Đặt vấn đề Theo Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), sốt xuất huyết Dengue đang là mối lo ngại đối với sức khỏe cộng đồng toàn cầu. Báo cáo cho thấy số ca mắc đã tăng từ 500000 lên 5,2 triệu ca từ năm 2000 đến 2019 tại 80 quốc gia/ vùng lãnh thổ. Cũng theo Bộ Y tế, Việt Nam là quốc gia mà sốt xuất huyết lưu hành quanh năm, chỉ riêng từ tháng 1 đến tháng 8 năm 2023 ghi nhận có 66386 ca mắc và 14 ca tử vong tại Việt Nam. Dự kiến trong tương lai tỷ lệ người bệnh do virus Dengue gây ra sẽ còn tăng lên bởi ảnh hưởng của biến đổi khí hậu và quá trình đô thị hóa nhanh chóng.
Virus sốt xuất huyết (DENV) thuộc họ Flaviviridae, chi Flavivirus, lây truyền sang người bởi muỗi Aedes, chủ yếu là Aedes aegypti (Martina Byron và ctv, 2009). DENV được phân chia thành bốn type virus (DENV-1, DENV-2, DENV-3 và DENV-4) va mỗi type được phân chia thành các kiêu gene khác nhau (Yenamandra và ctv, 2021). DENV- 1 bao gồm năm kiểu gene (I, II, II, IV và V), DENV-2 được chia thành sáu kiểu gene (Asian I, Asian II, Cosmopolitan, American, American/Asian và Sylvatic), năm kiéu gene đã được xác định cho DENV-3 (I, II, III, IV và V) và bốn kiểu gene DENV-4 (L, IL, II, Sylvatic) (Dieng va ctv, 2021). Khi nhiễm một chủng DENV sẽ tạo ra kháng thé đối với type virus đó nhưng không có khả năng miễn dịch chống lại các type virus còn lại.
Vì vậy, những người sống trong vùng lưu hành dịch bệnh có thể nhiễm từ một đến cả bốn chủng DENV trong suốt cuộc đời (Gubler, 1998). Có thể thấy kiểu gene phân bồ rất đa dạng và việc xuất hiện biến thể mới là điều rất đễ xảy ra trong tương lai đới RNA virus, điều này làm cho việc phòng ngừa và điều trị trở nên phức tạp hơn. Mặt khác, đến thời điểm hiện tại vaccine phòng ngừa sốt xuất huyết Dengue chưa được công nhận và phố biến rộng rãi vì việc phát triển ra loại vaccine an toàn và hiệu quả đề có thể đáp ứng được với cả bốn chủng DENV vẫn còn là một thách thức rất lớn (Nemirov và ctv, 2023; Thomas, 2023). Vì vay, thực hiện giải trình tự gene virus gop phan phục vu cho việc giám sát dich té hoc, phát hiện sự biến đôi cấu trúc bộ gene từ đó giúp ích cho công trình nghiên cứu và sản xuất vaccine.
Giải trình tự thế hệ mới (NGS) là phương pháp dùng đề xác định trình tự DNA và RNA. Trong một lần thực hiện, NGS có thé phân tích lên đến hàng triệu đoạn gene hoặc toàn bộ bộ gene ở khoảng thời rất ngắn. Điều này giúp tối ưu hóa thời gian và chi phí thực hiện thí nghiệm so với công nghệ ra truyền thống Sanger (Qin, 2019). Mặc dù sở hữu hiệu suất cao nhưng NGS vẫn đảm bảo đữ liệu thu được là chính xác và tin cậy nhờ có hệ thống quản lý chất lượng Quality Control (QC).
QC cho phép kiểm soát từ bước chuẩn bị đầu vào, phân tích dit liệu đầu ra và cho đến kết quả cuối cùng (Nietsch va ctv, 2016). Đặc biệt, công nghệ giải trình tự Nanopore còn có những lợi thế vượt trội hơn vì đây công nghệ giải trình tự đoạn dài lên đến 4 Mb, điều này khắc phục được những khuyết điểm so với công nghệ giải trình tự đoạn ngắn. Hơn hết, thiết bị sử dụng cho công nghệ này rất nhỏ gọn nên có thê đễ đàng đi chuyển đến những vùng lưu hành dịch bệnh. Nhờ những ưu điểm trên nên mặc dù tôn tại nhiều thế hệ giải trình tự khác nhau nhưng NGS vẫn mang lại tiềm năng và giá trị rất lớn.