Luận văn thạc sĩ về giám sát sự lưu hành virus cúm A/H5N1 tại chợ gia cầm ở Vĩnh Long năm 2016

Nghiên cứu giám sát virus cúm A H5N1 tại chợ gia cầm Vĩnh Long năm 2016, cung cấp thông tin quan trọng về an toàn thực phẩm và sức khỏe cộng đồng.

• Tác giả: Âu Xuân Khoa
• Người hướng dẫn: PGS. Tô Long Thành
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Thú y
• Đề tài: Giám sát sự lưu hành virus cúm A/H5N1 tại một số chợ buôn bán gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long năm 2016
• Loại tài liệu: Luận văn
• Năm xuất bản: 2017
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 2. DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
• 3. DANH MỤC BẢNG
• 4. DANH MỤC HÌNH
• 5. TRÍCH YẾU LUẬN VĂN
• 6. THESIS ABSTRACT
• 7. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
• 8. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI
• 9. Ý NGHĨA KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI
• 10. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 10.1. GIỚI THIỆU CHUNG VỀ VIRUS CÚM GIA CẦM
• 10.1.1. Khái niệm bệnh cúm gia cầm
• 10.1.2. Tình hình bệnh cúm gia cầm trên thế giới
• 10.1.2.1. Dịch cúm gia cầm thể độc lực cao
• 10.1.2.2. Dịch cúm gia cầm thể độc lực thấp
• 10.1.3. Dịch cúm gia cầm ở người
• 10.1.4. Tình hình bệnh cúm gia cầm ở Việt Nam
• 11. NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 11.1. Nội dung nghiên cứu
• 11.2. Địa điểm nghiên cứu
• 11.3. Vật liệu nghiên cứu
• 11.4. Phương pháp nghiên cứu
• 11.4.1. Phương pháp phát hiện virus cúm A/H5N1
• 11.4.2. Phương pháp giải trình tự gen
• 12. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 12.1. Tình hình chăn nuôi và tiêm phòng vacxin cho gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long
• 12.2. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long
• 12.2.1. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2014
• 12.2.2. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2015
• 12.3. Xác định virus cúm type A
• 12.4. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 theo loài
• 12.5. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 theo tháng
• 12.5.1. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên gà theo tháng
• 12.5.2. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên vịt theo tháng
• 12.6. Kết quả xác định clade virus của cúm A/H5N1
• 12.7. Nghiên cứu xác định độc lực của virus cúm A/H5N1
• 13. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng quan về giám sát virus cúm A H5N1 tại Vĩnh Long 2016

Virus cúm A/H5N1 là một trong những mối đe dọa lớn đối với ngành chăn nuôi gia cầm và sức khỏe con người. Năm 2016, việc giám sát sự lưu hành của virus này tại các chợ gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long trở nên cần thiết hơn bao giờ hết. Chợ gia cầm là nơi tập trung nhiều loại gia cầm từ nhiều nguồn khác nhau, tạo điều kiện cho virus lây lan. Nghiên cứu này nhằm xác định tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 và các biến thể của nó trong môi trường buôn bán gia cầm.

1.1. Tình hình dịch cúm gia cầm tại Vĩnh Long

Tỉnh Vĩnh Long có quy mô chăn nuôi gia cầm lớn với hàng triệu con gia cầm. Dịch cúm gia cầm đã xảy ra tại đây trong nhiều năm, gây thiệt hại lớn cho người chăn nuôi. Việc giám sát virus cúm A/H5N1 tại các chợ gia cầm là cần thiết để phát hiện sớm và ngăn chặn dịch bệnh.

1.2. Mục tiêu nghiên cứu giám sát virus cúm A H5N1

Mục tiêu chính của nghiên cứu là xác định tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 trong gia cầm tại các chợ ở Vĩnh Long. Nghiên cứu cũng nhằm phát hiện các biến thể của virus để có biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

II. Vấn đề và thách thức trong giám sát virus cúm A H5N1

Việc giám sát virus cúm A/H5N1 tại các chợ gia cầm gặp nhiều thách thức. Một trong những vấn đề lớn là sự di chuyển của gia cầm từ nhiều nguồn khác nhau, làm tăng nguy cơ lây lan virus. Ngoài ra, việc thiếu thông tin và sự phối hợp giữa các cơ quan chức năng cũng là một thách thức lớn.

2.1. Nguy cơ lây nhiễm virus cúm A H5N1

Virus cúm A/H5N1 có khả năng lây lan nhanh chóng giữa các loài gia cầm. Sự di chuyển của gia cầm từ các vùng khác nhau vào chợ gia cầm tạo ra môi trường thuận lợi cho virus phát triển và lây lan.

2.2. Thiếu thông tin và phối hợp trong giám sát

Nhiều địa phương thiếu thông tin về tình hình dịch bệnh, dẫn đến việc không thể đưa ra các biện pháp phòng ngừa kịp thời. Sự phối hợp giữa các cơ quan chức năng cũng chưa được chặt chẽ, ảnh hưởng đến hiệu quả giám sát.

III. Phương pháp giám sát virus cúm A H5N1 hiệu quả

Để giám sát virus cúm A/H5N1 hiệu quả, cần áp dụng các phương pháp khoa học và công nghệ hiện đại. Phương pháp rRT-PCR là một trong những kỹ thuật chính được sử dụng để phát hiện virus trong mẫu gia cầm. Ngoài ra, việc thu thập và phân tích dữ liệu cũng rất quan trọng.

3.1. Phương pháp rRT PCR trong phát hiện virus

Phương pháp rRT-PCR cho phép phát hiện virus cúm A/H5N1 với độ nhạy và độ chính xác cao. Kỹ thuật này giúp xác định nhanh chóng sự hiện diện của virus trong mẫu gia cầm, từ đó có biện pháp xử lý kịp thời.

3.2. Phân tích dữ liệu và báo cáo kết quả

Việc phân tích dữ liệu từ các mẫu xét nghiệm giúp xác định tỷ lệ nhiễm virus và các biến thể của nó. Kết quả này sẽ được báo cáo cho các cơ quan chức năng để có biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

IV. Kết quả nghiên cứu về virus cúm A H5N1 tại Vĩnh Long

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 tại các chợ gia cầm ở Vĩnh Long là 2,87%. Tỷ lệ này cho thấy sự hiện diện của virus trong gia cầm, đặc biệt là ở vịt. Các chủng virus thu được thuộc clade 2.1c, cho thấy sự lưu hành rộng rãi của virus này trong khu vực.

4.1. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A H5N1 theo loài

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 trên vịt cao gấp 2-3 lần so với gà. Điều này cho thấy vịt là nguồn lây nhiễm chính trong các chợ gia cầm.

4.2. Biến thể virus cúm A H5N1 tại Vĩnh Long

Các chủng virus cúm A/H5N1 thu được thuộc clade 2.1c, cho thấy sự biến đổi của virus trong thời gian qua. Việc theo dõi các biến thể này là rất quan trọng để có biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

V. Kết luận và khuyến nghị cho tương lai

Việc giám sát virus cúm A/H5N1 tại các chợ gia cầm ở Vĩnh Long là rất cần thiết để bảo vệ sức khỏe cộng đồng và ngành chăn nuôi. Cần có các biện pháp phòng ngừa hiệu quả, bao gồm tiêm phòng vaccine cho gia cầm và tăng cường giám sát tại các chợ.

5.1. Biện pháp phòng ngừa virus cúm A H5N1

Cần áp dụng các biện pháp phòng ngừa như tiêm phòng vaccine cho gia cầm và kiểm soát chặt chẽ việc buôn bán gia cầm tại các chợ. Điều này sẽ giúp giảm thiểu nguy cơ lây nhiễm virus.

5.2. Tương lai của giám sát virus cúm A H5N1

Cần tiếp tục nghiên cứu và giám sát virus cúm A/H5N1 để phát hiện sớm các biến thể mới. Việc này sẽ giúp nâng cao hiệu quả phòng ngừa và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

Trích đoạn nội dung tài liệu

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ÂU XUÂN KHOA GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH VIRUS CÚM A/H5N1 TẠI MỘT SỐ CHỢ BUÔN BÁN GIA CẦM Ở TỈNH VĨNH LONG NĂM 2016 Ngành: Thú y Mã số: 60.01 Người hướng dẫn khoa học: 1. Tô Long Thành NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP – 2017 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận văn là trung thực, khách quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn đã được cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận văn này đều được chỉ rõ nguồn gốc. Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Âu Xuân Khoa i LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình.

Nhân dịp hoàn thành luận văn, cho phép tôi được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới PGS. Tô Long Thành và TS. Lê Văn Phan đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Vi sinh vật – Truyền nhiễm, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận văn.

Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán bộ viên chức Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên khuyến khích tôi hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Âu Xuân Khoa ii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] MỤC LỤC Lời cam đoan. ii Mục lục.

iii Danh mục từ viết tắt. v Danh mục hình .vii Trích yếu luận văn .viii Thesis abstract. Tính cấp thiết của đề tài. Mục tıêu nghıên cứu của đề tàı.

Ý nghĩa khoa học của đề tàı. Tổng quan tài liệu. Giới thiệu chung về virus cúm gia cầm. Khái niệm bệnh cúm gia cầm.

Tình hình bệnh cúm gia cầm trên thế giới. Tình hình bệnh cúm gia cầm ở Việt Nam. Dịch tễ học bệnh cúm gia cầm. Triệu chứng, bệnh tích bệnh cúm gia cầm.

Một số đặc điểm của virus cúm A. Phân loại và danh pháp. Đặc điểm hình thái và cấu trúc của virus cúm A. Các loại kháng nguyên.

Phương thức biến đổi của kháng nguyên HA và NA. Độc lực của virus cúm gia cầm. Sự xuất hiện và lưu hành các clade virus H5N1 tại Việt Nam. Nội dung, nguyên liệu và phương pháp nghiên cứu.

Nội dung nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu. 23 iii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.

Phương pháp nghiên cứu. Phương pháp phát hiện virus cúm A/H5N1. Phương pháp giải trình tự gen. Kết quả và thảo luận.

Tình hình chăn nuôi và tiêm phòng vacxin cho gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2014. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2015.

Xác định virus cúm type A. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 theo loài. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 theo tháng. Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên gà theo tháng.

Kết quả xác định sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên vịt theo tháng. Kết quả xác định clade virus của cúm A/H5N1. Nghiên cứu xác định độc lực của virus cúm A/H5N1. Kết luận và kiến nghị.

49 Tài liệu tham khảo. 60 iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt ADN Axit deoxyribonucleic AI Bệnh cúm gia cầm (Avian Influenza) ARN Axit ribonucleic BCĐQG Ban chỉ đạo quốc gia Ct Giá trị ngưỡng chu kỳ của phản ứng (Cycle Threshold) ELISA Phản ứng miễm dịch huỳnh quang gắn enzym (Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay) FAO Tổ chức Nông Lương Thế giới (Food and Agriculture Organisation) HA Phản ứng ngưng kết hồng cầu (Hemaglutinin) HI Phản ứng ngăn trở ngưng kết hồng cầu (Hemagglutination Inhibition) HPAI Cúm gia cầm độc lực cao (Highly Pathogenic Avian Influenza ) IVPI Chỉ số gây bệnh qua đường mạch máu (Intravenous Pathogenicity Index) LPAI Cúm gia cầm độc lực thấp (Low Pathogenic Avian Influenza) OIE Tổ chức Thú y Thế giới (Office International des Epizooties) rRT-PCR Phản ứng chuỗi Polyme phiên mã ngược thời gian thực (Realtime Reverse Transcriptase – Polymerase Chain Reaction) TCVN Tiêu chuẩn quốc gia TT Thị trấn TX Thị xã WHO Tổ chức Y tế Thế giới (World Health Organisation ) v LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Những thay đổi của nhánh H5N1 HA được phát hiện tại Việt Nam từ năm 2003 đến 2014 (FAO, 2016). Các primer và probe để phát hiện virus cúm gia cầm A/H5N1.

Thành phần của phản ứng Real time RT-PCR. Trình tự primer để nhân gen HA. Thành phần của phản ứng RT-PCR. Tình hình chăn nuôi và tiêm phòng vacxin cho gia cầm.

Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2014. Tình hình dịch cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long năm 2015. Kết quả xét nghiệm virus cúm type A. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5.

Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N1. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N1 theo loài. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N1 trên gà theo tháng. Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5N1 trên vịt theo tháng.

Danh sách mẫu gửi giải trình tự gen. Danh sách các chủng virus cúm sử dụng làm tham chiếu. Trình tự axit amin tại chuỗi nối protein HA của các chủng virus cúm H5 dòng Goose/Guangdong độc lực cao. 48 vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] DANH MỤC HÌNH Hình 2.

Sự phân bố của virus cúm A/H5. Cấu trúc của virus cúm A. Phân bố không gian của các nhánh virus H5N1 HA được phát hiện ở Việt Nam từ năm 2003 đến 2014. Bản đồ tỉnh Vĩnh Long.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 / số mẫu xét nghiệm. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 / số mẫu dương tính cúm A. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 / tổng số mẫu xét nghiệm.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 / số mẫu dương tính virus cúm A/H5. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 theo loài. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 trên gà theo tháng. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 trên vịt theo tháng.

Cây phả hệ dựa trên chuỗi nucleotide gen H5 của các virus cúm A/H5N1 thu được. Trình tự axit amin tại chuỗi nối protein HA của virus A/H5N1 thu được .48 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Âu Xuân Khoa Tên luận văn: Giám sát sự lưu hành virus cúm A/H5N1 tại một số chợ buôn bán gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long năm 2016. Ngành: Thú y Mã số: 60.01 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam. Mục đích nghiên cứu Giám sát sự lưu hành và biến đổi (nếu có) của virus cúm gia cầm A/H5N1 ở các chợ buôn bán gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long để giúp cho công tác quản lý dịch bệnh tại địa phương.

Phương pháp nghiên cứu - Xét nghiệm virus cúm A/H5N1 bằng phương pháp rRT - PCR các mẫu swab thu được. - Dựng cây phả hệ của các chủng virus cúm A/H5N1 bằng phần mềm Biodit và Mega 7. Kết quả chính và kết luận Các kết quả nghiên cứu cho thấy virus cúm A/H5N1 có lưu hành trên gia cầm (gà, vịt) buôn bán tại một số chợ ở tỉnh Vĩnh Long năm 2016. Tỷ lệ lưu hành virus cúm A là 16,30%, virus cúm A/H5 là 4,26% và virus cúm A/H5N1 là 2,87%.

Trong đó, tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 trên vịt cao gấp 2-3 lần ở gà. Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 trên gà tại các chợ (chợ Cái Ngang, chợ Cái Nhum và chợ Thị Trấn Long Hồ) cao nhất là tháng 4 và tháng 6 và thấp nhất là từ tháng 11 đến tháng 3. Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 trên vịt tại các chợ (chợ Cái Ngang, chợ Cái Nhum và chợ Thị Trấn Long Hồ) cao nhất là từ tháng 5 đến tháng 7 và thấp nhất là từ tháng 11 đến tháng 3. Các chủng virus cúm A/H5N1 thu được thuộc clade 2.1c, đây là clade đang lưu hành rộng khắp cả nước, đặc biệt là ở các tỉnh phía Nam.

Do đó, có thể sử dụng các loại vacxin Navet-Vifluvac (Công ty Navetco) và H5N1 Re-5 (Trung Quốc) theo khuyến cáo của Cục Thú y để phòng bệnh cúm gia cầm tại tỉnh Vĩnh Long. Các chủng virus cúm A/H5N1 thu được là chủng virus có độc lực cao. viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] THESIS ABSTRACT Master candidate: Âu Xuân Khoa Thesis title: Surveillance for avian influenza A/H5N1 virus in some live bird markets of Vinh Long provine in 2016. Major: Veterinary Code:60.01 Educational organization: Vietnam National University of Agriculture (VNUA) Research Objectives Determine the circulation and change (if any) of the avian influenza A/H5N1 in poultry in some live bird markets in Vinh Long provine to help manage disease.

Materials and Methods - Detection of A/H5N1 influenza virus in obtained swab samples using rRT-PCR method. - Constructing the phylogeny tree for A/H5N1 virus strains using Biodit and Mega 7 software. Main findings and conclusions - Study results showed that A/H5N1 influenza virus circulated in poultry (chickens and ducks) traded in some markets in Vinh Long provine in 2016. The prevalence of influenza A virus was 16,30%, A/H5 influenza virus was 4,26% and A/H5N1 influenza virus was 2,87%.

In particular, the prevalence of influenza A/H5N1 virus on ducks was 2-3 times higher in chickens. - The prevalence of avian influenza A (H5N1) virus in chickens in poultry markets (Cai Ngang, Cai Nhum and Long Ho) peaked in April and June, and the lowest was from November to March. - The prevalence of avian influenza A (H5N1) virus in ducks in poultry markets (Cai Ngang, Cai Nhum and Long Ho) peaked from May to July, and the lowest was from November to March. - Circulating A/H5N1 virus strains belonged to clade 2.