Xác định sự hiện diện của Enteroinvasive E. coli và Enterohemorrhagic E. coli trong nhà nuôi chim Yến

• Tác giả: Le Thanh Binh
• Người hướng dẫn: Dr. Dinh Xuan Phat
• Trường học: Nong Lam University
• Chuyên ngành: Biotechnology
• Đề tài: Xác định sự hiện diện của E. coli gây bệnh trong nhà nuôi chim Yến bằng kỹ thuật PCR đa mồi
• Loại tài liệu: graduation thesis
• Năm xuất bản: 2018 - 2022
• Địa điểm: Thu Duc City

• ACKNOWLEDGEMENTS
• CONFIRMATION AND COMMITMENT
• ABSTRACT
• TÓM TẮT
• 1. CHAPTER 1: INTRODUCTION
• 1.1. Objectives of the research
• 1.2. Researching contents
• 1.3. Escherichia coli
• 1.4. Taxonomy
• 2. CHAPTER 2: BASIC BIOLOGICAL AND GENOMIC CHARACTERISTICS OF ESCHERICHIA COLI
• 2.1. Basic biological characteristics of Escherichia coli
• 2.2. Basic genomic characteristics of Escherichia coli
• 2.3. Diarrheagenic Escherichia coli
• 2.4. Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC)
• 2.4.1. Virulence factors, mechanisms and pathogenesis of EHEC
• 2.4.2. Treatment and clinical diagnosis of EHEC
• 2.5. Enteroinvasive Escherichia coli (EIEC)
• 2.5.1. Virulence factors, mechanisms, and pathogenesis of EIEC
• 2.5.2. Treatment and clinical diagnosis of EIEC infections
• 2.6. Polymerase Chain Reaction (PCR)
• 2.7. Reagents for PCR reaction
• 2.8. Steps of the PCR
• 3. CHAPTER 3: MATERIALS AND METHODOLOGY
• 3.1. Time and location of the research
• 3.2. Materials of the research
• 3.3. Controls and field samples
• 3.4. Chemicals and Equipment
• 3.5. Isolation of Escherichia coli from swiftlet house environment samples
• 3.6. Bacterial DNA extraction from Escherichia coli colonies
• 3.7. DNA extraction using WizPrepTM Viral DNA/RNA Mini Kit V2
• 3.8. Optimization of the annealing temperatures for the multiplex PCR
• 3.9. Optimization for the annealing temperature for the simplex PCR
• 3.10. Optimization of the annealing temperature of the multiplex PCR
• 3.11. Optimization of the primer concentration for the multiplex PCR
• 3.12. Evaluation of the specificity of the multiplex PCR
• 3.13. Determination of detection limit of the multiplex PCR assay
• 3.14. Application of the established multiplex PCR assay on field samples
• 4. CHAPTER 4: RESULTS AND DISCUSSION
• 4.1. Results of the isolation of Escherichia coli from swiftlet house environment samples
• 4.2. Optimization of the mPCR assay for identification of EIEC and EHEC
• 4.2.1. Optimization of annealing temperature of the multiplex PCR assay
• 4.2.2. Optimization of primer concentration for the multiplex PCR reaction
• 4.2.3. Evaluation of the specificity of the multiplex PCR
• 4.2.4. Determination for limit of detection (LOD) of the multiplex PCR
• 4.3. Application of the established multiplex PCR assay for field samples
• 4.4. Discussion
• 5. CHAPTER 5: CONCLUSION AND RECOMMENDATIONS
• APPENDIX
• LIST OF ABBREVIATIONS
• LIST OF TABLES
• LIST OF FIGURES

I. Tổng quan về xác định E

Nghiên cứu về sự hiện diện của E. coli gây bệnh trong nhà nuôi chim Yến là một vấn đề quan trọng trong ngành chăn nuôi. E. coli là một loại vi khuẩn có thể gây ra nhiều bệnh lý nghiêm trọng cho cả người và động vật. Việc phát hiện sớm sự hiện diện của E. coli trong môi trường nuôi chim Yến giúp đảm bảo an toàn thực phẩm và sức khỏe cộng đồng. Kỹ thuật PCR đa mồi đã được áp dụng để xác định chính xác các chủng vi khuẩn này.

1.1. Định nghĩa và vai trò của E. coli trong môi trường nuôi chim

E. coli là một loại vi khuẩn gram âm, thường sống trong ruột của động vật có vú. Một số chủng của E. coli có thể gây bệnh cho người và động vật, đặc biệt là trong môi trường nuôi chim Yến. Việc hiểu rõ về vai trò của E. coli trong hệ sinh thái nuôi chim là rất cần thiết.

1.2. Tầm quan trọng của việc phát hiện E. coli trong nhà nuôi chim

Phát hiện sớm sự hiện diện của E. coli trong nhà nuôi chim giúp ngăn ngừa sự lây lan của bệnh tật. Điều này không chỉ bảo vệ sức khỏe của chim mà còn đảm bảo an toàn thực phẩm cho người tiêu dùng.

II. Vấn đề và thách thức trong việc phát hiện E

Việc phát hiện E. coli trong môi trường nuôi chim Yến gặp nhiều thách thức. Các yếu tố như điều kiện môi trường, phương pháp lấy mẫu và phân tích có thể ảnh hưởng đến kết quả. Sự đa dạng của các chủng E. coli cũng làm cho việc phát hiện trở nên phức tạp hơn. Do đó, cần có các phương pháp chính xác và hiệu quả để xác định sự hiện diện của chúng.

2.1. Các yếu tố ảnh hưởng đến việc phát hiện E. coli

Điều kiện môi trường như độ ẩm, nhiệt độ và vệ sinh trong nhà nuôi chim có thể ảnh hưởng đến sự phát triển của E. coli. Việc lấy mẫu không đúng cách cũng có thể dẫn đến kết quả sai lệch.

2.2. Sự đa dạng của các chủng E. coli và ảnh hưởng đến kết quả

Có nhiều chủng E. coli khác nhau, mỗi chủng có khả năng gây bệnh khác nhau. Việc xác định chính xác chủng nào có mặt trong mẫu là rất quan trọng để đưa ra biện pháp xử lý phù hợp.

III. Phương pháp PCR đa mồi trong phát hiện E

Kỹ thuật PCR đa mồi là một phương pháp hiệu quả để phát hiện sự hiện diện của E. coli trong mẫu môi trường. Phương pháp này cho phép xác định nhiều gen độc lực cùng một lúc, giúp tiết kiệm thời gian và chi phí. Quy trình này bao gồm các bước như lấy mẫu, chiết xuất DNA và thực hiện phản ứng PCR.

3.1. Quy trình thực hiện PCR đa mồi

Quy trình thực hiện PCR đa mồi bao gồm các bước như chuẩn bị mẫu, chiết xuất DNA và thực hiện phản ứng PCR với các mồi đặc hiệu cho từng gen độc lực của E. coli.

3.2. Lợi ích của việc sử dụng PCR đa mồi

Sử dụng PCR đa mồi giúp phát hiện nhanh chóng và chính xác sự hiện diện của E. coli trong môi trường nuôi chim. Phương pháp này cũng giúp giảm thiểu thời gian và chi phí so với các phương pháp truyền thống.

IV. Kết quả nghiên cứu về sự hiện diện của E

Nghiên cứu đã thu thập 90 mẫu từ các nhà nuôi chim Yến và thực hiện phân tích bằng kỹ thuật PCR đa mồi. Kết quả cho thấy 57.78% mẫu dương tính với E. coli, cho thấy sự hiện diện của vi khuẩn này trong môi trường nuôi chim. Tuy nhiên, không phát hiện được các gen độc lực của E. coli gây bệnh trong các mẫu này.

4.1. Tỷ lệ mẫu dương tính với E. coli

Kết quả cho thấy 52/90 mẫu (57.78%) dương tính với E. coli, tất cả đều là mẫu phân. Điều này cho thấy sự hiện diện của vi khuẩn trong môi trường nuôi chim Yến.

4.2. Phân tích gen độc lực của E. coli

Mặc dù có sự hiện diện của E. coli, nhưng không phát hiện được các gen độc lực như stx2, escV và ipaH trong các mẫu. Điều này cho thấy không có sự hiện diện của các chủng E. coli gây bệnh trong môi trường này.

V. Kết luận và triển vọng tương lai trong nghiên cứu E

Nghiên cứu đã thành công trong việc xác định sự hiện diện của E. coli trong nhà nuôi chim Yến bằng kỹ thuật PCR đa mồi. Kết quả cho thấy cần tiếp tục nghiên cứu để hiểu rõ hơn về sự phát triển và lây lan của E. coli trong môi trường nuôi chim. Việc áp dụng các phương pháp hiện đại sẽ giúp nâng cao hiệu quả trong việc kiểm soát và phòng ngừa bệnh do E. coli gây ra.

5.1. Tầm quan trọng của nghiên cứu tiếp theo

Nghiên cứu tiếp theo cần tập trung vào việc phát hiện các chủng E. coli gây bệnh và các yếu tố ảnh hưởng đến sự phát triển của chúng trong môi trường nuôi chim.

5.2. Ứng dụng của kết quả nghiên cứu trong thực tiễn

Kết quả nghiên cứu có thể được áp dụng để cải thiện quy trình nuôi chim Yến, đảm bảo an toàn thực phẩm và sức khỏe cộng đồng.