mở đầu của sự thiết lập hệ thống thuộc địa Pháp ở Việt Nam (1858-1897)” do tác giả dịch từ nguyên bản Les débuts de l’installation du système colonial fransçais au Viet Nam (1858-1897). Tác giả 15 Nguyễn Xuân Thọ đã tiếp xúc với nguồn tư liệu quý giá của Bộ ngoại giao Pháp, Bộ Ngoại Vụ Tây Ban Nha, Bộ Hải Quân và Thuộc Địa Pháp, các kho lưu trữ trên đất Pháp. Từ nguồn tài liệu trên, năm 1956, tác giả đã bảo vệ luận án tiến sĩ tại Đại học Sorbonne với đề tài “Cuộc viễn chinh Pháp – Tây Ban Nha tại Nam bộ Việt Nam năm 1858-1862”. Nguyễn Xuân Thọ đã dày công nghiên cứu, dựng lại giai đoạn lịch sử bi tráng của Việt Nam từ 1858-1897.
Cuốn sách được phát triển trên công trình Luận án tiến sĩ này đã được giáo sư Hoàng Xuân Hãn nhận xét: “Bằng cách đưa vào quyển sách này những văn kiện ngoại giao, mà phần lớn chưa được tiết lộ, tác giả cố gắng góp phần vào sự xác định một số giai đoạn lịch sử những buổi đầu trong sự thiết lập hệ thống thuộc địa Pháp ở Việt Nam. Tác phẩm này không chú trọng nhiều về phương pháp tổ chức hành chánh địa phương, do tay người Pháp, tại Việt Nam, mà chỉ nhấn mạnh về bình diện chánh trị, ngoại giao và quốc tế của công cuộc thâm nhập này”. Đây là quyển sách giúp tác giả luận án hiểu thêm về lịch sử Việt Nam, đặc biệt về mối quan hệ Việt - Pháp trong những năm 1858-1897 để có cái nhìn đúng đắn hơn về một giai đoạn lịch sử. Tuy nhiên, công trình này chưa đi sâu nghiên cứu về những hình thức đấu tranh phong phú của người dân vùng đất Nam Kỳ nhằm chống lại sự xâm lược và đô hộ của thực dân Pháp.
Và những nội dung mà Tiến sĩ Nguyễn Xuân Thọ chưa tập trung nghiên cứu kỹ sẽ được tác giả luận án dành nhiều thời gian, công sức để tìm hiểu. Năm 1995, nhà xuất bản thành phố Hồ Chí Minh xuất bản sách “Việt Nam cận đại những sử liệu mới” của tác giả Nguyễn Phan Quang. Sách gồm 2 phần, phần một: Phong trào yêu nước chống Pháp cuối thế kỷ XIX, đầu thế kỷ XX ở Bắc Kỳ, Trung Kỳ và Nam Kỳ và phần hai: Nhà tù Côn Đảo. Công trình này đã giúp tác giả luận án có thêm những tư liệu lịch sử quý giá về phong trào yêu nước chống Pháp cuối thế kỷ XIX ở Nam Kỳ, trên cơ sở đó có những đánh giá, nhận định về các phong trào yêu nước kháng Pháp ở Nam Kỳ trong giai đoạn này.
Bên cạnh việc kế thừa thì tác giả luận án cũng bổ sung thêm tài liệu công báo - nguồn tài liệu gốc có giá trị cao. Quyển “Chống xâm lăng” của tác giả Trần Văn Giàu do Nhà xuất bản Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh phát hành năm 2001, tái bản năm 2017 gồm 3 quyển: 16 quyển thứ nhất “Nam Kỳ kháng Pháp”, quyển thứ hai “Bắc Kỳ kháng Pháp”, quyển thứ ba “Phong trào Cần Vương”. Giáo sư Trần Văn Giàu đã tường thuật diễn tiến của lịch sử trong 40 năm từ năm 1858 khi người Pháp nổ súng xâm lược Việt Nam ở bán đảo Sơn Trà (Đà Nẵng) đến năm 1898 - phong trào Cần Vương kết thúc, thực dân Pháp bắt đầu thi hành chính sách khai thác, bóc lột thuộc địa. Trong công trình này cũng như các công trình khác của mình, Trần Văn Giàu rất chú trọng sử liệu.
Những tư liệu ông sử dụng được kiểm chứng qua nhiều nguồn. Trong quá trình biên soạn, tác giả Trần Văn Giàu sử dụng tư tưởng biện chứng theo quan điểm chủ nghĩa Mác – Lê nin về sử học. Viết dưới dạng biên niên sử, tác giả rất khách quan khi tường thuật, bàn luận về các cuộc khởi nghĩa của nhân dân cũng như sĩ phu yêu nước cuối thế kỷ XIX. Những đánh giá ngắn gọn của tác giả Trần Văn Giàu được tác giả luận án tiếp thu, kế thừa khi nhận định về phong trào kháng Pháp của nhân dân Nam Kỳ như “Ở Nam Kỳ quần chúng anh dũng tham gia kháng chiến và kháng chiến mạnh hơn quân triều đình, khiến địch chiếm thành mà lan ra không được, luôn luôn bị đánh bất ngờ”1 hay “Nam Kỳ là nơi chống mũi chịu sào với địch, nhân dân nổi lên chiến đấu ngay từ lúc đầu”2.
Tuy nhiên, do mục đích của tác giả Trần Văn Giàu là bóc trần âm mưu và tính chất dã man của chính sách thực dân cũng như sự phản phúc của triều đình, sự thối nát của chế độ phong kiến, làm cho học trò của ông căm thù đế quốc và chế độ phong kiến nên một số nhận xét của ông về triều Nguyễn còn chưa thật sự khách quan như nhận định “Phản phúc thay kẻ cầm quyền phong kiến”3. Tóm lại, quyển “Chống xâm lăng” là nguồn tài liệu tham khảo quan trọng đối với những người nghiên cứu lịch sử nói chung cũng như tác giả luận án nói riêng. Bên cạnh việc kế thừa, tác giả luận án cố gắng bổ sung tư liệu về những hình thức đấu tranh độc đáo của nhân dân Nam Kỳ vào nửa sau thế kỷ XIX mà tác giả Trần Văn Giàu chưa đề cập nhiều đến như phong trào phá đường dây điện báo, phong trào không đi lính cho Pháp cũng như cuộc đấu tranh của những nghị viên người Việt trong Hội đồng thuộc địa… Bên cạnh đó, tác giả luận án cũng sẽ có cái 1 (Trần Văn Giàu, 2001, tr. 80) 2 (Trần Văn Giàu, 2001, tr.
126) 3 (Trần Văn Giàu, 2001, tr. 134) 17 nhìn khách quan hơn khi đánh giá về triều Nguyễn thông qua nhiều tư liệu lịch sử mà quan trọng nhất là thông qua quyển Đại Nam thực lục. Bộ sách “Sự phát triển của tư tưởng Việt Nam từ thế kỷ XIX đến Cách mạng tháng Tám” của tác giả Trần Văn Giàu do Nhà xuất bản Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh phát hành vào năm 2020. Bộ sách gồm 3 tập.
Tập 1 với nhan đề: Sự phát triển của tư tưởng ở Việt Nam từ thế kỷ XIX đến Cách mạng tháng Tám (Hệ ý thức phong kiến và sự thất bại của nó trước các nhiệm vụ lịch sử). Trong tập sách này, tác giả Trần Văn Giàu tập trung chứng minh sự thất bại của Nho giáo trong cuộc đấu tranh bảo vệ độc lập dân tộc. Ông lập luận rằng dưới thời Nguyễn, Nho giáo là quốc giáo độc tôn và Nho giáo hay nói đúng hơn, những người theo Nho giáo triều đình chịu trách nhiệm chính trong việc mất nước. Tập 2 với nhan đề: Sự phát triển của tư tưởng ở Việt Nam từ thế kỷ XIX đến Cách mạng tháng Tám (Hệ ý thức Tư sản và sự thất bại của nó trước các nhiệm vụ lịch sử).
Tác giả Trần Văn Giàu đúc kết: "Một ý thức tư tưởng có thể và thường sống lâu dài hơn cơ sở xã hội và chính trị của nó, huống chi, dưới chế độ thực dân Pháp, triều đình Huế được duy trì, giai cấp địa chủ được củng cố làm chỗ dựa cho đế quốc thống trị. Nhưng những tàn dư của hệ ý thức phong kiến trong mọi dạng biểu hiện của nó, dù là do bọn thực dân trực tiếp hay gián tiếp nhào nặn làm công cụ xâm lược, dù là do bản thân người Việt Nam đi tìm trong kho vũ khí tinh thần cũ của dân tộc xem có những món gì xưa mà có thể dùng được cho ngày nay, có thể dùi mài thêm, có thể chấn hưng lên để góp phần gây thành một sức mạnh chống thực dân, những tàn dư được nhào nặn, chấn hưng, dùi mài, sử dụng đó, xét cho cùng đều là những dạng thái khác nhau thuộc hệ ý thức tư sản". Tập 3 với nhan đề: Sự phát triển của tư tưởng ở Việt Nam từ thế kỷ XIX đến Cách mạng tháng Tám (Thành công của chủ nghĩa Mác - Lênin, Tư tưởng Hồ Chí Minh). Tập này được xây dựng dưới dạng lịch sử của phong trào cách mạng Việt Nam từ 1920 đến 1945.
Xuyên suốt cả ba tập, các sự kiện, các giai đoạn lịch sử của phong trào cách mạng được nhìn ở góc độ tư tưởng, lấy sự việc để trình bày và chứng minh tư tưởng, lấy tư tưởng để soi đường cho hành động cách mạng. Ba khái niệm "thất bại", "bất lực", "thành công" nối tiếp nhau trên ba tập sách là tư tưởng chính của tác giả trong bộ lịch sử tư tưởng này. 18 Tác giả Nguyễn Phan Quang với tác phẩm “Việt Nam thế kỷ XIX (1802- 1884)”, nhà xuất bản thành phố Hồ Chí Minh ấn hành năm 2002. Trong tác phẩm này, tác giả đã nghiên cứu, biên soạn và trình bày lại một cách khoa học, hệ thống những nguồn tư liệu gốc trong các kho lưu trữ ở Paris, Aixen Provence và tài liệu ở Trung tâm lưu trữ quốc gia II thành phố Hồ Chí Minh.
Tác phẩm đã cung cấp cho người nghiên cứu một nguồn tư liệu quý, giúp cho tác giả luận án có thêm nhiều tư liệu quan trọng về quá trình và các hoạt động xâm lược Việt Nam của thực dân Pháp cũng như một số hoạt động vũ trang kháng chiến của quân dân ta. Năm 2003, Nhà xuất bản Tôn giáo (Hà Nội) xuất bản tác phẩm Giáo sĩ thừa sai và chính sách thuộc địa của Pháp tại Việt Nam (1857-1914) của Cao Huy Thuần. Tác phẩm là một luận án tiến sĩ năm 1969 (Christianisme et colonialisme au Viet Nam, 1857-1914). Trước đây tác phẩm đã được dịch và phổ biến ở Việt Nam và Hoa Kỳ nhưng bản dịch còn nhiều sai sót.
Được sự bảo trợ của Đại học Yale, năm 1990, tác phẩm đã được xuất bản nguyên văn bằng tiếng Pháp với nhan đề Les missionnaires et la politique coloniale française au Viet Nam, 1857-1914. Năm 1999, Nguyên Thuận đã dịch tác phẩm trên sang tiếng Việt và Nhà xuất bản Tôn giáo đã phát hành vào năm 2003. Tác phẩm chứa đựng một kho tài liệu phong phú, giúp tác giả luận án hiểu thêm về chính sách cai trị của thực dân Pháp – một trong những nguyên nhân làm bùng nổ phong trào đấu tranh của nhân dân Nam Kỳ. Tuy nhiên, do chỉ tập trung tìm hiểu về hoạt động của các giáo sĩ, chính sách thuộc địa của thực dân Pháp nên các vấn đề khác có liên quan đến đề tài như các cuộc đấu tranh vũ trang và phi vũ trang chưa được Cao Huy Thuần trình bày nhiều trong tác phẩm này.
Quyển “Lịch sử nhà Nguyễn một cách tiếp cận mới” do Nhà xuất bản Đại học Sư phạm phát hành năm 2005 đã tập hợp một số lượng khá lớn bài viết của các nhà nghiên cứu hàng đầu trong nước trên tất cả các lĩnh vực của lịch sử nhà Nguyễn, cung cấp cách nhìn đa chiều khi tìm hiểu về triều Nguyễn.