Xác định gen kháng kháng sinh của Salmonella không thương hàn từ người

Khóa luận nghiên cứu gen kháng kháng sinh của Salmonella không typhoidal từ người, góp phần hiểu rõ hơn về kháng thuốc trong y tế.

• Tác giả: Nguyen Tien Dat
• Người hướng dẫn: Msc. Nguyen Hoang Vu
• Trường học: Nong Lam University
• Chuyên ngành: Biotechnology
• Đề tài: Xác định gen kháng kháng sinh của Salmonella không thương hàn từ người
• Loại tài liệu: graduation thesis
• Năm xuất bản: 2019 - 2023
• Địa điểm: Ho Chi Minh City

Mục lục chi tiết

• ACKNOWLEDGEMENTS
• CONFIRMATION AND COMMITMENT
• ABSTRACT
• TÓM TẮT XÁC ĐỊNH KIỂU GENE KHÁNG KHÁNG SINH CỦA SALMONELLA KHÔNG THƯỜNG HÀN ĐƯỢC PHÂN LẬP TỪ NGƯỜI
• TABLE OF CONTENTS
• LIST OF ABBREVIATIONS
• LIST OF TABLES
• LIST OF FIGURES
• 1. CHƯƠNG 1: PROBLEM STATEMENT
• 1.1. Salmonella and serovars of Salmonella
• 1.1.1. Morphological and cultural characteristics
• 1.1.2. Mechanism resistance to antibiotic of Salmonella
• 1.1.2.1. Antibiotic resistance groups mechanism
• 1.1.2.2. Quinolone
• 1.1.2.3. Sultonainid
• 1.1.2.4. Resistance genes mechanism of Salmonella
• 1.1.3. Methods overview
• 1.1.3.1. Multiplex PCR
• 1.1.3.2. Antimicrobial susceptibility testing
• 2. CHƯƠNG 2: MATERIALS AND METHODS
• 2.1. Time and location of the research
• 2.2. The subject
• 2.3. Devices and equipment
• 2.4. Antibiotics in antimicrobial susceptibility testing
• 2.5. Recover Salmonella on HEK medium
• 2.6. Sub-culture Salmonella on BA medium
• 2.7. Determination of serovars Salmonella
• 2.8. Antibiotic susceptibility testing
• 2.9. Determination resistance genes by PCR
• 3. CHƯƠNG 3: RESULTS AND DISCUSSION
• 3.1. Determination serovars
• 3.2. Antimicrobial susceptibility testing
• 3.3. Determination resistance genes
• 3.4. Discussion
• 4. CHƯƠNG 4: CONCLUSION AND SUGGESTION
• 4.1. Conclusion
• 4.2. Suggestion
• REFERENCE
• APPENDIX

Tóm tắt

I. Tổng quan về xác định gen kháng kháng sinh của Salmonella không thương hàn

Nghiên cứu về gen kháng kháng sinh của Salmonella không thương hàn từ người là một lĩnh vực quan trọng trong y học và sinh học phân tử. Salmonella là một trong những tác nhân gây bệnh phổ biến, đặc biệt là ở trẻ em. Việc xác định các gen kháng kháng sinh giúp hiểu rõ hơn về cơ chế kháng thuốc và tìm ra các phương pháp điều trị hiệu quả hơn. Nghiên cứu này không chỉ có ý nghĩa trong việc bảo vệ sức khỏe cộng đồng mà còn góp phần vào việc phát triển các chiến lược phòng ngừa và điều trị bệnh hiệu quả.

1.1. Định nghĩa và phân loại Salmonella

Salmonella là một chi vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae, được chia thành nhiều serovar khác nhau. Các serovar này có thể gây ra các bệnh lý khác nhau ở người và động vật. Việc phân loại chính xác các serovar là rất quan trọng để xác định nguồn gốc và cách lây truyền của bệnh.

1.2. Tầm quan trọng của việc xác định gen kháng kháng sinh

Việc xác định các gen kháng kháng sinh trong Salmonella không thương hàn giúp phát hiện sớm các chủng vi khuẩn kháng thuốc. Điều này rất quan trọng trong việc điều trị và kiểm soát dịch bệnh, đặc biệt là trong bối cảnh kháng thuốc ngày càng gia tăng.

II. Vấn đề kháng kháng sinh trong Salmonella không thương hàn

Kháng kháng sinh đang trở thành một vấn đề nghiêm trọng trong điều trị các bệnh do Salmonella gây ra. Tỷ lệ kháng thuốc ngày càng tăng, đặc biệt là đối với các loại kháng sinh phổ biến như ampicillin và trimethoprim-sulfamethoxazole. Theo một nghiên cứu, tỷ lệ kháng thuốc của các chủng Salmonella không thương hàn đã tăng lên đến 66.7%. Điều này không chỉ ảnh hưởng đến hiệu quả điều trị mà còn làm gia tăng chi phí y tế và nguy cơ tử vong.

2.1. Nguyên nhân gây ra kháng kháng sinh

Nguyên nhân chính dẫn đến kháng kháng sinh bao gồm việc sử dụng kháng sinh không hợp lý trong điều trị và trong chăn nuôi. Việc lạm dụng kháng sinh đã tạo điều kiện cho vi khuẩn phát triển và hình thành các gen kháng thuốc.

2.2. Hệ quả của kháng kháng sinh

Kháng kháng sinh không chỉ làm giảm hiệu quả điều trị mà còn dẫn đến sự gia tăng tỷ lệ mắc bệnh và tử vong. Điều này đặt ra thách thức lớn cho ngành y tế trong việc kiểm soát và điều trị các bệnh nhiễm trùng do Salmonella.

III. Phương pháp xác định gen kháng kháng sinh trong Salmonella

Nghiên cứu sử dụng các phương pháp hiện đại như PCR và mPCR để xác định các gen kháng kháng sinh trong các chủng Salmonella. Các phương pháp này cho phép phát hiện nhanh chóng và chính xác các gen kháng như bla tem, qnr A, và mcr - 1. Việc áp dụng các kỹ thuật này giúp nâng cao độ chính xác trong việc xác định các chủng vi khuẩn kháng thuốc.

3.1. Kỹ thuật PCR trong xác định gen kháng

Kỹ thuật PCR cho phép khuếch đại các đoạn DNA cụ thể, giúp phát hiện sự hiện diện của các gen kháng kháng sinh. Phương pháp này nhanh chóng và có độ nhạy cao, phù hợp cho việc phân tích các mẫu vi khuẩn.

3.2. Sử dụng mPCR để xác định nhiều gen kháng

Kỹ thuật mPCR cho phép xác định đồng thời nhiều gen kháng trong một mẫu. Điều này giúp tiết kiệm thời gian và chi phí, đồng thời cung cấp thông tin đầy đủ hơn về tình trạng kháng thuốc của các chủng Salmonella.

IV. Kết quả nghiên cứu về gen kháng kháng sinh của Salmonella

Nghiên cứu đã chỉ ra rằng 75% các chủng Salmonella không thương hàn có ít nhất một gen kháng kháng sinh. Đặc biệt, 33% trong số đó là các chủng đa kháng thuốc. Kết quả này cho thấy sự gia tăng đáng kể trong tỷ lệ kháng thuốc, điều này cần được chú ý trong các chiến lược điều trị và phòng ngừa.

4.1. Tỷ lệ kháng thuốc trong các chủng Salmonella

Tỷ lệ kháng thuốc cao nhất được ghi nhận là đối với nhóm quinolone và fluoroquinolone. Điều này cho thấy sự cần thiết phải theo dõi và điều chỉnh các phác đồ điều trị để đảm bảo hiệu quả.

4.2. Các gen kháng kháng sinh phổ biến

Các gen kháng kháng sinh phổ biến được phát hiện bao gồm bla tem và qnr S. Việc xác định các gen này giúp hiểu rõ hơn về cơ chế kháng thuốc và phát triển các phương pháp điều trị hiệu quả hơn.

V. Kết luận và triển vọng trong nghiên cứu gen kháng kháng sinh

Nghiên cứu về gen kháng kháng sinh của Salmonella không thương hàn từ người là rất cần thiết trong bối cảnh kháng thuốc ngày càng gia tăng. Việc xác định các gen kháng không chỉ giúp cải thiện hiệu quả điều trị mà còn góp phần vào việc phát triển các chiến lược phòng ngừa hiệu quả. Tương lai của nghiên cứu này sẽ tập trung vào việc phát triển các phương pháp mới để phát hiện và kiểm soát kháng thuốc.

5.1. Hướng nghiên cứu trong tương lai

Các nghiên cứu tiếp theo sẽ tập trung vào việc phát triển các phương pháp mới để phát hiện nhanh chóng các gen kháng kháng sinh. Điều này sẽ giúp cải thiện khả năng kiểm soát dịch bệnh và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

5.2. Tầm quan trọng của việc giáo dục cộng đồng

Giáo dục cộng đồng về việc sử dụng kháng sinh hợp lý là rất quan trọng. Điều này sẽ giúp giảm thiểu tình trạng kháng thuốc và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

Nội dung chính

Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Nhiễm khuẩn đường tiêu hóa do Salmonella là một trong những gánh nặng y tế cộng đồng nghiêm trọng trên phạm vi toàn cầu cũng như tại Việt Nam. Theo thống kê của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) năm 2017, bệnh tiêu chảy ảnh hưởng đến gần 1,7 tỷ trẻ em dưới 5 tuổi mỗi năm, cướp đi sinh mạng của khoảng 525.000 trẻ và trở thành nguyên nhân tử vong đứng thứ hai ở nhóm tuổi này. Trực khuẩn Salmonella được phân loại thành hai nhóm chính: nhóm gây bệnh thương hàn (typhoidal) và nhóm không thương hàn (non-typhoidal Salmonella - NTS). Trong đó, Salmonella không thương hàn là tác nhân gây viêm dạ dày - ruột cấp tính phổ biến, lây truyền chủ yếu qua đường tiêu hóa từ động vật sang người hoặc thông qua thực phẩm nhiễm khuẩn.

Tại Việt Nam, các nghiên cứu dịch tễ ghi nhận tỷ lệ nhiễm và tái nhiễm NTS ở trẻ em khu vực phía Nam ở mức cao, kèm theo sự đa dạng lớn về các biến thể huyết thanh (serovar). Việc lạm dụng và sử dụng kháng sinh không hợp lý trong chăn nuôi lẫn điều trị y khoa đã thúc đẩy nhanh chóng quá trình chọn lọc áp lực, làm gia tăng các chủng Salmonella đề kháng kháng sinh, đặc biệt là hiện tượng đa kháng thuốc (Multidrug Resistance - MDR). Sự xuất hiện của các gen kháng thuốc nằm trên plasmid hoặc transposon làm tăng nguy cơ lan truyền ngang giữa các chủng vi khuẩn đường ruột.

Trước thực trạng đó, khóa luận tốt nghiệp ngành Công nghệ Sinh học của tác giả Nguyễn Tiến Đạt thực hiện đề tài "Xác định kiểu gen kháng kháng sinh của Salmonella không thương hàn được phân lập từ người" nhằm giải quyết các nhiệm vụ và mục tiêu cụ thể:

1. Phân loại và định danh các biến thể huyết thanh (serovar) và nhóm huyết thanh (serogroup) của các chủng Salmonella enterica subsp. enterica (I) phân lập từ người tại các tỉnh phía Nam.
2. Đánh giá tính nhạy cảm và xác định kiểu hình kháng kháng sinh (phenotype) đối với 9 loại kháng sinh thuộc 6 nhóm phổ biến theo tiêu chuẩn quốc tế CLSI.
3. Xác định sự hiện diện của các gen kháng kháng sinh mục tiêu (blaTEM, blaOXA, qnrA, qnrS, mcr-1) bằng kỹ thuật sinh học phân tử (PCR).
4. Phân tích mối tương quan giữa kiểu hình kháng kháng sinh và kiểu gen kháng thuốc trên từng serovar/serogroup thu nhận được.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

• Đối tượng: 20 chủng vi khuẩn Salmonella enterica subsp. enterica (I) được phân lập từ mẫu phân bệnh nhân giai đoạn 2013 – 2021 tại các tỉnh phía Nam Việt Nam, bảo quản ở nhiệt độ -70°C.
• Thời gian thực hiện: Từ tháng 08/2023 đến tháng 01/2024.
• Địa điểm thực hiện: Khoa Vi sinh Miễn dịch (Bacteriology 1), Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh.

---

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khung lý thuyết và tiêu chuẩn áp dụng

Nghiên cứu được xây dựng dựa trên hệ thống phân loại huyết thanh học White-Kauffmann-Le Minor (WKL) với việc xác định công thức kháng nguyên soma (O) và kháng nguyên lông (H pha 1: fliC và H pha 2: fljB). Cơ sở phân tích tính kháng thuốc dựa trên các cơ chế đề kháng cơ bản của vi khuẩn Gram âm:

• Cơ chế tống xuất kháng sinh qua hệ thống bơm chủ động (Efflux pump).
• Cơ chế giảm tính thấm màng ngoài thông qua biến đổi kênh porin.
• Cơ chế tiết enzym bất hoạt kháng sinh (như enzym β-lactamase thủy phân vòng β-lactam mã hóa bởi các gen họ bla).
• Cơ chế biến đổi đích tác động của kháng sinh (đột biến enzym DNA gyrase/Topoisomerase IV, hoặc bảo vệ đích qua protein mã hóa bởi gen qnr, biến đổi lipid A qua enzym mã hóa bởi gen mcr-1).

Quy trình thử nghiệm độ nhạy cảm kháng sinh tuân thủ nghiêm ngặt tiêu chuẩn của Viện Tiêu chuẩn Lâm sàng và Xét nghiệm Hoa Kỳ (CLSI - Clinical and Laboratory Standards Institute, tài liệu hướng dẫn CLSI M02-A11 và CLSI M100).

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm

                             20 chủng Salmonella (-70°C)
                        Phục hồi trên thạch chọn lọc HEK
                         Cấy chuyển sang thạch máu (BA)
   Định danh Serovar/Group      Kháng sinh đồ (Phenotype)     Kiểu gen kháng (Genotype)
  - Ngưng kết lam (Kháng       - Kỹ thuật khuếch tán đĩa     - Tách chiết DNA (Boiling)
    nguyên O & H)                giấy (Kirby-Bauer)          - Single PCR:
  - Multiplex PCR:             - Môi trường MHA                * blaTEM, blaOXA
    * H1 (8 cặp mồi fliC)      - 9 đĩa kháng sinh              * qnrA, qnrS
    * H2 (7 cặp mồi fljB)      - Đo đường kính vòng vô khuẩn   * mcr-1
                           Phân tích tương quan & Bàn luận

1. Phục hồi và nuôi cấy vi khuẩn: Mẫu lưu trữ được rã đông, cấy phục hồi trên môi trường chọn lọc Hektoen Enteric Agar (HEK) ở 37°C trong 24 giờ để nhận diện khuẩn lạc đặc trưng (trong suốt, có hoặc không có tâm đen do sinh H₂S). Khuẩn lạc sau đó được cấy chuyển sang thạch máu (Blood Agar - BA) để tạo sinh khối phục vụ cho các thử nghiệm tiếp theo.
2. Chiết tách DNA bộ gen: Áp dụng phương pháp sốc nhiệt đun sôi (Boiling method) huyền dịch vi khuẩn trong đệm Tris-EDTA (TE buffer) ở 100°C trong 10 phút, ly tâm 10.000 vòng/phút trong 5 phút để thu dịch nổi chứa DNA; kiểm tra độ tinh sạch bằng máy đo quang phổ NanoDrop.
3. Xác định serovar bằng kỹ thuật kết hợp:
   • Kỹ thuật Multiplex PCR (mPCR): Sử dụng 8 cặp mồi đặc hiệu phát hiện kháng nguyên H1 (fliC: i, lv, b, d, r, e,h, g,m, z10) và 7 cặp mồi đặc hiệu phát hiện kháng nguyên H2 (fljB: 1,2; 1,5; 1,6; 1,7; e,n,x; e,n,z15; l,w). Phản ứng sử dụng GoTaq® Master Mix 2X (Promega), sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 1% pha đệm TBE 0,5X và nhuộm Ethidium Bromide.
   • Kỹ thuật ngưng kết trên lam kính (Slide agglutination): Sử dụng bộ kháng huyết thanh đơn và đa giá Denka Seiken đối với kháng nguyên soma O (nhóm OMA, OMB) và kháng nguyên lông H (pha 1, pha 2 trên thạch mềm Sven Gard). Kết hợp dữ liệu O và H đối chiếu sơ đồ White-Kauffmann-Le Minor 2007 để xác định serovar.
4. Xác định kiểu hình kháng kháng sinh (Phenotype): Sử dụng phương pháp khuếch tán đĩa kháng sinh trên thạch Mueller-Hinton Agar (MHA) với huyền dịch vi khuẩn chuẩn độ đục tương đương 0,5 McFarland (1–2 × 10⁸ CFU/mL). Đĩa kháng sinh thử nghiệm gồm: Ampicillin (AMP 10 µg), Cefotaxime (CTX 30 µg), Amoxicillin-clavulanic acid (AMC 30 µg), Meropenem (MEM 10 µg), Pefloxacin (PEF 5 µg), Nalidixic acid (NA 30 µg), Gentamicin (CN 10 µg), Trimethoprim-sulfamethoxazole (SXT 25 µg), Azithromycin (AZM 15 µg). Đo đường kính vòng ức chế sau 16–18 giờ ủ ở 35 ± 2°C.
5. Xác định kiểu gen kháng thuốc (Genotype): Thực hiện kỹ thuật Single PCR với các cặp mồi đặc hiệu nhằm phát hiện 5 gen kháng thuốc: blaTEM (800 bp), blaOXA (564 bp), qnrA (625 bp), qnrS (417 bp), và mcr-1 (320 bp).

Nguồn chủng kiểm chứng chất lượng

• Kiểm chứng kháng sinh đồ: Escherichia coli ATCC 25922 và Staphylococcus aureus ATCC 25923.
• Kiểm chứng kháng nguyên H1/H2 và các gen kháng thuốc: Các chủng chuẩn cung cấp bởi ATCC và WHO.

---

Nội dung chính theo từng chương

Chapter 1. Problem Statement (Đặt vấn đề)

Chương này tổng kết dịch tễ học bệnh nhiễm khuẩn do Salmonella trên thế giới và tại Việt Nam, đặc biệt là các đợt bùng phát tiêu chảy cấp ở trẻ em tại khu vực đô thị phía Nam. Tác giả chỉ ra tính chất nguy hiểm của NTS khi tồn tại lâu trong môi trường (từ 203 đến 231 ngày trong đất) và khả năng lây truyền qua chuỗi thực phẩm. Vấn đề cốt lõi được đặt ra là sự suy giảm hiệu lực điều trị của các phác đồ kháng sinh thông thường do vi khuẩn liên tục thu nhận các gen kháng thuốc mới.

Chapter 2. Literature Review (Tổng quan tài liệu)

Chương tổng quan hệ thống hóa các kiến thức chuyên sâu gồm:

• Phân loại học và danh pháp: Cấu trúc phân loại chi Salmonella gồm 2 loài (S. enterica và S. bongori), trong đó S. enterica subsp. enterica (I) chịu trách nhiệm chính gây bệnh ở động vật máu nóng và người với hơn 1.500 serovar. Lịch sử tiến hóa của sơ đồ phân loại Kauffmann-White đến White-Kauffmann-Le Minor (2007).
• Cấu trúc kháng nguyên: Đặc điểm hóa sinh của kháng nguyên O (chuỗi polysaccharide trên LPS), kháng nguyên H (protein flagellin biểu hiện đơn pha hoặc nhị pha qua cơ chế chuyển pha luân phiên giữa fliC và fljB), và kháng nguyên vỏ Vi.
• Cơ chế tác động và đề kháng kháng sinh: Phân tích chi tiết cơ chế tác động của các nhóm β-lactam, Quinolone/Fluoroquinolone, Macrolide, Aminoglycoside, Sulfonamide; cơ chế phân tử của enzym β-lactamase nhóm TEM và OXA; cơ chế bảo vệ enzym DNA gyrase của protein Qnr; và cơ chế biến đổi đích colistin qua trung gian plasmid của gen mcr-1.
• Kỹ thuật sinh học phân tử: Cơ sở lý thuyết của kỹ thuật Multiplex PCR và tính ưu việt của việc kết hợp sinh học phân tử với huyết thanh học truyền thống trong định danh vi khuẩn.

Chapter 3. Materials and Methods (Vật liệu và phương pháp)

Trình bày chi tiết danh mục trang thiết bị, hóa chất, sinh phẩm, bộ kít kháng huyết thanh, danh sách trình tự các cặp mồi PCR và các bước quy trình thực nghiệm được chuẩn hóa. Thiết lập các thông số chu nhiệt độ phản ứng PCR cho từng gen đích và bảng chuẩn diễn giải kết quả kháng sinh đồ theo CLSI M100.

Chapter 4. Results and Discussion (Kết quả và bàn luận)

Trình bày toàn bộ số liệu thu được từ 20 mẫu thực nghiệm:

• Định danh huyết thanh: Xác định được 6 serovar hoàn chỉnh và 6 serogroup chưa hoàn chỉnh. Tỷ lệ serovar S. Enteritidis chiếm ưu thế cao nhất (25%). Kháng nguyên O9 xuất hiện nhiều nhất với tỷ lệ 40%.
• Khảo sát tính kháng kháng sinh: Tỷ lệ đề kháng cao nhất ghi nhận ở nhóm fluoroquinolone với Pefloxacin (75%) và Quinolone thế hệ 1 với Nalidixic acid (40%). Kháng sinh nhóm carbapenem (Meropenem) duy trì độ nhạy cảm 100%.
• Phân tích kiểu gen kháng thuốc: Tỷ lệ mang gen blaTEM là 25% và qnrS là 15%. Không phát hiện các gen blaOXA, qnrA, và mcr-1.
• Bàn luận chuyên sâu: So sánh kết quả với các nghiên cứu trong nước (Nguyễn Lý Hoàng Ngân, Trương Thị Lan Hương) và quốc tế (Trung Quốc, Nigeria, Hoa Kỳ), làm rõ sự phân kỳ giữa kiểu hình kháng và sự hiện diện của các gen kháng thuốc đã khảo sát.

Chapter 5. Conclusion and Suggestion (Kết luận và kiến nghị)

Tóm tắt các kết luận chính của đề tài về phân bố serovar, mô hình đề kháng kháng sinh, tỷ lệ kiểu gen kháng và đề xuất mở rộng phạm vi nghiên cứu nhằm hỗ trợ giám sát dịch tễ và điều trị lâm sàng.

---

Kết quả và đóng góp

Số liệu thực nghiệm chi tiết

1. Phân bố Serovar và Serogroup trên 20 chủng nghiên cứu

Phân loại	Công thức kháng nguyên xác định	Tên Serovar / Serogroup	Số lượng (n)	Tỷ lệ (%)
Serovar hoàn chỉnh	9:g,m:-	S. Enteritidis	5	25%
	4,12:f,g,s:-	S. Agona	2	10%
	3,10:e,h:1,6	S. Anatum	2	10%
	6,7:r:1,5	S. Infantis	1	5%
	4:e,h:1,2	S. Saintpaul	1	5%
	Xác định đủ O, H1, H2	Serovar khác (S. Weltevreden)	1	5%
Serogroup	Nhóm O9	S. Group O9	3	15%
	Nhóm O4	S. Group O4	2	10%
	Nhóm O16	S. Group O16	1	5%
	Nhóm O13	S. Group O13	1	5%
	Nhóm O1,3,19	S. Group O1,3,19	1	5%
	Nhóm O khác	S. Group khác	1	5%
Tổng cộng			20	100%

2. Tỷ lệ đề kháng kháng sinh theo từng hoạt chất (Kháng sinh đồ CLSI)

Nhóm kháng sinh	Kháng sinh thử nghiệm	Nồng độ đĩa (µg)	Số chủng kháng (n)	Tỷ lệ đề kháng (%)
Fluoroquinolones	Pefloxacin (PEF)	5	15	75%
Quinolones	Nalidixic acid (NA)	30	8	40%
Penicillins	Ampicillin (AMP)	10	8	40%
Cefems	Cefotaxime (CTX)	30	4	20%
β-lactam + Chất ức chế	Amoxicillin-clavulanic acid (AMC)	30	3	15%
Aminoglycosides	Gentamicin (CN)	10	3	15%
Sulfonamides kết hợp	Trimethoprim-sulfamethoxazole (SXT)	25	2	10%
Macrolides	Azithromycin (AZM)	15	2	10%
Carbapenems	Meropenem (MEM)	10	0	0%

3. Tương quan kiểu hình và kiểu gen trên các chủng kháng điển hình

Chủng vi khuẩn	Kiểu hình kháng thuốc (Phenotype)	Kiểu gen kháng phát hiện (Genotype)
S. Agona (1)	NA, PEF, AMP	blaTEM, qnrS
S. Agona (2)	PEF, AMP, AMC, SXT, CTX (MDR)	blaTEM, qnrS
S. Anatum	NA, PEF	Không phát hiện (blaOXA-, qnrA-, mcr-1-)
S. Infantis	NA, PEF, AMP, CN, SXT, CTX (MDR)	Không phát hiện trong 5 gen khảo sát
S. Enteritidis (1, 2, 3)	NA, PEF, AMP (chủng 2 có thêm AMC, CN - MDR)	blaTEM
S. Enteritidis (4, 5)	NA, PEF, CTX	Không phát hiện (blaTEM-, qnrS-)
S. Group O4:r	PEF, AZM, AMP, AMC, CN, CTX (MDR)	qnrS
S. Group O13	PEF, AZM, AMP, AMC, CN, CTX (MDR)	Không phát hiện trong 5 gen khảo sát

Đóng góp học thuật và thực tiễn của đề tài

• Đóng góp dịch tễ học: Cung cấp dẫn liệu thực nghiệm cập nhật về sự lưu hành của các serovar Salmonella enterica không thương hàn phân lập từ người tại khu vực phía Nam Việt Nam; ghi nhận S. Enteritidis tiếp tục là serovar chiếm ưu thế (25%).
• Cảnh báo lâm sàng: Ghi nhận 75% (15/20) tổng số chủng biểu hiện đề kháng với ít nhất một loại kháng sinh, trong đó tỷ lệ đa kháng thuốc (MDR - kháng từ 3 nhóm kháng sinh trở lên) chiếm 25% toàn bộ mẫu (tương đương 33% trong số các chủng có tính kháng). Tỷ lệ kháng Pefloxacin lên tới 75% phản ánh mức độ báo động về sự suy giảm độ nhạy với fluoroquinolone - nhóm thuốc quan trọng trong điều trị nhiễm trùng xâm lấn. Meropenem vẫn là kháng sinh duy trì độ nhạy 100%.
• Ý nghĩa sinh học phân tử: Làm rõ sự không tương đồng hoàn toàn giữa kiểu hình kháng và kiểu gen kháng thuốc. Việc chủng kháng phenotypically với Quinolone/Ampicillin nhưng âm tính với qnrA/qnrS hoặc blaTEM chứng minh sự tồn tại của các cơ chế kháng khác chưa được bao quát (như đột biến điểm trên vùng QRDR của gen gyrA/parC, các gen β-lactamase khác như blaCTX-M, blaSHV, hoặc hoạt động quá mức của hệ thống bơm tống thuốc).

---

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Hạn chế của nghiên cứu

• Dung lượng mẫu: Quy mô nghiên cứu còn nhỏ (n = 20 chủng), thu thập rải rác trong giai đoạn dài (2013–2021), do đó chưa phản ánh toàn diện bức tranh dịch tễ học động của từng năm hoặc từng địa phương cụ thể.
• Giới hạn trong định danh serovar: Còn 6 chủng (chiếm 30%) chỉ xác định được đến mức serogroup (chưa định danh được đầy đủ công thức kháng nguyên lông H pha 1 và H pha 2) do sự hạn chế về số lượng cặp mồi mPCR và kháng huyết thanh thương mại.
• Phạm vi khảo sát gen kháng: Đề tài mới chỉ dừng lại ở 5 gen kháng thuốc phổ biến (blaTEM, blaOXA, qnrA, qnrS, mcr-1) bằng kỹ thuật Single PCR thông thường, chưa tiến hành giải trình tự gen để phát hiện đột biến điểm trên nhiễm sắc thể (vùng xác định kháng quinolone - QRDR).

Hướng nghiên cứu tiếp

• Mở rộng cỡ mẫu nghiên cứu trên các chủng Salmonella thu thập từ nhiều nguồn khác nhau (người bệnh, thực phẩm, động vật nuôi) để đánh giá đường truyền lây lan truyền gen kháng.
• Bổ sung các mồi mPCR và kháng huyết thanh mới để định danh chính xác các serovar còn tồn tại dưới dạng serogroup.
• Ứng dụng giải trình tự gen thế hệ mới (Next-Generation Sequencing - NGS) hoặc giải trình tự Sanger vùng gen gyrA, gyrB, parC, parE nhằm phát hiện đột biến kháng fluoroquinolone, đồng thời mở rộng tầm soát các gen kháng Cephalosporin thế hệ mới (blaCTX-M), Aminoglycoside (aac, aad), và Colistin (mcr-2 đến mcr-5).

---

Giá trị tham khảo

Tài liệu khóa luận tốt nghiệp này có giá trị tham khảo hữu ích đối với:

• Sinh viên, học viên ngành Công nghệ Sinh học, Vi sinh vật học, Y sinh học: Cung cấp tài liệu tham khảo chi tiết về quy trình kỹ thuật kết hợp giữa huyết thanh học truyền thống (ngưng kết lam) và sinh học phân tử (Multiplex PCR) để định danh vi khuẩn; quy trình thực hiện và diễn giải kháng sinh đồ đĩa giấy theo tiêu chuẩn CLSI M02-A11 và M100.
• Cán bộ nghiên cứu tại các phòng xét nghiệm vi sinh và y tế dự phòng: Cung cấp thông số kỹ thuật (trình tự mồi, thành phần phản ứng, chu nhiệt PCR) của 8 cặp mồi pha H1, 7 cặp mồi pha H2 và 5 cặp mồi gen kháng kháng sinh (blaTEM, blaOXA, qnrA, qnrS, mcr-1).
• Bác sĩ lâm sàng và chuyên gia dịch tễ học truyền nhiễm: Cung cấp dữ liệu tham khảo về thực trạng nhạy cảm kháng sinh của các chủng NTS tại miền Nam, hỗ trợ việc đánh giá và xây dựng phác đồ sử dụng kháng sinh hợp lý trong điều trị tiêu chảy nhiễm khuẩn.

---

Câu hỏi thường gặp

1. Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của các chủng Salmonella trong nghiên cứu phân bố như thế nào? Có 75% (15/20) chủng biểu hiện đề kháng với ít nhất một loại kháng sinh. Tỷ lệ kháng cao nhất là Pefloxacin (75%), tiếp theo là Nalidixic acid (40%), Ampicillin (40%), Cefotaxime (20%), Amoxicillin-clavulanic acid (15%), Gentamicin (15%), Trimethoprim-sulfamethoxazole (10%), Azithromycin (10%). Riêng Meropenem đạt độ nhạy tuyệt đối với 0% chủng đề kháng.

2. Phương pháp định danh serovar Salmonella được thực hiện ra sao? Nghiên cứu kết hợp hai phương pháp: (1) Kỹ thuật ngưng kết trên lam kính sử dụng kháng huyết thanh OMA, OMB để xác định kháng nguyên soma (O); (2) Kỹ thuật Multiplex PCR với 8 cặp mồi cho kháng nguyên lông H1 (fliC) và 7 cặp mồi cho kháng nguyên lông H2 (fljB), kết hợp ngưng kết thạch mềm Sven Gard để xác định công thức kháng nguyên theo sơ đồ White-Kauffmann-Le Minor.

3. Tỷ lệ xuất hiện của các gen kháng kháng sinh mục tiêu là bao nhiêu? Trong 5 gen kháng thuốc được khảo sát bằng Single PCR, gen blaTEM (kháng ampicillin/β-lactam) xuất hiện ở 25% (5/20) chủng; gen qnrS (kháng quinolone qua trung gian plasmid) xuất hiện ở 15% (3/20) chủng. Không phát hiện sự hiện diện của các gen blaOXA, qnrA, và gen kháng colistin mcr-1 (đều đạt tỷ lệ 0%).

4. Vì sao có sự sai biệt giữa kiểu hình kháng quinolone (75% kháng Pefloxacin) và tỷ lệ mang gen qnr (chỉ 15% mang qnrS, 0% mang qnrA)? Sự đề kháng quinolone và fluoroquinolone ở vi khuẩn Gram âm không chỉ phụ thuộc vào gen bảo vệ enzym qua trung gian plasmid (qnr), mà nguyên nhân chủ yếu thường bắt nguồn từ các đột biến điểm trên nhiễm sắc thể tại vùng xác định kháng quinolone (QRDR) của các gen mã hóa DNA gyrase (gyrA, gyrB) và Topoisomerase IV (parC, parE), hoặc do hệ thống bơm tống thuốc chủ động (Efflux pump) bị tăng cường biểu hiện.

5. Serovar nào trong nghiên cứu thể hiện khả năng đa đề kháng cao nhất? 100% (2/2) chủng Salmonella enterica serovar Agona trong nghiên cứu đều mang đồng thời nhiều kiểu gen kháng (blaTEM và qnrS), trong đó có chủng biểu hiện kiểu hình đa kháng (MDR) kháng lại đồng thời 5 loại kháng sinh thuộc nhiều nhóm khác nhau (PEF, AMP, AMC, SXT, CTX).

---

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Nguyễn Tiến Đạt đã phân loại thành công 6 serovar và 6 serogroup từ 20 chủng Salmonella enterica subsp. enterica (I) phân lập từ người tại các tỉnh phía Nam, trong đó S. Enteritidis chiếm ưu thế cao nhất (25%). Kết quả kháng sinh đồ chỉ ra tình trạng báo động với 75% chủng có tính kháng (kháng cao nhất với pefloxacin 75%, nalidixic acid 40%, ampicillin 40%) và 25% chủng thuộc nhóm đa kháng thuốc (MDR), trong khi Meropenem vẫn giữ hiệu lực 100%. Nghiên cứu cũng xác định được tỷ lệ hiện diện của gen kháng blaTEM (25%) và qnrS (15%), đồng thời chứng minh sự phức tạp trong mối tương quan giữa kiểu hình và kiểu gen kháng thuốc, cung cấp nguồn dữ liệu thực nghiệm phục vụ công tác giám sát vi sinh y tế dự phòng.

Trích đoạn nội dung tài liệu

MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY-HO CHI MINH CITY PASTEUR INSTITUTE HO CHI MINH CITY GRADUATION THESIS DETERMINATION OF ANTIBIOTIC RESISTANCE GENOTYPES OF NON-TYPHOIDAL Salmonella ISOLATED FROM HUMAN Majors : BIOTECHNOLOGY Student : NGUYEN TIEN DAT Student code : 19126245 Academic year : 2019 - 2023 MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY-HO CHI MINH CITY PASTEUR INSTITUE HO CHI MINH CITY GRADUATION THESIS DETERMINATION OF ANTIBIOTIC RESISTANCE GENOTYPES OF NON-TYPHOIDAL Salmonella ISOLATED FROM HUMAN. Advisor Student Msc. NGUYEN HOANG VU NGUYEN TIEN DAT Vee Thu Duc City, 04/2024 ACKNOWLEDGEMENTS First and foremost, I would like to express fully gratitude toward the Board of Nong Lam University for facilitating me to the new environment in learning and studying. Continuously, I am so thankful to my teachers and the Faculty of Biological Sciences for supporting and creating all favourable conditions for my thesis.

In addition, I would like to sincerely thank the Institute Pasteur Ho Chi Minh City and the staffs of the Department of Immunology for providing the most favourable conditions for me to work and study there. Especially, I would like to express my deepest gratitude to my adviser, MSc. Nguyen Hoang Vu, for his enthusiastic support and immense knowledge of my study. He has kindly guided me during the period of my thesis.

And last but not least, I would like to thank my family and my classmates for supporting me to overcome the problems and challenges during my study that helped me to complete my graduation essay. Sincerely, thank you! CONFIRMATION AND COMMITMENT My name is Nguyen Tien Dat. Class: DH19SHC (email: [e-mail]), Faculty of Biological Sciences, Nong Lam University Ho Chi Minh City. I guarantee that this graduate thesis was completely conducted by myself as well as that all the data and results are utterly accurate, truthful and objective.

I will take all the responsibility before the Council for this commitment. Thu Due City, March 2023 Student’s signature il ABSTRACT DETERMINATION OF ANTIBIOTIC RESISTANCE GENOTYPES OF NON-TYPHOIDAL Salmonella [ISOLATED FROM HUMAN The research was conducted at the Pasteur Institute in Ho Chi Minh City, performed 20 samples classified as Salmonella enterica subsp. The main objective of the study is to classify and determine antibiotic resistance genes in serovars of Salmonella enterica subsp. Serovar identification was performed by the slide agglutination technique for somatic antigen (O) and the flagellar antigens was identified by mPCR: 8 primer pairs for H1 antigen fljC and 7 primer pairs for H2 antigen fljB combining with slide agglutination.

Firstly, the results revealed that the serovar S. Enteritidis was the most prevalent with 25% (5/20), followed by S. Saintpaul 5% (1/20) and 6 serogroups that could not be determined fully antigens including S$. Secondly, the results of antimicrobial susceptibility testing include group quinolones (nalidixic acid: 40%), fluoroquinolones - the new generation of quinolone (pefloxacin: 70%), B-lactams (ampicillin: 40%, cefotaxime: 20%, amoxicillin + clavulanic acid: 15%, meropenem: 0%), aminoglycosides (gentamicin: 15%), sulfonamides (trimethoprim + sulfamethoxazole: 10%), and macrolides (azithromycin: 10%) was conducted by disk diffusion following the CLSI standards.

Finally, this study determined resistance genes including: bla tem 25% (5/20), bla oxa 0%, qnr A 0%, qnr S 15% (3/20), mcr - 1 0% using single PCR techniques. The analysis results revealed that 75% (15/20) of the strains exhibited at least one antibiotic resistance phenotypes. Particularly, 33% (5/15) of them are MDR strains, with serogroups accounting for 40% (2/5) of the MDR strains. Agona harboured multiple antibiotic resistance genes.

Key words: serovars Salmonella, qnr Š, qnr A, bla tem, bla oxa, mcr - 1. 1H TOM TAT XAC DINH KIEU GENE KHANG KHANG SINH CUA SALMONELLA KHÔNG THUONG HAN DUOC PHAN LAP TỪ NGƯỜI Nghiên cứu được thực hiện tại Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh, sử dụng được 20 mau đã được phân loài là Salmonella enterica subsp. Mục tiêu chính của nghiên cứu là phân loài serovars và xác định các genes khang kháng sinh trong serovars Salmonella enterica subsp. Định danh serovars được sử dụng kỹ thuật ngưng kết huyết thanh cho kháng nguyên soma (O) và kháng nguyên tiêm mao (H) được xác định bằng mPCR gồm: 8 cặp mồi cho kháng nguyên HI và 7 cặp mồi cho kháng nguyên H2 kết hợp cùng với ngưng kết huyết thanh.

Kết quả cho thấy serovars S. Enteritidis chiếm ti lệ cao nhất 25% và còn 5 serovars khác bao gồm S. Tiếp theo yy như nhóm quinolones (nalidixic acid: 40%), fluoroquinolones - thế hệ mới của quinolone (pefloxacin: 70%), B - lactams (ampicillin: 40%, cefotaxime: 20%, amoxicillin + clavulanic acid: 15%, meropenem: 0%), aminoglycosides (gentamicin: 15%), sulfonamides (trimethoprim + sulfamethoxazole: 10%), and macrolides (azithromycin: 10%) bằng phương pháp kháng sinh đồ theo tiêu chuẩn của CLSI. Cùng với đó trong nghiên cứu này xác định được các gen kháng thuốc với tỉ lệ bla tem 25% (5/20), bla oxa 0%, qnr A 0%, gnr S 15% (3/20), mcr — 1 0% bang kỹ thuật PCR.

Kết quả phân tích đã cho thay 75% (15/20) chủng có kiều hình kháng ít nhất một loại kháng sinh, trong đó có 60% (9/15) là serovar và 40% (6/15) còn lại là của serogroup. Đặc biệt trong số đó có 33% (5/15) là các chủng đa kháng thuốc mà serogroup đã chiếm 40% (2/5) trong số các chủng đa kháng thuốc. Ngoài ra, 100% (2/2) chủng S. Agona sở hữu đa kiểu gene kháng sinh.

Từ khóa: serovars Salmonella, qnr S, qnr A, bla tem, bla oxa, mcr - 1. iv TABLE OF CONTENTS Page ACKNOWLEDGEMENTS .:cceccesceeseeseesseeseeecerseescesecseessessceaeeseeeseeseeeseeseeeseeaeeeseess i CONFIRMATION AND COMMITMENT .:cc:ceceeceeseeseeeeseeseeseeseeseeseeseeseeseeseeneees ii ABSTRACT wermesenmcernien eerie enemy ee eS iii a as iv TABLE OF GCONTEN Teen n0 0 là hg11110 01534/05SGS005300800353G085LE80G/EEE4EE4030464013.1000040 Vv LIST OF ABBREVIATIONS S015 —. viii LIST OB TA BIGES ios: 55 2c i a et cố a ee CC. ee ee ix LIST OF FIGURES sen essitntueesgsgsgSegSigy2viilqosotlbkptareostsaptftesitlieixotktùxSiissglgbrstasgpasaprsesaosi X Wl5U21 21MEI-dM AAEMRsó 01930 901 89" .ốốốốố ốc 1 Leds .PRODLEM STALIN svenveocsanseemavenenesmennenemesmnerecmeaer NSE OEE 1 1.

2, DW TVETSr er ae a 63Eb20063Eul0nE0B1Sg62BGEGIRlBEBNIEHSGGUSUEEGSNEHLGISHIUiSS2N6S010-3660860ug8S8EE. LITERATURE RE VIEW các is60211256540655160436501183150031380838338590094 3 2. Salmonella and serovars Of SalmorielÏA. Morphological and cultural charaCf€T1SfIC.

Disease secsssexce61001606603515653860151463363095646933880466383358ãgẸ0300688 7 2555 TEVWGHHDEaeeseeeseseesesssseniisoasssstisakirigtigrssdilctitrregloirjsrirhiridbotigtualcbbxguougdirrùd ens artnsb ea 8 DES ae AMS ASIN cna ce tn sera neers i im aoe eran ea Semana 8 2. Mechanism resistance to antibiotic of SalmuorielÏA.-----5-<<<+<<+sc<+ecexeesees 9 22/5, ete ƯA OO ssa catego easel erence aera eee teem ee al 9 2:1;2; Reduces antibiotic permeability s:asossssesssasessosaosetossdaseogtglsodi4EIEESESS4642984813608601/00806 9 23/153, ITTAGHVAHHOTI'EH2WTHWLsseseeeseenadsskkiiitisiiotorikotovinrdoirosgasissucixEotoLAIEEAEKEEUDEIIBI0E0001382. Antibiotic resistance groups mechañ1SI.-- 5 <5 + *++*£++vEe+eeeeeeezeeeree I DS lL. D=—,LJMGEETLusossctesstgt5segttistseboettgssgfegyt932SRGSNEGiNEEDNGIEIBSt3SÿSIERqfiEỹ-SgitiSiGSiilsiigoililiGisjite 11 2.2, QUINOLONE si, s25 5626266262 sã6 56362 sve s a te SS Be nano ASN Seo OA A OND sa 80035 36050ã.4, Sultonainid Cxrcsenceeuscsscess seem asses eRe TS EERE 11 2.

Resistance genes mechanism Of SalMONel1A. 12 DiS Dis OU sưng nghĩ nhi ga GGGR0Gi40080359655380100185380.1, Methods OV er view ss 2gnánhh 20304003 46730030958/2E423/R08)50012045:485-49E35d050NGEEVSS4EG502031483300483330.2091)0008, 12 2 Tle Multiplex PCR wesssssesecssenewnnssvcsveresveseevestvenesnasconvavonissseuavcesewsnsvvesnesverremeveeorneneeess 12 2. Antimicrobial susceptibility tesfing.-- - cece cece 25 S21 2222 22 re.5 SQtOty PING ssiscstistrniassisEEL11515313665103160313356953 0595843853343 38843/354558095. MATERIALS AND METHODS.

Time and location ‘of the TGSGATCH.::ssssscs:xzssssicese 9565566636025 9Ẹag800/0980g58g68. The subject 0Êresearei. Positive and negative control SfTA11AS.3 GUO Cal Ebesissreseoiss0090240009809 GAGEE1634E88E0A083306040B93E6-g83585g5Sugi830SE86)4000i8603-0008/g3g88 15 3.4, Devices: and €dUÏDHi€Tis-eseexssssssssss15565192116180 151 L15814161461561400355581545381341S55E033558 550 16 3. Antibiotics in antimicrobial susceptibility testing.321 RESCATCH WOLKS wiesseesseaxsoxexcamsnsanersvasneensenauareeranameemnasereinessreanenenesearens 16 3.

Recover Salmonella on HEK medium. Sub-culture Salmonella on BA medium. Determination of serovars Salmonella .------ +5 <+<<++<+++<£+sc+sk+seseesseesee 17 3. Antibiotic Susceptibility Testing.

Determination resistance genes by PCR. RESULTS AND DISCUSSION. Determination serovars ,S2Ïwoi€ÏÏ4. Antimicrobial susceptibility t©sfing.-- --- --- 5 + + + sen re re re 26 4.

Determination resistance Qenes «0. 28 vi AA, DISCUSSION scccsacsns ccamincncusserevanmaciencexs iS a RR iO Seale oa waa a a alto acta aaa cae 30 CHAPTER 5. CONCLUSION AND SUGGESSTION.1, Conclisi On zsnccszemrsemuncss sees aE RRA ae eR SR aS EERE 33 52s SUSROSUION seesiseseesssebiESETEE08255510136966368951335536401310E21853-163505805311990155891585198070895/007408 33 REFERENCE .ceccescesceeseesseeseeeseseeecesecsceesecsecaecaecsaecsecaeeseeaecseeesecaeeeseeseeeaeeasesees 33 APRENIDIDS csssszessssmassessesescaawssiesasiencinscis sss aieu sea nei sos a So de SRO REN SRR 37 Vil LIST OF ABBREVIATIONS AMP Ampicillin AMC Amoxicillin-clavulanic acid AZM Azithromycin BA Blood agar CN Gentamicin CDC Centers for Disease Control and Prevention CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute CTX Cefotaxime HEK Hektoen enteric agar mPCR Multiplex polymerase chain reaction MEM Meropenem MDR Multidrug resistance NA Nalidixic acid NC Negative control OUCRU Oxford University Clinical Research Unit PBSs Penicillin-binding proteins PBP Penicillin — binding proteins PEF Pefloxacin PC Positive control PCR Polymerase chain reaction Vill SXT Trimethoprim - sulfamethoxazole LIST OF TABLES Page Table 2. Old and new designation of O antigens (Grimont and Weill, 2007).

List positive controls for H1 antigen of Salmonella. List positive controls for H2 antigen of Salmonella. List primer of antibiotic resistance øenes. Antigen serovars Salmonella enterica subsp.

Antigen serogroup Salmonella enterica subsp. The quantity of antibiotic resistance strains with antibiotic groups. List typical phenotype of antibiotic resistance stra1ns. List phenotype of typical antibiotic resistance strains.

Comparing the typical antibiotic resistant phenotype and genotype of SOLO VALS vere mer G06g918 A8350 610/8943084001348054459600i:Q000150u1118306E:38014:L883000046,G010011g30p2. Comparing the typical antibiotic resistant phenotype and F00 40500. Comparing the typical antibiotic resistant phenotype and genotype of SOLO STOUP wes ceesenescosvenesenapewavemeesenseyaeeasursiwsense vance edna sexo say ervesseneesnd estes wee neeanuereyeeuneneneress 30 1X LIST OF FIGURES Page Figure 2. Antimicrobial susceptibility testing with positive confrol.- -- -- 51k TT TH TH TH nh ng 17 Figure 4.

The percentage of serovars and serogroups of Salmonella.2: The rate of MDR. phenotype» s:ccssccseecereecsceeeseesceseeserarmennaennnaverreeess 27 Figure 4. Quantity antibiotic resistance Ø€nes.-- ------ 5c cess ceeeeeeeeeeeeeeeees 29 CHAPTER 1. Problem statement Salmonella infection is one of the prevalent bacterial infections affecting both humans and animals, primarily impacting the gastrointestinal tract and often being eliminated through feces as it resides in the digestive system.

This disease is categorized into two main types: typhoidal (typhoid fever) and non-typhoidal, with non-typhoidal Salmonella causing significant economic losses and mortality worldwide. A common manifestation of this infection is diarrhea. According to the World Health Organization (WHO) statistics in 2017, nearly 1.7 billion children, predominantly those under 5 years old, suffer from diarrheal diseases annually, resulting in approximately 525,000 deaths each year, making it the second-leading cause of death in children under 5 years old (https://www. In 2010, an epidemiological study in Ho Chi Minh City recorded 77 out of 1419 cases of diarrhoea (5.4%) in children under 5 years old as Salmonella non-typhoidal positive (Thompson et al.

The prevalence increased to a minimum of 271 cases per 1000 children in 2015 (Anders et al. Although Salmonella infections accounted for only 18% of the total cases, the reinfection rate by Salmonella was the highest (Anders ef al., 2015), emphasizing its highly infectious nature, particularly among children living with carriers of the pathogen, as reported by the OUCRU (https://www. Comparing Salmonella infection rates with other continents, non-typhoidal Salmonella (NTS) in Asia is under the most significant impact. Therefore, Vietnam, situated in this region, is heavily affected by this disease, leading to increased diversity in NTS serovars (Lan Huong Phu et al.

However, antibiotic treatments are becoming less effective as resistance rates continue to rise. A study in 2019 on 15 strains by Nguyen Ly Hoang Ngan et al. reported a resistance rate of 66.7% to Trimethoprim-Sulfamethoxazole, with other antibiotics showing similarly high resistance levels (Ngan et al. However, for Salmonella infections, antibiotic usage remains the most effective intervention.

Over time, researchers have made adjustments in antibiotic usage to tailor them to specific Salmonella serovars, including combining enzyme-inhibiting agents targeting antibiotic resistance genes. Despite these efforts, bacteria continue to encode genes to adapt to various antibiotics. Antibiotic resistance has become a global concern, especially in human populations, impacting a nation's development as commonly used antibiotics gradually lose their effectiveness. Therefore, identifying antibiotic resistance genes in Salmonella serovars is crucial, as each serovar may harbour distinct antibiotic resistance genes.

The objective of this study is to identify common antibiotic resistance genes in non-typhoidal Salmonella from individuals in the Southern region (https://www. Successful identify of Salmonella serovars to consolidate information on bacterial diversity in the Southern provinces.