Nghiên Cứu Định Danh và Quan Hệ Phát Sinh của Vi Tảo Lục tại Cần Giờ

Khóa luận tốt nghiệp nghiên cứu tốt nghiệp sư phạm sinh học định danh và xác định quan hệ phát sinh chủng loại của một số loài vi, vận dụng lý thuyết vào thực tế, đề xuất giải

• Tác giả: Võ Thị Thanh Xuân
• Người hướng dẫn: ThS. Đỗ Thành Trí
• Trường học: Trường Đại Học Sư Phạm Thành Phố Hồ Chí Minh
• Chuyên ngành: Sư Phạm Sinh Học
• Đề tài: Nghiên Cứu Định Danh và Quan Hệ Phát Sinh của Vi Tảo Lục tại Cần Giờ
• Loại tài liệu: khóa luận tốt nghiệp
• Năm xuất bản: 2023
• Địa điểm: Thành Phố Hồ Chí Minh

Mục lục chi tiết

• LỜI CẢM ƠN
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN
• 1.1. MỤC ĐÍCH NGHIÊN CỨU
• 1.2. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU
• 1.3. NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU
• 1.4. PHẠM VI NGHIÊN CỨU
• 1.5. TỔNG QUAN KHU DỰ TRỮ SINH QUYỂN RỪNG NGẬP MẶN CẦN GIỜ
• 1.6. TỔNG QUAN VỀ VI TẢO
• 1.6.1. Giới thiệu về vi tảo lục
• 1.6.2. Vai trò và ứng dụng của vi tảo lục
• 2. CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu
• 2.2. Vật liệu nghiên cứu
• 2.3. Phương pháp nghiên cứu
• 2.3.1. Phương pháp thu mẫu vi tảo
• 2.3.2. Phương pháp phân lập, làm thuần và giữ giống tảo
• 2.3.3. Phương pháp xác định đặc điểm hình thái
• 2.3.4. Phương pháp tách chiết DNA tổng số bằng bộ Kit
• 2.3.5. Phương pháp khuếch đại trình tự vùng 18S bằng kỹ thuật PCR
• 2.3.6. Phương pháp giải trình tự sản phẩm PCR
• 2.3.7. Phương pháp xác định tên loài của các trình tự DNA bằng BLAST
• 2.3.8. Phương pháp xây dựng cây phát sinh chủng loài
• 3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 3.1. Kết quả thu thập và xử lý mẫu
• 3.2. Kết quả phân lập chủng vi tảo
• 3.3. Kết quả định danh hình thái vi tảo
• 3.3.1. Định danh hình thái mẫu vi tảo A1
• 3.3.2. Định danh hình thái mẫu vi tảo B1, D2
• 3.3.3. Định danh hình thái mẫu vi tảo B3
• 3.3.4. Định danh hình thái mẫu vi tảo D1
• 3.3.5. Định danh hình thái mẫu vi tảo E2
• 3.4. Kết quả tách chiết DNA tổng số
• 3.5. Kết quả khuếch đại các vùng trình tự (PCR)
• 3.6. Kết quả giải trình tự và hiệu chỉnh trình tự
• 3.6.1. Kết quả giải trình tự
• 3.6.2. Hiệu chỉnh và lắp ráp trình tự
• 3.7. Kết quả định danh loài của các trình tự DNA bằng BLAST
• 3.7.1. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo A1, A3, E1 với cơ sở dữ liệu trên GenBank
• 3.7.2. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo A2 với cơ sở dữ liệu trên GenBank
• 3.7.3. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo B1, D2 với cơ sở dữ liệu trên GenBank
• 3.7.4. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo B3 với cơ sở dữ liệu trên GenBank
• 3.7.5. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo D1 với cơ sở dữ liệu trên GenBank
• 3.7.6. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo E2 với cơ sở dữ liệu trên GenBank
• 3.8. Xây dựng cây phát sinh chủng loài
• PHỤ LỤC
• DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT
• DANH MỤC CÁC BẢNG
• DANH MỤC CÁC HÌNH

Tóm tắt

I. Tổng quan về Nghiên cứu Định danh Vi Tảo Lục tại Cần Giờ

Nghiên cứu định danh và quan hệ phát sinh của vi tảo lục tại Cần Giờ là một chủ đề quan trọng trong sinh học và sinh thái học. Vi tảo lục không chỉ đóng vai trò quan trọng trong hệ sinh thái mà còn có nhiều ứng dụng trong công nghiệp và y học. Khu Dự trữ Sinh quyền Rừng ngập mặn Cần Giờ là nơi lý tưởng để nghiên cứu sự đa dạng của các loài vi tảo lục. Việc xác định chính xác các loài vi tảo lục sẽ giúp bảo tồn và phát triển bền vững hệ sinh thái nơi đây.

1.1. Định nghĩa và Phân loại Vi Tảo Lục

Vi tảo lục (Chlorophyta) là nhóm sinh vật đơn bào, có khả năng quang hợp. Chúng thường được tìm thấy trong môi trường nước ngọt và nước mặn. Việc phân loại vi tảo lục dựa trên hình thái và cấu trúc di truyền giúp xác định các loài khác nhau trong khu vực Cần Giờ.

1.2. Vai trò của Vi Tảo Lục trong Hệ Sinh Thái

Vi tảo lục đóng vai trò quan trọng trong chuỗi thức ăn và cân bằng sinh thái. Chúng cung cấp oxy và là nguồn thức ăn cho nhiều loài động vật thủy sinh. Ngoài ra, vi tảo lục còn có khả năng hấp thụ các chất ô nhiễm, góp phần cải thiện chất lượng nước.

II. Vấn đề và Thách thức trong Nghiên cứu Vi Tảo Lục

Mặc dù vi tảo lục có nhiều giá trị, nhưng việc nghiên cứu và bảo tồn chúng đang gặp nhiều thách thức. Ô nhiễm môi trường, biến đổi khí hậu và sự phát triển đô thị đang đe dọa đến sự tồn tại của các loài vi tảo lục. Việc thiếu thông tin về sự đa dạng và phân bố của chúng cũng là một vấn đề lớn.

2.1. Ô nhiễm và Tác động đến Vi Tảo Lục

Ô nhiễm từ các nguồn nước thải công nghiệp và nông nghiệp đã làm giảm chất lượng môi trường sống của vi tảo lục. Các chất ô nhiễm như kim loại nặng và hóa chất độc hại có thể gây hại cho sự phát triển và sinh trưởng của chúng.

2.2. Thiếu thông tin về Đa dạng Sinh học

Nhiều loài vi tảo lục chưa được nghiên cứu đầy đủ, dẫn đến việc thiếu thông tin về sự phân bố và đặc điểm sinh học của chúng. Điều này gây khó khăn trong việc bảo tồn và phát triển bền vững các loài này.

III. Phương pháp Nghiên cứu Định danh Vi Tảo Lục

Nghiên cứu định danh vi tảo lục tại Cần Giờ được thực hiện thông qua các phương pháp hiện đại như phân tích di truyền và hình thái học. Việc sử dụng trình tự rDNA 18S giúp xác định chính xác các loài vi tảo lục trong khu vực.

3.1. Phương pháp Thu mẫu và Phân lập Vi Tảo

Mẫu vi tảo lục được thu thập từ các địa điểm khác nhau trong khu Dự trữ Sinh quyền. Sau đó, các mẫu này được phân lập và nuôi cấy trong điều kiện kiểm soát để đảm bảo tính thuần khiết.

3.2. Phân tích Di truyền và Xác định Loài

Trình tự rDNA 18S được tách chiết và giải trình tự để xác định các loài vi tảo lục. Phương pháp này cho phép so sánh với các dữ liệu có sẵn trong cơ sở dữ liệu di truyền, từ đó xác định chính xác tên loài.

IV. Kết quả Nghiên cứu và Ứng dụng Thực tiễn

Kết quả nghiên cứu đã xác định được một số loài vi tảo lục mới tại Cần Giờ. Những phát hiện này không chỉ góp phần vào cơ sở dữ liệu sinh học mà còn mở ra hướng đi mới cho các ứng dụng trong xử lý ô nhiễm và sản xuất sinh học.

4.1. Các Loài Vi Tảo Lục Được Định danh

Nghiên cứu đã xác định được nhiều loài vi tảo lục, trong đó có một số loài lần đầu tiên được ghi nhận tại khu vực Cần Giờ. Những loài này có tiềm năng ứng dụng cao trong xử lý nước thải và sản xuất thực phẩm.

4.2. Ứng dụng trong Bảo tồn và Phát triển Bền vững

Việc bảo tồn các loài vi tảo lục không chỉ giúp duy trì sự đa dạng sinh học mà còn góp phần vào phát triển bền vững khu Dự trữ Sinh quyền. Các ứng dụng trong công nghiệp và nông nghiệp từ vi tảo lục đang được nghiên cứu và phát triển.

V. Kết luận và Tương lai của Nghiên cứu Vi Tảo Lục

Nghiên cứu định danh và quan hệ phát sinh của vi tảo lục tại Cần Giờ là một bước quan trọng trong việc bảo tồn và phát triển bền vững hệ sinh thái. Tương lai của nghiên cứu này cần được tiếp tục mở rộng để khám phá thêm nhiều loài và ứng dụng mới.

5.1. Tầm quan trọng của Nghiên cứu Định danh

Định danh chính xác các loài vi tảo lục giúp nâng cao nhận thức về giá trị sinh học và kinh tế của chúng. Điều này cũng tạo điều kiện cho các nghiên cứu tiếp theo về sinh thái học và bảo tồn.

5.2. Hướng đi Tương lai trong Nghiên cứu

Cần tiếp tục nghiên cứu sâu hơn về các loài vi tảo lục, đặc biệt là trong bối cảnh biến đổi khí hậu và ô nhiễm môi trường. Các nghiên cứu này sẽ giúp phát triển các giải pháp bền vững cho các vấn đề môi trường hiện nay.

Nội dung chính

Giới thiệu dự án

Khu Dự trữ Sinh quyển Rừng ngập mặn Cần Giờ với diện tích 75.740 ha là "lá phổi xanh" trọng yếu của Thành phố Hồ Chí Minh, sở hữu hệ sinh thái chuyển tiếp cửa sông - ven biển giàu dinh dưỡng từ hạ lưu sông Đồng Nai, Sài Gòn và Vàm Cỏ. Tuy nhiên, áp lực đô thị hóa, công nghiệp hóa và hoạt động du lịch gia tăng đang tạo ra tải lượng nước thải hữu cơ và kim loại nặng đe dọa trực tiếp đến cấu trúc quần xã thủy sinh. Trong đó, vi tảo lục (Chlorophyta) đóng vai trò là sinh vật sản xuất sơ cấp, sinh vật chỉ thị môi trường và là nguồn nguyên liệu sinh học quý giá phục vụ sản xuất nhiên liệu tái tạo, dược phẩm và xử lý ô nhiễm sinh học (bioremediation).

Vấn đề cốt lõi hiện nay là việc phân loại vi tảo lục tại Việt Nam vẫn phụ thuộc phần lớn vào giám định hình thái học qua kính hiển vi quang học. Phương pháp này gặp trở ngại nghiêm trọng do hiện tượng đa hình thái (phenotypic plasticity) và các loài ẩn hình thái (cryptic species), dẫn đến tỷ lệ định danh sai sót cao. Nhằm giải quyết triệt để rào cản này, khóa luận "Định danh và xác định quan hệ phát sinh chủng loại của một số loài vi tảo lục ở Cần Giờ dựa trên trình tự 18S rDNA" được triển khai với hệ thống mục tiêu và phương pháp rõ ràng:

1. Thu thập mẫu nước mặt tại các thủy vực tự nhiên thuộc 4 tọa độ đặc trưng tại Khu Dự trữ Sinh quyển Cần Giờ.
2. Phân lập đơn bào (single-cell isolation) và làm thuần các chủng vi tảo lục trên môi trường BG-11 chuyên dụng.
3. Giám định hình thái học tế bào ở độ phóng đại 400x - 1000x để phân loại sơ bộ đến cấp chi/họ.
4. Tối ưu hóa quy trình tách chiết DNA tổng số, khuếch đại đoạn gen ribosome 18S rDNA kích thước ~1200–1500 bp bằng kỹ thuật PCR.
5. Giải trình tự Sanger 2 chiều, xử lý dữ liệu tin sinh học bằng phần mềm chuyên dụng (Finch TV, SeaView), đối soát BLASTn trên NCBI GenBank và xây dựng cây phát sinh chủng loại bằng thuật toán Maximum Likelihood (PhyML).

Khóa luận thiết lập bộ dữ liệu phân tử chuẩn xác cho 9 chủng vi tảo lục phân lập bản địa, đạt độ tương đồng di truyền từ 99,0% đến 100% so với cơ sở dữ liệu quốc tế, đặt nền móng vững chắc cho các ứng dụng công nghệ sinh học vi tảo và bảo tồn nguồn gen quý tại địa phương.

       [ Thu thập mẫu thủy vực Cần Giờ ]
       [ Phân lập đơn bào Micropipette ]
       [ Nuôi cấy tăng sinh môi trường BG-11 ]
 [ Giám định hình thái ]    [ Tách chiết DNA tổng số ]
                            [ PCR 18S rDNA (~1200-1500 bp) ]
                            [ Giải trình tự Sanger 2 chiều ]
                            [ Xử lý Finch TV & SeaView ]
                            [ BLASTn & Cây PhyML ]

---

Phân tích và thiết kế giải pháp

Phân tích hiện trạng

Việc nhận diện vi tảo theo phương pháp truyền thống tồn tại nhiều hạn chế khi so sánh với các kỹ thuật sinh học phân tử hiện đại.

Tiêu chí đánh giá	Hình thái học truyền thống	Mã vạch DNA (18S rDNA Barcoding)	Giải trình tự Metagenomics (NGS)
Độ chính xác phân loại	Cấp chi/họ (dễ nhầm lẫn loài)	Cấp loài / phân loài chính xác (≥99%)	Toàn bộ quần xã ở cấp độ phân tử
Thời gian phân tích	Phụ thuộc chu kỳ nuôi cấy (10-20 ngày)	Nhanh chóng (24-48 giờ sau PCR)	1-2 tuần
Yêu cầu kỹ năng	Chuyên gia phân loại hình thái sâu	Kỹ thuật viên thao tác chuẩn PCR/Bioinformatics	Chuyên gia Tin sinh học xử lý Big Data
Chi phí triển khai	Rất thấp (chỉ cần kính hiển vi)	Trung bình, tối ưu cho nghiên cứu mục tiêu	Rất cao, đòi hỏi trang thiết bị giải trình tự sâu
Tính ứng dụng	Nhận diện sơ bộ ban đầu	Chuẩn hóa ngân hàng gen, đăng ký giống bản quyền	Phân tích cấu trúc hệ vi sinh thái diện rộng

Dựa trên ma trận ưu tiên MoSCoW:

• Must-have (Bắt buộc): Phân lập thuần dòng đơn bào vi tảo, tách chiết DNA đạt chuẩn điện di không đứt gãy, khuếch đại thành công sản phẩm PCR 18S rDNA kích thước ~1200-1500 bp, giải trình tự Sanger 2 chiều đạt tín hiệu rõ nét (Q-score > 30).
• Should-have (Cần có): Xây dựng cây phát sinh chủng loại bằng thuật toán Maximum Likelihood với giá trị Bootstrap tin cậy, đối chiếu tương quan giữa đặc điểm hình thái học và vị trí phát sinh loài.
• Could-have (Có thể mở rộng): Phân tích bổ sung vùng phiên mã nội bộ ITS1-5.8S-ITS2 hoặc gen lục lạp rbcL để phân giải sâu hơn các loài cận duyên.
• Won't-have (Không thực hiện trong phạm vi này): Giải mã toàn bộ hệ gen (Whole Genome Sequencing) hay khảo sát biến động biểu hiện gen (Transcriptomics).

Thiết kế hệ thống

Toàn bộ quy trình thực nghiệm và xử lý dữ liệu được chuẩn hóa theo hệ sinh thái công nghệ sinh học phân tử hiện đại:

flowchart TD
    A[Mẫu nước tự nhiên Cần Giờ] --> B[Lọc qua màng 50 µm]
    B --> C[Phân lập tế bào đơn qua Micropipette]
    C --> D[Nuôi cấy lỏng & Đĩa thạch BG-11 25°C, 12h/12h]
    D --> E[Kiểm tra độ thuần trên kính hiển vi Leica ATC 2000]
    E --> F[Tách chiết DNA bằng Silica Spin Column ABT]
    F --> G[Kiểm tra điện di Gel Agarose 0.8% ở 120V]
    G --> H[PCR khuếch đại 18S rDNA với MyTaq 2X]
    H --> I[Giải trình tự Sanger 2 chiều 1st BASE]
    I --> J[Cắt tỉa tín hiệu & hiệu chỉnh Finch TV v1.4]
    J --> K[Lắp ráp Consensus Sequence bằng SeaView v4.4]
    K --> L[BLASTn tìm tương đồng trên NCBI GenBank]
    L --> M[Dựng cây phát sinh chủng loại PhyML 3.0]

Chi tiết công nghệ và trang thiết bị sử dụng:

• Môi trường nuôi cấy: Dung dịch BG-11 tiêu chuẩn (bổ sung $37,312\text{ g/L }\text{NaNO}_3$, $5,220\text{ g/L }\text{EDTA}$, muối khoáng vi lượng và đệm HEPES duy trì pH ổn định).
• Thiết bị đo đạc và phản ứng: Máy luân nhiệt Eppendorf Mastercycler Personal (Đức), buồng điện di nằm ngang Amersham Pharmacia Biotech, hệ thống chụp ảnh gel UVP DigiDoc-It Imaging.
• Bộ hóa chất tách chiết & PCR: Bộ kít tách chiết mô thực vật gốc cột silica (ABT Biomedical Solutions), enzyme MyTaq™ 2X Mix (Bioline), chất nhuộm huỳnh quang Ethidium Bromide $1,\mu\text{g/mL}$.
• Bộ phần mềm tin sinh học:
  • Finch TV v1.4.0: Kiểm tra sắc ký đồ huỳnh quang (electropherogram), loại bỏ đoạn nhiễu ở hai đầu 5' và 3', thực hiện phép đảo ngược bổ sung (Reverse-Complement).
  • SeaView v4.4: Căn hàng trình tự nucleotide đa chuỗi (Multiple Sequence Alignment), trích xuất trình tự đồng nhất (Consensus Sequence).
  • NCBI BLASTn (BLAST+ 2.13.0+): Truy vấn cơ sở dữ liệu nr/nt nucleotide collection toàn cầu.
  • PhyML v3.0: Khởi tạo cây phát sinh loài theo mô hình tiến hóa Maximum Likelihood với 1000 lượt tái lấy mẫu bootstrap.

Methodology

Quy trình nghiên cứu áp dụng mô hình chuẩn hóa kiểm soát chất lượng qua từng cột mốc (Milestone-driven QA/QC):

Đánh giá rủi ro và chiến lược giảm thiểu (Risk Mitigation):

• Rủi ro nhiễm tạp khuẩn/nấm men: Sử dụng kỹ thuật cấy ria pha loãng 3 vùng trên đĩa thạch BG-11 1,5% kết hợp bổ sung kháng sinh đối chứng khi cần, kiểm tra độ thuần ở vật kính 100x trước khi tăng sinh khối.
• Rủi ro vách tế bào vi tảo dày không thể phá hủy: Ứng dụng kỹ thuật sốc nhiệt lặp lại 3–5 chu kỳ kết hợp nghiền cơ học với hạt silica và ủ đệm ly giải $\text{PLS1} + \text{RNase A}$ tại $65^\circ\text{C}$ trong 60 phút.
• Rủi ro primer dimer / sai kích thước băng PCR: Tối ưu nhiệt độ bắt mồi (Annealing Temperature) tại $55^\circ\text{C}$ chuẩn hóa trên cặp mồi 18S-FA2 / 18S-RB2.

---

Implementation và kết quả

Development process

1. Quy trình phân lập và tạo dòng thuần vi tảo

Mẫu nước mặt thu thập từ 4 điểm tọa độ tại Cần Giờ bằng ống Falcon 50 mL ở độ sâu 0,2 m được lọc qua màng mesh 50 µm nhằm loại bỏ hoàn toàn động vật phù du. Quá trình phân lập đơn bào thực hiện theo phương pháp vi hút Micropipette (Andersen & Kawachi):

• Tế bào đơn lẻ được hút dưới kính hiển vi soi nổi và rửa liên tiếp qua 3 giọt nước cất vô trùng nhằm loại sạch vi sinh vật bám quanh vách tế bào.
• Chuyển tế bào đơn vào microtube chứa $50,\mu\text{L}$ môi trường BG-11 lỏng, nuôi ở nhiệt độ $25^\circ\text{C}$, cường độ chiếu sáng $50,\mu\text{mol}\cdot\text{s}^{-1}\cdot\text{m}^{-2}$ với chu kỳ sáng/tối 12:12 giờ.
• Sau 15 ngày, các giọt có sinh khối xanh được chuyển sang bình tam giác 100 mL hoặc cấy ria trên thạch agar 1,5% để thu nhận khuẩn lạc thuần khiết.

2. Kỹ thuật tách chiết DNA tổng số và điện di kiểm tra

Khối lượng sinh khối 0,5 g vi tảo được thu hoạch bằng ly tâm 13.000 rpm, tiến hành phá vách tế bào và tinh sạch qua cột silica ABT:

Kiểm tra sản phẩm DNA trên gel agarose 0,8% (chạy trong đệm TBE 0.5X ở 120V trong 35 phút) cho thấy các vệt băng DNA sáng rõ, không bị đứt gãy, đủ độ tinh sạch để làm khuôn mẫu PCR.

3. Phản ứng khuếch đại PCR vùng 18S rDNA

Phản ứng PCR được thiết lập trên tổng thể tích $25,\mu\text{L}$ sử dụng cặp mồi chuyên biệt cho vi tảo nhân thực:

• Mồi xuôi (18S-FA2): Trình tự chuẩn vùng 5' bảo tồn của tiểu đơn vị ribosome 18S.
• Mồi ngược (18S-RB2): 5'-GATCCTTCTGCAGGTTCACCTACG-3'

Thành phần hỗn dịch PCR:

• MyTaq™ 2X Mix: $12,5,\mu\text{L}$
• DNA khuôn ($60-100,\text{ng}/\mu\text{L}$): $2,0,\mu\text{L}$
• Mồi xuôi 18S-FA2 ($10,\mu\text{M}$): $1,0,\mu\text{L}$
• Mồi ngược 18S-RB2 ($10,\mu\text{M}$): $1,0,\mu\text{L}$
• Nước cất vô trùng khử ion: $8,5,\mu\text{L}$

Chu trình luân nhiệt trên máy Mastercycler: $$\text{Biến tính ban đầu: } 95^\circ\text{C} \text{ trong } 3 \text{ phút}$$ $$35 \text{ chu kỳ: } \left[ 95^\circ\text{C} \text{ (30 giây)} \to 55^\circ\text{C} \text{ (30 giây)} \to 72^\circ\text{C} \text{ (60 giây)} \right]$$ $$\text{Kéo dài cuối cùng: } 72^\circ\text{C} \text{ trong } 5 \text{ phút} \to \text{Bảo quản } 4^\circ\text{C}$$

Testing và validation

Kết quả điện di sản phẩm PCR của 9 chủng vi tảo (A1, A2, A3, B1, B3, D1, D2, E1, E2) trên thang đo DNA Ladder 10 kb cho thấy một vạch băng duy nhất, đặc hiệu, kích thước đồng nhất dao động trong khoảng 1200 - 1500 bp, không xuất hiện sản phẩm phụ hay dimer mồi.

Dữ liệu giải trình tự Sanger 2 chiều gửi về từ 1st BASE (Malaysia) được mở trực tiếp trên Finch TV v1.4. Sắc ký đồ thể hiện các đỉnh huỳnh quang cao, biên độ nhọn, tách rời tuyệt đối và không có hiện tượng chồng lấp tín hiệu (signal overlapping). Sau khi loại bỏ khoảng 30-50 base không ổn định ở hai đầu mút và tạo chuỗi Consensus trên SeaView v4.4, các chuỗi DNA hoàn chỉnh được truy vấn BLASTn đối soát trên NCBI.

Kết quả đạt được

Bảng tổng hợp đối soát hình thái học và định danh phân tử vùng gen 18S rDNA của 9 chủng vi tảo lục Cần Giờ:

Mã mẫu	Đặc điểm hình thái quan sát (1000x)	Dự đoán hình thái	Tên loài định danh phân tử (NCBI BLASTn)	Độ bao phủ (Coverage)	Độ tương đồng (Identity)	Mã số truy cập GenBank đại diện
A1	Tế bào cầu, đơn bào, $2-5,\mu\text{m}$, không gai	Mychonastes sp.	Mychonastes sp.	100%	99.91%	JN089703.1
A2	Tế bào lưỡi liềm nhọn 2 đầu, $15-20,\mu\text{m}$	Messastrum sp.	Messastrum gracile (Ankistrodesmus gracilis)	100%	100%	KT948847.1
A3	Tế bào cầu đơn, màu lục tươi, $2-5,\mu\text{m}$	Mychonastes sp.	Mychonastes sp.	100%	100%	JQ315814.1
B1	Hình lưỡi liềm cong nhỏ, kích thước $5-10,\mu\text{m}$	Monoraphidium sp.	Monoraphidium sp. / Tetranephris brasiliensis	100%	99.71%	MH102371.1
B3	Tế bào cầu đơn, $10-20,\mu\text{m}$, có gai mỏng	Golenkinia sp.	Golenkinia sp. / Golenkinia longispicula	100%	99.85%	AJ400496.1
D1	Coenobia 4-8 tế bào bầu dục, dài $5-13,\mu\text{m}$	Scenedesmus sp.	Scenedesmus sp. / Scenedesmus obliquus	100%	100%	MT304441.1
D2	Dạng cong lưỡi liềm, đơn bào, $5-10,\mu\text{m}$	Monoraphidium sp.	Monoraphidium sp.	100%	99.81%	MF162063.1
E1	Dạng cầu, sống đơn độc, đường kính $2-5,\mu\text{m}$	Mychonastes sp.	Mychonastes sp.	100%	100%	JQ315814.1
E2	Tế bào hình cầu lớn, $15-30,\mu\text{m}$, không gai	Macrochloris sp.	Macrochloris radiosa / Macrochloris sp.	100%	99.89%	MZ322710.1

Phân tích cây phát sinh chủng loại (PhyML): Cây tiến hóa xây dựng theo mô hình Maximum Likelihood phân tách rõ rệt 9 chủng vi tảo vào các nhánh phân loại của ngành Chlorophyta:

• Nhóm chủng A1, A3, E1 quy tụ cùng nhánh với chi Mychonastes (họ Mychonastaceae), khẳng định sự đồng nhất hình thái dạng cầu nhỏ.
• Chủng A2 nằm cùng clade với các đại diện Messastrum gracile (chuẩn hóa danh pháp mới thay thế cho Ankistrodesmus gracilis) với giá trị bootstrap đạt 99%.
• Nhóm B1, D2 nằm kề cận giữa chi Monoraphidium và Tetranephris (họ Selenastraceae).
• Chủng D1 hình thành nhánh vững chắc với chi Scenedesmus, và B3 tách biệt hoàn toàn cùng chi có gai Golenkinia.

---

Đổi mới và đóng góp

1. Khắc phục triệt để hạn chế phân loại hình thái truyền thống: Sự tích hợp giữa quan sát hiển vi 1000x và mã vạch phân tử 18S rDNA giải quyết dứt điểm các trường hợp "loài ẩn hình thái" (cryptic species) trong họ Selenastraceae, phân biệt chính xác giữa Monoraphidium ($5-10,\mu\text{m}$) và Messastrum ($15-20,\mu\text{m}$).
2. Quy trình phân lập đơn bào tinh gọn, chi phí thấp: Tối ưu hóa thành công kỹ thuật vi hút Micropipette thủ công kết hợp nuôi tăng sinh trong thể tích nhỏ $50,\mu\text{L}$ BG-11, loại bỏ nhu cầu sử dụng máy phân tích dòng chảy tế bào (FACS) đắt tiền mà vẫn đảm bảo độ thuần chủng 100%.
3. Chuẩn hóa quy trình PCR và kiểm soát chất lượng dữ liệu giải trình tự: Đạt độ đặc hiệu khuếch đại 100% ở kích thước băng mong muốn 1200-1500 bp, thiết lập quy trình lọc nhiễu 2 đầu trên Finch TV và tạo Consensus Sequence tin cậy cao.
4. Đóng góp dữ liệu sinh học cho Khu Dự trữ Sinh quyển Thế giới Cần Giờ: Bổ sung 9 bộ trình tự 18S rDNA chuẩn vào nguồn dữ liệu vi sinh vật bản địa, phục vụ trực tiếp cho các nghiên cứu giám sát sinh thái và khai thác công nghệ sinh học.

---

Ứng dụng thực tế và triển khai

  Thuần Khiết Cần Giờ ]

1. Xử lý nước thải và phục hồi môi trường sinh thái (Bioremediation): Chủng Scenedesmus sp. (D1) và Mychonastes sp. (A1, A3, E1) có khả năng hấp thụ cực nhanh các hợp chất chứa Nitơ ($\text{NH}_4^+$, $\text{NO}_3^-$), Phospho ($\text{PO}_4^{3-}$) và kim loại nặng trong nước thải đô thị và nước thải nuôi tôm công nghiệp tại Cần Giờ.
2. Sản xuất nhiên liệu sinh học tái tạo (Biofuels): Monoraphidium sp. (B1, D2) và Scenedesmus sp. (D1) tích lũy hàm lượng lipid nội bào cao (từ 25% đến 45% trọng lượng khô), là nguồn sinh khối hoàn hảo để chuyển hóa thành diesel sinh học (Biodiesel) qua phản ứng transesterification.
3. Chiết xuất hoạt chất sinh học giá trị cao cho Dược - Mỹ phẩm: Các chủng Golenkinia sp. (B3) và Macrochloris sp. (E2) tổng hợp dồi dào các chất chống oxy hóa tự nhiên, carotenoid ($\beta$-carotene, lutein, astaxanthin), bảo vệ da trước bức xạ tia cực tím và ứng dụng trong thực phẩm chức năng.
4. Nông nghiệp hữu cơ và nuôi trồng thủy sản: Sinh khối vi tảo lục giàu protein và amino acid được tái sử dụng trực tiếp làm phân bón vi sinh cải tạo đất phèn mặn hoặc làm thức ăn tươi sống giàu dinh dưỡng cho ấu trùng giáp xác và cá biển.

Lộ trình mở rộng quy mô nuôi cấy (Scale-up Roadmap):

• Giai đoạn 1 (Phòng thí nghiệm): Nuôi tăng sinh bình tam giác 100 mL – 1 L trong môi trường BG-11 kiểm soát quang kỳ.
• Giai đoạn 2 (Pilot ngoài trời): Vận hành hệ thống ống quang sinh học kín (Photobioreactor - PBR) 50 L – 500 L.
• Giai đoạn 3 (Công nghiệp): Triển khai hệ thống mương hở tuần hoàn (Raceway ponds) diện tích $>1000,\text{m}^2$ tích hợp xử lý nước thải công nghiệp.

---

Hạn chế và hướng phát triển

Hạn chế kỹ thuật

• Độ phân giải của marker đơn locus: Gen 18S rDNA có tốc độ tiến hóa tương đối chậm và tính bảo tồn cao, do đó ở một số chi như Monoraphidium / Tetranephris, trình tự 18S rDNA đạt độ tương đồng rất gần nhau (~99,7% - 99,8%), chưa thể xác định dứt khoát loài nếu không có thêm dữ liệu vùng gen chuyển tiếp.
• Phạm vi lấy mẫu: Thu thập mẫu tập trung vào tháng 09/2022 (mùa mưa), chưa phản ánh hết sự biến động thành phần loài theo chu kỳ mùa khô và sự biến thiên độ mặn tại các thủy vực Cần Giờ.

Hướng nghiên cứu tiếp theo

• Khuếch đại bổ sung marker phân tử thứ hai có tính đa hình cao hơn như vùng phiên mã nội bộ ribosome ITS2 (Internal Transcribed Spacer 2) hoặc gen lục lạp rbcL / tufA.
• Định lượng hàm lượng lipid tổng số và phân tích thành phần acid béo (FAME) bằng sắc ký khí khối phổ (GC-MS) nhằm sàng lọc chủng tối ưu cho sản xuất nhiên liệu sinh học.
• Đánh giá khả năng xử lý nước thải thực địa quy mô pilot đối với chủng Scenedesmus sp. D1.

---

Đối tượng hưởng lợi

• Sinh viên & Giảng viên ngành Sư phạm Sinh học, Công nghệ Sinh học: Nguồn tài liệu tham khảo chi tiết về quy trình thực nghiệm phân lập vi tảo đơn bào, kỹ thuật PCR và tin sinh học ứng dụng.
• Các nhà nghiên cứu phân loại học vi sinh: Cung cấp dữ liệu chuẩn hóa về hình thái và mã vạch phân tử 18S rDNA của các chủng vi tảo lục bản địa tại rừng ngập mặn Việt Nam.
• Doanh nghiệp xử lý môi trường & Nuôi trồng thủy sản: Tiếp cận nguồn giống vi tảo lục bản địa thuần chủng, có sức sống cao, thích nghi tự nhiên với điều kiện nhiệt đới gió mùa và biên độ mặn biến thiên.

---

Câu hỏi thường gặp

1. Tại sao vùng gen 18S rDNA được ưu tiên lựa chọn để định danh vi tảo lục thay vì 16S rDNA hay ITS?

Gen 18S rDNA mã hóa cho tiểu đơn vị nhỏ (SSU 40S) của ribosome ở sinh vật nhân thực (Eukaryota), chứa các vùng bảo tồn cao xen kẽ các vùng biến đổi (V1 - V9). Cơ sở dữ liệu 18S rDNA trên NCBI GenBank dành cho ngành Chlorophyta vô cùng phong phú, giúp so sánh đối soát chính xác ở cấp độ chi và họ so với các marker khác.

2. Sự khác biệt hình thái giữa hai chi Monoraphidium và Messastrum trong nghiên cứu là gì?

Cả hai chi đều thuộc họ Selenastraceae với tế bào dạng lưỡi liềm cong. Tuy nhiên, Messastrum gracile (mẫu A2) có kích thước tế bào lớn ($15-20,\mu\text{m}$), thon dài sắc nhọn ở hai đầu; trong khi Monoraphidium sp. (mẫu B1, D2) có kích thước ngắn hơn ($5-10,\mu\text{m}$) và độ cong lưỡi liềm đặc trưng.

3. Phương pháp vi hút đơn bào (Micropipette isolation) có ưu điểm gì so với cấy ria thạch trực tiếp?

Vi hút đơn bào cho phép người nghiên cứu quan sát trực tiếp và lựa chọn đúng một tế bào vi tảo nguyên vẹn dưới kính hiển vi, rửa trôi hoàn toàn vi khuẩn bám ngoài trước khi đưa vào nuôi cấy, đảm bảo 100% dòng thuần đơn bản chất di truyền (monoclonal culture).

4. Môi trường BG-11 có thể thay thế bằng các môi trường dinh dưỡng khác được không?

Môi trường BG-11 là công thức chuẩn tối ưu nhất cho sự tăng trưởng sinh khối của vi tảo lục nước ngọt. Tuy nhiên, có thể sử dụng môi trường BBM (Bold's Basal Medium) hoặc Chu 10 tùy theo mục đích nghiên cứu cảm ứng tích lũy lipid hay sắc tố.

5. Chi phí triển khai quy trình định danh phân tử cho một mẫu vi tảo là bao nhiêu?

Chi phí hóa chất tách chiết kit silica, phản ứng PCR và gửi giải trình tự Sanger 2 chiều tại Việt Nam dao động từ 150.000 – 250.000 VNĐ/mẫu, mang lại hiệu quả kinh tế cao vượt trội so với các phương pháp giải trình tự thế hệ mới.

---

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp "Định danh và xác định quan hệ phát sinh chủng loại của một số loài vi tảo lục ở Cần Giờ dựa trên trình tự 18S rDNA" đã hoàn thành xuất sắc toàn bộ các mục tiêu khoa học đề ra. Bằng sự kết hợp chặt chẽ giữa giám định hình thái học hiển vi và kỹ thuật mã vạch phân tử 18S rDNA, nghiên cứu đã phân lập và định danh thành công 9 chủng vi tảo lục thuần dòng thuộc 6 chi: Mychonastes, Messastrum, Monoraphidium, Golenkinia, Scenedesmus, và Macrochloris với độ tin cậy tương đồng di truyền đạt từ 99,0% đến 100%.

Kết quả này không chỉ khẳng định tính ưu việt của phương pháp tiếp cận đa tiêu chuẩn (Polyphasic Taxonomy) trong phân loại vi sinh vật mà còn bổ sung nguồn tài nguyên di truyền vô giá phục vụ công tác bảo tồn đa dạng sinh học và định hướng khai thác bền vững tài nguyên sinh vật tại Khu Dự trữ Sinh quyển Rừng ngập mặn Cần Giờ.

Trích đoạn nội dung tài liệu

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO —_ TRUONG ĐẠI HỌC SƯ PHAM THÀNH PHO HO CHÍ MINH VÕ THỊ THANH XUÂN ĐỊNH DANH VÀ XÁC ĐỊNH _ QUAN HỆ PHÁT SINH CHUNG LOẠI. CÚA MỘT SÓ LOÀI VI TẢO LỤC Ở CÀN GIỜ KHÓA LUẬN TÓT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGANH SƯ PHAM SINH HỌC THÀNH PHO HO CHÍ MINH - 2023 BỘ GIÁO ĐỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHAM THÀNH PHO HO CHÍ MINH VÕ THỊ THANH XUÂN KHOA LUẬN TOT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH SƯ PHẠM SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC ThS. Dé Thành Tri THÀNH PHO HO CHÍ MINH - 2023 LỜI CẢM ƠN Đề hoàn thành bài khóa luận tốt nghiệp này, trước tiên em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến thay Đỗ Thành Trí - người đã tận tình hướng dan, giúp đỡ và nhắc nhớ em trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành khóa luận. Bên cạnh đó, em xin gửi đến các quý thay, cô khoa Sinh học, Trường Đạt học Sư Phạm Thanh phố Ho Chí Minh lời cảm ơn chân thành và sâu sắc nhất vì đã tạo mọi điều kiện giúp đỡ cm trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành khóa luận.

Em cũng xin gửi lời cảm ơn tới PGS. Tran Hoàng Dũng, ThS. Nguyễn Thành Công đã tạo điều kiện giúp đỡ em trong suốt quá trình thực hiện dé tài. Cuối cùng em xin gửi lời cảm ơn bạn bè và gia đình đã động viên, khích lệ trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu dé em hoàn thành tốt khóa luận của mình.

Tuy nhiên, vì kiến thức bản thân còn nhiều hạn chế, trong quá trình hoàn thành khóa luận em không thể tránh được nhiing thiểu sót. Em mong nhận được những góp ý chân thành từ các thay, cô để em có thé hoàn thành tốt khóa luận này. Em xin chân thành cam ơn! TP. ngày OS tháng OS nắm 2023 SINH VIÊN Võ Thị Thanh Xuân MỤC LỤC LOT CAMhhìàiiiaiiiiitiiii.

ii DANH MUG CÁC CHỮ VIET TAP ssc sscoossssssssscsoscsassesssasosnssssossesssnssssosaisasnassneassnsnoass v DANH MUC CAC BANG ooocccccccsscsssseesssesssvesssvsssvessvesssveesvvessrerssivsasivasseasnvasnvenssvensvenssseeses vi DANH MỤC CÁC HÌNH. 222 12H Hà Họ này vii 571. MỤC DICH NGHIÊN CỨU. DOL TUGNG NGHIEN CUU tỈÍỈẮỈ.

NHIỆM VU NGHIÊN CỨU. PHAM VI NGHIÊN CỨU. 22-52 5S 21155112 EE21111 211721157 111217211 111112211221 22c 3 Rap TDNGODHAN. TONG QUAN KHU DỰ TRỪ SINH QUYEN RUNG NGAP MAN CAN GIỜỞ.

TONG QUAN VE VI TAO vooccceccssssssesseeseessesssesseassestenveesennenen ¬ 5 1. Giới thiệu về vi tảo LUC o.3, VAI TRÒ VÀ UNG DUNG GUA VITÁOGLỤC. Vai trò của vi tao lục trong hệ sinh thái và môi trường. Ứng dụng của vi tảo lục làm dược pham và chế pham sinh học.

Ung dụng của vi tảo lục trong nông nghiệp. CÁC MAKER PHAN TU TRONG ĐỊNH DANH VI TẢO.- - - -- HH HH ng re 9 1.2 Trinh tr 0/GảảaồảÝÝỶẢÓ. TINH HÌNH NGHIÊN CUU TRONG VÀ NGOÀI NUGC oooceocesccesccssecseeseeseesseeeees HH I:5. Cac nghiên:cứu ngoài DƯỚC:.

Các nghiên cứu trong NUGEC .- uc nh HH nh ng HH ng re 12 Chương 2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. THOI GIAN VA DIA DIEM NGHIÊN CUU o. ccccccecsseesseesssecsssesssesssncenscenneeeenseens 13 DAD, Thôi,gianiiEHIÊN(CŨNtsinnsstnsiniiantos0iins0ii100501021010101021036101301388113581833334633236853883319338858 13 2.

Dia điểm nghiên COW o. eco ces ecseeseeceesessesseescssecsessenessecseseesseesesseeeceseteeeaeeneesees 13 2. Vật liệu nghiên cứu. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.

Phương pháp thu mau vi tảo. Phương pháp phân lập. làm thuần và giữ giống tảo. Phương pháp xác định đặc điểm hình thái.

Phuong pháp tách chiết DNA tông số bằng bộ Kit. Phương pháp điện: AD sicsiiscisccsssssscassssassassssscsasssoasssoaseaszseassastsacssassaesaseassenatsaassnsiees 20 2. Phương pháp khuếch đại trình tự vùng 18S bang kỹ thuật PCR. Phuong pháp giải trình tự sản phẩm PCR.

Phương pháp xác định tên loài của các trình tự DNA bằng BLAST cicccooacoiac:c 23 2. Phương pháp xây dựng cây phát sinh chủng loài.-5SẶ << << 24 Chương 3. KET QUA VÀ THẢO LUẬN. KẾT QUA THU THẬP VÀ XỬ LÝ MẪU.

KET QUA PHAN LAP CHUNG VI TẢO. KET QUA ĐỊNH DANH HÌNH THÁI VI TẢO. Định danh hình thái mẫu vi tảo A1.á- 5c St sec sec 30 5.2, Định đanhihình thái tiểu Vi Là AD x asssssssasssnsssoassassssssscsieacsveavesavvesasvasssossevsisosieee 31 3. Định danh hình thái mẫu vi tảo B1, D2.

Định danh hình thái mẫu vi tảo B3. Định danh hình thái mẫu vi tảo D1. - - ĂtSsh SE SH ch nH gyprec 33 iv 3. Định danh hình thái mẫu vi tảo E2.

KET QUA TÁCH CHIET DNA TONG SỐ. KET QUA KHUECH ĐẠI CAC VUNG TRÌNH TỰ (PCR). KET QUA GIẢI TRÌNH TỰ VÀ HIỆU CHINH TRÌNH TỰ.1 Kết quả giải trình tựự.- 2< 2<©225222+2ECS2E22EEE2EEZAE2E1122117 111 2221ecE2ecrrrcrree 36 3. Hiệu chỉnh và lắp ráp trình tự.

KET QUÁ ĐỊNH DANH LOAI CUA CAC TRÌNH TU DNA BANG BLAST. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo Al, A3, El với cơ sở đữ liệu trểniieniHanke. Kết quả so sánh trình tự vùng I§S của mẫu vi tảo A2 với cơ sở dữ liệu trên GGHHHHEtcnnpntiiiciicsi001012101211121114411461652331611888335518488363938430:58138853591438983853959458583833358838858 39 3. Kết qua so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo B1, D2 với cơ sở dir liệu trên GERBBHKGtinssinisiiiiiniiititiit40114111111121111311848003138585331335188391851555995651335358515885888358585830886353387858 40 3.

Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo B3 với cơ sở dữ liệu trên ii ccasicazcacicccisecasseassccsacasscascaasieccscouncasazcsssacnsasizeataneassscseaciacessaiaseasseciseoatscissasveatares 4I 3. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo DI với cơ sở dữ liệu trên EBARissiosioainoiiisbioaiiisit51103511465133130331345138151361338580455851588358551655395355851583358585885384355581588 42 3. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mau vi tảo E2 với co sở dữ liệu trên GenBank. -- TL no on ngng 43 3.

XÂY DỰNG CÂY PHÁT SINH CHUNG LOÀI. 46 Be JEW GRE esse cog 962023410022110022121223571032213301207:01602370312210010221130023111022113538345031211131027121023EE 28557 46 PHY LUC Vv DANH MUC CAC CHU VIET TAT KÍ HIEU , ; CHU VIET DAY DU CHU VIET TAT Culture Collection of Algae and Protozo Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide National Center for Biotechnology Information Polymerase Chain Reaction Ribonucleic acid Ribosomal ribonucleic acid Tris HCl — Borate - EDTA buffer Culture Collection of Algae at UT-Austin Vì DANH MỤC CAC BANG Bảng 2. Thành phần môi trường BG-]N. Hóa chất chạy điện di.

2222 ©222S222SE222EEZE2221E2322242231222227222crvec 14 Bang 2. Hóa chat diing trong phan ứng PCR. Các thiết bị trong nghiên cứu.--2++2©zzt+v+teCE+EeEErzerrrxeerrrree 14 Bang 2. Thanh phan bộ kit dùng tách chiết DNA.

Cặp môi sử dung dé khuếch dai phan ứng PCR. Thành phan phan ứng PCR. Chu trình nhiệt phan ứng PCR. Tọa độ và hình ảnh nơi thu IẫU.

5-2291 11 1E SE ngư ngưng 1xx 26 Bảng 3. Tóm tắt tình trạng giải trình tự của các mẫu nghiên cứu. Bang tóm tắt kết quả giải trình tự.---©2+22zecSzcc22zcZxEcrxecrrerrree 37 Bang 3. Bảng tóm tắt mức độ tương đồng và bao phủ của trình tự DNA vùng 18S của các mau nghiên cứu với trình tự tương ứng trên NCBI.--- -5c55+52 Ad vũ DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.

Trình tự vùng 18S rDNA. Hàn KH ti, 10 Hình.:Quy trình nghiỆn CỨN:::::::::::::::2:ii22202212220122112211142112315231131363556335535859358233585 16 Hình 2. Vị trí giả thuyết về phạm vi thu mẫu. Cay vi tảo trên mặt thạch dé thu khuân lạc.

22s 2+2E£EEzxc=zcczz 18 Hình 2. Cau trúc cây phát sinh chủng lai -. Các địa điểm thu mẫu tại Cần Giờ. Nuôi cay chuyên vi tảo.

Mẫu vi tảo có hình thái đồng nhất và không đồng nhất. Hình chụp khuân lạc tảo thu được .- 2-2 Ss+EESEvSEEESvEE2E 2222x<1xcx 29 Hình 3. Khuan lạc tảo không bị nhiễm khuẩn ở vật kính 4x và 10x. Hình thai vi tảo Al, A3.

El và hình thái vi tảo Mychonastes sp. Hình thái vi tảo A2 và hình thái vi tảo Messastriam SỤ.cc<ecS- 31 Hình 3. Hình thai vi tảo B1, D2 và hình thai vi tảo Monoraphiditam Sp. Hình thai vi tảo B3 và hình thái vi tao Golenkinia sp.

Hình thái vi táo DỊ và hình thai vi tảo Scenedesmus SD. Hình thái vi tảo E2 và hình thái vi tảo Macrochloris Sp. Hình chụp kết qua điện di DNA tổng số của 9 chủng vi tảo. Hình chụp kết quả điện di sản phầm PCR 18S của 9 chủng vi tảo.

Biểu đồ huỳnh quang đoạn trình tự vùng 18S rDNA của chủng A1. Đại điện một đoạn trình tự đồng nhất (consensus sequence) vùng 18S PON ACUa chúng AÍlG::::::¡:ssssiciiiiieiitiiiisiiiiit12111112111113511333825153561631852550359535353552353835 37 Hình 3. Kết qua so sánh trình tự mẫu vi táo Al, A3, El vùng 18S trên GenBank. Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo AI, A3, E].

Kết quả so sánh trình tự mau vi tao A2 vùng 18S trên GenBank. Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo A2. óc cv ccvcsirrrrrssrree 39 Hình 3. Kết quả so sánh trình tự mẫu vi tao B1, D2 vùng 18S trên GenBank.

Cây phat sinh chủng loài mẫu vi tảo B1, D2.2-5225525scc5cccsc 40 Hình 3. Kết quả so sánh trình tự mẫu vi táo B3 vùng 18S trên GenBank. Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo B3. Kết qua so sánh trình tự mẫu vi tảo DI vùng 18S trên GenBank.

Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo DI. 555 22vv2cxvcxxcrrvee 42 Hình 3. Kết quả so sánh trình tự mẫu vi tảo E2 vùng 18S trên GenBank. Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo E2.- -¿- 2-55 ©cec sec rxcxrez 43 Hình 3.

Cây phát sinh chủng loài mô tả vị trí phân bố của 9 chủng vi tảo được xây dựng từ vùng trình tự 18S rDNA. cung nh ka 45 MỞ DAU I. TÍNH CAP THIET CUA DE TÀI Khu Dự trữ Sinh quyền Rừng ngập mặn Cần Giờ là một quan xã gồm các loại động, thực vật rừng trên cạn và thủy sinh được hình thành trên vùng châu thô rộng lớn của các cửa sông Đông Nai, Sài Gòn và Vàm Cỏ Đông - Vàm Có Tây. Do có vị trí địa lý đặc biệt với phía Bắc giáp tỉnh Đồng Nai, phía Nam giáp với biển Đông, phía Tây giáp tinh Tiền Giang va Long An, phía Đông giáp tinh Bà Rịa - Vũng Tau nên hằng năm rừng ngập mặn Cần Giờ nhận một lượng lớn phù sa từ các dòng sông, các đợt thủy triều.

Điều đó đã góp phan làm cho hệ động, thực vật và vi sinh vật nơi đây khá phong phú. Theo thống kê của Ban quản lý rừng ngập mặn Cần Giờ, khu Dự trữ Sinh quyền Rừng ngập mặn có khoảng 642 loài động vật gồm côn trùng, cá, lưỡng cư, bỏ sát, chim, thú và 318 loải thực vật bậc cao như cây ngập mặn, cây du nhập. Bên cạnh đó, các loài sinh vật phù du ở nơi đây cũng rất đa dang với hon 60 loai thực vật nôi (phytoplankton) thuộc ngành tao lam, tao silic và tảo giáp [2]. Hệ thông nước tạo ra môi trường sống tự nhiên thuận lợi cho các loài thủy sinh trong đó có vi tảo thích nghỉ va phát triển, tạo ra sự đa dạng vẻ thành phần loải.

Các loài vi tảo có thê xử lí nước thải đô thị, công nghiệp, nông nghiệp, chăn nuôi và làm chất bỗ sung dinh dưỡng trong nuôi trồng thủy sản [3]. Một lợi ích khác của vi tảo nằm ở việc sản xuất nhiên liệu tái tạo như diesel sinh học thông qua việc hap thu CO; thai ra trong quá trình đốt cháy các nhiên liệu sinh học. Đặc biệt, ở một số đại điện vi tảo lục còn có khả năng hấp thụ kim loại nặng và loại bỏ chất hừu cơ có trong nước thải [4].