ĐẠI HỌC QUOC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Lê Lan Phương NGHIÊN CUU BIEN DOI CUA MOT SO GEN TY THE VA HE PROTEIN EXOSOME O BENH NHAN UNG THU PHOI KHONG TE BAO NHO NGUOI VIET NAM Hà Nội - 2024 ĐẠI HỌC QUOC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Lê Lan Phương Chuyén nganh: Nhan chung hoc Mã số: 9420101.02 LUẬN ÁN TIEN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: 1. Trịnh Hồng Thái 2. Lê Trung Thọ Hà Nội - 2024 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu tôi đã thực hiện dưới sự hướng dẫn của PGS. Trịnh Hồng Thái và PGS.
Lê Trung Thọ cũng như sự hỗ trợ, giúp đỡ của các đồng nghiệp. Các số liệu, kết quả của luận án là trung thực, một phần kết quả đã được công bố trên các tạp chí khoa học. Việc sử dụng các dữ liệu trong luận án của tôi đã được sự chấp thuận bằng văn bản của các đồng tác giả. Luận án chưa từng được tác giả khác công bố.
Hà Nội, ngày tháng năm 2024 Nghiên cứu sinh Lê Lan Phương LOI CAM ON Lời đầu tiên, tôi xin bay tỏ sự kính trọng va lòng biết on sâu sắc đến PGS. Trịnh Hồng Thái và PGS. Lê Trung Thọ, những người thầy đã định hướng nghiên cứu và luôn tận tình hướng dẫn, chỉ bảo cho tôi những kiến thức chuyên môn, kỹ năng nghiên cứu và luôn động viên, khích lệ tôi trong quá trình thực hiện luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn các bác sĩ, y tá Khoa Giải phẫu bệnh, Khoa Ung bướu của Bệnh viện Phối Trung ương và Trung tâm xét nghiệm của Bệnh viện đa khoa Xanh Pôn đã nhiệt tình giúp đỡ lay mẫu cũng như hỗ trợ thu thập thông tin về đặc điểm mẫu của bệnh nhân tham gia nghiên cứu.
Tôi rất biết ơn các bệnh nhân đã tự nguyện chấp thuận cho mẫu dé chúng tôi thực hiện nghiên cứu này. Tôi xin trân trọng cảm ơn các thầy, cô giáo ở Khoa Sinh hoc, Trường Dai học Khoa học Tự nhiên, đặc biệt là các thầy, cô trong Bộ môn Sinh lý học và Sinh học người. Các thầy, cô vừa là những người thầy truyền đạt cho tôi những kiến thức chuyên môn quý báu, vừa là những tắm gương để tôi học tập noi theo và cũng là những người đồng nghiệp luôn giúp đỡ, động viên và tạo điều kiện giúp tôi hoàn thành được luận án này. Tôi xin gửi lời cảm ơn đến Ban giám hiệu, Phòng Đảo tạo, Phòng Công tác Chính trị Sinh viên và Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự Nhiên, Đại học Quốc Gia Hà Nội đã tạo điều kiện cho tôi hoàn thành các thủ tục bảo vệ.
Tôi cũng xin chân thành cảm ơn các em học viên, sinh viên nhóm Sinh học người, thuộc Bộ môn Sinh lý học và Sinh học người đã hỗ trợ, giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện luận án này. Luận án được thực hiện dưới sự hỗ trợ kinh phí của các dé tài QG.03 và trang thiết bị, cơ sở vật chất của Phòng Proteomics và Sinh học cấu trúc thuộc Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzyme và Protein, Phòng thí nghiệm Sinh học người thuộc Bộ môn Sinh lý học và Sinh học người, Trung tâm Khoa học Sự sống thuộc Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên và Công ty BCE Việt Nam. Cuối cùng, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới gia đình, người thân và bạn bè đã luôn ủng hộ, động viên và tạo điều kiện dé tôi hoàn thành luận án. Tôi xin trân trọng cảm on! NCS.
Lê Lan Phương MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN LỜI CÁM ƠN 0/9/9000. 1 DANH MỤC CÁC CHỮ VIET TAT .---s- << s£©s££ss£sssessesseessezsesse 4 DANH MỤC BẢNG. TONG QUAN TÀI LIEU. Giới thiệu chung về bệnh phổi và ung thư phỗi.
Dịch té học ung thư Phoicccccccccsccsscssessessessessessessessessessessessessessessesseeseeseesees 13 1. Phân loại ung thư phổi theo mô bệnh học. Phân loại giai đoạn ung thư phổi theo TNM. Phân loại phân tử ung thư phổi.
Một số phương pháp chan đoán ung thư phổi. Bệnh phổi không Ung the coecceccecsecsessecsessessessecsecsessessessessessessecsecsessecsecseeses 21 1. tổng quan về dna ty thé NguOi. Đặc điểm DNA ty thé NQUOi cecceccsccscessessessessesseeseesessessessessessessesseeseeseeseesees 22 1.
Biến đổi DNA ty thé và bệnh ung tht eecceccesccescessesssessesssessesssessesssesseeseessees 25 1. Nghiên cứu biến đổi DNA ty thé ở bệnh ung thư phỗi. Tình hình nghiên cứu trên thé giới.- + ++se+x+Ee+Ee+Eezkerkerkerrertees 26 1. Tình hình nghiên cứu ở Viet ÍQH1.
Nghiên cứu biến đổi DNA ty thé ở bệnh phối không ung thư. Tổng quan về EXOSOME. Nghiên cứu DNA trong EXOSOMEE.- SH ng TH ng rry 38 1. Nghiên cứu protein exosome huyết tương của bệnh nhân ung thư phôi.
NGUYEN LIEU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiÊH CltUeccecccsccecsecscessecssessessesssessesssessecsesssessesssessessessseesessseess 42 2. Đạo đức HghiÊH CUU. cv kg việt 43 2.
Hóa NGL ceecceccscccccscsscsvsvsvsssssssvsvscesssvsvsvesesessavavsvessssasavavavsusasstssavavseasacseaves 43 DIX: in ga ốc. Phương pháp nghién CỨU.- - -- 2132218311893 91119 11 930 1v ng ng ng ngư 46 2. Tách chiết DNA tong SỐ. Xác định mắt đoạn lớn trên DNA ty thé bằng kỹ thuật PCR.
Điện di trên GEL AGAROSE vecssessessssssessesssessesssessessesssessesssessessesssessessseess 33 2. Tỉnh sạch sản phẩm PCR vscssessessessessessessessessessessessecsessessessessessessessesseeseess 53 2. Phân tích dit liệu DNA vocccccccccccccccececccccccccccccccessesessscccceesescecssessssessstseeeeess 54 2. Phân tích PCR-RELP vecccsesscsssessssssessesssessssssessesssessessusssessessuessessessseesesaseess 54 2.
Xác định số bản sao DNA bằng REAL-TIME PCR. Phân tích hệ protein exosome huyết HOT. Xử lý số liệu và tính toán thong kê.- ¿2£ ©+£+++£+++++zterx+zssred 60 Chương 3. KET QUA VÀ THẢO LUẬN.
Đặc điểm của đối tượng nghiên cứu. Kết quả xác định biến đôi gen ty thỂ. Kết quả tách chiết DNA tổng 80 vescecsesscessesssessesssessessesssessesssessessesssessessseess 62 3. Xác định mat đoạn lớn DNA ty thể bằng kỹ thuật PCR.
Xác định mắt đoạn lớn DNA ty thé bằng giải trình tụự. Một số biến đổi khác của gen ty thể được phát hiện nhờ giải trình tự. Biến đổi a10398g trên MTDNA ở mẫu nghiên cứu. Mức độ mat đoạn lớn và số bản sao DNA ty thế.---- se cs+cs+sa 85 3.
Kết quả đánh giá thành phan của protein exosome huyết tương.1, Phân tách protein exosome huyết ÍUƯƠH,. SG KH ke 100 3. Phân tích biểu hiện protein exosome ở các nhóm mẫu. Đánh giá chức năng và vai trò của PYOtIN €XOSOT€.
122 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIÁ LIÊN QUAN DEN LUẬN ÁN .----s-e<©cesccseerseersetrserrserkserssersserssrre 123 TÀI LIEU THAM KHẢO. Phiếu chấp thuận cho mẫu nghiên cứu .---- 2s + s+s+s£s+x+zzxzsz 1 Phụ lục 2. Danh sách người khỏe mạnh cho máu đối chứng (Nhóm €). Vv Phụ lục 3.
Danh sách bệnh nhân UTPKTBN với các đặc điểm của mẫu ¿14019800011 ớ. vi Phụ lục 4. Danh sách bệnh nhân mắc bệnh phôi không ung thu va dữ liệu phân tích biến đổi gen ty thể.---¿- 2 25£+E+E2E2EEEEEEErEerrrrei xii Phụ lục 5. Dữ liệu về dạng mat đoạn lớn, mức độ mat đoạn và số bản sao DNA ty thé ở bệnh nhân UTPKTBN.-- 2 2 + E£+EE£EE£+EE+ExerE++rxrree xvi Phụ lục 6.
Dữ liệu về biến đổi A10398G trên mtDNA của bệnh nhân UTPKTBN .---- 2-52 ©S2+SE‡EEE2EEEEE2E1971121127171121171. 2111111 xe xxii Phụ lục 7. Kết quả phân tích thống kê về biến đổi mtDNA ở các mẫu 034019089). XXIV Phụ luc §.
Thành phần protein exosome huyét tương của bệnh nhân UTPKTBN và người khỏe mạnh. 55 5 55s + s+seessexs XXxi Phụ lục 9. Danh sách các protein exosome huyết tương đặc trưng của bệnh nhân UTPKTBN và nhóm người khỏe mạnh. - -- xliv Phụ lục 10.
Danh sách bệnh nhân tham gia nghiên cứu có xác nhận của don vi l01011584)s0i ii) 0. xlvii DANH MỤC CÁC CHỮ VIET TAT Viết tắt Viết đầy đủ AmtDNA””” Mat đoạn 4977 bp trên DNA ty thé DNA Deoxyribonucleic acid RNA Ribonucleic acid ATP Adenosine triphosphate AUC Area Under The Curve (Diện tích dưới đường cong) BLAST Basic local alignment search tool (Công cu so sánh trình tự cơ bản băng cách gióng hàng cục bộ) BN Bệnh nhân bp base pair (cặp bazơ) BPKUT Bệnh phôi không ung thu B.Tissue (Mã của bệnh nhân có mẫu máu và mô) cs cong su DLS Dynamic Light Scattering (Phuong phap tan xa anh sang d6ng) DLC Độ lệch chuẩn EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid EGFR Epidermal growth factor receptor (Yêu tô tăng trưởng biêu mô) EVs Extracellular Vesicles (Bóng ngoại bao) IARC International Agency for Research on Cancer (Tô chức nghiên cứu ung thư thé giới) ILVs Intraluminal vesicles (Bóng nội khoang) IQR Interquartile range (Khoảng tứ phân vi 25% - 75%) kDa Kilodalton KTC 95% 95% confidence interval (Khoang tin cay 95%) LC Liquid chromatography (Sac ky long) LCU Lan can u Viết tắt Viết đầy đủ LD. Tissue (Mã của bệnh nhân chi có mẫu mô) TT Thứ tự TKIs Tyrosine kinase inhibitors (Thuốc ức chế enzyme tyrosine kinase) U Môu UTBM Ung thư biêu mô UTP Ung thư phôi UTPKTBN Ung thư phôi không tế bào nhỏ UTPTBN Ung thư phối tế bào nhỏ WHO World Health Organization (Tô chức y tế thê giới) DANH MỤC BANG Bảng 1. Phân loại giai đoạn TNM theo AJCC va UICC lần thứ 8 (2017) E1.
Phân nhóm giai đoạn bệnh theo TNM và dưới nhóm [3, 14, 26]. Phân loại phân tử ung thư phối [1 16].- ¿2 ¿52 52+s£+£zszzxz>sze: 18 Bang 2. Danh mục hóa chất chính được sử dụng trong nghiên cứu. Các thiết bị chính được sử dụng trong nghiên cứu.
Trình tự các cặp môi sử dụng trong Long-range PCR. Trình tự 13 cặp mồi sử dụng cho PCR xác nhận mtDNA. Trình tự các cặp moi trong phan tng PCR xac dinh mất đoạn lớn [47]. Thành phan phản ứng PCR xác định mat đoạn lớn.
Trình tự cặp mồi được sử dụng trong phản ứng qPCR [10]. Tông hợp đặc điểm của đối tượng nghiên cứu. Kết quả xác định mat đoạn lớn DNA ty thé ở mẫu mô. So sánh tỷ lệ mat đoạn lớn mtDNA trong mẫu mô phổi.
Mối liên quan giữa mat đoạn lớn mtDNA với đặc điểm của bệnh nhân ƯTPKTBN. Các dạng mat đoạn lớn trên mtDNA chưa được công bố ở mô phổi của bệnh nhân ƯTPKTBN. Các dang mat đoạn lớn trên mtDNA chưa được công bố ở mô phổi của bệnh nhân mắc bệnh phổi không ung thư. Một số biến đổi gen mtDNA trong các mẫu mô phổi của BN UTPKTBN.
- 2-2 ©5£+SE+EE2EE£EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEErkrrkrerreeg 76 Bảng 3. Một số biến đổi gen mtDNA trong các mẫu mô phôi của BN 0219. Phân bồ biến đổi A10398G trong các mẫu nghiên cứu. Mối liên quan giữa biến đổi A10398G trên mtDNA ở mẫu máu với đặc điểm của bệnh nhân UTPKTBN.
Mức độ mat đoạn lớn mtDNA ở các nhóm mẫu nghiên cứu. Số bản sao mtDNA ở các nhóm mẫu nghiên cứu. Mối liên quan giữa số ban sao tương đối mtDNA ở mô phổi với các đặc điểm của bệnh nhân UTPKTBN .-- - 2 5c s+Ex+Ee£EeE+Eerxerxee 93 Bang 3. Mối liên quan giữa số bản sao tương đối mtDNA ở mẫu máu với các đặc điểm của bệnh nhân ƯTPKTBN.
Mối liên quan giữa mức độ mat đoạn và số bản sao tương đối mtDNA ở mâu exosome huyệt tương với các đặc diém của bệnh nhân UTPKTBN oe sscsssessssssessesssessessusssessesssessecsusssecsucssessecsusssecsusssessesssessesssesses 95 Bang 3.