Luận án nghiên cứu dịch tễ học bệnh viêm phế quản truyền nhiễm ở gà tại một số tỉnh phía Bắc

Nghiên cứu dịch tễ học bệnh viêm phế quản truyền nhiễm ở gà tại miền Bắc Việt Nam, phân tích nguyên nhân và biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

• Tác giả: Nguyễn Thị Loan
• Người hướng dẫn: PGS. Lê Văn Phan
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y
• Đề tài: Nghiên Cứu Dịch Tễ Học Bệnh Viêm Phế Quản Truyền Nhiễm Ở Gà Tại Bắc Việt Nam
• Loại tài liệu: luận án tiến sĩ
• Năm xuất bản: 2018
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• MỤC LỤC
• 1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
• 2. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
• 3. PHẠM VI NGHIÊN CỨU
• 3.1. Đối tượng nghiên cứu
• 3.2. Phạm vi nghiên cứu
• 4. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 4.1. Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm ở gà
• 4.1.1. Lịch sử bệnh viêm phế quản truyền nhiễm trên thế giới
• 4.1.2. Tình hình bệnh và những vấn đề nghiên cứu về bệnh Viêm phế quản truyền nhiễm ở Việt Nam
• 4.2. Đặc tính sinh học của IBV
• 4.2.1. Đặc điểm hình thái, cấu trúc và phân loại
• 4.2.2. Sức đề kháng, phương thức truyền lây của IBV
• 4.2.3. Đặc tính nuôi cấy của IBV
• 4.2.4. Đặc điểm phân tử của virus viêm phế quản truyền nhiễm
• 4.2.5. Nghiên cứu dịch tễ học IBV dựa trên genotype
• 4.3. Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm
• 4.3.1. Dịch tễ học
• 4.3.2. Phương thức truyền lây
• 4.3.3. Cơ chế gây bệnh
• 4.3.4. Triệu chứng lâm sàng
• 4.3.5. Vacxin phòng bệnh
• 5. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 5.1. Địa điểm nghiên cứu
• 5.2. Thời gian nghiên cứu
• 5.3. Nội dung nghiên cứu
• 5.3.1. Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR để chẩn đoán phát hiện IBV và nghiên cứu biến đổi bệnh lý IB trên gà
• 5.3.2. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ IB ở gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam
• 5.3.3. Phân lập và xác định một số đặc tính sinh học của các chủng IBV phân lập được
• 5.3.4. Phân tích trình tự gen và xây dựng cây phả hệ
• 5.4. Vật liệu nghiên cứu
• 5.4.1. Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 1
• 5.4.2. Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 2
• 5.4.3. Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 3
• 5.4.4. Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 4
• 5.5. Phương pháp nghiên cứu
• 5.5.1. Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 1
• 5.5.2. Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 2
• 5.5.3. Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 3
• 5.5.4. Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 4
• 6. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 6.1. Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR để chẩn đoán phát hiện IBV và nghiên cứu biến đổi bệnh lý IB
• 6.1.1. Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR trong chẩn đoán phát hiện IBV
• 6.1.2. Kết quả nghiên cứu một số biến đổi bệnh lý IB ở gà
• 6.2. Đặc điểm dịch tễ IB ở gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam
• 6.2.1. Tình hình mắc IB ở gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam
• 6.2.2. Xác định một số yếu tố liên quan đến bệnh IB
• 6.3. Phân lập và xác định một số đặc tính sinh học của các chủng IBV phân lập được
• 6.3.1. Phân lập IBV trên trứng gà sạch có phôi
• 6.3.2. Xác định một số đặc tính sinh học của các chủng IBV phân lập được
• 6.4. Phân tích trình tự gen và xây dựng cây phả hệ
• 6.4.1. Phân tích trình tự gen S1 và xây dựng cây phả hệ
• 6.4.2. Phân tích trình tự gen S của các chủng IBV phân lập được từ thực địa
• 6.4.3. Phân tích đặc điểm của các chủng IBV lưu hành ở miền Bắc Việt Nam
• 7. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
• DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng Quan Nghiên Cứu Dịch Tễ Học IBV ở Gà Bắc Việt Nam

Nghiên cứu tập trung vào dịch tễ học bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IBV) ở gà nuôi tại Bắc Việt Nam. IBV là một bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, lây lan nhanh và gây thiệt hại kinh tế nặng nề. Sự phức tạp của mầm bệnh, với nhiều serotype và khả năng biến đổi, khiến việc kiểm soát bệnh trở nên khó khăn. Các vụ dịch thường là kết quả của sự lây nhiễm với các chủng khác về serotype so với các chủng vaccine. Vì vậy, nghiên cứu này nhằm mục đích điều tra dịch tễ học IB, nghiên cứu và tìm ra những serotype IBV phổ biến lưu hành trong mỗi khu vực, đây là rất quan trọng trong công tác kiểm soát bệnh. Nghiên cứu này cung cấp thông tin về sự lưu hành và phân bố của IBV ở Việt Nam, đặc biệt là ở các tỉnh phía Bắc, nơi tập trung phần lớn đàn gà của cả nước. Bên cạnh đó, nghiên cứu tìm hiểu sâu hơn về các yếu tố nguy cơ liên quan đến dịch IB, đóng góp vào việc nâng cao hiệu quả chăn nuôi.

1.1. Tầm quan trọng của việc nghiên cứu Dịch Tễ Học IBV

Việc nghiên cứu dịch tễ học bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IBV) là vô cùng quan trọng do tính chất lây lan nhanh và gây thiệt hại kinh tế lớn cho ngành chăn nuôi gà. Theo nghiên cứu, IBV gây ra các vấn đề về hô hấp, giảm sản lượng trứng, và tăng tỷ lệ tử vong ở gà. Phân tích sự phân bố và đặc điểm của các chủng IBV giúp phát triển các chiến lược phòng ngừa và kiểm soát bệnh hiệu quả hơn, bao gồm việc sử dụng vaccine phù hợp. Nghiên cứu này cũng làm sáng tỏ các yếu tố nguy cơ, từ đó đưa ra các biện pháp quản lý chăn nuôi tốt hơn, giảm thiểu tác động tiêu cực của IBV.

1.2. Các vấn đề còn tồn đọng trong nghiên cứu về IBV tại Việt Nam

Mặc dù có nhiều nghiên cứu về IBV trên thế giới, nhưng thông tin về đặc điểm dịch tễ học và các serotype IBV lưu hành ở Việt Nam vẫn còn hạn chế. Nghiên cứu trước đây chưa cung cấp đầy đủ thông tin về sự phân bố của IBV ở các vùng khác nhau, đặc biệt là ở các tỉnh phía Bắc. Hơn nữa, các nghiên cứu trước đây chưa đi sâu vào phân tích các yếu tố nguy cơ cụ thể liên quan đến sự bùng phát của dịch IB, bao gồm phương thức chăn nuôi, quy mô đàn, và thực hành an toàn sinh học. Việc thiếu thông tin chi tiết này gây khó khăn cho việc xây dựng các biện pháp phòng ngừa và kiểm soát bệnh hiệu quả.

II. Thách Thức Kiểm Soát Viêm Phế Quản Truyền Nhiễm IBV ở Gà

Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IBV) gây ra nhiều thách thức trong công tác kiểm soát do tính chất biến đổi của virus và sự đa dạng của các serotype. IBV có khả năng biến đổi nhanh chóng, dẫn đến sự xuất hiện của các biến chủng mới, gây khó khăn cho việc phát triển vaccine hiệu quả. Hơn nữa, sự tồn tại của nhiều serotype IBV khác nhau đòi hỏi việc sử dụng các vaccine đa giá hoặc vaccine được thiết kế đặc biệt để chống lại các serotype phổ biến trong khu vực. Các biện pháp kiểm soát bệnh cũng gặp khó khăn do sự lây lan nhanh chóng của IBV thông qua đường hô hấp và các yếu tố môi trường. Việc áp dụng các biện pháp an toàn sinh học nghiêm ngặt là rất quan trọng để ngăn chặn sự lây lan của IBV trong các trang trại chăn nuôi gà.

2.1. Tính biến đổi của virus IBV và tác động đến Vaccine

Một trong những thách thức lớn nhất trong kiểm soát IBV là khả năng biến đổi cao của virus. Các đột biến xảy ra trong gen S của IBV có thể dẫn đến sự thay đổi về kháng nguyên, làm giảm hiệu quả của các vaccine hiện có. Điều này đòi hỏi các nhà khoa học phải liên tục theo dõi sự xuất hiện của các biến chủng mới và cập nhật các vaccine để đảm bảo khả năng bảo vệ tối ưu cho gà. Việc phát triển các vaccine đa giá, có khả năng chống lại nhiều serotype IBV, cũng là một hướng đi quan trọng để đối phó với tính biến đổi của virus.

2.2. Sự đa dạng của serotype IBV và chiến lược phòng bệnh

Sự đa dạng của serotype IBV là một thách thức khác trong công tác phòng bệnh. Các serotype khác nhau có thể gây ra các triệu chứng và bệnh tích khác nhau, và không phải tất cả các vaccine đều có khả năng bảo vệ chống lại tất cả các serotype. Do đó, việc xác định các serotype IBV phổ biến trong một khu vực cụ thể là rất quan trọng để lựa chọn vaccine phù hợp. Các chiến lược phòng bệnh cũng cần bao gồm việc áp dụng các biện pháp an toàn sinh học nghiêm ngặt để ngăn chặn sự lây lan của các serotype IBV khác nhau.

2.3. Lây lan IBV Đường lây truyền và các yếu tố môi trường

IBV lây lan rất nhanh qua đường hô hấp, tiếp xúc trực tiếp và gián tiếp với các vật dụng nhiễm bệnh. Các yếu tố môi trường như nhiệt độ, độ ẩm và mật độ gà nuôi cũng ảnh hưởng đến khả năng lây lan của virus. Mật độ gà quá cao trong chuồng nuôi tạo điều kiện thuận lợi cho sự lây lan của IBV. Nghiên cứu cho thấy, vệ sinh chuồng trại kém và quản lý không đúng cách là những yếu tố làm tăng nguy cơ bùng phát dịch IBV. Do đó, việc kiểm soát chặt chẽ các yếu tố môi trường và thực hiện các biện pháp vệ sinh nghiêm ngặt là rất quan trọng để ngăn chặn sự lây lan của bệnh.

III. Phương Pháp RT PCR Chẩn Đoán và Phân Tích Biến Đổi Bệnh Lý IB

Nghiên cứu sử dụng kỹ thuật RT-PCR để chẩn đoán và phát hiện IBV, đồng thời nghiên cứu các biến đổi bệnh lý do IBV gây ra ở gà. RT-PCR là một phương pháp nhạy và đặc hiệu, cho phép phát hiện sự hiện diện của virus trong mẫu bệnh phẩm trong thời gian ngắn. Kỹ thuật này được sử dụng để xác định các chủng IBV lưu hành trong khu vực nghiên cứu và đánh giá mức độ nhiễm bệnh trong các đàn gà. Bên cạnh đó, nghiên cứu cũng tiến hành mổ khám gà bệnh để quan sát các biến đổi bệnh lý đại thể và vi thể, từ đó hiểu rõ hơn về cơ chế gây bệnh của IBV.

3.1. Ứng dụng RT PCR trong chẩn đoán nhanh IBV

Phương pháp RT-PCR được sử dụng để chẩn đoán nhanh và chính xác sự hiện diện của IBV trong các mẫu bệnh phẩm. Việc sử dụng cặp mồi đặc hiệu cho IBV đảm bảo độ nhạy và độ đặc hiệu cao trong chẩn đoán. Kết quả RT-PCR cho phép xác định sự hiện diện của virus trong thời gian ngắn, giúp người chăn nuôi và bác sĩ thú y đưa ra các biện pháp can thiệp kịp thời để kiểm soát dịch bệnh. Kỹ thuật này cũng được sử dụng để theo dõi sự lây lan của IBV trong các trang trại chăn nuôi gà.

3.2. Nghiên cứu biến đổi bệnh lý do IBV gây ra ở gà

Nghiên cứu tiến hành mổ khám gà bệnh để quan sát các biến đổi bệnh lý đại thể và vi thể do IBV gây ra. Các biến đổi bệnh lý đặc trưng bao gồm viêm khí quản, viêm phổi, và các tổn thương ở thận. Ở gà mái đẻ, IBV có thể gây ra các tổn thương ở buồng trứng và ống dẫn trứng, dẫn đến giảm sản lượng trứng và chất lượng trứng kém. Nghiên cứu cũng sử dụng kỹ thuật mô bệnh học để phân tích các biến đổi bệnh lý vi thể, giúp hiểu rõ hơn về cơ chế gây bệnh của IBV.

3.3. Mối liên hệ giữa RT PCR và mổ khám gà trong chẩn đoán IBV

Sự kết hợp giữa phương pháp RT-PCR và mổ khám gà giúp đưa ra chẩn đoán chính xác và toàn diện về bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IBV). RT-PCR giúp xác định sự hiện diện của virus trong mẫu bệnh phẩm, trong khi mổ khám gà cho phép quan sát các biến đổi bệnh lý đặc trưng do IBV gây ra. Sự kết hợp này giúp phân biệt IBV với các bệnh hô hấp khác ở gà và đưa ra các biện pháp điều trị và phòng bệnh hiệu quả.

IV. Dịch Tễ Học IB Tình Hình Mắc Bệnh và Các Yếu Tố Liên Quan

Nghiên cứu đã xác định tình hình mắc bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IB) ở gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam. Kết quả cho thấy tỷ lệ mắc IB và tỷ lệ chết do IB lần lượt là 14,70% và 2,45%. Nghiên cứu cũng xác định các yếu tố liên quan đến bệnh IB, bao gồm phương thức chăn nuôi, quy mô chăn nuôi, tiêm phòng vaccine, nguồn gốc giống, vị trí trại và vệ sinh chuồng trại. Các yếu tố này đóng vai trò quan trọng trong việc lây lan và bùng phát dịch IB.

4.1. Tỷ lệ mắc bệnh IB theo lứa tuổi và mùa vụ

Nghiên cứu cho thấy gà ở giai đoạn ≤ 17 tuần tuổi mắc IB nhiều nhất, với tỷ lệ 17,57%. Tỷ lệ chết cao nhất cũng được ghi nhận ở giai đoạn này (7,52%). Về mùa vụ, tỷ lệ gà mắc IB cao nhất vào mùa đông (20,50%), với tỷ lệ chết là 4,23%. Các kết quả này cho thấy gà non và mùa đông là những yếu tố nguy cơ làm tăng khả năng mắc IB.

4.2. Các yếu tố nguy cơ liên quan đến bệnh IB

Nghiên cứu đã xác định một số yếu tố nguy cơ liên quan đến bệnh IB, bao gồm phương thức chăn nuôi, quy mô chăn nuôi, tiêm phòng vaccine, nguồn gốc giống, vị trí trại và vệ sinh chuồng trại. Các trang trại có quy mô lớn, chăn nuôi theo phương thức công nghiệp và không đảm bảo vệ sinh chuồng trại có nguy cơ mắc IB cao hơn. Việc tiêm phòng vaccine không đầy đủ hoặc sử dụng vaccine không phù hợp cũng làm tăng nguy cơ mắc IB.

4.3. So sánh tình hình dịch tễ học IB giữa các vùng miền

Cần có thêm những nghiên cứu so sánh để đánh giá tình hình dịch tễ học IB giữa các vùng miền khác nhau. Điều này giúp xác định các yếu tố đặc thù của từng vùng ảnh hưởng đến sự lây lan và bùng phát dịch IB. Thông tin này rất quan trọng để xây dựng các biện pháp phòng bệnh và kiểm soát dịch bệnh phù hợp với từng vùng miền.

V. Phân Lập và Xác Định Đặc Tính Sinh Học của Các Chủng IBV

Nghiên cứu đã phân lập thành công 10 chủng IBV từ các mẫu bệnh phẩm thu thập được. Các chủng IBV này thích ứng cao và ổn định trên phôi gà, với hiệu giá dao động từ 10^4.3 đến 10^7.5 EID50/ml và ELD50/ml dao động từ 10^2.3 đến 10^5.5 ELD50/ml. Các kết quả này cho thấy các chủng IBV lưu hành ở Bắc Việt Nam có khả năng gây bệnh cao.

5.1. Khả năng thích nghi và ổn định của các chủng IBV trên phôi gà

Các chủng IBV phân lập được trong nghiên cứu này có khả năng thích nghi và ổn định cao trên phôi gà. Điều này cho thấy virus có khả năng nhân lên và lây lan mạnh trong môi trường phôi gà, làm tăng nguy cơ lây lan bệnh trong thực tế. Việc hiểu rõ khả năng thích nghi và ổn định của các chủng IBV giúp đưa ra các biện pháp kiểm soát dịch bệnh hiệu quả hơn.

5.2. Hiệu giá EID50 ml và ELD50 ml của các chủng IBV phân lập được

Hiệu giá EID50/ml và ELD50/ml của các chủng IBV phân lập được dao động từ 10^4.3 đến 10^7.5 EID50/ml và ELD50/ml dao động từ 10^2.3 đến 10^5.5 ELD50/ml. Các giá trị này cho thấy các chủng IBV lưu hành ở Bắc Việt Nam có độc lực cao, có khả năng gây bệnh nặng và làm tăng tỷ lệ chết ở gà. Việc xác định hiệu giá EID50/ml và ELD50/ml giúp đánh giá mức độ nguy hiểm của các chủng IBV và đưa ra các biện pháp phòng bệnh phù hợp.

5.3. Ứng dụng của thông tin về đặc tính sinh học trong sản xuất vaccine

Thông tin về đặc tính sinh học của các chủng IBV phân lập được, bao gồm khả năng thích nghi trên phôi gà và hiệu giá virus, có vai trò quan trọng trong việc sản xuất vaccine. Các chủng IBV có khả năng thích nghi tốt trên phôi gà có thể được sử dụng để sản xuất vaccine nhược độc. Việc xác định hiệu giá virus giúp chuẩn hóa quy trình sản xuất vaccine và đảm bảo chất lượng sản phẩm.

VI. Phân Tích Trình Tự Gen và Xây Dựng Cây Phả Hệ IBV tại VN

Nghiên cứu đã tiến hành phân tích trình tự gen S của 3 chủng virus VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11 phân lập được. Kết quả cho thấy các chủng này thuộc về 3 kiểu gen khác nhau là Q1-like, QX-like và TC07-2-like. So sánh trình tự nucleotide và amino acid của gen S cho thấy các chủng virus IBV trong nghiên cứu này có mức độ tương đồng thấp so với các chủng virus vaccine (H120, Ma5 và 4/91) đang lưu hành trên thị trường Việt Nam.

6.1. Phân loại kiểu gen của các chủng IBV phân lập tại VN

Kết quả phân tích cây phả hệ dựa trên trình tự gen S cho thấy các chủng virus VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11 thuộc về 3 kiểu gen khác nhau là Q1-like, QX-like và TC07-2-like. Điều này cho thấy sự đa dạng về mặt di truyền của các chủng IBV lưu hành ở Việt Nam. Việc xác định kiểu gen của các chủng IBV giúp theo dõi sự tiến hóa của virus và đánh giá hiệu quả của các biện pháp phòng bệnh.

6.2. So sánh trình tự gen với các chủng vaccine hiện có

So sánh trình tự nucleotide và amino acid của gen S cho thấy các chủng virus IBV trong nghiên cứu này có mức độ tương đồng thấp so với các chủng virus vaccine (H120, Ma5 và 4/91) đang lưu hành trên thị trường Việt Nam. Điều này có thể giải thích tại sao một số vaccine hiện có không mang lại hiệu quả bảo vệ tối ưu trước các chủng IBV lưu hành ở Việt Nam. Các kết quả này nhấn mạnh sự cần thiết phải phát triển các vaccine mới, phù hợp hơn với các chủng IBV lưu hành trong khu vực.

6.3. Đề xuất phát triển vaccine IBV mới cho thị trường VN

Kết quả nghiên cứu cho thấy sự cần thiết phải phát triển các vaccine IBV mới, phù hợp hơn với các chủng IBV lưu hành trong khu vực. Các vaccine mới nên được thiết kế để chống lại các kiểu gen Q1-like, QX-like và TC07-2-like, là các kiểu gen phổ biến ở Việt Nam. Việc phát triển các vaccine mới sẽ giúp nâng cao hiệu quả phòng bệnh và giảm thiểu thiệt hại kinh tế do IBV gây ra.

Nội dung chính

Tổng quan luận án

Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious Bronchitis - IB) do virus viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious Bronchitis Virus - IBV) thuộc họ Coronaviridae gây ra là một trong những bệnh truyền nhiễm phổ biến ở gà, gây tổn thất kinh tế cho ngành chăn nuôi gia cầm thông qua việc làm giảm tỷ lệ tăng trọng ở gà thịt, giảm sản lượng và chất lượng trứng ở gà đẻ, cũng như gây chết do tổn thương đường hô hấp và thận. Tại Việt Nam, ngành chăn nuôi gà tập trung mật độ cao tại các tỉnh phía Bắc (chiếm khoảng 75% tổng đàn cả nước). Mặc dù các trang trại đã triển khai nhiều quy trình tiêm phòng bằng các loại vacxin sống nhược độc và vô hoạt, các ổ dịch IB vẫn tiếp tục xảy ra trên thực địa. Nguyên nhân chủ yếu xuất phát từ đặc tính biến dị di truyền nhanh của IBV, sự xuất hiện của các biến chủng mới và hiện tượng không có khả năng bảo hộ chéo giữa các kiểu huyết thanh (serotype) hoặc kiểu gen (genotype) khác nhau. Trước thời điểm nghiên cứu, các công trình trong nước chủ yếu tập trung vào bệnh lý học cục bộ hoặc thử nghiệm hiệu lực vacxin đơn lẻ, thiếu các nghiên cứu dịch tễ học mô tả trên quy mô lớn và phân tích sinh học phân tử có hệ thống về các chủng IBV thực địa đang lưu hành.

Luận án tiến sĩ của nghiên cứu sinh Nguyễn Thị Loan, chuyên ngành Dịch tễ học thú y (mã số 9.08), thực hiện tại Học viện Nông nghiệp Việt Nam dưới sự hướng dẫn khoa học của PGS. Lê Văn Phan và TS. Lê Huỳnh Thanh Phương, giải quyết các mục tiêu và nội dung sau:

Mục tiêu nghiên cứu:

1. Xác định đặc điểm dịch tễ học và sự phân bố của các chủng IBV tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014–2017, làm cơ sở khoa học để đề xuất biện pháp phòng chống bệnh và xây dựng quy trình tiêm phòng vacxin phù hợp.
2. Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR để chẩn đoán, giám định biến đổi bệnh lý, phân lập và khảo sát đặc tính sinh học, đặc tính phân tử của các chủng IBV gây bệnh trên thực địa.

Câu hỏi nghiên cứu:

1. Tỷ lệ lưu hành, tỷ lệ chết do IB và các yếu tố nguy cơ dịch tễ học nào liên quan đến sự bùng phát bệnh IB trên đàn gà tại các tỉnh miền Bắc Việt Nam?
2. Bệnh IB gây ra những biến đổi bệnh lý đại thể và vi thể đặc trưng nào trên các cơ quan hô hấp, tiết niệu và sinh sản của gà mắc bệnh tự nhiên?
3. Các chủng IBV lưu hành tại miền Bắc Việt Nam có đặc tính sinh học, khả năng thích nghi trên phôi gà và hiệu giá độc lực như thế nào?
4. Trình tự gen S, S1, S2 của các chủng IBV phân lập thực địa thuộc kiểu gen nào, có mối quan hệ phả hệ ra sao với các chủng quốc tế và có mức độ tương đồng di truyền như thế nào so với các chủng vacxin thương mại đang sử dụng tại Việt Nam?

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

• Đối tượng nghiên cứu: Các đàn gà nuôi hướng thịt, hướng trứng và các chủng virus IBV phân lập được từ bệnh phẩm gà mắc bệnh.
• Phạm vi không gian: 5 tỉnh, thành phố phía Bắc Việt Nam gồm Bắc Ninh, Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Yên và Thái Nguyên.
• Phạm vi thời gian: Thu thập số liệu dịch tễ học từ tháng 10/2014 đến tháng 08/2017; khảo sát bệnh lý, đặc tính sinh học và sinh học phân tử các chủng virus phân lập trong giai đoạn 2014–2015.

---

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm được Schalk và Hawn mô tả lần đầu vào năm 1931 tại North Dakota (Mỹ) sau khi phát hiện các biểu hiện lâm sàng từ năm 1930. Beach và Schalm (1936) đã chứng minh căn nguyên gây bệnh là virus. Beaudette và Hudson (1937) lần đầu tiên phân lập và nuôi cấy thành công IBV trên phôi trứng gà. Đến năm 1956, Jungherr và cộng sự đã công bố phát hiện chủng Massachusetts (phân lập năm 1941) và chủng Connecticut (phân lập năm 1951) không tạo ra miễn dịch bảo hộ chéo, chứng minh sự đa dạng serotype của IBV.

Trên thế giới, hàng loạt nghiên cứu đã phân tích cấu trúc hạt virus và hệ gen của IBV. Cavanagh (1983, 1984, 2000, 2003, 2008) cùng Cavanagh và Naqi (2003) đã xác lập đặc điểm phân tử của các glycoprotein cấu trúc gồm gai Spike (S với 2 tiểu đơn vị S1, S2), màng Membrane (M), vỏ bọc Envelope (E) và vỏ nhân Nucleocapsid (N). Boursnell và cộng sự (1987) đã giải trình tự toàn bộ hệ gen RNA dài khoảng 27 kb của IBV. Về dịch tễ học phân tử, các nghiên cứu của Liu và Kong (2004), Han và cộng sự (2011), Ji và cộng sự (2011), Zhao và cộng sự (2017) đã chỉ ra sự xuất hiện và chiếm ưu thế của kiểu gen LX4 (QX-like) tại Trung Quốc cũng như sự lây lan sang châu Âu và châu Á (De Wit et al., 2011; Toffan et al., 2011). Valastro và cộng sự (2016) đã đề xuất hệ thống phân loại phả hệ thống nhất cho IBV toàn cầu dựa trên gen S1, chia thành 6 kiểu gen lớn với 32 dòng di truyền (lineages). Mardani và cộng sự (2008) phát hiện tổ chức hệ gen mới ở các chủng virus tại Úc (5’-Pol-S-X1-E-M-N-UTR-3’ hoặc 5’-Pol-S-X1-E-M-5b-N-UTR-3’). Các công trình của Gelb và cộng sự (1987, 1997), Ambali và Jones (1990), Lee và cộng sự (2003), Dolz và cộng sự (2012), Zou và cộng sự (2015), Fellahi và cộng sự (2015), Ganapathy và cộng sự (2015) đã làm rõ tính hướng mô hô hấp, thận (nephropathogenic) và sinh sản của các biến chủng thực địa.

Tại Việt Nam, IB được ghi nhận lần đầu vào năm 1996. Trần Thanh Vân (2000) xác định sự hiện diện của biến chủng 4/91 và CR88 gây chết và giảm sản lượng trứng trên đàn gà bố mẹ giống thịt Hubbard High-Yield tại trại Ando và Bắc Sơn. Bùi Trần Ánh Đào và cộng sự (2001) đánh giá động lực kháng thể của các quy trình vacxin sống và vô hoạt trên 4.997 gà tại Thành phố Hồ Chí Minh. Nguyễn Hồng Minh (2013) nghiên cứu sản xuất vacxin nhược độc đông khô đa giá Newcastle - Gumboro - IB. Võ Thị Trà An và Nguyễn Thị Kim Yến (2014) đánh giá hiệu quả phòng bệnh của 3 quy trình tiêm phòng vacxin trên 4.080 gà thịt. Võ Thị Trà An và cộng sự (2012) khảo sát 100 mẫu bệnh tích tại Lâm Đồng, ghi nhận 54% mẫu gây bệnh tích phôi lùn, 9 mẫu dương tính RT-PCR với gen S, xác định có các chủng tương đồng serotype 793B (dòng 4/91) và Massachusetts (dòng H120). Trần Ngọc Bích và cộng sự (2017) phân lập 5 chủng IBV trên phôi gà, xác định 3 chủng thuộc kiểu gen 793B, 1 chủng thuộc kiểu gen QX-like và 1 chủng tương đồng 99% với phân lập thận từ Malaysia.

Khoảng trống nghiên cứu được luận án lựa chọn giải quyết: Các nghiên cứu trước đây tại Việt Nam có quy mô mẫu nhỏ, tập trung chủ yếu ở miền Nam hoặc Tây Nguyên, chưa có nghiên cứu dịch tễ học diện rộng tại các tỉnh chăn nuôi trọng điểm miền Bắc. Luận án tiến hành điều tra dịch tễ học mô tả kết hợp hồi cứu, phân tích các yếu tố nguy cơ bằng phương pháp thống kê sinh học, đồng thời phân lập và giải trình tự gen S đầy đủ (S1 và S2) của các chủng cường độc thực địa để so sánh phả hệ với các chủng vacxin thương mại đang lưu hành.

---

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết và khái niệm

Luận án dựa trên cơ sở dịch tễ học thú y cổ điển và dịch tễ học phân tử:

• Khái niệm phân loại học: IBV thuộc giống Gammacoronavirus, phân họ Coronavirinae, họ Coronaviridae, bộ Nidovirales. Hệ gen là RNA sợi đơn dương, kích thước xấp xỉ 27,6 kb với cấu trúc điển hình 5’-Pol-S-3a-3b-E-M-5a-5b-N-UTR-3’.
• Cơ chế biến dị và tính kháng nguyên: Protein gai Spike (S) bị phân cắt thành tiểu đơn vị S1 (chịu trách nhiệm gắn kết thụ thể tế bào chủ và chứa các epitope cảm ứng kháng thể trung hòa tại các vùng siêu biến HVRI, HVRII, HVRIII) và tiểu đơn vị S2 (chịu trách nhiệm dung hợp màng). Các đột biến điểm, mất đoạn, chèn đoạn và tái tổ hợp trên gen S1 dẫn đến sự thay đổi serotype và giảm hiệu lực bảo hộ chéo của vacxin.
• Phương pháp dịch tễ học: Đánh giá mối liên quan giữa các yếu tố khảo sát và tình trạng mắc bệnh thông qua bảng tiếp liên 2x2, tính toán Tỷ số nguy cơ (Relative Risk - RR), khoảng tin cậy 95% (95% CI) và kiểm định Chi-bình phương ($\chi^2$).

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm

Quá trình nghiên cứu kết hợp giữa dịch tễ học thực địa, bệnh lý học kinh điển và sinh học phân tử:

Nhóm phương pháp	Quy trình và kỹ thuật áp dụng	Mục tiêu phân tích
Dịch tễ học	Điều tra dịch tễ học mô tả, điều tra hồi cứu tại 5 tỉnh miền Bắc giai đoạn 2014–2017; lấy mẫu theo QCVN 01-83: 2011/BNNPTNT.	Xác định tỷ lệ mắc, tỷ lệ chết theo địa phương, lứa tuổi, mùa vụ; đánh giá các yếu tố nguy cơ (RR, $\chi^2$).
Bệnh lý học	Mổ khám theo phương pháp Thomas Carlyle Jones; làm tiêu bản mô bệnh học đúc paraffin, nhuộm Haematoxylin - Eosin (H&E) theo quy trình của Bộ môn Bệnh lý, Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam.	Mô tả bệnh tích đại thể và vi thể ở đường hô hấp (khí quản, phổi), tiết niệu (thận) và sinh sản (buồng trứng, ống dẫn trứng).
Phân lập virus	Xử lý bệnh phẩm vô trùng, tiêm vào xoang niệu nang phôi trứng gà SPF 10 ngày tuổi theo quy chuẩn OIE (2018), ấp ở 37°C, theo dõi phôi đến 7 ngày, cấy chuyển qua các đời P1–P5.	Phân lập các chủng IBV thực địa; ghi nhận bệnh tích phôi (còi cọc, cuộn tròn, teo lòng đỏ, lắng đọng urate).
Chuẩn độ sinh học	Gây nhiễm phôi trứng gà SPF các nồng độ pha loãng bậc 10; tính hiệu giá theo công thức Spearman - Kärber.	Xác định liều gây nhiễm 50% phôi ($EID_{50}/ml$) và liều gây chết 50% phôi ($ELD_{50}/ml$).
Sinh học phân tử	Chiết tách RNA tổng số, tổng hợp cDNA, phản ứng RT-PCR khuếch đại đoạn gen chẩn đoán và toàn bộ gen S (S1, S2); điện di gel agarose kiểm tra sản phẩm.	Chẩn đoán xác định IBV; tách dòng gen S1 vào plasmid vector để giải trình tự.
Tin sinh học	Giải trình tự gen tại Macrogen và COSMO Genetech (Hàn Quốc); xử lý trình tự bằng BioEdit 6, DNASTAR Lasergene; xây dựng cây phả hệ bằng thuật toán Neighbor-joining trên MEGA 7 và PHYLIP suite.	Xác định độ tương đồng nucleotide (nt) và amino acid (aa); định danh kiểu gen (genotype) và nguồn gốc phả hệ của các phân lập.

Nguồn tư liệu và dữ liệu

• Bệnh phẩm: Mẫu khí quản, phổi, thận, dịch xoang niệu nang thu thập từ các đàn gà ốm, chết nghi mắc IB tại Bắc Ninh, Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Yên, Thái Nguyên.
• Trứng gà sạch mầm bệnh (SPF) 10 ngày tuổi phục vụ phân lập và chuẩn độ virus.
• Cơ sở dữ liệu đối chiếu: Trình tự gen của các chủng IBV tham chiếu quốc tế (như QX, Q1, TC07-2, Mass41, 793B, D274, Ark99, Beaudette, Gray, JMK) và các chủng vacxin thương phẩm (H120, Ma5, 4/91, CR88, Gallivac IB88) trích xuất từ ngân hàng gen GenBank.

---

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan tài liệu

Chương này tổng thuật toàn diện các công trình nghiên cứu về bệnh IB và virus IBV trên phạm vi quốc tế và tại Việt Nam:

• Lịch sử bệnh và phân loại virus: Trình bày nguồn gốc phát hiện IBV từ những năm 1930 tại Mỹ, quá trình xác lập cấu trúc hạt virus (kích thước 50–220 nm, gai bề mặt 20 nm), cấu trúc hệ gen RNA sợi đơn dương dài khoảng 27 kb, và vị trí phân loại của IBV trong giống Gammacoronavirus.
• Đặc tính sinh học và sức đề kháng: Trình bày sức đề kháng của IBV đối với nhiệt độ (bị vô hoạt sau 15 phút ở 56°C, 90 phút ở 45°C; tồn tại 12 ngày ngoài môi trường vào mùa xuân và 56 ngày vào mùa đông; sống nhiều năm trong dịch niệu mô ở -30°C), tính mẫn cảm với dung môi lipid (chloroform 50%, BPL 0,05–0,1%, formalin 0,1%), tính biến đổi cấu trúc ở pH = 3 và ổn định ở pH 7–8.
• Đặc điểm phân tử của các gen cấu trúc: Phân tích vai trò của protein S (chia thành S1 và S2), protein M (27–36 kDa, polytopic, kích thích interferon), protein N (phosphoprotein 409 aa, trọng lượng phân tử 52 kDa, bảo tồn cao, quan trọng trong miễn dịch qua trung gian tế bào) và protein phụ 5b. Tổng kết các nghiên cứu về đột biến và tái tổ hợp trên gen S1 làm cơ sở phân loại genotype theo Valastro và cộng sự (2016).
• Bệnh lý học và dịch tễ học: Phân tích phương thức truyền lây ngang qua đường hô hấp và chất thải; cơ chế xâm nhập và nhân lên của virus trong tế bào biểu mô có lông rung, gây thoái hóa mô, tích dịch viêm, tổn thương tế bào ống thận và hủy hoại biểu mô ống dẫn trứng. Tổng hợp các triệu chứng hô hấp, suy giảm phẩm chất trứng (trứng dị dạng, lòng trắng loãng), tổn thương thận tích tụ urate và hiện tượng "gà đẻ giả".
• Tình hình nghiên cứu tại Việt Nam và các loại vacxin phòng bệnh: Điểm lại các nghiên cứu của Trần Thanh Vân (2000), Bùi Trần Ánh Đào (2001), Võ Thị Trà An (2012, 2014), Trần Ngọc Bích (2017) và danh mục các loại vacxin nhược độc (H120, Ma5, 4/91, IB88) và vacxin vô hoạt nhũ dầu đang lưu hành.

Chương 2: Vật liệu và phương pháp nghiên cứu

Chương này mô tả chi tiết các địa điểm thực hiện, quy mô vật liệu và các quy trình kỹ thuật được áp dụng trong 4 nội dung nghiên cứu:

• Địa điểm và thời gian: Nghiên cứu tại các trang trại ở 5 tỉnh (Bắc Ninh, Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Yên, Thái Nguyên); Phòng thí nghiệm Bộ môn Bệnh lý thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam; Phòng thí nghiệm DABACO; Phòng thí nghiệm AVAC; giải trình tự tại Công ty Macrogen và COSMO Genetech (Seoul, Hàn Quốc) từ tháng 10/2014 đến tháng 08/2017.
• Quy trình mổ khám và chẩn đoán bệnh lý: Áp dụng phương pháp Thomas Carlyle Jones; quy trình làm tiêu bản vi thể tẩm đúc paraffin và nhuộm H&E đối với khí quản, phổi, thận, ống dẫn trứng.
• Quy trình RT-PCR: Thiết kế và kiểm tra các cặp mồi đặc hiệu phát hiện IBV, tối ưu hóa thành phần phản ứng, chu trình nhiệt và kiểm định độ nhạy, độ đặc hiệu với các mầm bệnh đường hô hấp khác ở gia cầm.
• Quy trình phân lập và chuẩn độ virus: Xử lý bệnh phẩm qua màng lọc 0,22 $\mu m$ và kháng sinh, tiêm 0,1–0,2 ml dịch bệnh phẩm vào xoang niệu nang phôi trứng gà SPF 10 ngày tuổi theo OIE (2018), theo dõi bệnh tích phôi qua 5 đời cấy chuyển (P1–P5); chuẩn độ hiệu giá $EID_{50}/ml$ và $ELD_{50}/ml$ theo phương pháp Spearman - Kärber.
• Phương pháp dịch tễ học thống kê: Điều tra hồi cứu và mô tả; phân tích tương quan dịch tễ học bằng bảng 2x2, ước tính tỷ số nguy cơ RR với khoảng tin cậy 95% CI.
• Quy trình giải trình tự và phân tích phả hệ: Khuếch đại toàn bộ gen S (đoạn S1 kích thước 1,7 kb và đoạn S2), tách dòng vào plasmid vector, giải trình tự Sanger, phân tích độ tương đồng bằng DNASTAR Lasergene, BioEdit 6 và xây dựng cây phát sinh loài bằng MEGA 7 (thuật toán Neighbor-joining, 1.000 lần bootstrap).

Chương 3: Kết quả và thảo luận

Nội dung chương Kết quả và thảo luận trình bày toàn bộ số liệu thu được theo 4 phần chính:

1. Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR chẩn đoán phát hiện IBV và nghiên cứu biến đổi bệnh lý

• Đánh giá phản ứng RT-PCR: Cặp mồi sử dụng khuếch đại đoạn gen mục tiêu có độ đặc hiệu cao, không bắt cặp chéo với các virus gây bệnh đường hô hấp khác ở gia cầm (như Newcastle, cúm gia cầm, ILT), cho kết quả phân tích rõ ràng trên gel điện di.
• Triệu chứng lâm sàng ở gà mắc bệnh: Gà bệnh thể hiện các triệu chứng hô hấp đặc trưng gồm ho, hắt hơi, thở khò khè, âm ran khí quản, sưng đầu, phù nề quanh mắt, viêm kết mạc chảy nước mắt, giảm ăn và còi cọc. Ở đàn gà đẻ, ghi nhận sản lượng trứng sụt giảm nghiêm trọng, xuất hiện nhiều trứng méo mó, mất sắc tố vỏ, vỏ mỏng hoặc vỏ mềm (vỏ lụa), lòng trắng loãng như nước và đứt dây phôi.
• Bệnh lý đại thể: Khí quản và phế quản sung huyết, xuất huyết, chứa nhiều dịch nhầy thẩm xuất hoặc nút bã đậu gây tắc nghẽn đường thở; túi khí viêm dày đục, tích tụ chất tiết màu vàng. Thận sưng to, nhạt màu, bề mặt và ống dẫn niệu lắng đọng nhiều tinh thể urate trắng (gout nội tạng). Ở gà đẻ, ghi nhận hiện tượng teo buồng trứng, nang trứng vỡ gây viêm phúc mạc do lòng đỏ, ống dẫn trứng bị teo hoặc giãn nở dạng túi tích dịch lớn trong xoang bụng tạo thành hiện tượng "gà đẻ giả" (false layer).
• Bệnh lý vi thể: Khí quản bị phù nề lớp hạ niêm mạc, rụng lông mao, biểu mô thoái hóa tróc vảy và thâm nhiễm tế bào lympho, tế bào dị hình. Thận bị viêm kẽ nặng, thoái hóa hạt và hoại tử biểu mô ống thận, lòng ống chứa đầy khối kết tinh axit uric. Ống dẫn trứng bị teo lớp biểu mô niêm mạc, mất lông mao, các tuyến hình ống giãn rộng và thâm nhiễm tế bào viêm đơn nhân.

2. Đặc điểm dịch tễ học của bệnh IB tại các tỉnh miền Bắc

• Tỷ lệ lưu hành và tử vong: Qua khảo sát tại 5 tỉnh miền Bắc giai đoạn 2014–2017, tỷ lệ gà mắc IB trung bình là 14,70% và tỷ lệ chết trung bình do bệnh là 2,45%.
• Phân bố theo độ tuổi: Gà ở giai đoạn $\le 17$ tuần tuổi có tỷ lệ mắc cao nhất (17,57%) và tỷ lệ chết cao nhất (7,52%). Gà lớn tuổi hơn có sức đề kháng tăng dần, tỷ lệ mắc và chết giảm rõ rệt.
• Phân bố theo mùa vụ: Bệnh xuất hiện quanh năm nhưng tập trung cao nhất vào mùa đông với tỷ lệ mắc đạt 20,50% và tỷ lệ chết đạt 4,23%, do điều kiện nhiệt độ thấp kéo dài tuổi thọ của virus ngoài môi trường và gây stress lạnh trên gia cầm.
• Đánh giá các yếu tố nguy cơ: Phân tích thống kê sinh học xác định 6 nhóm yếu tố có liên quan chặt chẽ đến sự bùng phát IB:

Yếu tố khảo sát	Đặc điểm phân nhóm nguy cơ	Chiều hướng ảnh hưởng dịch tễ
Phương thức chăn nuôi	Chuồng hở vs Chuồng kín; Nuôi thả vs Nuôi nhốt	Hệ thống chuồng hở, thông gió kém và chăn thả có nguy cơ mắc bệnh cao hơn chuồng kín kiểm soát tiểu khí hậu.
Quy mô chăn nuôi	Quy mô đàn lớn vs Quy mô nông hộ nhỏ	Trang trại mật độ nuôi cao, quy mô tập trung làm tăng tốc độ lây lan mầm bệnh qua đường không khí.
Tiêm phòng vacxin	Có tiêm phòng vs Không tiêm phòng; Loại vacxin sử dụng	Đàn không tiêm vacxin có nguy cơ mắc cao; tuy nhiên đàn có tiêm vacxin vẫn mắc nếu chủng vacxin không tương đồng kháng nguyên với chủng thực địa.
Nguồn gốc con giống	Con giống kiểm dịch vs Con giống trôi nổi	Nhập giống không rõ nguồn gốc kiểm dịch làm tăng nguy cơ mang mầm bệnh vào trại.
Vị trí trang trại	Gần trục đường giao thông, gần khu dân cư vs Biệt lập	Trại gần khu dân cư và trục giao thông có tỷ lệ nhiễm cao hơn do mật độ tiếp xúc cơ học.
Vệ sinh chuồng trại	Khử trùng định kỳ, cách ly tốt vs Vệ sinh kém	Không thực hiện quy trình sát trùng và ngắt quãng thời gian nuôi (all-in, all-out) làm tăng nguy cơ tồn lưu IBV.

3. Phân lập và đặc tính sinh học của các chủng IBV

• Đã phân lập thành công 10 chủng IBV từ các mẫu bệnh phẩm thực địa trên phôi trứng gà sạch SPF 10 ngày tuổi.
• Khả năng thích nghi trên phôi gà: Qua các đời cấy chuyển (P1 đến P5), virus thích nghi ổn định, gây biến đổi bệnh lý đặc trưng trên phôi gồm phôi còi cọc, phôi bị uốn cong hình cầu với hai chân co quắp ép chặt lên đầu, màng ối dày dính chặt vào thân phôi, túi lòng đỏ teo nhỏ và có hiện tượng lắng đọng urate tại trung thận của phôi.
• Chuẩn độ hiệu giá sinh học:
  • Hiệu giá gây nhiễm: $EID_{50}/ml$ dao động từ $10^{4,3}$ đến $10^{7,5} EID_{50}/ml$.
  • Hiệu giá gây chết: $ELD_{50}/ml$ dao động từ $10^{2,3}$ đến $10^{5,5} ELD_{50}/ml$.

4. Phân tích trình tự gen và xây dựng cây phả hệ

• Phân tích di truyền gen S (chứa S1 và S2): Tiến hành giải mã trình tự gen và phân tích phát sinh loài chuyên sâu cho 3 chủng cường độc đại diện gồm VNUA-HN01 (phân lập tại Hà Nội), VNUA-TN08 (phân lập tại Thái Nguyên) và VNUA-HP11 (phân lập tại Hải Phòng).
• Phân nhóm kiểu gen (Genotype):
  • Chủng VNUA-HN01 thuộc kiểu gen Q1-like.
  • Chủng VNUA-TN08 thuộc kiểu gen QX-like (LX4).
  • Chủng VNUA-HP11 thuộc kiểu gen TC07-2-like.
• Nguồn gốc dịch tễ: Cả 3 chủng phân lập đều có quan hệ phả hệ gần gũi với các chủng IBV lưu hành tại Trung Quốc và khu vực Đông Á.
• Tương đồng với chủng vacxin: Khi so sánh trình tự nucleotide và amino acid của gen S và S1, cả 3 chủng thực địa đều có mức độ tương đồng di truyền thấp đối với các chủng vacxin thương mại truyền thống đang sử dụng tại Việt Nam (chủng H120, Ma5 thuộc serotype Massachusetts và chủng 4/91 thuộc serotype 793B). Kết quả này giải thích nguyên nhân thất bại miễn dịch trên các đàn gà đã được tiêm phòng đầy đủ trên thực tế.

---

Kết quả và những đóng góp mới

Những đóng góp mới của đề tài

1. Đã cung cấp dữ liệu dịch tễ học mô tả toàn diện về tình hình lưu hành bệnh IB tại 5 tỉnh miền Bắc Việt Nam (2014–2017), xác định tỷ lệ mắc trung bình 14,70%, tỷ lệ chết 2,45%, trong đó gà $\le 17$ tuần tuổi và mùa đông có tỷ lệ mắc và chết cao nhất.
2. Xác định 6 nhóm yếu tố nguy cơ dịch tễ học liên quan đến sự bùng phát bệnh IB ở quy mô đàn gồm phương thức nuôi, quy mô trại, tình trạng tiêm phòng, nguồn gốc giống, vị trí trại và vệ sinh thú y.
3. Phân lập thành công 10 chủng IBV thực địa trên phôi gà SPF, chuẩn độ xác định hiệu giá sinh học $EID_{50}/ml$ ($10^{4,3} - 10^{7,5}$) và $ELD_{50}/ml$ ($10^{2,3} - 10^{5,5}$).
4. Xác định đặc tính phân tử hoàn chỉnh của gen S ở 3 chủng cường độc VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11, chứng minh sự đồng lưu hành của 3 kiểu gen khác nhau gồm Q1-like, QX-like và TC07-2-like tại miền Bắc Việt Nam, có quan hệ gần gũi với các chủng từ Trung Quốc.
5. Chứng minh về mặt di truyền học phân tử lý do các đàn gà đã tiêm vacxin vẫn nổ dịch IB là do sự khác biệt kháng nguyên và mức độ tương đồng nucleotide/amino acid thấp giữa các chủng cường độc thực địa (Q1-like, QX-like, TC07-2-like) và các chủng vacxin nhập khẩu hiện hành (H120, Ma5, 4/91).

Kiến nghị và giải pháp đề xuất

• Về quản lý dịch tễ: Tăng cường các biện pháp an toàn sinh học tại các cơ sở chăn nuôi gà, đặc biệt chú trọng khâu kiểm soát nguồn gốc con giống, cải thiện hệ thống thông gió, giữ ấm cho đàn gà trong mùa đông và vệ sinh khử trùng chuồng trại định kỳ.
• Về sử dụng vacxin: Cần xem xét điều chỉnh chương trình tiêm phòng vacxin IB tại các tỉnh phía Bắc, bổ sung hoặc nghiên cứu phát triển các loại vacxin đồng dạng kháng nguyên có chứa các kiểu gen QX-like, Q1-like hoặc TC07-2-like để tạo khả năng bảo hộ chéo hiệu quả.
• Về nghiên cứu ứng dụng: Tiếp tục nghiên cứu đặc tính miễn dịch và độc lực của 10 chủng IBV đã phân lập trên phôi gà sạch SPF để lựa chọn các chủng nhược độc tiềm năng phục vụ công tác chế tạo vacxin phòng bệnh IB đặc thù cho thị trường Việt Nam.

---

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

• Hạn chế của nghiên cứu: Luận án chỉ tập trung khảo sát dịch tễ học và thu thập mẫu bệnh phẩm tại 5 tỉnh miền Bắc (Bắc Ninh, Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Yên, Thái Nguyên) trong giai đoạn 2014–2017; chưa mở rộng điều tra toàn bộ các tỉnh thành miền Trung và miền Nam. Trong số 10 chủng phân lập được, phân tích phả hệ chi tiết trên toàn bộ gen S tập trung vào 3 chủng cường độc đại diện.
• Hướng nghiên cứu tiếp:
  1. Mở rộng giám sát dịch tễ học phân tử trên phạm vi toàn quốc để theo dõi sự biến đổi di truyền và phát hiện các biến chủng IBV mới xuất hiện.
  2. Thực hiện các thử nghiệm công cường độc (in vivo challenge test) đánh giá mức độ bảo hộ chéo giữa các vacxin thương phẩm hiện hành đối với các chủng Q1-like, QX-like và TC07-2-like phân lập tại Việt Nam.
  3. Đánh giá tính kháng nguyên và khả năng thích ứng của các chủng phân lập trên các dòng tế bào nuôi cấy phục vụ quy trình công nghệ sản xuất vacxin trong nước.

---

Giá trị tham khảo

• Đối với nghiên cứu sinh và học viên cao học ngành Thú y, Dịch tễ học thú y, Vi sinh vật học: Luận án là tài liệu tham khảo về quy trình kết hợp các phương pháp dịch tễ học mô tả, kỹ thuật giải phẫu bệnh lý vi thể (H&E), phân lập virus trên trứng SPF theo OIE và các kỹ thuật sinh học phân tử (RT-PCR, tách dòng plasmid, giải trình tự gen S, phân tích cây phả hệ bằng phần mềm chuyên dụng như BioEdit, DNASTAR, MEGA 7).
• Đối với giảng viên và cơ sở đào tạo chuyên ngành Thú y: Cung cấp tư liệu giảng dạy thực tế về bệnh truyền nhiễm gia cầm, đặc tính biến dị của Coronavirus ở động vật và các dẫn liệu thực địa về bệnh lý viêm thận, tổn thương ống dẫn trứng ở gà.
• Đối với cơ quan quản lý thú y, doanh nghiệp sản xuất vacxin và người chăn nuôi: Luận án cung cấp cơ sở khoa học giải thích tình trạng thất bại miễn dịch vacxin IB trên thực địa, định hướng việc nhập khẩu, khảo nghiệm và nghiên cứu sản xuất các dòng vacxin mới phù hợp với các phân type virus đang lưu hành tại Việt Nam.

---

Câu hỏi thường gặp

1. Luận án ghi nhận tỷ lệ gà mắc bệnh và chết do IB tại các tỉnh miền Bắc là bao nhiêu?

Theo kết quả điều tra dịch tễ học giai đoạn 2014–2017 tại 5 tỉnh miền Bắc (Bắc Ninh, Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Yên, Thái Nguyên), tỷ lệ gà mắc IB trung bình là 14,70% và tỷ lệ chết trung bình là 2,45%. Tỷ lệ mắc cao nhất ở nhóm gà $\le 17$ tuần tuổi (17,57%, tỷ lệ chết 7,52%) và cao nhất vào mùa đông (20,50%, tỷ lệ chết 4,23%).

2. Biến đổi bệnh lý đặc trưng nhất của gà đẻ khi nhiễm IBV trong nghiên cứu này là gì?

Ở gà đẻ, ngoài các biểu hiện viêm xuất huyết khí quản và viêm kẽ thận lắng đọng urate, bệnh gây tổn thương nghiêm trọng đường sinh sản gồm teo buồng trứng, đứt vỡ nang trứng gây viêm phúc mạc do lòng đỏ, teo và thoái hóa biểu mô mất lông mao ở ống dẫn trứng, hình thành các túi tích dịch lớn trong ống dẫn trứng gây ra hội chứng "gà đẻ giả" (false layer), làm giảm sản lượng trứng và sinh ra trứng dị dạng, vỏ mỏng, lòng trắng loãng như nước.

3. Có bao nhiêu chủng IBV đã được phân lập và hiệu giá sinh học của chúng đạt mức nào?

Tác giả đã phân lập thành công 10 chủng IBV từ thực địa trên phôi trứng gà SPF 10 ngày tuổi. Các chủng này thích nghi ổn định qua các đời cấy chuyển, làm phôi còi cọc, biến dạng cuộn tròn và tích urate trung thận. Hiệu giá gây nhiễm $EID_{50}/ml$ dao động từ $10^{4,3}$ đến $10^{7,5} EID_{50}/ml$ và hiệu giá gây chết $ELD_{50}/ml$ dao động từ $10^{2,3}$ đến $10^{5,5} ELD_{50}/ml$.

4. Ba chủng virus cường độc nghiên cứu sâu thuộc những kiểu gen (genotype) nào?

Phân tích trình tự gen S xác định 3 chủng virus cường độc gồm VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11 thuộc 3 kiểu gen khác nhau:

• VNUA-HN01: Kiểu gen Q1-like
• VNUA-TN08: Kiểu gen QX-like (LX4)
• VNUA-HP11: Kiểu gen TC07-2-like Cả 3 kiểu gen này đều có mối quan hệ phả hệ gần gũi với các chủng IBV lưu hành tại Trung Quốc.

5. Vì sao các đàn gà đã tiêm vacxin phòng bệnh IB vẫn bị nổ dịch trên thực địa?

Kết quả so sánh trình tự nucleotide và amino acid của gen S cho thấy các chủng cường độc thực địa tại miền Bắc (Q1-like, QX-like, TC07-2-like) có mức độ tương đồng di truyền rất thấp so với các chủng vacxin thương phẩm đang lưu hành tại Việt Nam (chủng H120, Ma5 thuộc serotype Massachusetts và chủng 4/91 thuộc serotype 793B). Do thiếu sự tương đồng kháng nguyên, kháng thể tạo ra từ vacxin không đủ khả năng bảo hộ chéo chống lại các biến chủng thực địa.

---

Kết luận

Luận án tiến sĩ của Nguyễn Thị Loan đã khảo sát có hệ thống dịch tễ học mô tả của bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IB) trên đàn gà tại 5 tỉnh phía Bắc Việt Nam giai đoạn 2014–2017, ghi nhận tỷ lệ mắc 14,70%, tỷ lệ chết 2,45% và xác định 6 nhóm yếu tố nguy cơ liên quan. Nghiên cứu đã phân lập thành công 10 chủng IBV trên phôi gà SPF và giải mã di truyền toàn bộ gen S của 3 chủng cường độc đại diện, xác định sự đồng lưu hành của 3 kiểu gen Q1-like, QX-like và TC07-2-like có quan hệ nguồn gốc với các chủng Trung Quốc. Kết quả phân tích phân tử đã chứng minh mức độ tương đồng thấp giữa các chủng thực địa và các chủng vacxin thương mại (H120, Ma5, 4/91), cung cấp luận cứ khoa học quan trọng cho việc định hướng giải pháp phòng chống dịch và phát triển vacxin IB phù hợp tại Việt Nam.

Trích đoạn nội dung tài liệu

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM -------------------------------- NGUYỄN THỊ LOAN NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN TRUYỀN NHIỀM (INFECTIOUS BRONCHITIS - IB) Ở GÀ NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH PHÍA BẮC VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2018 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ______________________________________________________________ NGUYỄN THỊ LOAN NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN TRUYỀN NHIỄM (INFECTIOUS BRONCHITIS - IB) Ở GÀ NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH PHÍA BẮC VIỆT NAM Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 9.08 Người hướng dẫn khoa học: PGS. Lê Văn Phan TS. Lê Huỳnh Thanh Phương HÀ NỘI - 2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận án đã được cảm ơn, các thông tin trích dẫn trong luận án này đều được chỉ rõ nguồn gốc.

Hà Nội, ngày 18 tháng 12 năm 2018 Tác giả luận án Nguyễn Thị Loan i LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình. Nhân dịp hoàn thành luận án, cho phép tôi được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới PGS. Lê Văn Phan và TS. Lê Huỳnh Thanh Phương, Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài.

Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, Bộ môn Bệnh lý thú y, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán bộ Tập đoàn DABACO Việt Nam đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Tôi xin gửi lời cảm ơn đến những đồng nghiệp công tác tại Công ty TNHH MTV AVAC Việt Nam, Trung tâm Chẩn đoán Thú y DABACO đã hỗ trợ và cung cấp tài liệu cũng như các nguyên liệu cần thiết để tôi thực hiện nghiên cứu. Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên khuyến khích tôi hoàn thành luận án.

Hà Nội, ngày 18 tháng 12 năm 2018 Nghiên cứu sinh Nguyễn Thị Loan ii MỤC LỤC Lời cam đoan. ii Mu ̣c lu ̣c. iii Danh mu ̣c các ký hiê ̣u và các chữ viế t tắ t. vi Danh mu ̣c các bảng.

viii Danh mu ̣c các hiǹ h. ix Trích yếu luận án. xi Thesis abstract. Tính cấp thiết của đề tài.

Mục tiêu nghiên cứu. Phạm vi nghiên cứu. Đối tượng nghiên cứu. Phạm vi nghiên cứu.

Những đóng góp mới của đề tài. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài. Ý nghĩa khoa học của đề tài. Ý nghĩa thực tiễn của đề tài.

Tổng quan tài liệu. Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm ở gà. Lịch sử bệnh viêm phế quản truyền nhiễm trên thế giới. Tình hình bệnh và những vấn đề nghiên cứu về bệnh Viêm phế quản truyền nhiễm ở Việt Nam.

Đặc tính sinh học của IBV. Đặc điểm hình thái, cấu trúc và phân loại. Sức đề kháng, phương thức truyền lây của IBV .