Luận án tiến sĩ: Nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu gen cho lan dendrobium khu vực phía Nam

Luận án tiến sĩ kỹ thuật phân tích nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu trình tự gen để nhận diện nhanh và xác định mức độ đa dạng của, xây dựng cơ sở lý luận, kiểm chứng thực

Chuyên ngành

Công nghệ sinh học

Người đăng

Ẩn danh

Thể loại

luận án tiến sĩ

2021

195
0
0

Phí lưu trữ

45 Point

Mục lục chi tiết

LỜI CAM ĐOAN

LỜI CẢM ƠN

1. MỞ ĐẦU

1.1. Tính cấp thiết của đề tài

1.2. Mục tiêu nghiên cứu

1.2.1. Mục tiêu chung

1.2.2. Mục tiêu cụ thể

1.3. Ý nghĩa khoa học và ý nghĩa thực tiễn

1.3.1. Ý nghĩa khoa học

1.3.2. Ý nghĩa thực tiễn

1.4. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu

1.4.1. Đối tượng nghiên cứu

1.4.2. Phạm vi nghiên cứu

1.5. Những đóng góp mới của đề tài

2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI

2.1. Giới thiệu về họ Phong lan

2.2. Giới thiệu về lan Dendrobium

2.2.1. Vị trí phân loại

2.2.2. Sự phân bố

2.2.3. Sự đa dạng và phong phú của lan Dendrobium

2.2.4. Đặc điểm hình thái lan Dendrobium

2.3. Thực trạng bảo tồn, nhận diện các giống loài lan Dendrobium ở Việt Nam và trên thế giới

2.4. Một số nghiên cứu đa dạng di truyền ở chi lan Dendrobium

2.4.1. Các chỉ thị được sử dụng để phân tích đa dạng di truyền ở chi lan Dendrobium

2.4.2. Các nghiên cứu đa dạng di truyền ở chi lan Dendrobium

2.5. Mã vạch DNA và ứng dụng trong nhận diện loài

2.5.1. Các vùng trình tự được sử dụng để xây dựng mã vạch DNA

2.5.2. Các công trình xây dựng mã vạch DNA cho họ Lan và chi Dendrobium

3. VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

3.1. Nội dung nghiên cứu

3.2. Thời gian, địa điểm nghiên cứu

3.3. Hoá chất – thiết bị

3.4. Phương pháp nghiên cứu

3.4.1. Hệ thống hóa mẫu vật dựa trên đặc điểm hình thái

3.4.2. Xác định trình tự của 5 vùng DNA marker

3.4.3. Phân tích mức độ đa dạng di truyền của nhóm lan Dendrobium bằng trình tự DNA marker

3.4.4. Phân tích khả năng phân định loài của các vùng trình tự

4. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN

4.1. Mô tả và xây dựng cây phân nhóm dựa trên đặc điểm hình thái các giống lan Dendrobium

4.1.1. Mô tả đặc điểm hình thái sơ bộ các giống lan Dendrobium

4.1.2. Phân nhóm dựa vào đặc điểm hình thái của 40 mẫu lan Dendrobium

4.2. Xây dựng cơ sở dữ liệu mã vạch DNA cho 25 loài Dendrobium trong nghiên cứu

4.3. Kết quả khảo sát các marker tiềm năng trong việc xác định các loài lan Dendrobium khu vực phía Nam

4.4. Ứng dụng hệ thống DNA để khảo sát khả năng truy nguyên nguồn gốc bố, mẹ của các tổ hợp lan lai

4.4.1. Phân tích khả năng truy nguyên nguồn gốc bố, mẹ dựa trên trình tự vùng ITS

4.4.2. Phân tích khả năng truy nguyên nguồn gốc bố, mẹ dựa trên trình tự vùng matK

4.4.3. Phân tích khả năng truy nguyên nguồn gốc bố, mẹ dựa trên trình tự vùng trnH-psbA

5. KẾT LUẬN – ĐỀ NGHỊ

TÀI LIỆU THAM KHẢO

CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Tóm tắt

I. Giới thiệu về cơ sở dữ liệu gen

Nghiên cứu này tập trung vào việc xây dựng cơ sở dữ liệu gen cho nhóm lan Dendrobium tại miền Nam Việt Nam. Cơ sở dữ liệu gen sẽ cung cấp thông tin quan trọng về đặc điểm hình tháiđa dạng sinh học của các loài lan này. Việc xây dựng cơ sở dữ liệu gen không chỉ giúp nhận diện nhanh chóng các loài lan mà còn hỗ trợ trong việc bảo tồn đa dạng sinh học. Theo nghiên cứu, lan Dendrobium là một trong những nhóm lan phong phú và có giá trị kinh tế cao, do đó việc bảo tồn và phát triển chúng là rất cần thiết. Các mẫu vật được thu thập từ nhiều địa điểm khác nhau sẽ được phân tích để xác định đặc điểm di truyềnmối quan hệ phát sinh loài.

1.1. Tầm quan trọng của việc nhận diện gen

Việc nhận diện gen là một yếu tố quan trọng trong nghiên cứu đa dạng sinh học. Các kỹ thuật sinh học phân tử hiện nay cho phép xác định chính xác các loài lan, ngay cả khi chúng chưa ra hoa. Điều này giúp giảm thiểu sự nhầm lẫn trong việc phân loại và bảo tồn các loài lan quý hiếm. Công nghệ gen cũng cho phép phát hiện các đặc điểm di truyền có giá trị, từ đó hỗ trợ trong việc lai tạo và phát triển các giống lan mới. Việc sử dụng mã vạch DNA trong nghiên cứu này sẽ giúp xác định nhanh chóng và chính xác các loài lan Dendrobium, từ đó bảo tồn nguồn gen quý của Việt Nam.

II. Phân tích đa dạng di truyền

Nghiên cứu đã tiến hành phân tích đa dạng di truyền của nhóm lan Dendrobium thông qua việc sử dụng các marker gen khác nhau. Các marker như ITS, matK, rbcL, và trnH-psbA đã được sử dụng để xác định mức độ đa dạng di truyền giữa các loài. Kết quả cho thấy rằng các marker này có khả năng phân định rõ ràng giữa các loài Dendrobium khác nhau. Việc phân tích đa dạng di truyền không chỉ giúp nhận diện các loài mà còn cung cấp thông tin về đặc điểm di truyền của chúng. Điều này có ý nghĩa quan trọng trong việc bảo tồn và phát triển các giống lan Dendrobium tại miền Nam Việt Nam.

2.1. Kết quả phân tích gen

Kết quả phân tích cho thấy rằng đa dạng di truyền giữa các loài Dendrobium là rất phong phú. Các marker gen đã chỉ ra rằng có sự khác biệt rõ rệt giữa các loài, điều này cho thấy rằng mỗi loài đều có những đặc điểm di truyền riêng biệt. Việc sử dụng công nghệ gen trong nghiên cứu này đã giúp xác định được các marker tiềm năng cho việc phân loại và bảo tồn các loài lan. Những thông tin này sẽ được đăng ký trên GenBank, góp phần làm phong phú thêm cơ sở dữ liệu gen cho nhóm lan Dendrobium.

III. Ứng dụng và ý nghĩa thực tiễn

Nghiên cứu này không chỉ có giá trị về mặt lý thuyết mà còn có ý nghĩa thực tiễn cao. Việc xây dựng cơ sở dữ liệu gen cho lan Dendrobium sẽ hỗ trợ trong công tác bảo tồn và phát triển các giống lan quý hiếm. Các nhà khoa học và nhà quản lý có thể sử dụng thông tin từ cơ sở dữ liệu gen để đưa ra các quyết định hợp lý trong việc bảo tồn đa dạng sinh học. Hơn nữa, việc ứng dụng công nghệ gen trong nghiên cứu này sẽ giúp nâng cao hiệu quả trong việc lai tạo và nhân giống các giống lan mới, phục vụ cho nhu cầu thị trường và bảo tồn nguồn gen.

3.1. Đề xuất cho tương lai

Nghiên cứu đề xuất rằng việc tiếp tục phát triển cơ sở dữ liệu gen cho các loài lan khác cũng cần được thực hiện. Điều này sẽ giúp tạo ra một hệ thống thông tin phong phú và đa dạng hơn về các loài thực vật tại Việt Nam. Hơn nữa, việc kết hợp giữa công nghệ gen và các phương pháp bảo tồn truyền thống sẽ tạo ra những giải pháp hiệu quả hơn trong việc bảo tồn đa dạng sinh học. Các nhà nghiên cứu cũng nên chú trọng đến việc giáo dục cộng đồng về tầm quan trọng của việc bảo tồn các loài lan quý hiếm.

25/01/2025

Trích đoạn nội dung tài liệu

CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI 1.1 Giới thiệu về họ Phong lan Theo Takhtajan năm 1987, họ Phong lan (Orchidaceae) là họ thực vật lớn nhất trong lớp Một lá mầm (Monocotyledoneae) và là họ lớn thứ hai (chỉ sau họ Cúc - Asteraceae) trong ngành Thực vật hạt kín (Angiospermae). Orchidaceae có tới 750 chi và hơn 25.000 loài, chính vì thế hình thái cấu tạo cũng như hệ thống phân loại họ này hết sức đa dạng và phức tạp. Không chỉ vậy, số lượng loài và chi thuộc họ này hiện không ngừng tăng lên theo thời gian.

Các chi với số lượng loài lớn thuộc họ Phong lan có thể kể đến như lan Lọng (Bulbophyllum), lan Hoàng thảo (Dendrobium), lan Hài (Paphiopedilum), Cát lan (Cattlaya)… [12]. Nhìn chung, họ Phong lan bao gồm các loại cây thân thảo sống lâu năm (đôi khi hóa gỗ một phần ở gốc). Chúng hoặc sống ở đất, nơi hốc, vách đá hoặc sống phụ, sống hoại… Tuy nhiên, nét độc đáo nhất của họ này là lối sống phụ (bì sinh) bám, treo lơ lửng trên vỏ các thân cây gỗ khác [12]. Phong lan phân bố rộng rãi trên Trái Đất làm cho chúng trở thành một họ toàn cầu.

Họ Phong lan phân bố từ 68 độ vĩ Bắc đến 56 độ vĩ Nam, nghĩa là từ gần Cực Bắc xuống tận các đảo cuối cùng của Cực Nam. Tuy nhiên, trung tâm phân bố của họ này là ở các vùng nhiệt đới, đặc biệt là châu Mỹ và Đông Nam Á. Châu Á rất giàu các loài của chi Dendrobium (1400 loài), Coelogyne (200 loài), Vanda (60 loài) [12]. Theo báo cáo của Averyanov (2003), ở Việt Nam ước tính có khoảng 1000 đến 1100 loài lan thuộc 152 chi.

Mười chi có số lượng loài lớn nhất là Dendrobium (107 loài), Bulbophyllum (95 loài), Eria (49 loài), Liparis (44 loài), Habenaria (34 loài), Oberonia (28 loài), Coelogyne (27 loài), Cymbidium (24 loài), Calanthe (20 loài) và Cleisostoma (20 loài). Phần lớn các loài lan đang bị tiêu diệt trong hệ thực vật Việt Nam thuộc về 25 chi trong đó có chi Dendrobium. Nhiều loài lan này đang bị thu hái nhiều để bán làm cây cảnh trong nước cũng như để xuất khẩu ra nước ngoài. luan an 7 Nhiều loài lan đặc hữu cần được bảo tồn đặc biệt như là tài sản độc đáo nhất của quốc gia, nếu không chúng có thể bị tiêu diệt ở một tương lai gần trong đó có D.2 Giới thiệu về lan Dendrobium 1.1 Vị trí phân loại Dendrobium là một chi lớn thuộc họ Phong lan với khoảng 800 – 1500 loài được thiết lập bởi Olof Swartz năm 1799 [105].

Các loài thuộc chi Dendrobium rất đa dạng về hình dáng, màu sắc, kích thước. Giới Plantae Ngành Angiospermae (Magnoliophyta) Lớp Monocotylendones (Liliopsida) Bộ Asparagales Họ Orchidaceae Họ phụ Epidendroideae Tông Epidendreae Chi Dendrobium Theo Dương Đức Huyến, năm 1992, lan Dendrobium là một trong những chi có nhiều loài nhất của họ Orchidaceae và có đặc điểm hình thái đa dạng. Lan Dendrobium có những đặc điểm khác biệt với những chi lân cận như luôn mọc cụm và có phân đốt, số lượng khối phấn luôn là 4, không có lông mềm trên lá hay các bộ phận của hoa. Nhóm tác giả này đã dựa trên hệ thống của Seidenfeden (1985) và Holttum (1964) để sắp xếp 97 loài lan Dendrobium ở Việt Nam thành 15 mục (section) [14].

Theo tài liệu “Phong lan Việt Nam” của Trần Hợp (1998), ở Việt Nam, lan Dendrobium có đến 100 loài, xếp trong 14 tông, được phân biệt bằng thân (giả hành), lá và hoa [12].2 Sự phân bố Lan Dendrobium chỉ được tìm thấy ở Đông bán cầu, trải dài từ Úc, xuyên suốt Nam Thái Bình Dương, Philippine, Ấn Độ, một số xuất hiện ở Nhật Bản và xuất hiện nhiều nhất ở Đông Nam Á. Trong khi các nước Nam Mỹ tự hào về các loài thuộc chi Cattleya tuyệt đẹp, các nước Đông Nam Á cũng hãnh diện vì có chi lan Dendrobium vô cùng phong phú. Theo nghiên cứu của Dressler (1981), châu Á có khoảng 1.400 loài thuộc chi lan Dendrobium [12]. Điều kiện sinh thái của lan Dendrobium cũng rất đa dạng, có nhiều loài chỉ mọc và ra hoa ở vùng lạnh, có loài ở vùng nóng, có loài trung gian, cũng có loài thích nghi với bất cứ điều kiện khí hậu nào.

Ở Việt Nam, năm 1932, các nhà thực vật người Pháp (F. Guillaumin) đã công bố 53 loài Hoàng thảo ở Việt Nam, và sau đó đã công bố bổ sung thêm một số loài (1932 – 1964). Năm 1992, Dương Đức Huyến và cộng sự cũng đã phân loại và định danh 97 loài lan Dendrobium ở Việt Nam, trong đó có 48 loài có giá trị làm cảnh và 21 loài đặc hữu của Việt Nam [14]. Năm 1998, Trần Hợp mô tả 93 loài lan Dendrobium trong cuốn “Phong lan Việt Nam” [12].

Ở miền Nam Việt Nam, tác giả Phạm Hoàng Hộ cũng đã mô tả 56 loài Hoàng thảo trong “Cây cỏ miền Nam Việt Nam”, tập 2 [10]. Theo công bố “Trích yếu được cập nhật hóa về các loài lan ở Việt Nam” [1], ở Việt Nam hiện đã biết được 897 loài lan thuộc 152 chi, chúng chiếm khoảng 75- 80% trong tổng số 1.100 loài ước tính có ở đây. Trong đó, chi lan Dendrobium có số lượng loài cao nhất (107 loài), tiếp đến là Bulbophyllum, Eria, Liparis… Công bố này cung cấp các thông tin về tên khoa học, khu phân bố, cách sống, độ thường gặp của loài và tình trạng bị đe dọa tiêu diệt của từng loài. Theo đó, ở miền Nam Việt Nam có khoảng 88 loài thuộc chi Dendrobium phân bố ở vùng 4 - Tiểu vùng hệ thực vật Trung Trường Sơn (phần nằm trong lãnh thổ Việt Nam); 5 - Tiểu vùng hệ thực vật Nam Trường Sơn; 6 - Tiểu vùng hệ thực vật Nam Đông Dương (phần nằm trong lãnh thổ Việt Nam) trong Hình 1.

luan an 9 Hình 1.1 Các vùng hệ thực vật được chấp nhận để mô tả sự phân bố lan trong bảng trích yếu [1] 1.3 Sự đa dạng và phong phú của lan Dendrobium Lan Dendrobium là chi lan (genus) đa dạng, phong phú với hơn 1.000 loài (species) nguyên thủy được chia thành 40 nhóm (sections) thuộc dòng Dendrobiinae như Phalaenanthe, Eleutheroglossum, Callista, Ceratobium, Stachyobium… Dựa vào đặc điểm giả hành, lan Dendrobium tập trung thành hai dạng chính [20]: - Dạng đứng (Dendrobium loại phalaenopsis): thường mọc ở xứ nóng, chịu ẩm, có nhiều hoa. HCM trồng rất nhiều loại này như: Nhất điểm hồng, Nhất điểm hoàng, Báo hỉ, Ý thảo, Thủy tiên, Sonia,…. - Dạng thòng (Dendrobium loại nobile): chịu khí hậu mát mẻ ở vùng đồi núi cao như Đà Lạt, Lâm Đồng,…; lá nhạt màu hơn so với dạng thân đứng, lá rụng khi thời tiết lạnh. Có nhiều loài Dendrobium dạng thòng như Giả hạc, Hạc vĩ, Long tu, Phi điệp vàng,… luan an 10 A B Hình 1.

Các dạng thân chính của lan Dendrobium A. Dendrobium anosmum - Dạng thòng B. Dendrobium cariniferum - Dạng đứng Dựa vào đặc điểm hình thái lá và hoa, lan Dendrobium được chia ra thành 5 nhóm: Nhóm 1 Nhóm 2 D. wardianum luan an 11 Nhóm 3 Nhóm 4 D.3 Các nhóm lan Dendrobium - Nhóm thứ nhất có đặc điểm là lá xanh quanh năm và hoa thì thường mọc ở gần ngọn như D.

phalaenopsis… - Nhóm thứ hai, lá thường rụng vào mùa đông và hoa thường mọc ở gần đốt trên thân cây như D. wardianum… - Nhóm thứ ba hay còn gọi là nhóm Callista, khi ra hoa thì hoa rủ xuống phía dưới như D. farmeri… - Nhóm thứ tư là nhóm Latoura với chùm hoa mọc thẳng đứng như D.spectabile… luan an 12 - Nhóm thứ năm là nhóm Formosae có đặc điểm là trên thân và lá cây có lông màu đen và hoa thường là màu trắng như D. formosum… Phạm Hoàng Hộ (2003) [11] phân loại chi lan Dendrobium gồm 13 nhóm: Bolbidium, Callista, Apoum, Strongyle, Gastridium, Conostalix, Rhopalanthe, Formosae, Pedilonum, Dendrobium, Breviflores, Dischophyllum, Stachyobium.

- Nhóm Callista gồm có: D. thrysiflorum Reichb (Thủy tiên vàng)… - Nhóm Dendrobium gồm có: D. moschatum (Buch-Ham) (Thái bình)… Chính vì sự đa dạng về chủng loại mà nhóm lan này có điều kiện sinh thái rất đa dạng, có loài hoa chỉ mọc ở vùng lạnh, có loài lại chỉ sống ở vùng có không khí nóng, cũng có loài chỉ chịu được nhiệt độ vừa phải, nhưng có một số loài lại rất dễ chịu là điều kiện khí hậu nào cũng sống được. Lan Dendrobium có thể nhân nhanh giống bằng phương pháp tách giả hành thông thường.

Là loại lan đa thân với nhiều giả hành, các giả hành thường mang một thân với nhiều lá mọc xen kẽ, trên thân có rất nhiều mắt ngủ. Tại những mắt ngủ này sẽ đâm chồi và cho ra một cây con mới. Hoa của lan Dendrobium có thể mọc từ thân thành từng chùm hay chỉ mọc một hoa duy nhất. Có một số loài lan Dendrobium trước khi ra hoa sẽ rụng hết lá.

Đặc biệt hơn các giống lan khác, các chồi hoa của lan Dendrobium không những mọc trên các giả hành mới, tại các giả hành cũ cũng có thể mọc hoa, vì thế một cây lan Dendrobium có thể cho ra nhiều cành hoa. Mặt khác, hoa lan Dendrobium thường rất lâu tàn, thường là từ 2 đến hơn 3 tháng, có loài hoa có thể nở suốt quanh năm như D. Tuy nhiên, có loài cũng sớm nở tối tàn như Thạch hộc (D. Lan Dendrobium cũng là giống rất đa dạng về màu sắc và kiểu dáng.

Chính vì thế, người Việt Nam dùng những hình tượng khác nhau để tượng trưng cho một số luan an 13 loài Dendrobium nào đó: một con chim bồ câu trắng (lan Bạch câu), một loài hạc lẻ loi (lan Giả hạc), hay một đàn bướm vàng bay trăng gió (lan Kim điệp)… [12].4 Đặc điểm hình thái lan Dendrobium Các loài trong chi lan Dendrobium không có một hình dạng chung nhất về hoa và dạng cây với số lượng loài quá lớn và phân bố rộng rãi.1 Rễ Cây có hệ rễ khí sinh, có một lớp hút ẩm dày bao quanh gồm những lớp tế bào chết chứa đầy không khí nên rễ ánh lên màu xanh bạc. Vì vậy, rễ hút được nước mưa chảy dọc trên vỏ cây gỗ hay nước lơ lửng trong không khí, hơi sương và hơi nước, giúp cây hút dinh dưỡng và chất khoáng, mặt khác giúp cây bám chặt vào giá thể, không bị gió cuốn. Một số loài có thân lá kém phát triển, thậm chí tiêu giảm hoàn toàn, có hệ rễ chứa diệp lục tố giúp cây hấp thụ ánh sáng cần thiết cho sự ra hoa và quang hợp [20]. Rễ của lan Dendrobium không chịu được lạnh, nếu bị lạnh trong thời gian dài, rễ cây sẽ bị mục nát và cây bị chết [17].2 Thân Lan Dendrobium thuộc nhóm đa thân (còn gọi là nhóm hợp trục), có hệ thống nhánh nằm ngang bò dài trên giá thể hoặc nằm sâu trong đất gọi là thân rễ.

Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ

Luận án tiến sĩ mang tiêu đề "Nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu gen cho lan dendrobium khu vực phía Nam" của tác giả Nguyễn Như Hoa, dưới sự hướng dẫn của TS. Dương Hoa Xô và TS. Trần Kim Định, được thực hiện tại Đại học Sư phạm thành phố Hồ Chí Minh vào năm 2021. Bài nghiên cứu tập trung vào việc xây dựng cơ sở dữ liệu gen nhằm nhận diện và xác định đa dạng của loài lan Dendrobium tại miền Nam Việt Nam. Điều này không chỉ giúp bảo tồn và phát triển nguồn gen quý giá mà còn tạo điều kiện cho các nghiên cứu sinh học và công nghệ sinh học trong tương lai.

Để mở rộng kiến thức về công nghệ sinh học và các nghiên cứu liên quan, bạn có thể tham khảo thêm các tài liệu sau: Nghiên cứu quy trình nhân nhanh in vitro cây ráy mũi tên lá dài Alocasia longiloba, nơi nghiên cứu quy trình nhân giống cây trồng, hay Khảo sát khả năng nhân nhanh và tái sinh chồi lan Mokara vàng chanh trong hệ thống nuôi cấy ngập chìm tạm thời, nghiên cứu về khả năng nhân giống lan, và Luận văn thạc sĩ về vi khuẩn chuyển hóa ammonium và xử lý nước thải thủy sản, nghiên cứu về vi sinh vật trong công nghệ sinh học. Những tài liệu này sẽ cung cấp cho bạn cái nhìn sâu sắc hơn về các ứng dụng và nghiên cứu trong lĩnh vực sinh học và công nghệ sinh học.