Nghiên cứu tính kháng carbapenem ở Acinetobacter baumannii gây nhiễm khuẩn tại Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai

• Tác giả: Nguyễn Sĩ Tuấn
• Người hướng dẫn: PGS. Nguyễn Thúy Hương
• Trường học: Trường Đại học Bách Khoa - ĐHQG-HCM
• Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học
• Đề tài: Nghiên Cứu Tính Kháng Carbapenem Của Acinetobacter Baumannii Tại Bệnh Viện Đa Khoa Thống Nhất Đồng Nai
• Loại tài liệu: luận án
• Năm xuất bản: 2019
• Địa điểm: TP. Hồ Chí Minh

• 1. CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU
• 1.1. Acinetobacter baumannii
• 1.2. Các điểm đặc trưng của giống Acinetobacter
• 1.3. Sinh bệnh học và sự đề kháng kháng sinh
• 1.3.1. Các yếu tố độc lực của Acinetobacter baumannii
• 1.3.2. Nhóm kháng sinh carbapenem
• 1.3.2.1. Sự đề kháng
• 1.3.2.2. Carbapenemase Ambler lớp A
• 1.3.2.3. Carbapenemase Ambler lớp B — Metallo-beta-lactamase
• 1.3.2.4. Beta-lactamase lớp D thủy phân carbapenem — Oxacillinase
• 1.3.3. Các trình tự chèn (IS) ở Acinetobacter
• 1.3.4. Sự đề kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii
• 1.3.5. Tình hình đề kháng carbapenem trên thế giới
• 1.3.6. Nghiên cứu về Acinetobacter baumannii kháng thuốc tại Việt Nam
• 1.3.7. Cơ chế tác động của kháng sinh trong các phối hợp
• 1.3.8. Giải trình tự hệ gene thế hệ tiếp theo (NGS)
• 2. CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP
• 2.1. Địa điểm và thời gian thực hiện
• 2.2. Chủng vi khuẩn
• 2.3. Sơ đồ nghiên cứu của luận án
• 2.4. Các phương pháp nghiên cứu
• 2.4.1. Các phương pháp vi sinh lâm sàng
• 2.4.2. Phương pháp cấy đàm
• 2.4.3. Phương pháp định danh và kháng sinh đồ tự động
• 2.4.4. Phương pháp hiệp đồng bàn cờ
• 2.4.5. Các phương pháp sinh học phân tử
• 2.4.5.1. Phương pháp tách chiết DNA
• 2.4.5.2. Phương pháp PCR đa mồi
• 2.4.5.3. Phương pháp realtime — PCR
• 2.4.5.4. Phương pháp cải tiến của phương pháp Sanger
• 2.4.5.5. Phương pháp Illumina sequencing
• 2.4.5.6. Phương pháp điện di trên gel agarose
• 2.4.6. Các phương pháp Tin — Sinh học
• 2.4.7. Phương pháp thống kê
• 3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN
• 3.1. Kết quả và bàn luận
• 3.1.1. Đặc điểm kháng kháng sinh, tỷ lệ các gen liên quan đến kháng carbapenem và tác dụng diệt khuẩn in-vitro của các phối hợp kháng sinh lên Acinetobacter baumannii
• 3.1.2. Đặc điểm chung của nhóm bệnh nhân tham gia nghiên cứu
• 3.1.3. Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của Acinetobacter baumannii
• 3.1.4. MIC của các kháng sinh đối với Acinetobacter baumannii đề kháng carbapenem
• 3.1.5. Tác dụng diệt khuẩn in-vitro của các phối hợp kháng sinh lên Acinetobacter baumannii
• 3.1.6. Tác dụng của colistin, rifampicin ở nồng độ thấp hơn MIC chuyển Acinetobacter baumannii từ không nhạy meropenem thành nhạy
• 3.1.7. So sánh tác dụng hiệp đồng và cộng lực của 3 tổ hợp kháng sinh đối với Acinetobacter baumannii
• 3.1.8. Tỷ lệ gen blanpm.1, ISAbal và các gen mã hóa oxacillinase thường gặp có liên quan đến tính kháng carbapenem ở Acinetobacter baumannii đa đề kháng
• 3.1.9. Đặc điểm hệ gen, các yếu tố độc lực và gen đề kháng kháng sinh in-silico ở các chủng Acinetobacter baumannii đặc trưng bằng phương pháp Tin — Sinh học
• 3.1.9.1. Đặc điểm chung của chủng Acinetobacter baumannii đặc trưng
• 3.1.9.2. Phân tích phát sinh loài toàn bộ hệ gen của các chủng Acinetobacter baumannii đặc trưng
• 3.1.9.3. Phân tích các gen liên quan đến độc lực và kháng kháng sinh in-silico ở các chủng Acinetobacter baumannii đặc trưng
• 3.1.9.4. Xác định các vùng tiên thể thực khuẩn (prophage) ở Acinetobacter baumannii
• 3.1.9.5. Khai thác kết quả liên quan đến kháng kháng sinh in-silico

I. Giới thiệu

Nghiên cứu về Acinetobacter baumannii tại Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai tập trung vào tính kháng carbapenem của vi khuẩn này. Acinetobacter baumannii là một trong những tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện phổ biến, đặc biệt là trong các trường hợp nhiễm khuẩn nặng. Tính kháng carbapenem của vi khuẩn này đã trở thành một vấn đề nghiêm trọng trong điều trị, do khả năng kháng thuốc ngày càng gia tăng. Nghiên cứu này nhằm mục đích xác định tỷ lệ kháng thuốc và các yếu tố liên quan đến tính kháng của Acinetobacter baumannii tại bệnh viện, từ đó đưa ra các biện pháp điều trị hiệu quả hơn.

1.1. Tình hình kháng thuốc

Tình hình kháng thuốc của Acinetobacter baumannii tại Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai cho thấy tỷ lệ kháng carbapenem rất cao. Các nghiên cứu trước đây đã chỉ ra rằng vi khuẩn này có khả năng kháng nhiều loại kháng sinh, bao gồm cả nhóm beta-lactam và fluoroquinolone. Việc xác định tỷ lệ kháng thuốc là rất quan trọng để có thể đưa ra các phương pháp điều trị phù hợp. Theo kết quả nghiên cứu, tỷ lệ kháng carbapenem lên đến 100% đối với một số chủng vi khuẩn, cho thấy sự cần thiết phải có các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn và sử dụng kháng sinh hợp lý.

II. Phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu được thực hiện tại Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai, sử dụng các phương pháp vi sinh lâm sàng để xác định tính kháng của Acinetobacter baumannii. Các mẫu vi khuẩn được thu thập từ bệnh nhân nhiễm khuẩn và được phân lập, định danh bằng các phương pháp tiêu chuẩn. Phương pháp kháng sinh đồ tự động được áp dụng để xác định độ nhạy cảm của vi khuẩn với các loại kháng sinh khác nhau, bao gồm cả carbapenem. Kết quả được phân tích để xác định các gen liên quan đến tính kháng, từ đó đưa ra các khuyến nghị về điều trị.

2.1. Địa điểm và thời gian thực hiện

Nghiên cứu được thực hiện tại Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai trong khoảng thời gian từ tháng 1 đến tháng 12 năm 2018. Đây là một bệnh viện lớn, tiếp nhận nhiều bệnh nhân từ các khu vực lân cận, tạo điều kiện thuận lợi cho việc thu thập mẫu và phân tích. Việc lựa chọn địa điểm này giúp đảm bảo tính đại diện của mẫu nghiên cứu và cung cấp thông tin hữu ích cho việc quản lý và điều trị nhiễm khuẩn tại bệnh viện.

III. Kết quả và bàn luận

Kết quả nghiên cứu cho thấy Acinetobacter baumannii có tỷ lệ kháng carbapenem cao, với nhiều chủng vi khuẩn mang các gen kháng thuốc. Các gen như blaOXA-23 và ISAba1 được phát hiện với tỷ lệ cao, cho thấy sự lây lan của các yếu tố kháng thuốc trong cộng đồng. Việc phân tích các gen này không chỉ giúp hiểu rõ hơn về cơ chế kháng thuốc mà còn cung cấp thông tin quan trọng cho việc phát triển các phương pháp điều trị mới. Tác dụng hiệp đồng của các phối hợp kháng sinh như meropenem/colistin và meropenem/rifampicin cũng được ghi nhận, cho thấy tiềm năng trong việc cải thiện hiệu quả điều trị nhiễm khuẩn do Acinetobacter baumannii.

3.1. Tác dụng của các phối hợp kháng sinh

Nghiên cứu đã chỉ ra rằng các phối hợp kháng sinh như meropenem/colistin có tác dụng hiệp đồng cao, với tỷ lệ thành công trong điều trị nhiễm khuẩn do Acinetobacter baumannii kháng carbapenem. Việc sử dụng các phối hợp này có thể giúp giảm thiểu tỷ lệ tử vong và cải thiện kết quả điều trị cho bệnh nhân. Tuy nhiên, cần có thêm các nghiên cứu lâm sàng để xác định hiệu quả và an toàn của các phối hợp này trong thực tế.