Khảo Sát Mức Độ Methyl Hóa Tại Các Đảo CpG Của Gen RASSF1A Trong Ung Thư Vú

Khảo sát mức độ methyl hóa tại các đảo CPG trong vùng promoter gen RASSF1A liên quan đến ung thư vú, cung cấp thông tin quan trọng cho nghiên cứu.

Trường đại học

Trường Đại Học Mở TP.HCM

Chuyên ngành

Công Nghệ Sinh Học

Người đăng

Ẩn danh

Thể loại

khóa luận tốt nghiệp

2011

59
2
0

Phí lưu trữ

30 Point

Mục lục chi tiết

LỜI CẢM ƠN

DANH MỤC HÌNH

DANH MỤC BẢNG

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

1. PHẦN I: TỔNG QUAN

1.1. Tổng quan về ung thư vú

1.2. Tổng quan về tình hình ung thư vú trên thế giới và Việt Nam

1.3. Các nguyên nhân dẫn đến ung thư vú, phân loại, phương pháp phát hiện và điều trị

1.3.1. Các nguyên nhân dẫn đến ung thư vú

1.3.2. Phân loại ung thư vú

1.3.3. Phương pháp phát hiện và điều trị ung thư vú

1.4. Tổng quan về Epigenetics

1.5. Hiện tượng methyl hóa DNA. Biến đổi histone

1.5.1. Hiện tượng methyl hóa DNA

1.5.2. Biến đổi histone

2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP

2.1. Phương pháp

2.2. Các phần mềm và trang web sử dụng

2.3. Khảo sát in silico

2.3.1. Thu nhận gen xác định vị trí vùng cần tìm

2.3.2. Phương pháp đánh giá, thiết kế mồi

2.4. Khảo sát thực nghiệm

2.4.1. Tách chiết DNA

2.4.2. Xác định nồng độ và độ tinh sạch của DNA sau tách chiết

2.4.3. Kiểm tra chất lượng DNA bằng phản ứng PCR

2.4.4. Biến đổi DNA bằng sodium bisulfite Qagen kit

2.4.5. Điện di trên gel agarose

3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

3.1. Khảo sát in silico

3.1.1. Khảo sát in silico gen RASSF1A

3.1.2. Thiết kế mồi

3.1.2.1. Thiết kế mồi MSP
3.1.2.2. Khảo sát đặc tính vật lí của mồi
3.1.2.2.1. Thành phần nucleotide, chiều dài mồi, nhiệt độ nóng chảy, độ đặc hiệu

3.2. Kết quả thực nghiệm

3.2.1. Kết quả tách chiết DNA

3.2.2. Kết quả phản ứng MSP trên các mẫu DNA bệnh phẩm

4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ

TÀI LIỆU THAM KHẢO

PHỤ LỤC

Tóm tắt

I. Tổng quan về khảo sát mức độ methyl hóa gen RASSF1A trong ung thư vú

Khảo sát mức độ methyl hóa gen RASSF1A là một nghiên cứu quan trọng trong lĩnh vực ung thư vú. Gen RASSF1A được biết đến như một gen ức chế khối u, và sự methyl hóa của nó có thể ảnh hưởng đến quá trình phát triển của ung thư vú. Nghiên cứu này không chỉ giúp hiểu rõ hơn về cơ chế bệnh lý mà còn mở ra hướng đi mới trong việc phát hiện sớm và điều trị ung thư vú.

1.1. Tình hình ung thư vú tại Việt Nam và thế giới

Ung thư vú là loại ung thư phổ biến nhất ở phụ nữ, với tỷ lệ mắc bệnh ngày càng gia tăng. Theo thống kê, ung thư vú chiếm khoảng 23% tổng số ca ung thư trên toàn cầu. Tại Việt Nam, ung thư vú đứng đầu về tỷ lệ mắc bệnh ở phụ nữ, đặc biệt tại các thành phố lớn như Hà Nội và TP.HCM.

1.2. Vai trò của gen RASSF1A trong ung thư vú

Gen RASSF1A có vai trò quan trọng trong việc điều hòa chu trình tế bào và ức chế sự phát triển của khối u. Sự methyl hóa bất thường của gen này có thể dẫn đến việc mất chức năng ức chế khối u, từ đó làm tăng nguy cơ phát triển ung thư vú.

II. Vấn đề và thách thức trong nghiên cứu methyl hóa gen RASSF1A

Mặc dù có nhiều nghiên cứu về methyl hóa gen RASSF1A, nhưng vẫn còn nhiều thách thức trong việc xác định mức độ methyl hóa chính xác và ảnh hưởng của nó đến sự phát triển của ung thư vú. Các yếu tố như di truyền, môi trường và lối sống đều có thể tác động đến mức độ methyl hóa của gen này.

2.1. Những khó khăn trong việc thu thập mẫu bệnh phẩm

Việc thu thập mẫu bệnh phẩm từ bệnh nhân ung thư vú gặp nhiều khó khăn do yêu cầu về tính chính xác và độ tin cậy của mẫu. Điều này ảnh hưởng đến kết quả nghiên cứu và khả năng tổng quát hóa các phát hiện.

2.2. Sự biến đổi trong biểu hiện gen RASSF1A

Sự biến đổi trong biểu hiện của gen RASSF1A có thể do nhiều yếu tố khác nhau gây ra, bao gồm cả sự methyl hóa và các yếu tố epigenetic khác. Điều này làm cho việc xác định mối liên hệ giữa methyl hóa và ung thư vú trở nên phức tạp.

III. Phương pháp khảo sát mức độ methyl hóa gen RASSF1A

Để khảo sát mức độ methyl hóa gen RASSF1A, nhiều phương pháp hiện đại đã được áp dụng, bao gồm Methylation-Specific PCR (MSP) và các kỹ thuật phân tích gen khác. Những phương pháp này giúp xác định chính xác mức độ methyl hóa tại các đảo CpG trong vùng promoter của gen.

3.1. Phương pháp Methylation Specific PCR MSP

MSP là một kỹ thuật mạnh mẽ cho phép phát hiện sự methyl hóa của DNA. Phương pháp này sử dụng các mồi đặc hiệu để khuếch đại các vùng methyl hóa, từ đó xác định được mức độ methyl hóa của gen RASSF1A trong các mẫu bệnh phẩm.

3.2. Phân tích dữ liệu và kết quả

Sau khi thực hiện MSP, dữ liệu thu được sẽ được phân tích để xác định mức độ methyl hóa của gen RASSF1A. Kết quả này sẽ cung cấp thông tin quan trọng về mối liên hệ giữa methyl hóa và sự phát triển của ung thư vú.

IV. Ứng dụng thực tiễn của nghiên cứu mức độ methyl hóa gen RASSF1A

Nghiên cứu mức độ methyl hóa gen RASSF1A không chỉ có giá trị trong việc hiểu rõ cơ chế bệnh lý mà còn có thể được ứng dụng trong chẩn đoán và điều trị ung thư vú. Việc phát hiện sớm sự methyl hóa có thể giúp cải thiện tiên lượng và lựa chọn phương pháp điều trị phù hợp.

4.1. Dấu chứng sinh học cho ung thư vú

Methyl hóa gen RASSF1A có thể được xem như một dấu chứng sinh học tiềm năng cho ung thư vú. Việc phát hiện sớm mức độ methyl hóa có thể giúp chẩn đoán bệnh ở giai đoạn đầu, từ đó nâng cao hiệu quả điều trị.

4.2. Hướng đi mới trong điều trị ung thư vú

Nghiên cứu về methyl hóa gen RASSF1A mở ra hướng đi mới trong điều trị ung thư vú. Các liệu pháp nhắm vào việc điều chỉnh mức độ methyl hóa có thể giúp phục hồi chức năng của gen ức chế khối u, từ đó ngăn chặn sự phát triển của bệnh.

V. Kết luận và tương lai của nghiên cứu methyl hóa gen RASSF1A

Nghiên cứu mức độ methyl hóa gen RASSF1A trong ung thư vú là một lĩnh vực đầy tiềm năng. Những phát hiện từ nghiên cứu này không chỉ giúp hiểu rõ hơn về cơ chế bệnh lý mà còn mở ra cơ hội cho việc phát triển các phương pháp chẩn đoán và điều trị mới. Tương lai của nghiên cứu này hứa hẹn sẽ mang lại nhiều giá trị cho cộng đồng.

5.1. Tầm quan trọng của nghiên cứu tiếp theo

Các nghiên cứu tiếp theo cần được thực hiện để xác định rõ hơn mối liên hệ giữa methyl hóa gen RASSF1A và ung thư vú. Điều này sẽ giúp củng cố các phát hiện hiện tại và mở rộng hiểu biết về cơ chế bệnh lý.

5.2. Hướng nghiên cứu mới trong tương lai

Hướng nghiên cứu mới có thể bao gồm việc phát triển các liệu pháp điều trị nhắm vào sự methyl hóa của gen RASSF1A. Điều này có thể tạo ra những bước tiến mới trong việc điều trị ung thư vú hiệu quả hơn.

10/07/2025
Khảo sát mức độ methyl hóa tại các đảo cpg thuộc vùng promoter của gen rassf1a trong ung thư vú

Trích đoạn nội dung tài liệu

ĐẶT VẤN ĐỀ Nguyễn Phan Cẩm Trang 1 Khóa luận tốt nghiệp 2011 Ung thư vú là loại ung thư thường gặp nhất và gây tử vong hàng đầu ở phụ nữ nhiều nước trên thế giới. Tại Việt Nam, ung thư vú là loại ung thư có tần suất cao nhất ở Hà Nội và cao thứ hai sau ung thư cổ tử cung ở thành phố Hồ Chí Minh. Đây là một bệnh hết sức phức tạp mà trong nhiều năm qua đã có nhiều nghiên cứu về nguyên nhân bệnh, sinh học bệnh và phương pháp điều trị. Một điều quan trọng cần phải nhận thấy là việc phát hiện sớm ung thư vú qua sự tầm soát ở những người phụ nữ bình thường đã làm thay đổi rõ ràng bệnh sử tự nhiên của bệnh và làm giảm đáng kể khả năng phát triển của bệnh.

Do đó, việc tìm ra một dấu chứng sinh học (biomarker) đại diện đặc trưng trên người bị ung thư vú nhằm chẩn đoán sớm, dự báo và theo dõi tiến triển của quá trình hình thành và phát triển của khối u là rất cần thiết (Laird, 2003). Ung thư vú do rất nhiều nguyên nhân gây ra, một trong những nguyên nhân đó là hiện tượng epigenetics. Epigenetics là sự biến đổi trong biểu hiện gen mà không liên quan đến những biến đổi trình tự base trên DNA (Hirst & Marra, 2008; Brooks et al. Một trong những kiểu epigenetics được chứng minh có tiềm năng trở thành dấu chứng sinh học cao, đó là sự bất hoạt của nhóm gen ức chế khối u (tumor suppressor gene), nhóm gen gây ung thư (oncogenes), nhóm gen tham gia trong chu trình tế bào (cell cycle regulation), chu trình chết theo chương trình của tế bào (apoptosis) bằng cơ chế methyl hoá quá mức ở các nucleotide cytosine hiện diện trong đảo CpG, và sự methyl hoá quá mức này thường được ghi nhận tại vùng promoter hay kéo dài qua đến exon thứ nhất của các nhóm gen nói trên (Nephew & Huang, 2002).

Các nghiên cứu gần đây thường tập trung tầm soát những DNA biomarker trên những nhóm gen này nhằm chẩn đoán sớm ung thư. RASSF1A là gen có sự methyl hóa DNA bất thường, thường được phát hiện trong giai đoạn đầu của ung thư vú (Pfeifer & Dammann, 2005; Donninger et al. Việc nghiên cứu tình trạng methyl hóa bất thường của những gen này sẽ giúp phát hiện sớm ung thư vú và giai đoạn bệnh của nó. Từ những dữ liệu trên, chúng tôi tiến hành đề tài “Khảo sát mức độ methyl hóa tại các đảo CpG thuộc vùng promoter của gen RASSF1A trong ung thư vú”.

Kết quả đề tài này sẽ cung cấp những dữ liệu khoa học đầu tiên trên in silico và cả trên thực nghiệm về: đặc điểm vùng promoter của các Nguyễn Phan Cẩm Trang 2 Khóa luận tốt nghiệp 2011 gen khảo sát, đặc điểm các đảo CpG và vị trí đặt tốt nhất của các mồi cho phản ứng MSP đi qua hoặc bao lấy các đảo này, quy trình MSP và nhất là kết quả methyl hoá của các gen nói trên trên những bệnh nhân ung thư vú đến khám và chữa bệnh tại BV. HCM từ năm 2010 đến nay. Các đóng góp của đề tài này sẽ là bước khởi đầu cho một nghiên cứu lớn nhằm tìm ra dấu chứng sinh học cho ung thư vú. Trong khuôn khổ của đề tài khóa luận tốt nghiệp; chúng tôi thực hiện những mục tiêu chính sau đây: • Thiết kế các mồi đặc hiệu nhằm rà soát sự methyl hóa trên nhiều vùng promoter của gen RASSF1A.

• Xây dựng quy trình thực nghiệm Methylation-specific PCR (MSP) từ các cặp mồi này trên gen RASSF1A. • Phân tích tình trạng methyl hóa ở vùng promoter của gen RASSF1A trong các mẫu bệnh phẩm từ các bệnh nhân ung thư vú. Nguyễn Phan Cẩm Trang 3 Khóa luận tốt nghiệp 2011 PHẦN I TỔNG QUAN Nguyễn Phan Cẩm Trang 4 Khóa luận tốt nghiệp 2011 I. Tổng quan về ung thư vú: I.

Tổng quan về tình hình ung thư vú trên thế giới và Việt Nam: Ung thư vú là loại ung thư thường gặp nhất và gây tử vong hàng đầu ở phụ nữ nhiều nước trên thế giới. Theo Cơ quan Nghiên cứu Ung thư Thế giới (IARC), ước tính trong năm 2008, có 1380000 trường hợp ung thư vú được chẩn đoán (chiếm 23% của tất cả các bệnh ung thư). Theo kết quả xếp hạng của Globocan năm 2008, ung thư vú là nguyên nhân gây tử vong đứng thứ năm trong các loại bệnh ung thư và là loại ung thư phổ biến nhất ở cả khu vực các nước phát triển và đang phát triển, ước tính có khoảng 690000 trường hợp được phát hiện ở mỗi khu vực. Tại Việt Nam, ung thư vú là loại ung thư có tần suất cao nhất ở Hà Nội và cao thứ hai sau ung thư cổ tử cung ở thành phố Hồ Chí Minh.

Năm 2008, theo thống kê của Cơ quan Nghiên cứu Ung thư Thế giới (IARC), ung thư vú ở phụ nữ Việt Nam đứng vị trí thứ ba sau ung thư gan và phổi, với 6830 trường hợp mắc bệnh (chiếm 15.6% trong các loại bệnh ung thư) và 2423 ca tử vong mỗi năm (chiếm 5.7% các trường hợp mắc bệnh). Các nguyên nhân dẫn đến ung thư vú, phân loại, phương pháp phát hiện và điều trị: I. Các nguyên nhân dẫn đến ung thư vú: Ung thư vú là loại ung thư có nguồn gốc từ mô vú, phổ biến nhất là từ lớp lót bên trong của các ống dẫn sữa hoặc từ các tiểu thùy nơi phân phối các ống dẫn sữa. Nguyên nhân của ung thư vú chưa được biết rõ, nhưng với những nghiên cứu dịch tễ học cùng với những hiểu biết sâu hơn về sinh học của tế bào tuyến vú đã mang lại những cơ sở mới cho bệnh này.

Ung thư vú xuất hiện thông qua các tác nhân môi trường và di truyền (Henson & Tarone, 1994). Hầu hết các tác nhân như là kinh nguyệt sớm, có con muộn và mãn kinh muộn, không sinh con, béo phì, hoặc do bức xạ ion… có liên quan đến sự gia tăng nguy cơ bị ung thư vú ở phụ nữ (Feigelson & Henderson, 1996). Các bệnh nhân có tiền sử gia đình bị ung thư vú khi trẻ tuổi, và nhiều thành viên gia đình bị ảnh hưởng thì nguy cơ mắc càng cao (Pharoah et al. Phân loại ung thư vú: Nguyễn Phan Cẩm Trang 5 Khóa luận tốt nghiệp 2011 Theo American Cancer Society (2011), việc phân loại thường bệnh thường bao gồm các khía cạnh sau: các giai đoạn bệnh (Tumor-lympho Nodes-Metastasis (TNM)), bệnh lý, lớp, tình trạng thụ thể và sự có mặt hay vắng mặt của các gen được xác định bởi thử nghiệm DNA.

Việc phân loại ung thư vú theo TNM dựa vào: kích thước của khối u nguyên phát (T-tumor), giai đoạn có hoặc không có các khối u đã di căn tới các hạch bạch huyết (N-lympho nodes) ở nách và cuối cùng là khối u đã di căn (M-metastasis) trong cơ thể. Theo phân loại TNM, bệnh có 5 giai đoạn chính: - Giai đoạn 0: là giai đoạn tiền ung thư với tình trạng đánh dấu như ung thư ống dẫn sữa tại chỗ (DCIS- Ducal in situ) hoặc ung thư biểu mô thùy tại chỗ (LCIS- in situ lobular carcinomas). - Giai đoạn 1-3: được xác định là giai đoạn đầu của bệnh với một tiên lượng tốt. - Giai đoạn 4: được xác định là giai đoạn di căn của bệnh với một tiên lượng xấu.

Phương pháp phát hiện và điều trị ung thư vú: Bệnh ung thư vú diễn biến âm thầm, đa phần được chính người bệnh phát hiện khi họ nhận thấy một sự thay đổi ở tuyến vú. Các phương pháp chẩn đoán trước đây chủ yếu là phát hiện khi bệnh đã vào giai đoạn tiến triển của khối u. Nếu việc tự khám vú theo tiêu chuẩn y tế hoặc chụp nhũ ảnh đã cho thấy triệu chứng bất thường (Pisano et al., 2005), có thể lấy dịch hay tế bào để thử nghiệm chỗ bất thường có dạng u nang tức là bướu nước (cyst) bằng cách dùng kim nhỏ (Aspiration). Nếu phương pháp này không cho kết quả, có thể sử dụng phương pháp sinh thiết (Biopsy), trích mô với sự hướng dẫn của quang tuyến (Stereotactic Biopsy), hoặc phương pháp siêu âm phân biệt được bướu đặc và bướu nước để chẩn đoán.

Nhiều phương pháp chẩn đoán hình ảnh khác cũng được sử dụng trong chẩn đoán ung thư vú như: cắt lớp điện toán CT scan, chụp cộng hưởng từ MRI. Các xét nghiệm giúp đánh giá tình trạng di căn xa và đánh giá đáp ứng điều trị như: tìm thụ thể với estrogen, đo nồng độ estradiol tự do trong máu, xét nghiệm máu, sinh hoá, siêu âm, X-quang. Nguyễn Phan Cẩm Trang 6 Khóa luận tốt nghiệp 2011 Tùy vào giai đoạn của bệnh sẽ sử dụng các phương pháp chữa trị khác nhau. Ung thư vú được chữa trị bằng cách phẫu thuật cắt bỏ khối u, sau đó có thể kết hợp điều trị bằng hóa trị và xạ trị.

Thuốc sử dụng điều trị bổ trợ ung thư vú chia thành 3 nhóm là: liệu pháp hormone ngăn chặn, hóa trị và các kháng thể đơn dòng. Các loại thuốc này được dùng sau khi phẫu thuật hoặc đưa vào trong phẫu thuật dưới dạng tá dược. Trong nhóm liệu pháp hormone ngăn chặn, sử dụng thuốc kháng các thụ thể estrogen (ví dụ như tamoxifen), thuốc ức chế enzyme aromatase (Anastrozole, letrozole. Với liệu pháp hóa trị, phương pháp điều trị phổ biến là sử dụng các hóa chất như cyclophosphamide và doxorubicin (adriamycin) (CA); hoặc cyclophosphamide, methotrexate và fluorouracil (CMF).

Trong liệu pháp dùng kháng thể đơn dòng, trastuzumab là kháng thể đơn dòng được sử dụng để kháng lại thụ thể tăng trưởng biểu bì - HER2/neu (Jahanzeb, 2008). Ung thư vú có thể phòng ngừa và chữa trị kịp thời nếu phát hiện ở giai đoạn sớm, điều này sẽ làm giảm đáng kể tỷ lệ tử vong do ung thư ở phụ nữ. Do đó, việc tìm ra một dấu chứng sinh học phát hiện bệnh và các giai đoạn của bệnh là điều cấp thiết. Tổng quan về Epigenetics: Epigenetics được định nghĩa là sự thay đổi di truyền trong sự biểu hiện của gen liên quan đến những thay đổi cấu trúc DNA nhưng không liên quan đến thay đổi trình tự DNA và được di truyền một cách ổn định từ thế hệ này sang thế hệ khác (Nephew & Huang, 2002).

Epigenetics bao gồm các hiện tượng sau: sự methyl hóa DNA, các biến đổi histone (phosphoryl hóa, acetyl hóa và methyl hóa (hình 1.1)), và microRNAs (Brooks et al. Trong phần nghiên cứu này, chúng tôi tập trung vào hiện tượng methyl hóa DNA và biến đổi histone, vì chúng có liên quan mật thiết với nhau trong quá trình hình thành ung thư. Nguyễn Phan Cẩm Trang 7 Khóa luận tốt nghiệp 2011 Hình 1.1: Hiện tượ ng Epigenetics (sự methyl hóa DNA và biến đổi histone) I.

Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ

Tài liệu "Khảo Sát Mức Độ Methyl Hóa Gen RASSF1A Trong Ung Thư Vú" cung cấp cái nhìn sâu sắc về vai trò của methyl hóa gen RASSF1A trong sự phát triển của ung thư vú. Nghiên cứu này không chỉ giúp xác định mức độ methyl hóa của gen này mà còn chỉ ra mối liên hệ giữa sự thay đổi trong biểu hiện gen và sự tiến triển của bệnh. Điều này có thể mở ra hướng đi mới trong việc chẩn đoán và điều trị ung thư vú, mang lại lợi ích cho cả bệnh nhân và các nhà nghiên cứu trong lĩnh vực y học.

Để mở rộng kiến thức của bạn về các khía cạnh liên quan, bạn có thể tham khảo tài liệu Phân tích methyl hóa và biểu hiện của yếu tố line 1 ở bệnh nhân ung thư vú Việt Nam, nơi cung cấp thông tin về methyl hóa trong bối cảnh ung thư vú tại Việt Nam. Ngoài ra, tài liệu Nghiên cứu kiểu gen tp53 và mdm2 trong ung thư tế bào gan nguyên phát sẽ giúp bạn hiểu thêm về các gen liên quan đến ung thư khác. Cuối cùng, tài liệu Nghiên cứu biểu hiện gen matrix metalloproteinase 9 mmp 9 của người ở e col cũng cung cấp thông tin hữu ích về biểu hiện gen trong các bệnh lý khác. Những tài liệu này sẽ giúp bạn có cái nhìn toàn diện hơn về các nghiên cứu gen trong ung thư.