Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu
Đại dịch COVID-19 do virus SARS-CoV-2 gây ra đã bùng phát trên quy mô toàn cầu từ cuối năm 2019, tạo ra thách thức y tế nghiêm trọng. Theo số liệu của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) được tác giả trích dẫn tính đến ngày 01/04/2022, toàn cầu đã ghi nhận khoảng 487 triệu ca nhiễm và hơn 6,1 triệu trường hợp tử vong; tại Việt Nam tính đến ngày 05/04/2022 có gần 10 triệu ca nhiễm và hơn 42 nghìn ca tử vong. Mặc dù tỷ lệ bao phủ vaccine tại Việt Nam đạt mức cao (tính đến ngày 22/03/2022 có 82,1% dân số tiêm ít nhất 1 liều và 79,9% tiêm đủ liều cơ bản), nhu cầu phát triển các thuốc điều trị đặc hiệu vẫn rất cấp thiết nhằm giảm thiểu tổn thương đa cơ quan, biến chứng nặng và các di chứng kéo dài sau nhiễm virus.
Phương pháp nghiên cứu thuốc truyền thống thường đòi hỏi thời gian dài và kinh phí lớn. Do đó, việc ứng dụng các công cụ tính toán in silico (sàng lọc ảo dựa trên cấu trúc phân tử) đóng vai trò rút ngắn thời gian, giảm chi phí trong giai đoạn đầu tìm kiếm các hoạt chất tiềm năng từ nguồn dược liệu tự nhiên. Cây Cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.) là dược liệu chứa nhiều nhóm hoạt chất sinh học (saponin triterpenoid, flavonoid, coumarin...) đã được y văn ghi nhận có hoạt tính kháng nhiều chủng virus khác nhau.
Đề tài được xác định với 2 mục tiêu cụ thể:
- Sàng lọc các hợp chất có trong cây Cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.) có tác dụng ức chế các đích phân tử của virus SARS-CoV-2 bao gồm: Men chuyển angiotensin 2 (ACE2), Spike protein, Main protease ($M^{pro}$) và RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp).
- Phân tích các đặc điểm giống thuốc và tính toán các thông số dược động học, độc tính (ADMET) của các hợp chất tiềm năng thu được sau quá trình sàng lọc.
Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:
- Đối tượng: 58 hợp chất hóa học đặc trưng có trong cây Cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.) được thu thập từ cơ sở dữ liệu PubChem, cùng 4 đích phân tử sinh học liên quan trực tiếp đến cơ chế xâm nhập và nhân lên của SARS-CoV-2 (ACE2, Spike protein, $M^{pro}$, RdRp).
- Phạm vi nghiên cứu: Nghiên cứu mô phỏng tin sinh học (in silico), thực hiện tại Trường Đại học Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội, hoàn thành vào năm 2022.
Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu
Cơ sở lý thuyết
Nghiên cứu dựa trên cơ chế bệnh sinh phân tử của virus SARS-CoV-2 và dược lý học tính toán:
- Cơ chế xâm nhập và nhân lên: Virus sử dụng protein gai (Spike protein, gồm hai tiểu đơn vị S1 và S2) liên kết với thụ thể men chuyển angiotensin 2 (ACE2) trên màng tế bào chủ để xâm nhập thông qua cơ chế hòa màng hoặc thực bào. Sau khi giải phóng bộ gen RNA vào tế bào chất, hai polyprotein 1a và 1b được dịch mã và phân cắt bởi các protease (đặc biệt là Main protease / $M^{pro}$) thành 16 protein phi cấu trúc (nsp). Trong đó, RdRp (nsp12) kết hợp với nsp7 và nsp8 tạo thành phức hợp sao chép và phiên mã bộ gen virus.
- Thành phần hóa thực vật Cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.): Gồm nhóm saponin triterpenoid (tiêu biểu là glycyrrhizin, glycyrrhetinic acid), flavonoid (flavanone, chalcone, isoflavane, flavone, isoflavone), coumarin và dihydrostilbene.
- Quy tắc Lipinski (Rule of 5 - Ro5): Khung đánh giá đặc tính giống thuốc cho các phân tử dùng đường uống, gồm: Trọng lượng phân tử ($MW \le 500\text{ Da}$), độ ưa mỡ ($\log P < 5$), số nhóm cho liên kết hydro ($HBD \le 5$), số nhóm nhận liên kết hydro ($HBA \le 10$), và độ khúc xạ phân tử ($MR$ trong khoảng $40 - 130$).
- Mô hình ADMET: Đánh giá các thông số hấp thu (hấp thu qua ruột HIA, tính thấm màng Caco-2), phân bố (thể tích phân bố $VD_{ss}$, tính thấm hàng rào máu não BBB, hệ thần kinh trung ương CNS), chuyển hóa (ức chế enzyme CYP2D6, CYP3A4), thải trừ (độ thanh thải toàn phần, chất nền OCT2) và độc tính (đột biến gen qua thử nghiệm AMES, ức chế kênh tim hERG, độc tính gan, kích ứng da, $LD_{50}$ trên chuột).
Phương pháp nghiên cứu
Nghiên cứu được triển khai theo quy trình tính toán in silico 3 bước:
- Sàng lọc bằng docking phân tử (Molecular Docking):
- Chuẩn bị cấu trúc đích phân tử: Tải dữ liệu cấu trúc tinh thể tia X từ Ngân hàng Dữ liệu Protein (RCSB Protein Data Bank - PDB): ACE2 (mã PDB: 1R4L), Spike protein (mã PDB: 6M0J), Main protease (mã PDB: 7L0D), RdRp (mã PDB: 7BV2). Loại bỏ phân tử nước và phối tử đồng kết tinh bằng Discovery Studio 2020 Client; bổ sung nguyên tử hydro, tính toán điện tích, gán trường lực Kollman và chuyển định dạng pdbqt bằng AutoDock Tools.
- Chuẩn bị phối tử: Tải cấu trúc 3D của 58 hợp chất từ PubChem, tối ưu hóa hình học và năng lượng bằng phần mềm Avogadro theo phương pháp Gradient liên hợp (Conjugate Gradients), chuyển sang định dạng pdbqt.
- Thẩm định quy trình (Re-docking): Thực hiện gắn kết lại phối tử đồng kết tinh vào cấu trúc protein gốc (MLN-4760 vào 1R4L, ML188 vào 7L0D, Remdesivir monophosphat vào 7BV2). Đánh giá độ tin cậy thông qua độ lệch bình phương trung bình gốc ($RMSD < 1.5\text{ \AA}$) tính bằng UCSF Chimera.
- Mô phỏng docking và đánh giá tương tác: Sử dụng AutoDock / AutoDock Vina để tính năng lượng tự do liên kết ($\Delta G$, kcal/mol). Thiết lập hộp lưới tìm kiếm (grid box) tại tâm hoạt động của từng đích phân tử:
- 1R4L: Kích thước $30 \times 30 \times 30\text{ \AA}$, tọa độ $x = 45.65$, khoảng cách ô lưới $0.375\text{ \AA}$.
- 6M0J: Kích thước $40 \times 40 \times 40\text{ \AA}$, tọa độ $x = -37.979$, khoảng cách ô lưới $1.0\text{ \AA}$.
- 7L0D: Kích thước $60 \times 40 \times 60\text{ \AA}$, tọa độ $x = 11.701, y = -17.509, z = 16.43$, khoảng cách ô lưới $0.775\text{ \AA}$.
- 7BV2: Kích thước $25 \times 25 \times 25\text{ \AA}$, tọa độ $x = 91.863$, khoảng cách ô lưới $1.0\text{ \AA}$.
- Sử dụng phần mềm Discovery Studio 2020 Client để phân tích mạng lưới liên kết 2D/3D (liên kết hydro, tương tác kỵ nước, cầu muối, tương tác $\pi$).
- Nghiên cứu đặc tính giống thuốc (Drug-likeness): Đánh giá 58 hợp chất dựa trên các chỉ số hóa lý của quy tắc Lipinski Ro5 thông qua công cụ trực tuyến.
- Dự đoán thông số ADMET: Nhập chuỗi mã cấu trúc SMILES của các phối tử vào nền tảng pkCSM để tính toán định lượng và phân loại 30 chỉ số dược động học và độc tính.
Nội dung chính theo từng chương
Chương 1: Tổng quan
- Tổng quan về bệnh COVID-19 và SARS-CoV-2: Trình bày cấu trúc sinh học phân tử của virus SARS-CoV-2 (bộ gen RNA đơn dương ~29.9 kb, các protein cấu trúc S, E, M, N và các protein phi cấu trúc), cơ chế xâm nhập qua thụ thể ACE2 nhờ sự hỗ trợ của protease TMPRSS2 và Cathepsin L. Tổng hợp các triệu chứng lâm sàng, phương pháp chẩn đoán (nuôi cấy, xét nghiệm kháng nguyên/kháng thể, RT-PCR) và các liệu pháp điều trị được cấp phép (Remdesivir, kháng thể đơn dòng Bamlanivimab/Etesevimab, Casirivimab/Imdevimab, Sotrovimab; các dòng vaccine mRNA, vector tái tổ hợp, virus bất hoạt). Trích dẫn Quyết định số 250/QĐ-BYT ngày 28/01/2022 của Bộ Y tế về nguyên tắc phân loại và phác đồ điều trị 5 mức độ bệnh.
- Cấu trúc trung tâm hoạt động của 4 đích phân tử:
- ACE2: Vị trí phối trí kẽm gồm His374, His378, Glu402 và các gốc tương tác chọn lọc Tyr515, Arg273.
- Main protease ($M^{pro}$): Bộ đôi xúc tác His41 và Cys145 nằm tại khe giữa miền I và miền II, cùng các túi liên kết S1’-S1-S2-S4.
- RdRp (nsp12): Chứa 7 motif bảo tồn (A-G), motif C mang bộ ba acid amin xúc tác SDD (gốc 759-761) phối trí với hai ion $Mg^{2+}$, motif F hỗ trợ cố định nucleotide qua tương tác với Lys545 và Arg555.
- Spike protein: Miền liên kết thụ thể (RBD) trên tiểu đơn vị S1 chịu trách nhiệm gắn kết trực tiếp với ACE2.
- Tổng quan về cây Cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.): Đặc điểm phân loại thực vật họ Đậu (Fabaceae), vùng phân bố, thành phần hóa học chính và các tác dụng dược lý đã được chứng minh (kháng virus, chống oxy hóa, chống viêm, giảm ho long đờm, bảo vệ gan, kháng khuẩn, chống ung thư, điều biến thần kinh).
- Tổng quan về phương pháp in silico: Nguyên lý kết nối phân tử (docking), các thuật toán lấy mẫu, hàm tính điểm năng lượng, quy tắc 5 Lipinski và các mô hình dự đoán ADMET dựa trên đồ thị phân tử (pkCSM).
Chương 2: Nguyên liệu, thiết bị, phương pháp nghiên cứu
- Trình bày chi tiết cấu hình phần cứng (Máy tính Dell Inspiron 3558, hệ điều hành Windows 10) và danh mục các phần mềm chuyên dụng (AutoDock Vina, MGL Tools 1.5.6, UCSF Chimera 1.14, Discovery Studio 2020 Client, Avogadro, máy chủ pkCSM và công cụ Lipinski).
- Mô tả quy trình thực nghiệm số 3 bước rõ ràng: Thiết lập thông số re-dock để chuẩn hóa phương pháp, quy trình chạy docking cho 58 hợp chất trên 4 đích phân tử, tiêu chí lọc các phân tử tuân thủ quy tắc Ro5, và quy trình phân tích ADMET qua pkCSM.
Chương 3: Kết quả
- Kết quả thẩm định quy trình docking (Re-docking):
- Đích ACE2 (1R4L): Phối tử đồng kết tinh MLN-4760 sau re-dock có $RMSD = 0.5\text{ \AA} < 1.5\text{ \AA}$, năng lượng liên kết $\Delta G = -8.9\text{ kcal/mol}$. Phối tử tạo liên kết hydro với Tyr515, Pro346, Arg273 và tạo cầu muối với Zn803, Arg273, Arg514, Arg518.
- Đích Main protease (7L0D): Phối tử ML188 có $RMSD = 1.5\text{ \AA}$, $\Delta G = -7.0\text{ kcal/mol}$, tạo liên kết hydro với Thr111 và liên kết $\pi$ với Asp295, Val303, Arg298.
- Đích RdRp (7BV2): Remdesivir monophosphat có $RMSD = 1.5\text{ \AA}$, $\Delta G = -6.5\text{ kcal/mol}$, hình thành liên kết hydro với Thr687, Ala688, Ala685, Arg569.
- Kết quả sàng lọc docking 58 hợp chất trên 4 đích phân tử: So sánh năng lượng liên kết với các chất đối chứng chuẩn (MLN-4760: $-8.9\text{ kcal/mol}$; Withanoside X trên Spike RBD: $-7.3\text{ kcal/mol}$; ML188: $-7.0\text{ kcal/mol}$; Remdesivir monophosphat: $-6.5\text{ kcal/mol}$). Nhiều hợp chất từ Cam thảo thể hiện ái lực liên kết cao hơn hoặc tương đương chất đối chứng trên cả 4 đích.
- Kết quả đánh giá quy tắc Lipinski: Phân loại các hợp chất thỏa mãn các tiêu chí hóa lý ($MW < 500$, $\log P < 5$, $HBD < 5$, $HBA < 10$, $MR\ 40-130$).
- Kết quả dự đoán ADMET: Sàng lọc và xác định được 11 hợp chất thỏa mãn các chỉ số an toàn độc tính và có thông số dược động học thuận lợi.
Kết quả và đóng góp
Kết quả chính
Nghiên cứu đã sàng lọc thành công thư viện 58 hợp chất từ Cam thảo, từ đó khoanh vùng được nhóm các hợp chất có ái lực liên kết mạnh đồng thời trên cả 4 đích phân tử, đáp ứng tốt quy tắc Lipinski và thể hiện hồ sơ an toàn ADMET cao.
| STT |
Tên hợp chất |
Phân tử khối ($MW$, Da) |
$\log P$ |
Số nhóm HBD |
Số nhóm HBA |
Điểm docking ACE2 (kcal/mol) |
Điểm docking Spike protein (kcal/mol) |
Điểm docking $M^{pro}$ (kcal/mol) |
Điểm docking RdRp (kcal/mol) |
| -- |
Chất chứng dương đối chiếu |
-- |
-- |
-- |
-- |
-8.9 (MLN-4760) |
-7.3 (Withanoside X) |
-7.0 (ML188) |
-6.5 (Remdesivir-MP) |
| 1 |
Shinpterocarpin |
322 |
4.40 |
1 |
4 |
-10.8 |
-8.7 |
-7.5 |
-7.8 |
| 2 |
Wistin |
460 |
1.15 |
4 |
10 |
-9.3 |
-8.1 |
-7.7 |
-7.3 |
| 3 |
Xambioona |
354 |
4.22 |
2 |
5 |
-10.6 |
-8.6 |
-7.7 |
-7.4 |
| 4 |
18β-Glycyrrhetinic acid |
470 |
6.72 |
2 |
4 |
-8.5 |
-8.3 |
-7.9 |
-7.9 |
| 5 |
18α-Glycyrrhetinic acid |
470 |
6.72 |
2 |
4 |
-8.5 |
-8.2 |
-7.8 |
-7.8 |
| 6 |
Glyinflanin B |
390 |
4.88 |
2 |
4 |
-9.2 |
-7.8 |
-7.6 |
-7.2 |
| 7 |
4'-O-Methylglabridin |
338 |
4.41 |
1 |
4 |
-9.8 |
-8.5 |
-7.4 |
-7.3 |
Hồ sơ dược động học và độc tính của 11 hợp chất tiềm năng được tổng hợp qua bảng dữ liệu ADMET:
| Tên hợp chất |
Thấm Caco-2 ($\log\text{Papp}$) |
Hấp thu ruột HIA (%) |
Thể tích phân bố $VD_{ss}$ |
Thấm BBB ($\log BB$) |
Thấm CNS ($\log PS$) |
Độc tính AMES |
Độc tính tim hERG |
Độc tính gan |
Độc tính da |
$LD_{50}$ chuột (mol/kg) |
| 18α-Glycyrrhetinic acid |
0.333 |
> 30% |
-0.198 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.514 |
| 18β-Glycyrrhetinic acid |
0.333 |
> 30% |
-0.198 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.514 |
| Glyinflanin B |
1.467 |
> 30% |
-0.012 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
1.684 |
| Licoagroaurone |
0.812 |
> 30% |
0.125 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.200 |
| Licoagroside B |
-0.330 |
22.0% |
-0.450 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.181 |
| 4'-O-Methylglabridin |
1.542 |
> 30% |
0.210 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.549 |
| Afrormosin 7-O-(6''-malonylglucoside) |
-0.728 |
> 30% |
-0.320 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.605 |
| Dihydro-3,5,3'-trihydroxy-4'-methoxystilbene |
0.054 |
> 30% |
0.085 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.505 |
| Shinpterocarpin |
1.651 |
> 30% |
0.105 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.717 |
| Wistin |
-0.120 |
> 30% |
-0.215 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.695 |
| Xambioona |
1.432 |
> 30% |
0.095 |
<-1 |
<-3 |
Không |
Không |
Không |
Không |
2.930 |
Các phân tích cho thấy 5 hợp chất có tính thấm qua màng Caco-2 rất cao ($\log\text{Papp} > 0.3$) gồm Glyinflanin B, Licoagroaurone, 4'-O-Methylglabridin, Shinpterocarpin và Xambioona. Toàn bộ 11 hợp chất đều không gây độc tính đột biến gen (thử nghiệm AMES âm tính), không ức chế kênh kali tim hERG, không gây độc cho gan và không kích ứng da trên mô hình dự đoán pkCSM.
Giải pháp và đề xuất của tác giả
- Đề xuất lựa chọn các phân tử có kết quả tối ưu nhất (tiêu biểu như Shinpterocarpin, Xambioona, Wistin, 18β-Glycyrrhetinic acid) làm các phối tử hạt nhân để tiếp tục triển khai các thử nghiệm sinh học thực nghiệm.
- Tiến hành các nghiên cứu in vitro (thử nghiệm ức chế enzyme tái tổ hợp, thử nghiệm trung hòa trên dòng tế bào) và in vivo trên mô hình động vật để xác định chính xác nồng độ ức chế 50% ($IC_{50}$) và độc tính thực tế.
Đóng góp khoa học của đề tài
- Khóa luận đã xây dựng hoàn chỉnh cơ sở dữ liệu năng lượng liên kết và tương tác phân tử chi tiết của 58 hợp chất trong Cam thảo với 4 đích sinh học then chốt của virus SARS-CoV-2.
- Chứng minh bằng mô hình tính toán rằng các hợp chất trong Cam thảo không chỉ tác động đơn đích mà có khả năng ức chế đa đích (vừa ngăn chặn virus gắn kết và xâm nhập qua ACE2/Spike protein, vừa ức chế sự nhân lên thông qua $M^{pro}$ và RdRp).
Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp
- Hạn chế: Toàn bộ kết quả của khóa luận được thực hiện dựa trên phương pháp tính toán mô phỏng in silico và các thuật toán dự đoán thống kê của phần mềm. Đề tài chưa có điều kiện kiểm chứng thực nghiệm sinh học (in vitro trên dòng tế bào hoặc in vivo trên động vật thí nghiệm) để xác nhận hoạt tính ức chế và tính an toàn sinh học thực tế của các hợp chất đã chọn lọc.
- Hướng nghiên cứu tiếp: Thực hiện chiết xuất, phân lập tinh khiết các hợp chất tiềm năng (như Shinpterocarpin, Xambioona, 18β-Glycyrrhetinic acid) từ cây Cam thảo hoặc tổng hợp hóa học; tiến hành thử nghiệm hoạt tính kháng virus SARS-CoV-2 trên mô hình thực nghiệm in vitro và in vivo; nghiên cứu tối ưu hóa cấu trúc phân tử để nâng cao hoạt tính và cải thiện sinh khả dụng đường uống.
Giá trị tham khảo
Tài liệu khóa luận có giá trị tham khảo hữu ích cho các đối tượng và định hướng nghiên cứu sau:
- Sinh viên, học viên ngành Dược học, Hóa dược và Công nghệ Sinh học: Nguồn tài liệu tham khảo chi tiết về quy trình thực hiện một nghiên cứu sàng lọc ảo dựa trên cấu trúc (SBVS), từ bước chuẩn bị dữ liệu PDB, tối ưu hóa phối tử, thiết lập tọa độ lưới tìm kiếm (grid box) đến phân tích mạng lưới liên kết phối tử - protein.
- Nhà nghiên cứu về dược liệu và hợp chất thiên nhiên: Cung cấp thông tin tổng quan có hệ thống về thành phần hóa thực vật, tác dụng dược lý của cây Cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.) và bộ dữ liệu docking phân tử chi tiết đối với virus SARS-CoV-2.
- Các phần đáng tham khảo trực tiếp trong văn bản:
- Quy trình thẩm định re-docking và thông số tọa độ grid box cụ thể cho 4 đích phân tử (1R4L, 6M0J, 7L0D, 7BV2).
- Phương pháp kết hợp bộ lọc quy tắc Lipinski Ro5 và mô hình dự đoán ADMET bằng pkCSM để đánh giá toàn diện tính khả thi của hoạt chất giống thuốc.
Câu hỏi thường gặp
1. Bốn đích phân tử sinh học của virus SARS-CoV-2 được lựa chọn trong nghiên cứu là gì và có mã PDB nào?
Bốn đích phân tử được nghiên cứu bao gồm: Thụ thể men chuyển Angiotensin 2 của tế bào chủ (ACE2, mã PDB: 1R4L), Protein gai của virus (Spike protein / S-protein, mã PDB: 6M0J), Protease chính của virus (Main protease / $M^{pro}$, mã PDB: 7L0D) và RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp / nsp12, mã PDB: 7BV2).
2. Tiêu chí nào được tác giả sử dụng để đánh giá tính hợp lý của quy trình docking phân tử?
Quy trình docking được thẩm định thông qua phương pháp re-dock (gắn kết lại phối tử đồng kết tinh vào vị trí hoạt động của protein). Tiêu chí đạt yêu cầu là độ lệch bình phương trung bình gốc giữa phối tử trước và sau khi dock ($RMSD$) phải nhỏ hơn $1.5\text{ \AA}$. Kết quả re-dock của MLN-4760 vào ACE2 đạt $RMSD = 0.5\text{ \AA}$, ML188 vào $M^{pro}$ đạt $RMSD = 1.5\text{ \AA}$, và Remdesivir monophosphat vào RdRp đạt $RMSD = 1.5\text{ \AA}$.
3. Những hợp chất nào trong cây Cam thảo cho kết quả docking và đặc tính ADMET tối ưu nhất?
Nghiên cứu đã xác định được 11 hợp chất tiềm năng không thể hiện độc tính dự đoán (không độc AMES, không ức chế hERG, không độc gan/da), trong đó các hợp chất nổi bật nhất gồm: Shinpterocarpin (điểm docking ACE2: $-10.8\text{ kcal/mol}$, Spike: $-8.7$, $M^{pro}$: $-7.5$, RdRp: $-7.8$), Xambioona (ACE2: $-10.6$, Spike: $-8.6$, $M^{pro}$: $-7.7$, RdRp: $-7.4$), Wistin (ACE2: $-9.3$, Spike: $-8.1$, $M^{pro}$: $-7.7$, RdRp: $-7.3$), cùng 18β-Glycyrrhetinic acid và 18α-Glycyrrhetinic acid.
4. Quy tắc Lipinski (Rule of 5) được áp dụng trong khóa luận gồm những thông số cụ thể nào?
Quy tắc Lipinski gồm 5 thông số đánh giá khả năng hấp thu đường uống: Khối lượng phân tử ($MW < 500\text{ Da}$), hệ số phân bố octanol/nước ($\log P < 5$), số nhóm cho liên kết hydro ($HBD < 5$), số nhóm nhận liên kết hydro ($HBA < 10$), và độ khúc xạ mol ($MR$ trong khoảng $40 - 130$). Hợp chất được coi là có tiềm năng giống thuốc khi thỏa mãn từ 2 tiêu chí trở lên.
Kết luận
Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Đỗ Thu Phương đã ứng dụng thành công phương pháp tính toán in silico để sàng lọc toàn diện 58 hợp chất từ cây Cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.) trên 4 đích phân tử then chốt của virus SARS-CoV-2. Kết quả nghiên cứu đã thẩm định độ tin cậy của quy trình docking qua re-docking ($RMSD \le 1.5\text{ \AA}$) và phân lập được nhóm 11 hợp chất tiềm năng (tiêu biểu như Shinpterocarpin, Xambioona, Wistin, 18β-Glycyrrhetinic acid) có ái lực liên kết cao hơn hoặc tương đương các thuốc đối chứng, đồng thời thỏa mãn các chỉ số an toàn dược động học và độc tính ADMET. Đây là công trình tổng quan và sàng lọc có hệ thống, tạo cơ sở dữ liệu lý thuyết phục vụ định hướng cho các nghiên cứu thực nghiệm sinh học in vitro và in vivo tiếp theo trong phát triển thuốc kháng virus nguồn gốc tự nhiên.
