Nhân dòng và thiết kế vector biểu hiện xylanase tái tổ hợp trong Pichia pastoris GS115

Khóa luận tốt nghiệp dược sĩ trình bày thiết kế vector biểu hiện xylanase tái tổ hợp trong Pichia pastoris GS115, mang lại ứng dụng tiềm năng trong y học.

Chuyên ngành

Dược học

Người đăng

Ẩn danh

Thể loại

Khóa luận tốt nghiệp dược sĩ

2022

57
2
0

Phí lưu trữ

30 Point

Mục lục chi tiết

LỜI CẢM ƠN

1. CHƯƠNG 1: Nguồn gốc và đặc tính

1.1. Xylanase từ Aspergillus

1.2. Gen mã hóa xylanase từ chủng Aspergillus niger

1.3. Vector biểu hiện và chủng biểu hiện P.

1.3.1. Chủng biểu hiện P.

1.3.2. Vector biểu hiện

1.4. Tình hình nghiên cứu biểu hiện xylanase

1.4.1. Trên thế giới

1.5. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

1.5.1. Nguyên vật liệu và thiết bị

1.5.2. Các dung dịch và đệm

1.5.3. Môi trường

1.5.4. Máy móc và thiết bị thí nghiệm

1.5.5. Nội dung nghiên cứu

1.5.6. Phương pháp nghiên cứu

1.5.6.1. Phương pháp nuôi cấy
1.5.6.2. Phương pháp khuếch đại gen từ khuôn ADN tổng số
1.5.6.3. Phương pháp nối ghép gen ngoại lai
1.5.6.4. Phương pháp biến nạp ADN plasmid vào tế bào E.
1.5.6.5. Phương pháp tách chiết ADN plasmid từ tế bào E.
1.5.6.6. Điện di ADN trên gel agarose
1.5.6.7. Xử lý ADN plasmid bằng enzym cắt giới hạn
1.5.6.8. Tinh sạch ADN từ gel agarose
1.5.6.9. Biến nạp ADN plasmid vào tế bào nấm men bằng phương pháp xung điện
1.5.6.10. Tách chiết ADN tổng số nấm men
1.5.6.11. Xác định hoạt tính xylanase
1.5.6.11.1. Định tính xylanase
1.5.6.11.2. Định lượng xylanase
1.5.6.12. Điện di protein trên gel polyacrylamid (SDS-PAGE)
1.5.6.13. Xử lý số liệu

1.6. THỰC NGHIỆM, KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN

1.6.1. Nhân dòng và thiết kế vector biểu hiện gen mã hóa xylanase D từ A.

1.6.2. Nhân dòng gen mã hóa xylanase D

1.6.3. Thiết kế vector biểu hiện pPICZαA/xlnD (pPXlnD)

1.6.4. pastoris GS115 mang gen xln D

1.6.5. Biểu hiện rXlnD tái tổ hợp trong P.

1.6.6. Nghiên cứu thời gian biểu hiện

1.6.7. Nghiên cứu nồng độ methanol cảm ứng

1.6.8. Kết quả nhân dòng và thiết kế vector biểu hiện gen mã hóa xylanase D từ A.

1.6.9. Kết quả biểu hiện rXlnD tái tổ hợp

1.7. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT

DANH MỤC CÁC BẢNG

DANH MỤC CÁC HÌNH

Tóm tắt

I. Tổng quan về nghiên cứu thiết kế vector biểu hiện xylanase tái tổ hợp

Nghiên cứu về xylanase tái tổ hợp trong Pichia pastoris GS115 đang thu hút sự chú ý của nhiều nhà khoa học. Xylanase là enzym quan trọng trong quá trình thủy phân xylan, một polysaccharid phong phú trong thành tế bào thực vật. Việc thiết kế vector biểu hiện cho phép sản xuất xylanase với hoạt tính cao, đáp ứng nhu cầu trong nhiều ngành công nghiệp như thực phẩm, dược phẩm và xử lý chất thải. Nghiên cứu này không chỉ giúp cải thiện hiệu suất sản xuất enzym mà còn mở ra hướng đi mới cho công nghệ sinh học.

1.1. Định nghĩa và vai trò của xylanase trong công nghiệp

Xylanase là enzym xúc tác quá trình thủy phân liên kết β-1,4 của xylan, giúp chuyển đổi polysaccharid thành xylooligosaccharid và xylose. Các sản phẩm này có ứng dụng rộng rãi trong ngành công nghiệp thực phẩm, thức ăn chăn nuôi, và sản xuất nhiên liệu sinh học. Theo báo cáo của Grand View Research, quy mô thị trường enzym toàn cầu dự kiến sẽ mở rộng với tốc độ tăng trưởng hàng năm 6,5% từ năm 2021 đến 2028.

1.2. Tình hình nghiên cứu xylanase trên thế giới

Trên thế giới, nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng xylanase từ các nguồn khác nhau như nấm, vi khuẩn và nấm men có hoạt tính khác nhau. Các nghiên cứu gần đây tập trung vào việc cải thiện tính ổn định và hoạt tính của xylanase thông qua công nghệ tái tổ hợp. Việc sử dụng Pichia pastoris làm hệ thống biểu hiện đã cho thấy nhiều ưu điểm, bao gồm khả năng sản xuất enzym với số lượng lớn và hoạt tính cao.

II. Thách thức trong việc sản xuất xylanase tái tổ hợp

Mặc dù có nhiều tiềm năng, việc sản xuất xylanase tái tổ hợp vẫn gặp phải nhiều thách thức. Độ nhạy của enzym đối với nhiệt độ và pH là một trong những vấn đề lớn nhất. Các enzym tự nhiên thường không ổn định trong điều kiện công nghiệp, dẫn đến hiệu suất thấp. Do đó, việc phát triển các enzym bền nhiệt và ổn định trong môi trường kiềm hoặc acid là rất cần thiết. Nghiên cứu này nhằm tìm ra giải pháp cho những thách thức này.

2.1. Độ nhạy của enzym đối với nhiệt độ và pH

Các enzym xylanase tự nhiên thường có hoạt tính cao ở nhiệt độ và pH nhất định. Tuy nhiên, trong môi trường công nghiệp, điều kiện này thường không được đảm bảo. Việc phát triển các enzym bền nhiệt và ổn định trong môi trường kiềm hoặc acid sẽ giúp cải thiện hiệu suất sản xuất và mở rộng ứng dụng của xylanase.

2.2. Khó khăn trong việc duy trì điều kiện nuôi cấy

Việc duy trì điều kiện nuôi cấy tối ưu cho vi sinh vật sản xuất xylanase là một thách thức lớn. Các thông số như nhiệt độ, pH, và nồng độ dinh dưỡng cần được kiểm soát chặt chẽ để đảm bảo sản xuất enzym hiệu quả. Nghiên cứu này sẽ đề xuất các phương pháp cải tiến để tối ưu hóa điều kiện nuôi cấy.

III. Phương pháp nghiên cứu thiết kế vector biểu hiện xylanase

Nghiên cứu này sử dụng phương pháp nhân dòng gen và thiết kế vector biểu hiện để sản xuất xylanase tái tổ hợp. Các bước chính bao gồm khuếch đại gen mã hóa xylanase từ Aspergillus niger, thiết kế vector biểu hiện pPICZαA/xlnD, và biến nạp ADN plasmid vào tế bào Pichia pastoris. Phương pháp này cho phép sản xuất enzym với hoạt tính cao và ổn định.

3.1. Khuếch đại gen mã hóa xylanase

Gen mã hóa xylanase được khuếch đại từ ADN tổng số của Aspergillus niger bằng phương pháp PCR. Các cặp mồi đặc hiệu được thiết kế để đảm bảo tính chính xác trong quá trình khuếch đại. Kết quả khuếch đại sẽ được kiểm tra bằng điện di trên gel agarose.

3.2. Thiết kế vector biểu hiện pPICZαA xlnD

Vector biểu hiện pPICZαA/xlnD được thiết kế để tối ưu hóa việc sản xuất xylanase trong Pichia pastoris. Vector này chứa các yếu tố điều khiển cần thiết cho việc biểu hiện gen, bao gồm promoter AOX1 và tín hiệu xuất khẩu. Việc thiết kế vector này là bước quan trọng để đảm bảo hoạt tính enzym cao trong điều kiện nuôi cấy.

IV. Kết quả nghiên cứu và ứng dụng thực tiễn của xylanase

Kết quả nghiên cứu cho thấy xylanase tái tổ hợp được sản xuất từ Pichia pastoris GS115 có hoạt tính cao và ổn định. Các thí nghiệm đã chỉ ra rằng enzym này có thể được ứng dụng trong nhiều lĩnh vực, từ công nghiệp thực phẩm đến dược phẩm. Việc sử dụng xylanase trong sản xuất thực phẩm chức năng đang ngày càng được quan tâm.

4.1. Kết quả biểu hiện xylanase trong Pichia pastoris

Xylanase tái tổ hợp được biểu hiện thành công trong Pichia pastoris với hoạt tính cao. Các thí nghiệm điện di SDS-PAGE cho thấy sự hiện diện của protein xylanase với kích thước mong đợi. Kết quả này mở ra cơ hội cho việc sản xuất enzym quy mô lớn.

4.2. Ứng dụng xylanase trong công nghiệp thực phẩm

Xylanase có thể được ứng dụng trong ngành công nghiệp thực phẩm để cải thiện giá trị dinh dưỡng của thực phẩm. Enzym này giúp phân giải các polysaccharid phức tạp, tạo ra các sản phẩm dễ tiêu hóa hơn. Nghiên cứu này sẽ cung cấp cơ sở cho việc phát triển các sản phẩm thực phẩm chức năng mới.

V. Kết luận và triển vọng tương lai của nghiên cứu

Nghiên cứu về xylanase tái tổ hợp trong Pichia pastoris GS115 đã mở ra nhiều cơ hội mới cho công nghệ sinh học. Việc thiết kế vector biểu hiện và sản xuất enzym với hoạt tính cao sẽ giúp đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng trong các ngành công nghiệp. Tương lai của nghiên cứu này hứa hẹn sẽ mang lại nhiều giá trị cho xã hội.

5.1. Tóm tắt kết quả nghiên cứu

Kết quả nghiên cứu cho thấy xylanase tái tổ hợp có hoạt tính cao và ổn định, mở ra cơ hội cho việc ứng dụng trong nhiều lĩnh vực. Việc sản xuất enzym này có thể giúp cải thiện hiệu suất trong các ngành công nghiệp sử dụng xylanase.

5.2. Triển vọng nghiên cứu trong tương lai

Nghiên cứu sẽ tiếp tục tập trung vào việc cải tiến các phương pháp sản xuất xylanase và mở rộng ứng dụng của enzym này trong các lĩnh vực khác nhau. Việc phát triển các enzym bền nhiệt và ổn định sẽ là một trong những mục tiêu chính trong tương lai.

14/08/2025
Nhân dòng thiết kế vector biểu hiện xylanase tái tổ hợp trong pichia pastoris gs115 khóa luận tốt nghiệp dược sĩ

Trích đoạn nội dung tài liệu

CHƯƠNG 1. Định nghĩa Xylanase là glycosidase (O-glycosid hydrolase, EC 3.x) xúc tác quá trình thủy phân các liên kết 1,4-β-D-xylosidic trong xylan. Các enzym này giúp phân giải polysaccharid xylan mạch thẳng thành xylose, một nguồn carbon chính cho quá trình trao đổi chất của tế bào vi sinh vật. Xylanase được báo cáo lần đầu tiên vào năm 1955 [38], ban đầu chúng được gọi là pentosanase, và được Liên minh Hóa sinh và Sinh học phân tử Quốc tế (IUBMB) công nhận vào năm 1961 khi được gán mã enzym EC 3.

Tên chính thức của chúng là endo-1,4-β-xylanase, nhưng các thuật ngữ đồng nghĩa thường được sử dụng bao gồm xylanase, endoxylanase, 1,4-β-D-xylan-xylanohydrolase, endo-1,4-β-D-xylanase, β- 1,4-xylanase và β-xylanase. Phân loại Hệ thống phân loại các xylanase được giới thiệu năm 1989 [34] phân loại dựa trên sự so sánh cấu trúc sơ cấp của các vùng xúc tác và các nhóm enzym trong các họ có trình tự liên quan. Phân loại ban đầu đã nhóm các cellulase và xylanase thành 6 họ (A-F) [34], và được cập nhật thành 77 họ vào năm 1999 (1-77) [35] và tiếp tục phát triển khi các trình tự glycosidase mới được xác định. Hiện tại, có 172 họ glycosid hydrolase tồn tại được chú thích trong cơ sở dữ liệu CAZy [45].

Về cơ bản, xylanase được chia vào hai họ GH10 và GH11 dựa trên trình tự gen, xylanase cũng được tìm thấy trong các họ glycosid hydrolase khác, chẳng hạn như GH 5, 7, 8 và 43 [43]. Nguồn gốc và đặc tính Xylanase được tạo ra bởi nấm, vi khuẩn, nấm men, tảo biển, động vật nguyên sinh, ốc sên, động vật giáp xác, côn trùng,… [59]. Những xylanase này có đặc tính hóa lý, cấu trúc, khả năng hoạt động, sản lượng và tính đặc hiệu không giống nhau, do đó làm tăng hiệu quả và mức độ thủy phân xylan, cũng như sự đa dạng và phức tạp của các xylanase. Sự đa dạng này có thể là kết quả của sự dư thừa di truyền, một số trường hợp do sự khác biệt xử lý sau dịch mã.

Xylanase được tạo ra bởi vi khuẩn và xạ khuẩn (Bacillus sp.) hoạt động hiệu quả trong phạm vi pH rộng hơn từ 5-9, với nhiệt độ tối ưu cho hoạt động xylanase từ 35ºC đến 60ºC [52]. Các nghiên cứu về Bacillus spp. cho thấy hoạt tính xylanase cao hơn ở pH kiềm và nhiệt độ cao [48]. Nấm (Aspergillus spp.) là những nhà sản xuất xylanase quan trọng do giải phóng xylanase ngoại bào với sản lượng enzym cao.

Ngoài ra, xylanase của nấm có hoạt tính cao hơn so với vi khuẩn hoặc nấm men. Tuy nhiên, xylanase có nguồn gốc từ nấm có một số đặc điểm khiến chúng không khả dụng cho 3 một số ứng dụng công nghiệp [48]. Hầu hết các xylanase này hoạt động hiệu quả ở nhiệt độ 40-60ºC và phạm vi pH từ 4-7 [13] [28]. Xylanase có thể được sản xuất công nhiệp bằng quá trình lên men rắn (SSF) hoặc lên men chìm (SmF), năng suất sinh enzym trong SSF cao hơn nhiều so với trong SmF [78].

Tuy nhiên, SSF hiện chỉ được sử dụng ở một mức độ nhỏ để sản xuất enzym và chất chuyển hóa thứ cấp do một số vấn đề về kỹ thuật quy trình. Ứng dụng Xylanase có nhiều ứng dụng công nghiệp từ công nghiệp giấy và bột giấy đến công nghiệp thực phẩm và thức ăn chăn nuôi. Ứng dụng chính của xylanase là biến đổi sinh học sinh khối lignocellulose hoặc chất thải nông nghiệp thành các sản phẩm lên men [59]. Xylanase đã được ứng dụng hiệu quả trong tẩy trắng sinh học và quá trình phân hủy sinh học của ngành công nghiệp giấy và bột giấy.

Xylanase giúp giảm hàm lượng lignin và tăng độ sáng của bột giấy [40]. Xylanase ổn nhiệt hỗ trợ quá trình đường hóa sinh khối lignocellulose thực hiện ở nhiệt độ và áp suất cao trước khi sản xuất cồn sinh học. Do đó, xylanase cũng đóng góp một vai trò quan trọng trong ngành nhiên liệu sinh học [60]. Các loại thức ăn chăn nuôi phổ biến như ngũ cốc, lúa mạch, và thức ăn có đậu nành rất giàu sinh khối lignocellulose.

Xử lý bằng xylanase đối với thức ăn chăn nuôi sẽ tạo điều kiện giải phóng các chất dinh dưỡng trong các đại phân tử, do đó các enzym tiêu hóa có thể tiếp cận tốt hơn với cơ chất của chúng, giúp cải thiện giá trị dinh dưỡng của thức ăn chăn nuôi [65]. Ứng dụng xylanase trong lĩnh vực y dược trong những năm gần đây đang ngày càng thu hút sự quan tâm của nhiều nhà nghiên cứu trong nước và trên thế giới. Các phương pháp enzym được ưu tiên để sản xuất các oligosaccharid thực phẩm và thuốc. Sản phẩm thủy phân được xúc tác bởi enzym còn tạo ra các sản phẩm có tác dụng sinh học cao.

Việc sử dụng phương pháp enzym hiện nay còn được coi là kinh tế, nhanh chóng và thân thiện với môi trường hơn so với các phương pháp xử lý hóa lý để tạo các sản phẩm thủy phân, quá trình xử lý bằng enzym không tạo ra các hợp chất có hại cũng như không yêu cầu các thiết bị đặc biệt [10] [41]. Quá trình thủy phân xylan được xúc tác bởi xylanase tạo ra xylo-oligosaccharid (XOS). Các oligosaccharid (xylo-oligomers, cello-oligomers) cho thấy một số ứng dụng trong lĩnh vực thực phẩm, mỹ phẩm, dược phẩm và dinh dưỡng. XOS có đặc tính prebiotics và có thể được sản xuất bằng cách thủy phân xylan từ các nguồn khác nhau như lõi ngô, vỏ lúa mạch, vỏ trấu, rơm, lúa mì [53].

XOS ổn định ở nhiệt độ cao và pH có tính acid là nguồn carbon thích hợp giúp tăng cường hệ vi khuẩn có lợi ở đường ruột như Bifidobacteria, giúp tăng cường sức khỏe, cải thiện hệ tiêu hóa [21]. XOS cũng 4 được sử dụng trong một số sản phẩm đồ uống như sữa đậu nành, trà, cà phê và các sản phẩm từ sữa khác [39]. Cấu trúc và tính chất của XOS có thể thay đổi do sự thay đổi về mức độ trùng hợp, các phương pháp được sử dụng để chiết xuất và loại liên kết hiện có. XOS có tiềm năng đáng chú ý là prebiotics mới và cho thấy nhiều lợi ích khác nhau như tăng khả năng hấp thụ calci để tăng hoạt tính sinh học [54], hoạt tính gây độc tế bào trên bệnh bạch cầu [5], cải thiện chức năng ruột [70], giảm thiểu nguy cơ ung thư ruột kết [70], tác dụng cụ thể trên vị trí đối với bệnh đái tháo đường týp II [66], và các đặc tính chống oxy hóa [69].

XOS cũng đã chứng minh khả năng trong việc tổng hợp các hợp chất hoạt động chống lại các hợp chất gây ung thư và virus. Sự thay đổi cấu trúc của oligosaccharid đã cho thấy các đặc tính khác như kháng virus, kháng u, chống đông máu và các đặc tính tái tạo mô/sụn [55]. Nguồn gốc và vai trò của các oligosaccharid khác nhau [10] Oligosaccharids Nguồn cung cấp Chức năng Vỏ trấu Bengal, cám Chất chống oxy hóa, mỹ phẩm, Xylo-oligosaccharid lúa mì và rơm rạ, gỗ chất điều chỉnh, chất kích thích (XOS) cây dương, vỏ lúa tăng trưởng thực vật, prebiotic, mạch,. điều trị đái tháo đường,… Tỏi, cà chua, hành tây, mật ong, lúa mạch đen, lúa mạch, Các đặc tính cariogenic, giá trị Fructo-oligosaccharid chuối diếp xoăn, calo thấp.

thanh long, măng tây,… Phản ứng kích thích sinh trưởng Arabino-oligosaccharid của vi khuẩn trong ruột kết, tạo Củ cải đường (AOS) điều kiện thuận lợi cho việc sử dụng dinh dưỡng của động vật. Các hoạt động chống oxy hóa, tăng cường miễn dịch, bảo vệ các Chitosan-oligosaccharid Sản phẩm khử phân tế bào bình thường khỏi quá trình (COS) tử chitosan apoptosis, chống tăng huyết áp, chống vi khuẩn và chống lại các tế bào ung thư, ung thư vú. Sữa bò và sữa người, Có tác dụng trên sức khỏe đường Galacto-oligosaccharid đường Lactose, hạt ruột, ung thư ruột kết, bệnh viêm đậu nành ruột. 5 Đậu cô ve, cẩm quỳ, đậu Hà Lan, hạt các Phòng trừ dịch bệnh cho động thực Raffinose-oligosaccharid loại đậu, đậu lăng, vật và con người.

đậu, composite và mù tạt Tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển ưu tiên của vi khuẩn Human milk Sữa mẹ bifidobacteria và lactobacilli oligosaccharid (HMO) trong ruột kết của trẻ sơ sinh bú sữa mẹ. Beta-Glucan Chế độ ăn kiêng dựa Tạo hiệu ứng “lactobacillogenic” oligosaccharid trên yến mạch tốt hơn. Thực vật bậc cao, Được sử dụng trong sữa công thức Pectin-derived acidic bao gồm trái cây và cho trẻ sơ sinh, làm giảm tiêu oligosaccharid (pAOS) rau quả, trái cây chảy. Mannan-oligosaccharid Các mảnh thành tế Điều chỉnh hệ vi sinh vật đường (MOS) bào của nấm men ruột của cá tráp biển vàng.

Algae derived marin Kích thích miễn dịch, chất chống oligosaccharid (ADMO) ung thư. Bảo vệ hiệu quả HDO chống lại sự Oligo-diaminogalactose phân cắt RNase A mà không làm (ODAGal) giảm hoạt tính RNase H của gapmer. Cello-oligosaccharid Dược phẩm, công thức thức ăn chăn nuôi và ứng dụng thực phẩm Bản chất không tiêu hóa của Rơm rạ, rơm lúa mì, Manno-oligosaccharid prebiotic, phản ứng kích thích sự lõi ngô, kẹo cao su phát triển của vi khuẩn trong ruột guar kết. Pectic-oligosaccharid Đặc tính chống kết dính.

Xylanase từ Aspergillus 1. Chi Aspergillus Chi Aspergillus bao gồm hơn 340 loài nấm sợi được chính thức chấp nhận là một trong những loài nấm phổ biến và phân bố khắp nơi trên trái đất [58]. Trong tự nhiên, nấm Aspergillus là tác nhân chính phân hủy các chất hữu cơ khác nhau. Nấm Aspergillus cũng gây ra một số bệnh và tạo ra các độc tố khác nhau gây hại cho thực vật.

Một số loài Aspergillus, chẳng hạn như A. flavus, có thể ảnh hưởng nghiêm 6 trọng đến sức khỏe cộng đồng bằng cách gây ra bệnh aspergillosis xâm lấn hoặc aspergillosis phế quản phổi dị ứng [19], [33]. Một số loài bao gồm A. parasiticus có thể làm ô nhiễm thực phẩm và thức ăn có nguồn gốc thực vật với độc tố aflatoxin nấm mốc, là chất gây ung thư mạnh nhất được tìm thấy trong tự nhiên.

Sử dụng thực phẩm hoặc thức ăn nhiễm aflatoxin có thể dẫn đến các tình trạng nghiêm trọng như nhiễm độc aflatoxin, hoại tử gan hoặc ung thư gan [33]. Mặc dù vậy, nhiều loài Aspergillus được sử dụng để sản xuất enzym, lên men thực phẩm, công nghệ sinh học và sản xuất dược phẩm. oryzae được sử dụng rộng rãi để lên men thực phẩm truyền thống ở Đông Á [37], A. niger được sử dụng để sản xuất các enzym khác nhau như amylase [6] và pectinase [44] và acid hữu cơ như acid citric [58].

Kể từ khi xylanase sinh ra từ A. niger lần đầu tiên được tinh sạch và biểu hiện vào năm 1977, A. niger được coi như một nhà sản xuất xylanase xuất sắc. Hiện nay, nhiều gen xylanase mới từ A.

niger mới đã được phân lập, nhân dòng và biểu hiện. Gen mã hóa xylanase từ chủng Aspergillus niger Tính đến nay, đã có 551 gen mã hóa cho protein khác nhau từ A. niger được giải trình tự hoàn toàn và lưu trữ trên kho lưu trữ Uniprot [73].

Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ