ĐẶT VẤN ĐỀ Bệnh truyền nhiễm do virus gây nên trong thế kỷ XXI đang là một thách thức lớn trong hệ thống Y tế tại Việt Nam và các quốc gia trên thế giới. Căn nguyên virus là nguyên nhân chủ yếu gây ra những vụ dịch nguy hiểm đe doạ tới sức khoẻ của con người, điển hình là các vụ dịch xảy ra gần đây như dịch SARS năm 2003, dịch cúm gia cầm A/H5N1 trên người tại Việt Nam năm 2004, dịch viêm đường hô hấp cấp Trung Đông (MERS-CoV), dịch cúm A/H1N1 năm 2009. Virus SARS-CoV 20 năm trước đây đã gây dịch tại 29 nước và vùng lãnh thổ, trên 8000 trường hợp nhiễm bệnh trong đó có 774 trường hợp tử vong (9,6%). Tại Việt Nam, số ca nhiễm SARS-CoV tính đến tháng 7 năm 2003 là 63 trường hợp, trong đó có 5 trường hợp tử vong [106, 133].
Năm 2012, thế giới đã ghi nhận một loại virus thuộc họ Corona xuất hiện tại vùng Trung Đông, gây bệnh đường hô hấp, gây suy thận dẫn tới tử vong, đó là MERS-CoV. Virus này gây các vụ dịch tại vùng Tây Á, chủ yếu là Ả rập Xê út [101]. Tuy nhiên năm 2015, tại Hàn Quốc đã ghi nhận 186 trường hợp nhiễm (38 trường hợp tử vong), hơn 16.000 người đã phải cách ly do tiếp xúc với người bệnh[51]. SARS-CoV và MERS-CoV được cho là có nguồn gốc từ động vật lây truyền sang người, động vật truyền bệnh là chồn sương (SARS-CoV); dơi, lạc đà một bướu (MERS-CoV)[51, 75].
Tháng 12/2019, một loại virus corona mới (Novel coronavirus – nCoV) đã được phát hiện tại thành phố Vũ Hán, Trung Quốc. Nghiên cứu về virus học, cho thấy nCoV có mối quan hệ với virus gây viêm đường hô hấp cấp (VĐHHC) năm 2003 (SARS-CoV), nCoV đã được đổi tên thành SARS-CoV-2. Đến nay, thế giới đã ghi nhận trên 773 triệu ca COVID-19 với 7 triệu ca tử vong (31/12/2023) [3]. Tại Việt Nam, trường hợp nhiễm SARS-CoV-2 đầu tiên được ghi nhận tại TP Hồ Chí Minh vào ngày 32/1/2020.
Việt Nam đã trải qua 4 làn 2 sóng dịch với tổng số ca được ghi nhận là 11.206 (0,4%) ca tử vong. Trong giai đoạn đầu của đại dịch, xét nghiệm là một phần chiến lược quan trọng để kiểm soát sự lây truyền của dịch bệnh, trì hoãn sự lây truyền để có một khoảng thời gian cần thiết phát triển vắc xin và thuốc điều trị đặc hiệu. Vì vậy, việc giám sát tỷ lệ nhiễm SARS-CoV-2 và điều chỉnh chiến lược xét nghiệm phù hợp theo từng giai đoạn là hết sức quan trọng. Trong giai đoạn 2020-2023, SARS-CoV-2 đã xuất hiện các biến thể gây tăng nguy cơ đối với sức khoẻ cộng đồng toàn cầu đã thúc đẩy việc mô tả đặc điểm của các biến thể, nhằm ưu tiên theo dõi và nghiên cứu toàn cầu, để có những đáp ứng phù hợp đối với đại dịch COVID-19.
Biến thể SARS-CoV-2 đã ghi nhận bao gồm virus gốc Vũ Hán, biến thể Alpha (virus lần đầu được ghi nhận tại Anh tháng 9/2020), biến thể Beta (tại Nam Phi tháng 5/2020), biến thể Delta (tại Ấn Độ tháng 10/2020) và biến thể Omicron (tại Nam Phi tháng 11/2021)[75]. Sự xuất hiện các biến thể mới và giảm thiểu nguy cơ mắc bệnh COVID-19 cũng như các biến chứng liên quan là vấn đề được quan tâm trên toàn cầu. Việc nghiên cứu, xác định các đột biến đáng quan tâm của SARS- CoV-2 cần được cập nhật trong vắc xin COVID-19. Vì vậy, để cập nhật các thông tin virus học của SARS-CoV-2, nghiên cứu “Đặc điểm phân tử SARS-CoV-2 tại miền Bắc và miền Trung Việt Nam, 2020-2021” được thực hiện với 2 mục tiêu: 1.
Xác định tỷ lệ dương tính SARS-CoV-2 trong các mẫu thu thập tại miền Bắc Việt Nam bằng phương pháp Realtime RT- PCR, 2020-2021. Phân tích đặc điểm phân tử của SARS-CoV-2 tại miền Bắc và miền Trung Việt Nam bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới, 2020-2021. TÌNH HÌNH DỊCH COVID-19 TRÊN THẾ GIỚI VÀ TẠI VIỆT NAM 1. Tình hình dịch COVID-19 trên thế giới Hình 1.
Các sự kiện chính của đợt bùng phát COVID-19 [42] Vào cuối tháng 12 năm 2019, tại Vũ Hán, Trung Quốc, xuất hiện nhiều bệnh nhân bị viêm phổi không rõ nguyên nhân tương tự như bệnh nhân SARS và MERS, có các triệu chứng của viêm phổi do virus, bao gồm sốt, ho và khó chịu ở ngực, ở những trường hợp nghiêm trọng là khó thở và có hình ảnh tổn thương phổi. Trong số 27 bệnh nhân nhập viện đầu tiên được ghi nhận, hầu hết các trường hợp đều có liên quan đến chợ Hoa Nam, nơi không chỉ bán hải sản mà còn cả động vật sống, bao gồm cả gia cầm và động vật hoang dã [28, 108]. Vào ngày 31 tháng 12, Ủy ban Y tế thành phố Vũ Hán đã thông báo về một đợt bùng phát viêm phổi không xác định nguyên nhân và đồng thời thông báo cho Tổ chức Y tế thế giới (TTYTTG) [135]. 4 Ngày 9/1/2020, Trung Quốc xác định rằng tác nhân gây ra căn bệnh viêm phổi mới nổi này là một loại Betacoronavirus chưa từng công bố trước đây [30, 66, 119].
Trong vòng 1 tháng, dịch bệnh đã nhanh chóng lan ra 34/34 tỉnh/thành phố của Trung Quốc và quốc gia, vùng lãnh thổ bên ngoài Trung Quốc [116]. Trung Quốc đã triển khai các biện pháp can thiệp mạnh mẽ nhằm ngăn chặn sự lan rộng của virus như phong tỏa thành phố Vũ Hán và vùng phụ cận cũng như nghiêm cấm đi và đến vùng dịch [112]. Ngày 30/1/2020, Tổ chức Y tế thế giới (TTYTTG) đã ban bố “Tình trạng Y tế khẩn cấp về sức khỏe cộng đồng toàn cầu” đối với sự lây lan của coronavirus bên ngoài Trung Quốc, mô tả đây là sự bùng phát chưa từng có tiền lệ [37, 90]. Ngày 11/2/2020, Uỷ ban quốc tế về phân loại virus (ICTV) đã đặt tên cho virus nCoV là SARS-CoV-2 và bệnh gây viêm phổi lạ là COVID- 19[13].
Với sự lây lan rộng của dịch viêm đường hô hấp cấp (VĐHHC) tại các quốc gia thuộc các châu lục khác nhau trên thế giới, ngày 11/3/2020 TCYTTG đã công bố dịch VĐHHC do SARS-CoV-2 trở thành “Đại dịch VĐHHC - COVID-19” [19, 26]. Tính đến ngày 12/2/2020, 45.171 trường hợp xác định nhiễm SARS-CoV-2, trong đó 44.730 (99%) trường hợp tại Trung Quốc đã được báo cáo, bao gồm 8.204 (18,2%) bệnh nhân ở trong tình trạng bệnh nặng và 1.068 trường hợp tử vong trên thế giới [116]. Kể từ khi được ghi nhận, dịch tễ của bệnh COVID-19 thay đổi từng ngày, số ca mắc tăng gấp đôi khi tăng từ 6,4 đến 7,4 ngày [90]. Tỷ lệ chết/mắc là 2,1%, cao hơn so với bệnh nhiễm trùng hô hấp thông thường như cúm mùa (tỷ lệ tử vong là 0,15-0,25%) nhưng COVID-19 thấp hơn rất nhiều với bệnh do virus corona khác, thấp hơn gần 5 lần so với SARS-CoV (10%), thấp hơn 17 lần so với MERS-CoV (34,4%)[120].
Phân bố số ca nhiễm COVID-19 toàn cầu 5 Châu Âu Châu Mỹ Châu Phi Đông Nam Châu Á Tây Địa Trung Hải Tây Thái Bình Dương Hình 1. Phân bố các ca mắc COVID-19 theo 6 khu vực trên thế giới theo TCYTTG (https://covid19.int/ 31/12/2021) Miễn dịch cộng đồng là một hình thức bảo vệ gián tiếp trong phòng chống bệnh truyền nhiễm khi một tỷ lệ lớn quần thể người đã có miễn dịch với SARS- CoV-2, chu trình lây nhiễm dễ bị phá vỡ, làm cho sự lây lan của dịch bệnh dừng hoặc chậm lại. Chính vì vậy đã tạo nên một lớp bảo vệ cho những người chưa có miễn dịch. Chính sách kiểm soát dịch bệnh của các nước châu Âu như Anh, Pháp, Tây Ban Nha, hay Mỹ…là tạo “miễn dịch cộng đồng” với 2/3 dân số nhiễm virus và sản sinh kháng thể, hoặc nghiên cứu, sản xuất được vắc xin với khả năng phân phối rộng rãi.
Các nước châu Âu, Mỹ quan điểm rằng “mọi người sẽ bị phơi nhiễm”, những biện pháp cách ly, giám sát chỉ kéo dài thời gian xuất hiện các ca bệnh nghiêm trọng, về cơ bản không ngăn chặn được dịch bệnh cho tới khi đạt được mục tiêu miễn dịch cộng đồng. Tuy nhiên, chính sách này dường như đã không mang đến được kết quả mong muốn với tỷ lệ mắc/tử vong 6 cao, tình trạng quá tải không kiểm soát được của dịch bệnh tại thời điểm đó. Các nước châu Âu, Mỹ đã phải thay đổi chiến lược kiểm soát dịch COVID-19 bằng biện pháp kiểm soát các ca bệnh, cách ly các ca tiếp xúc, chính sách giãn cách xã hội và nghiên cứu phát triển vắc xin. Đến nay, thế giới đã ghi nhận trên 773 triệu ca COVID-19 với 7 triệu ca tử vong (31/12/2023)[6].
Sau 3 năm đại dịch, ngày 5/5/2023, TCYTTG đưa ra công bố dịch COVID-19 không còn được coi là tình trạng khẩn cấp về sức khỏe cộng đồng gây quan ngại quốc tế và chuyển từ giai đoạn khẩn cấp sang quản lý bệnh lâu dài dựa trên các chỉ số như số ca bệnh tử vong, tỷ lệ tử vong do COVID-19 đã giảm nhanh và ổn định trong thời gian gần đây. Đồng thời, số lượng người bệnh phải nhập viện và trường hợp nặng, phải điều trị tích cực đã giảm đáng kể. Điều này cho thấy những biện pháp kiểm soát dịch bệnh mà các quốc gia trên thế giới triển khai đạt được kết quả tích cực [56, 134]. Theo TCYTTG, các quốc gia đã đẩy mạnh việc tiêm chủng cho gần 70% dân số thế giới, nhưng điều này cũng có nghĩa là hơn 30% dân số thế giới vẫn chưa được tiêm chủng.
Mặc dù có một tỷ lệ cao có kháng thể do nhiễm COVID- 19 và/hoặc tiêm chủng, khoảng cách lớn về khả năng miễn dịch nhờ vắc xin vẫn tồn tại, đặc biệt ở các nước thu nhập thấp, thu nhập trung bình thấp và trong số những nước có nguy cơ mắc bệnh nặng. Tính đến ngày 05/4/2023, 89% nhân viên y tế và 82% người lớn tuổi trên thế giới đã được tiêm chủng cơ bản đầy đủ vắc xin ngừa COVID-19; trên toàn bộ dân số là 66%. Tuy nhiên, tỷ lệ tiêm chủng cơ bản cho nhân viên y tế ở các nước thu nhập thấp (LIC) là 52% và đối với người già là 35%; và tỷ lệ bao phủ liều tăng cường vẫn còn rất thấp trên toàn cầu, với sự khác biệt đáng kể giữa và trong từng quốc gia [1, 29]. Việc kết thúc tình trạng khẩn cấp toàn cầu chỉ là một bước chuyển để giảm các biện pháp hạn chế di chuyển, trong khi các quốc gia vẫn cần duy trì biện pháp phòng, chống dịch bệnh.
Tình hình dịch COVID-19 tại Việt Nam Sự xâm nhập và lây truyền qua tiếp xúc gần của bệnh COVID-19 đã dấy lên quan ngại về tốc độ lây truyền từ người sang người tại Việt Nam, nước có chung đường biên giới với Trung Quốc với diện tích nhỏ và đông dân cùng với nguồn lực hạn chế.