HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM SOUKSAVANH SISAMOUTH XÁC ĐỊNH MỘT SỐ ĐẶC TÍNH SINH HỌC CỦA PARVOVIRUS GÂY TIÊU CHẢY Ở CHÓ NUÔI TẠI THỦ ĐÔ VIÊNG CHĂN - CHDCND LÀO Ngành: Thú y Mã số: 8640101 Người hướng dẫn khoa học: PGS. Lê Văn Phan NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu riêng của bản thân. Các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận văn là trung thực, khách quan và chưa từng dùng bảo vệ để lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn đã được cám ơn và các thông tin trích dẫn trong luận văn này đều được chỉ rõ nguồn gốc.
Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận văn SoukSaVanh Sisamouth i LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn tác giả đã nhận được sự giúp đỡ và tạo điều kiện của rất nhiều người, sau đây là lời cảm ơn chân thành của tác giả: Trước hết, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS. Lê Văn Phan người đã trực tiếp hướng dẫn tôi trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận văn. Nhờ có sự hướng dẫn nhiệt tình và những ý kiến đóng góp quý báu của thầy mà luận văn của tôi đã được hoàn thành Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Ban Quản lý đào tạo, Chủ nhiệm khoa Thú y, Bộ môn Vi sinh vật truyền- nhiễm, Phòng Thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học Thú y, cùng toàn thể các thầy, cô giáo và cán bộ của Khoa Thú y – Học viện Nông nghiệp Việt Nam, đã trang bị cho tôi những kiến thức quý báu và giúp đỡ tôi hoàn thành công trình nghiên cứu luận văn. Cuối cùng, tôi xin chân thành cảm ơn tới bạn bè, đồng nghiệp, người thân trong gia đình và cơ quan đang công tác đã tạo điều kiện về thời gian, động viên, chia sẻ tinh thần, giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn.
Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận văn SoukSaVanh Sisamouth ii MỤC LỤC Lời cam đoan. Error! Bookmark not defined. Error! Bookmark not defined. iii Danh mục bảng.
vi Danh mục hình ảnh. vii Danh mục chữ viết tắt. viii Trích yếu luận văn. ix Thesis abstract.
Tính cấp thiết của đề tài. Mục tiêu của đề tài. Tổng quan tài liệu. Tình hình nghiên cứu bệnh viêm ruột tiêu chảy do Parvovirus.
Tổng quan về bệnh viêm ruột tiêu chảy do Parvovirus. Tình hình nghiên cứu bệnh viêm ruột tiêu chảy do Parvovirus gây ra trên thế giới. Tình hình dịch bệnh viêm ruột tiêu chảy do Parvovirus gây ra tại Lào. Đặc điểm sinh học của parvovirus.
Đặc điểm hình thái, cấu trúc hệ gen của Parvovirus. Phân loại và phân bố các type Parvovirus. Sức đề kháng của Parvovirus. Đặc tính nuôi cấy.
Đặc tính kháng nguyên. Khả năng miễn dịch. Đường xâm nhập và cách truyền bệnh. Các phương pháp chẩn đoán.
Phòng bệnh. Tổng quan tế bào. Một số đặc điểm của tế bào động vật. Thành phần dinh dưỡng của môi trường nuôi cấy tế bào.
Điều kiện nuôi cấy. Sự tạp nhiễm và cách hạn chế. Phân lập VIRUS. Khái quát về phân lập virus.
Phân lập Parvovirus phục vụ nghiên cứu sản xuất Vaccine vô hoạt. Giải trình tự gen. Cây phát sinh chửng loại (Phylogenetic Tree). Nội dung và phƣơng pháp nghiên cứu.
Đối tượng nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu. Nội dung nghiên cứu. Nghiên vật liệu.
Trang thiết bị máy móc. Phương pháp nghiên cứu. Phường pháp lấy mẫu. Phương pháp tách DNA tổng số.
Phương pháp PCR. Phương pháp điện di kiểm tra sản phẩm. Phương pháp giải trình tự gen. Phương pháp mở giống tế bào CRFK.
Phương pháp cấy chuyển tế bào CRFK. Phương pháp phân lập Parvovirus trên tế bào CRFK. Phương pháp thu virus. Phương pháp đếm số lượng tế bào.
Phương pháp xác định hiệu giá virus. Phương pháp phân tích phả hệ. Kết quả và thảo luận. Kết quả chẩn đoán canine parvovirus bằng phương pháp PCR.
Kết quả xây dựng cây phả hệ (Phylogenetic Tree). Kết quả phân tích sự tương đồng của Nuclotide của các chủng Parvovirus đã nghiên cứu. Kết quả phân tích sự tương đồng của Amino acid của các chủng Parvovirus đã nghiên cứu. Kết quả xây dựng cây phả hệ.
Kết quả phân lập chủng Parvovirus trên môi trường nuôi cấy tế bào CRFK. Kết quả nuôi cấy tế bào CRFK. Kết quả phân lập Parvovirus. Kết của xác định hiệu giá của Parvovirus trên môi trường tế bào.
Kết quả xác định đường cong sinh trưởng. Kết quả bệnh tích tế bào tại các thời điểm thu virus. Kết quả chuẩn độ hiệu giá virus ở từng thời điểm thu hoạch khác nhau. Đường cong sinh trưởng của virus.
Kết luận và kiến nghị. 50 Tài liệu tham khảo. 52 v DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 3. Thông tin các mẫu phân nghi mắc bệnh parvovirus.
Thành phần của phản ứng PCR. Thông tin cặp mồi sử dụng trong phản ứng PCR (Canio Buonavoglia et al. Chu trình nhiệt độ của phản ứng PCR. Sơ đồ thí nghiệm xác định TCID50.
Thông tin mẫu bệnh phẩm và kết quả chẩn đoán Parvovirus bằng phản ứng PCR. Kết quả chẩn đoán Parvovirus bằng phản ứng PCR. Tỷ lệ (%) tương đồng về trình tự nt của các chủng Parvovirus trong nghiên cứu này với nhau và với các chủng Parvovirus tham chiếu khác. Tỷ lệ (%) tương đồng về trình tự aa của các chủng Parvovirus trong nghiên cứu này với nhau và với các chủng Parvovirus tham chiếu khác.
Kết quả xác định hiệu giá Parvovirus trên đĩa nuôi cấy tế bào 96 giếng sau 96 giờ gây nhiễm. Bệnh tích tế bào tại các thời điểm thu virus. Kết quả chuẩn độ TCID50 của các chai gây nhiễm thu hoạch ở các thời điểm khác nhau. 48 vi DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 2.
Cấu tạo của Parvovirus. Sự phân bố của CPV-2a\2b\2c trên thế giới. Tỷ lệ phần trăm và sự xuất hiện của các chủng CPV-2/CPV-2-like, CPV-2a, CPV-2b, và CPV2C. Cơ chế sinh bệnh của Parvovirus trên chó.
Chó bị tiêu chảy cấp, nôn mửa do Parvovirus. Kit thử nhanh Canine Parvovirus (CPV) Ag. Kết quả chạy PCR với cặp mồi định tính 555forc/555revc (Canio Buonavoglia et al. Sản phẩm có kích thước theo dự kiến là 583bp.
Sự tương đồng về nucleotide giữa các chủng Parvovirus nghiên cứu với một số chủng virus Parvovirus trên thế giới. Sự tương đồng về amino acid giữa các chủng Parvovirus nghiên cứu với một số chủng virus Parvovirus trên thế giới. Tế bào CRFK sau nuôi cấy 24h, 48h, 72h, 96h. Hình ảnh đối chứng tế bào CRFK không gây nhiễm virus sau khi nuôi cấy 24, 48, 72, 96 giờ.
Hình ảnh tế bào CRFK sau khi gây nhiễm virus 24, 48, 72, 96 giờ. Hình ảnh bệnh tích tế bào và đối chứng âm của Parvovirus gây nhiễm trên tế bào CRFK các thời điểm 12, 24, 36, 48, 72, 96 giờ. Biểu đồ đường cong sinh trưởng của Parvovirus trên tế bào CRFK. 49 vii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt PCR Polymerase chain reaction FPV Panleucopenie feline DICT Dose Infectieuse Culture de Tissu MDCK Madin Darby Canine kidney CRFK Crandell Rees Feline Kidney HI Haemagglutination Inhibition ELISA Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay cs cộng sự CPV2 Canine Parvovirus type 2 HA Haemagglutination IHC Immunohistochemistry Tm Melting temperature dNTP Deoxynucleotide Triphosphate PBS Phosphate Buffered Saline P: C: I Phenol-chlorofrom-isoamyl-alcohol MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis version µl Microlit CPE Cyto Pathogenic Effect DNA Deoxyribonucleic acid RNA Ribonucleoic acid PBS Phosphate buffered saline TBE Tris/Borate/EDTA RT-PCR Reverse Transcriptase Polymerase Chain React nt Nucleotide aa Amino acid viii TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: SoukSaVanh SISAMOUTH Tên luận văn: ―Xác định một số đặc tính sinh học của Parvovirus gây tiêu chảy ở chó nuôi tại Thủ đô Viêng Chăn - CHDCND Lào‖ Ngành: Thú y Mã số: 8640101 Tên cơ sở đào tạo: Học Viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Nghiên cứu đặc tính sinh học của Parvovirus ở chó nuôi tại thủ đô Viêng Chăn- CHDCND Lào.
Phƣơng pháp nghiên cứu đƣợc sử dụng - Phương pháp lấy mẫu - Phương pháp tách DNA tổng số - Phương pháp PCR. - Phương pháp điện di kiểm tra sản phẩm - Phương pháp giải trình tự gen - Phương pháp phân lập parvovirus trên môi trường tế bào CRFK - Phương pháp xác định hiệu giá virus (TCID50/ml); - Phương pháp xác định đường biểu biễn sự nhân lên của virus; - Phương pháp xử lý số liệu Kết quả chính và kết luận Kết quả chẩn đoán bằng phương pháp PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu (555forc/555revc) (Canio Buonavoglia et al.,2001) cho thấy trong 24 có 22 mẫu dương tính với Parvovirus chiếm tỷ lệ (92%). Kết quả phân tích trình tự gen VP2 cho thấy 4 chủng virus trong nghiên cứu này có mức độ tương đồng về nt và aa với nhau là 99 - 99,6% nt và 97,1 - 98,8% aa. Trong đó 2 chủng L04 và chủng L12 có mức độ tương đồng cao về nt và aa với nhau tương ứng là 99,6% và 98,8%.
Kết quả phân tích về trình tự nt và aa suy diễn của đoạn gen VP2 cho thấy chủng L04 có 7 aa sai khác với 3 chủng L05, L12, L14. Các vị trí aa sai khác gồm vị trí 318 (CH), 320 (GA), 322 (TA), 380 (FS), 414 (RW), 429 (VG) và 430 (LS). Kết quả phân tích cây phả hệ dựa trên trình tự nt gen VP2 của các chủng ix Parvovirus cho thấy 4 chủng L04, L05, L12, L14 đều nằm trên cùng 1 nhánh phát sinh với các chủng Parvovirus gây bệnh trên chó có mối quan hệ gần gữi với các chủng nằm trên Genotype 2c của Trung Quốc (GenBank: MF347723, KT156832, MF347725) và chủng của Việt Nam (Genbank: LC214969). Đã phân lập thành công parvovirus trên môi trường tế bào CRFK. Chủng virus phân lập được có hiệu giá 106.
x THESIS ABSTRACT Master candidate: SoukSaVanh SISAMOUTH Thesis title: Identify some biological characteristics of Parvovirus causing diarrhea in dogs in Vientiane Capital - Lao PDR Major: Veterinary Code: 8640101 Educational organization: Vietnam National University of Agriculture (VNUA) Research Objectives Research on parvovirus biological characteristics isolated in dogs in Vientiane, Lao PDR. Materials and Methods used in the study - Sampling methods - Methods for DNA extraction - PCR method. - DNA electrophoresis method - Methods for gene sequencing - Method for parvovirus isolation on CRFK cells - Methods for viral titration (TCID50 / ml) - Methods for determination virus growth curve - Data processing methods Main findings and conclusions Diagnostic results by PCR using specific primers (555forc / 555revc) (Canio Buonavoglia et al., 2001) showed that in 24 samples, 22 were positive with Parvovirus (92%).