Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Lúa gạo (Oryza sativa L.) là cây lương thực chủ lực cung cấp nguồn sống cho hơn 50% dân số toàn cầu, đồng thời đóng vai trò then chốt trong xuất khẩu nông sản mang lại nguồn thu ngoại tệ cho Việt Nam. Trong các yếu tố cấu thành năng suất lúa, cấu trúc bông lúa là một tính trạng hình thái phức tạp quyết định trực tiếp đến tiềm năng số hạt và độ phân nhánh của bông. Việc khai thác các biến dị di truyền tự nhiên liên quan đến cấu trúc bông lúa nhằm cải tiến năng suất các giống lúa thuần chất lượng cao là một hướng nghiên cứu trọng điểm.

Thông qua phương pháp phân tích liên kết trên toàn hệ gen (GWAS) trên tập đoàn 159 giống lúa bản địa Việt Nam, nhóm nghiên cứu "Cấu trúc bông lúa" thuộc Viện Di truyền Nông nghiệp đã phát hiện một locus tính trạng số lượng mới mang tên QTL9. Locus này nằm trên nhiễm sắc thể số 2, liên kết đồng thời với hai tính trạng cấu trúc bông là số gié thứ cấp/bông và số hạt/bông. Nhằm đặt nền móng cho việc đưa locus này vào các giống lúa thuần chất lượng, đề tài khóa luận "Nghiên cứu tạo vật liệu mang QTL9 liên quan đến cấu trúc bông lúa" được thực hiện trong khuôn khổ đề tài nghiên cứu khoa học tiềm năng cấp bộ.

Mục tiêu và nhiệm vụ nghiên cứu của đề tài được xác định cụ thể:

  1. Mục đích: Tạo nguồn vật liệu mang QTL9 liên quan đến cấu trúc bông lúa phục vụ công tác cải tiến năng suất các giống lúa chất lượng ở Việt Nam.
  2. Yêu cầu:
    • Tạo quần thể lai mang QTL9 liên quan đến cấu trúc bông lúa.
    • Chọn lọc các cây lai mang QTL9 bằng chỉ thị phân tử CAPS.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

  • Đối tượng: 13 giống lúa, trong đó có 12 giống lúa năng suất và chất lượng thu thập tại các vùng sản xuất lúa chính (Hà Nội, Nam Định, Bắc Ninh) gồm Bắc Thơm 7 (BT7), Bắc Thơm 7 kháng bạc lá (BT7KBL), NPT5, NB01, CNC11, Hà Phát 3 (HP3), QK10, Q5, Hương Việt (HV), ST25, ĐH12, Hẻo tía; cùng 1 giống lúa bản địa thuộc tập đoàn GWAS là Khẩu Nam Rinh (G189) mang QTL9 haplotype 2.
  • Thời gian nghiên cứu: Từ tháng 10 năm 2021 đến tháng 5 năm 2022, trải qua vụ Mùa 2021 (tiến hành lai tạo các thế hệ F1, BC1F1, BC2F1) và vụ Xuân 2022 (gieo trồng cây lai và sàng lọc kiểu gen bằng chỉ thị phân tử).
  • Địa điểm: Nhà lưới và Phòng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ tế bào thực vật, Viện Di truyền Nông nghiệp, phối hợp cùng Phòng thí nghiệm liên kết Việt Pháp (LMI RICE 2).

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khung lý thuyết của đề tài dựa trên di truyền học phân tử và chọn giống cây trồng hiện đại, tập trung vào các yếu tố cấu thành năng suất lúa (số bông/khóm, số hạt/bông, tỷ lệ hạt chắc và khối lượng 1000 hạt). Cấu trúc bông lúa được hình thành qua hoạt động của mô phân sinh trục bông và mô phân sinh gié, chịu sự điều hòa của mạng lưới gen như LAX1, TAW1, APO1, APO2, LOG, DEP1, Gn1a. Tại vùng QTL9 (độ dài khoảng 780 kb, chứa 137 gen trên nhiễm sắc thể số 2), các nghiên cứu trước đó đã xác định 6 gen mã hóa mô-típ Ankyrin (ANK) biểu hiện tương phản giữa hai haplotype bông nhỏ (H1) và bông to (H2), đặc biệt là gen ANK1 và ANK2.

Phương pháp chọn giống được áp dụng là chọn giống nhờ chỉ thị phân tử kết hợp lai trở lại (Marker-Assisted Backcrossing - MABC). Chỉ thị phân tử CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences) được sử dụng để phân biệt kiểu gen đồng hợp và dị hợp dựa trên tính di truyền đồng trội. Ba chỉ thị CAPS (CAPS 1, CAPS 5, CAPS 11) bao phủ vùng QTL9 được thiết kế dựa trên các đột biến đa hình đơn nucleotide (SNP) nằm tại vị trí nhận biết của các enzyme cắt giới hạn:

Tên chỉ thị Trình tự mồi (5' - 3') Enzyme cắt giới hạn Kích thước sản phẩm PCR Kích thước băng cắt alen H1 (G6) Kích thước băng cắt alen H2 (G189)
CAPS 1 F: CTCCACCATGAATAACCTGCA
R: CTCCAGCATCTCACCCTCTC
SacI (vị trí GAGCTC; SNP G/A) 357 bp 134 bp + 223 bp 357 bp (không cắt)
CAPS 5 F: GGATTAGCTCCCTACCACGC
R: GGCAGCATCAGCAAGCATAC
EcoRV (vị trí GATATC; SNP A/T) 1037 bp 394 bp + 643 bp 1037 bp (không cắt)
CAPS 11 F: ATGCATTGAGAGGGACCTTG
R: TGGATTGCATGGTTTAGCTG
DraI (vị trí TTTAAA; SNP T/A) 898 bp 226 bp + 333 bp + 339 bp 339 bp + 559 bp

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm bao gồm:

  • Kỹ thuật lai lúa: Lai bằng phương pháp cắt vỏ trấu trong nhà lưới vào vụ Mùa 2021. Khử đực vào giai đoạn đòng già sắp trỗ (giữ lại 3/5 số hoa ở giữa bông, cắt chóp hoa và gắp nhị), thụ phấn bổ sung bằng cách rũ hạt phấn của cây bố lên hoa mẹ, cách ly bằng bao giấy, sấy hạt lai ở 40°C trong 3 ngày sau khi thu hoạch (25-30 ngày sau thụ phấn).
  • Tách chiết DNA: Sử dụng phương pháp CTAB cải tiến của Doyle (1991) từ lá non 20 ngày tuổi nghiền trong nitơ lỏng; kiểm tra nồng độ và độ sạch bằng máy quang phổ Nanodrop 8000; kiểm tra độ nguyên vẹn trên gel agarose 1%.
  • Phản ứng PCR: Thực hiện phản ứng PCR thể tích 10 µl sử dụng GoTaq Flexi Buffer, chu trình nhiệt 35 chu kỳ với nhiệt độ gắn mồi 57°C trong 30 giây.
  • Cắt sản phẩm PCR bằng enzyme giới hạn: Phản ứng 20 µl với 10 µl sản phẩm PCR, ủ qua đêm ở 37°C với các enzyme SacI, EcoRV, hoặc DraI.
  • Phân tích điện di: Chạy sản phẩm cắt trên gel agarose với dung dịch đệm TAE 0,5X và chất nhuộm Red safe trong 30 phút; dùng thang chuẩn Gene Ruler 1kb và Low Range DNA Ladder để đọc băng dưới ánh sáng tử ngoại (UV).

Nội dung chính theo từng chương

Tổng quan tài liệu

Chương này tổng thuật toàn diện cơ sở khoa học về nguồn gốc cây lúa (Oryza sativa L.), các trung tâm phát sinh và các yếu tố cấu thành năng suất hạt. Tác giả phân tích cấu trúc giải phẫu học của bông lúa qua các bậc phân nhánh (trục chính, gié sơ cấp, gié thứ cấp, gié tam cấp) và cơ chế phân chia của mô phân sinh đỉnh chồi nách. Văn bản hệ thống hóa các phát hiện di truyền quốc tế về mạng lưới gen điều khiển cấu trúc bông như LAX1, SPA, Gn1a, SP1, DEP1, DEP2, yd7. Tiếp đó, tác giả tập trung vào các kết quả nghiên cứu trong nước: công bố GWAS năm 2018 của Tạ Kim Nhung và cộng sự xác định 29 QTLs trên 159 giống lúa bản địa, trong đó QTL9 trên nhiễm sắc thể số 2 kiểm soát cả số gié thứ cấp/bông và số hạt/bông; công bố năm 2021 của Khổng Ngân Giang và cộng sự về hai gen ứng viên ANK1, ANK2; cùng dữ liệu phát triển 3 chỉ thị CAPS của Phạm và cộng sự (2020) dựa trên 12 SNPs nằm trong vị trí cắt giới hạn từ tập hợp 1002 SNPs giải trình tự thế hệ mới (NGS). Chương 1 cũng trình bày kết quả phân loại 19 giống lúa Việt Nam thành hai nhóm mang haplotype 1 (12 giống bông nhỏ) và haplotype 2 (5 giống bông to) thông qua phần mềm phân tích hình ảnh P-TRAP.

Vật liệu, nội dung và phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả chi tiết đặc tính nông học, thời gian sinh trưởng, khả năng chống chịu sâu bệnh và nguồn gốc thu thập của 13 giống lúa bố mẹ. Bộ giống được phân hóa thành nhóm nhận mang haplotype 1 (Bắc Thơm 7, BT7KBL, CNC11, Hà Phát 3, Q5, Hương Việt, ST25) và nhóm cho mang haplotype 2 (NPT5, NB01, QK10, ĐH12, G189, Hẻo tía). Các bước thao tác kỹ thuật được chuẩn hóa thành hai nội dung chính: (1) Tạo các quần thể lai F1, BC1F1, BC2F1 bằng phương pháp cắt vỏ trấu; (2) Quy trình sinh học phân tử từ tách chiết DNA lá non bằng CTAB, đo chỉ số quang phổ A260/A280 và A260/A230, chạy phản ứng PCR khuếch đại 3 phân đoạn chỉ thị CAPS, ủ enzyme cắt giới hạn ở 37°C qua đêm và điện di kiểm tra kích thước các đoạn phân cắt.

Kết quả và thảo luận

Chương 3 trình bày các số liệu thực nghiệm thu được từ quá trình lai tạo và sàng lọc kiểu gen:

  • Về tạo nguồn vật liệu: Vụ Mùa năm 2021 đã thực hiện 10 tổ hợp lai, thu hoạch được tổng cộng 426 hạt lai phân bố ở 3 thế hệ: 1 cặp lai BC2F1 thu 47 hạt; 4 cặp lai BC1F1 thu 136 hạt; 5 cặp lai F1 thu 243 hạt.
  • Về tách chiết DNA: DNA tổng số của các dòng lai đạt chất lượng cao với nồng độ biến thiên từ 200 đến 2198 ng/µl; tỷ lệ A260/A280 đạt từ 1,82 đến 1,90 (loại sạch protein); tỷ lệ A260/A230 đạt từ 2,00 đến 2,22 (loại sạch muối và polyphenol). Điện di kiểm tra tính toàn vẹn cho thấy các băng DNA tổng số sắc nét, không bị đứt gãy.
  • Về phân tích kiểu gen thế hệ F1: Đánh giá 35 cây từ 5 cặp lai bằng 3 chỉ thị CAPS. Cặp lai Hẻo tía x ĐH12 thu được 1 cây lai dị hợp thực sự trên 4 cây đánh giá (tỷ lệ 25%). Bốn cặp lai còn lại (CNC11 x QK10, ST25 x G189, Q5 x QK10, HV x QK10) không thu được cây F1 dị hợp nào do cây con mang kiểu gen tự thụ của mẹ; tỷ lệ tạo cây lai F1 chung đạt 2,86%. Tác giả giải thích nguyên nhân do lai trái vụ trong vụ Mùa 2021 kết hợp với sự bất tương hợp di truyền giữa các giống bố mẹ.
  • Về phân tích kiểu gen thế hệ BC1F1: Đánh giá 46 cây từ 4 cặp lai, phát hiện 7 cây lai dị hợp (tỷ lệ 15,22%), bao gồm: BT7 x F1(NPT5) được 2 cây/18 cây; BT7KBL x F1(NB01) được 3 cây/15 cây; BT7 x F1(QK10) được 1 cây/5 cây; HP3 x F1(NPT5) được 1 cây/8 cây.
  • Về phân tích kiểu gen thế hệ BC2F1: Đánh giá 19 cây thuộc tổ hợp lai BT7 x BC1F1(NPT5), xác định được 9 cây mang kiểu gen dị hợp ở cả 3 chỉ thị CAPS 1, CAPS 5 và CAPS 11, đạt tỷ lệ đậu hạt lai 47,36%. Tỷ lệ đậu hạt lai ổn định ở mức 43 - 47,36% qua ba thế hệ F1, BC1F1, BC2F1 chứng minh tính tương hợp di truyền cao giữa giống Bắc Thơm 7 và giống NPT5.

Kết quả và đóng góp

Nghiên cứu đã hoàn thành việc lai tạo 10 tổ hợp lai trong vụ Mùa 2021 và thu nhận số lượng hạt lai cụ thể cho từng cặp lai:

STT Thế hệ Tổ hợp lai Số hạt lai thu được Số cây đưa vào đánh giá CAPS Số cây dị hợp xác định Tỷ lệ cây lai dị hợp (%)
1 BC2F1 BT7 x BC1F1(NPT5) 47 19 9 47,36%
2 BC1F1 BT7 x F1(NPT5) 80 18 2 11,11%
3 BC1F1 BT7KBL x F1(NB01) 21 15 3 20,00%
4 BC1F1 BT7 x F1(QK10) 20 5 1 20,00%
5 BC1F1 HP3 x F1(NPT5) 15 8 1 12,50%
6 F1 CNC11 x QK10 92 4 0 0,00%
7 F1 ST25 x G189 54 4 0 0,00%
8 F1 Q5 x QK10 46 15 0 0,00%
9 F1 HV x QK10 67 8 0 0,00%
10 F1 Hẻo tía x ĐH12 9 4 1 25,00%
Tổng 10 tổ hợp lai 426 100 17 17,00%

Giải pháp và hướng xử lý tác giả đề xuất:

  • Các cây tự thụ thuộc các cặp lai F1 không đạt yêu cầu tiếp tục được duy trì, chăm sóc tại nhà lưới để làm cây mẹ phục vụ cho các đợt lai bổ sung tiếp theo.
  • Toàn bộ 1 cây F1 dị hợp (Hẻo tía x ĐH12), 7 cây BC1F1 dị hợp và 9 cây BC2F1 dị hợp được đưa ra trồng và chăm sóc ngoài đồng ruộng để theo dõi, đánh giá kiểu hình nông học.
  • Sử dụng các cá thể dị hợp BC2F1 của cặp BT7 x BC1F1(NPT5) để tiếp tục lai trở lại với cây mẹ Bắc Thơm 7 nhằm tạo thế hệ BC3F1 và BC3F2 phục vụ việc chọn dòng thuần ưu tú.

Đóng góp của nghiên cứu:

  • Tạo lập thành công nguồn vật liệu lai mang đoạn nhiễm sắc thể chứa QTL9 trên nền di truyền của các giống lúa thuần chất lượng cao phổ biến tại miền Bắc (Bắc Thơm 7, BT7KBL, Hà Phát 3).
  • Minh chứng tính khả thi và độ chính xác của bộ ba chỉ thị phân tử CAPS (CAPS 1, 5, 11) trong việc phát hiện sớm cá thể dị hợp mang alen mục tiêu ở giai đoạn mạ (20 ngày tuổi), giúp loại bỏ các cây tự thụ mà không cần chờ đến khi cây trỗ bông.
  • Xác định được cặp bố mẹ BT7 và NPT5 có độ tương hợp di truyền cao, duy trì tỷ lệ con lai dị hợp ổn định qua nhiều thế hệ lai hồi giao liên tiếp.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Khóa luận chỉ rõ các hạn chế phát sinh trong quá trình thực hiện:

  • Tỷ lệ đậu hạt lai thực tế ở thế hệ F1 (2,86%) và BC1F1 (15,22%) trong vụ Mùa 2021 thấp hơn nhiều so với các vụ lai trước đó (vụ Xuân 2021 từng đạt 25,69% ở F1 và 46,51% ở BC1F1). Bốn tổ hợp lai F1 không thu được bất kỳ cá thể lai dị hợp nào. Nguyên nhân được xác định là do ảnh hưởng bất lợi của điều kiện ngoại cảnh khi lai trái vụ vào vụ Mùa kết hợp với hiện tượng bất tương hợp di truyền ở một số cặp lai xa.
  • Nghiên cứu mới dừng lại ở bước sàng lọc kiểu gen bằng chỉ thị phân tử ở thế hệ cây non, chưa có số liệu đánh giá kiểu hình cấu trúc bông thực tế ngoài đồng ruộng của các thế hệ con lai do giới hạn thời gian thực hiện đề tài.

Hướng nghiên cứu tiếp theo được văn bản đề cập:

  • Trồng và theo dõi kiểu hình cấu trúc bông (chiều dài bông, số gié sơ cấp, số gié thứ cấp, số hạt/bông) của 17 cây lai dị hợp (1 cây F1, 7 cây BC1F1, 9 cây BC2F1) ngoài đồng ruộng.
  • Tiếp tục thực hiện các phép lai hồi giao thế hệ BC2F1 dị hợp với cây mẹ BT7 để thu nhận thế hệ BC3F1, sau đó cho tự thụ tạo quần thể BC3F2 nhằm chọn lọc các dòng triển vọng vừa mang đặc tính chất lượng của giống mẹ vừa có năng suất cao nhờ QTL9.

Giá trị tham khảo

Khóa luận là tài liệu tham khảo hữu ích cho sinh viên, học viên cao học và cán bộ nghiên cứu thuộc các chuyên ngành Công nghệ sinh học thực vật, Di truyền và Chọn giống cây trồng:

  • Cung cấp quy trình thực hành chuẩn về kỹ thuật lai lúa bằng phương pháp cắt vỏ trấu, từ thao tác khử đực, thụ phấn đến cách ly và bảo quản hạt lai.
  • Cung cấp bộ thông số kỹ thuật chi tiết của phản ứng PCR-RFLP/CAPS (trình tự mồi, thành phần phản ứng, chu trình nhiệt, điều kiện cắt enzyme SacI, EcoRV, DraI) phục vụ công tác giám định kiểu gen lúa.
  • Là tài liệu mẫu về ứng dụng quy trình chọn giống nhờ chỉ thị phân tử kết hợp lai trở lại (MABC) trong việc chuyển nạp một QTL kiểm soát tính trạng năng suất vào các giống lúa thuần bản địa.

Câu hỏi thường gặp

Locus QTL9 được xác định từ nguồn vật liệu nào và nằm ở vị trí nào trên hệ gen lúa?

QTL9 được phát hiện thông qua nghiên cứu phân tích liên kết toàn hệ gen (GWAS) trên tập đoàn 159 giống lúa bản địa thu thập tại 24 tỉnh thành của Việt Nam (theo công bố của Tạ Kim Nhung và cộng sự, 2018). Locus này nằm trên nhiễm sắc thể số 2, có độ dài khoảng 780 kb, chứa 9 SNPs và bao gồm 137 gen liên kết đồng thời với hai tính trạng số gié thứ cấp/bông và số hạt/bông.

Ba chỉ thị CAPS sử dụng trong khóa luận nhận biết các enzyme cắt giới hạn nào?

Ba chỉ thị CAPS bao phủ vùng QTL9 gồm:

  • CAPS 1: nhận biết vị trí cắt của enzyme SacI (chứa SNP G/A).
  • CAPS 5: nhận biết vị trí cắt của enzyme EcoRV (chứa SNP A/T).
  • CAPS 11: nhận biết vị trí cắt của enzyme DraI (chứa SNP T/A).

Làm thế nào để phân biệt cây lai dị hợp và cây tự thụ trên gel điện di sau khi cắt enzyme?

Sản phẩm cắt enzyme được nhận diện dựa trên kích thước các băng DNA:

  • Với CAPS 1 (SacI): Cây dị hợp xuất hiện 3 băng (134 bp, 223 bp, 357 bp); cây tự thụ mang alen H1 chỉ có 2 băng (134 bp và 223 bp).
  • Với CAPS 5 (EcoRV): Cây dị hợp xuất hiện 3 băng (394 bp, 643 bp, 1037 bp); cây tự thụ chỉ có 2 băng (394 bp và 643 bp).
  • Với CAPS 11 (DraI): Cây dị hợp xuất hiện 4 băng (226 bp, 333 bp, 339 bp, 559 bp); cây tự thụ chỉ có 3 băng (226 bp, 333 bp, 339 bp).

Tổng số cây lai dị hợp thu được qua kiểm tra bằng chỉ thị CAPS là bao nhiêu?

Qua đánh giá 100 cá thể từ các tổ hợp lai, tác giả đã sàng lọc được 17 cây lai dị hợp thực sự mang QTL9, bao gồm:

  • Quần thể F1: 1 cây thuộc cặp lai Hẻo tía x ĐH12 (trên 35 cây đánh giá).
  • Quần thể BC1F1: 7 cây thuộc 4 cặp lai BT7 x F1(NPT5), BT7KBL x F1(NB01), BT7 x F1(QK10), HP3 x F1(NPT5) (trên 46 cây đánh giá).
  • Quần thể BC2F1: 9 cây thuộc cặp lai BT7 x BC1F1(NPT5) (trên 19 cây đánh giá).

Cặp lai nào cho thấy khả năng tương hợp di truyền và tỷ lệ tạo cây lai cao nhất?

Tổ hợp lai giữa giống Bắc Thơm 7 (BT7) và giống NPT5 cho thấy sự tương hợp di truyền tốt nhất. Tỷ lệ đậu hạt lai của cặp bố mẹ này qua 3 thế hệ lai (F1, BC1F1, BC2F1) đạt mức 43% đến 47,36%, ổn định và cao hơn rõ rệt so với các cặp lai khác trong cùng điều kiện thực nghiệm.

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Hà Thị Phương Thảo đã hoàn thành việc lai tạo 10 tổ hợp lai và xác định được 17 cá thể dị hợp mang QTL9 liên quan đến cấu trúc bông lúa ở các thế hệ F1, BC1F1 và BC2F1 bằng 3 chỉ thị phân tử CAPS. Nghiên cứu đã chứng minh hiệu quả thực tiễn của quy trình chọn giống nhờ chỉ thị phân tử kết hợp lai trở lại (MABC) trong việc kiểm tra kiểu gen giai đoạn sớm, đồng thời phát hiện cặp lai BT7 x NPT5 có độ tương hợp di truyền cao. Đây là nguồn vật liệu khởi đầu có giá trị phục vụ mục tiêu chọn tạo các dòng lúa thuần chất lượng cao có năng suất vượt trội tại Việt Nam.