Chương 1 CÁC LIÊN K T HÓA H C 1. Thành phần nguyên tố của tế bào Mọi cơ thể sống từ đơn giản đến phức tạp đều được cấu tạo từ tế bào. Tế bào được cấu tạo nên từ các chất hóa học. Thành phần hoá học trong tế bào rất phức tạp, đa dạng.
Trong tế bào chứa nhiều nguyên tố khác nhau với hàm lượng rất khác nhau. Trong hơn 100 nguyên tố hóa học có trong tự nhiên, trong tế bào có mặt hơn 70 nguyên tố khác nhau. Trong các nguyên tố có mặt trong tế bào, 16 nguyên tố (C, H, O, N, S, P, K, Mg, Ca, Fe, Ca, Cl, Na, Mn, Zn, I) là những nguyên tố có vai trò quan trọng trong việc cấu tạo nên các thành phần của tế bào, thực hiện các chức năng sống của tế bào. Sáu nguyên tố C, H, O, N, S, P được gọi là các nguyên tố phát sinh sinh vật vì vai trò quan trọng của chúng.
Các nguyên tố này chiếm trên 97% khối lượng tế bào. Từ 6 nguyên tố này, cấu tạo nên tất cả các hợp chất hữu cơ của tế bào nên có vai trò quyết định sự tồn tại của sự sống. Ngoài 16 nguyên tố chủ yếu trên, trong tế bào còn có nhiều nguyên tố khác với hàm lượng và vai trò khác nhau. Trong tế bào của các nhóm sinh vật khác nhau, hàm lượng các nguyên tố cũng không giống nhau.
Hàm lượng các nguyên tố trong tế bào còn thay đổi tuỳ thuộc điều kiện môi trường (thực vật, VSV), chế độ dinh dưỡng (động vật). Các liên kết hoá học trong tế bào 1. Liên kết cộng hoá trị Liên kết cộng hoá trị là loại liên kết phổ biến và có vai trò quan trọng trong các hợp chất hoá học của cơ thể sống. Trong liên kết cộng hoá trị, hai nguyên tử cùng bỏ ra các điện tử để dùng chung cho cả hai nguyên tử.
Nếu mỗi nguyên tử bỏ ra một điện tử dùng chung sẽ tạo nên liên kết đơn (-), nếu bỏ ra 2 điện tử dùng chung sẽ tạo ra liên kết đôi (=) và nếu bỏ ra 3 điện tử dùng chung sẽ tạo ra liên kết ba (≡). Một nguyên tử có thể đồng thời bỏ ra các điện tử dùng chung với một số nguyên tử khác. Nguyên tử có thể liên kết với nguyên tử khác cùng nguyên tố hay khác nguyên tố. Liên kết cộng hoá trị là loại liên kết quan trọng, là liên kết để các nguyên tử gắn lại với nhau tạo nên hầu hết các loại hợp chất trong cơ thể.
Liên kết ion Liên kết ion hay còn gọi liên kết tĩnh điện là liên kết được tạo ra bởi lực hút tĩnh điện giữa 2 ion trái dấu hay giữa 2 nguyên tử khác nhau lớn về độ âm điện. Giữa 2 nguyên tử khác nhau lớn về độ âm điện như Na và Cl thì Cl là nguyên tử có độ âm điện lớn nên có khả năng hút hẳn 1 điện tử của Na sang quĩ đạo của nó, làm cho nguyên tử thừa 1 điện tử và tích điện Cl-. Ngược lại, Na có độ âm điện rất bé nên dễ nhường hẳn điện tử cho Cl để trở thành Na+. Hai ion Na+ và Cl- liên kết với nhau bằng lực hút tĩnh điện tạo ra phân tử NaCl: Na+ + Cl- NaCl Liên kết ion tạo nên nhiều hợp chất vô cơ như NaCl, KCl.
Liên kết ion cũng có mặt trong nhiều hợp chất hữu cơ như trong cấu trúc bậc III của protein. Liên kết hyđro Liên kết hyđro được tạo ra giữa các nhóm có H (NH, OH, .) với các nguyên tử có độ âm điện lớn như O, N. Do độ âm điện lớn nên các nguyên tử O, N tạo lực hút nguyên tử H của các nhóm NH, OH. dịch gần về phía nó, làm cho nguyên tử H trở thành cầu nối giữa 2 nhóm và 2 nhóm liên kết lại với nhau nhờ "sợi dây nối H2".
Các liên kết H2 có chiều dài xác định và hướng xác định nên tạo thành hình dạng ổn định của phân tử. Liên kết H2 là liên kết yếu dễ dàng bị phân huỷ bởi năng lượng nhỏ. Liên kết hyđro là loại liên kết rất quan trọng trong các đại phân tử như protein, acid nucleic. Trong protein, liên kết hyđro tạo nên cấu trúc bậc II của phân tử.
Trong acid nucleic, các nucleotide ở 2 chuỗi của ADN hay 2 phần khác nhau của chuỗi ARN liên kết với nhau bằng liên kết hydro theo nguyên lý bổ sung để tạo nên phân tử ADN và ARN. Liên kết kỵ nước Trong các phân tử phân cực thường chứa các gốc mang điện tích trái dấu và có khả năng liên kết với các phân tử nước, đó là gốc ưa nước. Trái lại, ở các phân tử không phân cực, hay các phần không phân cực của 1 phân tử do không tích điện nên không có khả năng liên kết với các phân tử nước, đó là gốc kỵ nước, như gốc -CH3. Khi các gốc kỵ nước ở gần nhau, giữa chúng hình thành lực hút, đó là lực hút kỵ nước tạo nên liên kết kỵ nước.
Liên kết kỵ nước có mặt trong cấu trúc của protein, lipid. Liên kết hấp dẫn Khi 2 phân tử ở gần nhau với khoảng cách ngắn d < 5Ao thì giữa chúng xuất hiện lực hút hấp dẫn (lực van dervan) làm cho chúng hút dính vào nhau. Loại liên kết này là cơ sở hình thành cấu trúc bậc IV từ cấu trúc bậc III của protein. Chương 3 CÁC CH T HỮU C 3.
Monosaccharide (đường đơn) Từ các polyalcol có từ 3C đến 7C bị khử hyđro sẽ tạo ra các phân tử đường đơn tương ứng. Tuỳ theo vị trí khử H2 sẽ tạo ra 2 dạng đường: - Nếu khử H2 tại C1 sẽ cho đường dạng aldose. - Nếu khử H2 tại C2 sẽ cho đường dạng catose. Trong nguyên tử đường đơn có chứa các nguyên tử C bất đối nên có các dạng đồng phân lập thể.
Số lượng đồng phân lập thể được tính bằng công thức A = 2n. Trong đó: A là số đồng phân, n là số lượng nguyên tử C bất đối có trong phân tử. Người ta qui định lấy vị trí nhóm OH của nguyên tử C bất đối ở xa nhóm định chức nhất để phân thành 2 nhóm đồng phân: - Nếu tại C bất đối đó nhóm OH quay phía phải thì phân tử đó thuộc đồng phân D. - Nếu tại C bất đối đó nhóm OH quay phía trái thì phân tử đó thuộc đồng phân L.
Đa số các phân tử đường có 5C trở lên ở trong dung dịch đều có cấu trúc dạng vòng. Có 2 loại vòng: vòng 5 cạnh và vòng 6 cạnh. Khi hình thành cấu trúc dạng vòng làm xuất hiện thêm một nguyên tử C bất đối mới sẽ xuất hiện dạng đồng phân mới. Nhóm OH tạo ra này gọi là nhóm OH - glucozid.
Nếu nhóm OH - glucozid quay lên trên thì có dạng đồng phân β, nếu nhóm OH - glucozid quay xuống dưới thì tạo ra dạng đồng phân α. Trong tế bào có nhiều loại monosaccharide khác nhau, trong đó có một số loại khá phổ biến: - Triose: aldehyl - glyceric, dioxiaceton. - Pentose: ribose, ribulose, xilulose. Disaccharide Disaccharide là đường đôi do 2 đơn vị monosaccharide liên kết với nhau tạo thành.
Liên kết giữa 2 monosaccharide là liên kết glucozid. Có nhiều loại disaccharide tồn tại trong tế bào. Trong đó, phổ biến nhất là maltose, saccharose, lactore. - Maltose là loại đường đôi do 2 phân tử α.glucose liên kết với nhau bằng liên kết (1 - 4) glucozid.
CH2OH CH2OH O O O Maltose là thành phần trung gian cấu trúc nên tinh bột và cũng là sản phẩm phân huỷ tinh bột hay glycogen không hoàn toàn. - Saccharose là loại đường đôi do phân tử α.glucose ngưng tụ với phân tử β.fructose tạo nên. Hai monosaccharide này liên kết với nhau bằng liên kết (1α - 2β) glucozid tạo nên: CH2OH CH2OH O O CH2OH O Saccharose là đường đơn phổ biến ở thực vật, có nhiều trong mô dự trữ của nhiều nhóm cây như mía, củ cải đường. - Lactose là loại đường đôi do phân tử β.galactose ngưng tụ với phân tử α.glucose tạo nên.
Liên kết giữa 2 monosaccharide này là liên kết (1- 4) glucozid: CH2OH CH2OH O O O O Lactose có nhiều trong cơ thể động vật nhất là trong sữa. Polysaccaride Polysaccharide là các gluxit phức với phân tử rất lớn gồm nhiều đơn vị monosaccharide liên kết với nhau tạo nên. Polysaccharide không có vị ngọt như monosaccharide hay disaccharide, không tan trong nước mà chỉ tạo dung dịch keo. Đây là nhóm chất hữu cơ phổ biến và có khối lượng lớn nhất trên trái đất.
Polysaccharid rất đa dạng về chủng loại. Trong cơ thể sinh vật có rất nhiều loại polysaccharide khác nhau, trong đó phổ biến nhất là tinh bột, glycogen, cellulose. Tinh bột Tinh bột là chất dự trữ rất phổ biến ở thực vật. Có nhiều trong các mô dự trữ như hạt, củ.
Tinh bột không phải là đơn chất mà là hỗn hợp các chuỗi thẳng các phân tử amylose và chuỗi phân nhánh là amilopectin. Tỷ lệ 2 nhóm chất này trong tinh bột quyết định các tính chất lý - hoá của chúng, quyết định chất lượng của chúng (độ dẻo, độ nở. Amylose là polysaccharide được tạo nên từ các phân tử α.glucose liên kết với nhau bằng liên kết (1α - 4) glucozid tạo nên chuỗi polysaccharide. Mối liên kết glucozit được tạo ra sẽ loại một phân tử H2O.
Do chỉ có loại liên kết (1α - 4) glucozid cấu tạo nên amylose nên phân tử amylose có cấu trúc mạch thẳng. Amylose được tạo ra từ 5000 - 1000 phân tử α. Chuỗi phân tử glucose xoắn lại với nhau theo hình xoắn lò xo. Sự hình thành dạng xoắn do hình thành các liên kết hyđro giữa các glucose tạo ra.
Mỗi vòng xoắn có 6 đơn vị glucose và được duy trì bởi liên kết hyđro với các vòng xoắn kề bên. Khoảng không gian giữa các xoắn có kích thước phù hợp cho một số phân tử khác liên kết vào, ví dụ như iod. Khi phân tử iod liên kết vào vòng xoắn sẽ làm cho các phân tử glucose thay đổi vị trí chút ít và tạo nên phức màu xanh đặc trưng. Dạng xoắn của amylose chỉ tạo thành trong dung dịch và ở nhiệt độ thường.
Khi ở nhiệt độ cao chuỗi xoắn sẽ bị duỗi thẳng ra và không có khả năng liên kết với các phân tử khác. CH2OH CH2OH CH2OH O O O O O O O 1 đoạn amylose có khoảng 500.000 đến 1 triệu phân tử α.glucose liên kết với nhau. Trong amylopectin * Amylopectin.Amylopectin có cấu tạo phức tạp hơn. Tham gia cấu tạo amylopectin có 2 loại liên kết: - Liên kết (1α - 4) glucozid tạo mạch thẳng.
- Liên kết (1α - 6) glucozid tạo mạch nhánh.