Luận án TS: Nghiên cứu bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IB) trên gà nuôi công nghiệp tại Đồng bằng sông Cửu Long

Nghiên cứu chuyên sâu về bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (IB) trên gà nuôi công nghiệp tại vùng Đồng bằng sông Cửu Long. Phân tích tác động và giải pháp quản

• Tác giả: Nguyễn Thị Cẩm Loan
• Người hướng dẫn: PGS. Trần Ngọc Bích
• Trường học: Trường Đại học Cần Thơ
• Chuyên ngành: Bệnh lý học và chữa bệnh vật nuôi
• Đề tài: Nghiên cứu bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious Bronchitis, IB) trên gà nuôi theo hướng công nghiệp Đồng bằng sông Cửu Long
• Loại tài liệu: Luận án tiến sĩ
• Năm xuất bản: 2021
• Địa điểm: Cần Thơ

Tóm tắt

I. Tổng quan về bệnh viêm phế quản truyền nhiễm IB trên gà nuôi công nghiệp

Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious Bronchitis, IB) là bệnh truyền nhiễm nguy hiểm trên gà do virus thuộc họ Coronaviridae gây ra. Virus IB (IBV) có hệ gen RNA sợi đơn dương, kích thước khoảng 27.600 nucleotide. Protein gai (S) trên bề mặt virus đóng vai trò quyết định trong việc gắn kết và xâm nhập tế bào vật chủ. Tiểu đơn vị S1 mang hoạt tính gắn kết thụ thể, là yếu tố chính tạo nên sự đa dạng kháng nguyên và đáp ứng miễn dịch bảo hộ. Bệnh lây lan nhanh qua đường hô hấp và tiêu hóa. Gà mọi lứa tuổi đều có thể nhiễm bệnh, đặc biệt gà thịt nuôi theo hướng công nghiệp. Tại Đồng bằng sông Cửu Long, ngành chăn nuôi gà công nghiệp phát triển mạnh nhưng chịu thiệt hại lớn do IB. Luận án tiến sĩ của Nguyễn Thị Cẩm Loan, thực hiện từ tháng 5/2018 đến tháng 5/2020 tại Trường Đại học Cần Thơ, đã nghiên cứu toàn diện bệnh này trên gà nuôi công nghiệp tại các tỉnh Tiền Giang, Vĩnh Long, Sóc Trăng và Hậu Giang.

1.1. Cấu trúc và đặc điểm sinh học của virus IBV

Virus IBV có ba protein cấu trúc chính là protein gai (S), protein màng (M) và protein nucleocapsid (N). Protein S gồm hai tiểu đơn vị S1 và S2. Tiểu đơn vị S1 đảm nhận chức năng gắn kết thụ thể sialic acid trên tế bào vật chủ, đồng thời là mục tiêu chính để xác định kiểu gene và hiện tượng tái tổ hợp của các serotype vaccine. Tiểu đơn vị S2 neo cắm vào protein S trong màng, chứa vùng hợp nhất giống peptide tham gia quá trình xâm nhập tế bào. Protein M duy trì tính toàn vẹn cấu trúc virion. Protein N bao quanh hệ gen RNA, tạo thành ribonucleoprotein xoắn ốc. Sự biến đổi trình tự gene S1 là nguyên nhân chính gây ra đa dạng kiểu gene IBV, tạo thách thức lớn cho công tác phòng bệnh bằng vaccine.

1.2. Dịch tễ học bệnh IB tại Đồng bằng sông Cửu Long

Nghiên cứu khảo sát thực trạng công tác phòng chống bệnh IB tại 83 trang trại chăn nuôi gà công nghiệp thuộc bốn tỉnh Tiền Giang, Vĩnh Long, Sóc Trăng và Hậu Giang. Kết quả cho thấy 100% số trang trại áp dụng biện pháp sử dụng vaccine để phòng bệnh. Tuy nhiên, tỷ lệ trang trại thực hiện đồng bộ các biện pháp vệ sinh chuồng trại, định kỳ sát trùng và thay lớp độn chuồng còn thấp, chỉ chiếm từ 43,37% đến 55,42%. Đặc biệt, chỉ có 28,92% số trang trại áp dụng đầy đủ tất cả các biện pháp phòng bệnh tổng hợp. Điều này phản ánh công tác quản lý an toàn sinh học tại nhiều cơ sở chăn nuôi còn nhiều bất cập, là yếu tố thuận lợi cho virus IBV lưu hành và bùng phát.

II. Phân tích thực trạng và thách thức kiểm soát bệnh IB tại ĐBSCL

Mẫu bệnh phẩm gồm khí quản, phổi và thận được thu thập từ 249 con gà có biểu hiện bệnh hô hấp nghi ngờ nhiễm IBV tại các tỉnh thuộc Đồng bằng sông Cửu Long. Virus IBV được xác định bằng kỹ thuật RT-PCR phát hiện gene N, cho kết quả dương tính cao trên mẫu bệnh phẩm gà có triệu chứng hô hấp. Kết quả giải trình tự gene S1 cho thấy sự đa dạng di truyền đáng kể giữa các chủng IBV lưu hành trong vùng. Nhiều chủng virus có trình tự gene khác biệt so với các chủng vaccine thương mại đang sử dụng. Đây là thách thức lớn trong công tác phòng bệnh. Thực tế tại các trang trại cho thấy gà vẫn mắc bệnh hô hấp dù đã được chủng ngừa vaccine. Nguyên nhân chính bao gồm sự không tương đồng kháng nguyên giữa chủng vaccine và chủng thực tế lưu hành, cùng với việc quản lý an toàn sinh học chưa đạt yêu cầu tại nhiều cơ sở chăn nuôi quy mô công nghiệp.

2.1. Kết quả phát hiện và xác định virus IBV bằng kỹ thuật RT PCR

Kỹ thuật RT-PCR nhắm vào gene N của virus IBV được sử dụng để phát hiện và xác định sự hiện diện của virus trên mẫu bệnh phẩm. Gene N được chọn vì tính bảo tồn cao trong cấu trúc gen của IBV, giúp phát hiện được nhiều chủng virus khác nhau. Kết quả cho thấy tỷ lệ dương tính cao ở nhóm gà có triệu chứng hô hấp rõ ràng. Phương pháp RT-PCR có ưu điểm vượt trội về độ nhạy và tính đặc hiệu so với phương pháp cô lập virus truyền thống. Thời gian cho kết quả nhanh, chỉ trong vài giờ. Nghiên cứu cũng tiến hành giải trình tự gene S1 để phân loại kiểu gene của các chủng IBV, phục vụ đánh giá mối quan hệ di truyền với các chủng vaccine.

2.2. Đa dạng di truyền của các chủng virus IBV lưu hành

Phân tích trình tự gene S1 từ các mẫu IBV dương tính thu thập tại Đồng bằng sông Cửu Long cho thấy sự đa dạng di truyền phong phú. Các chủng virus lưu hành thuộc nhiều nhóm genotyp khác nhau. So sánh với trình tự gene S1 của các chủng vaccine thương mại phổ biến, một số chủng IBV thực tế có mức độ tương đồng trình tự thấp. Hiện tượng tái tổ hợp gene giữa các chủng virus cũng được ghi nhận. Sự khác biệt di truyền này giải thích tại sao một số chương trình vaccine hiện tại không đạt hiệu quả bảo hộ tối ưu. Kết quả nhấn mạnh nhu cầu cập nhật thường xuyên thông tin về đặc điểm genotyp virus lưu hành để lựa chọn vaccine phù hợp cho từng vùng chăn nuôi.

III. Giải pháp phòng chống và phương pháp nghiên cứu bệnh IB trên gà

Luận án đề xuất giải pháp phòng chống bệnh IB dựa trên kết quả nghiên cứu thực tế tại Đồng bằng sông Cửu Long. Phương pháp nghiên cứu kết hợp nhiều kỹ thuật hiện đại. Kỹ thuật RT-PCR được sử dụng để phát hiện virus. Giải trình tự gene S1 phục vụ phân tích di truyền phân tử. Kỹ thuật ELISA và ức chế ngưng kết hồng cầu (HI) đánh giá đáp ứng kháng thể sau chủng ngừa. Đáp ứng miễn dịch của gà sau khi chủng ngừa vaccine IB được theo dõi qua nhiều thời điểm. Kết quả cho thấy hiệu giá kháng thể tăng rõ rệt sau tiêm phòng. Tuy nhiên, mức độ bảo hộ phụ thuộc vào sự phù hợp giữa chủng vaccine và chủng virus thực tế lưu hành. Giải pháp đề xuất bao gồm: xây dựng chương trình vaccine dựa trên kết quả giám sát genotyp virus địa phương, tăng cường biện pháp an toàn sinh học, vệ sinh sát trùng chuồng trại định kỳ, và thay lớp độn chuồng thường xuyên để giảm tải lượng virus trong môi trường.

3.1. Kỹ thuật chẩn đoán phân tử và huyết thanh học trong phát hiện IBV

Nghiên cứu sử dụng kỹ thuật RT-PCR nhắm gene N để xác định nhanh virus IBV trên mẫu bệnh phẩm. Phương pháp này có độ nhạy cao, phát hiện được cả mẫu có tải lượng virus thấp. Kỹ thuật ELISA được áp dụng để đo lường hiệu giá kháng thể kháng IBV trong huyết thanh gà. ELISA có ưu điểm ít tốn công sức, chi phí thấp và cho phép phân tích số lượng mẫu lớn. Xét nghiệm HI giúp xác định phản ứng kháng thể đặc hiệu với từng serotype. Kết hợp nhiều kỹ thuật chẩn đoán giúp tăng độ chính xác và tin cậy của kết quả, phục vụ công tác giám sát dịch tễ và đánh giá hiệu quả vaccine tại các trang trại gà công nghiệp.

3.2. Đánh giá đáp ứng miễn dịch sau chủng ngừa vaccine IB

Đáp ứng miễn dịch của gà sau chủng ngừa vaccine IB được đánh giá thông qua theo dõi hiệu giá kháng thể huyết thanh tại nhiều thời điểm. Mẫu huyết thanh đầu tiên được lấy trước khi tiêm, mẫu thứ hai lấy sau hai đến bốn tuần. Kết quả cho thấy hiệu giá kháng thể tăng ít nhất bốn lần sau chủng ngừa, xác nhận đáp ứng miễn dịch dương tính. Nghiên cứu so sánh đáp ứng miễn dịch giữa các loại vaccine khác nhau và đánh giá sự bảo hộ chéo giữa các serotype. Kháng thể trung hòa virus chủ yếu nhắm vào protein S1. Kết quả là cơ sở khoa học quan trọng để tối ưu hóa chương trình tiêm phòng, lựa chọn vaccine phù hợp và xác định thời điểm tiêm nhắc lại hiệu quả cho gà nuôi công nghiệp.

IV. Kết luận và ứng dụng kết quả nghiên cứu trong chăn nuôi gà

Luận án đã hoàn thành ba mục tiêu chính. Thứ nhất, xác định được tình hình dịch tễ và bệnh lý của IB trên gà thịt nuôi công nghiệp tại bốn tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long. Thứ hai, làm rõ mối quan hệ di truyền giữa các chủng virus IBV lưu hành với chủng vaccine và chủng quốc tế. Thứ ba, đánh giá đáp ứng miễn dịch của gà sau chủng ngừa vaccine IB. Kết quả nghiên cứu cung cấp dữ liệu khoa học có giá trị cho việc xây dựng chiến lược phòng chống bệnh hiệu quả. Sự đa dạng di truyền của virus IBV tại vùng ĐBSCL được ghi nhận đầy đủ. Tỷ lệ áp dụng biện pháp an toàn sinh học tại các trang trại còn thấp, cần cải thiện. Kết luận rút ra: việc giám sát định kỳ genotyp virus lưu hành là yếu tố then chốt để tối ưu hóa chương trình phòng bệnh bằng vaccine tại các trang trại gà công nghiệp ở Đồng bằng sông Cửu Long.

4.1. Ý nghĩa khoa học của luận án tiến sĩ về bệnh IB

Luận án đóng góp quan trọng vào kho tri thức về bệnh viêm phế quản truyền nhiễm trên gà tại Việt Nam. Kết quả giải trình tự gene S1 của các chủng IBV lưu hành tại Đồng bằng sông Cửu Long bổ sung cơ sở dữ liệu genotyp virus cho khu vực Đông Nam Á. Phát hiện về sự đa dạng di truyền và hiện tượng tái tổ hợp gene giúp hiểu rõ hơn cơ chế tiến hóa của virus IBV. Nghiên cứu cũng đánh giá mối liên quan giữa đặc điểm genotyp và khả năng bảo hộ của vaccine. Các kết quả này được công bố trên tạp chí khoa học uy tín, tạo nền tảng cho các nghiên cứu chuyên sâu hơn về bệnh học và miễn dịch học của IBV trên gà nuôi công nghiệp.

4.2. Ứng dụng thực tiễn trong chăn nuôi gà công nghiệp vùng ĐBSCL

Kết quả nghiên cứu có nhiều ứng dụng thực tiễn cho ngành chăn nuôi gà công nghiệp tại Đồng bằng sông Cửu Long. Thứ nhất, dữ liệu genotyp virus giúp cơ quan thú y và doanh nghiệp sản xuất vaccine lựa chọn chủng vaccine phù hợp với virus lưu hành tại từng địa phương. Thứ hai, kết quả đánh giá đáp ứng miễn dịch hỗ trợ xây dựng lịch tiêm phòng tối ưu. Thứ ba, khảo sát thực trạng phòng bệnh cung cấp bằng chứng để đề xuất chính sách tăng cường an toàn sinh học tại các trang trại. Thứ tư, phương pháp chẩn đoán RT-PCR được chuẩn hóa có thể áp dụng rộng rãi trong hệ thống giám sát dịch tễ tại các phòng thí nghiệm thú y khu vực phía Nam.

Trích đoạn nội dung tài liệu

CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết của luận án Viêm phế quản truyền nhiễm (IB) là bệnh do Infectious bronchitis virus (IBV) gây ra, có tính lây lan nhanh, gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng cho ngành chăn nuôi gà (Awad et al. Trên thế giới, tỷ lệ bệnh IB ở gà đã được xác định có thể lên đến 100% và tỷ lệ chết có thể đến 80% (Cavanagh and Gelb, 2008; Bande et al. Ở Việt Nam, Võ Thị Trà An và ctv. (2012) báo cáo có 16,6% số mẫu bệnh phẩm sau khi phân lập từ gà thịt nhiễm IBV.

Bệnh IB có nhiều thể bệnh khác nhau như thể hô hấp, thể thận, làm giảm tốc độ tăng trưởng của gà thịt và có thể gây chết (Ignjatovic and Sapats, 2000; Al-Beltagi et al. Tình hình bệnh IB phụ thuộc vào loại mô bị ảnh hưởng, kiểu gây bệnh cũng như chủng virus lưu hành tùy theo thực địa (Bande et al. Nhiều nghiên cứu về gene của IBV trên gà đã được thực hiện ở nhiều nước trên thế giới và xác định có hơn 50 serotype khác nhau và đặc biệt xuất hiện nhiều biến chủng mới (Bochkov et al., 2006; Worthington, 2009; Gaba et al., 2010; Dhama et al., 2014; Bande et al. Tại Việt Nam, các serotype Mass (dòng H120), 793B (dòng 4/91), QX-like, Q1-like và TC07-2-like cũng đã được xác định (Võ Thị Trà An và ctv., 2012; Nguyễn Thị Loan, 2018).

Trong giai đoạn hiện nay, để phòng ngừa bệnh IB cho gà thì việc sử dụng vaccine là biện pháp bắt buộc. Tuy nhiên, đàn gà vẫn có thể bị bệnh dù đã được chủng ngừa (Mohamed and Awad, 2015). Đáp ứng miễn dịch chéo giữa các chủng IBV khác nhau là rất thấp hoặc không có (Saif and Barnes, 2008; De Wit et al. Đồng thời, vaccine sống nhược độc thường được sử dụng nhiều nhất nhưng còn những hạn chế như khả năng ổn định nhiệt kém, tái độc lực và tái tổ hợp giữa virus trong vaccine và virus thực địa (Bande et al.

Các kết quả nghiên cứu trên thế giới và ở Việt Nam nêu trên cho thấy virus gây bệnh IB có sự đa dạng serotype hay kiểu gene tùy theo khu vực địa lý và gây ra các thể bệnh khác nhau. Sự thành công trong công tác kiểm soát bệnh sẽ phụ thuộc vào sự tương đồng di truyền giữa virus vaccine và virus lưu hành ở từng vùng thực địa cũng như tính hiệu quả của các quy trình chủng ngừa vaccine. Trong khi đó, trên thị trường, các sản phẩm vaccine rất đa dạng như vaccine hỗn hợp, vaccine đơn (chủng Mass-H120, Mass 41, Ma5, 4/91 hay CR88, .) Điều này dẫn đến sự đa dạng về quy trình chủng ngừa cho nên cần 1 xác định hiệu quả của các quy trình chủng ngừa. Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) có nền chăn nuôi gà khá phát triển, đặc biệt là chăn nuôi gà thịt theo hướng công nghiệp.

Cùng với sự phát triển cả quy mô và số lượng gà, tình hình dịch bệnh nói chung và bệnh IB nói riêng xảy ra ngày càng phổ biến hơn, được các nhà khoa học và nhà chăn nuôi quan tâm. Tuy nhiên, thông tin về sự lưu hành của IBV, những biểu hiện lâm sàng và cận lâm sàng của bệnh và đánh giá quy trình chủng ngừa vẫn còn rất hạn chế. Vì vậy, nghiên cứu về đặc điểm dịch tễ, biến đổi bệnh lý của IB, phân tích kiểu gene của virus và khảo sát đáp ứng miễn dịch của gà sau khi áp dụng các quy trình chủng ngừa sẽ là cơ sở khoa học để khuyến cáo phương pháp phòng chống bệnh IB hiệu quả hơn cho gà thịt nuôi theo hướng công nghiệp ở khu vực ĐBSCL.2 Mục tiêu nghiên cứu - Khảo sát tình hình dịch tễ và bệnh lý của IB trên gà thịt tại một số tỉnh ĐBSCL. - Xác định mối quan hệ di truyền giữa các chủng IBV thực địa với các chủng virus trên thế giới và chủng virus vaccine.

- Đánh giá hiệu quả của các quy trình chủng ngừa bằng vaccine phòng bệnh IB trên gà thịt.3 Ý nghĩa của luận án Bệnh vẫn xảy ra ở đàn gà thịt mặc dù đã được chủng ngừa vaccine. Để hạn chế bệnh, các yếu tố mùa vụ, tình trạng chủng ngừa và vệ sinh thú y cần được kiểm soát tốt. Sự lưu hành 05 kiểu gene IBV cho thấy việc chủng ngừa vaccine phòng bệnh IB cho gà cần phải có kháng nguyên tương đồng với IBV lưu hành để đàn gà được bảo hộ tốt nhất. Kết quả thí nghiệm các quy trình chủng ngừa vaccine phòng bệnh IB cho gà Nòi lai và gà Tam Hoàng đều cho đáp ứng miễn dịch tốt, có thể áp dụng trong thực tế.

Trong đó, quy trình sử dụng vaccine hỗn hợp IB-ND và vaccine đơn giá 4/91 có thuận lợi và hiệu quả hơn.4 Điểm mới của luận án Bệnh IB được chẩn đoán ở đối tượng gà thịt nuôi theo hướng công nghiệp tại một số tỉnh ĐBSCL trên cơ sở phát hiện gene N, khẳng định có sự lưu hành, tỷ lệ bệnh đáng kể mặc dù đàn gà đã được chủng ngừa vaccine. 2 Mối quan hệ di truyền dựa trên đoạn gene S1 của 10 chủng IBV lưu hành ở ĐBSCL so với 33 chủng IBV trên thế giới và các chủng virus trong vaccine được phân tích thông qua phép so sánh mức độ tương đồng và sự sai khác trong trình tự gene; Phát hiện được hiện tượng tái tổ hợp di truyền của IBV ở ĐBSCL. Đánh giá được đáp ứng miễn dịch sau chủng ngừa vaccine phòng bệnh IB trên đối tượng gà Nòi lai và gà Tam Hoàng tại ĐBSCL.5 Giới hạn của luận án Vì tình hình thực tế có những điều kiện ràng buộc, hạn chế về thời gian, tài lực, nhân lực và vật lực cho nên luận án được thực hiện trong phạm vi giới hạn như sau: Thời gian nghiên cứu: từ tháng 05 năm 2018 đến tháng 05 năm 2020. Địa điểm nghiên cứu: tại một số tỉnh thuộc Đồng bằng sông Cửu Long.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu: Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm trên gà thịt nuôi theo hướng công nghiệp; Đánh giá hiệu quả của các quy trình chủng ngừa vaccine chủ yếu thông qua chỉ tiêu GMT ở 02 giống gà được nuôi phổ biến (Nòi lai và Tam Hoàng). 3 CHƯƠNG 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tình hình nghiên cứu bệnh IB ở gà 2.1 Tình hình nghiên cứu bệnh IB trên thế giới Bệnh IB gây thiệt hại đáng kể cho ngành chăn nuôi gia cầm trên thế giới. Bệnh đã được xác định lần đầu tiên ở Bắc Dakota, Hoa Kỳ trong một báo cáo về bệnh hô hấp mới ở gà con (Bande et al. Bệnh còn làm giảm sản lượng trứng ở gà đẻ và được ghi nhận trong những năm 1940, các bệnh tích trên thận được quan sát trong những năm 1960 (Cavanagh and Naqi (2003).

Vì vậy, bệnh IB không chỉ phổ biến ở đàn gà thịt mà còn xảy ra ở gà đẻ (Cavanagh, 2007). Kể từ đó, bệnh IB xuất hiện ở nhiều nơi, đặc biệt ở các nước có đàn gia cầm thương phẩm quy mô lớn. Ngoài nhiễm trùng đường hô hấp, bệnh IB còn ảnh hưởng đến thận và đường sinh sản, bệnh được cho là chủ yếu xảy ra ở gà con, tuy nhiên, gà ở mọi lứa tuổi cũng dễ bệnh (Bande et al. Những cột mốc ban đầu quan trọng trong nghiên cứu bệnh IB bao gồm việc xác định nguyên nhân virus vào năm 1936, việc nuôi cấy virus đầu tiên trong phôi trứng gà được thực hiện vào năm 1937, sự phát triển vaccine "H", ví dụ H120 có mặt khắp nơi kể từ năm 1960, phát hiện chủng Conn và chủng Mass gây ra bệnh tương tự nhưng không có miễn dịch chéo hay trung hòa chéo và sử dụng phản ứng trung hòa để xác định IBV có nhiều serotype được báo cáo năm 1956 (Cavanagh and Gelb, 2008).

Vào năm 1941, IBV được khẳng định có thể nhân lên trong phôi trứng cho thấy giá trị trong nghiên cứu về chủng ngừa. Vào năm 1942, lần đầu tiên vaccine IB được sản xuất và phát triển ở Hoa Kỳ sử dụng dòng Van Roekel M-41. Đó chính là vaccine type Mass 41 được sử dụng cho đến ngày nay (Jackwood and De Wit, 2013). Ở Hà Lan, bệnh IB được chẩn đoán lần đầu tiên vào năm 1956 và điều này dẫn đến sự phát triển vaccine type Mass được biết là dòng H (“H” là viết tắt tên nông dân – Huyben mà gà của ông được lấy mẫu phân lập và thường được nghĩ là tên của Holland).

Kết quả sản xuất các loại vaccine như H120 và H52 sớm được sử dụng rộng rãi. Ngày nay, vaccine H120 là vaccine phổ biến và được sử dụng khắp thế giới (Bijlenga et al. Hầu hết các nghiên cứu trong những năm 1970 và 1980 có liên quan các 4 serotype khác nhau và những biến đổi của virus được thực hiện bằng phản ứng trung hòa trong phôi trứng (Jackwood and De Wit, 2013). Khởi đầu của nghiên cứu về đặc tính phân tử của virus được thực hiện vào những năm 1980 đến 1989.

Trong thập kỷ này có những nghiên cứu đầu tiên về cấu trúc của virus. Đặc điểm cấu trúc của các gai glycoprotein và phân tích trình tự acid nucleic RNA virus đã được tiến hành vào năm 1985 với kết quả là vùng của clone mã hóa cho gene S đã được sắp xếp theo phương pháp phân tách trình tự (chain termination). Phát hiện quan trọng nhất trong giai đoạn này chính là các epitope trung hòa trên glycoprotein đã được mã hóa theo vùng siêu biến trên gene. Những dữ liệu này đã đặt nền móng cho sự phát triển của các xét nghiệm chẩn đoán phân tử vào những năm 1990 (Cook et al.

Chẩn đoán nâng cao đối với IBV được bắt đầu vào những năm 1990. Nhiều phòng thí nghiệm bắt đầu xác định được các chủng IBV bằng việc sử dụng các kỹ thuật phân tử. Nhiều serotype và kiểu gene của IBV được phát hiện, tiêu biểu là kiểu gene QX được phân lập lần đầu ở Trung Quốc từ ổ dịch với đặc điểm sưng phù dạ dày tuyến vào năm 1996 (Yudong et al. Sau đó nhiều tác giả đã báo cáo với tên gọi "QX-Like" và nó đã trở thành một trong những kiểu gene nổi bật nhất ở nhiều quốc gia.

Mặc dù tất cả IBV QX-Like được phân lập từ những quốc gia khác nhau nhưng có liên quan chặt chẽ về mặt di truyền (Pohuang and Sasipreeyajan, 2012). Bộ gene của IBV cũng được nghiên cứu ở nhiều nơi trên thế giới. Chẳng hạn, Adzhar et al. (1997) đã phân tích gene S1 của serotype 793/B gồm có 1617 bp.

Callison et al. (2006) đã công bố bộ gene của type Mass 41 (được phân lập vào năm 1941 tại trường đại học Massachusetts, Mỹ) với kỹ thuật khuếch đại sản phẩm 143-bp vùng 5′-UTR trên gene của virus. De Wit et al.