CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN LĨNH vực NGHIÊN cứu 1.1 Tổng quan về virus SARS-CoV-2 1.1 Đại dịch COVID-19 và virus SARS -CoV-2 Theo cơ sở dữ liệu toàn cầu theo thời gian thực của WHO (https://covidl9.int/), số lượng người mắc hội chứng viêm đường hô hap cap COVID-19 (coronavirus disease 2019) tính đến 2:14pm CEST ngày 26/07/2022 là 566.818 người với 6.503người chết. Theo trang thông tin chính thức của Bộ Y tế Việt Nam (https://ncov.vn/), số ca dương tính tính đến 18:00 ngày 26/07/2022 là 10.092 ca tử vong. Hội chứng viêm đường hô hấp cấp COVID-19 do SARS-CoV-2 gây ra, là loại virus RNA sợi đơn dương (+ssRNA), có vỏ. về mặt phân loại, virus SARS-CoV-2 thuộc họ Sarbecovirus, phân họ ortho corona virinae vốn phân bố rộng rãi trên người và động vật [15].
Hạt virus SARS-CoV-2 có kích thước dao động từ 65-125nm chứa một chuỗi đơn RNA và có nhiều gai nhọn giống vương miện (corona). SARS-CoV-2 được xác định là một chủng p-coronavirus hoàn toàn mới, mà trước đó được xác định là coronavirus gây hội chứng hô hấp cấp nghiêm trọng (severe acute respiratory syndrome coronavirus - SARS-CoV hoặc SARS-CoV-1) hoặc hội chứng hô hấp cấp Trung Đông do coronavirus (Middle East respiratory syndrome-related coronavirus - MERS-CoV) từng gây ra các ổ dịch lớn ở Quảng Đông, Trung Quốc và Ảrab Saudi. Các nghiên cứu xác định dơi là một ổ virus tiềm năng khi cho bộ gene của SARS-CoV-2 giống đến 96,2% với bộ gene của chủng coronavirus trên dơi, RaTG13 [15, 16]. Cấu trúc cơ bản của SARS-CoV-2 bao gồm vỏ và vật liệu di truyền RNA được thể hiện như ở Hình 1.
Bon protein chính cấu tạo nên vỏ của SARS-CoV-2 bao gồm protein gai (spike) - glycoprotein s, protein màng nhỏ (envelope) - glycoprotein E, protein màng - M glycoprotein, và protein tương tác với vật liệu di truyền - nucleocapsid protein N; ngoài ra còn một so protein cấu trúc khác [17]. Protein M là protein cấu trúc chính của màng virus khiến hạt virus có hình cầu. Protein E (8 -12 kDa) nằm trên vỏ virus và có vai trò chính trong việc lắp ráp và giải phóng virus. 6 Protein N ton tại trong nucleocapsid, liên kết với RNA và có vai trò liên kềt bộ gen virus thành cấu trúc kiểu chuỗi hạt để đóng gói bộ gen thành các hạt virus hoàn chỉnh.
Protein s hay glycoprotein s là một protein xuyên màng vói khối lượng phân tử khoảng 150 kDa.1 Cấu trúc cơ bản của SARS-CoV-2 gây hội chứng hô cấp cấp tính nghiêm trọng COVID-19 [18, 19] Bộ gen của SARS-CoV-2 có độ dài khoảng 25-32 kb, có kích thước lớn nhất trong số các virus RNA. Các chủng SARS-CoV-2 được phân lập từ các mẫu bệnh phẩm từ chợ hải sản Vũ Hán có kích thước 29,9kb [20]. Bộ gen bao gồm vùng 5’UTR, khung đọc mở, vùng 3’ƯTR và đuôi poly-A. Sau khi được giải phóng vào tế bào chất của vật chủ, vật liệu di truyền của virus (+ssRNA) sẵn sàng đế được dịch mã.
cấu trúc vùng đọc mở của SARS-CoV-2 có tẳng cộng 14 vùng, mỗi vùng mã hóa cho một số protein cả cấu trúc lẫn phi cấu trúc và đóng vai trò trong việc tồn tại và độc lực của virus [21].2 Cấu trúc bộ gene của SARS-CoV-2 [22] 7 1.2 Glycoprotein s và vùng bắt đặc hiệu vói thụ thể (Receptor Binding Domain - RBD) 1.Ỉ Glycoproteins Protein s (—150 kDa) gồm hai tiểu phần SI hình cầu ở đầu và S2 là phần đuôi, tạo nên cấu trúc gai đặc biệt trên bề mặt của virus và có vai trò trung gian gắn vào thụ thể angiotensin-converting enzyme 2 (ACE-2) trên màng tế bào vật chủ. về chức năng, protein s có hai vùng chức năng (domain) chính: (l)-tương tác và bám vào màng tế bào chủ, (2)-xâm nhập của virus vào tế bào chủ. cấu trúc gai trên bề mặt SARS-CoV-2 là dạng homotrimer của protein s gồm 3 tiểu phần protein s giống nhau; có chức năng gắn vào thụ thể ACE-2 biểu hiện trên bề mặt của các tế bào thuộc đường hô hấp dưới (lower respiratory tract cells) và giúp dung hợp màng virus-tế bào. Các nghiên cứu cấu trúc của protein s trên SARS-CoV-2 cho thấy sự hiện diện của một vị trí cắt của protease giống furin (furin-like protease) - PRRARSỊV - trong khi vị trí cắt này không tồn tại trên một coronavirus khác, RaTG13, cũng gây ra hội chứng hô hấp cấp tính được phân lập từ dơi như đã đề cập [23].
SARS-CoV và MERS-CoV có các thụ thể nhận diện khác nhau. Cả protein s của SARS-CoV-1 và SARS-CoV-2 sử dụng ACE2 làm thụ thể của chúng; protein s trên MERS-CoV dùng peptidase 4 (DPP4) để làm thụ thể xâm nhập vào tế bào [24]. Tương tác giữa protein s và ACE-2 kích hoạt chuỗi dẫn đến sự dung hợp màng tế bào và màng virus. Bản thân protein s của các chủng coronavirus có thể được li giải bởi nhiều protease như cathepsin B/L trong các bóng nội bào [25] hoặc TMPRSS2 (Transmembrane protease, serine 2 - serine proteinase xuyên màng type II) trên be mặt màng té bào.
ức ché in vitro các proteinase này có thể ngăn cản quá trình xâm nhập của virus vào tế bào [26]. Tuy nhiên, nhiều nghiên cứu trên coronavirus cho thấy TMPRSS2 có vai trò tối quan trọng trong quá trình xâm nhập của virus vào tế bào [27, 28, 29]. Protein s bị cắt tại vị trí vị trí cắt của protease giống furin. Protein s được cắt thành hai tiểu phần nhỏ là SI và S2: tiểu phần SI chịu trách nhiệm cho tính đặc hiệu loài (host) và đặc hiệu cơ quan (cellular tropism) trong khi tiểu phần S2 tham gia vào quá trình dung hợp của hạt virus vào tế bào chủ(Hình 1.
8 SARS-CoV-2-S S1/S2 furin cleavage site 681-PRRSR/SVA-688 Hình 1.3 cấu trúc các vùng chức năng của glycoprotein s với vị trí cắt bởi TMPRSS2 tạo ra 2 tiểu phần SI và S2 [23] ỉ.2 Vùng bám đặc hiệu thụ thê (Receptor Binding Domain - RBD) Tiểu phần SI chứa một vùng chức năng (domain) cho việc tư ong tác đặc hiệu với thụ thể ACE-2 trên màng tế bào phổi type II của người, RBD (receptor binding domain). Bằng cách so sánh với vùng RBD của SARS-CoV-1, Wanbo T. và cộng sự dựa xác định vùng RBD trên protein s của SARS-CoV-2 nằm từ vị trí acid amine thứ 331 đến 524 [19] (Hình 4). SARS-CoV-2 331 -NTTNT.ND 38 9 SARS-CoV 318 -NITNLCPFGEVFNATKFPSVYAWERKKISNCVADYSVLYNSTFFSTFKCYGVSATKLND 376 MERS-CoV 377 QAEGVECDFSPLLSG-TPPQVfNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIAS 435 * ir • • 'k • Sc » • ýr •.
X ***’*•'&•> SARS-CoV-2 39C LCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAFGQTGKIADYNYKLFDDFTGCV1AWNSNKLDSKVGGNY 449 SARS-CoV 377 LCFSNVYZsDSFVVKGDDVRQIAPGQTGVI.ADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRKIDATSTGNY 43 6 MERS-CoV 436 NCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLZ1ATVPHNLTTITKPL 495 *: :. SARS-CoV-2 45C NYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFP--------------------- LQSYGFQ 4 98 SARS-CoV 437 NYKYRYLRHCKLRPFERDISNVPFSPDCKPCT-PPALNCYWP--------------------- LNDYCFY 48 4 MERS-CoV 496 KYSYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPS-TVWEDGDYYRKQLSPLEGGGWL 554 SARS-CoV-2 499 PTNGVGYQPYRVWLSFELLHAPAT------- V-------- 524 SARS-CoV 485 TTTGIG YQPYRVWL s FEL LNAPAT-------V-------- 510 MERS-CoV 555 VASGSTVZsMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKL 588 Hình 1.4 So sánh trình tự amino acid của vùng bám đặc hiệu thụ thể của SARS- CoV-1/2 và MERS-CoV [19] Nghiên cứu gần đây cho thấy protein tái tổ hợp RBD của SARS-CoV-2 liên kết mạnh hon đáng kể vói thụ thể ACE2 của người (hACE2) và doi (bACE2) so với RBD của SARS-CoV-1. Hằng số phân li của phức hợp SARS-CoV-2 RBD - hACE2 có hằng số phân li (KD) là 4,7nM, hằng số này ở phức hệ SARS-CoV-1 RBD - hACE2 là 9 3 InM [31]. Thêm vào đó, protein tái tổ hợp RBD có thể ngăn chặn sự xâm nhập của SARS-CoV-2 và SARS-CoV vào các tế bào biểu hiện hACE2, cho thấy protein tái tổ hợp có tiềm năng ức chế SARS-CoV-2 và SARS-CoV (Hình 1.
Hơn nữa, các kháng thể đa dòng đặc hiệu cho vùng RBD của SARS-CoV-1 có thể phản ứng chéo với protein RBD của SARS-CoV-2 và trung hòa sự xâm nhập của các chủng SARS- CoV-2 [9]. Kết quả này cho thấy kháng thể đặc hiệu cho vùng RBD của SARS-CoV- 2 có thể sử dụng trong điều trị bệnh do sự xâm nhiễm virus SARS-CoV-2. Đồng thời RBD của cả SARS-CoV và SARS-CoV-2 là ứng cử viên tiềm năng để phát triển vaccine phòng ngừa SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 RBD protein SARS-CoV RBD protein MERS-CoV RBD protein a • SARS-CoV-2 pseudovirus • SARS-CoV-2 pseudovirus Q • SARS-CoV-2 pseudovirus • SARS-CoV pseudovirus • SARS-CoV pseudovirus • SARS-CoV pseudovirus £ J ▼ MERS-CoV pseudovirus £ 0.1 1 1U 1UU Protein concentration (pg/ml) Protein concentration (pg/ml) Protein concentration (pg/ml) Hình 1.5 Kết quả ức chế in vitro quá trình xâm nhiễm của các chủng coronavirus (pseudovirus) lần lượt bằng: a.
SARS-CoV-2 RBD tái tổ hợp; b. SARS-CoV-1 RBD tái tổ hợp; c. MERS-CoV RBD tái tổ hợp 1.2 Tổng quan về kháng thề đon dòng (monoclonal antibody - mAh) Kháng thể đơn dòng (monoclonal antibody) là kháng thể được sản xuất bởi một dòng đơn tế bào B duy nhất, đáp ứng lại với chỉ một vị trí epitope duy nhất trên kháng nguyên. Dựa vào nền tảng kỹ thuật di truyền, các thế hệ kháng thể đơn dòng tái tổ hợp (Recombinant monoclonal AntibodiesjrmAb) ra đời nhằm giảm tính sinh miễn dịch của kháng thể dùng trong điều trị trên người.
Kháng thể đơn dòng tái tổ hợp được tổng hợp in vitro thông qua quá trình lập ngân hàng gen kháng thể từ tế bào B người, khuếch đại và tạo dòng các gen này trên các vector phage và cuối cùng là biểu hiện các vector trển tế bào động vật hữu nhũ để thu nhận mAb [32]. Các kháng thể đơn dòng tái tổ hợp sử dụng trong liệu pháp điều trị hướng đến giảm tối đa thành 10 phần protein chuột trong phân tử kháng thể [33], Hiện tại, một số thế hệ kháng thể đơn dòng đang ứng dụng trong điều tiị bao gồm: kháng thể dơn dòng dạng khảm (chimeric), kháng thể đơn dòng nhân hóa (humanized) và kháng thể đơn dòng người (fully human), kháng thể bán phần (Fab), kháng thể bán phần chuỗi đơn [32].6 Cấu trúc của các dạng kháng thể ỉ.1 Kháng thể dạng khảm Kháng thể dạng khảm là dạng đơn giản nhất của kháng thể đơn dòng nhân hóa, có cấu trúc vùng hằng định CH và CL là của người, trong khi đó vùng biến đổi VH và VL là của loài khác được gây đáp ứng miễn dịch với kháng nguyên mục tiêu. Các domain chuyên biệt được mã hóa bởi các exon khác nhau ở mức độ gen, sự chuyên biệt các kháng thể nằm trong sự kết họp của chuỗi nặng và chuỗi nhẹ trong các domain ở vùng biến đổi, trong khi chức năng kích thích hệ miễn dịch được quy định bởi các domain ở vùng hằng định. Với kháng thể khảm, các exon chuột mã hóa vùng biến đổi và exon người mã hóa vùng hằng định và sau đó tái kết hợp các phân đoạn để tạo thành một gen khảm mới, tương đồng từ 75-80% so với kháng thể người.
Một trong những lợi thế của các kháng thể khảm là nó giữ nguyên tác động trên các kháng nguyên do vủng biến đổi không bị thay thế, có thể gắn với kháng nguyên mục tiêu. Hơn thế nữa, các kháng thể khảm có tính chuyên biệt với một hapten là 4-hydroxy-3 11 nitrophenacetyl (NP) - gắn trên bề mặt tế bào, cung cấp đích tác động của kháng thể để nghiên cứu khả năng gây độc cho tế bào [34].