Nghiên cứu gen mã hóa enzyme thủy phân cellulose từ khu hệ vi khuẩn ruột mối bằng kỹ thuật metagenomics

2015

201
1
0

Phí lưu trữ

40.000 VNĐ

Mục lục chi tiết

LỜI CAM ĐOAN

LỜI CẢM ƠN

MỤC LỤC

MỞ ĐẦU

0.1. Tính cấp thiết của đề tài

0.2. Mục tiêu của đề tài

0.3. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu

0.4. Nội dung nghiên cứu

0.5. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài

0.6. Đóng góp mới của đề tài

1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. GIỚI THIỆU CHUNG VỀ LIGNOCELLULOSE

1.2. GIỚI THIỆU CHUNG VỀ CELLULASE

1.2.1. Cơ chế hoạt động của cellulase và sự thủy phân cellulose

1.2.2. Cấu trúc của cellulase

1.2.2.1. Cấu trúc chung của cellulase
1.2.2.2. Cellulosome thủy phân cellulose

1.3. CELLULASE CỦA VI KHUẨN

1.3.1. Sơ lược về họ cellulase

1.3.2. Cellulase của vi khuẩn và vi khuẩn cổ

1.3.3. Cellulase vi khuẩn và vi khuẩn cổ ưa ấm

1.3.4. Cellulase ở vi khuẩn và vi khuẩn cổ ưa nhiệt

1.4. Ứng dụng của cellulase

1.4.1. Ứng dụng của cellulase trong công nghệ sản xuất bia, rượu vang, chế biến thực phẩm và thức ăn

1.4.2. Ứng dụng cellulase trong dệt may

1.4.3. Ứng dụng cellulase trong chế biến bột giấy và giấy

1.4.4. Ứng dụng của cellulase trong sản xuất cồn sinh học

1.5. MỐI VÀ HỆ VI SINH VẬT RUỘT MỐI LIÊN QUAN ĐẾN SỰ THỦY PHÂN LIGNOCELLULOSE

1.5.1. Sơ lược về mối và đa dạng mối ở Việt Nam

1.5.2. Hệ vi sinh vật trong ruột mối bậc thấp

1.5.3. Sự tiêu hóa lignocellulose của mối

1.5.4. Tình hình nghiên cứu gen mã hóa cellulase của sinh vật trong đường ruột mối bậc thấp

1.6. KHÁI QUÁT CHUNG VỀ METAGENOMICS

1.6.1. Phương pháp tiếp cận tìm gen mới bằng Metagenomics

1.6.2. Phân lập gen từ thư viện DNA đa hệ gen

1.6.3. Khai thác và phân lập gen từ dữ liệu trình tự DNA đa hệ gen

1.6.4. Phương pháp giải trình tự của một số hệ thống máy thế hệ mới

1.6.5. Tập hợp các read thành contig

1.6.6. Ứng dụng của Metagenomics

1.6.6.1. Ứng dụng của Metagenomics trong khai thác gen mới và đánh giá sự đa dạng vi sinh vật
1.6.6.2. Tiềm năng ứng dụng của Metagenomics

2. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. ĐỐI TƢỢNG, VẬT LIỆU, HÓA CHẤT VÀ THIẾT BỊ MÁY MÓC

2.1.1. Đối tượng và vật liệu

2.1.2. Hóa chất và thiết bị máy móc

2.2. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.2.1. Các phương pháp vi sinh

2.2.2. Các phương pháp sinh học phân tử

2.2.2.1. Tách chiết DNA hệ gen của mối
2.2.2.2. Phương pháp thu nhận vi khuẩn ruột mối và tách chiết DNA đa hệ gen của chúng
2.2.2.3. Tinh sạch DNA đa hệ gen bằng phương pháp máng đơn (troughing)
2.2.2.4. Giải trình tự DNA đa hệ gen bằng máy giải trình tự thế hệ mới HiSeq2000 của Illumina
2.2.2.5. Phương pháp biến nạp DNA plasmid vào vi khuẩn E. coli bằng sốc nhiệt
2.2.2.6. Phương pháp tách chiết DNA plasmid từ tế bào vi khuẩn E
2.2.2.7. Phương pháp cắt và ghép nối gen
2.2.2.8. Phương pháp tinh sạch DNA từ gel agarose bằng QIAquick Gel Extraction kit
2.2.2.9. Kỹ thuật PCR
2.2.2.10. Thiết kế vector biểu hiện pET22b(+) mang gen egc
2.2.2.11. Điện di DNA trên gel agarose
2.2.2.12. Phương pháp biểu hiện gen
2.2.2.13. Điện di biến tính protein trên gel polyacrylamide-SDS
2.2.2.14. Điện di protein trên gel polyacrylamide không SDS

2.2.3. Các phương pháp hóa sinh protein

2.2.3.1. Phương pháp tinh chế protein bằng sắc kí ái lực his-tag
2.2.3.2. Định lượng protein bằng phương pháp Bradford
2.2.3.3. Định lượng đường khử bằng phương pháp DNS
2.2.3.4. Phương pháp xác định hoạt tính endoglucanase
2.2.3.5. Phương pháp xác định hoạt tính β-glucosidase và β-xylosidase
2.2.3.6. Xác định ảnh hưởng của nhiệt độ, pH, các ion kim loại và một số hóa chất lên hoạt tính endoglucanase
2.2.3.7. Xác định độ bền của enzyme
2.2.3.8. Xác định thông số động học của enzyme

2.2.4. Các phương pháp tin sinh học và xử lý số liệu bằng phần mềm sinh học

2.2.4.1. Phân tích trình tự DNA đa hệ gen vi khuẩn ruột mối
2.2.4.2. So sánh trình tự ORF của dữ liệu DNA đa hệ gen với CSDL của NCBI
2.2.4.3. Thiết kế mồi bằng phần mềm FastPCR
2.2.4.4. Kiểm tra vị trí của các enzyme hạn chế trên gen quan tâm bằng phần mềm trực tuyến RestrictionMapper
2.2.4.5. Chuyển mã trình tự DNA sang trình tự axit amin bằng chương trình dịch mã ExPASy
2.2.4.6. Xây dựng cây phát sinh loài của loài mối nghiên cứu với các loài mối khác bằng phần mềm Genedoc và MEGA5
2.2.4.7. Dự đoán cấu trúc của EGC bằng phần mềm Phyre2

3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

3.1. KẾT QUẢ ĐỊNH LOÀI MỐI NGHIÊN CỨU BẰNG PHƢƠNG PHÁP PHÂN TỬ

3.1.1. Tách chiết DNA hệ gen của mối

3.1.2. PCR khuếch đại đoạn DNA của gen mã hóa RNA ribosome 16S ti thể mối

3.1.3. Phân tích sản phẩm PCR

3.2. TÁCH CHIẾT, ĐỌC VÀ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ DNA ĐA HỆ GEN VI KHUẨN RUỘT MỐI C

3.2.1. Tách chiết và tinh sạch DNA đa hệ gen vi khuẩn ruột mối C

3.2.2. Đọc và phân tích trình tự DNA đa hệ gen vi khuẩn ruột mối C

3.2.3. Tập hợp trình tự và xác định gen

3.2.4. Đa dạng vi sinh vật ruột mối C

3.3. GEN MÃ HÓA ENZYME THUỶ PHÂN CELLULOSE CỦA VI KHUẨN RUỘT MỐI C

3.3.1. Dự đoán chức năng gen của DNA đa hệ gen vi khuẩn ruột mối C

3.3.2. Gen mã hóa enzyme phân hủy cellulose

3.3.3. Lựa chọn ORF cellulase để biểu hiện

3.4. TÁCH DÕNG GEN egc

3.4.1. Trình tự ORF GL0130684

3.4.2. Khuếch đại gen egc

3.4.3. Ghép nối sản phẩm khuếch đại gen egc vào vector tách dòng pJET1

3.4.4. Biến nạp sản phẩm ghép nối vào tế bào E

3.4.5. Cắt kiểm tra plasmid tái tổ hợp bằng enzyme hạn chế

3.4.6. Phân tích trình tự gen wegc phân lập được từ DNA đa hệ gen vi khuẩn ruột mối C

3.4.7. Khuếch đại gen egc không chứa tín hiệu tiết từ khuôn pJET-wegc

3.4.8. Thiết kế vector biểu hiện gen egc

3.4.9. Ghép nối gen egc vào vector biểu hiện

3.4.10. Cắt kiểm tra plasmid tái tổ hợp pET22-egc

3.5. BIỂU HIỆN GEN egc TRONG VI KHUẨN E

3.5.1. Chọn dòng biểu hiện gen egc trong tế bào E

3.5.2. Ảnh hưởng của nhiệt độ đến sự biểu hiện gen egc trong tế bào E

3.5.3. Ảnh hưởng của nồng độ IPTG đến hiệu quả cảm ứng

3.5.4. Điện di và kiểm tra hoạt tính endoglucanase của EGC

3.5.5. Tinh chế protein EGC bằng cột sắc kí ái lực His-tag

3.5.6. Tính đặc hiệu cơ chất của EGC

3.5.7. Ảnh hưởng của nhiệt độ đến hoạt tính endoglucanase của EGC

3.5.8. Ảnh hưởng của pH đến hoạt tính của EGC

3.5.9. Độ bền nhiệt của EGC

3.5.10. Ảnh hưởng của một số ion kim loại và hóa chất lên hoạt tính của EGC

3.5.11. Đặc điểm động học của EGC

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

TÀI LIỆU THAM KHẢO

DANH MỤC KÍ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT

DANH MỤC BẢNG

DANH MỤC HÌNH

Luận án tiến sĩ hus nghiên cứu gen mã hóa enzyme tham gia thủy phân cellulose từ khu hệ vi khuẩn ruột mối bằng kỹ thuật metagenomics

Bạn đang xem trước tài liệu:

Luận án tiến sĩ hus nghiên cứu gen mã hóa enzyme tham gia thủy phân cellulose từ khu hệ vi khuẩn ruột mối bằng kỹ thuật metagenomics

Tài liệu "Nghiên cứu gen enzyme thủy phân cellulose từ vi khuẩn ruột mối bằng metagenomics" mang đến cái nhìn sâu sắc về việc khai thác gen enzyme thủy phân cellulose từ vi khuẩn sống trong ruột mối. Nghiên cứu này không chỉ giúp hiểu rõ hơn về cơ chế phân hủy cellulose, mà còn mở ra cơ hội ứng dụng trong lĩnh vực sinh học và công nghệ thực phẩm. Việc sử dụng metagenomics cho phép phát hiện và phân tích các gen mới, từ đó có thể phát triển các enzyme hiệu quả hơn cho các quy trình công nghiệp.

Để mở rộng kiến thức của bạn về các enzyme và ứng dụng của chúng, bạn có thể tham khảo tài liệu Nghiên cứu cellulase từ vi khuẩn ruột mối phân lập ở việt nam, nơi cung cấp thông tin chi tiết về cellulase và nguồn gốc của nó từ vi khuẩn ruột mối. Bên cạnh đó, tài liệu Luận văn thạc sĩ screening and characterization of cellulase in bacillus sp sẽ giúp bạn hiểu thêm về các đặc tính của cellulase từ Bacillus. Cuối cùng, tài liệu Nghiên cứu điều kiện sinh tổng hợp enzyme aspergillius niger và ứng dụng trong xử lý hạt cacao cũng là một nguồn tài liệu quý giá về enzyme và ứng dụng của chúng trong công nghiệp thực phẩm.

Những tài liệu này không chỉ giúp bạn mở rộng kiến thức mà còn cung cấp những góc nhìn đa dạng về các enzyme và ứng dụng của chúng trong các lĩnh vực khác nhau.