Đặt vấn đề Trong sản xuất nông nghiệp, phân bón đóng vai trò quan trọng quyết định cả về chất lượng và sản lượng thu hoạch. Hiện nay có rất nhiều dạng phân bón khác nhau đã được sản xuất sử dụng trong nông nghiệp như: phân hoá học đa lượng hoặc vi lượng: phân hữu cơ, phân sinh học, phân vi sinh. Trên thế giới cũng như ở nước ta đã có nhiều công trình nghiên cứu giúp cho nông dân biết chọn lựa những loại phân có ích nhất và cách sử dụng phân như: bón phân vào thời điểm nào và liều lượng bao nhiêu là có hiệu quả cao nhất. Tuy nhiên, ngành nông nghiệp nước ta hiện nay chủ yếu sử dụng phân bón hóa học trong canh tác và sản xuất.
Do sử dụng không đúng cách, lạm dụng các loại phân bón và thuốc trừ sâu hóa học làm tăng dư lượng các chất hóa học gây ô nhiễm môi trường đất, môi trường nước và ảnh hưởng đến sinh vật cũng như con người đồng thời làm đất canh tác bị bạc màu nhanh chóng. Dưới tác động của việc đẩy mạnh công nghiệp hóa hiện đại hóa đất nước góp phần làm diện tích đất nông nghiệp ngày một giảm đi. Chính vì vậy để tăng năng suất, sản lượng cây trồng đồng thời phải đảm bảo môi trường phát triển bền vững là một vấn đề cấp thiết hiện nay. Do đó, việc tìm ra giải pháp thay thế thân thiện sinh học là yêu cầu cấp thiết.
Phát triển phân bón sinh học có hiệu quả, phân hủy sinh học và thân thiện với môi trường là một hướng đi phù hợp. Xu hướng sử dụng thuốc trừ sâu sinh học để thay thế dần thuốc trừ sâu hóa học đang ngày càng được mở rộng. Lợi ích của việc sử dụng thuốc trừ sâu sinh học trong các chương trình nông nghiệp và sức khỏe cộng đồng là rất lớn, đặc biệt không để lại dư lượng trên các nông sản, vấn đề gây lo ngại cho người tiêu dùng đặc biệt là đối với các sản phẩm rau quả. Bacillus laterosporus là một trong những loài vi khuẩn được các nhà khoa học nghiên cứu kỹ lưỡng để cho ra những chế phẩm sinh học đặc hiệu tốt cho môi trường.
Đã có khá nhiều sản phẩm phân bón hữu cơ có chứa vi khuẩn Bacillus laterosporus được thương mại trên thị trường Việt Nam như phân bón hữu cơ “Nấm đối kháng Trichoderma”, Kaito Nano Hữu Cơ, Bio Sun. Tuy 1 nhiên, các tiêu chuẩn cơ sở đã được thiết lập ở nước ta không thể định tính hoặc định lượng Bacillus laterosporus trong chế phẩm sinh học. Việc nghiên cứu thiết lập phương pháp phát hiện và định lượng vi khuẩn trong mẫu chế phẩm vi sinh ở điều kiện Việt Nam là cần thiết, có ý nghĩa khoa học và ứng dụng. Xuất phát từ thực tiễn đó, từ xu hướng nghiên cứu hiện nay trên thế giới và trong nước, đề tài nghiên cứu nhằm phát triển phương pháp phát hiện và định lượng vi khuẩn Bacillus laterosporus trong phân bón hữu cơ.
Mục tiêu và yêu cầu 1. Mục tiêu Xây dựng phương pháp phát hiện và định lượng vi khuẩn Bacillus laterosporus trong phân bón hữu cơ. Yêu cầu - Phân lập được vi khuẩn Bacillus laterosporus có trong phân bón hữu cơ. - Đánh giá được đặc điểm hình thái và sinh hóa của các mẫu vi khuẩn Bacillus laterosporus giả định phân lập từ phân bón hữu cơ.
- Định danh được vi khuẩn Bacillus laterosporus giả định bằng phương pháp PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2. Giới thiệu chung về vi khuẩn Bacillus laterosporus Bacillus laterosporus trước đây được gọi là Brevibacillus laterosporus, là một loại vi khuẩn hình thành bào tử hiếu khí được đặc trưng bởi khả năng tạo ra một bao thể bào tử dạng lamellar hình chiếc xuồng tiếp giáp với bào tử. Một số chủng tạo ra các thể vùi tinh thể có hình dạng và kích cỡ khác nhau, chúng được giải phóng riêng biệt khỏi bào tử trong quá trình phân giải túi bào tử.
Bacillus laterosporus có tiềm năng được sử dụng như một tác nhân kiểm soát sinh học, so với các chủng Bacillus thuringiensis và Bacillus sphaericus thì Bacillus laterosporus thể hiện hoạt động sinh học rất rộng (Miljkovic & cs. Lịch sử phát hiện Mối quan hệ của Bacillus laterosporus và côn trùng được ghi nhận đầu tiên vào đầu thế kỉ 20 bởi White (1912), khi ông tiến hành nghiên cứu về vi khuẩn của ong mật bị ảnh hưởng bởi loài ong mật ở châu Âu. Trong số vi khuẩn gây bệnh phân lập được, White đã tìm ra được loài vi khuẩn mới được đặt tên là Bacillus orpheus White. Tuy nhiên, các mô tả chi tiết về vi khuẩn này được đưa ra vào năm 1917 bởi McCray, người đã phân lập các vi khuẩn sinh bào tử khác nhau từ ong (Roy & cs.
Tuy nhiên trên thực tế, vi khuẩn Bacillus laterosporus được đặt tên và mô tả bởi Laubach, người đã phân lập vi khuẩn này từ nước ngọt (Laubach, 1916). Do sự tương đồng của hai chủng phân lập nên tên thứ hai được ưu tiên sử dụng hơn và dùng để chỉ cho loài vi khuẩn này (Smith, 1952). Vào năm 1980 sau khi Donnell đến thăm Iceland ông đã phát hiện ra vi khuẩn này tồn tại ở trong đất nhờ sự phát triển mạnh mẽ của cây trồng mà không cần phân bón. Bacillus laterosporus còn được phân lập được từ nhiều loại nguồn khác nhau như đất (Oliveira & cs., 2004), đá quý (Khan, 2001), nước ngọt (Laubach, 1916), nước biển (Suslova & cs., 2012), côn trùng (White, 1912), bề mặt lá (Roy & cs., 2006), phân hữu cơ (Adegunloye & cs., 2007), sữa (Varadaraj & cs., 1993), phô mai (Román-Blanco & cs., 1999), mật ong (Iurlina, 2005), thực phẩm giàu tinh bột (Fangio, 2010), nước thải nhà máy gelatin (Sharma & cs.
Đặc điểm hình thái Bacillus laterosporus là một loại vi khuẩn hình que, hình thành nội bào tử, có đặc điểm hình thái là tạo ra một cơ thể ký sinh hình xuồng (CSPB) điển hình gắn chặt vào bên trong túi bào tử. Bacillus laterosporus hình thành khuẩn lạc phẳng, nhẵn (trơn), màu trắng hoặc màu be với rìa hình thoi (Ghazanchyan & cs. Bacillus laterosporus là vi khuẩn Gram dương, nội bào tử hình bầu dục làm phồng tế bào, xếp ở hai bên, kích thước ô [µm]: 0,6-0,9 x 1,2 - 4,0. Tính cơ động của vi khuẩn di chuyển bằng Flagella, là vi khuẩn hiếu khí có chế độ dinh dưỡng là hóa dưỡng.
Bằng cách kiểm tra đồng thời độ phì nhiêu của đất và độ hoàn hảo của thảm thực vật địa phương, các chuyên gia đưa ra kết luận rằng một chủng nhất định của các loài Laterosporus hoặc Bacillus laterosporus là hợp lý với điều kiện tối ưu cho hệ thực vật địa phương phát triển mạnh. Vi khuẩn này có thể tiết ra rất nhiều chitinase, ức chế các nấm gây bệnh. Đồng thời, Bacillus laterosporus có thể ức chế các vi khuẩn có hại như Escherichiacoli, Baculovirus, v.1: (A): Ảnh nhuộm Gram vi khuẩn Bacillus laterosporus (B): Hình thái vi khuẩn Bacillus laterosporus, (C): Hình thái khuẩn lạc của vi khuẩn Bacillus laterosporus 4 Nguồn: (https://www.com/brevibacillus-laterosporus-nbrc- 15654.html; Ruiu & cs.cz/obsah/fakulty/fpbt/ostatni/miniatlas/brevb. Thể ký sinh (parasporal body) Đặc điểm hình thái chính đặc trưng cho Bacillus laterosporus là một khía cạnh đã thu hút sự quan tâm của các nhà nghiên cứu khác nhau.
Vào giữa thế kỷ 20, Hannay đã tiến hành quan sát các tế bào bào tử cố định bằng kính hiển vi quang điện tử, đi đến kết luận rằng “thể ký sinh hình xuồng - Canoe-Shaped Parasporal Body” được hình thành trước khi hoàn thành quá trình tạo bào tử và vẫn tồn tại cùng bào tử bởi vì nó là “một phần của bào tử” (Hannay & cs. SW của vi khuẩn Bacillus laterosporus, túi bào tử; sp:- bào tử; SC:- áo bào tử; CSPB:- cơ thể parasporal hình xuồng (Ruiu & cs. Các giả thuyết khác nhau đã được đưa ra vai trò và chức năng của các cơ thể này có thể đóng vai trò là đơn vị lưu trữ nếu bào tử nảy mầm trong môi trường thiếu hụt, có thể hỗ trợ sự nảy mầm của bào tử hoặc có thể là vách phụ hoặc chỉ là biến dạng của vách bào tử. Tuy nhiên, chức năng cụ thể vẫn chưa được xác nhận cho đến nay.
James và Young (1958) đã phân tích thành phần hóa học của cấu trúc áo bào tử, sau khi phát triển một phương pháp tách nó ra khỏi nguyên sinh bào tử. Theo nghiên cứu của họ, các thành phần chính của CSPB là phosphate và nitrogen. Ngoài lượng phosphate dồi dào, vật liệu protein 5 được thu hồi thông qua chiết xuất kiềm với sự có mặt của chất khử (alkali- thioglicollate) phá vỡ liên kết S-S. Kết quả phân tích hình thái và hóa học kết hợp cho thấy rằng thành phần photpho là một phần của cấu trúc của thể ký sinh hình xuồng (Ruiu & cs.
Các cơ thể bào tử khác (PB), khác biệt với CSPB, đã được ghi nhận bên trong túi bào tử bởi Montaldi và Roth (1990), người đã xác định được loại thứ hai, hình cầu, hình góc và loại thứ ba, có vân với các dải song song xen kẽ. Chức năng của các cấu trúc này chưa được làm rõ, nhưng có giả thiết cho rằng cấu trúc này có vai trò trong hoạt động diệt côn trùng (Ruiu & cs. Bacillus laterosporus là một loại vi khuẩn được đặc trưng bởi „thể ký sinh hình xuồng SC – CSPB” bao xung quanh lõi bào tử. Vì vậy, Bacillus laterosporus đã được xác định và mô tả bởi các protein chính của phức hợp SC- CSPB.
Các nhà khoa học đã sử dụng phương pháp sàng lọc protein để tìm ra được 4 protein quan trọng trong Bacillus laterosporus bao gồm với ExsC (42 kDa), CHRD (42 kDa), CpbA (54 kDa) và CpbB (42 kDa) (Ruiu & cs. Các gen mã hóa protein ExsC, CHRD, CpbA và CpbB của Bacillus laterosporus đã được khuếch đại thành công với các đoạn mồi được thiết kế dựa trên các trình tự tương đồng và đã được công bố trên cơ sở dữ liệu NCBI. Trình tự DNA của các gen này hiện nay đã được công bố trên cơ sở dữ liệu GenBank theo các mã số sau: KY124461 (CpbA), KY124462 (CpbB), KY124463 (CHRD) và KY124464 (ExsC) (Marche & cs. Khả năng kháng khuẩn Một số chủng Bacillus laterosporus thể hiện hoạt tính kháng khuẩn tương đối rộng đối với các loại vi khuẩn và nấm khác nhau.
Đặc tính sinh học này có liên quan đến việc sản xuất nhiều loại enzyme và kháng sinh bởi Bacillus laterosporus. Chủng vi khuẩn Bacillus laterosporus BPM3, phân lập từ bùn ở Ấn Độ, được xác định là có khả năng ức chế sự phát triển của nấm gây bệnh thực vật như Fusarium oxysporum, Aspergillus sp, Alternaria, Colletotrichum gloeosporioides và sự phát triển của vi khuẩn cầu khuẩn Gram 6 dương Staphylococcus aureus. Các hợp chất kháng khuẩn và kháng nấm từ chủng vi khuẩn này đã được tinh sạch và mô tả.