Luận văn thạc sĩ: Xác định gen kháng thuốc của vi khuẩn Salmonella đa kháng từ thịt tươi ở Hà Nội

Nghiên cứu xác định gen kháng thuốc của vi khuẩn Salmonella đa kháng từ thịt tươi tại Hà Nội, góp phần nâng cao an toàn thực phẩm.

• Tác giả: Trần Thị Hoài Thu
• Người hướng dẫn: TS. Võ Thị Bích Thủy
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Thú y
• Đề tài: Xác định gen kháng thuốc của chủng vi khuẩn Salmonella đa kháng thuốc phân lập từ thịt tươi ở một số địa điểm tại Hà Nội
• Loại tài liệu: Luận văn
• Năm xuất bản: 2016
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 1.1. Lời cam đoan
• 1.2. Mục lục
• 1.3. Danh mục chữ viết tắt
• 1.4. Danh mục bảng
• 1.5. Danh mục ảnh, hình
• 1.6. Trích yếu luận văn
• 1.7. Thesis abstract
• 1.8. Tính cấp thiết của đề tài
• 1.9. Mục tiêu nghiên cứu
• 1.10. Tổng quan tài liệu
• 1.10.1. Tình hình nghiên cứu về vi khuẩn salmonella và bệnh do chúng gây ra
• 1.10.2. Tình hình nghiên cứu trên thế giới
• 1.10.3. Tình hình nghiên cứu ở trong nước
• 1.10.4. Ô nhiễm salmonella trong thực phẩm có nguồn gốc động vật
• 1.10.5. Một số đặc điểm của vi khuẩn salmonella
• 1.10.5.1. Đặc điểm hình thái
• 1.10.5.2. Đặc tính nuôi cấy
• 1.10.5.3. Đặc tính sinh hoá
• 1.10.6. Sức đề kháng của vi khuẩn Salmonella
• 1.10.7. Cấu trúc kháng nguyên của vi khuẩn Salmonella
• 1.10.8. Các yếu tố gây bệnh của Salmonella
• 1.10.9. Hiện tượng kháng thuốc của Salmonella
• 1.10.9.1. Hiện tượng kháng thuốc của vi khuẩn
• 1.10.9.2. Hiện tượng kháng thuốc của Salmonella
• 1.10.9.3. Gen kháng kháng sinh
• 1.11. Vật liệu và phương pháp nghiên cứu
• 1.11.1. Địa điểm nghiên cứu
• 1.11.2. Thời gian nghiên cứu
• 1.11.3. Đối tượng/vật liệu nghiên cứu
• 1.11.4. Vật liệu nghiên cứu
• 1.11.5. Nội dung nghiên cứu
• 1.11.6. Phương pháp nghiên cứu
• 1.11.6.1. Phương pháp nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella spp.
• 1.11.6.2. Phương pháp xác định khả năng mẫn cảm với kháng sinh
• 1.11.6.3. Phương pháp định typ bằng phản ứng huyết thanh học
• 1.11.6.4. Phương pháp xác định một số gen kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng bằng phương pháp RT-PCR
• 1.11.6.5. Phương pháp xử lý số liệu
• 1.12. Kết quả và thảo luận
• 1.12.1. Kết quả nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella
• 1.12.2. Kết quả xác định tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella spp. trong mẫu thịt lợn, gà
• 1.12.3. Kết quả giám định các đặc tính sinh hóa của các chủng vi khuẩn Salmonella spp. phân lập được
• 1.12.4. Kết quả kiểm tra khả năng mẫn cảm với kháng sinh của vi khuẩn salmonella phân lập được
• 1.12.5. Kết quả định typ chủng vi khuẩn salmonella đa kháng phân lập được
• 1.12.6. Kết quả phát hiện và đánh giá gen kháng thuốc của chủng Salmonella đa kháng phân lập được
• 1.12.7. Kết quả tách chiết RNA tổng số của chủng Salmonella đa kháng phân lập được
• 1.12.8. Kết quả RT-PCR phát hiện gen kháng kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng
• 1.12.9. Kết quả đánh giá gen kháng kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng
• 1.13. Kết luận và kiến nghị
• Tài liệu tham khảo

Tóm tắt

I. Tổng quan về nghiên cứu gen kháng thuốc của Salmonella đa kháng tại Hà Nội

Nghiên cứu gen kháng thuốc của vi khuẩn Salmonella đa kháng từ thịt tươi tại Hà Nội là một vấn đề cấp thiết trong bối cảnh an toàn thực phẩm hiện nay. Vi khuẩn Salmonella là một trong những tác nhân chính gây ngộ độc thực phẩm, đặc biệt là từ các sản phẩm động vật. Việc xác định gen kháng thuốc của chúng không chỉ giúp hiểu rõ hơn về tình trạng kháng thuốc mà còn góp phần bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

1.1. Tình hình nhiễm Salmonella trong thực phẩm tại Hà Nội

Theo các nghiên cứu gần đây, tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella trong các mẫu thịt tươi tại Hà Nội đạt khoảng 21,67%. Điều này cho thấy mức độ ô nhiễm thực phẩm đang ở mức báo động, cần có các biện pháp kiểm soát hiệu quả.

1.2. Tác động của Salmonella đến sức khỏe cộng đồng

Salmonella gây ra nhiều bệnh nhiễm trùng nghiêm trọng, ảnh hưởng đến sức khỏe con người. Các triệu chứng thường gặp bao gồm tiêu chảy, sốt và đau bụng. Việc hiểu rõ về gen kháng thuốc của Salmonella sẽ giúp phát triển các phương pháp điều trị hiệu quả hơn.

II. Vấn đề kháng thuốc của vi khuẩn Salmonella tại Hà Nội

Kháng thuốc của vi khuẩn Salmonella đang trở thành một thách thức lớn trong y tế công cộng. Việc sử dụng kháng sinh không hợp lý trong chăn nuôi đã tạo ra áp lực chọn lọc, dẫn đến sự phát triển của các chủng Salmonella đa kháng. Điều này không chỉ ảnh hưởng đến sức khỏe động vật mà còn đe dọa sức khỏe con người.

2.1. Nguyên nhân gây ra hiện tượng kháng thuốc

Sự lạm dụng kháng sinh trong chăn nuôi, đặc biệt là trong việc phòng ngừa và kích thích tăng trưởng, đã dẫn đến sự phát triển của các chủng Salmonella kháng thuốc. Việc này cần được kiểm soát chặt chẽ để giảm thiểu nguy cơ.

2.2. Hệ quả của kháng thuốc đối với sức khỏe

Kháng thuốc làm giảm hiệu quả điều trị các bệnh nhiễm trùng do Salmonella gây ra, dẫn đến tăng tỷ lệ bệnh nặng và tử vong. Điều này đặt ra yêu cầu cấp thiết về việc nghiên cứu và phát triển các phương pháp điều trị mới.

III. Phương pháp nghiên cứu gen kháng thuốc của Salmonella

Nghiên cứu gen kháng thuốc của Salmonella được thực hiện thông qua các phương pháp hiện đại như RT-PCR và phân lập vi khuẩn. Các mẫu thịt tươi từ các chợ tại Hà Nội được thu thập và kiểm tra để xác định sự hiện diện của các gen kháng thuốc.

3.1. Quy trình thu thập và phân lập mẫu

Mẫu thịt được thu thập từ nhiều địa điểm khác nhau tại Hà Nội, sau đó được nuôi cấy và phân lập để xác định sự có mặt của vi khuẩn Salmonella. Quy trình này đảm bảo tính chính xác và độ tin cậy của kết quả.

3.2. Phân tích gen kháng thuốc bằng RT PCR

Phương pháp RT-PCR được sử dụng để phát hiện các gen kháng thuốc như tetA, cmlA, floR. Kết quả cho thấy tỷ lệ kháng thuốc của các chủng Salmonella đa kháng là rất cao, đặc biệt là với chloramphenicol và tetracycline.

IV. Kết quả nghiên cứu về gen kháng thuốc của Salmonella

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella trong các mẫu thịt tươi là 21,67%. Các chủng Salmonella phân lập được đều mang các gen kháng thuốc, cho thấy tình trạng kháng thuốc đang gia tăng trong cộng đồng.

4.1. Tỷ lệ kháng thuốc của các chủng Salmonella

Trong số 13 chủng Salmonella được phân lập, tỷ lệ kháng với streptomycine là 83,3%, tetracycline 66,7%. Điều này cho thấy sự đa kháng của các chủng vi khuẩn này, cần có biện pháp can thiệp kịp thời.

4.2. Đặc điểm gen kháng thuốc của Salmonella

Các gen kháng thuốc được phát hiện bao gồm tetA, cmlA, floR. Tỷ lệ biểu hiện gen cmlA ở chủng Salmonella từ thịt lợn là 83,7%, cho thấy mức độ kháng thuốc cao và cần được theo dõi chặt chẽ.

V. Kết luận và khuyến nghị về nghiên cứu gen kháng thuốc

Nghiên cứu gen kháng thuốc của Salmonella đa kháng từ thịt tươi tại Hà Nội đã chỉ ra tình trạng kháng thuốc đáng báo động. Cần có các biện pháp quản lý và kiểm soát chặt chẽ để giảm thiểu nguy cơ lây nhiễm và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

5.1. Tầm quan trọng của việc giám sát kháng thuốc

Việc giám sát tình trạng kháng thuốc của Salmonella là rất cần thiết để có các biện pháp can thiệp kịp thời. Điều này không chỉ bảo vệ sức khỏe cộng đồng mà còn giúp nâng cao chất lượng thực phẩm.

5.2. Đề xuất các biện pháp giảm thiểu kháng thuốc

Cần có các chính sách quản lý sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi, đồng thời tăng cường giáo dục cộng đồng về an toàn thực phẩm. Việc này sẽ góp phần giảm thiểu tình trạng kháng thuốc và bảo vệ sức khỏe người tiêu dùng.

Trích đoạn nội dung tài liệu

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM TRẦN THỊ HOÀI THU XÁC ĐỊNH GEN KHÁNG THUỐC CỦA CHỦNG VI KHUẨN SALMONELLA ĐA KHÁNG THUỐC PHÂN LẬP TỪ THỊT TƯƠI Ở MỘT SỐ ĐỊA ĐIỂM TẠI HÀ NỘI Chuyên ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Người hướng dẫn khoa học: TS. Võ Thị Bích Thủy PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP - 2016 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu do tôi trực tiếp thực hiện với sự giúp đỡ của cán bộ, công nhân viên Phòng Hệ gen học vi sinh - Viện nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam dưới sự hướng dẫn khoa học của TS. Võ Thị Bích Thủy.

Các số liệu, kết quả trình bày trong luận văn là trung thực và chưa từng được công bố trong công trình nghiên cứu nào khác. Các tài liệu trích dẫn đều được chỉ rõ nguồn gốc xuất xứ, tên tác giả. Hà Nội, ngày tháng năm 2016 Tác giả luận văn Trần Thị Hoài Thu i LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] LỜI CẢM ƠN Trước tiên tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS. Võ Thị Bích Thủy, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình thực hiện luận văn tốt nghiệp.

Tôi xin chân thành cảm ơn thầy giáo PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Trưởng Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm - Khoa thú y – Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã đóng góp những ý kiến quý báu giúp tôi trong quá trình hoàn thiện luận văn này. Tôi xin chân thành cám ơn tập thể cán bộ Phòng Hệ gen học vi sinh, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, tập thể Bộ môn Vệ sinh thú y, Viện Thú y Quốc gia đã tạo điều kiện thuận lợi, tận tình giúp đỡ và động viên trong suốt quá trình hoàn thiện luận văn này. Tôi xin được bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới Ban quản lý đào tạo – Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt hai năm học vừa qua.

Cuối cùng, tôi xin được gửi lời cảm ơn chân thành tới tập thể cán bộ Trung tâm Nghiên cứu ứng dụng và Chuyển giao công nghệ Thú y, gia đình và bạn bè đồng nghiệp đã động viên, cổ vũ và giúp đỡ trong suốt quá trình thực hiện và hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày tháng năm 2016 Tác giả luận văn Trần Thị Hoài Thu ii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] MỤC LỤC Lời cam đoan. ii Mục lục. iii Danh mục chữ viết tắt.v Danh mục bảng.

vi Danh mục ảnh, hình. vii Trích yếu luận văn. viii Thesis abstract. Tính cấp thiết của đề tài.

Mục tiêu nghiên cứu. Tổng quan tài liệu. Tình hình nghiên cứu về vi khuẩn salmonella và bệnh do chúng gây ra. Tình hình nghiên cứu trên thế giới.

Tình hình nghiên cứu ở trong nước. Ô nhiễm salmonella trong thực phẩm có nguồn gốc động vật. Một số đặc điểm của vi khuẩn salmonella. Đặc điểm hình thái.

Đặc tính nuôi cấy. Đặc tính sinh hoá. Sức đề kháng của vi khuẩn Salmonella. Cấu trúc kháng nguyên của vi khuẩn Salmonella.

Các yếu tố gây bệnh của Salmonella. Hiện tượng kháng thuốc của Salmonella. Hiện tượng kháng thuốc của vi khuẩn. Hiện tượng kháng thuốc của Salmonella.

Gen kháng kháng sinh. Vật liệu và phương pháp nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu. Thời gian nghiên cứu .22 iii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.

Đối tượng/vật liệu nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu. Nội dung nghiên cứu. Phương pháp nghiên cứu.

Phương pháp nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella spp. Phương pháp xác định khả năng mẫn cảm với kháng sinh. Phương pháp định typ bằng phản ứng huyết thanh học. Phương pháp xác định một số gen kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng bằng phương pháp RT-PCR.

Phương pháp xử lý số liệu. Kết quả và thảo luận. Kết quả nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella. Kết quả xác định tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella spp.

trong mẫu thịt lợn, gà. Kết quả giám định các đặc tính sinh hóa của các chủng vi khuẩn Salmonella spp. phân lập được. Kết quả kiểm tra khả năng mẫn cảm với kháng sinh của vi khuẩn salmonella phân lập được.

Kết quả định typ chủng vi khuẩn salmonella đa kháng phân lập được. Kết quả phát hiện và đánh giá gen kháng thuốc của chủng Salmonella đa kháng phân lập được. Kết quả tách chiết RNA tổng số của chủng Salmonella đa kháng phân lập được. Kết quả RT-PCR phát hiện gen kháng kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng.

Kết quả đánh giá gen kháng kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng. Kết luận và kiến nghị .55 Tài liệu tham khảo .57 iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ACMSF Advisory Committee on the Microbiological Safety of Food BGA Brilliant Green Agar BHI Brain Heart Infusion BLAST Basic Local Alignment Search Tool BPW Buffer Peptone Water BSA Bismuth Sulphite Agar CDC Center for Diease Control and Prevention CIRAD Centre International de Reseaux Agriculture and Development CLSI Clinical Laboratory Standards Instittute Cs Cộng sự DEPC- DW Diethylpyrocarbonate Distilled water DNA Deoxyribonucleic Acid FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations ISO International Organization for Standardization LCD Lysine Decarboxylase broth MK Muller kauffmann MSRV Modified Semisolid Rappaport Vassiliadis NCBI National Center for Biotechnology Information RNA RibonucleicAcid RT-PCR Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction TCVN Tiêu chuẩn Việt Nam Tp Thành phố TSI Triple Sugar Iron VSATTP Vệ sinh an toàn thực phẩm XLD Xylose Lysine Desoxycholate XLT4 Xylose Lysine Tergitol 4 v LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC BẢNG Bảng 3. Bảng đánh giá mức độ mẫn cảm của vi khuẩnvới một số loại kháng sinh. Trình tự các cặp mồi đặc hiệu xác định gen kháng kháng sinh.

Tỷ lệ phân lập vi khuẩn Salmonella spp. từ các mẫu thịt. Kết quả giám định đặc tính nuôi cấy và hình thái khuẩn lạc của các chủng Salmonella spp. trong quá trình phân lập.

Kết quả giám định một số đặc tính sinh hoá của các chủng vi khuẩn Salmonella spp. phân lập được. Kết quả kiểm tra mức độ mẫn cảm với một số loại khángsinh của các chủng vi khuẩn Salmonellaspp. phân lập được.

Mức độ kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn Salmonella phân lập được. Kết quả kháng chloramphenicol và tetracycline của chủng vi khuẩn Salmonella phân lập được. Kết quả xác định serotype của 2 chủng vi khuẩn Salmonella đa kháng sinh. Nồng độ RNA của chủng Salmonella sau khi tách chiết .46 vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC ẢNH, HÌNH Hình 4.

Vi khuẩn Salmonella trên môi trường MSRV. Vi khuẩn Salmonella trên môi trường thạch XLT4. Vi khuẩn Salmonella trên môi trường thạch Rambach. Vi khuẩn Salmonella trên môi trường thạch Kligler.

Vi khuẩn Salmonella trên môi trường thạch Kligler. Vi khuẩn Salmonella trong môi trường Lysine decarboxylase broth (LDC). Vi khẩn Salmonella trên môi trường thạch nghiêng Simmoncitrate. Vi khuẩn Salmonella trong môi trường Ureaza broth.

Tần số kháng kháng sinh của các chủng Salmonella phân lập được. Kết quả kiểm tra RNA 6 chủng Salmonella L5, G7, L2(1), L2(2), G1(1), G1(2). Kết quả RT – PCR phát hiện sự có mặt của gen tetB mã hóa kháng tetracycline của chủng Salmonella đa kháng. Kết quả RT - PCR phát hiện gen floR mã hóa kháng phenicol của chủng Salmonella đa kháng nguồn gốc từ gà G7.

Kết quả RT – PCR phát hiện gen cmlA mã hóa kháng chloramphenicol của chủng Salmonella đa kháng nguồn gốc từ lợn L5. Tỷ lệ biểu hiện gen tetA/16S rRNA của chủng Salmonella đa kháng được phân tích bằng phương pháp RT-PCR. Gen 16SrRNA (house keeping gene) được dùng để so sánh. Tỷ lệ biểu hiện gen cat-1/16SrRNA của chủng Salmonella đa kháng được phân tích bằng phương pháp RT-PCR.

Gen 16SrRNA (house keeping gene) được dùng để so sánh. Tỷ lệ biểu hiện gen cmlA/16S rRNA của chủng Salmonella đa kháng được phân tích bằng phương pháp RT-PCR. Gen 16SrRNA (house keeping gene) được dùng để so sánh. Tỷ lệ biểu hiện gen floR/16S rRNA của chủng Salmonella đa kháng được phân tích bằng phương pháp RT-PCR.

Gen 16SrRNA (house keeping gene) được dùng để so sánh .53 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Trần Thị Hoài Thu Tên Luận văn: Xác định gen kháng thuốc của chủng vi khuẩ Salmonella đa kháng phân lập từ thịt tươi ở một số địa điểm tại Hà Nội. Ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu 60 mẫu thực phẩm nguồn gốc động vật (thịt lợn, thịt gà) bày bán tại các chợ Hà Nội được kiểm tra để xác định sự có mặt và mức độ biểu hiện của một số gen kháng thuốc của chủng Salmonella gây bệnh. Phương pháp nghiên cứu Phương pháp lấy mẫu, nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella, xác định khả năng mẫn cảm với kháng sinh, định typ bằng phản ứng huyết thanh học. Phương pháp tách chiết RNA tổng số, tổng hợp cDNA, thiết kế mồi, RT-PCR và điện di agarogel.

Kết quả chính và kết luận - Tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella spp. trong các mẫu thịt thu thập từ một số chợ tự do trên địa bàn Hà Nội là 21,67% trong đó, thịt lợn chiếm 20,0%, thịt gà chiếm 23,3%. - Các chủng vi khuẩn Salmonella được kiểm tra đều mang các đặc tính sinh vật hóa học đặc trưng như các tài liệu trong và ngoài nước đã mô tả. - Trong số 13 chủng Salmonella phân lập được khi kiểm tra mức độ mẫn cảm với 10 loại kháng sinh thông dụng đều kháng cao với streptomycine (chiếm tỷ lệ 83,3%), tetracycline (chiếm tỷ lệ 66,7%), tiếp theo là kháng chloramphenicol (50%), amoxicillin (50%), trimethoprime/sulfamethoxazol (50%), ampicillin (50%).Các chủng được lựa chọn có khả năng đa kháng kháng sinh với 4 - 7 loại kháng sinh.

- Từ các chủng Salmonella đa kháng thực hiện định typ: 2 serovar đã được xác định là S. Rissen có mặt ở mẫu thịt gà (G7) S. Meleagridis có mặt ở mẫu có nguồn gốc thịt lơn (L5). - Đã tách chiết thành công các mẫu RNA tổng số và tổng hợp được cDNA phục vụ cho tiến hành thí nghiệm RT-PCR.

- Phát hiện 4 kiểu gen kháng sinh là tetA, cat-1, cmlA, floR kháng tetracycline, chloramphenicol và phenicol của chủng Salmonella đa kháng. viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] - Tỷ lệ kháng chloramphenicol khá cao, đặc biệt là tỷ lệ kiểu gen cmlA với 83,7% ở chủng L5(nguồn gốc thịt lợn). - Mẫu thịt lợn có tỷ lệ gen kháng sinh chủng Salmonella đa kháng cao hơn mẫu thịt gà.