Nghiên Cứu Biến Thể Di Truyền Gen Prolactin Ở Vịt Lớp Lai TB Bằng Kỹ Thuật PCR-RFLP

Luận văn tốt nghiệp kỹ thuật nghiên cứu tốt nghiệp công nghệ sinh học investigation of prolactin gene polymorphism in the tb crossbred, điều tra thực trạng, phân tích số liệu, đề

• Tác giả: Do Chi Hieu
• Người hướng dẫn: Nguyen Ngoc Tan
• Trường học: Nong Lam University - Ho Chi Minh City
• Chuyên ngành: Biotechnology
• Đề tài: Nghiên Cứu Biến Thể Di Truyền Gen Prolactin Ở Vịt Lớp Lai TB Bằng Kỹ Thuật PCR-RFLP
• Loại tài liệu: graduation thesis
• Năm xuất bản: 2019-2023
• Địa điểm: Thu Duc City

Mục lục chi tiết

• ACKNOWLEDGEMENTS
• AFFIRMATION AND COMMITMENT
• ABSTRACT
• TÓM TẮT
• TABLE OF CONTENTS
• 1. CHAPTER 2: Duck breed in research: an overview
• 2.1. Duck breed in research: an overview
• 2.2. Candidate genes are associated with egg-laying performance. The structure of the PRL gene
• 2.3. The PRL hormone
• 2.4. The PRL hormone receptor
• 2.5. Advantages and limitations of PCR. Molecular markers in animal science
• 2.6. Classification of molecular markers
• 2.7. Restriction Fragment Length Polymorphism
• 2.8. Restriction enzymes
• 2.9. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) process
• 2.10. Advantages and limitations of PCR-RFLP and RFLP techniques
• 2.11. The research status of Vietnam and worldwide
• 3. CHAPTER 3: MATERIALS AND METHODS
• 3.1. Feed
• 3.2. Sample and data
• 3.3. Equipment and tools used in the research
• 3.4. DNA quality assessment after extraction
• 3.5. Agarose gel electrophoresis of total extracted DNA
• 3.6. PCR amplification for exon 5 of the PRL gene
• 3.7. RFLP analysis of PCR products
• 4. CHAPTER 4: RESULTS AND DISCUSSION
• 4.1. Amplification of the target gene on the exon 5 region
• 4.2. PCR amplification results for exon 5 of the PRL gene
• 4.3. Polymorphic analysis of the PRL/PstI locus by the PstI restriction enzyme
• 4.4. Effect of the genotypes at the PRL/PstI locus on some reproductive traits
• CONCLUSIONS AND SUGGESTIONS
• LIST OF ABBREVIATIONS
• LIST OF TABLES
• LIST OF FIGURES

Tóm tắt

I. Tổng Quan Về Nghiên Cứu Biến Thể Di Truyền Gen Prolactin

Nghiên cứu về biến thể di truyền của gen prolactin ở vịt lớp lai TB là một lĩnh vực quan trọng trong sinh học phân tử và chăn nuôi. Gen prolactin có vai trò quyết định trong việc điều chỉnh các quá trình sinh sản, bao gồm sản xuất trứng và hành vi ấp. Việc hiểu rõ về đa hình gen này có thể giúp cải thiện các chiến lược nhân giống và tối ưu hóa hiệu suất sinh sản ở vịt. Nghiên cứu này sử dụng kỹ thuật PCR-RFLP để phân tích tính đa hình tại locus PRL/PstI của gen prolactin.

1.1. Ý Nghĩa Của Gen Prolactin Trong Sinh Sản

Gen prolactin không chỉ ảnh hưởng đến sản xuất trứng mà còn liên quan đến hành vi ấp của gia cầm. Nghiên cứu cho thấy rằng sự biến đổi trong gen này có thể dẫn đến sự khác biệt đáng kể trong năng suất trứng giữa các giống vịt khác nhau.

1.2. Kỹ Thuật PCR RFLP Trong Nghiên Cứu Di Truyền

Kỹ thuật PCR-RFLP là một phương pháp hiệu quả để phân tích đa hình gen. Phương pháp này cho phép xác định các biến thể di truyền thông qua việc khuếch đại và phân cắt DNA, từ đó giúp phát hiện các kiểu gen khác nhau trong quần thể vịt.

II. Thách Thức Trong Nghiên Cứu Biến Thể Di Truyền Ở Vịt

Mặc dù có nhiều nghiên cứu về gen prolactin, nhưng vẫn còn nhiều thách thức trong việc xác định mối quan hệ giữa biến thể di truyền và các tính trạng sinh sản. Một trong những vấn đề chính là sự thiếu hụt thông tin về đa hình gen trong các giống vịt khác nhau. Điều này có thể dẫn đến việc áp dụng không chính xác các phương pháp nhân giống.

2.1. Thiếu Thông Tin Về Đặc Điểm Di Truyền

Nhiều nghiên cứu trước đây chưa cung cấp đủ dữ liệu về tính trạng di truyền của gen prolactin ở vịt. Điều này gây khó khăn trong việc xây dựng các mô hình dự đoán chính xác cho năng suất trứng.

2.2. Ảnh Hưởng Của Môi Trường Đến Di Truyền

Môi trường sống và điều kiện chăn nuôi có thể ảnh hưởng đến sự biểu hiện của gen prolactin. Việc nghiên cứu mối quan hệ này là cần thiết để phát triển các giống vịt có khả năng thích ứng tốt hơn với biến đổi khí hậu.

III. Phương Pháp Nghiên Cứu Biến Thể Gen Prolactin

Nghiên cứu này áp dụng phương pháp PCR-RFLP để phân tích tính đa hình tại locus PRL/PstI của gen prolactin. Phương pháp này cho phép xác định các kiểu gen khác nhau và mối liên hệ của chúng với các tính trạng sinh sản. Tổng cộng 167 mẫu máu đã được thu thập để phân tích.

3.1. Quy Trình Lấy Mẫu Và Phân Tích DNA

Mẫu máu được thu thập từ vịt lớp lai TB và DNA được chiết xuất để phục vụ cho việc khuếch đại gen. Quy trình này đảm bảo độ chính xác và độ tin cậy của kết quả phân tích.

3.2. Kỹ Thuật Khuếch Đại Gen Mục Tiêu

Kỹ thuật PCR được sử dụng để khuếch đại đoạn gen mục tiêu trong vùng exon 5 của gen prolactin. Kích thước của đoạn gen khuếch đại là 536 bp, cho phép phân tích sâu hơn về đa hình gen.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu Về Đa Hình Gen Prolactin

Kết quả nghiên cứu cho thấy có sự hiện diện của hai allele C và T tại locus PRL/PstI. Tần suất allele C là 0.808 và allele T là 0.192. Ba kiểu gen được xác định là CC, CT và TT với tần suất tương ứng là 0.641, 0.335 và 0.024.

4.1. Phân Tích Tính Đa Hình Gen

Phân tích cho thấy kiểu gen CC chiếm ưu thế trong quần thể. Điều này cho thấy rằng gen CC có thể liên quan đến năng suất trứng cao hơn so với các kiểu gen khác.

4.2. Mối Quan Hệ Giữa Kiểu Gen Và Năng Suất Trứng

Nghiên cứu chỉ ra rằng kiểu gen CC có năng suất trứng cao hơn đáng kể so với kiểu gen CT. Cụ thể, năng suất trứng của kiểu gen CC đạt 99.25 trứng, trong khi kiểu gen CT chỉ đạt 95.55 trứng.

V. Ứng Dụng Thực Tiễn Của Nghiên Cứu

Kết quả nghiên cứu về biến thể di truyền của gen prolactin có thể được ứng dụng trong các chương trình nhân giống vịt. Việc xác định các kiểu gen có liên quan đến năng suất trứng sẽ giúp cải thiện hiệu suất sản xuất trong ngành chăn nuôi vịt.

5.1. Cải Thiện Chiến Lược Nhân Giống

Thông qua việc áp dụng các kết quả nghiên cứu, các nhà chăn nuôi có thể lựa chọn các giống vịt có kiểu gen CC để tối ưu hóa năng suất trứng. Điều này sẽ góp phần nâng cao hiệu quả kinh tế trong chăn nuôi.

5.2. Đảm Bảo Tính Bền Vững Trong Ngành Chăn Nuôi

Nghiên cứu này không chỉ giúp cải thiện năng suất mà còn đảm bảo tính bền vững cho ngành chăn nuôi vịt trong bối cảnh biến đổi khí hậu. Việc phát triển các giống vịt có khả năng thích ứng tốt sẽ là một giải pháp quan trọng.

VI. Kết Luận Và Tương Lai Của Nghiên Cứu

Nghiên cứu về biến thể di truyền của gen prolactin ở vịt lớp lai TB đã chỉ ra rằng có sự đa hình tại locus PRL/PstI. Kiểu gen CC chiếm ưu thế và có mối liên hệ tích cực với năng suất trứng. Những phát hiện này mở ra hướng đi mới cho các nghiên cứu tiếp theo trong lĩnh vực di truyền học và chăn nuôi.

6.1. Hướng Nghiên Cứu Tương Lai

Cần tiếp tục nghiên cứu sâu hơn về mối quan hệ giữa các gen khác và năng suất trứng. Việc mở rộng nghiên cứu sang các giống vịt khác cũng sẽ giúp làm phong phú thêm dữ liệu về di truyền học.

6.2. Tác Động Đến Ngành Chăn Nuôi

Kết quả nghiên cứu có thể được áp dụng rộng rãi trong ngành chăn nuôi, giúp nâng cao năng suất và chất lượng sản phẩm. Điều này không chỉ có lợi cho người chăn nuôi mà còn cho toàn bộ ngành nông nghiệp.

Nội dung chính

Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Chăn nuôi thủy cầm đóng vai trò quan trọng trong cơ cấu kinh tế nông nghiệp Việt Nam, gắn liền mật thiết với nền văn minh lúa nước truyền thống và hệ thống canh tác tích hợp lúa - vịt. Thống kê năm 2020 cho thấy quy mô đàn vịt của Việt Nam đạt trên 86,5 triệu con, chiếm khoảng 7% tổng đàn vịt toàn cầu và duy trì vị trí thứ hai thế giới. Về sản lượng thịt vịt, Việt Nam xếp thứ tư thế giới vào năm 2019, đồng thời sở hữu thị trường tiêu thụ và xuất khẩu trứng vịt phong phú từ trứng tươi, trứng muối, trứng bắc thảo đến trứng vịt lộn.

Trước các tác động tiêu cực của biến đổi khí hậu, đặc biệt là tình trạng xâm nhập mặn ngày càng gay gắt tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, việc nghiên cứu và chọn tạo các giống vịt vừa có khả năng thích ứng với môi trường nước mặn, lợ, vừa duy trì năng suất trứng cao là yêu cầu cấp thiết. Giống vịt Biển 15 (Đại Xuyên) có ưu điểm vượt trội về khả năng thích ứng môi trường biển nhờ sở hữu tuyến muối (salt gland) phát triển giúp đào thải ion khoáng dư thừa. Trong khi đó, tổ hợp vịt chuyên trứng TC (được lai tạo từ vịt Triết Giang và vịt Cỏ, công nhận giống năm 2011) nổi tiếng với năng suất trứng đạt 280,68 quả/mái/52 tuần. Việc lai kinh tế thuận nghịch giữa vịt trống TC và vịt mái Biển 15 đã tạo ra tổ hợp vịt lai TB mang tiềm năng kép về năng suất đẻ trứng và khả năng chống chịu độ mặn.

Trong công tác giống gia cầm, phương pháp chọn lọc kiểu hình truyền thống gặp nhiều trở ngại đối với các tính trạng sinh sản do tính trạng này biểu hiện muộn trong chu kỳ sống của cá thể. Phương pháp chọn giống nhờ chỉ thị phân tử (Marker-Assisted Selection - MAS) giúp nhận diện sớm tiềm năng di truyền ngay từ giai đoạn đầu đời. Trong số các gen ứng viên liên quan đến hoạt động sinh sản, gen Prolactin (PRL) giữ vị trí trung tâm trong việc mã hóa hormone Prolactin, kiểm soát hành vi ấp bóng (broodiness) ở gia cầm. Hành vi ấp bóng làm thoái hóa buồng trứng và ống dẫn trứng, dẫn đến ngừng chu kỳ đẻ trứng. Tại vùng exon 5 của gen PRL, đột biến điểm C-5961T tạo ra vị trí nhận diện cho enzym cắt giới hạn PstI (locus PRL/PstI), tạo tiền đề cho việc ứng dụng kỹ thuật PCR-RFLP nhằm đánh giá đa hình di truyền.

Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Đỗ Chí Hiếu tập trung vào mục tiêu và các nội dung nghiên cứu cụ thể:

• Mục tiêu nghiên cứu: Khảo sát tính đa hình di truyền tại vùng exon 5 (locus PRL/PstI) của gen PRL và phân tích mối liên hệ giữa các kiểu gen này với một số tính trạng sinh sản chủ yếu ở thế hệ thứ hai (F2) của đàn vịt lai chuyên trứng TB.
• Nhiệm vụ/Nội dung nghiên cứu:
  1. Nội dung 1: Khuếch đại đoạn gen mục tiêu thuộc vùng exon 5 của gen PRL bằng kỹ thuật PCR.
  2. Nội dung 2: Phân tích tính đa hình tại locus PRL/PstI bằng enzym cắt giới hạn PstI thông qua kỹ thuật RFLP.
  3. Nội dung 3: Đánh giá ảnh hưởng của các kiểu gen tại locus PRL/PstI đến một số chỉ tiêu sinh sản ở thế hệ thứ hai của vịt lai TB.
• Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:
  • Đối tượng: 167 cá thể vịt lai chuyên trứng TB thế hệ thứ hai (gồm 8 cá thể trống và 159 cá thể mái).
  • Thời gian thực hiện: Từ tháng 12/2022 đến tháng 06/2023.
  • Địa điểm: Phòng thí nghiệm Công nghệ Phôi Động vật, Khoa Công nghệ Sinh học, Viện Công nghệ Sinh học và Môi trường - Trường Đại học Nông Lâm TP.HCM, kết hợp thu thập số liệu kiểu hình tại Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Gia cầm VIGOVA.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khung lý thuyết của nghiên cứu dựa trên di truyền học phân tử động vật và nội tiết học sinh sản gia cầm. Cấu trúc gen PRL ở loài vịt (Anas platyrhynchos, mã số truy cập NCBI GenBank: AB158611.1) bao gồm 5 exon và 4 intron mã hóa 229 acid amin. Hormone Prolactin là một polypeptide/cytokine được tổng hợp và tiết chủ yếu từ tuyến yên trước, tác động qua thụ thể màng tế bào PRLR. Ở gia cầm, nồng độ Prolactin trong máu tăng cao trực tiếp kích hoạt tập tính ấp bóng, hình thành mảng ấp (brood patch) và làm ngưng trệ quá trình sinh trứng. Đột biến đồng hoán C-5961T tại exon 5 làm thay đổi acid amin Arginine thành Cysteine, hình thành gốc Cysteine thứ bảy trong chuỗi polypeptide, làm thay đổi cấu trúc liên kết disulfide thứ ba và ảnh hưởng đến vị trí liên kết heparin (chuỗi L-R-R-D-S-H-K), từ đó làm thay đổi hoạt tính sinh học của hormone PRL.

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm được tiến hành theo quy trình kỹ thuật sinh học phân tử chuẩn hóa:

• Thu mẫu và ly trích DNA tổng số: 167 mẫu máu toàn phần (1 mL/mẫu) được lấy từ tĩnh mạch cánh vịt lúc 8 tuần tuổi, chống đông bằng EDTA và bảo quản ở 4°C. Quá trình tách chiết DNA sử dụng bộ kit TopPURE® BLOOD DNA EXTRACTION KIT (ABT, Việt Nam) theo nguyên lý bắt giữ DNA trên màng cột silica.
• Kiểm tra chất lượng và nồng độ DNA: Sử dụng máy quang phổ NanoBioDrop đo mật độ quang ở hai bước sóng 260 nm và 280 nm để xác định độ tinh sạch ($OD_{260}/OD_{280}$) và nồng độ DNA ($C_{DNA} = OD_{260} \times 50\text{ ng/µL} \times \text{hệ số pha loãng}$). Độ nguyên vẹn của DNA được kiểm tra qua điện di trên gel agarose 1,0% ở điện thế 100V trong 25 phút. Dung dịch DNA sau đó được chuẩn hóa về nồng độ làm việc 50 ng/µL.
• Kỹ thuật PCR khuếch đại exon 5 gen PRL: Sử dụng cặp mồi đặc hiệu L536 với trình tự mồi xuôi 5’-TGCAAAGTCAGATTCCACCA-3’ (bắt đầu từ vị trí nucleotide 5558 trên intron 4) và mồi ngược 5’-GCAAAGCAACAAGAACACCA-3’ (kết thúc tại vị trí 6093 trên vùng 3’ UTR), tạo ra sản phẩm khuếch đại có kích thước lý thuyết 536 bp. Hỗn hợp phản ứng 12,5 µL chứa 6,25 µL 2X MyTaq™ Mix (Bioline, UK), 0,4 µL mỗi mồi (10 pmol/µL), 2 µL DNA khuôn (50 ng/µL) và 3,45 µL nước khử nuclease. Chu trình luân nhiệt gồm: biến tính ban đầu 95°C trong 3 phút; 35 chu kỳ gồm 95°C trong 30 giây, bắt mồi ở 59°C trong 30 giây, kéo dài ở 72°C trong 30 giây; kéo dài cuối cùng 72°C trong 7 phút. Sản phẩm PCR được kiểm tra trên gel agarose 1,5%.
• Kỹ thuật RFLP bằng enzym cắt giới hạn PstI: Phản ứng cắt giới hạn có thể tích 11 µL (gồm 2 µL sản phẩm PCR, 1 µL enzym PstI-HF 20.000 U/mL của Biolab, 3 µL đệm CutSmart 10X và 5 µL nước) được ủ ở 37°C trong 2 giờ, sau đó bất hoạt enzym bằng đệm tải màu tím ở nhiệt độ phòng trong 15 phút. Các phân đoạn DNA sau cắt được phân tách bằng điện di trên gel agarose 2,5% ở 100V trong 40 phút. Vị trí nhận diện của enzym PstI là 5’-CTGCAG-3’ / 3’-GACGTC-5’.
• Phương pháp phân tích thống kê và di truyền:
  • Tần số kiểu gen và tần số alen được tính theo công thức của Nei và Kumar (2000).
  • Hệ số dị hợp tử mong đợi ($H_e$) và kiểm định Chi bình phương ($\chi^2$) đánh giá trạng thái cân bằng Hardy-Weinberg (HWE) với bậc tự do $df = 1$.
  • Hàm lượng thông tin đa hình ($PIC$) được xác định theo công thức của Chesnokov và Artemyeva (2015).
  • Phân tích phương sai một nhân tố (One-way ANOVA) và kiểm nghiệm so sánh bắt cặp Tukey được thực hiện trên phần mềm Minitab để xác định mối liên hệ giữa các kiểu gen với các tính trạng sinh sản ở mức ý nghĩa $P < 0,05$. Phân tích hồi quy tuyến tính xác định mức độ tác động ($R^2$).
• Nguồn dữ liệu kiểu hình: Dữ liệu tính trạng sinh sản do Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Gia cầm VIGOVA theo dõi và cung cấp, bao gồm: tuổi đẻ quả trứng đầu (AFE - ngày), khối lượng cơ thể lúc 18 tuần tuổi (BW18 - gram), năng suất trứng tích lũy đến 38 tuần tuổi (EY - quả/mái), và khối lượng trứng ở tuần 37-38 (EW - gram).

Nội dung chính theo từng chương

Chương 2: Literature Review (Tổng quan tài liệu)

Chương 2 tổng hợp bức tranh toàn diện về ngành chăn nuôi vịt và cơ sở sinh học phân tử của các tính trạng sinh sản:

• Tổng quan về giống vịt nghiên cứu: Trình bày chi tiết về nguồn gốc, đặc điểm sinh học và khả năng chịu mặn của vịt Biển 15 (khối lượng vào đẻ 2591g, tuổi thành thục 21-22 tuần, tỷ lệ đẻ 67,31%); năng suất của vịt TC (280,68 quả trứng/52 tuần, khối lượng trứng 68-70g, tỷ lệ phôi 96,63%, tỷ lệ nở 88,86%); và sơ đồ lai tạo con lai TB nhằm kết hợp đặc tính năng suất cao và thích ứng biến đổi khí hậu.
• Gen ứng viên và cấu trúc gen PRL: Phân tích hơn 31 gen ứng viên điều hòa nội tiết sinh sản gia cầm (GH, FSH, LH, PRL). Hệ gen PRL của vịt có độ tương đồng 92,4% với gà, gà tây và chim cút, nằm trên nhiễm sắc thể số 2. Mô tả chi tiết tọa độ cấu trúc 5 exon và 4 intron từ vùng 5'-flanking (242 bp) đến 3'-flanking (297 bp).
• Hormone Prolactin và thụ thể PRLR: Khái quát hơn 300 chức năng sinh học của PRL ở động vật có xương sống. Nhấn mạnh sự khác biệt giữa thú (kích thích tạo sữa) và gia cầm (kích hoạt hành vi ấp bóng, làm teo buồng trứng và ngưng đẻ).
• Kỹ thuật PCR, chỉ thị phân tử và PCR-RFLP: Đánh giá ưu - nhược điểm của các loại chỉ thị hình thái, tế bào học, hóa sinh so với chỉ thị phân tử (RFLP, RAPD, AFLP, Microsatellite, SNP). Phân tích chi tiết quy trình 7 bước của RFLP cổ điển và ưu thế rút ngắn thời gian, an toàn, không dùng đồng vị phóng xạ của PCR-RFLP.
• Tình hình nghiên cứu trong nước và quốc tế về gen PRL: Tổng thuật các công trình nghiên cứu trên gà Liên Minh, gà Ri, gà Mía và các dòng vịt Star53, BT, TB tại Việt Nam. So sánh với các nghiên cứu quốc tế trên vịt Cao Bưu (Gaoyou), vịt Liên Thành (Liancheng), Khaki Campbell, Bắc Kinh (Pekin), vịt Bayang, Kim Định (Jinding), Hữu Huyện (Youxian) và vịt bản địa Indonesia (Tegal, Magelang). Các nghiên cứu khẳng định exon 5 liên quan chặt chẽ đến năng suất trứng trong khi intron 1 liên quan đến khối lượng trứng.

Chương 3: Materials and Methods (Vật liệu và phương pháp)

Chương 3 chuẩn hóa toàn bộ thiết bị, hóa chất và quy trình thao tác:

• Liệt kê đầy đủ hệ thống máy móc (máy ly tâm Hermle, máy đo NanoBioDrop, máy luân nhiệt Bioer, tủ an toàn sinh học Bioquell, hệ thống chụp gel UVP) và hóa chất của các hãng Bioline, Biolab, Thermo Scientific, ABT.
• Mô tả chi tiết quy trình 7 bước tách chiết DNA từ máu toàn phần bằng đệm PBS, Proteinase K, đệm BL, đệm WB1, WB2 và đệm ly giải EB.
• Xây dựng bảng quy ước kích thước phân đoạn sau cắt enzym PstI: Kiểu gen đồng hợp CC (536 bp không bị cắt do không có đột biến), dị hợp CT (3 phân đoạn: 536 bp, 406 bp, 130 bp do một alen bị cắt), đồng hợp TT (2 phân đoạn: 406 bp và 130 bp do cả hai alen đều bị cắt).
• Trình bày toàn bộ hệ thống công thức toán học di truyền quần thể của Nei & Kumar, chỉ số $PIC$ của Chesnokov & Artemyeva, cùng mô hình phân tích ANOVA và hồi quy tuyến tính trong Minitab.

Chương 4: Results and Discussion (Kết quả và thảo luận)

Chương 4 trình bày và thảo luận sâu sắc các số liệu thực nghiệm thu được:

• Chất lượng DNA tổng số: DNA sau ly trích đạt nồng độ trung bình $227,12\text{ ng/µL}$, tỷ số $OD_{260}/OD_{280}$ trung bình đạt 1,84 (nằm trong giới hạn chuẩn từ 1,8 đến 2,0), điện di gel agarose 1% cho băng sáng rõ, đồng nhất, không bị thoái hóa hay đứt đoạn.
• Khuếch đại đoạn gen exon 5: Sản phẩm PCR trên 167 mẫu đều cho một băng duy nhất đặc hiệu có kích thước chính xác 536 bp trên gel agarose 1,5%, đối chứng âm không xuất hiện băng, không có hiện tượng tạo mồi đôi (primer dimer).
• Phân tích đa hình locus PRL/PstI: Sau khi phân cắt bằng enzym PstI, cả ba kiểu gen CC, CT và TT đều được nhận diện thành công trên gel agarose 2,5%.
  • Tần số alen trong toàn bộ quần thể: alen C đạt 0,808; alen T đạt 0,192.
  • Tần số kiểu gen: kiểu gen CC chiếm ưu thế lớn nhất với 0,641 (107 cá thể); kiểu gen dị hợp CT đạt 0,335 (56 cá thể); kiểu gen đồng hợp lặn TT xuất hiện với tần số rất thấp là 0,024 (4 cá thể).
  • Tỷ lệ dị hợp tử quan sát ($H_o = 0,335$) cao hơn dị hợp tử mong đợi ($H_e = 0,310$).
  • Giá trị $PIC = 0,262$ phản ánh locus có mức độ đa hình trung bình ($0,25 < PIC < 0,5$).
  • Giá trị $\chi^2 = 0,841$ nhỏ hơn giá trị tra bảng $\chi^2_{0,05; df=1} = 3,841$ ($P > 0,05$), chứng minh quần thể vịt lai TB thế hệ thứ hai ở trạng thái cân bằng di truyền Hardy-Weinberg.
• Ảnh hưởng của kiểu gen đến các tính trạng sinh sản:
  • Không có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê ($P > 0,05$) giữa các kiểu gen đối với tuổi đẻ quả trứng đầu (AFE, $P = 0,389$), khối lượng cơ thể lúc 18 tuần tuổi (BW18, $P = 0,988$) và khối lượng trứng tuần 37-38 (EW, $P = 0,383$).
  • Có sự ảnh hưởng có ý nghĩa thống kê ($P < 0,05$) đối với năng suất trứng tích lũy đến 38 tuần tuổi (EY): Cá thể mang kiểu gen đồng hợp CC cho năng suất trứng cao nhất ($99,25 \pm 9,82$ quả), cao hơn rõ rệt so với nhóm cá thể mang kiểu gen dị hợp CT ($95,55 \pm 7,25$ quả) và nhóm mang kiểu gen TT ($91,25 \pm 9,74$ quả).
  • Phương trình hồi quy tuyến tính thiết lập được: $y = 3,39x + 89,02$ (với quy ước giá trị kiểu gen $CC=3, CT=2, TT=1$), hệ số xác định $R^2 = 0,039$. Như vậy, locus PRL/PstI giải thích 3,9% biến thiên kiểu hình về năng suất trứng ở quần thể vịt lai TB thế hệ thứ hai.

Kết quả và đóng góp

Nghiên cứu đã cung cấp số liệu thực nghiệm đầy đủ về cấu trúc di truyền quần thể và hiệu ứng của locus PRL/PstI trên thế hệ F2 của đàn vịt lai TB:

Bảng 1: Phân bố số lượng, tần số kiểu gen, tần số alen và các chỉ số di truyền quần thể tại locus PRL/PstI

Phân nhóm	Số lượng (cá thể)	Kiểu gen CC	Kiểu gen CT	Kiểu gen TT	Alen C	Alen T	$H_e$	$PIC$	Giá trị $\chi^2$ (HWE)
Vịt trống	8	5 (0,625)	3 (0,375)	0 (0,000)	0,812	0,188	-	-	-
Vịt mái	159	102 (0,642)	53 (0,333)	4 (0,025)	0,808	0,192	-	-	-
Toàn đàn	167	107 (0,641)	56 (0,335)	4 (0,024)	0,808	0,192	0,310	0,262	0,841 ($P > 0,05$)

Bảng 2: Mối liên hệ giữa các kiểu gen tại locus PRL/PstI với các tính trạng sinh sản ở vịt lai TB thế hệ thứ hai

Chỉ tiêu theo dõi	Kiểu gen CC ($N=104$)	Kiểu gen CT ($N=51$)	Kiểu gen TT ($N=4$)	Mức ý nghĩa ($P$-value)
Tuổi đẻ trứng đầu - AFE (ngày)	$147,01 \pm 13,14$	$149,51 \pm 27,87$	$144,50 \pm 8,23$	$0,389^{\text{ns}}$
Khối lượng lúc 18 tuần tuổi - BW18 (g)	$1658,68 \pm 187,41$	$1654,72 \pm 163,89$	$1655,00 \pm 123,96$	$0,988^{\text{ns}}$
Năng suất trứng đến 38 tuần - EY (quả)	$99,25^{\text{a}} \pm 9,82$	$95,55^{\text{b}} \pm 7,25$	$91,25^{\text{ab}} \pm 9,74$	$0,039^*$
Khối lượng trứng tuần 37-38 - EW (g)	$69,12 \pm 4,79$	$68,43 \pm 4,92$	$65,95 \pm 5,30$	$0,383^{\text{ns}}$

(Ghi chú: $N$: số lượng cá thể được theo dõi kiểu hình; $^{\text{a, b}}$: các giá trị trong cùng một hàng không có cùng chữ cái mang sự khác biệt có ý nghĩa thống kê; $^$: khác biệt có ý nghĩa ở mức $P < 0,05$; $^{\text{ns}}$: khác biệt không có ý nghĩa thống kê $P > 0,05$).*

Đóng góp học thuật và thực tiễn của đề tài:

• Đánh giá tính ổn định qua các thế hệ: Đây là công trình đầu tiên xác định tính đa hình và kiểm chứng hiệu ứng của chỉ thị phân tử locus PRL/PstI trên thế hệ thứ hai (F2) của đàn vịt lai TB tại Việt Nam. Kết quả chứng minh ưu thế vượt trội của kiểu gen đồng hợp CC đối với năng suất đẻ trứng vẫn được duy trì ổn định và di truyền nhất quán từ thế hệ F1 sang thế hệ F2.
• Cơ sở cho chọn giống thông minh (MAS): Cung cấp bằng chứng thực nghiệm khẳng định alen C và kiểu gen CC là chỉ thị phân tử hữu hiệu phục vụ công tác chọn lọc sớm cá thể có năng suất trứng cao trong các chương trình nhân giống vịt chịu mặn thích ứng biến đổi khí hậu.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Khóa luận chỉ ra một số điểm cần tiếp tục hoàn thiện dựa trên phạm vi nghiên cứu thực tế:

• Quy mô mẫu phân tích: Mặc dù tổng số mẫu đạt 167 cá thể, số lượng vịt trống còn hạn chế (8 con) và số lượng cá thể mang kiểu gen đồng hợp lặn TT trong toàn đàn chỉ có 4 con (chiếm 2,4%), dẫn đến sự chênh lệch cỡ mẫu khi phân tích thống kê so sánh sâu giữa nhóm TT với các nhóm còn lại.
• Phạm vi khảo sát di truyền: Đề tài mới chỉ tập trung phân tích một vị trí đa hình đơn lẻ (locus PRL/PstI) tại vùng exon 5 của gen PRL.
• Hướng mở rộng đề xuất: Cần tiếp tục theo dõi các thế hệ tiếp theo (F3, F4) của tổ hợp lai TB để khẳng định mức độ ổn định di truyền lâu dài; đồng thời mở rộng nghiên cứu đa hình tại các vùng chức năng khác của gen PRL (như intron 1, promoter) cũng như các gen ứng viên sinh sản khác (như PRLR, GH, FSH, LH) để xây dựng bộ chỉ thị phân tử đa locus (haplotype) phục vụ chọn giống chính xác.

Giá trị tham khảo

Khóa luận là tài liệu tham khảo có giá trị chuyên môn cao đối với:

• Sinh viên, học viên ngành Công nghệ Sinh học và Chăn nuôi - Thú y: Cung cấp quy trình thực nghiệm chi tiết, chuẩn hóa từ kỹ thuật tách chiết DNA mẫu máu gia cầm, tối ưu hóa phản ứng PCR với cặp mồi L536, đến kỹ thuật cắt giới hạn RFLP và điện di phân tách phân đoạn DNA.
• Các nhà nghiên cứu và kỹ thuật viên giống vật nuôi: Cung cấp tài liệu tham khảo về phương pháp tính toán các chỉ số di truyền quần thể ($H_e, PIC, \chi^2$ HWE) và quy trình phân tích phương sai ANOVA, hồi quy tuyến tính đánh giá mối tương quan kiểu gen - kiểu hình sinh sản ở gia cầm thủy cầm.

Câu hỏi thường gặp

1. Kích thước đoạn gen khuếch đại và các phân đoạn sau khi cắt enzym PstI tại locus PRL/PstI là bao nhiêu? Đoạn gen exon 5 được khuếch đại bằng cặp mồi L536 có kích thước 536 bp. Sau khi ủ với enzym cắt giới hạn PstI ở 37°C: kiểu gen CC không bị cắt (giữ nguyên băng 536 bp); kiểu gen TT bị cắt hoàn toàn tạo ra 2 băng có kích thước 406 bp và 130 bp; kiểu gen dị hợp CT xuất hiện cả 3 băng gồm 536 bp, 406 bp và 130 bp.

2. Đột biến C-5961T tại exon 5 của gen PRL gây ra biến đổi gì về mặt sinh học phân tử? Đột biến C-5961T là dạng đột biến đồng hoán giữa hai base pyrimidine (C chuyển thành T), dẫn đến sự thay thế acid amin Arginine thành Cysteine trong chuỗi polypeptide của hormone Prolactin. Sự xuất hiện của gốc Cysteine thứ bảy này làm thay đổi liên kết disulfide thứ ba và ảnh hưởng trực tiếp đến miền chức năng gắn heparin (L-R-R-D-S-H-K), qua đó tác động đến hoạt tính của hormone PRL.

3. Tần số các kiểu gen và alen tại locus PRL/PstI ở thế hệ thứ hai vịt lai TB được ghi nhận như thế nào? Trong tổng số 167 cá thể nghiên cứu, tần số alen C chiếm 0,808 và alen T chiếm 0,192. Tần số các kiểu gen tương ứng là 0,641 đối với CC (107 cá thể), 0,335 đối với CT (56 cá thể) và 0,024 đối với TT (4 cá thể). Kiểu gen CC và alen C chiếm ưu thế tuyệt đối trong quần thể.

4. Kiểu gen tại locus PRL/PstI có mối liên hệ như thế nào với năng suất trứng ở vịt lai TB? Phân tích ANOVA cho thấy kiểu gen tại locus PRL/PstI có ảnh hưởng có ý nghĩa thống kê đến năng suất trứng tích lũy đến 38 tuần tuổi ($P = 0,039$). Nhóm cá thể mang kiểu gen CC đạt năng suất trứng cao nhất ($99,25 \pm 9,82$ quả), cao hơn có ý nghĩa so với nhóm mang kiểu gen CT ($95,55 \pm 7,25$ quả). Mối quan hệ này tuân theo phương trình hồi quy tuyến tính $y = 3,39x + 89,02$ với hệ số xác định $R^2 = 0,039$ (giải thích 3,9% biến thiên năng suất trứng).

5. Các tính trạng sinh sản nào khác được đánh giá và kết quả ra sao? Nghiên cứu đã khảo sát thêm ba tính trạng gồm: tuổi đẻ quả trứng đầu (AFE), khối lượng cơ thể lúc 18 tuần tuổi (BW18) và khối lượng trứng tuần 37-38 (EW). Kết quả kiểm định thống kê cho thấy không có sự khác biệt có ý nghĩa giữa các kiểu gen CC, CT và TT đối với cả ba tính trạng này ($P > 0,05$).

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Đỗ Chí Hiếu đã ứng dụng thành công kỹ thuật PCR-RFLP để xác định đặc điểm đa hình locus PRL/PstI thuộc exon 5 của gen Prolactin trên 167 cá thể vịt lai chuyên trứng TB thế hệ thứ hai (F2). Quần thể nghiên cứu ghi nhận 2 alen (C, T) và 3 kiểu gen (CC, CT, TT) ở trạng thái cân bằng di truyền Hardy-Weinberg ($\chi^2 = 0,841; P > 0,05$), trong đó kiểu gen đồng hợp CC chiếm ưu thế tuyệt đối (tần số 0,641). Kết quả kiểm định thống kê khẳng định kiểu gen CC có liên quan có ý nghĩa với năng suất trứng tích lũy đến 38 tuần tuổi ($99,25 \pm 9,82$ quả; $P < 0,05$), chứng minh tính ổn định di truyền của chỉ thị phân tử này qua các thế hệ và cung cấp cơ sở khoa học quan trọng cho công tác chọn giống vịt thích ứng biến đổi khí hậu bằng công nghệ gen.

Trích đoạn nội dung tài liệu

MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY-HO CHI MINH CITY FACULTY OF BIOLOGICAL SCIENCES INVESTIGATION OF PROLACTIN GENE POLYMORPHISM IN THE TB CROSSBRED LAYER DUCK BY PCR-RFLP TECHNIQUE Major : BIOTECHNOLOGY Student : DO CHI HIEU Student ID : 19126249 Academic year : 2019-2023 Thu Duc City, 08/2023 MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY-HO CHI MINH CITY FACULTY OF BIOLOGICAL SCIENCES GRADUATIONTHESIS INVESTIGATION OF PROLACTIN GENE POLYMORPHISM IN THE TB CROSSBRED LAYER DUCK BY PCR-RFLP TECHNIQUE Instructor Student NGUYEN NGOC TAN, Ph. DO CHI HIEU Thu Duc City, 08/2023 ACKNOWLEDGEMENTS First and foremost, I would like to express my special thanks to the teachers of the Faculty of Biological Sciences and Research Institute for Biotechnology and Environment, Nong Lam University — Ho Chi Minh City for their respectful greetings, best wishes, and deep thanks. I received attention, teaching, thoughtful guidance, favorable conditions, and a research environment during the research and implementation of the thesis. I would like to thank my instructor, Nguyen Ngoc Tan, Ph., for providing me with the opportunity to conduct this research.

However, I must admit that I have felt disappointed with his instructions, and I believe that the teaching style may not have been entirely suitable for me. I found it difficult to voice my concerns, as I felt that the teacher did not actively listen or show much interest in the progress of my research. Moreover, I must admit that my instructor did not review this thesis, and I completed it by myself. I want to express my sincerest thanks to my family, who have always been a source of encouragement and concern throughout the journey of preparing this graduation thesis.

Their unwavering support has motivated my continuous efforts to strive and excel on my intellectual path. Furthermore, I would like to acknowledge the support of VIGOVA Poultry Research and Development Center for providing genetic resources and necessary information that enabled the smooth progress of this study. Lastly, I extend my sincere appreciation to my seniors, classmates, and everyone in the research room for sharing and exchanging knowledge and experiences to help me implement this project. AFFIRMATION AND COMMITMENT Name : DO CHI HIEU ID: 19126249 Class: DH19SHC Phone : [phone] Email: [e-mail] My major is Biotechnology at Nong Lam University-Ho Chi Minh City.

This is my graduation thesis, which was conducted by myself. All the data and information are completely honest and objective. I take full responsibility in front of the committee for these commitments. Thu Duc City, July 31% 2023 Student’s signature Do Chi Hieu ii ABSTRACT The Prolactin (PRL) gene, encoding the PRL hormone, plays a crucial role in regulating various reproductive processes in animals, including egg production and broodiness in poultry.

Studying the genetic variations and associations of the PRL gene can provide valuable insights into enhancing breeding strategies and optimizing reproductive performance in livestock species. Additionally, the early assessment of reproductive traits, especially in terms of productivity, carries great significance. Therefore, this study aimed to investigate the polymorphism at the PRL/PstI locus of the PRL gene in the second generation of TB crossbred ducks by the PCR-RFLP technique and the association of its polymorphism with reproductive traits. A total of 167 blood samples were collected for DNA extraction and target fragment amplification.

The target gene fragment in the exon 5 region was successfully amplified with a size of 536 bp. The amplified PCR products were subsequently treated for digestion using the Pstl restriction enzyme. The results revealed that polymorphism at the PRL/Pstl locus was detected with two alleles, C and T, and the allele frequencies were 0. Three genotypes were observed; the genotype frequencies were 0.024 for CC, CT, and TT in the total population.

The PIC (Polymorphic Information Content) and He (expected heterozygosity) were 0. In conclusion, polymorphism at PRL/PstI is identified, and the CC genotype is dominant. The distribution of genotypes in the population fits the Hardy- Weinberg equilibrium. Further analysis showed a significant association between the genotypes and egg production.

Specifically, the CC genotypes exhibited higher egg yields up to 38 weeks of age compared to the CT genotype (corresponding to 99.05), following a regression line of y=3.02, with a determination coefficient of 0. Keywords: TB crossbred duck, Prolactin gene, Prolactin Hormone, exon 5, PCR-RFLP, genetic polymorphism, reproductive traits. ill TÓM TẮT Gen Prolactin (PRL), mã hóa hormone PRL, đóng vai trò quan trong trong việc điều chỉnh các quá trình sinh sản khác nhau ở động vật, bao gồm hành vi ấp gia cầm do đó có liên hệ đến năng suất trứng. Nghiên cứu về các biến thể di truyền và mối quan hệ của gen PRL có thé cung cấp cơ sở dữ liệu dé cải thiện các chiến lược nhân giống và tôi ưu hóa hiệu suất sinh sản ở các loài vật nuôi.

Ngoài ra, trong chăn nuôi việc đánh giá sớm các tính trạng sinh sản, đặc biệt là về mặt năng suất, rất có ý nghĩa. Vì vậy, nghiên cứu này nhằm khảo sát tính đa hình tại locus PR1⁄Psí của gen PRL trong thé hé thir hai cua vit lai TB bang ky thuat PCR-RFLP va mối liên hệ của tính đa hình này với các đặc điểm sinh sản. Tổng cộng 167 mẫu máu được thu nhận dé ly trích DNA và khuếch đại đoạn gen mục tiêu. Doan gen mục tiêu trong vùng exon 5 đã được khuếch đại thành công với kích thước là 536 bp.

Sản pham PCR khuếch đại sau đó được tiến hành phân cắt bởi enzym giới han PsíI. Kết quả cho thay tính đa hình tại locus PRL/Pstl được phát hiện với hai allele C và T. Tần suất xuất hiện cua allele này là 0,808 và 0,192. Ba kiểu gen đã được quan sát.

Tần suất kiểu gen tương ứng là 0,641; 0,335 và 0,024 cho CC, CT và TT trong quan thé. Chi số PIC (hàm lượng thông tin đa hình) va He (di hợp tử mong đợi) lần lượt là 0,262 và 0,310. Tổng kết, locus PRL/Pstl đã phát hiện tính đa hình va kiểu gen CC chiếm ưu thế. Phân bố kiểu gen trong quan thé phù hợp với cân bằng Hardy- Weinberg.

Phân tích tiếp theo cho thấy mối quan hệ ý nghĩa giữa các kiểu gen và năng suất trứng. Cụ thé, kiều gen CC cho thấy hiệu suất trứng cao hơn đến 38 tuần tuôi so với kiểu gen CT (tương ứng với 99,25 + 9,82 trứng so với 95,55 + 7,25 trứng; P <0,05), theo đường hồi quy y = 3,39x + §9,02, với hệ số xác định là 0,039. Từ khóa: Vit lai TB, Prolactin gene, Hormone Prolactin, exon 5, PCR-RFLP, đa hình gen, tinh trang sinh san. iv TABLE OF CONTENTS Page ACKNOWLEDGEMENTS caaccesiessbsinnseesssg4102811535013005588.3630/60633340840 i AFFIRMATION AND COMMITMENT.::ceceseeceeeesceeeeseeseeseeseeseeseeseeeeeeeseeeeeeee’ ii ABSTRACT oc.

11 eee eine! iv TABLE OF CON TENTS tevassnsenavsneaiuoranwansamestcateianates insider vomiancnansws ten aetsibemisbeieametoannasnaee V LIST 9)5Ẽ. vil LIST OF TABLES tenxtetenseeccesemenioem een omentum emnemesnsenee ix LIST OF FIGURES series C0113 --- --- -- 2-22-2222 HH HH re 1 IN s00 i0¬ii 2n. LITERATURE, REVIEW ssssssexssssssssetsnsesascsanssassssansacsntesssaneansssasanssemnsseaseus 3 2. Duck breed in research: an OVELVICW .- --- --- LH SH HH HH He 3 2.

Candidate genes are associated with egg-laying performance. The structure of the PRL gene -. THỂ PRI hot ssccen cesses nessa g2 CRDHHGIAXISAS1XSSREBSISSEEIASESESSSESSENSH4ASEEERSBSRSxĐSSE6S 6 22.J, The PRL borin ore: iriTfffiäTHHHđÍS§-=--sez-siesseesesseensssrskkassiLdtkksus. The PRL, hormone 1ñ AVIAN SPECIES sesscsscssscecnsssvessereeseeesesssssmenermanarnasavavencesenes 7 2.

The PRL hormone receptor .5, Polymerase Chain Re€a€tLIOHisssesssscesszeecseodinkoilxdgieS0114S3463E1443399534080888830596026C5G1680038G08 8 20 bạ E GH 52 0)0c: eeeee 9 2. Advantages and limitations Of PCT. Molecular markers in animal SCI€IIC€. Conventiotial i1áFEKÉSrnassersaiseindioiAAS11050450146E8014718XEES3E8593/85EAG3SSEISEEESSEETHSIG 10 2.

Classification of molecular Markets ¡á-‹:c--cssccsc5 S161 10141 HẾ Án GI H3 l1 51616008008 12 2. Restriction Fragment Length Polymorphism.-------- 52552552 <+c+sc+sc+sccx2 12 252). RESHEUON ENZYMES ise secesevneeeuern eeermrsecesermenseeneneren verse nnaansneceaneeres 13 2⁄25: REL PO CGSS ss tonnnghöa dư hong G-S48%LG098I0836-H:3053882300GSE3. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism .1, (PC ReREIP process sss sore on ee ats See a ee 15 2.

Advantages and limitations of PCR-RFLP and RFLP techniques. 16 21 RL Seite TS Cat CH usc nance eanmenane ee 16 2. The research status of Vietmamm. The research status of worldwide ssisssizesizs025165561144660661434516480415484GE80 9538148665 G556 18 CHAPTER 3.

MATERIALS AND METHODS .cccceccecceceeeeseeseeseeseeseeseeseeseeseenens 22 1 FeedDieuoeLOOM (Clo 5 (0) ee te ee 22 3,2.1, Sample and data 6öllé€GHOfizseasssesssesesisssiistoottkgEiLSS0103882855135S45954838g6I015380. Equipment and tools used in the research.3: Total DNA 6X ACH Of scccncsssccusecsnnsesr.ciscxeanmeseceenerneeea vane anemenaneseanS 23 3. DNA quality assessment after exfraCfIOT1. Agarose gel electrophoresis of total extracted DNA.

PCR amplification for exon 5 of the PRL gene. RFLP analysis of PCR products sssssspsscss emer ema 26 3 GoD Atal AIL YS ececsaeeieeseribsoesaiezessonosnusipbrasssllEDEMonkEstepisslMemuadkrietodirku8/091-au43581ndluoS44deecasSi 27 CHAPTER 4. RESULTS AND DISCUSSION wesssssssncossssovsnssonsesie se nesncunssesetssceseneseanses 30 4.1 Amplification of the target gene on the exon 5 reg10n. Total DNA €XIE4CLOHisescessssssssssssEss64S6146180414608666539161E558601468558313630Đ55346016G94188.

PCR amplification for exon 5 of the PRL gene. PCR amplification primer 1nfOrIaft1OI. PCR amplification results for exon 5 of the PRL gene. Polymorphic analysis of the PRL/PstI locus by the Ps⁄l restriction enzyme.

Effect of the genotypes at the PRL/PstI locus on some reproductive traits. CONCLUSIONS AND SUGGESTIONS. 40 Bil COnGlUSTONS ssssci-zs2s502580521226n85612 16 EglgiDcsiSdiot8gicuuSdngligdisSnii8daiigatiosidsosciciaidsbizEtdaroiSirdudi0aciimzketsard 40 Su SUD BOS LL ODS cuenndeeanebiuodooottlogiBiSEENGISSSEASSESSSIE-HGGAGSSSEBHMSR3.98S03ã190436100219iJggS0gg88 00380 g9oggssi 40 ;3335i54 0195005 =.Ô 4I ;0 0 x0pINIB)BXSSSS Sa. ca ca cac co 46 vi LIST OF ABBREVIATIONS Abbreviations Description AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism ANOVA : Analysis of variance Bp : Base pair df : Degree of freedom DNA : Deoxyribonucleic acid EDTA : Ethylenediaminetetraacetic acid Ha : The alternative hypothesis He : Expected Heterozygosity Ho : Observed Heterozygosity Ho : The null hypothesis L : Ladder NCBI : National Center for Biotechnology Information OD : Optical Density PCR — RFLP : Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism PCR : Polymerase Chain Reaction PIC : Polymorphic Information Content PRL - Prolactin gene PRL : Prolactin hormone QTL : Quantitative Trait Loci RAPD : Random Amplified Length Polymorphism REases : Restriction Enzyme RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism rpm : Round per minute SD : Standard Deviation SNP : Single Nucleotide Polymorphism Vii Ta : Annealing temperature TAE : Tris-Acetate-EDTA Taq : Thermus aquaticus Tm : Melting temperature : Chi-square Vili LIST OF TABLES Table 2.

Summary of Genotypic and Allelic Frequencies at the PRL/PstI Locus. Expected RFLP-digested PCR product sizes and genotype conventions. Information on the L536 primer pair .-------- 5-5525 52 +52 <+£+s£+sc+sccee 31 Table 4. Polymorphic analysis of the PRL/Pstl locus by PstI restriction enzyme.

Effect of genotypes on some reproductive fTa1{S.-- --- ---------+s++++ 36 ix LIST OF FIGURES Page Figure 2. Crossbreeding scheme điagram.-- ---- 2-52 22+ 22+ +22 £+zE++vEezerreezerrreerere 4 Figure 2. Illustrations of portions of the prolactin gene in ducks. IIlustration of RFLP analysis.cccivsssiavssseavesveee oreseervessisessnmmnsensensesaesenses 14 Figure 2.

Illustration of PCR-RFLP anaÌyS1s.------- 55552 +52£+<<+2c+sc+scesrree 15 Figure 4. Representative electrophoresis of the extracted DNA on 1% agarose gel. Representative electrophoresis of the PCR products of PRL in exon 5 on DY APATOSE: GE| picononcrrasemrvsrncevsituerenivnesiiistinses touts witinaitersmtineess viregilinlotristbsbiiltDuairbatt0u-1046 4L 32 Figure 4. Representative electrophoresis PCR-RFLP pattern of the PRL gene digested with Pst] on 2,5% agarose Ø€ÌL.- LG HH TH ng hệt 33 Figure 4.

Genotypic effect of the PRZ/PstI locus on egg yield (EY). Problem statement Along with the wet rice civilization, duck farming has been a long-standing traditional business and played an important role in the agricultural economy in Vietnam. Since 1961, our country has consistently ranked second globally in terms of duck populations. In 2020, Vietnam continued to hold the second position with a population of over 86.5 million ducks, representing 7% of the global total (Jalaludeen et al.

Duck farming contributes remarkably to agricultural productivity by providing a considerable source of duck meat and eggs. Duck meat is highly sought-after for its nutritional value and flavor (Sinanoglou et al. In 2019, Vietnam ranked fourth globally in terms of duck meat production.