Xây Dựng Mô Hình Phân Tích Phả Hệ Phân Tử Để Định Danh Một Số Loài Ong Dú Ở Việt Nam

Chuyên khảo kỹ thuật phân tích Bước đầu xây dựng mô hình phân tích phả hệ phân tử molecular phylogentic analysis nhằm hỗ trợ định, đánh giá các khía cạnh quan trọng, đề xuất hướng

• Tác giả: Phạm Văn Nam
• Người hướng dẫn: TS. Trương Kim Phượng
• Trường học: Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh
• Chuyên ngành: Sinh Học Phân Tử
• Đề tài: Mô Hình Phân Tích Phả Hệ Phân Tử Hỗ Trợ Định Danh Loài Ong Dú Ở Việt Nam
• Loại tài liệu: báo cáo khóa luận tốt nghiệp
• Năm xuất bản: 2023
• Địa điểm: Thành phố Hồ Chí Minh

Mục lục chi tiết

• LỜI CẢM ƠN
• 1. PHẦN I: MỞ ĐẦU
• 1.1. Tổng quan tài liệu
• 1.2. Khái niệm côn trùng
• 1.3. Cấu tạo côn trùng
• 1.4. Tổng quan về Bộ cánh màng
• 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Phương pháp nghiên cứu chính
• 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 3.1. Khai thác dữ liệu
• 3.2. Khảo sát trên máy tính để thiết kế bộ mồi phù hợp, đặc hiệu trên vùng trình tự gen COI, EF-1α của một số loài ong
• 3.3. Kết quả khảo sát bộ mồi của vùng trình tự gen COI
• 3.4. Kết quả khảo sát bộ mồi của vùng trình tự gen EF-1α
• 3.5. Khảo sát thực nghiệm
• 3.6. Kết quả tách chiết
• 3.7. Kết quả khuếch đại vùng gen COI của cặp mồi CB2-F và CB2-R
• 3.8. Kết quả khuếch đại vùng gen EF-1α của cặp mồi EB1-F và EB1-R
• 3.9. Kết quả thiết lập chu kỳ nhiệt PCR khuếch đại vùng gene COI và EF-1α của các mẫu ong Dú
• 3.10. Kết quả giải trình tự
• 3.11. Phân tích phát sinh loài phân tử
• 3.12. Phân tích phả hệ phân tử gene COI
• 3.13. Phân tích phả hệ phân tử gen EF-1α
• 4. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng Quan Về Mô Hình Phân Tích Phả Hệ Phân Tử Ong Dú

Nghiên cứu về mô hình phân tích phả hệ phân tử đóng vai trò quan trọng trong việc định danh loài ong dú ở Việt Nam. Các loài ong dú Việt Nam thuộc họ Meliponini, được biết đến với kích thước nhỏ, không đốt và vai trò quan trọng trong thụ phấn. Việc xác định chính xác loài giúp bảo tồn đa dạng sinh học và khai thác tiềm năng kinh tế. Phân tích phả hệ phân tử ong dú sử dụng các marker di truyền như gen COI và EF-1α. Kết quả cho phép xây dựng cây phát sinh loài, từ đó xác định mối quan hệ tiến hóa giữa các loài ong dú. Nghiên cứu này sẽ góp phần vào việc bảo tồn và phát triển bền vững các loài ong dú quý giá. Theo Ascher và cộng sự (2009), trên thế giới có hơn 19000 loài ong khác nhau, cho thấy sự đa dạng sinh học đáng kinh ngạc của nhóm côn trùng này. Việc nghiên cứu và bảo tồn các loài ong bản địa là vô cùng cần thiết.

1.1. Tầm quan trọng của định danh loài ong dú

Việc định danh loài ong dú chính xác rất quan trọng vì nhiều lý do. Thứ nhất, nó giúp chúng ta hiểu rõ hơn về sự đa dạng sinh học ong dú ở Việt Nam. Thứ hai, nó cung cấp thông tin cần thiết cho các nỗ lực bảo tồn. Thứ ba, nó có thể giúp chúng ta khai thác các lợi ích kinh tế tiềm năng từ các loài ong dú khác nhau, ví dụ như sản xuất mật ong đặc trưng. Nghiên cứu ong dú có vai trò quan trọng trong nông nghiệp và y học.

1.2. Giới thiệu về mô hình phân tích phả hệ phân tử

Mô hình phân tích phả hệ phân tử là một phương pháp sử dụng dữ liệu di truyền để xây dựng cây phát sinh loài. Cây phát sinh loài biểu diễn mối quan hệ tiến hóa giữa các loài. Dữ liệu di truyền thường được sử dụng là trình tự DNA của các gen cụ thể, chẳng hạn như gen COI và EF-1α. Gen COI thường được sử dụng trong phân tích di truyền ong dú do tính bảo tồn và khả năng phân biệt tốt giữa các loài. Gen EF-1α cung cấp thêm thông tin để giải quyết các mối quan hệ phức tạp.

II. Thách Thức Trong Định Danh Loài Ong Dú Truyền Thống Ở Việt Nam

Việc định danh loài ong dú dựa trên hình thái truyền thống gặp nhiều khó khăn. Các loài ong dú có kích thước nhỏ và hình thái tương đồng, dẫn đến sai sót trong quá trình phân loại ong dú. Bên cạnh đó, sự biến đổi hình thái trong cùng một loài do yếu tố môi trường càng làm tăng thêm sự phức tạp. Mô hình phân tích phả hệ phân tử cung cấp một giải pháp khách quan và chính xác hơn. Phương pháp này dựa trên sự khác biệt di truyền, ít bị ảnh hưởng bởi yếu tố môi trường và cho phép phân biệt các loài có hình thái tương tự. Kek và cộng sự (2017) đã sử dụng gen COI để phân tích và xác định mật ong của hai loài Apis và Trigon, chứng minh tiềm năng của phương pháp phân tích di truyền trong lĩnh vực này.

2.1. Hạn chế của phương pháp định danh hình thái

Phương pháp định danh hình thái dựa vào các đặc điểm bên ngoài của ong dú. Tuy nhiên, các đặc điểm này có thể thay đổi theo điều kiện môi trường và giai đoạn phát triển. Điều này dẫn đến khó khăn trong việc phân biệt các loài ong dú khác nhau, đặc biệt là những loài có hình thái tương tự. Việc này có thể dẫn đến những sai sót lớn trong quá trình phân loại ong dú.

2.2. Sự cần thiết của phương pháp phân tích DNA ong dú

Với sự phát triển của công nghệ sinh học, phân tích DNA ong dú trở thành một công cụ mạnh mẽ trong việc định danh loài ong dú. Phương pháp này dựa trên sự khác biệt trong trình tự DNA của các loài, không bị ảnh hưởng bởi yếu tố môi trường. Điều này giúp xác định loài ong dú bằng DNA một cách chính xác và khách quan, khắc phục những hạn chế của phương pháp định danh hình thái.

III. Phương Pháp Phân Tích DNA Hỗ Trợ Định Danh Loài Ong Dú Hiệu Quả

Phân tích DNA ong dú bao gồm các bước chính: thu thập mẫu, tách chiết DNA, khuếch đại gen mục tiêu (COI, EF-1α) bằng PCR, giải trình tự DNA và phân tích dữ liệu. Dữ liệu trình tự DNA được sử dụng để xây dựng cây phát sinh loài, từ đó xác định mối quan hệ tiến hóa giữa các loài ong dú. Marker phân tử ong dú như COI và EF-1α có vai trò quan trọng trong việc phân biệt các loài. Phân tích này cung cấp thông tin chính xác và đáng tin cậy để hỗ trợ định danh loài và bảo tồn đa dạng sinh học ong dú. Theo Batalha-Filho và cộng sự (2010), phân tích trình tự gen COI từ 145 mẫu ong cho thấy cấu trúc di truyền quần thể và lịch sử học của M. quadrifasciata, chứng minh tiềm năng của gen COI trong việc nghiên cứu các loài ong.

3.1. Quy trình phân tích DNA ong dú chi tiết

Quy trình phân tích DNA ong dú bắt đầu bằng việc thu thập mẫu ong dú. Sau đó, DNA được tách chiết từ mẫu. Gen mục tiêu (COI, EF-1α) được khuếch đại bằng PCR. Sản phẩm PCR được giải trình tự để thu được trình tự DNA. Cuối cùng, trình tự DNA được phân tích để xác định loài ong dú.

3.2. Lựa chọn Marker phân tử phù hợp COI EF 1α

Việc lựa chọn marker phân tử ong dú phù hợp rất quan trọng để đảm bảo độ chính xác của kết quả. Gen COI thường được sử dụng do tính bảo tồn và khả năng phân biệt tốt giữa các loài. Gen EF-1α cung cấp thêm thông tin để giải quyết các mối quan hệ phức tạp. Sự kết hợp của cả hai marker phân tử giúp tăng cường độ tin cậy của phân tích di truyền ong dú.

3.3. Xây dựng cây phả hệ ong dú bằng phần mềm chuyên dụng

Sau khi có trình tự DNA, cây phát sinh loài có thể được xây dựng bằng các phần mềm chuyên dụng như MEGA. Cây phát sinh loài biểu diễn mối quan hệ tiến hóa giữa các loài ong dú. Phân tích cây phát sinh loài giúp xác định loài dựa trên vị trí của mẫu trên cây.

IV. Xây Dựng Mô Hình Phân Tích Phả Hệ Phân Tử Cho Ong Dú Việt Nam

Nghiên cứu này tập trung vào việc xây dựng mô hình phân tích phả hệ phân tử cho các loài ong dú ở Việt Nam. Các mẫu ong dú được thu thập từ các vùng khác nhau trên cả nước. Dữ liệu trình tự DNA của gen COI và EF-1α được sử dụng để xây dựng cây phát sinh loài. Kết quả nghiên cứu cung cấp thông tin quan trọng về phân loại ong dú và nghiên cứu ong dú ở Việt Nam. Nghiên cứu này góp phần vào việc bảo tồn đa dạng sinh học ong dú và khai thác tiềm năng kinh tế của các loài ong dú quý giá. Brady và cộng sự (2004) đã chỉ ra rằng vùng trình tự elongation factor-1α (EF-1α) chỉ được phát hiện ở họ Colletidae, chứng minh tính đặc hiệu của marker này trong nghiên cứu về ong.

4.1. Thu thập và xử lý mẫu ong dú

Mẫu ong dú được thu thập từ nhiều địa điểm khác nhau ở Việt Nam. Các mẫu được bảo quản cẩn thận để đảm bảo chất lượng DNA. Quá trình thu thập mẫu cần tuân thủ các quy trình chuẩn để tránh nhiễm chéo và đảm bảo tính đại diện của mẫu.

4.2. Phân tích di truyền và xây dựng cây phả hệ

Sau khi có trình tự DNA, các trình tự được căn chỉnh và so sánh với các trình tự đã biết trên cơ sở dữ liệu GenBank. Cây phát sinh loài được xây dựng bằng các phần mềm chuyên dụng, sử dụng các thuật toán khác nhau để đảm bảo tính chính xác. Cây phát sinh loài cung cấp thông tin về mối quan hệ tiến hóa giữa các loài ong dú.

4.3. Đối chiếu kết quả với cơ sở dữ liệu GenBank

Kết quả phân tích DNA ong dú được đối chiếu với cơ sở dữ liệu GenBank để xác định loài. So sánh trình tự với các trình tự đã được xác định trước đó giúp xác định loài một cách nhanh chóng và chính xác. Việc đối chiếu với GenBank cũng giúp phát hiện các loài mới hoặc các biến thể di truyền mới.

V. Ứng Dụng Thực Tiễn Của Mô Hình Phân Tích Phả Hệ Phân Tử

Mô hình phân tích phả hệ phân tử có nhiều ứng dụng thực tiễn trong việc định danh loài ong dú, bảo tồn đa dạng sinh học ong dú và nghiên cứu sinh học phân tử ong dú. Nó giúp phân loại ong dú chính xác hơn, từ đó có các biện pháp bảo tồn phù hợp. Mô hình này cũng có thể được sử dụng để nghiên cứu sự tiến hóa và phân bố của các loài ong dú. Ngoài ra, nó còn giúp xác định các loài ong dú có tiềm năng kinh tế, chẳng hạn như các loài sản xuất mật ong có giá trị. Danforth và cộng sự (2013) đã chỉ ra tầm quan trọng của việc hiểu rõ hơn về đa dạng sinh học, phát sinh loài, tiến hóa và đa dạng hóa của loài ong.

5.1. Ứng dụng trong bảo tồn đa dạng sinh học ong dú

Mô hình phân tích phả hệ phân tử giúp xác định các loài ong dú đang bị đe dọa và cần được bảo tồn. Thông tin này có thể được sử dụng để xây dựng các kế hoạch bảo tồn hiệu quả. Việc bảo tồn đa dạng sinh học ong dú có vai trò quan trọng trong việc duy trì cân bằng sinh thái.

5.2. Ứng dụng trong phát triển kinh tế từ ong dú

Một số loài ong dú sản xuất mật ong có giá trị kinh tế cao. Mô hình phân tích phả hệ phân tử giúp xác định các loài này và nghiên cứu các đặc tính sinh học của chúng. Điều này có thể giúp phát triển các sản phẩm từ ong dú và tạo ra nguồn thu nhập cho người dân địa phương.

VI. Kết Luận Và Hướng Nghiên Cứu Phát Triển Phân Tích Phả Hệ Phân Tử

Mô hình phân tích phả hệ phân tử là một công cụ mạnh mẽ trong việc định danh loài ong dú và nghiên cứu đa dạng sinh học ong dú. Nghiên cứu này đã xây dựng một mô hình phân tích phả hệ cho các loài ong dú ở Việt Nam, cung cấp thông tin quan trọng cho các nỗ lực bảo tồn và phát triển kinh tế. Trong tương lai, cần tiếp tục nghiên cứu và hoàn thiện mô hình phân tích di truyền ong dú, đồng thời mở rộng phạm vi nghiên cứu sang các loài ong dú khác và các vùng khác nhau trên cả nước.

6.1. Tổng kết kết quả nghiên cứu và ý nghĩa

Nghiên cứu đã thành công trong việc xây dựng mô hình phân tích phả hệ phân tử cho các loài ong dú ở Việt Nam. Kết quả nghiên cứu cung cấp thông tin quan trọng về phân loại ong dú và mối quan hệ tiến hóa giữa các loài. Nghiên cứu này có ý nghĩa quan trọng trong việc bảo tồn đa dạng sinh học ong dú và khai thác tiềm năng kinh tế của các loài ong dú.

6.2. Hướng phát triển và mở rộng nghiên cứu trong tương lai

Trong tương lai, cần tiếp tục nghiên cứu và hoàn thiện mô hình phân tích di truyền ong dú, sử dụng các marker phân tử khác nhau và các phương pháp phân tích tiên tiến hơn. Nghiên cứu cũng cần mở rộng phạm vi sang các loài ong dú khác và các vùng khác nhau trên cả nước. Ngoài ra, cần nghiên cứu sâu hơn về các đặc tính sinh học và sinh thái của các loài ong dú để có các biện pháp bảo tồn và khai thác hiệu quả.

Trích đoạn nội dung tài liệu

MỞ ĐẦU 1. Tổng quan tài liệu 1. Khái niệm côn trùng Côn trùng (insectum) là động vật thuộc về ngành không xương sống thuộc lớp Insecta. Chúng là nhóm lớn nhất trong ngành động vật chân đốt (N.

Cấu tạo côn trùng Côn trùng được xác định gồm các phần: đầu, ngực, bụng (Capinera, 2011). Hình ảnh mô tả cấu tạo chung của côn trùng được minh họa ở hình I. 1 Đặc điểm cấu tạo côn trùng (Capinera, 2011) Chú thích: (1) Đầu; (2) Ngực; (3) Bụng; (4) Miệng; (5) Chân trước; (6) Chân giữa; (7) Chân Sau; (8) Râu; (9) Mắt đơn; (10) Mắt kép; (11) Cánh trước; (12) Cánh sau; (13) Bộ phận sinh dục ngoài; (14) Lông đuôi Phần đầu nằm ở phía trước chứa các cơ quan cảm nhận và thu thập thức ăn quan trọng bao gồm: Râu đầu, mắt kép, mắt đơn và miệng. Phần lõm vào trong đó được gọi là sống nổi trong.

Các sống nổi này để cơ bám và tăng thêm độ cứng của vỏ đầu. Các ngấn phân chia vỏ đầu thành các khu và các mảnh, như khu trán-chân môi, khu cạnh- đỉnh đầu, khu ót, khu ót sau, khu dưới má, và đặc biệt môi trên và lưỡi cũng là một mảnh của vỏ đầu tạo thành. Trên đỉnh đầu ở giai đoạn ấu trùng thấy rất rõ ngấn lột xác hình chữ Y ngược (N. Phần ngực nằm ở ngay sau đầu và là vùng nối các khớp chân và đôi cánh.

Ngực được chia thành ba phân đoạn, được gọi là (từ trước ra sau) prothorax, mesothorax và metathorax. Đôi cánh được gắn vào trung bì và metathorax (hai cặp cánh), hoặc chỉ đến 2 mesothorax. Chân có sáu thành phần cơ bản bao gồm: hông, xương chày, xương đùi, ống chân, thân trước và xương trước (Capinera, 2011). Phần bụng là cơ quan chính thứ ba và lớn nhất chứa hầu hết các cơ quan tiêu hóa và cơ quan sinh sản (Capinera, 2011).

Ống tiêu hoá chia làm 3 phần: ruột trước, ruột giữa và ruột sau. Ranh giới ruột trước và ruột giữa là van Cacdia. Ranh giới ruột giữa và ruột sau là van Pilo. Các van Cacdia và Pilo ngăn không cho thức ăn đi ngược chiều và điều hoà sự vận chuyển thức ăn trong ruột (N.

Tổng quan về Bộ cánh màng Bộ Cánh Màng là một bộ lớn trong lớp côn trùng. Số loài đã biết trên 120000 loài. Tất cả những loài kiến, ong thường gặp hàng ngày đều thuộc bộ này, ngoài ra còn có nhiều loài ong kí sinh bé nhỏ khác. Đặc điểm chủ yếu của bộ cánh màng là: Miệng gậm nhai hoặc gậm hút.

Có 2 đôi cánh bằng chất màng, cánh trước thường lớn hơn cánh sau. Mép trước của cánh sau có một dãy móc câu nhỏ móc lên nếp cuốn của mép sau cánh trước, hệ thống mạch cánh thay đổi phức tạp. Các mạch dọc thường gấp khúc, có tên gọi là mạch quay. Có loài mạch cánh thoái hoá gắn hết, thậm chí có loài không còn cánh.

Chân phát triển bình thường, có 1-2 đốt chuyển. Đốt bụng thứ nhất thường nhập vào đối ngực. Trừ những loài thuộc họ phụ bụng không thất nhỏ, tất cả đều có đốt bụng thứ hai rất nhỏ tựa hình cuống. Nói chung con cái có ống đẻ trứng dạng răng cưa hoặc dạng ngòi châm.

Bộ Cánh màng thuộc nhóm biến thái hoàn toàn. Sâu non phân nhiều có đầu phát triển, ngực chia 3 đốt, bụng chia 10 đốt. Sâu non loài ong ăn lá, đa số có 3 đời chín ngực và nhiều đôi chân bụng rất giống sâu non bộ cánh vẩy, nhưng cuối chân không có móng và từ đốt bụng thứ 2 đã có chân. Nhiều loài sâu non không có chân, mình mềm, màu trắng nhạt, có loài đầu không cũng lắm.

Có nhiều loài trước khi hoá nhộng nhả tơ làm kén. Bộ cánh màng là một trong những loài có sự đa dạng sinh học cao nhất, bao gồm các loài ăn thức ăn là cây cỏ, và một loạt các loài ký sinh trùng (LaSalle et al, 1993). Trong số các loài côn trùng có ích, các loài ong thuộc bộ Cánh Màng có số lượng rất lớn, nhiều loài có vai trò quan trọng trong việc tạo mật và kiềm hãm số lượng côn trùng gây hại cho cây trồng (Dowton et al, 2009). Họ ong Mật 3 Theo Viện từ điển học và bách khoa thư Việt Nam http://bachkhoatoanthu.vn Ong mật thuộc họ ong mật (Apidea), thuộc bộ cánh màng (Hymenoptera) có đời sống xã hội và có khả năng sản xuất mật.

Trong một đàn ong mật sẽ bao gồm: Ong chúa, Ong thợ và ong đực. Ong chúa: thân dài khoảng 20 - 25 mm. Cánh ngắn, kim châm ngắn. Ong chúa có nhiệm vụ sinh sản.

Ong chúa có thể chủ động đẻ trứng thụ tinh để nở thành ong thợ hoặc trứng không thụ tinh để trở thành ong đực. Ong đực: thân dài khoảng 15 - 17 mm. Không có ngòi châm, cánh lớn. Ong đực chỉ có một tác dụng là giao phối với ong chúa.

Ong thợ: là những con ong cái mà bộ phận sinh dục bị thoái hoá, không có khả năng thụ tinh. Ong thợ thực hiện tất cả công việc của đàn ong: bảo vệ tổ, sản sinh sữa để nuôi ấu trùng, hút mật hoa luyện thành mật ong được mô tả ở hình I. 2 Đặc điểm và thành phần của ong mật (Viện từ điển học và bách khoa thư Việt Nam) Chú thích: 1. Tầng ong cắt dọc (a - Trứng, b - Ấu trùng, c - Tổ đã bịt nắp, d - Nhộng, e - Ong non) 1.

Họ ong Dú Ong Dú (Stingless bee) hay còn được gọi là ong không ngòi đốt, một trong ba phân họ của họ Apidae. Ong không đốt sống ở các khu vực nhiệt đới và cận nhiệt đới trên khắp thế giới bao gồm: Châu Phi, Châu Úc, Trung và Nam Mỹ (hình I. Ong không đốt được cho là có nguồn gốc từ châu Phi (Kwapong et al. 3 Khu vực sống của Ong không đốt trên thế giới (Kwapong et al., 2010) Ong Dú dễ dàng phân biệt bởi có kích cỡ nhỏ, không đốt, tính hiền, an toàn với con người (Wille.

Tổ của Ong không đốt thường được tìm thấy trong các hốc của thân hoặc cành cây, những vết nứt trên tường nhà (Kwapong et al. 4 Tổ của một số loài ong không đốt (a.) (Kwapong et al., 2010) Vật liệu xây tổ của loài ong không đốt thường được sử dụng là gôm, nhựa, sáp. Một số loài khác có thể thêm cát, bùn, keo ong để xây tổ (Kwapong et al, 2010). Đời sống xã hội của Ong Dú cũng tương tự với ong mật, bao gồm: Ong chúa, Ong thợ (Wille.

Ong chúa là ong đứng đầu điều khiển tổ chức và hoạt động hàng ngày của tổ. Ong thợ thì làm các công việc như kiếm ăn, bảo vệ tổ và cho ấu trùng ăn (Kwapong et a. Theo khảo sát trên bộ dữ liệu NCBI tính đến ngày 1 tháng 1 năm 2023, Ong Dú thuộc họ Meliponini có 54 chi khác nhau được thể hiện ở hình I. 5 Chi ong thuộc họ Meliponini (Taxonomy NCBI) 1.

Gen COI Gen COI (Cytochrome oxidase I) là gen thường trực trong ti thể, được sử dụng làm mô hình để kiểm tra sự tương đồng bên trong gen với tốc độ tiến hóa và ý nghĩa của nó đối với các phân tích tiến hóa của côn trùng (Lunt et al. Tiểu đơn vị COI chứa một hệ thống các gốc hữu cơ và kim loại, bao gồm các ion sắt, đồng và kẽm, được sắp xếp trong các cụm phức tạp để tạo thành trung tâm oxy hóa- reduction của enzyme cytochrome c oxidase. Trung tâm này chịu trách nhiệm cho việc chuyển đổi các phân tử oxy và proton thành nước và ATP trong quá trình hô hấp tế bào. Cấu trúc của tiểu đơn vị COI cũng có một số vùng đặc biệt, như vùng N-terminus, vùng transmembrane và vùng C-terminus, có vai trò quan trọng trong quá trình hoạt động của enzyme cytochrome c oxidase.

6 Cấu trúc của tiểu đơn vị COI (Tsukihara. Gen EF-1α (elongation factor-1α) Theo nghiên cứu của Kumar và các cộng sự, 2011 sử dụng trình tự EF-1α nhằm phân tích mối quan hệ trong họ Apis thông qua khuếch đại nucleotide, giải trình tự và phân tích cây phát sinh loài, kết quả Cây cho thấy rằng chủng MSS2 được phân cụm cao với Apis florea và Apis cerana với 100% giá trị bootstrap. Ngoài ra, chủng MSS2 có khả năng đồng nhất trình tự tối đa (99%) với Apis niqrocincta và Apis cerana so với Apis dorsata (96%) và Apis florea(95%). Phân tích trình tự gen EF-1α của ong là một công cụ hiệu quả để phân loại các loài ong mật khác nhau.

Hệ thống phát sinh loài của ong đang được phát triển nhanh chóng, Theo nghiên cứu của Brady và các cộng sự, 2004 đã phát hiện vùng trình tự elongation factor-1α (EF- 1α) chỉ được phát hiện ở họ Colletidae phân họ của ong mật với độ dài từ 101bp đến 1044bp. Tác giả cũng đã chứng minh rằng đoạn trình tự EF-1α không xuất hiện ở bất kỳ loài côn trùng khác, kể cả một số nhóm có đặc tính giống với bộ cánh màng. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 1. Vật Liệu Một số mẫu ong Dú do phòng CNSH Vật liệu và Nano, Trung tâm Công nghệ Sinh học TP.

HCM cung cấp. Phương pháp nghiên cứu chính Nội dung 1: Ứng dụng một số công cụ tin sinh học để thu thập bộ dữ liệu gene COI và EF-1α của một số loài ong Khai thác dữ liệu, hệ thống tổng quan khoa học trên nguồn cơ sở dữ liệu của PubMed, PubMed Central (National Central for Biotechnology Information – NCBI), Google bằng cách tra cứu dựa vào một số từ khóa tiếng Anh: COI, elongation factor- 1α (EF-1α), Phylogenetic analysis,. - Tìm hiểu thông tin khoa học - Chọn lọc các báo cáo khoa học phù hợp với tiêu chí nghiên cứu - Trích xuất dữ liệu: tác giả, năm xuất bản; thông tin về loài ong: chủng tộc, cấu trúc phương pháp phân tích. - Trích xuất dữ liệu trình tự gene mục tiêu trên ngân hàng gene.

Nội dung 2: Khảo sát trên máy tính để thiết kế bộ mồi phù hợp, đặc hiệu trên vùng trình tự gene COI, EF-1α của một số loài ong Trên ngân hàng dữ liệu NCBI (http://www.gov/), thu thập thông tin thiết kế các trình tự mồi chuyên biệt trên vùng gene mục tiêu: gene COI, EF-1α từ những công trình nghiên cứu đã công bố trước. Khảo sát, thiết kế bộ mồi với trình tự gene mục tiêu: dự kiến là gene COI, EF-1α; trong trường hợp phù hợp với thời gian nghiên cứu sẽ tiếp tục khảo sát trên các gene mục tiêu còn lại: COII, ND5, 16S rRNA bằng các công cụ tin sinh học phù hợp: + Blast (http://Blast.cgi) với các thông số mặc định sẵn trên NCBI nhằm xác định độ đặc hiệu của mồi thiết kế. + Sử dụng phần mềm trực tuyến IDT analyzer (http://www.com/analyzer/applications/oligoanalyzer/) để xác định các thông số quan trọng của mồi như kích thước, %GC, nhiệt độ lai, khả năng tạo cấu trúc kẹp tóc.