BỘ GIÁO DỤC VÀ BAO TẠO TRUONG ĐẠI HỌC SU PHAM THÀNH PHO HỒ CHÍ MINH she KHOA LUAN TOT NGHIEP Cử Nhân Hoa Hoc Chuyên Ngừà+: Hoá Phân Tich Sta HUNT DAN SỬ DUNG PHAN MEDA Reaction Coordinate Người hướng din (hoa hoe: Thầy NGUYENHIẾN HOANG Người thực hiện: NGUYEN THÁNH LAM THÀNH PHO HO CRAOWIEN - Tháng Sưiă 298B44e‹ -S.:-› Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYEN HIEN HOANG i 6606081069046 0(/0414,//020/712 490v 7/40/7200 4/ 0462090 0/4 2g. Cong nhing ngày thya hign khod Íuận nay, ot ohusa quen vd adng olga nén em da gap khong tt khá khan. WNgoat : những số gắng ala bản than va sự dong ottn ala gia dink, ` bom ba, am da when được cụ ott do Êuông dim lậu tink dle Thy Nouytn Hite Hoang bong su quá tink ấục bie Buda Áầu fam quen gới aðng ơifa nghien atu, J. gian cà ÊÑÄ năng aòn han aÑf ntn khod Íuậm khong txánR ` KÑät nhang thits sót.
Em kink mong nẵận duga sự góp ý chan | thank ala qui Thay Co oa ada ban. Xm chan thank adm on Tp. Hd Cht Mink thing 5 năm 2006 —Fx+f Lee LESS ned Wl LI Pe SVTH: NGUYEN THANH LAM | Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYEN HIEN HOÀNG MỤC LUC PHAN! MỜ ĐÀU PHẢN? GIỚI THIỆU PHAN MEM CHEMSKETCH 8.0-————————7 L — Cải đặt ChemSketch 8.0 -----------------—--------------- + === nnn rene-7 Il. Khởi động ChemSketch 8.
Giới thiệu vẻ các công cụ và chức năng-------«----<=<---======-=====~~ —7 1. _ Chế độ Structure mode ------------=--<=-~««=~--~«====~=======>~=====~~~ 1. File menu-------------------====~-===-=====s=s=s==srssseese=e 8 1.4, Tools menu --------------~---~---~==~-=======sst=====rsee==se II 1. Templates menu-----------==------~-====-~=«=e====~====xer==~ 14 1.
ACD/Labs menu --------------------------------------------- 17 1. Thanh công cụ General -------------------------------------- 18 1. Thanh công cụ Structure ------------------------------------ 19 1. Thanh công cy Atoms --------—---«--<=sseeesseeeeee 24 1.
Thanh công cụ References--------«----~-~-~«======«=«<==~=~= 25 1. Thanh Color Palette ---- =. 16 Thanh Status Bar---------------~<--se====sss==r=eer==e======= 25 2. Chế độ Draw mode --------------~-—-~-----~====+e==ee====ese=eesrerse 26 2.
Thanh công cy Editing ---------<-=«-=«««««-«=======s==see==se 29 2. Thanh công cu Drawing --------------------------—---------- 32 IV.0---------------------<~<~<~<===<~<~~>»==e=>=>=====~= -- 33 PHAN 3 NOIDUNG NGHIÊN CỨU ———————————————-34 I. Vẽ cấu trúc đơn giản ---------------~-----~-~~~~<es====e===e=s==========sr=er 34 1. Công cụ Draw Normal ---—-----~----—~-~-~=<~=+~e=~xe~e=======e=~x=erx~ 34 2.
Liên kết bội -------------------------—-~—--~~-~~—~~~~~<===============>e 34 TCXOd NQUYEN UU nan 35 4. Mạch Polyme -------------<~-«-<<=<=<e<=<~xeseee=ee=etrrrrere=ereer=e=ee 35 SVTH: NGUYÊN THANH LÂM 2 Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYEN HIEN HOANG 5. Công cụ Pscudo Atom--«««e««-«-e««seeeeeeeessesseeeesesseseeexeeeee 35 6. Thay đổi nguyễn tử -~---«-----------«===-======xee==r=srers===>=——~ 36 7, Công cụ Draw Continuous----------<-----=<~~====~=~e==~e=x=====ee~ 36 8.
Chức năng kéo chuột -----------------------=--=¬======«=s=s======== -- 37 9. “Clean” chs ae 37 10, Công cụ Edit Atom Label ------~--«-<~-<=~--<~<<=<<<<<<========e===s 37 11, Công cy Draw Chains ------------------------------------------------ 38 II. Về cấu trúc phức tap ----------«-----~-<<<<<<<<<+==<«eeee===eeeseeseeeeeeee 39 I. Table of Radicals (các gốc hữu cơ)---------------~-=-~-=====~~=~=~= 39 2, Ring Structure (câu trúc vòng) ------------------------------------- 39 3.
Xoá nguyên tử và nhóm nguyên tử --------------------------------- 40 4. Thay thé nguyên từử-------------------------~-~=reerxrr~e~~+xrrrrr~r>r> 41 Ran ER HN te 42 6. Anion, cation, gốc tự đo-----------«---------~-«=e====~=ee~e==rere=~e= 42 7, Liên kết Markush-----------------~-----=----==~-====~=~============== 44 ŸŠ. Chahinhtf,ZvàRcSeee==sesdcseesee=e=e=ee=e= 44 9.
Liên kết cho nhận -----------------------—-------------------------— 46 10. Các dạng liên kết khác-------------------«~<<<<<==e~=~sxe=eeee~~e===~ 49 12. Thay đổi các thuộc tính nguyên tử -------------~--=----~-~========== 54 Ill. Cấu trúc 2D, 3D, SMILES Notation, sơ đồ phản ứng ------------------ 54 1, Cu trúc 2D -----------------<--=--==e==========e=e===e====eeseeee===ee 54 a.
Clu trúc vòng no ---------------------------------------------_- 54 b. Câu trúc vỏng peptit ----------~-----~-~~~-~~-==~========ss=======se 55 2, SMILES Notation --------<«<-<=<<<<<5<<<<-<<<-<=<===-================== 56 3, CR frie JD asa 87 a. Vẽ cấu tric Bicyclo[2. Vẽ chu trúc Triptycen ——————--————-—~-c---=-~-===e======sem 58 e.
Ve cấu trúc Cuban —-. Vẽ cấu trúc Dodecahedran ({5]Fuleren — C29) --------------- 60 4: Tạosơđỗphinbng———————=<=-<¿<==- xe GÌ a. Vẽ phương trình phản ứng ------------------~---~-~-==~========= 6l b. Chèn diéu kiện phản img--------------------------—------—.
Tạo sơ đồ phánứng—————————— 63 IV. Sử dụng Templates -------------------------------------------------------—-- 64 1, Table of Radicals-----------------------------~----~~==~=<~~======~~=== 64 2. Template Window -------«--=<<<<<<<=«-«e-see=sesse==e==e~x~ee~e~===e 68 V. Xem thuộc tinh của phan tử----------«-~---«<-«~--<<<~<e-xe====sr=srsee=ee=e 7) l.
Xem các thuộc tinh của axit benzoic ---------------------------- 7Í 2. Xác định khỏi lượng của phan thuộc cau trúc --------------~-~~-~- 72 VI. Hiện tượng Ïautome ---------=--=<«-<<<<<<<-e--e~=serrssrssesessee 75 VII. Chuyển cau trúc sang tên -------~-~--~--~~-~-~~=~~~~======~==========z IG SVTH: NGUYEN THANH LAM 3 Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYÊN HIẾN HOÀNG VIL.
Obitan, di ag ra m, tab le, dụ ng cụ thí ng hi ệm --- --- --- --- --< =-= «<= ~~« === ~= 77 1. Obitan--------- --— --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -—- --- --- --- -- 77 2, Diagram --=------=-- --- --= =~~ -~= === === ~~~ -~= ~== e=e eee ere rer === =er xe “. Vẽ đư ờn g CO NG --- --- --- <«< -«< =~e =+~ =+e eee =e= ee= ess =ee === === === ==e 78 b. Vẽ CAC trỤ C --~ --~ --- --= -~« <«« «== === === ssx === === === srs eee sse es= ==e e 79 3.
Tabl e --- --- --- --- -—- -~- -~- ~-- ~-~ -~- === =~= ==e e=e =er e== ~=r er= r== z== === === = §I 4, Dụng cụ thí nghiệm -----------~--====~-««-===~==~~=esee=eeeeeee+e*ee===e 86 IX. Mộ t số cấu trú c khá c -—- --- --- --- --- --- -~~ ~~- ~<« === =ee === === xee =~= -== ==— ~ 88 1. _ Vẽ cấu trúc -ma ntO Z0- --- --- --- --- --- -«« «== =«= === ==r === ~e~ =~= =~ --- - 88 2. Cấu trú c củ a mộ t số Vi ta mi n --- --- --- --- --= =-- ~-= ¬-~ >~= =~= ~=~ === === = 90 3.
Cấu trú c củ a mộ t đo ạn DN A --- --- --- —-- ~~- -~~ ~~- =~= ==~ ==> === =~= === 92 4, Vẽ phân tử chất lỏng---------------------«--==-===~s=======+==ee==~~== 95 5, Symbol------«--------<-«=-<«<=««<=s«eee==seeer========rr===~===s=e=eee 98 GS Citing DD).eee 98 7, Công thức Fischer cla D-glucozơ và D-Íruct0z0---------------~- 99 8. Nhựa phcnolfomanđchit------------------«~~===~~======~=~+~~======= 100 9. Một số phương trình phan ứng ------------------------------------- 104 10. Câu trúc Naphtalen--------------=-<=--<=~«=====~=========~===~======= 110 11.
Công thức chiếu Newman của Etan ------------------------------- HI X. Tạo User Template cho chương trình hoa hừu co lớp 11, 12 -------- 113 |. an nan nan 113 2, Anlken--ss=sssssss=sssssee=s=sssssssssssss. Ankiniese=s=====esieeseseseseseeseekesassxemessnw<ems=mosivese 115 Š, Öenzen------«-------«--«<==---«eess=ee====sese=e====see======sssee=e 115 6.
AnCOl----------<-----<<=====~=«<===========ssere=r======sr===x=>=sr=rr115 7. AnđChit ---------<--<<<<==<<<=<<<<<s<=======se=e==e=e=s=srseerrxresseer=se 116 i | =r.=ee=seee========e==== ~117 XI. Ứng dụng phan mềm ChemSketch 8.0 trong thiết kế giáo án -------- 118 |. Giáo án phần tính chất hoá học bài Ankin -----—----------------- 118 2.
Giáo án phan tính chat hoá học bai Phenol ----------------------- 119 3. Giáo án phân tinh chất hoá học bai Axit Cacboxylic—---------- 119 XII. Một số chức nang của chương trình 3D Viewer ------------------~-- --120 1. Khoi động chương trình 3D Viewer-----------—-----—---------- 120 2.
Một số chức năng ---------------=---------========e=e========eee===e 121 3. Save và Load những cài đặt ---------------------------------------—- 128 a. Save những cai dat ----------------------------------------------- 128 b. Load những cải đặt-----------~-~--~----===-~~~=~==~==~~~=~~==~= —~128 Kết luận và Đề xuất 129 Tài liệu tham khảo ----------------------~--~~---~~-~==~sseeeeeeeeeeeeeeeeeeeiemeee -- 130 SVTH: NGUYEN THANH LAM 4 Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thầy NGUYÊN HIẾN HOANG PHAN 1 MỞ DAU 1.
TEN DE TAI “Huong dân sử dung phan mềm ChemSketch 8. LÝ DO CHON DE TÀI Hiện nay công nghệ thông tin ngày cảng phát triển, nó có mặt trong hầu hết các ngảnh xà Dạy học cũng không phải là ngoại lệ. Việc ứng dụng công nghệ thong tin vào giảng đạy giúp giáo viên linh hoạt hơn trong việc soạn giáo án va thiết kế bai fh ki sinh động hon, từ đó sẽ gây được hứng thú cho học sinh. Hơn nữa sé tiết kiệm được nhiều thời gian.
Đặc biệt trong môn Hoá học. việc vẽ công thức cầu tạo của các chất vả viết phương trình phản ứng là công việc thường xuyên vả không thẻ thiểu. Dé làm được việc nay cần sử dụng các phần mềm chuyên biệt, đồng thời cũng phái biết cách sử dụng nó. Trong khi đó, hiện nay có rat it tài liệu hướng dẫn cách sử dụng các phan mềm về Hoá học.
Một trong những phần mém đáp ứng được các yêu cầu trên là phần mềm ChemSketch 8.0, So với những phần mém khác như /S/S Draw, ChemWin, ChemDraw thi ChemSketch có những ưu khuyết điểm riêng, lay ChemDraw dé làm một so sánh: + Uu điểm: trước hết đây là phần mềm miễn phi nên sẽ làm việc ổn định hơn, trong khi ChemDraw được bán trên thị trường hiện nay sử dụng bản crack (bẻ khoá phần mềm) nên trong quá trình làm việc sẽ xuất hiện lỗi phan mem, và việc sử dụng bản crack là vi phạm bản quyên. Thứ hai, ChemSketch có 2 chế độ làm việc - một chế độ (Structure mode) cho phép về cấu trúc, phương trình phản ứng. chế độ còn lại (Draw mode) có chức năng như một ứng dụng về - cho phép về các đối tượng như: đường tron, clip. đường cong, tạo bảng, tạo ghi chú.
trong khi ChemDraw chỉ có một chế độ về cấu trúc, phương trình phản ứng. Thứ ba, ChemSketch cho phép export (xuat) vả import (nhập) nhiều kiểu file trong đó có ChemDraw, tức ChemSketch có thé đọc được file ChemDraw và xuât ra file ChemDraw trong khí ChemDraw không làm dược điều ngược lại - đọc và xuất file ChemSketch, Thứ tư, về trong ChemSketch nhanh hon trong ChemDraw. + Khuyết điểm: ChemDraw cô thé chuyên từ tên sang cau trúc và từ cấu trúc sang tên do đây là bản crack, trong khí ChemSketch chi có thể chuyển từ cấu trúc sang tên vì là bản miễn phí nên dung lượng của phần mềm ChemSketch cô hạn. do đó không thé chứa kho thư viện chất phục vụ cho chức năng chuy¢én tử tên sang cấu trúc.
Mudn vậy, người ding phải mua bản thương mại. Nêu dùng bản thương mại thì ChemSketch có thêm các chức năng mà ChemDraw không có như: chuyên sang file pđ/, gửi câu trúc sang PDA. SVTH: NGUYEN THANH LAM wn Khoá Luận Tốt Nghiệp GVHD: Thay NGUYEN HIEN HOANG Như vay, suy cho cùng thi phần mém ChemSketch tuy là bản miễn phí nhưng khả hoản chỉnh. thích hợp cho việc soạn giáo an, Ill.
MỤC DICH NGHIÊN CỨU Biểu diễn công thức hoá học của các chất và xem các thuộc tính liên quan đến chat như tính chat vật lí, cau trúc không gian 3 chiều. để phục vụ cho việc thiết kế giáo án. NHIEM VỤ NGHIÊN CỨU Tìm hiểu vả khai thác những tính năng của chương trình ChemSketch 8.0 dé vẽ cấu trúc của các chất và những vấn dé liên quan đến cấu trúc. Đồng thời ứng dụng chương trình 3D Viewer được cài kèm theo khi cài ChemSkeich 8.0 để xem cau trúc ở dang 3D, tính chiều dai liên kết, góc liên kết.
V, DOL TƯỢNG VÀ KHACH THE NGHIÊN CỨU - Doi tượng: phan mém ChemSketch 8.0 và 3D Viewer, ~ Khách thẻ: quá trình dạy và học Hoá học. PHAM VI NGHIÊN CỨU Phan mềm ChemSketch 8.0 có thé đáp ứng được nhu cầu vẽ cau trúc của cúc chất. nhưng do đây là bản miễn phí nên một số chức nang cao cắp hơn như tìm cau trúc (Search for Structure), kho thư viện Dictionary, chuyên sang pdf. chi có trong bản thương mại va những chức năng đòi hỏi phải kết nói internet, dé tài sẽ không xét ở đây.
GIÁ THIẾT KHOA HỌC Nếu ứng dụng tốt phần mềm ChemSketch 8.0 sẽ giúp ích cho giáo viên trong việc soạn giáo án- làm nhanh hơn, do đó tiết kiệm được nhiều thời gian và thực hiện được những yêu câu khác như các thuộc tính liên quan đến chât, cầu trúc 3D, chiều dài liên kết, góc liên kết. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Tir thực tế sử dung phan mềm, bên cạnh có sự hỗ trợ của công cụ “Help” của các chương trình.