TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP CỬ NHÂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC NIÊN KHOÁ: 2010 – 2014 Đề tài: Giảng viên hướng dẫn: Sinh viên thực hiện: Nguyễn Phương Dung Nguyễn Minh Trọng Bác sĩ chuyên khoa I MSSV: 1053012850 Chuyên ngành: Vi sinh – Sinh học phân tử TP.HCM, 06/2014 NHẬN XÉT CỦA GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẪN …………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………… Giảng viên hướng dẫn (Ký và ghi rõ họ tên) Bs. Nguyễn Phương Dung LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành được luận văn tốt nghiệp này, em xin gửi lời cảm ơn chân thành nhất đến cô Nguyễn Phương Dung, cùng các anh chị cán bộ, nhân viên công tác tại Đơn vị Vi sinh – Sinh học phân tử - Bệnh viện nhân dân 115 đã tận tình chỉ dạy, giúp đỡ và hướng dẫn em trong suốt quá trình thực tập và làm luận văn tại đơn vị. Em xin gửi lời cảm ơn đến các thầy, cô là giảng viên Khoa Công nghệ sinh học – Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh đã tận tình chỉ dạy, cung cấp những kiến thức nền tảng cho em trong suốt thời gian học tập vừa qua. Em cũng xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, người thân, bạn bè đã quan tâm, ủng hộ, tạo điều kiện và giúp đỡ em rất nhiều trong suốt thời gian thực hiện luận văn tốt nghiệp này. Luận văn tốt nghiệp GVHD: Nguyễn Phương Dung DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT - BA: Blood Agar – Môi trường thạch máu. - MC: Môi trường MacConkey. - MHA: Mueller-Hinton Agar – Môi trường thạch Mueller-Hinton - ESBL: Extended Spectrum Beta Lactamase – Men β-lactamase phổ rộng. - CFU: Colony Forming Unit - Số đơn vị hình thành khuẩn lạc. - S: Sensitive – Nhạy cảm. - I: Intermediate – Trung gian. - R: Resistant – Kháng. - Kbp: kilo – base – pair. - Bảng viết tắt và thông tin về kháng sinh sử dụng trong nghiên cứu này: Giới hạn đường kính Nồng STT Tên kháng sinh Kí hiệu vùng ức chế (mm) Phân nhóm độ S I R 1 Amikacin AN 30 μg ≥ 17 15–16 ≤ 14 Aminoglycoside 2 Tobramycin TOB 10 μg ≥ 15 13–14 ≤ 12 Aminoglycoside 3 Imipenem IPM 10 µg ≥ 23 20-22 ≤ 19 Carbapenem 4 Ertapenem ETP 10 µg ≥ 23 20-22 ≤ 19 Carbapenem 5 Meropenem MEM 10 µg ≥ 23 20-22 ≤ 19 Carbapenem 6 Cefotaxime CTX 30 μg ≥ 26 23-25 ≤ 22 Cephem 7 Ceftazidime CAZ 30 μg ≥ 21 18-20 ≤ 17 Cephem 8 Ceftriaxone CRO 30 μg ≥ 23 20-22 ≤ 19 Cephem 9 Cefepime FEP 30 μg ≥ 18 15-17 ≤ 14 Cephem Cefotaxime + CTX + 30/10 β-lactam/ức chế 10 Clavulanic acid CLA μg β-lactamase Ceftazidime + CAZ + 30/10 β-lactam/ức chế 11 Clavulanic acid CLA μg β-lactamase Piperacillin- 100/10 β-lactam/ức chế 12 TZP ≥ 20 15-19 ≤ 14 tazobactam μg β-lactamase 13 Moxifloxacin MXF 5 μg ≥ 24 21-23 ≤ 20 Fluoroquinolone 14 Ciprofloxacin CIP 5 µg ≥ 21 16–20 ≤ 15 Fluoroquinolone 15 Nalidixic acid NA 30 µg ≥ 19 14–18 ≤ 13 Quinolone 16 Nitrofurantoin F/M 300 μg ≥ 17 15-16 ≤ 14 Nitrofurantoin SVTH: Nguyễn Minh Trọng Luận văn tốt nghiệp GVHD: Nguyễn Phương Dung DANH SÁCH HÌNH ẢNH - Hình 1.1: Sơ đồ cấu tạo hệ tiết niệu 5 - Hình 1.2: Cấu tạo đại thể của thận 6 - Hình 1.3: Mô phỏng Enterobacteriaceae và hình ảnh nhuộm Gram của E.4: Sơ đồ mô phỏng cấu trúc vòng β-lactam 15 - Hình 1.5: Cấu trúc của một số kháng sinh nhóm β-lactam 17 - Hình 1.6: Sơ đồ mô tả một số đột biến của TEM và SHV theo nghiên cứu của Patricia A. Bradford và cộng sự 20 - Hình 1.7: Cây phát sinh loài các dạng ESBL theo nghiên cứu của Patricia A. Bradford và cộng sự 21 - Hình 1.8: Mô tả cơ chế phân giải kháng sinh nhóm β-lactam của ESBL.1: Tủ an toàn sinh học cấp 2 Airstream của ESCO và kính hiển vi CX21 của Olympus 24 - Hình 2.2: Tủ ấm nuôi cấy vi khuẩn INCUCELL 222 của MMM Group và đèn Bunsen của Electrothermal 25 - Hình 2.3: Môi trường BA, MC và MHA 27 - Hình 2.4: Bộ KIT API 10S 27 - Hình 2.5: Vi khuẩn bắt màu qua mỗi bước nhuộm Gram 30 - Hình 2. coli mọc trên môi trường BA và MC 31 - Hình 2.7: Kết quả thử nghiệm sinh hoá âm tính của bộ KIT API 10S 33 - Hình 2.8: Kết quả thử nghiệm sinh hoá dương tính của bộ KIT API 10S 33 - Hình 2.9: Kháng sinh đồ của một mẫu bệnh phẩm trong nghiên cứu 35 - Hình 2.10: Thử nghiệm khẳng định ESBL 37 - Hình 3.1: Biểu đồ tỷ lệ mẫu cấy dương tính và tỷ lệ giới tính bệnh nhân 39 - Hình 3.2: Biểu đồ tỷ lệ các vi khuẩn phân lập và định danh được của mẫu cây dương 42 - Hình 3.3: Tỷ lệ các vi khuẩn dương tính trong thử nghiệm sàng lọc ESBL 44 - Hình 3.4: Tỷ lệ các trực khuẩn Gram âm sinh ESBL của toàn bộ nghiên cứu 46 - Hình 3.5: Tỷ lệ đề kháng các kháng sinh của E.coli trong nghiên cứu 48 - Hình 3.6: Tỷ lệ đề kháng các kháng sinh của Acinetobacter baumannii trong nghiên cứu 50 - Hình 3.7: Tỷ lệ đề kháng các kháng sinh của Proteus vulgari, Proteus mirabilis và Pseudomonas aeruginosa trong nghiên cứu 54 SVTH: Nguyễn Minh Trọng Luận văn tốt nghiệp GVHD: Nguyễn Phương Dung - Hình 3.8: Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của trực khuẩn Gram âm sinh ESBL trong toàn bộ nghiên cứu 58 - Hình 3.9: So sánh tỷ lệ đề kháng kháng sinh của trực khuẩn Gram âm sinh ESBL và không sinh ESBL trong toàn bộ nghiên cứu 60 DANH SÁCH CÁC BẢNG - Bảng 3.1: Kết quả tỷ lệ theo độ tuổi của bệnh nhân có mẫu cấy dương tính 40 - Bảng 3.2: Kết quả phân lập và định danh vi khuẩn 40 - Bảng 3.3: Kết quả thử nghiệm sàng lọc ESBL 40 - Bảng 3.4: Kết quả thử nghiệm khẳng định ESBL 44 - Bảng 3.5: Kết quả trực khuẩn Gram âm sinh ESBL của toàn bộ nghiên cứu 45 - Bảng 3.6: Kháng sinh đồ của vi khuẩn Escherichia coli sinh ESBL trong nghiên cứu 46 - Bảng 3.7: Kháng sinh đồ của vi khuẩn Acinetobacter baumannii sinh ESBL trong nghiên cứu 48 - Bảng 3.8: Kháng sinh đồ của vi khuẩn Proteus vulgaris sinh ESBL trong nghiên cứu 50 - Bảng 3.9: Kháng sinh đồ của vi khuẩn Proteus mirabilis sinh ESBL trong nghiên cứu 51 - Bảng 3.10: Kháng sinh đồ của vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa sinh ESBL trong nghiên cứu 52 - Bảng 3.11: Tình hình đề kháng kháng các kháng sinh của Enterobacter aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella spp. trong nghiên cứu 54 - Bảng 3.12: Tình hình đề kháng kháng sinh của trực khuẩn Gram âm sinh ESBL trong toàn bộ nghiên cứu 56 - Bảng 3.13: So sánh tình hình đề kháng kháng sinh của trực khuẩn Gram âm sinh ESBL và không sinh ESBL trong toàn bộ nghiên cứu 58 SVTH: Nguyễn Minh Trọng Luận văn tốt nghiệp GVHD: Nguyễn Phương Dung MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ . MỤC TIÊU ĐỀ TÀI .3 PHẦN I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU . TỔNG QUAN HỆ TIẾT NIỆU . Cấu tạo hệ tiết niệu: . Tổng quan chức năng sinh lý hệ tiết niệu: . NHIỄM KHUẨN ĐƯỜNG TIẾT NIỆU . Nguyên nhân bệnh sinh: . TRỰC KHUẨN GRAM ÂM SINH MEN β-LACTAMASE PHỔ RỘNG . Trực khuẩn Gram âm: . Men β-lactamase phổ rộng: . Yếu tố nguy cơ nhiễm trực khuẩn Gram âm sinh ESBL ở bệnh nhân nhiễm khuẩn đường tiết niệu: . Phòng chống và điều trị:.22 PHẦN II: PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU . PHƯƠNG TIỆN NGHIÊN CỨU. Địa điểm và thời gian tiến hành thí nghiệm: . Thiết bị và dụng cụ: . PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU . Phương pháp lấy mẫu nước tiểu: . Khảo sát trực tiếp mẫu nước tiểu: .29 SVTH: Nguyễn Minh Trọng Luận văn tốt nghiệp GVHD: Nguyễn Phương Dung 3. Cấy định lượng mẫu nước tiểu: . Phương pháp phân lập và định danh: . Kháng sinh đồ và khảo sát khả năng sinh ESBL: .33 PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN . MẪU NƯỚC TIỂU VÀ TRỰC KHUẨN GRAM ÂM . Mẫu nước tiểu: . Phân lập và định danh vi khuẩn: . TRỰC KHUẨN GRAM ÂM SINH ESBL:. Thử nghiệm sàng lọc ESBL: . Thử nghiệm khẳng định ESBL: . TÌNH HÌNH ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA CÁC TRỰC KHUẨN GRAM ÂM SINH ESBL . Proteus vulgaris, Proteus mirabilis, Pseudomonas aeruginosa: . Enterobacter aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella spp. Tình hình đề kháng kháng sinh của trực khuẩn Gram âm sinh ESBL trong toàn bộ nghiên cứu: .56 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .64 TÀI LIỆU THAM KHẢO .65 SVTH: Nguyễn Minh Trọng Luận văn tốt nghiệp GVHD: Nguyễn Phương Dung ĐẶT VẤN ĐỀ SVTH: Nguyễn Minh Trọng 1 Luận văn tốt nghiệp GVHD: Nguyễn Phương Dung I. ĐẶT VẤN ĐỀ [1, 2, 6, 9, 10, 13] Từ xưa, bệnh nhiễm khuẩn đường tiết niệu đã được người ta biết đến; những mô tả đầu tiên về bệnh này đã được tìm thấy trong cuốn Ebers Papyrus của người Ai Cập cổ đại. Cho đến nay, nhiễm khuẩn đường tiết niệu đã trở thành một trong những bệnh phổ biến hàng đầu trên thế giới. Đối tượng mắc bệnh bao gồm nam giới, người già, trẻ em và đặc biệt là nữ giới: cứ 2 nữ thì có 1 người và cứ 20 nam thì có 1 người bị nhiễm khuẩn đường tiết niệu ít nhất một lần trong đời. Tại Hoa Kỳ, nhiễm trùng đường tiết niệu là nguyên nhân khiến hàng triệu người phải đến khám tại các cơ sở y tế và hàng trăm ngàn ca phải nhập viện mỗi năm, gây nhiều sự tốn kém về thời gian và chi phí. Trong khi đó tại Việt Nam, theo Bộ Y tế, bệnh lý hệ tiết niệu đứng hàng thứ 05 trong mô hình bệnh tật tử vong; với tỷ lệ mắc bệnh là 8,42% dân số và tỷ lệ tử vong là 1,21% dân số [1]. Nhiễm khuẩn đường tiết niệu chỉ tình trạng nhiễm khuẩn của thận và đường tiết niệu. Nguyên nhân của bệnh là do các vi khuẩn xâm nhập vào bàng quang và thận gây nhiễm khuẩn cho nước tiểu. Bệnh có thể tái đi tái lại nhiều lần nếu không được chẩn đoán đúng và điều trị hiệu quả. Việc điều trị các bệnh nhiễm khuẩn nói chung và nhiễm khuẩn đường tiết niệu nói riêng dựa trên nguyên tắc chung là lựa chọn kháng sinh thích hợp; cùng với điều trị triệu chứng và điều trị hỗ trợ khác. Tuy nhiên, ở nước ta, việc sử dụng kháng sinh còn rất nhiều bất cập. Các cơ chế quản lý nhà nước về nhập khẩu, kiểm nghiệm, quản lý, phân phối, sử dụng chưa đồng bộ và chặt chẽ. Đồng thời, trong một bộ phận cộng đồng, kháng sinh vẫn được sử dụng bừa bãi, không theo bất cứ chỉ định cụ thể nào của bác sĩ có chuyên môn.
