Mở đầu chuyên đề là bản trích Tuyên ngôn độc lập của nước Mỹ năm 1776 trong đó đã viết: “Tất cả mọi người sinh ra đều có quyền bình đẳng, tạo hóa cho họ những quyền không ai có thể xâm phạm được. Trong những quyền ấy có quyền được sống, quyền tự do và quyền mưu cầu hạnh phúc. Thế nhưng, khi tiến hành chiến tranh xâm lược Việt Nam, quân đội Mỹ đã chà đạp các "quyền" nói trên của người dân Việt Nam, kể cả luật pháp quốc tế, thực hiện một cách có hệ thống việc bắt bớ, tra tấn, hãm hiếp, bắn giết dân thường và tù binh, kể cả thực hiện những cuộc thảm sát hàng loạt (điển hình là vụ thảm sát 504 thường dân ở Sơn Mỹ, Quảng Ngãi năm 1968). Ngoài ra quân đội Mỹ còn sử dụng những phương tiện chiến tranh đã bị các công ước quốc tế nghiêm cấm như: bom bi, bom lân tinh, chất độc hoá học, đặc biệt là chất độc da cam/dioxin.
Khi tiến hành chiến tranh phá hoại miền Bắc Việt Nam, tháng 11/1965, tướng 23 Curtis Lemay chỉ huy lực lượng không quân chiến lược Mỹ đã trắng trợn tuyên bố "sẽ đẩy lùi miền Bắc Việt Nam trở về thời kỳ đồ đá". Chiến tranh kết thúc với khoảng 3 triệu người chết (trong đó có 2 triệu dân thường), khoảng 2 triệu người bị thương, 300.000 người mất tích, hạ tầng cơ sở của cả hai miền Nam Bắc bị thiệt hại nặng nề. Chuyên đề “Hậu quả chất độc da cam trong chiến tranh Việt Nam”. Phòng gồm 100 ảnh, 10 tài liệu, 20 hiện vật.
Trong cuộc chiến tranh xâm lược Việt Nam, quân đội Mỹ đã sử dụng những phương tiện chiến tranh hiện đại và tàn bạo nhất, trong đó có vũ khí hoá học. Đặc biệt trong vòng 10 năm (từ năm 1961 đến năm 1971) với chiến dịch "Ranch Hand" quân đội Mỹ đã phun rải xuống miền Trung, Tây Nguyên và miền Nam Việt Nam trên 100 triệu lít chất độc hoá học (trong đó có 65% là chất độc da cam chứa 366 kg dioxin tinh chất cực kỳ độc hại) làm nhiễm độc trên diện tích 2,6 triệu ha, làm tổn thương nghiêm trọng đến sức khoẻ (gây các bệnh ung thư, dị tật bẩm sinh và hàng loạt rối loạn chức năng khác) của 4,8 triệu người dân Việt Nam (năm 2008) và các thế hệ con cháu của họ. Việc phun rải chất độc da cam cũng gây tổn thương nặng nề đối với binh lính Mỹ và binh lính các nước phụ thuộc Mỹ đã tham gia chiến tranh ở Việt Nam. Chuyên đề “Thế giới ủng hộ Việt Nam kháng chiến” Phòng gồm 100 ảnh, 145 tư liệu hiện vật giới thiệu phong trào nhân dân thế giới (kể cả nhân dân Mỹ) đoàn kết ủng hộ nhân dân Việt Nam kháng chiến chống chiến tranh xâm lược.
Người xem được nhìn thấy những cuộc mít tinh biểu tình, hội nghị, hội thảo của nhân dân các nước trên khắp các châu lục phản đối chính quyền Mỹ xâm lược Việt Nam, ủng hộ cuộc đấu tranh chính nghĩa của nhân dân Việt Nam. Nhiều tranh cổ động, biểu ngữ, cờ, truyền đơn và vật phẩm các loại…của các tổ chức và cá nhân khắp thế giới biểu thị tình đoàn kết hữu nghị với nhân dân Việt Nam. Bên cạnh đó người xem còn được nhìn thấy những kỉ vật do chính những cựu chiến binh Mỹ đã tham gia chiến tranh Việt Nam tặng BTCTCT để thể hiện sự kính trọng đối với 24 nhân dân Việt Nam, và sự hối tiếc về việc đã tham gia cuộc chiến tranh phi nghĩa này. Chuyên đề “Nạn nhân chế độ lao tù”.
Chuyên đề gồm 40 ảnh, 14 bảng trích, bản đồ, 30 hiện vật nhằm giới thiệu đến khách tham quan chế độ lao tù ở Côn Đảo mà Mỹ đã thiết lập để giam giữ những người Việt Nam yêu nước. Đồng thời, góp thêm tiếng nói tố cáo tội ác chiến tranh xâm lược, bảo tàng đã tái hiện 2 trong số 120 ngăn ở nhà tù Côn Đảo. Bên cạnh đó với mong muốn cho người xem cái nhìn toàn diện hơn tội ác chế độ lao tù, “2 cánh cửa sắt của nhà tù Côn Đảo được đưa về Sài Gòn hoàn thành gian chuồng cọp phục chế” [51:69]. Chiếc máy chém đã lê khắp miền Nam để uy hiếp tinh thần yêu nước của nhân dân Việt Nam được đưa về Bảo tàng và bổ sung vào ngăn chuồng cọp.
Chính điều này đã làm tăng thêm phần sinh động, biến nơi đây thành phần trưng bày khá thu hút và không thể bỏ qua của khách tham quan mỗi khi đến thăm Bảo tàng. Phần trưng bày “Các loại vũ khí, phương tiện chiến tranh xâm lược Việt Nam”. Đây là khu vực trưng bày ngoài trời duy nhất ở BTCTCT. Khu vục này trưng bày xe tăng, máy bay, pháo hạng nặng… Các loại bom như bom 500 pound, 2000 pound, 15.000 pound, chùm bom chứa hơi ngạc, bom CBU… là những phương tiện Mỹ sử dụng khi tiến hành chiến tranh xâm lược Việt Nam.
Trưng bày chuyên đề Trong hoạt động của bảo tàng, trưng bày chuyên đề là hình thức rất quan trọng, có tính thiết thực làm cơ sở phục vụ chức năng giáo dục, phổ biến tri thức khoa học đối với khách tham quan. Nếu như ở trưng bày cố định, một số nội dung còn thể hiện khái quát thì ở trưng bày chuyên đề có tính nghiên cứu chuyên sâu theo từng vùng, miền hay từng khía cạnh của một vấn đề cụ thể nào đó. Trưng bày cố định đôi khi không đáp ứng được do hạn chế về diện tích có sẵn cũng như tính nhất quán trong toàn bộ hệ thống trưng bày, không thể phá vỡ để trưng bày thêm và trưng bày chuyên đề bổ sung mặt hạn chế đó. Chính vì hiểu rõ được điều đó, nên từ 25 năm 2001 đến nay, mặc dù Bảo tàng đang trong giai đoạn xây dựng nhưng công tác trưng bày chuyên đề không vì thế mà ngưng hoạt động, trái lại còn được chủ trương đẩy mạnh để thu hút khách tham quan.
Tính từ 2005 đến nay một số chuyên đề hoạt động rất có hiệu quả có thể kể đến đó là: “Chất độc da cam trong chiến tranh Việt Nam” của phóng viên Nakamura (Nhật Bản), từ 05/01 đến 08/11/2002. “Sách và hồi kí về cuộc kháng chiến chống xâm lược của nhân dân Việt Nam”, từ 19/01 đến 21/02/2001. “Vĩ tuyến 17 - Những dấu ấn về tội ác chiến tranh”, từ 20/07 đến 21/08/2001. “Tội ác Mỹ - Ngụy tại nhà lao Tân Hiệp, Biên Hòa”, từ 17/05 đến 14/07/2002.
“Chứng tích bom mìn ở Quảng Trị”, từ 28/11/2003 đến 26/02/2004. “Tranh kí ức chiến tranh”, từ 15/01 đến 20/02/2004. “Phải sống”, từ 10 đến 20/08/2004. “Mẫu tượng trung tâm - mẫu phù điêu về BTCTCT”, từ 15/01 đến 20/02/2005.
Tranh thiếu nhi “Chiến tranh và hòa bình”, từ 31/08 đến 30/09/2005. “Hà Nội ngày ấy bây giờ”, từ 10 đến 12/2010 [4:112]. Hiện nay, Bảo tàng đang có 04 bộ trưng bày chuyên đề thu hút khách tham quan đó là: Tội ác ở nhà tù Phú Quốc: trưng bày các hình ảnh về sự tra tấn dã man, hậu quả để lại trên thân thể người tù tại nhà lao Phú Quốc. Ngoài ra, ở đây còn trưng bày 2 ngăn chuồng cọp bằng thép gai (hiện vật phục chế): ngăn nhỏ cao 0.8m và ngăn lớn cao 0.
Chuyên đề này, được bắt đầu từ 04/2010 và theo thường lệ mỗi chuyên đề chỉ trưng bày từ 01 đến 03 tháng. Song, do tính chất của chuyên đề này thu hút được rất nhiều người xem từ khi trưng bày đến nay nên Bảo tàng quyết định giữ lại để bổ sung thêm cho phần “nạn nhân chế độ lao tù”. Tranh thiếu nhi “Chiến tranh và Hòa bình” được tổ chức triển lãm hàng năm. Bộ trưng bày này tập hợp 40 tranh thiếu nhi đã được chọn lọc từ 960 tranh thu được từ cuộc thi Nét vẽ xanh lần thứ 13 mà Bảo tàng đã phối hợp cùng với Thư viện tổng 26 hợp tổ chức năm 2010.
Trưng bày được bắt đầu từ 01/12/2010 nhân dịp chào mừng Tết dương lịch, Tết nguyên đán. Chuyên đề “Điện Biên Phủ ngày ấy – bây giờ” được trưng bày từ ngày 28/4/2014, nhằm giới thiệu đến khách tham quan những hình ảnh về Điện Biên Phủ trong những năm tháng chiến tranh qua những bức ảnh được chụp bởi phóng viên chiến trường người Pháp, chuyên đề cũng đặc biệt nhấn mạnh sự hồi sinh trên mảnh đất Điện Biên Phủ sau chiến tranh. Triển lãm nhằm kỷ niệm 60 năm chiến thắng Điện Biên Phủ 7/5/1954 – 7/5/ 2014. Ở mức độ nào đó thì chính các trưng bày chuyên đề đã tạo sự mới mẻ, sinh động và hỗ trợ đắc lực cho nội dung trưng bày cố định.
Ở BTCTCT, trưng bày chuyên đề ngắn hạn còn được coi là bước đầu “thử nghiệm” các “sản phẩm” mới, từng bước thăm dò nhu cầu khách tham quan để lựa chọn, bổ sung vào trưng bày cố định như ở chuyên đề: “Việt Nam chiến tranh và hòa bình” của Ishikawa Bunyo, “Hồi niệm về chiến tranh Việt Nam” của 134 phóng viên ảnh nước ngoài đã chết ở chiến trường Việt Nam… Triển lãm chuyên đề “Kỷ vật Mậu Thân 1968” năm 2013, Ký họa kháng chiến năm 2013, chuyên đề tranh thiếu nhi “Khát vọng hòa bình” năm 2013, chuyên đề Tranh cổ động “Khát vọng hòa bình” năm 2014, triển lãm chuyên đề “Điện Biên Phủ ngày ấy - bây giờ” năm 2014… Tóm lại, trưng bày là phương tiện quan trọng nhất để bảo tàng - di tích tự giới thiệu về mình với công chúng tạo cơ sở thực hiện công tác giáo dục. BTCTCT đã có những cố gắng lớn về đầu tư, xây dựng các chuyên đề phù hợp với loại hình để khai thác tính đặc thù của mình. Bảo tàng lựa chọn đưa tư liệu, hiện vật tiêu biểu, nhờ đó sẽ tránh được sự trùng lắp trong trưng bày với các bảo tàng khác, tạo nên sự hấp dẫn riêng. Chính điều này đã tạo nên điểm nhấn thu hút khách tham quan khắp nơi đến với Bảo tàng.
Triển lãm lưu động Trong bảo tàng vai trò của trưng bày chuyên đề và trưng bày cố định là rất quan trọng. Song, trên thực tế những trưng bày này chỉ phục vụ cho khách tham 27 quan có điều kiện đến với bảo tàng. Với những người chưa có điều kiện đến với bảo tàng thì việc được thưởng thức sản phẩm bảo tàng đối với họ trở nên quá xa xôi. Trong điều kiện đó, triển lãm lưu động là hình thức tự nhiên, năng động và mang lại nhiều hiệu quả hơn, nhằm đưa các trưng bày của bảo tàng đến với công chúng, tạo điều kiện cho người dân nhất là người dân ở ngoại thành, vùng sâu, vùng xa không có cơ hội để tiếp cận, hưởng thụ văn hóa để nâng cao dân trí.