mở đầu ba triều đại nhà Đinh, nhà Tiền Lê và nhà Lý; Hoa Lư lại có địa hình thuộc vùng bán sơn địa, là nơi chuyển tiếp giữa miền rừng núi và đồng bằng nên có rất nhiều các hang động, thắng cảnh thuận lợi phát triển du lịch. Xã Trường Yên nằm ở phía bắc huyện Hoa Lư, giáp với huyện Gia Viễn qua sông Hoàng Long ở phía bắc và xã Gia Sinh, Gia Viễn ở phía tây. Phía đông giáp với các xã Ninh Giang, Ninh Hòa, phía nam giáp với Ninh Xuân, Ninh Hải đều thuộc huyện Hoa Lư. Trường Yên là xã miền núi, thuộc vùng chuyển tiếp giữa đồng bằng và miền núi.
Năm 2010, Trường Yên có diện tích 21,4 km², dân số 11.650 người, mật độ dân số 544 người/km². Đây là 1 trong các xã có dân số lớn nhất Ninh Bình, cũng là xã có diện tích lớn thứ 9 ở Ninh Bình. Xã Trường Yên hiện nay gồm 16 thôn: thôn Đông, thôn Tây (thôn Đoài), thôn Nam, thôn Bắc, thôn Trung, thôn Tam Kỳ, thôn Trường An, thôn Chi Phong, thôn Tụ An, thôn Trường Sơn, thôn Trường Thịnh, thôn Trường Xuân, thôn Tân Hoa, thôn Vàng Ngọc, thôn Yên Trạch, thôn Đông Thành. Toàn bộ xã Trường Yên hiện nằm trong vùng bảo vệ đặc biệt của Cố đô Hoa Lư theo quyết định 82/2003/QĐ-TTg của thủ tướng chính phủ năm 2003.
9 Xã Trường Yên có hệ thống giao thông thủy bộ rất thuận tiện cho giao lưu kinh tế, văn hóa với các vùng trong tỉnh và đi các tỉnh khác. Từ Hà Nội, xuôi phía nam theo đường Quốc lộ 1 khoảng 90km, đến ngã ba cầu Huyện (thị trấn Thiên Tôn, huyện Hoa Lư), rẽ phải vào đường 12C (trước kia là đường Tiến Yết) đi 5km về phía tây là đến địa bàn xã. Ngoài đường 12C, Trường Yên còn có đường chiến lược Nguyễn Văn Trỗi từ Trường Yên qua một số xã thuộc huyện Gia Viễn, và huyện Nho Quan, Ninh Bình gặp đường 59 tại ngã ba Rịa (Nho Quan, Ninh Bình); Đường chiến lược Trường Yên – Xuân Thành (qua Ninh Xuân, Ninh Thành) nhập vào Quốc lộ 1 tại ngã tư quốc lộ 1 – đường Lương Văn Thăng – đường Xuân Thành, thành phố Ninh Bình; Đường Tràng An từ thành phố Ninh Bình đến chùa Bái Đính, phục vụ khu quần thể du lịch hang động Tràng An, đền thờ vua Đinh, vua Lê, chùa Bái Đính. Điều kiện tự nhiên 1.1 Địa hình Trường Yên có địa hình phức tạp với nhiều núi, sông: rừng và núi chiếm gần 43% diện tích đất tự nhiên; đất canh tác chiếm 32% song chủ yếu là ruộng chiêm trũng; đất bằng, đầm lầy, mặt nước lẫn trong núi rừng không canh tác được chiếm 10%.
Các núi đá ở Trường Yên, có một số núi quan trọng từng đóng vai trò nhất định trong lịch sử hình thành và phát triển của kinh đô Hoa Lư thuở trước: - Núi Cột Cờ: Núi cao hơn 90m, là nơi được vua Đinh Tiên Hoàng dùng để cắm cờ nước nên được gọi là núi Cột Cờ, núi giống như một cột cờ thiên nhiên khổng lồ giữa vùng núi non trùng điệp của kinh đô Hoa Lư xa xưa. - Núi Mã Yên: Núi nằm ngay trước cửa đền vua Đinh Tiên Hoàng. Nhìn từ xa, núi giống như hình chiếc yên ngựa, hai đầu nhô cao, giữa võng xuống, nên được gọi là núi Mã Yên. Tương truyền, núi là nơi được vua Đinh Tiên Hoàng lấy làm án xây dựng kinh đô Hoa Lư.
Trên đỉnh núi có lăng vua Đinh 10 Tiên Hoàng bằng đá. Đứng trên đỉnh núi, ta có thể nhìn rõ toàn cảnh Cố đô Hoa Lư với núi non, sông nước hùng vĩ. - Núi Đại Vân: Núi được vua Lê dựng điện Bách Bảo Thiên Tuế. - Ghềnh Tháp: Là một mỏm núi thấp, nhô ra sát sông Sào Khê (gần Xuyên Thủy Động).
Đây là nơi tương truyền vua Đinh, vua Lê thường đứng trên đó để duyệt thủy quân. - Núi Hang Luồn: Núi có hang luồn xuyên qua núi, gọi là hang Luồn, hay Xuyên Thủy Động, hay Động Xuyên Sơn. Hang rộng hơn 30m, vòm hang thấp nhưng dài 143m. Sông Sào Khê chảy xuyên qua hang.
Từ kinh đô Hoa Lư có thể xuống thuyền theo sông Sào Khê qua hang Luồn đi về phía Nam rất dễ dàng. - Núi Am Tiên: Núi có động là nơi vua Đinh dùng làm ngục đá, nuôi nhốt hổ báo, để khi có kẻ nào phạm tội nặng thì nhốt vào đó để mãnh thú ăn thịt. Ngày nay, động Am Tiên đã được tu sửa thành chùa Am Tiên, đặt nhiều tượng Phật, là một điểm tham quan du lịch trong Quần thể di tích Cố đô Hoa Lư. - Núi Chùa Am: Núi có hang rộng và sâu được dùng làm chùa Am, cửa quay hướng tây bắc.
Ở phía Đông Nam gọi là núi Đìa, có hang dùng làm chùa Đìa. Hai chùa này đều được xây dựng từ thời Đinh, có thể đi thông với nhau bằng một hang nhỏ. - Núi Hang Quàn: Núi có hang rộng lớn, là nơi quàn linh cữu của những người trong triều đình trước khi đem chôn. Các núi đá ở Trường Yên, trong lịch sử từng là những bức tường thành thiên nhiên vững chắc bảo vệ kinh đô Hoa Lư, là nơi vua Đinh khai thác sức mạnh của thiên nhiên trong công cuộc xây dựng và bảo vệ tổ quốc.
Ngày nay, những núi đá thiên nhiên đó dù đã trải qua hàng ngàn năm lịch sử, vẫn sừng sững giữa đất trời, là chứng tích về một thời kì lịch sử hào hùng của dân tộc, đồng thời trở thành những di tích danh thắng độc đáo, thu hút khách du lịch trong và ngoài nước. Khí hậu Khí hậu Trường Yên cũng như Hoa Lư, Ninh Bình được coi là yếu tố quan trọng chi phối mạnh mẽ đến đời sống thường ngày cũng như các hoạt động du lịch. Trường Yên nằm trong vùng khí hậu của Hoa Lư – Ninh Bình mang đặc trưng của nền khí hậu nhiệt đới ẩm gió mùa, với mùa hè nóng, ẩm, mưa nhiều và mùa đông lạnh, có mưa phùn. Thời tiết ở Trường Yên hàng năm chia làm 4 mùa rõ rệt xuân, hạ, thu, đông.
Nhiệt độ trung bình năm khoảng 23,40C; nhiệt độ lúc cao nhất là 38 – 390C, thấp nhất là 5 – 80C. Tổng số giờ nắng trong năm từ 1620 – 1700 giờ, bình quân một tháng là 135 giờ, tháng cao nhất 136 – 202 giờ, thấp nhất 43 – 46 giờ. Trường Yên, Hoa Lư chịu ảnh hưởng của hai mùa gió chính là gió mùa đông bắc và gió mùa đông nam. Mùa đông, hướng gió chủ đạo là gió mùa đông bắc bắt đầu từ tháng 11 năm trước đến tháng 4 năm sau.
Gió thường mang theo hơi lạnh làm nhiệt độ giảm xuống từ 5 0 – 100C so với nhiệt độ trung bình năm. Gió mùa đông nam hoạt động vào mùa hè từ tháng 5 đến tháng 10. Đặc điểm của loại gió này thường mang hơi nước gây nhiều mưa. Chính hoạt động của các loại gió này cũng làm thay đổi độ ẩm trong không khí của Trường Yên cũng như cả vùng đất Hoa Lư, Ninh Bình.
Độ ẩm bình quân trong năm là 83,4%; độ ẩm trung bình cao nhất là 86,3% (tháng 9), thấp nhất là 75% (tháng 2). Do hoạt động của các luồng gió khác nhau nên lượng mưa trong năm cũng có sự chênh lệch. Lượng mưa trung bình năm khá cao, 1820 – 1840mm; nhưng phân bố không đều giữa các mùa, tập trung nhiều nhất vào các tháng 5 đến tháng 10, chiếm 82 – 89 % lượng mưa hàng năm; trong khi đó vào mùa khô, có năm hàng tháng trời không có trận mưa nào dù là mưa nhỏ. Ngoài ra trong các tháng này thường có giông, bão kèm theo mưa lớn gây ngập úng, lụt cục bộ.
Theo quan sát trong những năm gần đây khí hậu của xã Trường Yên khá thuận lợi, hầu như không có bão, ít mưa, nhiệt độ và độ ẩm không cao. Chính 12 khí hậu này thích hợp cho các hoạt động và các ngành nghề kinh doanh dịch vụ du lịch của địa phương. Sông ngòi Xã Trường Yên có hệ thống thuỷ văn khá đa dạng, có 3 con sông chảy qua là: Sông Hoàng Long, sông Sào Khê và sông Chanh. Đây là những tuyến đường thủy quan trọng và là nguồn cung cấp nước chủ yếu cho sản xuất và sinh hoạt trên địa bàn xã.
Tuy nhiên về mùa mưa, mực nước ở các sông dâng cao làm ngập lụt các vùng đất ngoài đê, đồng thời gây ngập úng cục bộ trong nội đồng. - Sông Hoàng Long: Tên gọi sông Hoàng Long có từ thời vua Đinh Tiên Hoàng (thế kỉ X). Sông bắt nguồn từ các xã thuộc huyện Nho Quan (Ninh Bình), nhận nước của hai con sông: sông Bôi và sông Lạng (Hòa Bình), chảy qua các xã của Gia Viễn (Ninh Bình) về bến đò Trường Yên, chảy tiếp đến ngã ba Gián Khẩu nhập vào sông Đáy. Từ đây có thể xuôi ra biển, hoặc ngược lên Hà Nam, Hà Nội ra sông Hồng.
Hạ lưu sông Hoàng Long là ngã ba Gián Khẩu (Gia Viễn, Ninh Bình), chảy về phía Đông. Đoạn sông này nằm ở phía bắc xã Trường Yên. Đoạn sông từ xã Trường Yên đến ngã ba Gián Khẩu chia hai nhánh, chảy xuôi về phía nam: một nhánh chảy qua xã Trường Yên (Tiểu Hoàng Long), nay gọi là sông Sào Khê, một nhánh chảy qua xã Ninh Giang (Hoa Lư, Ninh Bình) gọi là sông Chanh. Sông Hoàng Long dài khoảng 30km, trong lịch sử gắn với huyền thoại “Rồng vàng cứu Đinh Bộ Lĩnh”, là “bức tường thành thiên nhiên nước” cũng như đường giao thông thủy rất thuận lợi của kinh đô Hoa Lư xưa.
Ngày nay, sông Hoàng Long với lưu lượng nước sông lớn, là nguồn cung cấp nước tưới chính, thỏa mãn nhu cầu tưới tiêu cho xã Trường Yên. Sông Hoàng Long còn là nguồn tiếp nước ngọt cho sông Sào Khê, cống Trường Yên, âu sông Chanh (Hoa Lư, Ninh Bình). - Sông Sào Khê (sông Hang Luồn), là một chi nhánh sông Hoàng Long: Từ sông Hoàng Long, ở một điểm nằm phía bắc kinh đô Hoa Lư có một 13 nhánh sông chảy xuôi về phía nam, chảy qua địa phận xã Trường Yên, chảy qua các xã Ninh Xuân, Ninh Thắng (Hoa Lư, Ninh Bình), nhập vào sông Chanh, đổ vào sông Vạc (ở Cầu Yên, Hoa Lư, Ninh Bình) gặp sông Vân Sàng tạo thành ngã ba Vũ Lâm và xuôi ra biển Đông. Sông Sào Khê trong lịch sử từng là nơi thủy quân của nhà Đinh và nhà Tiền Lê tập luyện thường xuyên, cũng là nơi ghi dấu ấn vua Đinh Tiên Hoàng và vua Lê Đại Hành thường đến để duyệt các đội thủy quân (Ghềnh Tháp, bờ phía đông của sông), nay là nguồn tưới tiêu nước cho toàn xã.
- Sông Chanh: làm nhiệm vụ tiếp nước cho lưu vực và tiếp thêm nước cho hệ thống sông Vạc, là nơi nhận nước tưới tiêu trong khu vực.