Luận văn thạc sĩ về giám sát sự lưu hành virus cúm A/H5N1 tại chợ gia cầm ở Vĩnh Long năm 2016

Nghiên cứu giám sát virus cúm A H5N1 tại chợ gia cầm Vĩnh Long năm 2016, cung cấp thông tin quan trọng về an toàn thực phẩm và sức khỏe cộng đồng.

• Tác giả: Âu Xuân Khoa
• Người hướng dẫn: PGS. Tô Long Thành
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Thú y
• Đề tài: Giám sát sự lưu hành virus cúm A/H5N1 tại một số chợ buôn bán gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long năm 2016
• Loại tài liệu: Luận văn
• Năm xuất bản: 2017
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 2. DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
• 3. DANH MỤC BẢNG
• 4. DANH MỤC HÌNH
• 5. TRÍCH YẾU LUẬN VĂN
• 6. THESIS ABSTRACT
• 7. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
• 8. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI
• 9. Ý NGHĨA KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI
• 10. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 10.1. GIỚI THIỆU CHUNG VỀ VIRUS CÚM GIA CẦM
• 10.1.1. Khái niệm bệnh cúm gia cầm
• 10.1.2. Tình hình bệnh cúm gia cầm trên thế giới
• 10.1.2.1. Dịch cúm gia cầm thể độc lực cao
• 10.1.2.2. Dịch cúm gia cầm thể độc lực thấp
• 10.1.3. Dịch cúm gia cầm ở người
• 10.1.4. Tình hình bệnh cúm gia cầm ở Việt Nam
• 11. NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 11.1. Nội dung nghiên cứu
• 11.2. Địa điểm nghiên cứu
• 11.3. Vật liệu nghiên cứu
• 11.4. Phương pháp nghiên cứu
• 11.4.1. Phương pháp phát hiện virus cúm A/H5N1
• 11.4.2. Phương pháp giải trình tự gen
• 12. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 12.1. Tình hình chăn nuôi và tiêm phòng vacxin cho gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long
• 12.2. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long
• 12.2.1. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2014
• 12.2.2. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2015
• 12.3. Xác định virus cúm type A
• 12.4. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 theo loài
• 12.5. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 theo tháng
• 12.5.1. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên gà theo tháng
• 12.5.2. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên vịt theo tháng
• 12.6. Kết quả xác định clade virus của cúm A/H5N1
• 12.7. Nghiên cứu xác định độc lực của virus cúm A/H5N1
• 13. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng quan về giám sát virus cúm A H5N1 tại Vĩnh Long 2016

Virus cúm A/H5N1 là một trong những mối đe dọa lớn đối với ngành chăn nuôi gia cầm và sức khỏe con người. Năm 2016, việc giám sát sự lưu hành của virus này tại các chợ gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long trở nên cần thiết hơn bao giờ hết. Chợ gia cầm là nơi tập trung nhiều loại gia cầm từ nhiều nguồn khác nhau, tạo điều kiện cho virus lây lan. Nghiên cứu này nhằm xác định tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 và các biến thể của nó trong môi trường buôn bán gia cầm.

1.1. Tình hình dịch cúm gia cầm tại Vĩnh Long

Tỉnh Vĩnh Long có quy mô chăn nuôi gia cầm lớn với hàng triệu con gia cầm. Dịch cúm gia cầm đã xảy ra tại đây trong nhiều năm, gây thiệt hại lớn cho người chăn nuôi. Việc giám sát virus cúm A/H5N1 tại các chợ gia cầm là cần thiết để phát hiện sớm và ngăn chặn dịch bệnh.

1.2. Mục tiêu nghiên cứu giám sát virus cúm A H5N1

Mục tiêu chính của nghiên cứu là xác định tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 trong gia cầm tại các chợ ở Vĩnh Long. Nghiên cứu cũng nhằm phát hiện các biến thể của virus để có biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

II. Vấn đề và thách thức trong giám sát virus cúm A H5N1

Việc giám sát virus cúm A/H5N1 tại các chợ gia cầm gặp nhiều thách thức. Một trong những vấn đề lớn là sự di chuyển của gia cầm từ nhiều nguồn khác nhau, làm tăng nguy cơ lây lan virus. Ngoài ra, việc thiếu thông tin và sự phối hợp giữa các cơ quan chức năng cũng là một thách thức lớn.

2.1. Nguy cơ lây nhiễm virus cúm A H5N1

Virus cúm A/H5N1 có khả năng lây lan nhanh chóng giữa các loài gia cầm. Sự di chuyển của gia cầm từ các vùng khác nhau vào chợ gia cầm tạo ra môi trường thuận lợi cho virus phát triển và lây lan.

2.2. Thiếu thông tin và phối hợp trong giám sát

Nhiều địa phương thiếu thông tin về tình hình dịch bệnh, dẫn đến việc không thể đưa ra các biện pháp phòng ngừa kịp thời. Sự phối hợp giữa các cơ quan chức năng cũng chưa được chặt chẽ, ảnh hưởng đến hiệu quả giám sát.

III. Phương pháp giám sát virus cúm A H5N1 hiệu quả

Để giám sát virus cúm A/H5N1 hiệu quả, cần áp dụng các phương pháp khoa học và công nghệ hiện đại. Phương pháp rRT-PCR là một trong những kỹ thuật chính được sử dụng để phát hiện virus trong mẫu gia cầm. Ngoài ra, việc thu thập và phân tích dữ liệu cũng rất quan trọng.

3.1. Phương pháp rRT PCR trong phát hiện virus

Phương pháp rRT-PCR cho phép phát hiện virus cúm A/H5N1 với độ nhạy và độ chính xác cao. Kỹ thuật này giúp xác định nhanh chóng sự hiện diện của virus trong mẫu gia cầm, từ đó có biện pháp xử lý kịp thời.

3.2. Phân tích dữ liệu và báo cáo kết quả

Việc phân tích dữ liệu từ các mẫu xét nghiệm giúp xác định tỷ lệ nhiễm virus và các biến thể của nó. Kết quả này sẽ được báo cáo cho các cơ quan chức năng để có biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

IV. Kết quả nghiên cứu về virus cúm A H5N1 tại Vĩnh Long

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 tại các chợ gia cầm ở Vĩnh Long là 2,87%. Tỷ lệ này cho thấy sự hiện diện của virus trong gia cầm, đặc biệt là ở vịt. Các chủng virus thu được thuộc clade 2.1c, cho thấy sự lưu hành rộng rãi của virus này trong khu vực.

4.1. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A H5N1 theo loài

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 trên vịt cao gấp 2-3 lần so với gà. Điều này cho thấy vịt là nguồn lây nhiễm chính trong các chợ gia cầm.

4.2. Biến thể virus cúm A H5N1 tại Vĩnh Long

Các chủng virus cúm A/H5N1 thu được thuộc clade 2.1c, cho thấy sự biến đổi của virus trong thời gian qua. Việc theo dõi các biến thể này là rất quan trọng để có biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

V. Kết luận và khuyến nghị cho tương lai

Việc giám sát virus cúm A/H5N1 tại các chợ gia cầm ở Vĩnh Long là rất cần thiết để bảo vệ sức khỏe cộng đồng và ngành chăn nuôi. Cần có các biện pháp phòng ngừa hiệu quả, bao gồm tiêm phòng vaccine cho gia cầm và tăng cường giám sát tại các chợ.

5.1. Biện pháp phòng ngừa virus cúm A H5N1

Cần áp dụng các biện pháp phòng ngừa như tiêm phòng vaccine cho gia cầm và kiểm soát chặt chẽ việc buôn bán gia cầm tại các chợ. Điều này sẽ giúp giảm thiểu nguy cơ lây nhiễm virus.

5.2. Tương lai của giám sát virus cúm A H5N1

Cần tiếp tục nghiên cứu và giám sát virus cúm A/H5N1 để phát hiện sớm các biến thể mới. Việc này sẽ giúp nâng cao hiệu quả phòng ngừa và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

Nội dung chính

Tổng quan nghiên cứu

Dịch cúm gia cầm độc lực cao do virus cúm A/H5N1 gây ra luôn là một trong những mối đe dọa nghiêm trọng hàng đầu đối với nền kinh tế chăn nuôi và sức khỏe cộng đồng toàn cầu. Theo báo cáo của Tổ chức Y tế Thế giới, trong giai đoạn từ năm 2003 đến năm 2017, toàn cầu đã ghi nhận 856 trường hợp người nhiễm cúm A/H5N1 tại 16 quốc gia, trong đó có 452 ca tử vong, tương ứng tỷ lệ tử vong lên tới 52,8%. Riêng tại Việt Nam, con số này là 127 ca mắc và 64 ca tử vong (chiếm 50,4%).

Vấn đề nghiên cứu trọng tâm xuất phát từ thực tế các chợ buôn bán gia cầm sống tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long luôn là điểm giao thoa thương mại phức tạp, tập trung mật độ lớn gia cầm từ nhiều nguồn khác nhau. Đây là môi trường lý tưởng cho virus duy trì, nhân lên, tái tổ hợp và phát tán mầm bệnh. Luận văn hướng tới mục tiêu cụ thể là xác định tỷ lệ lưu hành thực tế, sự phân bố theo loài, biến động theo thời gian và phân tích đặc tính di truyền học phân tử của virus cúm A/H5N1.

Nghiên cứu được triển khai trong phạm vi 12 tháng của năm 2016 tại tỉnh Vĩnh Long – một địa bàn có tổng đàn gia cầm đạt 7,67 triệu con (bao gồm 4,83 triệu con gà và 2,84 triệu con vịt). Mẫu được thu thập tại 3 chợ đầu mối thuộc các huyện từng xuất hiện 20 ổ dịch trong giai đoạn 2014–2015. Ý nghĩa của nghiên cứu thể hiện qua việc cung cấp cơ sở dữ liệu dịch tễ học phân tử chuẩn xác, hỗ trợ nâng cao hiệu quả tiêm phòng đạt tỷ lệ bảo hộ trên 80% và giảm thiểu nguy cơ bùng phát dịch bệnh cho địa phương.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết áp dụng

Nghiên cứu dựa trên nền tảng của hai lý thuyết khoa học cốt lõi: lý thuyết dịch tễ học bệnh truyền nhiễm phân tử và lý thuyết tiến hóa kháng nguyên của virus họ Orthomyxoviridae. Mô hình nghiên cứu phân tích mối quan hệ tương tác giữa ba yếu tố: vật chủ mẫn cảm (gà, vịt), tác nhân gây bệnh (virus cúm A/H5N1) và môi trường phân phối trung gian (chợ buôn bán gia cầm sống).

Trong khuôn khổ này, 4 khái niệm khoa học then chốt được chuẩn hóa bao gồm:

1. Hiện tượng trôi dạt kháng nguyên (Antigenic Drift): Các đột biến điểm tích lũy trong quá trình sao chép hệ gen ARN của virus cúm A.
2. Hiện tượng tái tổ hợp kháng nguyên (Antigenic Shift): Sự pha trộn các phân đoạn gen khi đồng nhiễm nhiều chủng virus trong cùng một tế bào vật chủ.
3. Cúm gia cầm độc lực cao (HPAI): Các chủng virus có chỉ số gây bệnh qua đường tĩnh mạch (IVPI) từ 1,2 trở lên hoặc sở hữu nhiều amino acid kiềm tại vị trí cắt của protein Hemagglutinin.
4. Phân nhánh di truyền (Clade): Hệ thống phân loại chủng virus dựa trên khoảng cách di truyền tương đồng nucleotide của gen HA.

Phương pháp nghiên cứu

Dữ liệu sơ cấp được thu thập từ 1.080 mẫu dịch ngoáy hầu họng gia cầm (gồm 360 mẫu gà và 720 mẫu vịt). Phương pháp chọn mẫu chùm phân tầng có chủ đích được áp dụng định kỳ mỗi tháng 90 mẫu (30 mẫu gà, 60 mẫu vịt) tại 3 chợ: Chợ Cái Ngang (huyện Tam Bình), Chợ Cái Nhum (huyện Mang Thít) và Chợ Thị trấn Long Hồ (huyện Long Hồ). Việc lựa chọn 3 địa điểm này dựa trên tiền sử dịch tễ từng xảy ra các ổ dịch cúm gia cầm trong năm 2015.

Quy trình phân tích trong phòng thí nghiệm được thực hiện tại Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương theo Tiêu chuẩn Quốc gia TCVN 8400-26:2014. ARN tổng số được tách chiết bằng bộ kít thương mại Qiagen RNeasy, sau đó thực hiện phản ứng phiên mã ngược khuếch đại chuỗi thời gian thực (rRT-PCR) với các cặp mồi và mẫu dò huỳnh quang đặc hiệu để xác định gen M (định type A), gen H5 và gen N1.

Để đánh giá độc lực và xác định clade, các mẫu dương tính tiếp tục được nhân gen HA bằng kỹ thuật RT-PCR và giải trình tự Sanger. Trình tự nucleotide được xử lý, gióng hàng bằng phần mềm BioEdit 7 và xây dựng cây phát sinh loài bằng phần mềm MEGA 7 theo phương pháp Neighbor-Joining với 1.000 lần lặp bootstrap. Toàn bộ số liệu dịch tễ được xử lý thống kê bằng phần mềm Minitab và Microsoft Excel với ngưỡng ý nghĩa thống kê là P < 0,05.

Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Những phát hiện chính

Nghiên cứu đã phát hiện tỷ lệ lưu hành đáng kể của virus cúm gia cầm trên đàn gia cầm thương phẩm hoàn toàn khỏe mạnh tại các chợ của tỉnh Vĩnh Long trong năm 2016:

1. Tỷ lệ nhiễm tổng thể: Trong tổng số 1.080 mẫu xét nghiệm, có 176 mẫu dương tính với virus cúm type A (chiếm 16,30%), 46 mẫu dương tính với phân type A/H5 (chiếm 4,26% tổng số mẫu và chiếm 26,14% số mẫu dương tính cúm A). Có 31 mẫu dương tính với virus cúm A/H5N1, tương ứng tỷ lệ lưu hành 2,87% trên tổng đàn khảo sát.
2. Sự sai khác rõ rệt giữa các loài vật chủ: Tỷ lệ nhiễm virus cúm A ở gà đạt 20,83% (75/360 mẫu), cao hơn ở vịt là 14,03% (101/720 mẫu). Tuy nhiên, tỷ lệ mang virus cúm A/H5N1 ở vịt đạt 3,75% (27/720 mẫu), cao gấp 3,38 lần so với gà (chỉ đạt 1,11% với 4/360 mẫu). Sự khác biệt này có ý nghĩa thống kê rõ rệt với P = 0,003.
3. Phân bố theo địa bàn chợ: Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 cao nhất tại Chợ Thị trấn Long Hồ với 4,72% (17/360 mẫu), tiếp theo là Chợ Cái Ngang với 3,89% (14/360 mẫu). Riêng tại Chợ Cái Nhum, không ghi nhận mẫu nào dương tính với cúm A/H5N1 (0,00%).
4. Biến động theo mùa và đặc tính phân tử: Tỷ lệ lưu hành A/H5N1 trên gà đạt đỉnh vào tháng 4 và tháng 6, trong khi trên vịt tập trung cao nhất từ tháng 5 đến tháng 7. Toàn bộ các chủng virus A/H5N1 phân lập được đều thuộc clade 2.3.2.1c và sở hữu chuỗi nối amino acid mang đặc tính của virus cúm độc lực cao.

Thảo luận kết quả

Kết quả nghiên cứu chứng minh rằng thủy cầm (đặc biệt là vịt) tiếp tục đóng vai trò là ổ chứa tự nhiên nguy hiểm nhất. Dù mang virus cúm A/H5N1 độc lực cao, vịt nuôi tại địa phương thường không biểu hiện triệu chứng lâm sàng điển hình, nhưng vẫn liên tục bài thải mầm bệnh qua đường hô hấp và phân vào môi trường chợ buôn bán.

So sánh với các nghiên cứu trước đây, tỷ lệ lưu hành cúm A/H5N1 trong nghiên cứu này (2,87%) thấp hơn so với tỷ lệ 6,6% tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2007–2009 và tỷ lệ 3,9% trong chương trình giám sát quốc gia giai đoạn 2011–2013. Điều này phản ánh hiệu quả tích cực từ các đợt tiêm phòng vacxin định kỳ của địa phương với hơn 4,37 triệu liều vacxin Navet-Vifluvac được sử dụng trong năm 2016.

Dữ liệu nghiên cứu có thể được trực quan hóa tối ưu thông qua biểu đồ cột kép so sánh tương quan tỷ lệ nhiễm giữa các tháng và cây phả hệ phân tử biểu diễn khoảng cách di truyền giữa các chủng Vĩnh Long 2016 với các chủng tham chiếu quốc tế dòng Goose/Guangdong. Việc xác định các chủng phân lập thuộc clade 2.3.2.1c khẳng định tính thích hợp của việc tiếp tục sử dụng các dòng vacxin Navet-Vifluvac và H5N1 Re-5 theo khuyến cáo chuyên môn của Cục Thú y.

Đề xuất và khuyến nghị

Dựa trên kết quả giám sát thực địa và đặc tính sinh học phân tử của các chủng virus thu thập được, 4 nhóm giải pháp cụ thể được đề xuất:

1. Nâng cao tỷ lệ bao hộ tiêm phòng vacxin: Chi cục Thú y tỉnh Vĩnh Long cần duy trì và mở rộng chương trình tiêm phòng vacxin cúm gia cầm đạt tỷ lệ bao phủ tối thiểu 80% tổng đàn, ưu tiên các dòng vacxin tương thích kháng nguyên với clade 2.3.2.1c (như Navet-Vifluvac và Re-5/Re-6). Kế hoạch thực hiện tập trung vào 2 đợt chính: đợt 1 từ tháng 5 đến tháng 6 và đợt 2 từ tháng 10 đến tháng 12 hàng năm.
2. Siết chặt an toàn sinh học tại các chợ gia cầm sống: Ban quản lý các chợ dân sinh và chợ đầu mối phối hợp với Trạm thú y cấp huyện triển khai quy trình tiêu độc khử trùng bắt buộc 2 lần/tuần bằng hóa chất sát trùng chuyên dụng. Áp dụng quy định nghiêm cấm lưu giữ gia cầm sống qua đêm tại các ki-ốt buôn bán nhằm cắt đứt hoàn toàn chuỗi truyền lây mầm bệnh.
3. Tăng cường giám sát dịch tễ học phân tử chủ động: Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương và các cơ quan chuyên môn địa phương cần duy trì lấy mẫu định kỳ 6 tháng/lần tại các điểm nóng thương mại. Mục tiêu là phát hiện sớm sự xuất hiện của các biến chủng mới hoặc hiện tượng tái tổ hợp gen giữa H5N1 và các phân type H5Nx khác.
4. Quy hoạch và kiểm soát mạng lưới giết mổ tập trung: Ủy ban nhân dân các huyện Long Hồ, Tam Bình, Mang Thít cần sớm triển khai lộ trình chuyển đổi từ hình thức giết mổ gia cầm thủ công tại chợ sang các cơ sở giết mổ bán công nghiệp tập trung, hoàn thành trước năm 2020 nhằm đảm bảo vệ sinh thú y và an toàn thực phẩm.

Đối tượng nên tham khảo luận văn

Công trình nghiên cứu mang lại giá trị học thuật và ứng dụng thực tiễn cho 4 nhóm đối tượng chính:

1. Cán bộ quản lý thú y và hoạch định chính sách nông nghiệp: Tài liệu cung cấp số liệu thực chứng để xây dựng bản đồ cảnh báo nguy cơ dịch tễ, tối ưu hóa ngân sách phân bổ vacxin phòng chống dịch cúm gia cầm tại cấp tỉnh và cấp vùng.
2. Giảng viên, nghiên cứu sinh và học viên cao học chuyên ngành Thú y: Công trình là tài liệu tham khảo chuẩn mực về phương pháp luận dịch tễ học thực địa kết hợp kỹ thuật sinh học phân tử tiên tiến (rRT-PCR, giải trình tự gen và phân tích phả hệ bằng MEGA 7).
3. Các doanh nghiệp sản xuất và phân phối vacxin thú y: Dữ liệu về sự lưu hành tuyệt đối của clade 2.3.2.1c là cơ sở then chốt để các nhà sản xuất điều chỉnh cấu trúc kháng nguyên, phát triển các dòng sản phẩm vacxin thế hệ mới có độ tương đồng sinh học cao.
4. Chủ trang trại chăn nuôi gia cầm quy mô thương mại: Giúp người chăn nuôi nhận thức rõ nguy cơ lây nhiễm chéo từ đàn thủy cầm thả đồng và gia cầm buôn bán tại chợ, từ đó chủ động thiết lập hàng rào an toàn sinh học nghiêm ngặt cho trang trại.

Câu hỏi thường gặp

Tại sao tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 ở vịt lại cao hơn nhiều so với gà tại các chợ?

Vịt và các loài thủy cầm là ổ chứa tự nhiên của virus cúm A. Trong nghiên cứu, tỷ lệ mang virus A/H5N1 ở vịt đạt 3,75%, cao gấp 3,38 lần gà (1,11%). Vịt có khả năng đề kháng lâm sàng tốt hơn nên thường mang virus thể ẩn, không phát bệnh nhưng vẫn bài thải virus liên tục qua đường hô hấp và phân, tạo nguồn lây nguy hiểm tại chợ.

Các chủng virus cúm A/H5N1 phân lập tại Vĩnh Long thuộc phân nhánh (clade) nào?

Tất cả các mẫu virus cúm A/H5N1 phân lập thành công trong nghiên cứu đều thuộc clade 2.3.2.1c. Đây là phân nhánh virus có nguồn gốc tiến hóa từ dòng A/goose/Guangdong/1/96, có khả năng lây lan nhanh và chiếm ưu thế chủ đạo tại các tỉnh phía Nam Việt Nam trong giai đoạn này.

Những loại vacxin nào phù hợp để phòng ngừa chủng virus phát hiện trong nghiên cứu?

Dựa trên phân tích phả hệ và tính tương đồng kháng nguyên, các chủng virus phân lập đều tương thích tốt với kháng nguyên của vacxin Navet-Vifluvac (do Công ty Navetco sản xuất) và vacxin H5N1 Re-5/Re-6. Các cơ sở chăn nuôi tại Vĩnh Long nên ưu tiên sử dụng đúng các dòng vacxin này theo khuyến cáo của Cục Thú y.

Gia cầm mang virus cúm A/H5N1 xuất hiện nhiều nhất vào khoảng thời gian nào trong năm?

Kết quả giám sát 12 tháng chỉ ra rằng tỷ lệ nhiễm virus A/H5N1 ở gà đạt mức cao nhất vào tháng 4 và tháng 6, trong khi ở đàn vịt đạt đỉnh từ tháng 5 đến tháng 7. Ngược lại, giai đoạn từ tháng 11 đến tháng 3 năm sau ghi nhận tỷ lệ lưu hành mầm bệnh ở mức thấp nhất.

Kỹ thuật rRT-PCR mang lại ưu thế gì trong giám sát dịch tễ cúm gia cầm tại thực địa?

Phương pháp rRT-PCR theo tiêu chuẩn TCVN 8400-26:2014 cho phép phát hiện nhanh, chính xác vật chất di truyền của virus với độ nhạy và độ đặc hiệu cao. Phương pháp này giúp sàng lọc đồng thời gen M của cúm A, định danh phân type kháng nguyên H5 và N1 ngay cả khi mẫu bệnh phẩm có hàm lượng virus thấp.

Kết luận

1. Nghiên cứu đã xác định toàn diện tỷ lệ lưu hành của virus cúm gia cầm tại các chợ buôn bán tỉnh Vĩnh Long năm 2016: tỷ lệ nhiễm cúm A là 16,30%, cúm A/H5 là 4,26% và cúm A/H5N1 là 2,87%.
2. Đàn vịt buôn bán tại chợ mang nguy cơ truyền lây vượt trội với tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 đạt 3,75%, cao gấp 3,38 lần so với gà (1,11%), đóng vai trò ổ chứa mầm bệnh tiềm ẩn trong cộng đồng.
3. Toàn bộ các chủng virus cúm A/H5N1 phân lập được đều thuộc clade 2.3.2.1c và sở hữu cấu trúc đoạn gen mã hóa chuỗi nối đa bazơ mang đặc tính độc lực cao (HPAI).
4. Phân tích di truyền học phân tử khẳng định vacxin Navet-Vifluvac và H5N1 Re-5 tiếp tục duy trì hiệu lực bảo hộ tốt đối với các biến chủng virus đang lưu hành tại địa phương.
5. Về lộ trình tiếp theo, các cơ quan chức năng cần thiết lập mạng lưới giám sát dịch tễ học phân tử thường niên kết hợp chương trình tiêm phòng đồng bộ trước tháng 5 và tháng 10 hàng năm. Hãy chủ động áp dụng các giải pháp an toàn sinh học và tiêm phòng đầy đủ ngay hôm nay để bảo vệ đàn gia cầm và sức khỏe cộng đồng.

Trích đoạn nội dung tài liệu

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ÂU XUÂN KHOA GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH VIRUS CÚM A/H5N1 TẠI MỘT SỐ CHỢ BUÔN BÁN GIA CẦM Ở TỈNH VĨNH LONG NĂM 2016 Ngành: Thú y Mã số: 60.01 Người hướng dẫn khoa học: 1. Tô Long Thành NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP – 2017 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận văn là trung thực, khách quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn đã được cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận văn này đều được chỉ rõ nguồn gốc. Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Âu Xuân Khoa i LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình.

Nhân dịp hoàn thành luận văn, cho phép tôi được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới PGS. Tô Long Thành và TS. Lê Văn Phan đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Vi sinh vật – Truyền nhiễm, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận văn.

Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán bộ viên chức Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên khuyến khích tôi hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Âu Xuân Khoa ii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] MỤC LỤC Lời cam đoan. ii Mục lục.

iii Danh mục từ viết tắt. v Danh mục hình .vii Trích yếu luận văn .viii Thesis abstract. Tính cấp thiết của đề tài. Mục tıêu nghıên cứu của đề tàı.

Ý nghĩa khoa học của đề tàı. Tổng quan tài liệu. Giới thiệu chung về virus cúm gia cầm. Khái niệm bệnh cúm gia cầm.

Tình hình bệnh cúm gia cầm trên thế giới. Tình hình bệnh cúm gia cầm ở Việt Nam. Dịch tễ học bệnh cúm gia cầm. Triệu chứng, bệnh tích bệnh cúm gia cầm.

Một số đặc điểm của virus cúm A. Phân loại và danh pháp. Đặc điểm hình thái và cấu trúc của virus cúm A. Các loại kháng nguyên.

Phương thức biến đổi của kháng nguyên HA và NA. Độc lực của virus cúm gia cầm. Sự xuất hiện và lưu hành các clade virus H5N1 tại Việt Nam. Nội dung, nguyên liệu và phương pháp nghiên cứu.

Nội dung nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu. 23 iii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.

Phương pháp nghiên cứu. Phương pháp phát hiện virus cúm A/H5N1. Phương pháp giải trình tự gen. Kết quả và thảo luận.

Tình hình chăn nuôi và tiêm phòng vacxin cho gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2014. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2015.

Xác định virus cúm type A. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 theo loài. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 theo tháng. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên gà theo tháng.

Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên vịt theo tháng. Kết quả xác định clade virus của cúm A/H5N1. Nghiên cứu xác định độc lực của virus cúm A/H5N1. Kết luận và kiến nghị.

49 Tài liệu tham khảo. 60 iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt ADN Axit deoxyribonucleic AI Bệnh cúm gia cầm (Avian Influenza) ARN Axit ribonucleic BCĐQG Ban chỉ đạo quốc gia Ct Giá trị ngưỡng chu kỳ của phản ứng (Cycle Threshold) ELISA Phản ứng miễm dịch huỳnh quang gắn enzym (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay) FAO Tổ chức Nông Lương Thế giới (Food and Agriculture Organisation) HA Phản ứng ngưng kết hồng cầu (Hemaglutinin) HI Phản ứng ngăn trở ngưng kết hồng cầu (Hemagglutination Inhibition) HPAI Cúm gia cầm độc lực cao (Highly Pathogenic Avian Influenza ) IVPI Chỉ số gây bệnh qua đường mạch máu (Intravenous Pathogenicity Index) LPAI Cúm gia cầm độc lực thấp (Low Pathogenic Avian Influenza) OIE Tổ chức Thú y Thế giới (Office International des Epizooties) rRT-PCR Phản ứng chuỗi Polyme phiên mã ngược thời gian thực (Realtime Reverse Transcriptase – Polymerase Chain Reaction) TCVN Tiêu chuẩn quốc gia TT Thị trấn TX Thị xã WHO Tổ chức Y tế Thế giới (World Health Organisation ) v LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Những thay đổi của nhánh H5N1 HA được phát hiện tại Việt Nam từ năm 2003 đến 2014 (FAO, 2016). Các primer và probe để phát hiện virus cúm gia cầm A/H5N1.

Thành phần của phản ứng Real time RT-PCR. Trình tự primer để nhân gen HA. Thành phần của phản ứng RT-PCR. Tình hình chăn nuôi và tiêm phòng vacxin cho gia cầm.

Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2014. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2015. Kết quả xét nghiệm virus cúm type A. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5.

Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N1. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N1 theo loài. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N1 trên gà theo tháng. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N1 trên vịt theo tháng.

Danh sách mẫu gửi giải trình tự gen. Danh sách các chủng virus cúm sử dụng làm tham chiếu. Trình tự axit amin tại chuỗi nối protein HA của các chủng virus cúm H5 dòng Goose/Guangdong độc lực cao. 48 vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC HÌNH Hình 2.

Sự phân bố của virus cúm A/H5. Cấu trúc của virus cúm A. Phân bố không gian của các nhánh virus H5N1 HA được phát hiện ở Việt Nam từ năm 2003 đến 2014. Bản đồ tỉnh Vĩnh Long.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 / số mẫu xét nghiệm. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 / số mẫu dương tính cúm A. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 / tổng số mẫu xét nghiệm.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 / số mẫu dương tính virus cúm A/H5. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 theo loài. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 trên gà theo tháng. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 trên vịt theo tháng.

Cây phả hệ dựa trên chuỗi nucleotide gen H5 của các virus cúm A/H5N1 thu được. Trình tự axit amin tại chuỗi nối protein HA của virus A/H5N1 thu được .48 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Âu Xuân Khoa Tên luận văn: Giám sát sự lưu hành virus cúm A/H5N1 tại một số chợ buôn bán gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long năm 2016. Ngành: Thú y Mã số: 60.01 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam. Mục đích nghiên cứu Giám sát sự lưu hành và biến đổi (nếu có) của virus cúm gia cầm A/H5N1 ở các chợ buôn bán gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long để giúp cho công tác quản lý dịch bệnh tại địa phương.

Phương pháp nghiên cứu - Xét nghiệm virus cúm A/H5N1 bằng phương pháp rRT - PCR các mẫu swab thu được. - Dựng cây phả hệ của các chủng virus cúm A/H5N1 bằng phần mềm Biodit và Mega 7. Kết quả chính và kết luận Các kết quả nghiên cứu cho thấy virus cúm A/H5N1 có lưu hành trên gia cầm (gà, vịt) buôn bán tại một số chợ ở tỉnh Vĩnh Long năm 2016. Tỷ lệ lưu hành virus cúm A là 16,30%, virus cúm A/H5 là 4,26% và virus cúm A/H5N1 là 2,87%.

Trong đó, tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 trên vịt cao gấp 2-3 lần ở gà. Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 trên gà tại các chợ (chợ Cái Ngang, chợ Cái Nhum và chợ Thị Trấn Long Hồ) cao nhất là tháng 4 và tháng 6 và thấp nhất là từ tháng 11 đến tháng 3. Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 trên vịt tại các chợ (chợ Cái Ngang, chợ Cái Nhum và chợ Thị Trấn Long Hồ) cao nhất là từ tháng 5 đến tháng 7 và thấp nhất là từ tháng 11 đến tháng 3. Các chủng virus cúm A/H5N1 thu được thuộc clade 2.1c, đây là clade đang lưu hành rộng khắp cả nước, đặc biệt là ở các tỉnh phía Nam.

Do đó, có thể sử dụng các loại vacxin Navet-Vifluvac (Công ty Navetco) và H5N1 Re-5 (Trung Quốc) theo khuyến cáo của Cục Thú y để phòng bệnh cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long. Các chủng virus cúm A/H5N1 thu được là chủng virus có độc lực cao. viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] THESIS ABSTRACT Master candidate: Âu Xuân Khoa Thesis title: Surveillance for avian influenza A/H5N1 virus in some live bird markets of Vinh Long provine in 2016. Major: Veterinary Code:60.01 Educational organization: Vietnam National University of Agriculture (VNUA) Research Objectives Determine the circulation and change (if any) of the avian influenza A/H5N1 in poultry in some live bird markets in Vinh Long provine to help manage disease.

Materials and Methods - Detection of A/H5N1 influenza virus in obtained swab samples using rRT-PCR method. - Constructing the phylogeny tree for A/H5N1 virus strains using Biodit and Mega 7 software. Main findings and conclusions - Study results showed that A/H5N1 influenza virus circulated in poultry (chickens and ducks) traded in some markets in Vinh Long provine in 2016. The prevalence of influenza A virus was 16,30%, A/H5 influenza virus was 4,26% and A/H5N1 influenza virus was 2,87%.

In particular, the prevalence of influenza A/H5N1 virus on ducks was 2-3 times higher in chickens. - The prevalence of avian influenza A (H5N1) virus in chickens in poultry markets (Cai Ngang, Cai Nhum and Long Ho) peaked in April and June, and the lowest was from November to March. - The prevalence of avian influenza A (H5N1) virus in ducks in poultry markets (Cai Ngang, Cai Nhum and Long Ho) peaked from May to July, and the lowest was from November to March. - Circulating A/H5N1 virus strains belonged to clade 2.