Đ¾I HàC QUÞC GIA HÀ NÞI TR¯âNG Đ¾I HàC Y D¯þC Ph¿m Thß Ph°¢ng ThÁo ĄNG DĀNG KĀ THUÂT PCR Đ PHÁT HIàN ĐÞT BI¾N GENE CALR TYPE 1 VÀ TYPE 2 ä NHĀNG BàNH NHÂN MÄC HÞI CHĄNG TNG SINH TĂY ÂM TÍNH VàI ĐÞT BI¾N JAK2V617F KHÓA LUÂN TÞT NGHIàP Đ¾I HàC NGÀNH K) THUÂT XÉT NGHIàM Y HàC Hà Nßi - 2023 Đ¾I HàC QUÞC GIA HÀ NÞI TR¯âNG Đ¾I HàC Y D¯þC Ph¿m Thß Ph°¢ng ThÁo ĄNG DĀNG KĀ THUÂT PCR Đ PHÁT HIàN ĐÞT BI¾N GENE CALR TYPE 1 VÀ TYPE 2 ä NHĀNG BàNH NHÂN MÄC HÞI CHĄNG TNG SINH TĂY ÂM TÍNH VàI ĐÞT BI¾N JAK2V617F KHÓA LUÂN TÞT NGHIàP Đ¾I HàC NGÀNH K) THUÂT XÉT NGHIàM Y HàC Cán bß h°áng dÁn: Ts. D°¢ng Qußc Chính Ths. Trần TuÃn Anh Hà Nßi - 2023 Khóa luận tốt nghiệp Phạm Thị Phương Thảo - K8 Kỹ thuật xét nghiệm y học LâI CÀM ¡N Tr°ớc tiên, tôi xin gāi lßi cÁm ¢n chân thành và sâu sÁc tới TS. D°¢ng Quác Chính – GiÁng viên tr°ßng đ¿i hãc Y D°ợc – Đ¿i hãc Quác gia Hà Nội kiêm Tr°áng Khoa Di truyền & Sinh hãc phân tā - Viãn HuyÁt hãc và Truyền máu Trung ¯¢ng.
GiÁng viên đã h°ớng dẫn tôi trong quá trình nghiên cāu, đã luôn t¿n tình h°ớng dẫn, quan tâm, giÁi đáp nhăng thÁc mÁc, khó khn, đãng thßi luôn động viên tôi trong suát quá trình, giúp tôi hãc đ°ợc nhăng bài hãc quý báu, đß tôi có thß hoàn thành tát đề tài cÿa mình. Tôi xin trân trãng cÁm ¢n ThS. TrÅn TuÃn Anh- Th¿c sĩ kỹ thu¿t xét nghiãm – Khoa Di truyền & Sinh hãc phân tā - Viãn HuyÁt hãc và Truyền máu Trung ¯¢ng, ng°ßi đã h°ớng dẫn tôi nhăng điều c¢ bÁn nhÃt tÿ ngày đÅu tiên tham gia vào nhóm nghiên cāu thực nghiãm, hç trợ nhiãt tình cho tôi trong suát quá trình thực hành tÿ nhăng thao tác nhß nhÃt và giúp đỡ, chia sẻ cho tôi nhăng tài liãu hău ích trong suát thßi gian là thành viên cÿa nhóm. ĐÁc biãt h¢n cÁ, anh đã giúp tôi thêm gÁn bó chÁt ch¿ với các thành viên trong nhóm và môi tr°ßng thực hành á viãn.
Đãng thßi không thß thiÁu đ°ợc, tôi trân trãng cÁm ¢n sự tài trợ cÿa Viãn HuyÁt hãc Truyền máu Trung °¢ng cho đề tài. Trong quá trình hãc t¿p, làm viãc và thực hiãn khóa lu¿n, tôi đã nh¿n đ°ợc sự giúp đỡ nhiãt tình cÿa các thÅy cô, anh chá và các b¿n sinh viên làm viãc t¿i thực t¿p t¿i Khoa Di truyền – Sinh hãc phân tā. Tôi xin chân thành cÁm ¢n. Đß thực hiãn tát khóa lu¿n này, tôi xin gāi lßi cÁm ¢n tới Ban chÿ nhiãm khoa, cùng toàn thß các thÅy cô giáo tr°ßng đ¿i hãc Y d°ợc - Đ¿i hãc Quác gia Hà Nội đã cho tôi nhăng kiÁn thāc quý báu trong quá trình hãc t¿p t¿i tr°ßng.
Hà Nội, ngày 24 tháng 05 năm 2023 Ph¿m Thß Ph°¢ng ThÁo Khóa luận tốt nghiệp Phạm Thị Phương Thảo - K8 Kỹ thuật xét nghiệm y học DANH MĀC CÁC TĆ VI¾T TÄT Tć vi¿t tÅt Tên đầy đă Tć ti¿ng viát CALR Calreticulin Chronic myelogenous Bãnh L¢-xê-mi kinh CML leukemia dòng h¿t DNA Deoxyribonucleotid acid EDTA Ethylenediaminetraacetic acid Bãnh tng tißu cÅu tiên ET Essential thrombocythaemia phát JAK2 Janus kinase 2 Gen JAK2 MPNs Myeloproliferative neoplasm Bãnh tng sinh tÿy m¿n Myeloproliferative leukemia MPL Gen MPL virus oncogene NC Normal Control Mẫu chāng âm GiÁi trình tự gen thÁ hã NGS Next Generation Sequencing mới PhÁn āng khuÁch đ¿i PCR Polymerase chain reaction chuçi Nhiám sÁc thß Ph Philadelphia chromosome Philadelphia Bãnh x¢ tÿy nguyên PMF Primary myelofibrosis phát POS Positive Mẫu chāng d°¢ng Khóa luận tốt nghiệp Phạm Thị Phương Thảo - K8 Kỹ thuật xét nghiệm y học PV Polycythaemia vera Bãnh đa hãng cÅu nguyên phát RNA Ribonucleic acid WHO World Health Organization Tå chāc Y tÁ thÁ giới G-CSF Granulocyte YÁu tá kích thích b¿ch colonystimulating factor cÅu h¿t HSC Hematopietic stem cells Các tÁ bào gác t¿o máu TBCAT Tng b¿ch cÅu ái toan TBCAK Tng b¿ch cÅu ái kiềm AS- PCR Allele-specific PCR ĐÁc hiãu allene Khóa luận tốt nghiệp Phạm Thị Phương Thảo - K8 Kỹ thuật xét nghiệm y học DANH MĀC HÌNH Hình 1. Vß trí căa nhißm sÅc thà chąa gen CALR. To¿ đß căa gen CALR trên nhißm sÅc thà sß 19. CÃu trúc căa protein Calreticulin.
Đßt bi¿n gen CALR type 1 và type 2 trên exon 9 [18]. Quy trình nghiên cąu. Nguyên lí căa phÁn ąng PCR. Vß trí căa mßi đầu (F) Forward và mßi đầu (R) Reverse.
K¿t quÁ tßi °u nhiát đß gÅn mßi trong PCR phát hián đßt bi¿n CALR type 1. K¿t quÁ tßi °u nhiát đß gÅn mßi trong PCR phát hián đßt bi¿n CALR type 2 .27 Khóa luận tốt nghiệp Phạm Thị Phương Thảo - K8 Kỹ thuật xét nghiệm y học DANH MĀC BÀNG BIÂU BÁng 2. Các bi¿n sß trong nghiên cąu. Dāng cā và vÃt t° tiêu hao sÿ dāng trong thí nghiám.
Thành phần và chu trình nhiát phÁn ąng PCR phát hián đßt. 16 bi¿n CALR type 1. Thành phần và điÁu kián phÁn ąng PCR phát hián đßt bi¿nCALR type 2.1: Phân bß vÁ giái tính căa nhóm nghiên cąu .2: Phân bß tćng nhóm bánh nghiên cąu .3: Phân bß khoÁng tuái căa nhóm bánh nghiên cąu. Phân bß khoÁng tuái theo tćng nhóm bánh nghiên cąu.
Thi¿t k¿ mßi phát hián đßt bi¿n CALR type 1. Thi¿t k¿ mßi phát hián đßt bi¿n CALR type 2. Phân bß tÿ lá đßt bi¿n trong nghiên cąu. Phân bß tÿ lá đßt bi¿n theo nhóm bánh.
Phân bß tÿ lá đßt bi¿n theo giái tính å nhóm nghiên cąu. Phân bß tÿ lá đßt bi¿n theo khoÁng tuái å nhóm nghiêncąu. Tÿ lá thà bánh trong nhóm nghiên cąu &&&&&&&&24 MĀC LĀC Đ¾T VÂN ĐÀ.1 CH¯¡NG 1 - TàNG QUAN TÀI LIàU. Tång quan về hội chāng tng sinh tuỷ.
Khái niãm và đÁc đißm dách tá hãc. C¢ chÁ sinh bãnh hãc. Tång quan về gen liên quan đÁn hội chāng rái lo¿n tng sinh tÿy&&. Tång quan về gen CALR.
ĐÁc đißm di truyßn cÿa gen CALR. Vai trò cÿa gen CALR trong hội chāng tng sinh tÿy.7 CH¯¡NG 2 - ĐÞI T¯þNG VÀ PH¯¡NG PHÁP NGHIÊN CĄU. Tiêu chuẩn lựa chãn. Tiêu chuẩn lo¿i trÿ.
Ph°¢ng pháp chãn mẫu. Đáa đißm và thßi gian nghiên cāu. Thßi gian nghiên cāu. Ph°¢ng pháp nghiên cāu.
ThiÁt kÁ nghiên cāu: mô tÁ cÁt ngang. Ph°¢ng pháp nghiên cāu. V¿t t°, hóa chÃt và trang thiÁt bá sā dụng trong nghiên cāu. Quy trình nghiên cāu.
Quy trình kỹ chiÁt DNA tång sá sā dụng h¿t tÿ. Kißm tra, đánh giá nãng độ DNA trên máy quang phå Nano Drop. Kỹ thu¿t PCR trong phát hiãn đột biÁn CALR type 1 và type 2…………14 2. QuÁn lý và phân tích sá liãu.&&19 CH¯¡NG 3 - K¾T QUÀ.
ĐÁc đißm chung cÿa bãnh nhân nghiên cāu. ĐÁc đißm về giới tính cÿa nhóm nghiên cāu. ĐÁc đißm về tuåi cÿa nhóm nghiên cāu. ĐÁc đißm về các thß bãnh cÿa nhóm nghiên cāu.
Xây dựng và hoàn thiãn quy trình PCR phát hiãn đột biÁn CALR type 1 và type 2. Nghiên cāu các cÁp mãi cho qui trình PCR. Các cặp mồi suy biến cho đột biến CALR type 1. Các cặp mồi đặc hiệu cho đột biến CALR type 2.
Tái °u nhiãt độ kỹ thu¿t PCR phát hiãn đột biÁn CALR. KÁt quÁ āng dụng quy trình PCR phát hiãn đột biÁn CALR type 1 và CALR type 2. ĐÁc đißm, phân bá hai lo¿i đột biÁn gen CALR trong nghiên cāu&.27 CH¯¡NG 4 - BÀN LUÂN.31 K¾T LUÂN VÀ ĐÀ XUÂT.34 TÀI LIàU THAM KHÀO.&&& Khóa luận tốt nghiệp Phạm Thị Phương Thảo - K8 Kỹ thuật xét nghiệm y học Đ¾T VÂN ĐÀ Hội chāng tng sinh tÿy (Myeloproliferative neoplasm-MPNs) là sự tng sinh bÃt th°ßng cÿa các tÁ bào gác tÿy x°¢ng, bißu hiãn là tng tißu cÅu, tng hãng cÅu hoÁc b¿ch cÅu trong máu và đôi khi tng sinh x¢ trong tÿy x°¢ng với dián biên tiÁp theo là sinh máu ngoài tÿy (sự sÁn xuÃt tÁ bào bên ngoài tÿy x°¢ng) và chúng đ°ợc phân lo¿i là tng tißu cÅu tiên phát (Essential thrombocythaemia - ET), X¢ tÿy nguyên phát (Primary myelofibrosis - PMF), Đa hãng cÅu nguyên phát (Polycythaemia vera - PV), L¢ xê mi kinh dòng tÿy. Ngoài ra các thß tng sinh tÿy ít phå biÁn h¢n bao gãm hội chāng tng b¿ch cÅu ái toan và tng tÁ bào mastocytosis và các hội chāng tng b¿ch cÅu h¿t khác.
Các khái u tng sinh tÿy cjng có thß t°¢ng đãng với các hội chāng tng sinh tÿy. Tuy có tên chung là hội chāng tng sÁn tÿy nh°ng các kißu bãnh khác nhau mang các đÁc đißm di truyền hãc khác nhau và trong đó, đột biÁn gen JAK2V617F và gen CALR đ°ợc xác đánh là nhăng dÃu Ãn có giá trá trong chẩn đoán hội chāng tng sinh tÿy [1]. Janus kinase 2 là một thành viên cÿa hã enzym Tyrosine kinase lo¿i I và tham gia vào quá trình truyền tín hiãu cho các thụ thß erythropoietin, thrombopoietin và yÁu tá kích thích b¿ch cÅu h¿t. Các đột biÁn cÿa gen Janus kinase 2 (JAK2) là nguyên nhân gây ra bãnh đa hãng cÅu và chiÁm một tỷ lã cao các tr°ßng hợp tng tißu cÅu tiên phát và bãnh x¢ tÿy nguyên phát.[2] Gen CALR cjng bá đột biÁn á một tỷ lã đáng kß á bãnh nhân tng tißu cÅu tiên phát và bãnh nhân x¢ tÿy nguyên phát và hiÁm khi á bãnh đa hãng cÅu.
Đột biÁn gen CALR trong hội chāng tng sinh tÿy đã đ°ợc báo cáo là dÃu hiãu quan trãng trong chẩn đoán phân tā, đÁc biãt á nhăng bãnh nhân âm tính với JAK2 V617F[3]. Gen CALR đã đ°ợc xác đánh là đột biÁn gây bãnh á một phÅn t° các bãnh nhân mÁc ET và PMF [4]. Trong nhăng nm gÅn đây ng°ßi ta phát hiãn thÃy sự xuÃt hiãn cÿa đột biÁn gen CALR trên các nhóm hội chāng tng sÁn tÿy không mang đột biÁn JAK2 vì thÁ đột biÁn CALR nhanh chóng trá thành một tiêu chí đß chẩn đoán bãnh này[5]. Đß tìm hißu và chuẩn đoán rõ h¢n về các biÁn thß đột biÁn gen CALR, các đột biÁn CALR đ°ợc phân tích bằng các kỹ thu¿t bao gãm kỹ thu¿t PCR đÁc hiãu 1 Khóa luận tốt nghiệp Phạm Thị Phương Thảo - K8 Kỹ thuật xét nghiệm y học allene (Allele-specific polymer chain reaction- AS-PCR), PCR đánh l°ợng thßi gian thực (Real Time PCR – qPCR), giÁi trình tự thÁ hã mới (Next-Generation Sequencing - NGS),.Trong đó PCR là kỹ thu¿t một dá làm, mang l¿i hiãu quÁ kinh tÁ cao đang đ°ợc sā dụng đß phát hiãn đột biÁn gen CALR á nhăng bãnh nhân mÁc hội chāng tng sinh tÿy.
Tuy nhiên ph°¢ng pháp này và các bộ kit đß xét nghiãm ch°a đ°ợc áp dụng phå biÁn á Viãt Nam. Vì v¿y chúng tôi tiÁn hành nghiên cāu <Āng dụng kỹ thuật PCR phát hiện đột biến gen CALR type 1 và type 2 ở những bệnh nhân mắc hội chāng tăng sinh tÿy âm tính với JAK2V617F= nhằm āng dụng trong chẩn đoán và điều trá hội chāng tng sÁn tÿy.