ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM NGUYỄN TẤN PHÁT ĐÁNH GIÁ TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN Ralstonia solanacearum Smith GÂY BỆNH HÉO XANH TẠI ĐÀ NẴNG BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐÀ NẴNG, NĂM 2018 ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM NGUYỄN TẤN PHÁT ĐÁNH GIÁ TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN Ralstonia solanacearum Smith GÂY BỆNH HÉO XANH TẠI ĐÀ NẴNG BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ Ngành : Công nghệ sinh học KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Giáo viên hƣớng dẫn: TS. NGUYỄN MINH LÝ ĐÀ NẴNG, NĂM 2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, kết quả nêu trong luận văn là trung thực và chưa từng được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác. Tác giả Nguyễn Tấn Phát LỜI CẢM ƠN Em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới các quý thầy, cô khoa Sinh – Môi Trƣờng, trƣờng Đại Học Sƣ Phạm Đại Học Đà Nẵng đã hƣớng dẫn, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho em trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và thực hiện khóa luận. Em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc nhất đến TS. Nguyễn Minh Lý ngƣời thầy tâm huyết đã tận tình hƣớng dẫn, động viên khích lệ, dành nhiều thời gian trao đổi và định hƣớng cho em trong suốt quá trình thực hiện khóa luận. Em xin gửi lời cảm ơn đến toàn thể bạn bè, đồng nghiệp đã luôn động viên tinh thần cho tôi trong suốt thời gian học tập và hoàn thành khóa luận. MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN LỜI CẢM ƠN DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC BẢNG BIỂU DANH MỤC HÌNH ẢNH MỞ ĐẦU . Tính cấp thiết của đề tài . Mục tiêu đề tài . Ý nghĩa khoa học của đề tài . TỔNG QUAN TÀI LIỆU . Tổng quan về vi khuẩn . Phân loại vi khuẩn . Đặc điểm hình thái, sinh hóa, sinh thái của vi khuẩn Ralstonia solanacearum . Đặc điểm hình thái, cấu tạo Vi khuẩn R. Đặc tính sinh hóa của vi khuẩn R. Phương thức tồn tại, xâm nhập và lan truyền của vi khuẩn R. Ảnh hưởng của điều kiện ngoại cảnh đến sự phát sinh, phát triển của bệnh héo xanh vi khuẩn hại lạc. Chuẩn đoán bệnh héo xanh vi khuẩn và phân lập vi khuẩn gây bệnh. Nghiên cứu đa dạng di truyền vi khuẩn R. Biovar và nòi của vi khuẩn R. Kiểu gây bệnh . Kiểu quan hệ phả hệ . Tình hình nghiên cứu bệnh héo xanh ở Việt Nam và trên Thế giới . Nghiên cứu bệnh héo xanh trên thế giới . Nghiên cứu bệnh héo xanh ở Việt Nam . Tổng quan về kỹ thuật RAPD . VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU . Vật liệu nghiên cứu . Nội dung nghiên cứu . Địa điểm, thời gian và phạm vi nghiên cứu . Địa điểm nghiên cứu . Thời gian nghiên cứu: từ tháng 04/2017 đến 04/2018. Phƣơng pháp nghiên cứu. Phƣơng pháp thu mẫu . Phƣơng pháp phân lập . Mẫu cây bệnh . Phƣơng pháp xác định biovar của dòng vi khuẩn phân lập . Phƣơng pháp phân tích DNA. Phương pháp tách chiết DNA từ vi khuẩn . Kỹ thuật PCR: . Phƣơng pháp điện di trên gel agarose . Nghiên cứu đa dạng di truyền một số chủng vi khuẩn R. solanacearum bằng phân tích DNA . Phƣơng pháp bảo quản giống vi sinh vật. 22 Bảo quản trên môi trường thạch bằng, định kỳ kiểm tra cấy truyền . KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN. Phân lập vi khuẩn héo xanh tại địa bàn Đà Nẵng . Xác định biovar của các chủng vi khuẩn R. Nghiên cứu đa dạng di truyền một số chủng vi khuẩn R. solanacearum bằng phân tích DNA . Kết quả tách chiết DNA vi khuẩn R. Kết quả phân tích các chủng vi khuẩn với các mồi RAPD . Kết quả phân tích mối quan hệ di truyền giữa các chủng VKHX. 30 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ. 34 TÀI LIỆU THAM KHẢO . 36 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations HXVK Héo xanh vi khuẩn TZC Tetrazolium chloride SPA Sucrose peptone agar PCR Polymerase chain reaction bp Base pair DNA Deoxyribonucleic acid µg Microgram µL Microliter AP-PCR Arbitrary primed polymerase chain reaction DAF DNA amplification fingerprinting RAPD Randomly amplified polymorphic DNA TAE Tris-Acetic acid-EDTA Kb Kilobase mg Milligram mL Millilite mM Millimol cs Cộng sự CTAB cetyltrimethyl-ammonium bromide EDTA ethylene diamine tetraacetic acid DANH MỤC BẢNG BIỂU Số hiệu Tên bảng Trang bảng Bảng 2.1 Tọa độ các địa điểm lấy mẫu 17 Bảng 2.2 Danh sách 5 đoạn mồi RAPD sử dụng trong nghiên cứu 17 Bảng 2.3 Phản ứng xác định Biovar vi khuẩn R.1 Các chủngVKHX đƣợc phân lập 24 Đƣờng kính khuẩn lạc trên môi trƣờng TZC sau 24h và Bảng 3.2 25 48h nuôi cấy Kết quả xác định biovar của 23 chủng vi khuẩn R.3 27 solanacearum gây bệnh héo xanh Mức độ đa hình của 5 mồi RAPD ngẫu nhiên khi phân Bảng 3.4 28 tích với 5 chủng vi khuẩn R. solanacearum Hệ số tƣơng đồng di truyền giữa các chủng vi khuẩn Bảng 3.5 30 héo xanh DANH MỤC HÌNH ẢNH Số hiệu hình Tên hình Trang Hình thái vi khuẩn Ralstonia Hình 1.1 4 solanacearum Smith dƣới kính hiển vi Hình thái các loại kiểu hình của vi Hình 3.1 khuẩn trên môi trƣờng TZC đƣợc sử 25 dụng trong nghiên cứu Kết quả tách chiết DNA một số chủng vi Hình 3. solanacearum Kết quả điện di sản phẩm PCR xác định tính đặc hiệu của quy trình phát hiện R.3 29 solanacearum sử dụng DNA chiết tách từ các loài vi khuẩn đã phân lập đƣợc. Quan hệ di truyền giữa các chủng vi Hình 3.4 30 khuẩn héo xanh MỞ ĐẦU 1. Tính cấp thiết của đề tài Vi khuẩn Ralstonia solanacearum Smith gây ra bệnh héo xanh, và có nguồn gốc trong đất, đƣợc phát hiện lần đầu tiên trên các cây thuộc họ Cà ở Mỹ vào n m 1896. Cho đến nay bệnh phổ biến rất rộng ở hầu hết các nƣớc châu Á, Phi, Mỹ, Úc. Bệnh bắt đầu xuất hiện ở Châu Âu nhƣng gây hại nghiêm trọng chủ yếu ở các nƣớc vùng nhiệt đới, cận nhiệt đới có khí hậu nóng, ẩm. Bệnh này đƣợc coi là một trong n m loại bệnh cây trồng thuộc đối tƣợng quan tâm nhất của chƣơng trình phòng trừ sâu bệnh tổng hợp của FAO (1992) và chịu sự kiểm soát chặt chẽ của kiểm dịch Quốc tế, nhất là các nƣớc thuộc cộng đồng châu Âu [5]. Đây là loại vi khuẩn có khả n ng gây hại trên 200 loài cây cỏ, đặc biệt gây hại nặng trên cây họ cà nhƣ cà chua, cà tím, khoai tây, thuốc lá và các cây khác họ nhƣ đậu phụng, gừng chuối, chúng có khả n ng sống rất lâu trong đất và lây lan rất nhanh, di chuyển từ nơi này sang nơi khác. Vi khuẩn gây thiệt hại kinh tế lớn đối với các cây trồng có ý nghĩa kinh tế nhƣ lạc, cà chua, khoai tây, và có thể làm giảm đáng kể đến n ng suất và chất lƣợng của nông sản từ 5-100% tùy theo loài cây, giống cây, vùng địa lý Việt nam là một nƣớc có khí hậu nhiệt đới nóng ẩm, thuộc vùng phân bố chính của loài vi khuẩn Ralstonia solanacearum , bệnh héo xanh vi khuẩn (HXVK) đƣợc coi là bệnh hại phổ biến ở nhiều tỉnh trong cả nƣớc nhƣ: Bắc Giang, Bắc Ninh, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Long An, Tây Ninh. Bệnh gây hại nghiêm trọng ở một số vùng trọng điểm ở tỉnh Nghệ An và Thanh Hóa với tỷ lệ bệnh dao động trong khoảng 15% đến 35% và ở tỉnh Long An và Tây Ninh là từ 20% đến 30%. Đặc biệt, trên địa bàn thành phố Đà Nẵng do sự tồn tại của vi khuẩn gây bệnh héo xanh, nên quá trình sản xuất các loại cây họ cà gặp rất nhiều khó kh n. Trong đó, cà chua và lạc cho n ng suất thấp và hầu nhƣ không thể trồng đƣợc trên các cánh đồng (đối với cà chua). Trong thực tế sản xuất, phòng chống bệnh HXVK là vấn đề rất khó kh n, đã có nhiều nghiên cứu về canh tác và chọn giống cây trồng, sử dụng thuốc hóa học cũng nhƣ các chế phẩm sinh học có khả n ng ức chế và làm giảm tính độc của R. Tuy nhiên, các biện pháp đó còn nhiều hạn chế, bệnh HXVK vẫn luôn hiện diện, gây hại và luôn là mối lo ngại đối với ngƣời sản xuất. 1 Chọn tạo giống mang gen kháng bệnh đƣợc xem là biện pháp ƣu việt và hiệu quả nhất[13]. Nhƣng tính kháng của giống phụ thuộc rất nhiều vào độc tính của các chủng vi khuẩn [1, 14]. Và để tạo ra đƣợc giống kháng bền vững phải hiểu đƣợc đặc điểm di truyền cũng nhƣ độ độc tính của các chủng vi khuẩn ở các vùng sinh thái khác nhau. Chính vì những lý do trên, chúng tôi đã đề xuất thực hiện đề tài “Đánh giá tính đa dạng di truyền của các chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Smith gây bệnh héo xanh tại Đà Nẵng bằng chỉ thị phân tử”. Mục tiêu đề tài Phân lập và đánh giá đƣợc tính đa dạng di truyền bằng phƣơng pháp sinh học phân tử các chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum gây bệnh héo xanh tại các vùng sản xuất nông nghiệp của thành phố Đà Nẵng, . Ý nghĩa khoa học của đề tài Cung cấp dẫn liệu khoa học về sự đa dạng di truyền của các chủng vi khuẩn Ralstonia solacearum đƣợc phân lập tại Đà Nẵng. Cung cấp các chủng phục vụ trong việc đánh giá tính kháng bệnh bằng phƣơng pháp gây bệnh nhân tạo. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1. Tổng quan về vi khuẩn 1. Phân loại vi khuẩn Bệnh héo xanh vi khuẩn (HXVK) đƣợc gây ra bởi vi khuẩn Ralstonia solanacearum , mà trƣớc đây đƣợc gọi là Pseudomonas solanacearum do E.Smith nghiên cứu n m 1896, đƣợc cho là đã gây bệnh ở khoai tây gây tổn hại nhất, đứng thứ hai sau bệnh bạc lá ở các vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới (CGIAR 2005). Chúng gây bệnh cho khoảng 30 loài cây trồng cả cây một lá mầm và cây hai lá mầm (Smith et al., 2003), trong đó cây dễ bị nhất là khoai tây, cà chua, ớt, cà tím, và lạc. Nghiên cứu đã chỉ ra rằng có 5 chủng và 5 biovars của Ralstonia [13].1: Hình thái vi khuẩn Ralstonia solanacearum Smith dưới kính hiển vi[18] Các nghiên cứu trên thế giới cho biết: đầu tiên vi khuẩn đƣợc Smith đặt tên là Bacillus solanacearum. Tiếp theo, vi khuẩn đƣợc đổi tên là Pseudomonas solanacearum (Smith, 1896). Các nghiên cứu phân loại gần đây về các vi khuẩn Pseudomonas không tạo sắc tố huỳnh quang đã tạo ra một chi mới là Burkholderia. solanacearum đã đƣợc phân loại lại thành Burkholderia solanacearum (Yabuuchi et al. Các nghiên cứu phân loại sau đó đã chứng minh rằng B. solanacearum khác hoàn toàn các vi khuẩn Burkholderia khác và thuộc một chi mới là Ralstonia.
Đánh giá tính đa dạng di truyền của các chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum gây bệnh héo xanh ...
Tài liệu nghiên cứu Luận văn đánh giá tính đa dạng di truyền của các chủng vi khuẩn ralstonia solanacearum smith gây, tổng hợp lý thuyết và thực hành, cung cấp kiến thức chuyên
Trường đại học
Đại học Đà NẵngChuyên ngành
Công nghệ sinh họcNgười đăng
Ẩn danhThể loại
khóa luận tốt nghiệpPhí lưu trữ
30 PointMục lục chi tiết
THÔNG TIN CHI TIẾT
Tác giả: Nguyễn Tấn Phát
Người hướng dẫn: TS. Nguyễn Minh Lý
Trường học: Đại học Đà Nẵng
Chuyên ngành: Công nghệ sinh học
Đề tài: Đánh giá tính đa dạng di truyền của các chủng vi khuẩn Ralstonia solanacearum Smith gây bệnh héo xanh tại Đà Nẵng bằng chỉ thị phân tử
Loại tài liệu: khóa luận tốt nghiệp
Năm xuất bản: 2018
Địa điểm: Đà Nẵng
Tài liệu này cung cấp cái nhìn tổng quan về một số nghiên cứu và ứng dụng trong các lĩnh vực y tế, kỹ thuật và khoa học. Mặc dù không có tiêu đề cụ thể, nhưng nội dung có thể giúp độc giả hiểu rõ hơn về các vấn đề hiện tại và các giải pháp tiềm năng trong các lĩnh vực này.
Một trong những điểm nổi bật là nghiên cứu về Kết quả phẫu thuật u buồng trứng ở phụ nữ có thai tại bệnh viện phụ sản Hà Nội, cung cấp thông tin quan trọng về các ca phẫu thuật và kết quả điều trị cho phụ nữ mang thai. Bên cạnh đó, tài liệu về Chế tạo xúc tác nickel hydroxyapatite biến tính zirconia và ruthenium cho phản ứng methane hóa carbon dioxide mang đến cái nhìn sâu sắc về các công nghệ mới trong lĩnh vực hóa học và môi trường. Cuối cùng, tài liệu Vận dụng tư tưởng Hồ Chí Minh về đoàn kết quốc tế có thể giúp độc giả hiểu rõ hơn về cách kết hợp sức mạnh dân tộc và sức mạnh thời đại trong bối cảnh phục hồi kinh tế sau đại dịch.
Mỗi tài liệu đều mở ra cơ hội để độc giả khám phá sâu hơn về các chủ đề liên quan, từ y tế đến công nghệ và kinh tế, giúp nâng cao kiến thức và hiểu biết của họ.
Trích đoạn nội dung tài liệu
Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ