Phát hiện virus Passionfruit Vietnam (PVNV) trong chanh dây bằng RT-PCR

• Tác giả: Tran Thi Ngoc Ha
• Người hướng dẫn: Huynh Van Biet, Ph.D
• Trường học: Nong Lam University
• Chuyên ngành: Biotechnology
• Đề tài: Phát hiện virus Passionfruit Vietnam (PVNV) trong chanh dây bằng phương pháp RT-PCR
• Loại tài liệu: Graduation thesis
• Năm xuất bản: 2019 - 2023
• Địa điểm: Thu Duc City

• ACKNOWLEDGEMENTS
• CONFIRMATION AND COMMITMENT
• ABSTRACT
• TÓM TẮT
• TABLE OF CONTENTS
• 1. CHAPTER 1: OBJECTIVES OF THE RESEARCH
• 1.1. Objectives of the research
• 1.2. Content research
• 1.2.1. Content 1: Establishment of RT-PCR assay for the detection of PVNV by using positive control samples
• 1.2.2. Optimization of annealing temperature of the RT-PCR
• 1.2.3. Optimization of primer concentration of the RT-PCR
• 1.2.4. Specificity evaluation of the RT-PCR assay
• 1.2.5. Determination of the limit of detection (LOD) of the RT-PCR assay
• 1.2.6. Content 2: Application of the established RT-PCR assay on field samples
• 2. CHAPTER 2: OVERVIEW OF PASSIONFRUIT
• 2.1. Origin of passionfruit
• 2.2. Botanical features of Passiflora edulis
• 2.3. Classification
• 2.4. Nutrients of passionfruit
• 2.5. Passionfruit extract uses
• 2.6. Cultivation and exportation
• 2.6.1. International
• 2.6.2. National
• 3. CHAPTER 3: MATERIALS AND METHODS
• 3.1. Location of the research
• 3.2. Equipment and chemicals
• 3.3. Research workflow
• 3.4. Genomic DNA removal by enzyme Dnase I
• 3.5. cDNA synthesis by Reverse Transcription
• 3.6. Polymerase chain reaction and electrophoresis
• 3.7. Sequencing of the obtained PCR products
• 3.8. Cloning and sequence examination
• 3.9. Annealing temperature optimization
• 3.10. Primers concentration optimization
• 3.11. Evaluation of the specificity of the RT-PCR
• 3.12. Sensitivity and determination for limit of detection (LOD) of the RT-PCR
• 3.13. Application of the established RT-PCR assay on field samples
• 4. CHAPTER 4: RESULTS AND DISCUSSION
• 4.1. Results of establishment of RT-PCR assay for the detection of PVNV by using positive control samples
• 4.2. RNA extraction and quantification
• 4.3. Sequencing of the target gene amplification
• 4.4. Cloning and sequence examination
• 4.5. Annealing temperature optimization
• 4.6. Primer concentration optimization
• 4.7. Evaluation of the specificity of the RT-PCR
• 4.8. Sensitivity and determination for limit of detection (LOD) of the RT-PCR
• 4.9. Application of the established RT-PCR assay on field samples
• 5. CHAPTER 5: CONCLUSION AND RECOMMENDATION
• LIST OF ABBREVIATIONS
• LIST OF TABLES
• LIST OF FIGURES

I. Tổng quan về virus Passionfruit Vietnam PVNV và chanh dây

Virus Passionfruit Vietnam (PVNV) là một trong những tác nhân gây bệnh nghiêm trọng cho cây chanh dây (Passiflora edulis). Bệnh hoá ban vỏ trái chanh dây (PWD) do PVNV gây ra đã dẫn đến thiệt hại lớn cho sản xuất chanh dây tại Việt Nam. Việc phát hiện sớm và chính xác sự hiện diện của virus này là rất cần thiết để kiểm soát và giảm thiểu thiệt hại cho nông nghiệp.

1.1. Đặc điểm và tác động của virus Passionfruit

PVNV thuộc họ Potyvirus, gây ra nhiều triệu chứng khác nhau trên cây chanh dây như lá biến dạng, quả bị biến dạng và giảm năng suất. Việc hiểu rõ về virus này giúp nông dân có biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

1.2. Tình hình chanh dây tại Việt Nam

Chanh dây là một trong những cây trồng quan trọng tại Việt Nam, với diện tích trồng ngày càng tăng. Tuy nhiên, sự lây lan của PVNV đã gây ra nhiều thách thức cho người nông dân trong việc duy trì sản xuất.

II. Vấn đề và thách thức trong phát hiện virus PVNV

Việc phát hiện virus PVNV gặp nhiều khó khăn do sự đa dạng của các loại virus có thể gây bệnh cho chanh dây. Các triệu chứng của bệnh thường không rõ ràng, dẫn đến việc chẩn đoán sai. Điều này làm tăng nguy cơ lây lan virus trong các vườn chanh dây.

2.1. Các triệu chứng của bệnh chanh dây

Các triệu chứng của bệnh do PVNV gây ra có thể bao gồm lá biến dạng, quả nhỏ và không phát triển. Những triệu chứng này có thể bị nhầm lẫn với các bệnh khác, gây khó khăn trong việc phát hiện sớm.

2.2. Khó khăn trong việc kiểm tra virus

Việc kiểm tra virus bằng các phương pháp truyền thống thường không hiệu quả và tốn thời gian. Do đó, cần có các phương pháp hiện đại hơn để phát hiện virus một cách nhanh chóng và chính xác.

III. Phương pháp RT PCR trong phát hiện virus PVNV

Phương pháp RT-PCR đã được thiết lập để phát hiện virus PVNV trong chanh dây. Đây là một phương pháp nhạy bén và chính xác, cho phép phát hiện virus ngay cả khi nồng độ virus thấp.

3.1. Nguyên lý hoạt động của RT PCR

RT-PCR là phương pháp kết hợp giữa phản ứng chuỗi polymerase và phiên mã ngược, cho phép khuếch đại DNA từ RNA của virus. Phương pháp này giúp phát hiện virus một cách nhanh chóng và hiệu quả.

3.2. Quy trình thực hiện RT PCR

Quy trình RT-PCR bao gồm các bước như chiết xuất RNA, tổng hợp cDNA, và khuếch đại sản phẩm PCR. Nghiên cứu đã tối ưu hóa các điều kiện như nhiệt độ bắt cặp và nồng độ mồi để đạt được kết quả tốt nhất.

3.3. Đánh giá độ nhạy và độ đặc hiệu của phương pháp

Độ nhạy và độ đặc hiệu của phương pháp RT-PCR đã được kiểm tra bằng cách sử dụng các mẫu virus khác nhau. Kết quả cho thấy phương pháp này có khả năng phát hiện PVNV với độ chính xác cao.

IV. Kết quả nghiên cứu và ứng dụng thực tiễn

Nghiên cứu đã phát hiện 9/34 mẫu chanh dây dương tính với virus PVNV, chiếm 26.47%. Kết quả này cho thấy sự lây lan của virus trong các vùng trồng chanh dây tại Việt Nam và nhấn mạnh tầm quan trọng của việc phát hiện sớm.

4.1. Kết quả phát hiện virus trong mẫu thực địa

Kết quả cho thấy có sự hiện diện của PVNV trong nhiều mẫu chanh dây, điều này cho thấy virus đã lây lan rộng rãi. Việc phát hiện sớm sẽ giúp nông dân có biện pháp phòng ngừa kịp thời.

4.2. Ứng dụng của phương pháp RT PCR trong nông nghiệp

Phương pháp RT-PCR không chỉ giúp phát hiện PVNV mà còn có thể áp dụng cho các loại virus khác. Điều này mở ra cơ hội cho việc kiểm soát dịch bệnh trong nông nghiệp một cách hiệu quả hơn.

V. Kết luận và triển vọng tương lai trong nghiên cứu virus PVNV

Việc phát hiện virus PVNV bằng phương pháp RT-PCR đã mở ra hướng đi mới trong việc kiểm soát bệnh hoá ban vỏ trái chanh dây. Nghiên cứu này không chỉ giúp nông dân bảo vệ mùa màng mà còn góp phần vào sự phát triển bền vững của ngành nông nghiệp.

5.1. Tầm quan trọng của việc phát hiện sớm virus

Phát hiện sớm virus là yếu tố quyết định trong việc kiểm soát dịch bệnh. Điều này giúp nông dân có thể áp dụng các biện pháp phòng ngừa kịp thời, giảm thiểu thiệt hại.

5.2. Hướng nghiên cứu trong tương lai

Nghiên cứu cần tiếp tục mở rộng để phát triển các phương pháp phát hiện virus hiệu quả hơn. Đồng thời, cần có các chiến lược quản lý dịch bệnh toàn diện để bảo vệ cây chanh dây khỏi các tác nhân gây hại.