HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ĐẶNG VĂN HẠNH GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH CÁC CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1, H5N6, H7N9 TẠI MỘT SỐ CHỢ BUÔN BÁN GIA CẦM SỐNG TRÊN ĐỊA BÀN CÁC TỈNH NGHỆ AN, THỪA THIÊN HUẾ VÀ ỨNG DỤNG KỸ THUẬT REALTIME RT-PCR TRONG CHẨN ĐOÁN BỆNH Chuyên ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Người hướng dẫn khoa học: PGS. Phạm Hồng Ngân NHÀ XUẤT BÁN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP - 2016 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận văn là trung thực, khách quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn đã được cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận văn này đều được chỉ rõ nguồn gốc. Hà Nội, ngày 25 tháng 10 năm 2016 Tác giả luận văn Đặng Văn Hạnh i LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình.
Nhân dịp hoàn thành luận văn, cho phép tôi được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc PGS. Phạm Hồng Ngân đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Thú y cộng đồng, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận văn. Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán bộ công chức, viên chức Cơ quan Thú y vùng III đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài.
Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên khuyến khích tôi hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày 25 tháng 10 năm 2016 Tác giả luận văn Đặng Văn Hạnh ii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com MỤC LỤC Lời cam đoan. ii Mục lục. iii Danh mục chữ viết tắt.
vi Danh mục bảng. vii Danh mục hình. viii Trích Yếu Luận Văn. ix Thesis Abstract.
Tính cấp thiết. Mục tiêu đề tài. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn. Ý nghĩa khoa học.
Ý nghĩa thực tiễn. Tổng quan tài liệu. Khái niệm về bệnh cúm gia cầm. Lịch sử bệnh cúm gia cầm.
Tình hình bệnh cúm gia cầm trên thế giới. Tình hình bệnh cúm gia cầm ở Việt Nam. VIRUS học bệnh cúm gia cầm. cấu trúc của virus cúm gia cầm.
Đặc điểm cấu trúc hệ gen cúm gia cầm. Đặc điểm kháng nguyên - miễn dịch. Độc lực của virus. Cơ chế xâm nhập, nhân lên và gây bệnh của virus.
Sức đề kháng của virus. Truyền nhiễm học. Động vật cảm nhiễm. Con đường truyền lây.
22 iii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail. Triệu chứng và bệnh tích. Các phương pháp chẩn đoán. Chẩn đoán dịch tễ học.
Chẩn đoán lâm sàng. Chẩn đoán virus học. Chẩn đoán huyết thanh học. Phòng bệnh.
Phòng bệnh bằng vệ sinh. Phòng bệnh bằng vắc xin. Hiểu biết về kỹ thuật REALTIME RT-PCR. Thế nào là phản ứng Realtime RT-PCR.
Cơ chế hoạt động của Real time PCR sử dụng Taqman probe làm chất phát huỳnh quang. Nội dung vàphương pháp nghiên cứu. Nội dung, địa điểm nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu.
Các loại dụng cụ, hóa chất. Phương pháp nghiên cứu. Phương pháp lấy mẫu. Phương pháp tiến hành phản ứng Realtime RT-PCR.
Phương pháp thu thập số liệu. Phương pháp xử lý số liệu. Kết quả nghiên cứu và thảo luận. Tình hình chăn nuôi gia cầm tại tỉnh nghệ an và thừa thiên huế từ năm 2012 - 2016.
Tình hình chăn nuôi gia cầm tại Nghệ An từ năm 2012 - 2016. Tình hình chăn nuôi gia cầm tại Thừa Thiên Huế từ năm 2012 - 2016. 36 iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail. Kết quả tiêm phòng Vaccine cúm gia cầm tại nghệ an và thừa thiên huế từ năm 2012 - 2016.
Tình hình dịch cúm gia cầm trên địa bàn tỉnh nghệ an và thừa thiên huế từ năm 2012 - 2016. Tình hình dịch cúm gia cầm trên địa bàn tỉnh Nghệ An từ năm 2012 - 2016. Tình hình dịch cúm gia cầm trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế từ năm 2012 - 2016. Đăc điểm dịch tễ cúm gia cầm tại tỉnh Nghệ An từ năm 2012 - 2016.
Kết quả giám sát cúm gia cầm tại chợ vinh tỉnh nghệ an và chợ nọ thừa thiên huế năm 2016. Kết quả xét nghiệm tại 2 chợ được giám sát năm 2016. Tỷ lệ lưu hành virus cúm gia cầm theo thời gian giám sát tại chợ Vinh và chợ Nọ năm 2016. Tỷ lệ nhiễm chủng cúm A/H5N1 và H5N6 theo loại mẫu tại chợ Vinh Nghệ An và chợ Nọ Thừa Thiên Huế năm 2016.
Diễn biến sự lưu hành các gen M, H5, N1, N6 trong các năm giám sát. Ứng dụng kỹ thuật realtime rt-pcr trong chẩn đoán bệnh. Kết luận và kiến nghị. 59 Tài liệu tham khảo.
64 v LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Nghĩa tiếng Việt BNN và PTNT Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Ct Chu kì ngưỡng (Cycle of threshold) DA Dalton DNA Axit deoxiribonucleic FAO Tổ chức Lương thựcvà Nông nghiệp Liên Hiệp Quốc (Food and Agriculture Organization of the United Nations) HA Hemagglutinin HI Phản ứng ngưng kết hồng cầu (Hemagglutination – Inhibition) HPAI Cúm gia cầm thể độc lực cao (Highly Pathogenic Avian Influenza) LPAI Cúm gia cầm thể độc lực thấp (Low Pathogenic Avian Influenza) MA Matrix NA Neuraminidase NP Nucleoprotein OIE Tổ chức Thú Y thế giới (World Organnisation for Animal Health) RNA Axit ribonucleic RNP Ribonucleoprotein RT - PCR Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction WHO Tổ chức Y tế Thế giới (World Health Organization) vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Cúm gia cầm H5N1 trên người trên thế giới. Cặp mồi phát hiện virus Cúm gia cầm. Công thức tổ hợp phản ứng Realtime RT-PCR.
Tổng đàn gia cầm tỉnh Nghệ An từ năm 2012 - 2016. Tổng đàn gia cầm tỉnh Thừa thiên Huế từ năm 2012 - 2016. Kết quả tiêm phòng vaccine tại 2 tỉnh Nghệ An và Thừa Thiên Huế từ 2012 đến vụ xuân 2016. Dịch cúm gia cầm tỉnh Nghệ An từ năm 2012 đến tháng 6/2016.
Dịch cúm gia cầm tại Thừa Thiên Huế từ năm 2012 - 6/2016. Dịch cúm gia cầm theo tháng tại Nghệ An từ năm 2012 - 2016. Dịch cúm gia cầm theo loài trên địa bàn tỉnh Nghệ An từ 2012 - 2016. Kết quả giám sát tại chợ Vinh và chợ Nọ năm 2016.
Tỷ lệ lưu hành virus cúm gia cầm theo thời gian tại 2 chợ giám sát năm 2016. Tỷ lệ nhiễm H5N1 và H5N6 theo loại mẫu tại 2 chợ được giám sát. Tỷ lệ dương tính các gen M, H5, N1, N6 trong các năm giám sát. Số lượng mẫu được xét nghiệm bằng kỹ thuật Realtime RT-PCR tại Trạm chẩn đoán xét nghiệm - Cơ quan Thú y vùng III.
57 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC HÌNH Hình 2. Khu vực có trường hợp nhiễm cúm gia cầm. Cúm gia cầm năm 2015 tại Việt Nam. Hình thái và cấu trúc virus cúm gia cầm.
Các hệ gen virus cúm. Mô hình cơ chế xâm nhiễm và nhân lên virus cúm A ở tế bào chủ. Mối quan hệ lây nhiễm và thích ứng các loài vật chủ của virus cúm A. Cơ chế phát huỳnh quang của Taqman probe.
Tỷ lệ tiêm phòng vaccine tại Nghệ An và Thừa Thiên Huế. Diễn biến cúm gia cầm tại Nghệ An từ năm 2012 - 6/2016. Diễn biến cúm gia cầm theo thời gian tại Nghệ An. Sự phân bố các ổ dịch trên địa bàn tỉnh Nghệ Antừ năm 2012 - 2016.
Biến động tỷ lệ loài mắc bệnh. Tỷ lệ nhiễm cúm tại 2 chợ qua đợt giám sát. Tỷ lệ nhiễm H5N1 và H5N6 tại 2 chợ theo thời gian. Tỷ lệ lưu hành chủng virus H5N1 và H5N6 theo loại mẫu.
54 viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Đặng Văn Hạnh Tên Luận văn: Giám sát sự lưu hành các chủng virus cúm A/H5N1, H5N6, H7N9 tại một số chợ buôn bán gia cầm sống trên địa bàn các tỉnh Nghệ An, Thừa Thiên Huế và ứng dụng kỹ thuật Realtime RT-PCR trong chẩn đoán bệnh. Ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam 1. Mục đích nghiên cứu - Phát hiện sự lưu hành virus cúm H5N1, H5N6 và H7N9 tại chợ Vinh, tỉnh NghệAn và chợ Nọ, tỉnh Thừa Thiên Huế, để từ đó giúp các ban, ngành của địa phương có cái nhìn tổng quan về sự thay đổi tỷ lệ lưu hành các chủng nhằm cảnh báo sớm dịch cúm gia cầm và đề xuất các biện pháp phòng chống dịch cho phù hợp. - Nâng cao năng lực cho thú y cơ sở các kỹ thuật trong lấy mẫu, bảo quản và vận chuyển mẫu bệnh phẩm.
Nội dung và Phương pháp nghiên cứu 2. Đối tượng, địa điểm và thời gian nghiên cứu Đối tượng: Virus cúm A/H5N1, H5N6, H7N9 trên đàn gia cầm sống tại chợ Vinh, tỉnh Nghệ An và chợ Nọ, tỉnh Thừa Thiên Huế. Địa điểm: Tại 2 chợ buôn bán gia cầm gồm Chợ Vinh, phường Hồng Sơn, thành phố Vinh,tỉnh Nghệ An và chợ Nọ, xã Phú Dương, huyện Phú Vang,tỉnh Thừa Thiên Huế. Mẫu xét nghiệm tại Cơ quan Thú y vùng III.
Thời gian: Bắt đầu từ tháng 10 năm 2015 đến tháng 11 năm 2016. Vật liệu nghiên cứu - Các mẫu swab hầu họng gà sống, vịt sống, môi trường được lấy từ 2 chợ trên. - Các loại hóa chất và dụng cụ được sử dụng tại phòng thí nghiệm. Nội dung nghiên cứu -Tình hình chăn nuôi gia cầm tại Nghệ An, Thừa Thiên Huế từ năm 2012 - 2016.
- Kết quả tiêm phòng vaccine cúm gia cầm tại 2 tỉnh Nghệ An và Thừa Thiên Huế từ năm 2012 - 2016. -Diễn biến cúm gia cầm tại 2 tỉnh Nghệ An và Thừa Thiên Huế từ 2012 - 2016.