BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO —_ TRUONG ĐẠI HỌC SƯ PHAM THÀNH PHO HO CHÍ MINH VÕ THỊ THANH XUÂN ĐỊNH DANH VÀ XÁC ĐỊNH _ QUAN HỆ PHÁT SINH CHUNG LOẠI. CÚA MỘT SÓ LOÀI VI TẢO LỤC Ở CÀN GIỜ KHÓA LUẬN TÓT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGANH SƯ PHAM SINH HỌC THÀNH PHO HO CHÍ MINH - 2023 BỘ GIÁO ĐỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHAM THÀNH PHO HO CHÍ MINH VÕ THỊ THANH XUÂN KHOA LUẬN TOT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH SƯ PHẠM SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC ThS. Dé Thành Tri THÀNH PHO HO CHÍ MINH - 2023 LỜI CẢM ƠN Đề hoàn thành bài khóa luận tốt nghiệp này, trước tiên em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến thay Đỗ Thành Trí - người đã tận tình hướng dan, giúp đỡ và nhắc nhớ em trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành khóa luận. Bên cạnh đó, em xin gửi đến các quý thay, cô khoa Sinh học, Trường Đạt học Sư Phạm Thanh phố Ho Chí Minh lời cảm ơn chân thành và sâu sắc nhất vì đã tạo mọi điều kiện giúp đỡ cm trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành khóa luận.
Em cũng xin gửi lời cảm ơn tới PGS. Tran Hoàng Dũng, ThS. Nguyễn Thành Công đã tạo điều kiện giúp đỡ em trong suốt quá trình thực hiện dé tài. Cuối cùng em xin gửi lời cảm ơn bạn bè và gia đình đã động viên, khích lệ trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu dé em hoàn thành tốt khóa luận của mình.
Tuy nhiên, vì kiến thức bản thân còn nhiều hạn chế, trong quá trình hoàn thành khóa luận em không thể tránh được nhiing thiểu sót. Em mong nhận được những góp ý chân thành từ các thay, cô để em có thé hoàn thành tốt khóa luận này. Em xin chân thành cam ơn! TP. ngày OS tháng OS nắm 2023 SINH VIÊN Võ Thị Thanh Xuân MỤC LỤC LOT CAMhhìàiiiaiiiiitiiii.
ii DANH MUG CÁC CHỮ VIET TAP ssc sscoossssssssscsoscsassesssasosnssssossesssnssssosaisasnassneassnsnoass v DANH MUC CAC BANG ooocccccccsscsssseesssesssvesssvsssvessvesssveesvvessrerssivsasivasseasnvasnvenssvensvenssseeses vi DANH MỤC CÁC HÌNH. 222 12H Hà Họ này vii 571. MỤC DICH NGHIÊN CỨU. DOL TUGNG NGHIEN CUU tỈÍỈẮỈ.
NHIỆM VU NGHIÊN CỨU. PHAM VI NGHIÊN CỨU. 22-52 5S 21155112 EE21111 211721157 111217211 111112211221 22c 3 Rap TDNGODHAN. TONG QUAN KHU DỰ TRỪ SINH QUYEN RUNG NGAP MAN CAN GIỜỞ.
TONG QUAN VE VI TAO vooccceccssssssesseeseessesssesseassestenveesennenen ¬ 5 1. Giới thiệu về vi tảo LUC o.3, VAI TRÒ VÀ UNG DUNG GUA VITÁOGLỤC. Vai trò của vi tao lục trong hệ sinh thái và môi trường. Ứng dụng của vi tảo lục làm dược pham và chế pham sinh học.
Ung dụng của vi tảo lục trong nông nghiệp. CÁC MAKER PHAN TU TRONG ĐỊNH DANH VI TẢO.- - - -- HH HH ng re 9 1.2 Trinh tr 0/GảảaồảÝÝỶẢÓ. TINH HÌNH NGHIÊN CUU TRONG VÀ NGOÀI NUGC oooceocesccesccssecseeseeseesseeeees HH I:5. Cac nghiên:cứu ngoài DƯỚC:.
Các nghiên cứu trong NUGEC .- uc nh HH nh ng HH ng re 12 Chương 2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. THOI GIAN VA DIA DIEM NGHIÊN CUU o. ccccccecsseesseesssecsssesssesssncenscenneeeenseens 13 DAD, Thôi,gianiiEHIÊN(CŨNtsinnsstnsiniiantos0iins0ii100501021010101021036101301388113581833334633236853883319338858 13 2.
Dia điểm nghiên COW o. eco ces ecseeseeceesessesseescssecsessenessecseseesseesesseeeceseteeeaeeneesees 13 2. Vật liệu nghiên cứu. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.
Phương pháp thu mau vi tảo. Phương pháp phân lập. làm thuần và giữ giống tảo. Phương pháp xác định đặc điểm hình thái.
Phuong pháp tách chiết DNA tông số bằng bộ Kit. Phương pháp điện: AD sicsiiscisccsssssscassssassassssscsasssoasssoaseaszseassastsacssassaesaseassenatsaassnsiees 20 2. Phương pháp khuếch đại trình tự vùng 18S bang kỹ thuật PCR. Phuong pháp giải trình tự sản phẩm PCR.
Phương pháp xác định tên loài của các trình tự DNA bằng BLAST cicccooacoiac:c 23 2. Phương pháp xây dựng cây phát sinh chủng loài.-5SẶ << << 24 Chương 3. KET QUA VÀ THẢO LUẬN. KẾT QUA THU THẬP VÀ XỬ LÝ MẪU.
KET QUA PHAN LAP CHUNG VI TẢO. KET QUA ĐỊNH DANH HÌNH THÁI VI TẢO. Định danh hình thái mẫu vi tảo A1.á- 5c St sec sec 30 5.2, Định đanhihình thái tiểu Vi Là AD x asssssssasssnsssoassassssssscsieacsveavesavvesasvasssossevsisosieee 31 3. Định danh hình thái mẫu vi tảo B1, D2.
Định danh hình thái mẫu vi tảo B3. Định danh hình thái mẫu vi tảo D1. - - ĂtSsh SE SH ch nH gyprec 33 iv 3. Định danh hình thái mẫu vi tảo E2.
KET QUA TÁCH CHIET DNA TONG SỐ. KET QUA KHUECH ĐẠI CAC VUNG TRÌNH TỰ (PCR). KET QUA GIẢI TRÌNH TỰ VÀ HIỆU CHINH TRÌNH TỰ.1 Kết quả giải trình tựự.- 2< 2<©225222+2ECS2E22EEE2EEZAE2E1122117 111 2221ecE2ecrrrcrree 36 3. Hiệu chỉnh và lắp ráp trình tự.
KET QUÁ ĐỊNH DANH LOAI CUA CAC TRÌNH TU DNA BANG BLAST. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo Al, A3, El với cơ sở đữ liệu trểniieniHanke. Kết quả so sánh trình tự vùng I§S của mẫu vi tảo A2 với cơ sở dữ liệu trên GGHHHHEtcnnpntiiiciicsi001012101211121114411461652331611888335518488363938430:58138853591438983853959458583833358838858 39 3. Kết qua so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo B1, D2 với cơ sở dir liệu trên GERBBHKGtinssinisiiiiiniiititiit40114111111121111311848003138585331335188391851555995651335358515885888358585830886353387858 40 3.
Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo B3 với cơ sở dữ liệu trên ii ccasicazcacicccisecasseassccsacasscascaasieccscouncasazcsssacnsasizeataneassscseaciacessaiaseasseciseoatscissasveatares 4I 3. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mẫu vi tảo DI với cơ sở dữ liệu trên EBARissiosioainoiiisbioaiiisit51103511465133130331345138151361338580455851588358551655395355851583358585885384355581588 42 3. Kết quả so sánh trình tự vùng 18S của mau vi tảo E2 với co sở dữ liệu trên GenBank. -- TL no on ngng 43 3.
XÂY DỰNG CÂY PHÁT SINH CHUNG LOÀI. 46 Be JEW GRE esse cog 962023410022110022121223571032213301207:01602370312210010221130023111022113538345031211131027121023EE 28557 46 PHY LUC Vv DANH MUC CAC CHU VIET TAT KÍ HIEU , ; CHU VIET DAY DU CHU VIET TAT Culture Collection of Algae and Protozo Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide National Center for Biotechnology Information Polymerase Chain Reaction Ribonucleic acid Ribosomal ribonucleic acid Tris HCl — Borate - EDTA buffer Culture Collection of Algae at UT-Austin Vì DANH MỤC CAC BANG Bảng 2. Thành phần môi trường BG-]N. Hóa chất chạy điện di.
2222 ©222S222SE222EEZE2221E2322242231222227222crvec 14 Bang 2. Hóa chat diing trong phan ứng PCR. Các thiết bị trong nghiên cứu.--2++2©zzt+v+teCE+EeEErzerrrxeerrrree 14 Bang 2. Thanh phan bộ kit dùng tách chiết DNA.
Cặp môi sử dung dé khuếch dai phan ứng PCR. Thành phan phan ứng PCR. Chu trình nhiệt phan ứng PCR. Tọa độ và hình ảnh nơi thu IẫU.
5-2291 11 1E SE ngư ngưng 1xx 26 Bảng 3. Tóm tắt tình trạng giải trình tự của các mẫu nghiên cứu. Bang tóm tắt kết quả giải trình tự.---©2+22zecSzcc22zcZxEcrxecrrerrree 37 Bang 3. Bảng tóm tắt mức độ tương đồng và bao phủ của trình tự DNA vùng 18S của các mau nghiên cứu với trình tự tương ứng trên NCBI.--- -5c55+52 Ad vũ DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.
Trình tự vùng 18S rDNA. Hàn KH ti, 10 Hình.:Quy trình nghiỆn CỨN:::::::::::::::2:ii22202212220122112211142112315231131363556335535859358233585 16 Hình 2. Vị trí giả thuyết về phạm vi thu mẫu. Cay vi tảo trên mặt thạch dé thu khuân lạc.
22s 2+2E£EEzxc=zcczz 18 Hình 2. Cau trúc cây phát sinh chủng lai -. Các địa điểm thu mẫu tại Cần Giờ. Nuôi cay chuyên vi tảo.
Mẫu vi tảo có hình thái đồng nhất và không đồng nhất. Hình chụp khuân lạc tảo thu được .- 2-2 Ss+EESEvSEEESvEE2E 2222x<1xcx 29 Hình 3. Khuan lạc tảo không bị nhiễm khuẩn ở vật kính 4x và 10x. Hình thai vi tảo Al, A3.
El và hình thái vi tảo Mychonastes sp. Hình thái vi tảo A2 và hình thái vi tảo Messastriam SỤ.cc<ecS- 31 Hình 3. Hình thai vi tảo B1, D2 và hình thai vi tảo Monoraphiditam Sp. Hình thai vi tảo B3 và hình thái vi tao Golenkinia sp.
Hình thái vi táo DỊ và hình thai vi tảo Scenedesmus SD. Hình thái vi tảo E2 và hình thái vi tảo Macrochloris Sp. Hình chụp kết qua điện di DNA tổng số của 9 chủng vi tảo. Hình chụp kết quả điện di sản phầm PCR 18S của 9 chủng vi tảo.
Biểu đồ huỳnh quang đoạn trình tự vùng 18S rDNA của chủng A1. Đại điện một đoạn trình tự đồng nhất (consensus sequence) vùng 18S PON ACUa chúng AÍlG::::::¡:ssssiciiiiieiitiiiisiiiiit12111112111113511333825153561631852550359535353552353835 37 Hình 3. Kết qua so sánh trình tự mẫu vi táo Al, A3, El vùng 18S trên GenBank. Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo AI, A3, E].
Kết quả so sánh trình tự mau vi tao A2 vùng 18S trên GenBank. Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo A2. óc cv ccvcsirrrrrssrree 39 Hình 3. Kết quả so sánh trình tự mẫu vi tao B1, D2 vùng 18S trên GenBank.
Cây phat sinh chủng loài mẫu vi tảo B1, D2.2-5225525scc5cccsc 40 Hình 3. Kết quả so sánh trình tự mẫu vi táo B3 vùng 18S trên GenBank. Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo B3. Kết qua so sánh trình tự mẫu vi tảo DI vùng 18S trên GenBank.
Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo DI. 555 22vv2cxvcxxcrrvee 42 Hình 3. Kết quả so sánh trình tự mẫu vi tảo E2 vùng 18S trên GenBank. Cây phát sinh chủng loài mẫu vi tảo E2.- -¿- 2-55 ©cec sec rxcxrez 43 Hình 3.
Cây phát sinh chủng loài mô tả vị trí phân bố của 9 chủng vi tảo được xây dựng từ vùng trình tự 18S rDNA. cung nh ka 45 MỞ DAU I. TÍNH CAP THIET CUA DE TÀI Khu Dự trữ Sinh quyền Rừng ngập mặn Cần Giờ là một quan xã gồm các loại động, thực vật rừng trên cạn và thủy sinh được hình thành trên vùng châu thô rộng lớn của các cửa sông Đông Nai, Sài Gòn và Vàm Cỏ Đông - Vàm Có Tây. Do có vị trí địa lý đặc biệt với phía Bắc giáp tỉnh Đồng Nai, phía Nam giáp với biển Đông, phía Tây giáp tinh Tiền Giang va Long An, phía Đông giáp tinh Bà Rịa - Vũng Tau nên hằng năm rừng ngập mặn Cần Giờ nhận một lượng lớn phù sa từ các dòng sông, các đợt thủy triều.
Điều đó đã góp phan làm cho hệ động, thực vật và vi sinh vật nơi đây khá phong phú. Theo thống kê của Ban quản lý rừng ngập mặn Cần Giờ, khu Dự trữ Sinh quyền Rừng ngập mặn có khoảng 642 loài động vật gồm côn trùng, cá, lưỡng cư, bỏ sát, chim, thú và 318 loải thực vật bậc cao như cây ngập mặn, cây du nhập. Bên cạnh đó, các loài sinh vật phù du ở nơi đây cũng rất đa dang với hon 60 loai thực vật nôi (phytoplankton) thuộc ngành tao lam, tao silic và tảo giáp [2]. Hệ thông nước tạo ra môi trường sống tự nhiên thuận lợi cho các loài thủy sinh trong đó có vi tảo thích nghỉ va phát triển, tạo ra sự đa dạng vẻ thành phần loải.
Các loài vi tảo có thê xử lí nước thải đô thị, công nghiệp, nông nghiệp, chăn nuôi và làm chất bỗ sung dinh dưỡng trong nuôi trồng thủy sản [3]. Một lợi ích khác của vi tảo nằm ở việc sản xuất nhiên liệu tái tạo như diesel sinh học thông qua việc hap thu CO; thai ra trong quá trình đốt cháy các nhiên liệu sinh học. Đặc biệt, ở một số đại điện vi tảo lục còn có khả năng hấp thụ kim loại nặng và loại bỏ chất hừu cơ có trong nước thải [4].