Luận án tiến sĩ về dịch tễ học phân tử của porcine circovirus type 2 ở lợn tại Việt Nam

• Tác giả: Phạm Hồng Quân
• Người hướng dẫn: PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y
• Đề tài: Nghiên Cứu Sự Lưu Hành Và Đặc Điểm Dịch Tễ Học Phân Tử Của Porcine Circovirus Type 2 (PCV2) Ở Lợn Nuôi Tại Việt Nam
• Loại tài liệu: Luận án
• Năm xuất bản: 2019
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 1.1. Lời cam đoan
• 1.2. Mục lục
• 1.3. Danh mục chữ viết tắt
• 1.4. Danh mục bảng
• 1.5. Danh mục hình
• 1.6. Trích yếu luận án
• 1.7. Tính cấp thiết của đề tài
• 1.8. Mục tiêu nghiên cứu của đề tài
• 1.9. Phạm vi nghiên cứu
• 1.10. Những đóng góp mới của đề tài
• 1.11. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
• 1.11.1. Ý nghĩa khoa học
• 1.11.2. Ý nghĩa thực tiễn
• 1.12. Tổng quan tài liệu
• 1.12.1. Tình hình chăn nuôi lợn tại Việt Nam
• 1.12.2. Giới thiệu về PCV2 và bệnh do PCV2 gây ra ở lợn nuôi
• 1.12.2.1. Giới thiệu về PCV2
• 1.12.2.2. Dịch tễ học của bệnh do PCV2
• 1.12.2.3. Cơ chế sinh bệnh
• 1.12.2.4. Triệu chứng và bệnh tích ở lợn mắc PCV2
• 1.12.2.5. Một số hội chứng ở lợn có liên quan đến sự nhiễm PCV2
• 1.12.2.6. Phòng bệnh
• 1.12.2.7. Hiện tượng đồng nhiễm do PCV2 gây ra
• 1.12.3. Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nước về PCV2
• 1.12.3.1. Tình hình nghiên cứu trên thế giới
• 1.12.3.2. Tình hình nghiên cứu trong nước
• 1.13. Nội dung – Vật liệu - Phương pháp nghiên cứu
• 1.13.1. Địa điểm nghiên cứu
• 1.13.2. Thời gian nghiên cứu
• 1.13.3. Vật liệu nghiên cứu
• 1.13.4. Nội dung nghiên cứu
• 1.13.5. Phương pháp nghiên cứu
• 1.13.5.1. Phương pháp tính toán dung lượng mẫu
• 1.13.5.2. Phương pháp điều tra hồi cứu
• 1.13.5.3. Phương pháp thu thập mẫu
• 1.13.5.4. Phương pháp chiết tách ADN/ARN
• 1.13.5.5. Phương pháp Realtime PCR
• 1.13.5.6. Phương pháp PCR
• 1.13.5.7. Phương pháp giải trình tự và hoàn thiện trình tự gen
• 1.13.5.8. Phương pháp phân tích trình tự gen. Xây dựng cây phát sinh chủng loại
• 1.13.5.9. Phương pháp nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử theo không gian - thời gian
• 1.13.5.10. Phương pháp đo lường tính đa dạng về di truyền
• 1.13.5.11. Phương pháp xử lý số liệu
• 1.14. Kết quả nghiên cứu và thảo luận
• 1.14.1. Sự lưu hành PCV2 ở lợn nuôi tại Việt Nam
• 1.14.1.1. Kết quả nghiên cứu sự lưu hành PCV2 theo địa phương
• 1.14.1.2. Kết quả xác định sự lưu hành PCV2 theo quy mô chăn nuôi
• 1.14.1.3. Kết quả xác định tỷ lệ lưu hành PCV2 ở đàn lợn thuộc các lứa tuổi
• 1.14.2. Kết quả nghiên cứu sự lưu hành của bệnh do PCV2 gây ra
• 1.14.3. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của PCV2
• 1.14.3.1. Kết quả giải trình tự bộ gen của PCV2
• 1.14.3.2. Phân loại genotype PCV2 lưu hành ở Việt Nam
• 1.14.3.3. Tính đa dạng di truyền của PCV2 lưu hành ở Việt Nam
• 1.14.3.4. Sự lưu hành của các genotype PCV2 theo không gian và thời gian
• 1.14.3.5. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2b lưu hành ở Việt Nam
• 1.14.3.6. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2d lưu hành ở Việt Nam
• 1.14.4. Hiện tượng đồng nhiễm PCV2 với một số virus
• 1.14.4.1. Kết quả xác định sự có mặt của một số virus đồng nhiễm
• 1.14.4.2. Kết quả nghiên cứu hiện tượng đồng nhiễm PCV2 với một số virus
• 1.14.4.3. Đặc điểm sinh học phân tử của loài virus mới đồng nhiễm với PCV2
• 2. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
• NHỮNG CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tính cấp thiết của đề tài

Nghiên cứu dịch tễ học phân tử của virus circovirus type 2 (PCV2) ở lợn tại Việt Nam là một vấn đề cấp thiết trong bối cảnh ngành chăn nuôi lợn đang phát triển mạnh mẽ. Theo số liệu từ Cục Chăn nuôi (2017), tổng đàn lợn đạt trên 27,4 triệu con. Tuy nhiên, dịch bệnh, đặc biệt là hội chứng do PCV2 gây ra, đang gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng cho ngành chăn nuôi. Thiệt hại hàng năm do PCV2 ước tính lên tới hàng triệu euro ở các nước phát triển. Tại Việt Nam, sự xuất hiện của hội chứng còi cọc ở lợn con từ năm 2000 đã gây ra nhiều ảnh hưởng tiêu cực. Các nghiên cứu trước đây chủ yếu tập trung vào một số vùng, miền, do đó, việc nghiên cứu sự lưu hành và đặc điểm dịch tễ học của PCV2 trên toàn quốc là cần thiết để có cái nhìn tổng quan và chính xác hơn về tình hình dịch bệnh này.

II. Mục tiêu nghiên cứu

Mục tiêu chính của nghiên cứu là xác định tỷ lệ lưu hành và đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus circovirus type 2 ở lợn nuôi tại Việt Nam. Nghiên cứu sẽ thực hiện việc thu thập mẫu từ 14 tỉnh đại diện cho ba miền Bắc – Trung – Nam, nhằm đảm bảo tính đại diện và độ chính xác của dữ liệu. Đồng thời, nghiên cứu cũng sẽ xác định sự đồng nhiễm của PCV2 với một số ADN/ARN virus khác, từ đó cung cấp thông tin quan trọng cho việc xây dựng các biện pháp phòng chống hiệu quả. Việc tìm hiểu sự lưu hành của virus trong các đàn lợn có quy mô khác nhau và ở các nhóm tuổi khác nhau cũng sẽ được thực hiện để có cái nhìn rõ ràng hơn về tình hình dịch bệnh.

III. Phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu sử dụng phương pháp lấy mẫu ngẫu nhiên đơn giản nhiều giai đoạn kết hợp với các thuật toán thống kê để đảm bảo tính chính xác và đáng tin cậy của kết quả. Các mẫu sẽ được phân tích bằng phương pháp Realtime PCR để xác định sự hiện diện của virus circovirus type 2. Phân tích trình tự gen sẽ được thực hiện bằng phần mềm Bioedit và MEGA để xây dựng cây phát sinh chủng loại, từ đó xác định các genotype lưu hành. Phương pháp Principal Coordinate Analysis (PCoA) sẽ được áp dụng để đánh giá sự đa dạng di truyền của các chủng virus. Việc sử dụng các phần mềm như Quantum GIS và BEAST sẽ giúp mô tả mức độ và sự phân bố của virus theo không gian và thời gian, cung cấp cái nhìn sâu sắc về đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus trong điều kiện thực tế tại Việt Nam.

IV. Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ lưu hành virus circovirus type 2 (PCV2) ở Việt Nam đạt 41,14%, với sự dao động từ 16% đến 88% ở các tỉnh khác nhau. Các đàn lợn có quy mô lớn (>500 con) có tỷ lệ dương tính cao nhất (47,5%), trong khi các đàn nhỏ hơn (100-300 con) có tỷ lệ thấp nhất (27,42%). Đáng chú ý, lợn thịt có tỷ lệ lưu hành cao nhất (45,16%). Nghiên cứu cũng xác định sự đồng nhiễm của PCV2 với các virus khác như PPV, TTV, PRRS, trong đó đồng nhiễm với PPV chiếm tỷ lệ cao nhất (35,42%). Những phát hiện này không chỉ góp phần làm rõ bức tranh dịch tễ học của PCV2 tại Việt Nam mà còn cung cấp cơ sở khoa học quan trọng cho việc nâng cao hiệu quả phòng chống dịch bệnh trong ngành chăn nuôi lợn.

V. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn

Nghiên cứu về dịch tễ học phân tử của virus circovirus type 2 (PCV2) không chỉ có ý nghĩa khoa học mà còn mang lại giá trị thực tiễn cao cho ngành chăn nuôi lợn tại Việt Nam. Những kết quả thu được từ nghiên cứu sẽ giúp các nhà quản lý, nhà khoa học và nông dân có cái nhìn tổng quan về tình hình dịch bệnh, từ đó đưa ra các biện pháp phòng chống hiệu quả. Việc xác định các genotype lưu hành và sự đồng nhiễm với các virus khác sẽ hỗ trợ trong việc phát triển các loại vắc xin phù hợp, nhằm giảm thiểu thiệt hại kinh tế do dịch bệnh gây ra. Hơn nữa, nghiên cứu còn tạo điều kiện cho các nghiên cứu tiếp theo, mở ra hướng đi mới trong việc nghiên cứu dịch tễ học virus ở động vật nuôi tại Việt Nam.