Luận án tiến sĩ sinh học nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa ribosome của một số loài sán lá ruột thuộc họ heterophyidae ký sinh gây bệnh trên người và động vật tại v

Luận án tiến sĩ sinh học nghiên cứu hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa ribosome của sán lá ruột họ Heterophyidae, ký sinh gây bệnh trên người và động vật.

• Tác giả: Lê Thị Việt Hà
• Người hướng dẫn: Lê Thanh Hòa
• Trường học: Viện Hàn Lâm Khoa Học và Công Nghệ Việt Nam - Viện Công Nghệ Sinh Học
• Chuyên ngành: Hóa sinh học
• Đề tài: Nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể và ribosome của một loài sán lá ruột thuộc họ Heterophyidae ký sinh gây bệnh ở người và động vật tại Việt Nam
• Loại tài liệu: luận án tiến sĩ sinh học
• Năm xuất bản: 2021
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• Lời cảm ơn
• Lời cam kết
• Danh mục các chữ viết tắt
• Danh mục các bảng
• Danh mục các hình
• MỞ ĐẦU
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 1.1. Tình hình nghiên cứu sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae thuộc lớp Sán lá Trematoda
• 1.1.1. Phân loại sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae
• 1.1.2. Đặc điểm sinh học và phân bố của sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae
• 1.1.3. Tình hình nghiên cứu sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae trên thế giới và ở Việt Nam
• 1.2. Ty thể, ribosome ty thể và đặc điểm hệ gen ty thể
• 1.2.1. Giới thiệu ty thể của động vật
• 1.2.2. Ribosome của ty thể
• 1.2.3. Cấu trúc và sắp xếp gen ở hệ gen ty thể
• 1.2.4. Đặc điểm gen và vùng không mã hóa ở hệ gen ty thể
• 1.2.5. Nghiên cứu ứng dụng gen và hệ gen ty thể
• 1.3. Giới thiệu Ribosome của tế bào và đơn vị mã hóa ribosome
• 1.3.1. Giới thiệu ribosome của tế bào
• 1.3.2. Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử của đơn vị mã hóa ribosome
• 1.4. Ý nghĩa và sự cần thiết nghiên cứu đặc điểm mtDNA và đơn vị mã hóa ribosome của sán lá ruột nhỏ Haplorchis của đề tài
• 2. CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Đối tượng, vật liệu và địa điểm nghiên cứu
• 2.1.1. Đối tượng và vật liệu nghiên cứu
• 2.1.2. Mẫu nghiên cứu của các loài thuộc họ Heterophyidae
• 2.1.3. Địa điểm và thời gian nghiên cứu
• 2.2. Phương pháp tiếp cận và bố trí nghiên cứu
• 2.3. Phương pháp nghiên cứu hệ gen ty thể
• 2.3.1. Phương pháp xác định cấu trúc và sắp xếp hệ gen ty thể của sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui
• 2.3.2. Phương pháp phân tích đặc điểm gen RNA ribosome (MRG) ty thể
• 2.3.3. Phương pháp phân tích đặc điểm gen RNA vận chuyển (tRNA) ty thể
• 2.3.4. Phương pháp phân tích vùng không mã hóa ở hệ gen ty thể
• 2.3.5. Phân tích phương thức sử dụng nucleotide và tính toán giá trị độ lệch skew (skewness) trong hệ gen ty thể
• 2.3.6. Phân tích đặc điểm gen mã hóa protein và sự thiên vị sử dụng bộ mã
• 2.3.7. Phương pháp tính toán khoảng cách di truyền của các loài sán lá ruột nhỏ dựa trên cộng hợp 3 gen cob+nad1+cox1
• 2.3.8. Phương pháp tính toán khoảng cách di truyền của các loài sán lá ruột nhỏ dựa trên cộng hợp 12 PCG của ty thể
• 2.3.9. Phương pháp phân tích phả hệ dựa trên chỉ thị cộng hợp ba gen PCG của ty thể (cob+nad1+cox1)
• 2.3.10. Phương pháp phân tích phả hệ dựa trên chỉ thị cộng hợp toàn bộ 12 PCG của ty thể
• 2.4. Phương pháp nghiên cứu đơn vị mã hóa ribosome (rTU)
• 2.4.1. Phương pháp xác định cấu trúc và sắp xếp gen, vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome
• 2.4.2. Phương pháp xác định độ dài và đặc điểm gen rRNA và vùng giao gen ở đơn vị mã hóa ribosome
• 2.4.3. Phương pháp phân tích phương thức sử dụng nucleotide và tính toán giá trị độ lệch skew trong đơn vị mã hóa ribosome
• 2.4.4. Phương pháp phân tích tương đồng nucleotide của các gen rRNA và phân đoạn mã hóa ribosome của sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae
• 2.4.5. Phương pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai gen RNA ribosome (5.8S rRNA)
• 2.4.6. Phương pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai vùng giao gen ITS (ITS-1, ITS-2)
• 2.4.7. Phương pháp phân tích phả hệ của H. pumilio dựa trên chuỗi gen 28S rRNA toàn phần
• 2.4.8. Phương pháp phân tích phả hệ của H. pumilio dựa trên cộng hợp gen (18S+28S rRNA) toàn phần
• 3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
• 3.1. Kết quả nghiên cứu hệ gen ty thể loài Haplorchis taichui mẫu Việt Nam
• 3.1.1. Cấu trúc và sắp xếp hệ gen ty thể của sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui
• 3.1.2. Phân tích đặc điểm gen RNA ribosome của ty thể
• 3.1.3. Đặc điểm gen RNA vận chuyển (tRNA) của ty thể
• 3.1.4. Đặc điểm vùng không mã hóa ở mtDNA của sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui
• 3.1.5. Phương thức sử dụng nucleotide và giá trị độ lệch skew trong hệ gen ty thể
• 3.1.6. Phân tích đặc điểm gen mã hóa protein và thiên vị sử dụng bộ mã (codon usage)
• 3.1.7. Khoảng cách di truyền giữa Haplorchis taichui và các loài sán lá khác ở họ Heterophyidae và Opisthorchiidae dựa trên cộng hợp amino acid của ba gen (cob+nad1+cox1)
• 3.1.8. Khoảng cách di truyền giữa Haplorchis taichui và các loài sán lá khác ở họ Heterophyidae và Opisthorchiidae dựa trên cộng hợp amino acid của 12 PCG
• 3.1.9. Phân tích phả hệ sán lá ruột nhỏ dựa trên chuỗi amino acid cộng hợp của ba gen mã hóa protein (cob+nad1+cox1)
• 3.1.10. Phân tích phả hệ sán lá ruột nhỏ dựa trên chuỗi amino acid cộng hợp của toàn bộ 12 gen mã hóa protein
• 3.2. Kết quả nghiên cứu đơn vị mã hóa ribosome loài Haplorchis taichui và loài H. pumilio mẫu Việt Nam
• 3.2.1. Cấu trúc và sắp xếp gen của đơn vị mã hóa ribosome của Haplorchis taichui
• 3.2.2. Độ dài gen rRNA và vùng giao gen ở đơn vị mã hóa ribosome của các loài Haplorchis taichui và Haplorchis pumilio
• 3.2.3. Đặc điểm cấu trúc bậc hai gen rRNA
• 3.2.4. Đặc điểm cấu trúc vùng giao gen ITS (ITS-1, ITS-2)
• 3.2.5. Kết quả phân tích phương thức sử dụng nucleotide trong đơn vị mã hóa ribosome
• 3.2.6. Kết quả phân tích tương đồng nucleotide của các gen rRNA và phần mã hóa ribosome của sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae
• 3.2.7. Phân tích phả hệ của H. pumilio dựa trên chuỗi nucleotide gen 28S ribosome toàn phần
• 3.2.8. Phân tích phả hệ của H. pumilio dựa trên cộng hợp toàn phần hai gen rRNA (18S+28S rRNA)
• 4. CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN KẾT QUẢ
• 4.1. Về nghiên cứu hệ gen ty thể sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui
• 4.1.1. Về thu nhận dữ liệu gen học hệ gen ty thể
• 4.1.2. Về đặc điểm hệ gen ty thể của sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui
• 4.1.3. Về một số ứng dụng mtDNA trong nghiên cứu di truyền và phả hệ
• 4.1.4. Về đóng góp cung cấp cơ sở dữ liệu hệ gen ty thể
• 4.2. Về nghiên cứu đơn vị mã hóa ribosome H. taichui và H. pumilio
• 4.2.1. Về thu nhận dữ liệu gen học đơn vị mã hóa ribosome
• 4.2.2. Về đặc điểm đơn vị mã hóa ribosome của sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui và H. pumilio
• 4.2.3. Về một số ứng dụng rTU trong nghiên cứu di truyền và phả hệ
• 4.2.4. Về đóng góp cung cấp cơ sở dữ liệu đơn vị mã hóa ribosome
• KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• NHỮNG CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN ĐỀ TÀI
• TÓM TẮT BẰNG TIẾNG ANH
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Hệ gen ty thể và ribosome của sán lá ruột Heterophyidae

Nghiên cứu tập trung vào hệ gen ty thể và ribosome của các loài sán lá ruột thuộc họ Heterophyidae, gây bệnh ở người và động vật. Hệ gen ty thể (mtDNA) và ribosome (rTU) là hai yếu tố quan trọng trong việc phân loại và nghiên cứu di truyền của các loài ký sinh trùng này. Các nghiên cứu này cung cấp cơ sở dữ liệu gen học, hỗ trợ chẩn đoán và kiểm soát bệnh ký sinh trùng.

1.1. Hệ gen ty thể

Hệ gen ty thể của sán lá ruột Heterophyidae được nghiên cứu để hiểu rõ cấu trúc và chức năng của các gen mã hóa protein (PCG) và RNA. Các gen này bao gồm cob, nad1, và cox1, được sử dụng để phân tích khoảng cách di truyền và xây dựng cây phả hệ. Nghiên cứu này cung cấp thông tin quan trọng về sự tiến hóa và phân bố của các loài sán lá ruột.

1.2. Ribosome

Ribosome của sán lá ruột được nghiên cứu thông qua đơn vị mã hóa ribosome (rTU). Các gen rRNA như 18S và 28S được sử dụng để phân tích cấu trúc và chức năng của ribosome. Nghiên cứu này giúp xác định các đặc điểm di truyền và phân loại các loài sán lá ruột, đồng thời cung cấp cơ sở dữ liệu cho các nghiên cứu tiếp theo.

II. Bệnh ký sinh trùng ở người và động vật

Các loài sán lá ruột thuộc họ Heterophyidae gây bệnh ký sinh trùng ở người và động vật, đặc biệt là ở các nước Châu Á. Bệnh lây truyền qua việc ăn cá sống hoặc chưa nấu chín, gây ra các vấn đề sức khỏe nghiêm trọng. Nghiên cứu này nhấn mạnh tầm quan trọng của việc kiểm soát và phòng ngừa bệnh ký sinh trùng.

2.1. Bệnh ở người

Bệnh ở người do sán lá ruột Heterophyidae gây ra thường liên quan đến việc tiêu thụ cá sống. Các triệu chứng bao gồm đau bụng, tiêu chảy và suy dinh dưỡng. Nghiên cứu này cung cấp thông tin về các biện pháp phòng ngừa và điều trị hiệu quả.

2.2. Bệnh ở động vật

Bệnh ở động vật do sán lá ruột gây ra ảnh hưởng đến sức khỏe và năng suất của vật nuôi. Các nghiên cứu về hệ gen ty thể và ribosome giúp xác định các loài sán lá ruột và phát triển các phương pháp kiểm soát bệnh hiệu quả.

III. Ứng dụng thực tiễn của nghiên cứu

Nghiên cứu về hệ gen ty thể và ribosome của sán lá ruột Heterophyidae có giá trị thực tiễn cao trong việc chẩn đoán, phân loại và kiểm soát bệnh ký sinh trùng. Các kết quả nghiên cứu cung cấp cơ sở dữ liệu gen học, hỗ trợ các nghiên cứu tiếp theo và phát triển các phương pháp điều trị hiệu quả.

3.1. Chẩn đoán và phân loại

Nghiên cứu cung cấp các chỉ thị phân tử như mtDNA và rTU để chẩn đoán và phân loại các loài sán lá ruột. Các chỉ thị này giúp xác định chính xác loài sán lá ruột và phân tích mối quan hệ phả hệ giữa các loài.

3.2. Kiểm soát bệnh ký sinh trùng

Nghiên cứu về hệ gen ty thể và ribosome hỗ trợ phát triển các phương pháp kiểm soát bệnh ký sinh trùng hiệu quả. Các kết quả nghiên cứu giúp xác định các mục tiêu điều trị và phát triển các loại thuốc đặc hiệu.