 mẫu san hô mềm, 33 mẫu rong biển và 21 mẫu trầm tích biển) tại 3 vùng biển Ninh Thuận, Nha Trang và Đà Nẵng. Từ các mẫu này, tác giả đã phân lập và làm thuần khiết được 273 chủng vi nấm biển trên môi trường Sabouraud ở 28°C.

2. Ba chủng vi nấm biển nào được lựa chọn để nghiên cứu chuyên sâu về hợp chất chuyển hóa thứ cấp?
Dựa trên kết quả sàng lọc hoạt tính kháng sinh, phân tích TLC và phổ 1H-NMR cặn chiết thô, 3 chủng vi nấm được chọn để nghiên cứu lên men và phân tách hóa học là: Aspergillus flocculosus 01NT.3, Aspergillus sp.3 và Penicillium chrysogenum 045-357-2.

3. Bốn hợp chất mới được phát hiện trong luận án có tên là gì và thu nhận từ chủng vi nấm nào?
Bốn hợp chất mới gồm:

  • Hợp chất phomaligol A2 (1) và ochraceopone F (7) thu nhận từ chủng vi nấm Aspergillus flocculosus 01NT.3.
  • Hợp chất 6β,7α,14-trihydroxyconfertifolin (11) và 6β,9α,14-trihydroxycinnamolide (12) thu nhận từ chủng vi nấm Aspergillus sp.3.

4. Phương pháp sàng lọc hóa học nào được sử dụng để định hướng tuyển chọn chủng vi nấm sinh hợp chất có cấu trúc vòng thơm?
Tác giả đã sử dụng phương pháp sắc ký lớp mỏng (TLC Silica gel 60 F254 với hệ dung môi toluen : isopropanol tỷ lệ 6:1 v/v, hiện màu bằng H2SO4 10%) kết hợp đo phổ cộng hưởng từ hạt nhân 1H-NMR để nhận diện các tín hiệu dịch chuyển hóa học của proton vòng thơm trong vùng trường thấp từ 5 đến 8 ppm.

5. Luận án đã đánh giá những hoạt tính sinh học nào trên 14 hợp chất sạch thu được?
Các hợp chất tinh sạch được đánh giá qua 4 mô hình thử nghiệm hoạt tính sinh học in vitro gồm:

  • Hoạt tính kháng sinh (xác định giá trị MIC trên các vi sinh vật kiểm định theo chuẩn CLSI 2016).
  • Hoạt tính gây độc tế bào ung thư (trên 6 dòng tế bào ung thư người: HCT-15, NUGC-3, NCI-H23, ACHN, PC-3, MDA-MB-231 bằng phương pháp SRB).
  • Hoạt tính chống oxy hóa (thử nghiệm bắt gốc tự do DPPH và ABTS).
  • Hoạt tính bảo vệ tế bào thần kinh (trên dòng tế bào thần kinh Neuro2a bị gây tổn thương bởi chất độc 6-OHDA bằng phương pháp MTT).

Kết luận

Luận án đã thực hiện nghiên cứu toàn diện từ khâu điều tra phân lập 273 chủng vi nấm biển tại miền Trung Việt Nam, sàng lọc hoạt tính sinh học và hóa học, đến định danh phân tử và tối ưu hóa điều kiện lên men rắn trên môi trường gạo. Từ 3 chủng vi nấm biển tuyển chọn thuộc hai chi Aspergillus và Penicillium, công trình đã phân tách và xác định cấu trúc 14 hợp chất chuyển hóa thứ cấp, trong đó có 4 hợp chất mới đối với khoa học. Kết quả đánh giá hoạt tính kháng sinh, gây độc tế bào ung thư, chống oxy hóa và bảo vệ tế bào thần kinh của các hợp chất tinh sạch đã cung cấp cơ sở khoa học quan trọng cho việc khai thác nguồn dược liệu tự nhiên từ biển Việt Nam. Công trình đóng góp tài liệu có giá trị cho lĩnh vực hóa học các hợp chất thiên nhiên và công nghệ sinh học vi sinh vật biển.