Luận văn thạc sĩ vnua nghiên cứu mối liên hệ giữa sự đa kháng với tỷ lệ phát hiện gen kháng cephalosporin của vi khuẩn escherichia coli phân lập được từ chất thải của lợn

Luận văn thạc sĩ nghiên cứu vnua nghiên cứu mối liên hệ giữa sự đa kháng với tỷ lệ phát hiện gen kháng cephalosporin của vi, khảo sát thực trạng, phân tích nguyên nhân, đề xuất

• Tác giả: Phạm Lê Minh
• Người hướng dẫn: TS. Đặng Thị Thanh Sơn
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Thú y
• Đề tài: Nghiên cứu mối liên hệ giữa sự đa kháng với tỷ lệ phát hiện gen kháng Cephalosporin của vi khuẩn Escherichia coli phân lập được từ chất thải của lợn
• Loại tài liệu: Luận văn
• Năm xuất bản: 2018
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 1.1. Lời cam đoan
• 1.2. Mục lục
• 1.3. Danh mục chữ viết tắt
• 1.4. Danh mục bảng
• 1.5. Danh mục hình ảnh
• 1.6. Trích yếu luận văn
• 1.7. Thesis abstact
• 1.8. Tính cấp thiết của đề tài
• 1.9. Ý nghĩa của đề tài
• 1.10. Tổng quan tài liệu
• 1.10.1. Vi khuẩn Escherichia coli (E. coli)
• 1.10.2. Một số nhóm kháng sinh chính
• 1.11. Đối tượng, nội dung, nguyên liệu, phương pháp nghiên cứu
• 1.11.1. Vật liệu nghiên cứu
• 1.11.2. Nội dung nghiên cứu
• 1.11.3. Địa điểm nghiên cứu và số mẫu nghiên cứu
• 1.11.4. Phương pháp nghiên cứu
• 1.11.4.1. Phương pháp thu thập mẫu phân lợn tại nền chuồng nuôi
• 1.11.4.2. Phương pháp phân lập vi khuẩn E.coli kháng cefotaxime
• 1.11.4.3. Phương pháp kiểm tra tính mẫn cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn E. coli kháng cefotaxime phân lập được
• 1.11.4.4. Phương pháp khoanh giấy đôi (Double-disks test) phát hiện các chủng E.coli sản sinh ESBL
• 1.11.4.5. Phương pháp PCR phát hiện gen kháng cephalosporin (TEM, CTX, và SHV) của các chủng E. coli sản sinh ESBL
• 1.11.4.6. Phương pháp điện di kiểm tra kết quả
• 1.11.4.7. Phương pháp xử lý số liệu
• 1.12. Kết quả và thảo luận
• 1.12.1. Kết quả thu thập thông tin về sử dụng kháng sinh cho lợn tại Thái Bình và Sóc Sơn
• 1.12.2. Kết quả thu thập mẫu
• 1.12.3. Kết quả phân lập vi khuẩn E. coli kháng cefotaxime
• 1.12.4. Kết quả giám định đặc tính sinh hóa của các chủng E. coli phân lập được
• 1.12.5. Kết quả xác định mức độ mẫn cảm và tỷ lệ đa kháng với một số kháng sinh nhóm Cephalosporin của các chủng E. coli phân lập được
• 1.12.6. Kết quả phát hiện mối liên quan giữa khả năng sản sinh men ESBL và tỷ lệ mẫn cảm với kháng sinh nhóm Cephalosporin của E. coli
• 1.12.7. Kết quả phát hiện gene kháng Cephalosporin ở các chủng E. coli sản sinh men ESBL phân lập được
• 1.13. Kết luận và đề nghị
• Tài liệu tham khảo

Tóm tắt

I. Tổng quan về mối liên hệ giữa đa kháng và gen kháng cephalosporin của E

Nghiên cứu mối liên hệ giữa sự đa kháng và gen kháng cephalosporin của vi khuẩn E. coli từ chất thải lợn là một vấn đề cấp thiết trong bối cảnh hiện nay. E. coli là một trong những vi khuẩn phổ biến nhất trong đường ruột của động vật và con người. Tuy nhiên, sự gia tăng của các chủng E. coli kháng kháng sinh, đặc biệt là nhóm cephalosporin, đang trở thành một thách thức lớn trong y tế và chăn nuôi. Việc hiểu rõ mối liên hệ này sẽ giúp xác định nguy cơ và đưa ra các biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

1.1. Đặc điểm của vi khuẩn E. coli và sự đa kháng

Vi khuẩn E. coli có khả năng kháng thuốc cao, đặc biệt là với các kháng sinh nhóm cephalosporin. Sự đa kháng này thường liên quan đến việc sử dụng kháng sinh không hợp lý trong chăn nuôi. Theo nghiên cứu, tỷ lệ E. coli kháng cephalosporin trong chất thải lợn có thể lên đến 82%. Điều này cho thấy sự cần thiết phải kiểm soát việc sử dụng kháng sinh trong ngành chăn nuôi.

1.2. Tình hình kháng sinh và gen kháng ở E. coli

Các gen kháng cephalosporin như TEM, CTX, và SHV thường được phát hiện ở các chủng E. coli kháng thuốc. Nghiên cứu cho thấy 68% các chủng E. coli mang gen CTX, trong khi 12% mang gen TEM. Việc phát hiện các gen này không chỉ giúp hiểu rõ hơn về cơ chế kháng thuốc mà còn cung cấp thông tin quan trọng cho việc điều trị bệnh.

II. Vấn đề và thách thức trong nghiên cứu mối liên hệ này

Mặc dù có nhiều nghiên cứu về E. coli và sự kháng thuốc, nhưng vẫn còn nhiều thách thức trong việc xác định mối liên hệ giữa đa kháng và gen kháng cephalosporin. Một trong những vấn đề chính là sự thiếu hụt dữ liệu về tình hình kháng thuốc ở các vùng khác nhau. Ngoài ra, việc thu thập mẫu và phân lập vi khuẩn cũng gặp nhiều khó khăn do điều kiện thực địa.

2.1. Khó khăn trong việc thu thập mẫu và phân lập vi khuẩn

Việc thu thập mẫu phân lợn từ các trang trại chăn nuôi không phải lúc nào cũng dễ dàng. Nhiều trang trại không có quy trình vệ sinh tốt, dẫn đến việc mẫu thu thập có thể bị ô nhiễm. Điều này ảnh hưởng đến độ chính xác của kết quả nghiên cứu.

2.2. Thiếu hụt dữ liệu về tình hình kháng thuốc

Tình hình kháng thuốc của E. coli ở Việt Nam chưa được nghiên cứu đầy đủ. Nhiều nghiên cứu chỉ tập trung vào một số khu vực nhất định, trong khi các khu vực khác có thể có tình hình kháng thuốc khác nhau. Việc thiếu hụt dữ liệu này gây khó khăn cho việc xây dựng các biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

III. Phương pháp nghiên cứu mối liên hệ giữa đa kháng và gen kháng

Để nghiên cứu mối liên hệ giữa sự đa kháng và gen kháng cephalosporin của E. coli, các phương pháp nghiên cứu hiện đại như PCR và phân lập vi khuẩn được áp dụng. Những phương pháp này giúp xác định chính xác các chủng vi khuẩn và gen kháng có mặt trong mẫu.

3.1. Phương pháp thu thập mẫu và phân lập vi khuẩn

Mẫu phân lợn được thu thập từ các trang trại chăn nuôi và được xử lý để phân lập các chủng E. coli kháng cefotaxime. Phương pháp này giúp xác định tỷ lệ vi khuẩn kháng thuốc trong chất thải lợn.

3.2. Phương pháp PCR để phát hiện gen kháng

Phương pháp PCR được sử dụng để phát hiện các gen kháng cephalosporin như TEM, CTX, và SHV. Kỹ thuật này cho phép xác định nhanh chóng và chính xác sự hiện diện của các gen kháng trong các chủng vi khuẩn phân lập được.

IV. Kết quả nghiên cứu và ứng dụng thực tiễn

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ E. coli kháng cephalosporin trong chất thải lợn là 82%. Hơn nữa, 80% các chủng kháng thuốc có khả năng sản sinh men ESBL. Những phát hiện này không chỉ cung cấp thông tin quan trọng về tình hình kháng thuốc mà còn giúp xây dựng các biện pháp phòng ngừa hiệu quả trong chăn nuôi.

4.1. Tỷ lệ kháng thuốc và khả năng sản sinh men ESBL

Nghiên cứu cho thấy 100% các chủng kháng với 5 loại kháng sinh cephalosporin thế hệ 2 và 3 có khả năng sản sinh men ESBL. Điều này cho thấy sự liên quan chặt chẽ giữa khả năng kháng thuốc và sự sản sinh men kháng sinh của E. coli.

4.2. Ứng dụng kết quả nghiên cứu trong thực tiễn

Kết quả nghiên cứu có thể được áp dụng để xây dựng các chính sách quản lý sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi. Việc kiểm soát việc sử dụng kháng sinh sẽ giúp giảm thiểu nguy cơ kháng thuốc và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

V. Kết luận và triển vọng tương lai của nghiên cứu

Nghiên cứu mối liên hệ giữa đa kháng và gen kháng cephalosporin của E. coli từ chất thải lợn đã chỉ ra những vấn đề nghiêm trọng trong việc quản lý kháng sinh trong chăn nuôi. Kết quả nghiên cứu không chỉ cung cấp thông tin quan trọng mà còn mở ra hướng đi mới cho các nghiên cứu tiếp theo.

5.1. Tóm tắt kết quả nghiên cứu

Kết quả cho thấy tỷ lệ E. coli kháng cephalosporin cao và sự hiện diện của các gen kháng. Điều này nhấn mạnh sự cần thiết phải có các biện pháp can thiệp kịp thời.

5.2. Triển vọng nghiên cứu trong tương lai

Các nghiên cứu tiếp theo cần tập trung vào việc mở rộng quy mô và phạm vi nghiên cứu để có cái nhìn tổng quát hơn về tình hình kháng thuốc của E. coli tại Việt Nam. Điều này sẽ giúp xây dựng các chiến lược phòng ngừa hiệu quả hơn trong ngành chăn nuôi.

Trích đoạn nội dung tài liệu

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM PHẠM LÊ MINH NGHIÊN CỨU MỐI LIÊN HỆ GIỮA SỰ ĐA KHÁNG VƠI TỶ LỆ PHÁT HIỆN GEN KHÁNG CEPHALOSPORIN CỦA VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI PHÂN LẬP ĐƯỢC TỪ CHẤT THẢI CỦA LỢN Ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Người hướng dẫn khoa học: TS. Đặng Thị Thanh Sơn PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2018 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu và kết quả nghiên cứu trong luận văn này là trung thực và chưa được sử dụng công bố trong bất kỳ tài liệu nào. Tôi xin cam đoan mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn này đã được cảm ơn và các thông tin trích dẫn trong luận văn đều đã được chỉ rõ nguồn gốc.

Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Phạm Lê Minh i LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] LỜI CẢM ƠN Trong thời gian thực tập và hoàn thành luận văn tốt nghiệp, bên cạnh sự cố gắng của bản thân, tôi đã nhận được rất nhiều sự giúp đỡ, những lời động viên khuyến khích và sự chia sẻ chân thành của cácThày Cô và đồng nghiệp Lời đầu tiên, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới TS. Đặng Thị Thanh Sơn – Phó trưởng Bộ môn Vệ Sinh Thú y, Viện Thú y và PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ – Trưởng Bộ môn Vi sinh vật Truyền nhiễm, Khoa Thú Y, Học Viện Nông Nghiệp Việt Nam đã luôn tận tình, tâm huyết hướng dẫn tôi trong suốt thời gian tôi thực tập làm luận văn tốt nghiệp. Tôi luôn biết ơn tập thể các Thày Cô giáo Khoa Thú y- Học viện NN đã giảng dạy và giúp đỡ tôi hoàn thành các môn học của chương trình Thạc sĩ.

Tôi gửi lời cảm ơn tập thể cán bộ, nhân viên Bộ môn Vệ sinh Thú Y- Viện Thú Y đã tạo điều kiện giúp đỡ, hỗ trợ tôi trong suốt thời gian tôi thực tập tại Bộ môn. Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, bạn bè và đồng nghiệp đã luôn động viên tôi trong suốt thời gian học tập và hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Phạm Lê Minh ii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] MỤC LỤC Lời cam đoan. ii Mục lục.

iii Danh mục chữ viết tắt. v Danh mục bảng. vi Danh mục hình ảnh. vii Trích yếu luận văn.

viii Thesis abstact. Tính cấp thiết của đề tài. Ý nghĩa của đề tài. Tổng quan tài liệu.

Vi khuẩn Escherichia coli (E. Một số nhóm kháng sinh chính. Khả năng kháng kháng sinh của vi khuẩn. Bản chất di truyền của tính đề kháng và các phương thức chuyển tải gene.

Cơ chế kháng thuốc nhóm Cephalosporia của vi khuẩn E. Các kiểu gen ESBL. Kiểu gen TEM - ESBL. Kiểu gen SHV- ESBL.

Kiểu gen CTX-M ESBL. Phân bố dịch tễ của ESBL. Chất thải chăn nuôi- nguồn lưu cữu vi khuản mang gen kháng thuốc. Một số nghiên cứu về hiện tượng kháng thuốc của vi khuẩn.

Tình hình nghiên cứu ngoài nước. Tình hình nghiên cứu trong nước. Đối tượng, nội dung, nguyên liệu, phương pháp nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu.

Nội dung nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu và số mẫu nghiên cứu. 19 iii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail. Phương pháp nghiên cứu.

Phương pháp thu thập mẫu phân lợn tại nền chuồng nuôi. Phương pháp phân lập vi khuẩn E.coli kháng cefotaxime. Phương pháp kiểm tra tính mẫn cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn E. Coli kháng cefotaxime phân lập được.

Phương pháp khoanh giấy đôi (Doulble-disks test)phát hiện các chủng E.coli sản sinh ESBL. Phương pháp PCR phát hiện gen kháng cephalosporin (TEM, CTX, và SHV) của các chủng E. Coli sản sinh ESBL (Hasman et al., 2005, Olesen et al. Phương pháp điện di kiểm tra kết quả.

Phương pháp sử lý số liệu. Kết quả và thảo luận. Kết quả thu thập thông tin về sử dụng kháng sinh cho lợn tại Thái Bình và Sóc Sơn. Kết quả thu thập mẫu.

Kết quả phân lập vi khuẩn E. Coli kháng cefotaxime. Kết quả giám định đặc tính sinh hóa của các chủng E. Coli phân lập được.

Kết quả xác định mức độ mẫn cảm và tỷ lệ đa kháng với một số kháng sinh nhóm Cephalosporin của các chủng E. Coli phân lập được. Kết quả phát hiện mối liên quan giữa khả năng sản sinh men ESBL và tỷ lệ mẫn cảm với kháng sinh nhóm Cephalosporin của E. Kết quả phát hiện gene kháng Cephalosporin ở các chủng E.

Coli sản sinh men ESBL phân lập được. Kết luận và đề nghị. 39 Tài liệu tham khảo. 41 iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt MH: Muller Hinton PCA: Plate count agar E.

coli: Escherichia coli ESBL: Men beta-lactamase phổ rộng VP, MR: VOGES- PROSKAUER , METHYL RED ST: Stable toxin VK: Vi khuẩn PAB: Para- amino benzoic Cs, et al Cộng sự PSW: Penton saline water AMC: Amoxicillin/clavulanic NA: Nutrient agar Cf: Cefoperazone Cx: Ceftriaxone Cz: Ceftazidime Cu: Cefuroxime v LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Một số kháng sinh thuộc nhóm Cephalosporin. Bảng đánh giá đường kính vòng vô khuẩn. Chu trình nhiệt phản ứng PCR.

Các cặp gen mồi để phát hiện các gen kháng kháng sinh TEM, SHV and CTX-M (Hasman et al. Một số loại thuốc kháng sinh trong phòng và trị bệnh cho lợn tại các hộ chăn nuôi thuộc tỉnh Thái Bình. Một số loại thuốc kháng sinh trong phòng và trị bệnh cho lợn tại các hộ chăn nuôi thuộc huyện Sóc Sơn. Số lượng mẫu phân nền chuồng lợn thu thập được.

Kết quả phân lập vi khuẩn E. coli kháng cefotaxime. Kết quả kiểm tra sinh hóa của một số chủng vi khuẩn E. coli phân lập được ở Thái Bình và Sóc Sơn.

Tỷ lệ đa kháng thuốc nhóm Cephalosporin của các chủng E. Coli được kiểm tra tính mẫn cảm kháng sinh. Mối tương quan giữa khả năng đa kháng kháng sinh nhóm cephalosporin và tỷ lệ sản sinh men ESBL của vi khuẩn E. coli phân lập được.

Khả năng sản sinh ESBLcủa các chủng vi khuẩn E.coli phân lập được tỷ lệ vớikhả năng mẫn cảm kháng sinh cephalosporin. Tỷ lệ phát hiện các chủng E.coli mang một hoặc cả hai genes (CTX, TEM) kháng cephalosporin. 37 vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 2. Hình ảnh vi khuẩn E.coli trên kính hiển vi điện tử.

Cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn. Vị trí tác động của enzyme beta-lactamse. Cấu trúc xoắn của một số dẫn chất kiểu gen TEM. Phân bố của vi khuẩn mang gen ESBL trên thế giới Nam và Trung Mỹ.

Tỷ lệ phát hiện các chủng E. coli đa kháng cephalosporin ở phân lợn. Mối tương quan giữa khả năng đa kháng kháng sinh nhóm cephalosporin và tỷ lệ sản sinh men ESBL của vi khuẩn E. coli phân lập được.

Khả năng sản sinh ESBLcủa các chủng vi khuẩn E.coli phân lập được tỷ lệ với khả năng mẫn cảm kháng sinh cephalosporin. Tỷ lệ các gen kháng cephalosporin được phát hiện từ các chủng E. coli sản sinh ESBL. 41 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả : Phạm Lê Minh Tên luận văn: Nghiên cứu mối liên hệ giữa sự đa kháng với tỷ lệ phát hiện gen nhóm Cephalosporin của vi khuẩn Escherichia coli phân lập đươck từ chất thải của lợn.

Ngành : Thú y Mã số : 60 64 01 01 Tên cơ sở đào tạo: Học Viện Nông Nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu: Kết quả nghiên cứu của đề tài sẽ từng bước làm rõ mối tương quan giữa mức độ kháng kháng sinh nhóm cephalosporin- là kháng sinh thường được sử dụng trong điều trị bệnh đường tiêu hóa và tiết niệu của vi khuẩn E. coli và khả năng sản sinh men beta- lactamase của các chủng phân lập được. Từ đó đánh giá được nguy cơ mang gen kháng thuốc của E.coli phân lập từ chất thải lợn trong thực tế chăn nuôi lợn hiện nay. Phương pháp nghiên cứu: - Phương pháp thu thập mẫu phân lợn tại nền chuồng nuôi.

- Phương pháp phân lập vi khuẩn E.coli kháng cefotaxime. - Phương pháp kiểm tra tính mẫn cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn E. coli kháng cefotaxime phân lập được. - Phương pháp khoanh giấy đôi (Doulble-disks test)phát hiện các chủng E.

coli sản sinh ESBL. - Phương pháp PCR phát hiện gen kháng cephalosporin (TEM, CTX, và SHV) của các chủng E. coli sản sinh ESBL. - Phương pháp xử lý số liệu.

Kết quả chính và kết luận 1. Tỷ lệ nhiễm E.coli kháng cefotaxime ở chất thải lợn thu thập tại nền chuồng là 82% và tương đương ở cả 2 địa phương Thái Bình và Sóc Sơn. Tỷ lệ vi khuẩn E. coli mẫn cảm với cả 5 loại kháng sinh nhóm cephalosporin được kiểm tra là 11,4%.

coli kháng cefotaxime tiếp tục kháng với 1,2,3,4,5 loại kháng sinh khác nhóm cephalosporin có chiều hướng tăng, lần lượt là 7,7%, 6,8%, 19,5%, 34,1%, và 20,5%. Tỷ lệ vi khuẩn E. Coli phân lập từ phân nền chuồng lợn kháng với ít nhât một loại cephalosporin khác cefotaxime, có khả năng sản sinh men ESBL là 80. Nghiên cứu cũng xác định được 100% các chủng kháng với 5 loại kháng sinh viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] cephalosporin thế hệ 2 và 3 có khả năng sinh ESBL và 97.3% các chủng kháng 4 loại thế hệ 2 và 3 có khả năng sản sinh ESBL.

Tỷ lệ vi khuẩn E. coli mang gen CTX và TEM của các chủng E.coli sản sinh ESBL tại nghiên cứu này lần lượt là 68. coli sản sinh ESBL chỉ mang gen CTX, 12.1% số chủng chỉ mang gen TEM, và 7.7% số chủng mang đồng thời cả 2 gen CTX và TEM. Tại nghiên cứu này chúng tôi không phát hiện chủng E.

coli mang gen SHV. coli kháng với ít nhất 2 trong 5 loại (cefoperazone, ceftriaxone, cefuroxime, ceftazidime, và cefamandole mang một hoặc cả hai genes (CTX, TEM). Trong đó, các chủng kháng với ceftriaxone và cefuroxime thường mang gen CTX, các chủng E. coli kháng với cefuroxime là các chủng mang gen TEM, và các chủng kháng với cefamandole và cefuroxime là những chủng thường mang cả 2 gen CTX và TEM.

ix LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.