Luận án tiến sĩ một số gen mã hoá cacbapenemase và mối liên quan với mức độ kháng carbapenem của acinetobacter baumannii tại việt nam

Luận án tiến sĩ phân tích một số gen mã hoá cacbapenemase và mối liên quan với mức độ kháng carbapenem của acinetobacter, xây dựng cơ sở lý luận, kiểm chứng thực nghiệm, đóng góp

Trường đại học

Trường Đại học Y Hà Nội

Chuyên ngành

Vi sinh Y học

Người đăng

Ẩn danh

Thể loại

luận án tiến sĩ

2021

182
0
0

Phí lưu trữ

45 Point

Mục lục chi tiết

LỜI CẢM ƠN

LỜI CAM ĐOAN

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT

1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN

1.1. KHÁNG SINH NHÓM CARBAPENEM

1.1.1. Cấu trúc của kháng sinh nhóm carbapenem

1.1.2. Cơ chế tác động của carbapenem

1.2. ACINETOBACTER BAUMANNII

1.2.1. Đặc điểm sinh học của A.

1.2.2. Các yếu tố độc lực của A.

2. CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU

2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.2.1. Thiết kế nghiên cứu

2.2.2. Chọn mẫu và cỡ mẫu

2.3. THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU

2.4. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU

2.4.1. Thu thập và lưu giữ mẫu nghiên cứu

2.4.2. Kỹ thuật PCR phát hiện gen blaOXA-51-like ở các chủng A.

2.4.3. Kỹ thuật xác định nồng tối thiểu ức chế vi khuẩn phát triển (Minimum Inhibitory Concentrations - MIC) của kháng sinh

2.4.4. Kỹ thuật PCR phát hiện một số gen mã hóa carbapenemase lớp D và B ở A.

2.4.5. Xác định kiểu gen của vi khuẩn bằng kỹ thuật điện di xung trường (Pulsed-field gel electrophoresis -PFGE)

2.4.6. Một số thử nghiệm phát hiện sinh carbapenemase ở A.

2.5. XỬ LÝ VÀ PHÂN TÍCH SỐ LIỆU

2.6. ĐẠO ĐỨC NGHIÊN CỨU

3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

3.1. XÁC ĐỊNH NỒNG ĐỘ ỨC CHẾ TỐI THIỂU (MIC) CỦA CARBAPENEM VỚI CÁC CHỦNG A.

3.1.1. Đặc điểm đối tượng nghiên cứu

3.1.2. Xác định MIC của carbapenem với các chủng A.

3.2. PHÁT HIỆN MỘT SỐ GEN MÃ HÓA CARBAPENEMASE LỚP D, B CỦA ACINETOBACTER BAUMANNII

3.2.1. PCR phát hiện một số gen mã hóa carbapenemase

3.2.2. Xác định mối liên hệ kiểu gen PFGE và kiểu hình đề kháng kháng sinh của các chủng A.

3.3. XÁC ĐỊNH MỐI LIÊN QUAN GIỮA MIC VỚI SỰ XUẤT HIỆN CARBAPENEMASE VÀ GEN MÃ HÓA CARBAPENEMASE

3.3.1. XÁC ĐỊNH NỒNG ĐỘ ỨC CHẾ TỐI THIỂU (MIC) CỦA CARBAPENEM VỚI CÁC CHỦNG A.

3.3.2. Đặc điểm đối tượng nghiên cứu

3.3.3. Nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của carbapenem với các chủng A.

3.3.4. PHÁT HIỆN MỘT SỐ GEN MÃ HÓA CARBAPENEMASE LỚP D, B Ở ACINETOBACTER BAUMANNII

3.3.4.1. PCR xác định một số gen mã hóa carbapenemase lớp D, B
3.3.4.2. Mối liên hệ kiểu gen PFGE và kiểu hình đề kháng kháng sinh của các chủng A.

3.3.5. MỐI LIÊN QUAN GIỮA MIC VỚI SỰ XUẤT HIỆN CARBAPENEMASE VÀ GEN MÃ HÓA CARBABENEMASE

NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN

KIẾN NGHỊ VỀ NHỮNG NGHIÊN CỨU TIẾP THEO

DANH MỤC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN

TÀI LIỆU THAM KHẢO

PHỤ LỤC

Tóm tắt

I. Tổng quan về Acinetobacter baumannii

Acinetobacter baumannii là một trong những tác nhân chính gây nhiễm khuẩn bệnh viện, đặc biệt là viêm phổi liên quan đến thở máy. Vi khuẩn này có khả năng kháng nhiều loại kháng sinh, trong đó có carbapenem, một nhóm kháng sinh mạnh. Sự gia tăng của các chủng A. baumannii kháng carbapenem (CRAB) đã trở thành một vấn đề nghiêm trọng trong y tế công cộng. Theo Tổ chức Y tế Thế giới, CRAB được xếp vào nhóm vi khuẩn ưu tiên hàng đầu cần kiểm soát. Việc nghiên cứu về gen mã hóa cacbapenemase và cơ chế kháng carbapenem của A. baumannii là rất cần thiết để phát triển các biện pháp điều trị hiệu quả.

1.1 Đặc điểm sinh học của A. baumannii

A. baumannii là vi khuẩn Gram âm, có hình dạng cầu trực khuẩn, kích thước khoảng 1,0 - 1,5 x 2,0 - 2,5 µm. Chúng có khả năng phát triển ở nhiều điều kiện môi trường khác nhau, bao gồm cả nhiệt độ cao. Vi khuẩn này không lên men đường và có thể sinh acid yếu từ một số loại đường. Các yếu tố độc lực của A. baumannii, như protein màng ngoài, đóng vai trò quan trọng trong khả năng gây bệnh và kháng thuốc.

II. Cơ chế kháng carbapenem của A

Kháng sinh carbapenem là một trong những lựa chọn cuối cùng trong điều trị nhiễm khuẩn do vi khuẩn Gram âm. Tuy nhiên, A. baumannii đã phát triển nhiều cơ chế kháng thuốc, trong đó sinh cacbapenemase là cơ chế chính. Các gen mã hóa cacbapenemase thường nằm trên nhiễm sắc thể hoặc plasmid, cho phép chúng dễ dàng lan truyền giữa các vi khuẩn. Việc phát hiện sớm các chủng vi khuẩn sinh cacbapenemase là rất quan trọng để thực hiện các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn và lựa chọn kháng sinh phù hợp.

2.1 Phân loại và cơ chế hoạt động của cacbapenemase

Cacbapenemase được phân loại thành nhiều nhóm khác nhau, trong đó nhóm D và B là phổ biến nhất ở A. baumannii. Các loại enzyme này có khả năng thủy phân carbapenem, làm giảm hiệu quả điều trị. Nghiên cứu về các gen mã hóa cacbapenemase giúp hiểu rõ hơn về cơ chế kháng thuốc và phát triển các phương pháp phát hiện hiệu quả hơn.

III. Tình hình kháng sinh tại Việt Nam

Tại Việt Nam, A. baumannii đã trở thành một trong những nguyên nhân chính gây nhiễm khuẩn bệnh viện với tỷ lệ kháng carbapenem cao. Nghiên cứu cho thấy rằng nhiều chủng A. baumannii tại các bệnh viện ở Việt Nam mang gen mã hóa cacbapenemase, dẫn đến tình trạng kháng thuốc nghiêm trọng. Việc theo dõi và nghiên cứu tình hình kháng sinh là cần thiết để đưa ra các biện pháp can thiệp kịp thời.

3.1 Các nghiên cứu trước đây về kháng sinh

Nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng tỷ lệ kháng carbapenem của A. baumannii tại Việt Nam đang gia tăng. Các nghiên cứu này thường tập trung vào một số bệnh viện hoặc khu vực cụ thể, do đó cần có các nghiên cứu rộng hơn để có cái nhìn tổng quát hơn về tình hình kháng thuốc. Việc phát hiện và xác định các gen mã hóa cacbapenemase sẽ giúp cải thiện khả năng điều trị và kiểm soát nhiễm khuẩn.

25/01/2025

Trích đoạn nội dung tài liệu

Chương 1 TỔNG QUAN 1. KHÁNG SINH NHÓM CARBAPENEM 1. Cấu trúc của kháng sinh nhóm carbapenem Thienamycin là KS đầu tiên thuộc nhóm carbapenem và được tách chiết từ Streptomyces cattleya vào năm 1976. Hiện nay, đã có hơn 80 hợp chất với hoạt tính kháng khuẩn được cải tiến so với thienamycin [24].

Năm 1985, imipenem trở thành carbapenem đầu tiên được sử dụng để điều trị trên lâm sàng. Tiếp theo, các KS như ertapenem, meropenem, doripenem, panipenem, biapenem đã được phát triển.1: Cấu trúc hóa học của beta-lactam [24] luan an 4 Carbapenem là các KS thuộc nhóm beta-lactam. Carbapenem có cấu trúc tương tự như penicillin nhưng có liên kết không bão hòa giữa C2, C3 và nguyên tố lưu huỳnh được thay thế bằng nguyên tố các bon ở vị trí 1, điều này làm tăng hiệu suất và phổ tác dụng của carbapenem và sự ổn định của chúng với beta-lactamse (Hình 1.1D) và cấu hình trans của vòng β-lactam ở C5 và C6 (hình 1.1F) dẫn đến sự ổn định hơn đối với beta-lactamases so với penicillin và cephalosporin. Cấu hình R của hydroxyethyl làm tăng hoạt tính của carbapenem (Hình 1.

Vòng pyrrolidin (hình 1.1B) tăng độ ổn định và phổ tác dụng của KS. Meropenem có vòng pyrrolidin nên phạm vi tác dụng rộng trên Pseudomonas aeruginosa và VK kị khí.1A) làm tăng khả năng kháng lại dehydropeptidase ở thận của động vật có vú (Tuy nhiên, imipenem không có 1-β-methyl). Cơ chế tác động của carbapenem Carbapenem là một loại KS ưa nước như các beta-lactam khác, chúng xâm nhập vào vi khuẩn Gram âm qua các protein màng ngoài (outer membrane protein-OMP) còn gọi là porin. Sau đó, carbapenem liên kết với các protein gắn penicilin (Penicillin-Binding Proteins-PBPs) [25].

Kháng sinh carbapenem có cấu trúc tương tự d-alanyl-d-alanine (tiền chất của gốc pentapeptid của peptidoglycan). Sự tương đồng về cấu trúc tạo điều kiện để carbapenem gắn kết với vị trí hoạt tính của PBP. Đây là liên kết bền vững dẫn đến làm mất hoạt tính của PBP - ức chế tác dụng transpeptidase của PBP, ngăn cản tạo các liên kết ngang giữa các chuỗi glycan của lớp peptidoglycan mới. Sự tích tụ tiền chất peptidoglycan làm kích hoạt hoạt động tự ly giải peptidoglycan trong khi không có peptidoglycan mới được hình thành.

Kết quả là hoạt động diệt khuẩn của kháng sinh beta-lactam được tăng luan an 5 cường và cuối cùng tính toàn vẹn cấu trúc của vách tế bào giảm xuống đến khi quá trình tự ly giải xảy ra. Yếu tố chính làm tăng hiệu quả của carbapenem là khả năng liên kết với nhiều loại PBP khác nhau [25]. Carbapenems có hoạt tính chống lại các vi khuẩn Gram dương (ngoại trừ Staphylococcus aureus kháng methicillin và Enterococcus faecium). Meropenem có hoạt tính mạnh hơn 10-20 lần so với vancomycin hoặc methicillin trên Staphylococci [26].

Carbapenem là các thuốc có hoạt tính mạnh nhất so với các KS có tác dụng trên vi khuẩn kỵ khí, doripenem thường có nồng độ ức chế tối thiểu (Minimal inhibitory concentration-MIC) MIC90 ≤1 µg/ml trong khi MIC của cefoxitin, clindamycin và metronidazole tương ứng là 32, 16 và 2 µg/ml. ACINETOBACTER BAUMANNII Acinetobacter được Martinus W. Năm 1971, Ủy ban Quốc tế về danh pháp của vi khuẩn chính thức công nhận chi Acinetobacter dựa trên nghiên cứu của Baumann năm 1968 [28]. Theo các nghiên cứu phân loại gần đây nhất, chi Acinetobacter thuộc phân lớp Gamamproteobacteria, bộ Pseudomonadales, họ Moraxellaceae (Gồm các chi Moraxella, Acinetobacter, Psychrobacter).

Hiện nay, chi Acinetobacter bao gồm 63 loài đã được đặt tên và 11 loài khác chưa được công bố chính thức, ngoài ra còn có 17 loài đang nghiên cứu.cz/anemec/Classification. Đặc điểm sinh học của A. baumannii là vi khuẩn Gram âm, có hình thái cầu trực khuẩn, kích thước khoảng 1,0 - 1,5 x 2,0 - 2,5 µm, thường đứng thành đôi hoặc đám (Hình 1. luan an 6 Hình 1.2: Hình thái và tính chất nhuộm Gram của A.

baumannii trên tiêu bản nhuộm Gram. baumannii dưới kính hiển vi điện tử A. baumannii không lên men đường, hiếu khí tuyệt đối, dễ mọc trên các môi trường nuôi cấy thông thường. Chúng có thể phát triển được ở nhiệt độ từ 15 - 440C, nhiệt độ tối ưu là 33 - 350C.

baumannii là vi khuẩn duy nhất trong chi Acinetobacter có thể phát triển ở nhiệt độ 440C [30]. Khuẩn lạc của A. baumannii trên môi trường tryptocasein có hình tròn, lồi, trơn, hơi nhầy, màu xám đục hoặc vàng nhạt. Đường kính khuẩn lạc từ 2 - 3 mm sau 18-24 giờ nuôi cấy.

Đôi khi, vi khuẩn gây tan huyết ở môi trường thạch máu cừu, ngựa [31]. Các tính chất sinh hóa khác [32]: Vi khuẩn sinh catalase; có thể sinh acid yếu từ glucose, lactose, manose, galactose; thử nghiệm Citrat Simmon (dương tính); Red methyl và Voges-Proskauer (Âm tính), không có khả năng sinh oxidase, indole, không di động. Acinetobacter là thành viên duy nhất của họ Moraxellaceae không có cytochrome oxidase. Đây là tính chất thường được các nhà vi sinh lâm sàng sử dụng để phân biệt Acinetobacter với các Moraxellaceae khác.

Các yếu tố độc lực của A. Protein màng ngoài (Outer membrane protein - Omp) Một số Omp ở A.baumannii như OmpA, Omp từ 33 đến 36 kDa (Omp33-36), Omp22, ngoài vai trò sinh học là một porin cho các chất hòa tan nhỏ thấm qua chúng còn đóng một vai trò trong sinh bệnh học của A. luan an 7 Các Omp chịu trách nhiệm về sự tương tác của A. baumannii với tế bào biểu mô vật chủ.

Vi khuẩn đột biến mất AbOmpA giảm 95% sự xâm nhập vào tế bào vật chủ so với chủng vi khuẩn hoang dại (wild typ). Đặc biệt là khả năng gắn kết của AbOmpA với tế bào biểu mô đường hô hấp cao hơn so với các tế bào biểu mô khác. Đây có thể là một yếu tố góp phần cho sự phổ biến của nhiễm khuẩn do A. baumannii tại đường hô hấp [33].

Các chủng đột biến mất AbOmpA rất nhạy cảm với huyết thanh người so với chủng A. baumannii hoang dại [34] và hiếm khi được phát hiện trong máu [33]. Hơn nữa, OmpA cũng đóng góp vào kiểu hình đề kháng KS ở A. Các chủng mất gen OmpA nhạy cảm hơn so với chủng có biểu hiện OmpA đối với chloramphenicol (>8 lần), aztreonam (8 lần), và acid nalidixic (3 lần) [35].

Một số yếu tố ở vỏ của A. baumannii Lipopolysaccharide (LPS) LPS là thành phần chính của lớp ngoài cùng của màng ngoài ở hầu hết các vi khuẩn Gram âm, là một yếu tố kích thích đáp ứng miễn dịch, giải phóng các yếu tố hoại tử khối u và interleukin 8 từ các đại thực bào. LPS đóng một vai trò quan trọng đối với độc lực và sự tồn tại của A. baumannii trong vật chủ [36].

Ngăn chặn tổng hợp LPS là một chiến lược để khám phá các kháng sinh mới. Polysaccharides vỏ Các đột biến gen không sản xuất polysaccharide làm giảm tính gây chết trong mô hình nhiễm khuẩn huyết ở chuột [37]. Ngoài ra, polysaccharide vỏ còn liên quan đến tính đề kháng KS của A. Các đột biến thiếu polysaccharide vỏ dẫn đến vi khuẩn đề kháng thấp hơn đối với KS peptide [38].

Hệ thống thu nhận kim loại A. baumannii có khả năng thu nhận các ion sắt trong các điều kiện hạn chế sắt do có các chất có ái lực cao với sắt như siderophore và acinetobactin. Trong điều kiện nồng độ sắt thấp, mức phiên mã của các gen quy định các yếu tố thu nhận sắt đã tăng lên gấp 2 lần đối với 463 gen và gấp 4 lần đối với 95 gen, đặc biệt đối với 3 cụm gen sinh tổng hợp siderophore [39]. Phospholipase Phospholipase là một enzyme cần thiết cho quá trình trao đổi phospholipid và là một yếu tố độc lực trong nhiều loại vi khuẩn.

Giảm tổng hợp phospholipase ở A. baumannii làm giảm khả năng đề kháng với huyết thanh người, giảm khả năng xâm nhập các tế bào biểu mô và giảm độc lực trong mô hình gây bệnh ở phổi [40]. Khả năng tạo màng sinh học (Biofilm) Nhiều nghiên cứu đã chứng minh khả năng tạo màng sinh học mạnh mẽ của A. baumannii trên cả bề mặt sinh học và không sinh học [41],[42].

Màng sinh học giúp A. baumannii có thể tồn tại trên các đồ vật như thủy tinh, nhựa và các bề mặt môi trường khác ngay cả trong điều kiện khô trong một thời gian dài. Vi khuẩn trong màng sinh học có thời gian sống dài hơn (36 ngày so với 15 ngày, với p<0,001) [43] và có khả năng đề kháng KS cao gấp 1000 lần so với các vi khuẩn không tạo màng sinh học [44]. Như vậy, việc hình thành màng sinh học góp phần vào sự tồn tại của A.

baumannii trong điều kiện môi trường bất lợi như môi trường bệnh viện và trên các thiết bị y tế. Như vậy, khả năng gây bệnh của A. baumannii có thể do một số yếu tố tạo nên độc lực của vi khuẩn này: (i) khả năng hình thành màng sinh học; (ii) khả năng bám dính, xâm nhập vào các tế bào biểu mô của con người; (iii) khả năng trốn tránh hệ miễn dịch; (iv) và có nhiều cơ chế đề kháng KS [1]. Khả năng gây bệnh của A.

baumannii Trong chi Acinetobacter, A. baumannii là loài gây bệnh phổ biến nhất trên toàn thế giới [45],[46]. Trước đây, A. baumannii được coi là một loại vi khuẩn gây bệnh cơ hội có độc lực thấp.

Tuy nhiên, những năm gần đây, đã có sự gia tăng nhanh chóng tỷ lệ nhiễm khuẩn do A. baumannii trên toàn thế giới. baumannii là một trong những tác nhân chính gây nhiễm khuẩn bệnh viện và đã trở thành mầm bệnh “báo động đỏ” ở người [1]. Nhiễm trùng do A.

baumannii ngày càng trở nên phổ biến ở những bệnh nhân nặng điều trị tại các đơn vị chăm sóc tích cực (intensive care unit - ICU). Điều này, một phần liên quan đến các quy trình chẩn đoán, điều trị xâm lấn được sử dụng ngày càng nhiều ở ICU. Với rất nhiều các yếu tố độc lực giúp A. baumannii tồn tại lâu và trở thành một tác nhân thường trú trong môi trường bệnh viện, có khả năng phát tán và lây lan gây các đợt nhiễm khuẩn bùng phát.

baumannii có thể gây ra nhiều loại bệnh nhiễm trùng cấp tính liên quan đến NKBV như: Nhiễm trùng đường hô hấp, nhiễm khuẩn huyết, nhiễm trùng đường tiết niệu, nhiễm trùng da và mô mềm, viêm nội tâm mạc, viêm màng não và viêm tủy xương… [47]. Các yếu tố nguy cơ khiến bệnh nhân dễ bị nhiễm khuẩn và nhiễm A. baumannii bao gồm: Mắc bệnh mạn tính, phẫu thuật, thủ thuật, chấn thương lớn, sinh non hoặc cao tuổi, nhập viện, điều trị kháng sinh cũng như các can thiệp điều trị y tế bao gồm thở máy, ống thông nội mạch, ống thông tiểu và dẫn lưu… Trong số các NKBV do A. baumannii, nhiễm khuẩn đường hô hấp đặc biệt là VAP chiếm tỷ lệ cao nhất.

Ở các nước phát triển, A. baumannii thường đứng thứ 2 (khoảng 14%) sau P. aeruginosa gây VAP [48]. Trong khi đó, ở các nước thu nhập thấp và trung bình, A.

Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ

Luận án tiến sĩ mang tiêu đề "Nghiên cứu gen mã hóa cacbapenemase và kháng carbapenem của Acinetobacter baumannii tại Việt Nam" của tác giả Lưu Thị Vũ Nga, được thực hiện tại Trường Đại học Y Hà Nội, tập trung vào việc phân tích các gen liên quan đến khả năng kháng thuốc của vi khuẩn Acinetobacter baumannii. Nghiên cứu này không chỉ cung cấp cái nhìn sâu sắc về tình hình kháng thuốc tại Việt Nam mà còn mở ra hướng đi mới cho việc phát triển các biện pháp điều trị hiệu quả hơn. Đặc biệt, luận án này có thể giúp các nhà nghiên cứu và bác sĩ hiểu rõ hơn về cơ chế kháng thuốc, từ đó cải thiện quy trình điều trị cho bệnh nhân.

Để mở rộng thêm kiến thức về các vấn đề liên quan đến kháng sinh và điều trị, bạn có thể tham khảo các tài liệu sau: Kháng Sinh Dự Phòng Trong Mổ Lấy Thai Tại Bệnh Viện Hùng Vương, nơi nghiên cứu về việc sử dụng kháng sinh trong phẫu thuật, và Khảo Sát Nhu Cầu Tư Vấn Sử Dụng Thuốc Của Bệnh Nhân Điều Trị Ngoại Trú Tại Bệnh Viện Đại Học Y Hà Nội Năm 2023, giúp bạn hiểu rõ hơn về nhu cầu và thói quen sử dụng thuốc của bệnh nhân. Những tài liệu này sẽ cung cấp thêm góc nhìn về việc quản lý và sử dụng kháng sinh trong điều trị bệnh.