Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại thành phố Hồ Chí Minh

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• TÓM TẮT
• SUMMARY
• KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN
• 1.1. Tình hình thực phẩm nhiễm Salmonella spp. trên thế giới
• 1.2. Tình hình thực phẩm nhiễm Salmonella spp. tại Việt Nam
• 1.3. Thực trạng sử dụng và tồn dư kháng sinh
• 1.4. Tình hình kháng kháng sinh của Salmonella spp. trên thế giới
• 1.5. Tình hình kháng kháng sinh của Salmonella spp. tại Việt Nam
• 1.6. Đặc điểm sinh học của Salmonella spp.
• 1.6.1. Đặc điểm hình thái
• 1.6.2. Đặc tính nuôi cấy
• 1.6.3. Đặc tính sinh hóa
• 1.7. Hệ gen của Salmonella spp.
• 1.7.1. Cơ chế kháng aminoglycoside của Salmonella spp.
• 1.7.2. Cơ chế kháng β-lactam của Salmonella spp.
• 1.7.3. Cơ chế kháng phenicol của Salmonella spp.
• 1.7.4. Cơ chế kháng quinolone của Salmonella spp.
• 1.7.5. Cơ chế kháng tetracycline của Salmonella spp.
• 1.7.6. Cơ chế kháng sulfonamide/trimethoprim của Salmonella spp.
• 1.8. Tình hình nghiên cứu gen kháng kháng sinh của Salmonella spp.
• 1.9. Yếu tố di truyền di động
• 1.9.1. Integron nhóm 3, 4 và 5
• 1.9.2. Gen cassette
• 2. CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Môi trường nuôi cấy, hóa chất, thuốc thử dùng phân lập Salmonella spp.
• 2.2. Môi trường dùng khảo sát tính nhạy với kháng sinh của Salmonella spp.
• 2.3. Hóa chất sinh học phân tử
• 2.4. Chủng chuẩn vi sinh vật dùng làm kiểm soát
• 2.5. Phương pháp
• 2.5.1. Phương pháp xác định cỡ mẫu
• 2.5.2. Phương pháp lấy và bảo quản mẫu
• 2.5.3. Phương pháp phân lập Salmonella spp.
• 2.5.3.1. Chuẩn bị mẫu thử và huyền phù ban đầu
• 2.5.3.2. Tăng sinh sơ bộ không chọn lọc
• 2.5.3.3. Tăng sinh chọn lọc
• 2.5.4. Phương pháp xác định serovar của Salmonella spp.
• 2.5.5. Khảo sát tính nhạy với kháng sinh của Salmonella spp.
• 2.5.5.1. Lựa chọn kháng sinh thử nghiệm
• 2.5.5.2. Phương pháp xác định tính nhạy với kháng sinh của Salmonella spp.
• 2.5.6. Ly trích DNA của Salmonella spp.
• 2.5.7. Phương pháp phát hiện Salmonella spp. bằng kỹ thuật PCR
• 2.5.8. Phương pháp nghiên cứu đặc điểm phân tử liên quan đến sự đa kháng của Salmonella
• 2.5.8.1. Khảo sát sự hiện diện plasmid không tương hợp của các chủng Salmonella
• 2.5.8.2. Khảo sát sự hiện diện của các nhóm integron và vùng gen cassette
• 2.5.8.3. Khảo sát sự hiện diện gen kháng kháng sinh của Salmonella spp.
• 2.5.9. Thành phần và quy trình nhiệt của các phản ứng s-PCR
• 2.5.10. Thành phần và quy trình nhiệt của các phản ứng m-PCR
• 2.5.11. Điện di và đọc kết quả
• 2.5.12. Giải trình tự thế hệ mới
• 2.5.13. Phương pháp xử lý số liệu
• 3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 3.1. Xác định tỷ lệ nhiễm Salmonella spp. đối với các nhóm thực phẩm
• 3.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng Salmonella spp.
• 3.2.1. Khả năng kháng kháng sinh của các chủng Salmonella spp.
• 3.2.2. Khả năng kháng từng loại kháng sinh của các chủng Salmonella spp.
• 3.2.3. Khả năng kháng từng loại kháng sinh của các chủng Salmonella spp. theo nguồn phân lập
• 3.3. Kiểu hình kháng kháng sinh của các chủng Salmonella spp.
• 3.4. Kết quả xác định serovar của Salmonella spp.
• 3.5. Mức độ kháng từng loại kháng sinh của serovar theo nguồn phân lập
• 3.6. Sự hiện diện các nhóm integron của Salmonella
• 3.7. Đặc điểm vùng gen cassette của Salmonella dương tính với integron 1, 2
• 3.8. Đặc điểm plasmid của Salmonella spp.
• 3.9. Sự hiện diện gen mã hóa sinh ESBL
• 3.10. Sự hiện diện gen kháng nhóm tetracyline
• 3.11. Sự hiện diện gen kháng nhóm phenicol
• 3.12. Sự hiện diện gen kháng nhóm quinolon
• 3.13. Sự hiện diện gen kháng nhóm aminoglycoside
• 3.14. Sự hiện diện gen kháng nhóm sulfonamide
• 3.15. Phân tích mối quan hệ các nhóm gen kháng với cơ chế đa kháng của Salmonella
• 3.16. Đánh giá chất lượng giải trình tự
• 3.17. Lắp ráp de novo và xác định nguồn gốc contigs
• 3.18. Kết quả giải trình tự nhiều locus (MLST) và xác định serotype
• 3.19. Phân tích nhóm gen kháng liên quan yếu tố di truyền di động
• 3.20. Phân tích các nhóm gen kháng kháng sinh của Salmonella
• 3.20.1. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm β-lactam
• 3.20.2. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm phenicol
• 3.20.3. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm quinolon
• 3.20.4. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm aminoglycoside
• 3.20.5. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm tetracycline
• 3.20.6. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm sulfonamide/trimethoprim
• 4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
• DANH MỤC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO
• PHỤ LỤC

I. Tổng quan về nghiên cứu kháng kháng sinh của Salmonella spp

Nghiên cứu kháng kháng sinh của Salmonella spp. trong thực phẩm tại TP. Hồ Chí Minh là một vấn đề cấp bách. Salmonella spp. là một trong những tác nhân gây bệnh phổ biến nhất trong thực phẩm, dẫn đến nhiều trường hợp ngộ độc thực phẩm. Tình hình kháng kháng sinh ngày càng gia tăng, ảnh hưởng đến hiệu quả điều trị và an toàn thực phẩm. Nghiên cứu này nhằm cung cấp cái nhìn tổng quan về tình hình kháng kháng sinh của Salmonella spp. trong thực phẩm tại khu vực này.

1.1. Tình hình nhiễm Salmonella spp. trong thực phẩm tại TP. Hồ Chí Minh

Tỷ lệ nhiễm Salmonella spp. trong thực phẩm tại TP. Hồ Chí Minh đã được ghi nhận là 16,84%. Các mẫu thịt có tỷ lệ nhiễm cao nhất, tiếp theo là thủy hải sản và rau củ quả. Việc phát hiện Salmonella spp. trong thực phẩm cho thấy sự cần thiết phải kiểm soát an toàn thực phẩm chặt chẽ hơn.

1.2. Tác động của kháng kháng sinh đến sức khỏe cộng đồng

Kháng kháng sinh của Salmonella spp. không chỉ ảnh hưởng đến sức khỏe cá nhân mà còn gây ra gánh nặng cho hệ thống y tế. Việc điều trị các bệnh do Salmonella gây ra trở nên khó khăn hơn khi vi khuẩn kháng lại các loại thuốc thông thường. Điều này đòi hỏi sự chú ý từ các cơ quan chức năng và cộng đồng.

II. Vấn đề kháng kháng sinh của Salmonella spp

Kháng kháng sinh của Salmonella spp. đang trở thành một thách thức lớn trong ngành thực phẩm. Việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi và sản xuất thực phẩm đã dẫn đến sự phát triển của các chủng vi khuẩn kháng thuốc. Nghiên cứu cho thấy tỷ lệ kháng của Salmonella spp. đối với các kháng sinh như TE, AMP, STR, C và SXT dao động từ 34,67% đến 52,00%.

2.1. Nguyên nhân dẫn đến kháng kháng sinh

Nguyên nhân chính dẫn đến kháng kháng sinh là việc lạm dụng và sử dụng không hợp lý kháng sinh trong chăn nuôi. Điều này tạo điều kiện cho vi khuẩn phát triển và hình thành các chủng kháng thuốc. Việc kiểm soát và quản lý việc sử dụng kháng sinh là rất cần thiết.

2.2. Hệ quả của kháng kháng sinh trong thực phẩm

Hệ quả của kháng kháng sinh trong thực phẩm không chỉ ảnh hưởng đến sức khỏe người tiêu dùng mà còn làm giảm hiệu quả điều trị. Các bệnh do Salmonella spp. gây ra có thể trở nên nghiêm trọng hơn, dẫn đến tăng tỷ lệ nhập viện và tử vong.

III. Phương pháp nghiên cứu kháng kháng sinh của Salmonella spp

Nghiên cứu kháng kháng sinh của Salmonella spp. được thực hiện thông qua các phương pháp phân lập và xác định tính nhạy cảm với kháng sinh. Các mẫu thực phẩm được thu thập từ các chợ bán lẻ tại TP. Hồ Chí Minh và được kiểm tra bằng các phương pháp vi sinh hiện đại.

3.1. Phương pháp phân lập Salmonella spp.

Phương pháp phân lập Salmonella spp. bao gồm việc sử dụng môi trường nuôi cấy đặc hiệu và các kỹ thuật xác định serovar. Điều này giúp xác định chính xác các chủng vi khuẩn có mặt trong thực phẩm.

3.2. Phương pháp xác định tính nhạy cảm với kháng sinh

Tính nhạy cảm với kháng sinh được xác định thông qua các thử nghiệm như khuếch tán đĩa và nồng độ ức chế tối thiểu (MIC). Các kết quả này cung cấp thông tin quan trọng về khả năng kháng của Salmonella spp..

IV. Kết quả nghiên cứu kháng kháng sinh của Salmonella spp

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ kháng kháng sinh của Salmonella spp. là rất cao. Trong số 21 chủng vi khuẩn được phân lập, có 7 serovar được xác định, với tỷ lệ kháng cao nhất đối với các kháng sinh như TE và AMP. Điều này cho thấy sự cần thiết phải có các biện pháp can thiệp kịp thời.

4.1. Tỷ lệ kháng kháng sinh của các serovar

Tỷ lệ kháng kháng sinh của các serovar Salmonella spp. cho thấy sự đa dạng trong khả năng kháng thuốc. Các serovar như Kentucky và Potsdam có tỷ lệ kháng cao, điều này cần được theo dõi chặt chẽ.

4.2. Sự hiện diện của integron trong Salmonella spp.

Sự hiện diện của integron trong các chủng Salmonella spp. cho thấy khả năng di truyền kháng thuốc. Các integron nhóm 1, 2 và 3 được phát hiện ở tất cả các serovar, cho thấy sự lây lan của tính kháng kháng sinh.

V. Kết luận và hướng đi tương lai trong nghiên cứu kháng kháng sinh

Kết luận từ nghiên cứu cho thấy kháng kháng sinh của Salmonella spp. là một vấn đề nghiêm trọng tại TP. Hồ Chí Minh. Cần có các biện pháp can thiệp hiệu quả để giảm thiểu tình trạng này. Hướng đi tương lai cần tập trung vào việc nâng cao nhận thức cộng đồng và cải thiện quy trình sản xuất thực phẩm.

5.1. Đề xuất các biện pháp can thiệp

Các biện pháp can thiệp cần bao gồm việc kiểm soát chặt chẽ việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi và sản xuất thực phẩm. Cần có các chương trình giáo dục cộng đồng về an toàn thực phẩm.

5.2. Nghiên cứu tiếp theo về kháng kháng sinh

Nghiên cứu tiếp theo cần tập trung vào việc xác định các cơ chế kháng kháng sinh và phát triển các phương pháp điều trị mới. Điều này sẽ giúp cải thiện hiệu quả điều trị và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.