Xây Dựng Quy Trình Giải Trình Tự Gene Virus Dengue Sử Dụng Công Nghệ Nanopore

• Tác giả: Nguyen Minh Thi
• Người hướng dẫn: TS. Đào Huy Mạnh
• Trường học: Trường Đại Học Nông Lâm
• Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học
• Đề tài: Bước Đầu Xây Dựng Quy Trình Giải Trình Tự Gene Virus Dengue Sử Dụng Công Nghệ Nanopore
• Loại tài liệu: khóa luận tốt nghiệp
• Năm xuất bản: 2024
• Địa điểm: Thủ Đức

• LỜI CẢM ƠN
• XÁC NHẬN VÀ CAM ĐOAN
• TÓM TẮT
• ABSTRACT
• MỤC LỤC
• 1. CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ
• 1.1. Mục tiêu đề tài
• 1.2. Nội dung thực hiện
• 2. CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 2.1. Sốt Dengue và sốt xuất huyết Dengue
• 2.2. Phân biệt sốt Dengue và sốt xuất huyết Dengue
• 2.3. Giới thiệu
• 2.4. Tình hình dịch bệnh
• 2.4.1. Tình hình thế giới và châu Á
• 2.4.2. Tình hình Việt Nam và khu vực phía Nam
• 2.5. Phương pháp nghiên cứu
• 3. CHƯƠNG 3: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP
• 3.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu
• 3.2. Vật liệu nghiên cứu
• 3.2.1. Nguồn gốc mẫu thí nghiệm
• 3.3. Phương pháp nghiên cứu
• 3.3.1. Kiểm tra chất lượng mẫu đầu vào bằng phương pháp Realtime PCR
• 3.3.2. Tách chiết RNA
• 3.3.3. Chuẩn bị thư viện cho giải trình tự
• 3.3.4. Kiểm tra in silico trình tự primer cho giải trình tự Dengue
• 3.3.5. Loại DNA Vựnn
• 3.3.6. Tổng hợp dsDNA
• 3.3.7. Phân tích kết quả giải trình tự
• 4. CHƯƠNG 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 4.1. Kiểm tra mẫu huyết thanh đầu vào bằng phương pháp Realtime PCR
• 4.2. Chuẩn bị thư viện và giải trình tự trên hệ thống Nanopore
• 4.3. Kiểm tra in silico trình tự các cặp primer
• 4.4. Kết quả giải trình tự
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

I. Tổng Quan Về Quy Trình Giải Trình Tự Gene Virus Dengue

Virus Dengue là một trong những nguyên nhân chính gây ra sốt xuất huyết, một bệnh truyền nhiễm nghiêm trọng. Việc xây dựng quy trình giải trình tự gene virus Dengue sử dụng công nghệ Nanopore không chỉ giúp xác định các biến thể của virus mà còn hỗ trợ trong việc phát triển vaccine hiệu quả. Công nghệ giải trình tự thế hệ mới này cho phép phân tích nhanh chóng và chính xác bộ gene của virus, từ đó cung cấp dữ liệu quan trọng cho việc giám sát dịch tễ học.

1.1. Giới Thiệu Về Virus Dengue Và Tác Động Của Nó

Virus Dengue thuộc họ Flaviviridae, lây truyền qua muỗi Aedes. Bệnh sốt xuất huyết Dengue có thể gây ra các triệu chứng nghiêm trọng, ảnh hưởng đến sức khỏe cộng đồng. Việc hiểu rõ về virus này là cần thiết để phát triển các biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

1.2. Công Nghệ Nanopore Trong Giải Trình Tự Gene

Công nghệ Nanopore cho phép giải trình tự DNA và RNA với độ dài đoạn đọc lớn, giúp khắc phục những hạn chế của các phương pháp truyền thống. Điều này mang lại lợi thế lớn trong việc phân tích các biến thể của virus Dengue.

II. Thách Thức Trong Việc Giải Trình Tự Gene Virus Dengue

Mặc dù công nghệ giải trình tự gene hiện đại mang lại nhiều lợi ích, nhưng vẫn tồn tại nhiều thách thức trong quá trình thực hiện. Chất lượng mẫu, độ chính xác của các cặp mồi và quy trình thao tác đều có thể ảnh hưởng đến kết quả cuối cùng. Việc đảm bảo các yếu tố này là rất quan trọng để thu được dữ liệu chính xác.

2.1. Chất Lượng Mẫu Và Tác Động Đến Kết Quả

Chất lượng mẫu là yếu tố quyết định trong việc giải trình tự gene. Các mẫu có giá trị Ct < 28 thường cho kết quả tốt hơn. Việc kiểm tra chất lượng mẫu đầu vào bằng phương pháp Realtime PCR là cần thiết để đảm bảo độ tin cậy của dữ liệu.

2.2. Độ Chính Xác Của Các Cặp Mồi

Việc lựa chọn các cặp mồi đặc hiệu cho từng type virus Dengue là rất quan trọng. Các cặp mồi không chính xác có thể dẫn đến việc không thu được trình tự gene mong muốn, ảnh hưởng đến độ phủ và chất lượng dữ liệu.

III. Phương Pháp Giải Quyết Vấn Đề Trong Quy Trình Giải Trình Tự

Để khắc phục các thách thức trong quy trình giải trình tự gene virus Dengue, cần áp dụng các phương pháp tối ưu hóa. Việc chuẩn bị thư viện mẫu, kiểm tra in-silico và xử lý dữ liệu thô là những bước quan trọng trong quy trình này.

3.1. Chuẩn Bị Thư Viện Mẫu Đúng Cách

Chuẩn bị thư viện mẫu với nồng độ phù hợp là bước quan trọng để đảm bảo kết quả giải trình tự chính xác. Việc sử dụng các phương pháp tách chiết RNA hiệu quả sẽ giúp nâng cao chất lượng mẫu đầu vào.

3.2. Kiểm Tra In Silico Trình Tự Primer

Kiểm tra in-silico các cặp primer giúp xác định tính đặc hiệu và khả năng bắt cặp với các type virus Dengue. Điều này giúp tối ưu hóa quy trình và nâng cao độ chính xác của kết quả.

IV. Ứng Dụng Thực Tiễn Của Quy Trình Giải Trình Tự Gene

Quy trình giải trình tự gene virus Dengue sử dụng công nghệ Nanopore không chỉ giúp xác định các biến thể virus mà còn cung cấp dữ liệu cho việc giám sát dịch tễ học. Kết quả nghiên cứu có thể hỗ trợ trong việc phát triển vaccine và các biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

4.1. Đánh Giá Kết Quả Giải Trình Tự

Kết quả giải trình tự cho thấy 6 trên 7 mẫu đạt yêu cầu với độ phủ ngang cao. Điều này chứng tỏ quy trình đã được tối ưu hóa và có thể áp dụng rộng rãi trong nghiên cứu virus Dengue.

4.2. Tác Động Đến Nghiên Cứu Và Phát Triển Vaccine

Dữ liệu thu được từ quy trình giải trình tự gene có thể cung cấp thông tin quan trọng cho việc phát triển vaccine phòng ngừa sốt xuất huyết Dengue. Điều này giúp nâng cao hiệu quả trong công tác phòng chống dịch bệnh.

V. Kết Luận Và Tương Lai Của Quy Trình Giải Trình Tự Gene Virus Dengue

Việc xây dựng quy trình giải trình tự gene virus Dengue sử dụng công nghệ Nanopore là một bước tiến quan trọng trong nghiên cứu và giám sát dịch tễ học. Tương lai của quy trình này hứa hẹn sẽ mang lại nhiều giá trị cho công tác phòng chống dịch bệnh.

5.1. Tương Lai Của Công Nghệ Giải Trình Tự

Công nghệ giải trình tự gene sẽ tiếp tục phát triển, mang lại nhiều cơ hội mới trong việc nghiên cứu virus và các bệnh truyền nhiễm. Việc áp dụng công nghệ mới sẽ giúp nâng cao hiệu quả trong công tác phòng chống dịch bệnh.

5.2. Định Hướng Nghiên Cứu Trong Tương Lai

Nghiên cứu về virus Dengue sẽ tiếp tục được mở rộng, với mục tiêu phát triển các biện pháp phòng ngừa và điều trị hiệu quả hơn. Việc giải trình tự gene sẽ đóng vai trò quan trọng trong việc theo dõi sự biến đổi của virus.