Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Ngành nuôi trồng thủy sản đóng vai trò quan trọng trong cơ cấu kinh tế và xuất khẩu của Việt Nam, trong đó cá tra (Pangasianodon hypophthalmus) là đối tượng nuôi chủ lực tại các tỉnh vùng Đồng bằng sông Cửu Long với diện tích canh tác khoảng 5.700 ha. Giai đoạn 2017 - 2022, sản lượng cá tra đạt từ 1,2 đến 1,7 triệu tấn với kim ngạch xuất khẩu dao động 1,5 - 2,4 tỷ USD/năm, đóng góp 16 - 26% tổng giá trị xuất khẩu thủy sản cả nước. Tuy nhiên, việc phát triển nuôi thâm canh công nghiệp với quy mô lớn và mật độ cao đã làm gia tăng rủi ro bùng phát dịch bệnh, đặc biệt là bệnh nhiễm trùng xuất huyết (Motile Aeromonas Septicemia - MAS) do vi khuẩn Aeromonas hydrophila độc lực cao (Hypervirulent Aeromonas hydrophila - vAh) gây ra với tỷ lệ tử vong vượt mức 80%.

Chủng vAh thuộc phân loại trình tự loại 251 (ST251) đã được xác định là tác nhân gây bệnh chính trên cá da trơn tại nhiều quốc gia và mới được công bố, giải trình tự gen tại Việt Nam. Các nghiên cứu chuyên sâu về mối liên hệ giữa độc lực thực tế và mức độ biểu hiện gen giữa chủng vAh hoang dại với các biến thể đột biến hệ thống truyền tín hiệu Quorum Sensing (QS) vẫn còn thiếu hụt. Hệ thống QS tuýp 2 (với chất tín hiệu tự cảm AI-2 do gen luxS mã hóa) tham gia điều hòa nhiều kiểu hình vi khuẩn nhưng cơ chế kiểm soát độc lực ở chủng vAh phân lập tại Việt Nam chưa được làm rõ. Đề tài khóa luận được thực hiện nhằm giải quyết các vấn đề thực tiễn trên với hai mục tiêu và hai nội dung cụ thể:

  • Mục tiêu nghiên cứu:
    1. So sánh độc lực giữa chủng vAh hoang dại và chủng vAh đột biến hệ quorum sensing tuýp 2 (mLuxS) nhằm xác định mối liên hệ giữa tính độc lực cao của chủng vAh và hệ QS tuýp 2.
    2. Chọn lọc các gen có biểu hiện khác biệt giữa chủng vAh hoang dại và chủng đột biến mLuxS, sử dụng kỹ thuật real-time PCR để định lượng và khẳng định mức độ biểu hiện gen tương đối.
  • Nội dung thực hiện:
    1. Đánh giá độc lực của chủng vAh hoang dại và chủng vAh đột biến mLuxS trên cá tra bằng phương pháp tiêm xoang bụng.
    2. So sánh mức độ biểu hiện gen giữa chủng vAh hoang dại và chủng vAh đột biến mLuxS bằng real-time PCR.
  • Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:
    • Đối tượng nghiên cứu: Cá tra (Pangasianodon hypophthalmus) giai đoạn cá bột nuôi đạt khối lượng 13,776 ± 6,377 g/con; chủng vi khuẩn Aeromonas hydrophila độc lực cao (vAh) hoang dại phân lập tại An Giang năm 2013; chủng vAh đột biến mất gen luxS (mLuxS) được tạo bằng phương pháp tái tổ hợp tương đồng; các mẫu RNA và cDNA tách chiết từ dịch nuôi cấy vi khuẩn ở pha cân bằng (24 giờ).
    • Thời gian nghiên cứu: Từ ngày 01/08/2023 đến ngày 30/12/2023.
    • Không gian nghiên cứu: Phòng Công nghệ Sinh học Thủy sản, Trung tâm Công nghệ Sinh học Thành phố Hồ Chí Minh.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Nghiên cứu được xây dựng trên cơ sở lý thuyết vi sinh vật học thủy sản và sinh học phân tử:

  • Vi khuẩn Aeromonas hydrophila và chủng vAh: A. hydrophila là trực khuẩn Gram âm, hình que, có một tiên mao, phản ứng oxidase dương tính, sinh trưởng tối ưu ở 22 - 32°C. Khác với chủng thông thường chỉ gây bệnh cơ hội, chủng vAh (ST251) là mầm bệnh nguyên phát có khả năng tiết ra nhiều yếu tố độc lực (hemolysin, aerolysin, protease, lipase, siderophore, hệ bài tiết loại VI - T6SS) gây xuất huyết hoại tử nội tạng và chết nhanh ở cá khỏe mạnh.
  • Hệ thống Quorum Sensing tuýp 2: Cơ chế giao tiếp liên tế bào ở vi khuẩn Gram âm dựa trên phân tử tín hiệu tự cảm Autoinducer-2 (AI-2), được tổng hợp bởi enzyme S-ribosylhomocysteine lyase do gen luxS mã hóa, đóng vai trò kiểm soát quá trình hình thành màng sinh học (biofilm), khả năng di động và biểu hiện các operon độc lực.
  • Nhóm gen nghiên cứu: 12 gen liên quan đến sinh trưởng, chuyển hóa và độc lực bao gồm: aceA (isocitrate lyase), mglB (D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein), argF (ornithine carbamoyltransferase), FAD (electron transfer flavoprotein subunit beta), hutH (histidine ammonia-lyase), mfd (transcription-repair-coupling factor), flgA (flagella basal body P-ring formation protein), flgF (flagellar basal-body rod protein), metF (methylenetetrahydrofolate reductase), ggt (glutathione hydrolase proenzyme), hcp1 (type VI secretion system effector), ahh1 (hemolysin), cùng gen nội chuẩn tham chiếu rpoB.

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm được triển khai theo các quy trình chuẩn:

  • Phương pháp kiểm tra cá sạch bệnh: Sử dụng kỹ thuật PCR kiểm tra mẫu gan thận cá với cặp mồi đặc hiệu 2968 F/R (kích thước sản phẩm 167 bp) theo tiêu chuẩn quốc gia TCVN 8710-15:2015.
  • Phương pháp hoạt hóa độc lực vi khuẩn: Cấy truyền và thu hồi vi khuẩn vAh hoang dại và mLuxS qua cá tra liên tiếp 3 chu kỳ in vivo nhằm phục hồi độc lực trước khi thử nghiệm chính thức; kiểm tra nhận diện chủng bằng PCR với cặp mồi 2968 F/R và LuxS F/R (510 bp).
  • Phương pháp công độc in vivo: Tiêm dịch vi khuẩn vào xoang bụng cá tra sau khi gây mê bằng Benzocaine (25 mg/L), thể tích tiêm 100 µL/cá. Thí nghiệm khảo sát sơ bộ sử dụng 4 nghiệm thức (2,5 x 10^5; 1,0 x 10^5; 7,5 x 10^4 CFU/cá và đối chứng âm PBS 1X; n = 6 cá/nghiệm thức, theo dõi 14 ngày). Thí nghiệm công độc chính thức gồm 3 nghiệm thức (vAh hoang dại 1,5 x 10^5 CFU/cá; vAh mLuxS 1,5 x 10^5 CFU/cá; đối chứng âm PBS 1X; bố trí 2 bể lặp lại với n = 20 cá/bể, theo dõi 21 ngày).
  • Phương pháp sinh học phân tử: Tách chiết RNA tổng số từ sinh khối nuôi cấy 24 giờ, đo nồng độ bằng máy quang phổ Nanodrop 2000, kiểm tra độ nguyên vẹn bằng điện di gel agarose 1,5%; tổng hợp cDNA bằng phản ứng RT-PCR và chuẩn hóa nồng độ về 400 ng/µL; kiểm tra khả năng khuếch đại của 12 cặp mồi bằng PCR gradient (máy MasterCycler gradient); định lượng mức độ biểu hiện gen tương đối bằng Real-time PCR (hóa chất Maxima SYBR Green/ROX qPCR Master Mix 2X trên máy LightCycler 96) với 3 lần lặp lại kỹ thuật.
  • Phương pháp xử lý số liệu: Số liệu tỷ lệ chết được phân tích phương sai ANOVA một yếu tố và kiểm định phân hạng Duncan trên phần mềm thống kê (mức ý nghĩa α = 0,05); số liệu qPCR được xử lý và phân tích biểu hiện gen tương đối trên phần mềm REST 2009.

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1. Đặt vấn đề

Chương này phân tích tổng quan bối cảnh ngành xuất khẩu cá tra tại Đồng bằng sông Cửu Long, nêu bật thiệt hại do dịch bệnh xuất huyết do chủng vi khuẩn Aeromonas hydrophila độc lực cao gây ra. Tác giả xác định khoảng trống nghiên cứu về hệ thống Quorum Sensing tuýp 2 (mLuxS) trên chủng vAh bản địa, từ đó xác lập 2 mục tiêu và 2 nội dung nghiên cứu phục vụ việc so sánh độc lực in vivo và định lượng biểu hiện gen chức năng in vitro.

Chương 2. Tổng quan tài liệu

Tác giả hệ thống hóa các tài liệu khoa học liên quan thành 8 nội dung:

  • Đặc điểm cá tra (Pangasianodon hypophthalmus): Phân loại học, phân bố lưu vực sông Mê Kông, đặc điểm hình thái không vảy, chu kỳ sinh trưởng và tập tính sinh sản.
  • Vi khuẩn Aeromonas hydrophila: Đặc điểm sinh hóa, khả năng thích ứng nhiệt độ (0 - 45°C), các enzym thủy phân (elastase, collagenase, lipase) và độc tố gây hoại tử mô.
  • Chủng vAh độc lực cao: Lịch sử phân lập dòng ST251 tại Trung Quốc (1989 - chủng J-1, 2010 - chủng J-35, ZC1), bùng phát tại Mỹ (2004 - chủng S04-690, 2009 tại Alabama) và mối quan hệ phát sinh loài gần gũi của chủng vAh Việt Nam với dòng phân lập tại Trung Quốc.
  • Hệ thống Quorum Sensing tuýp 2: Cơ chế tổng hợp phân tử tín hiệu AI-2 qua enzyme LuxS, vai trò điều hòa màng sinh học và độc lực ở vi khuẩn Gram âm.
  • Dịch bệnh nhiễm trùng xuất huyết: Triệu chứng lâm sàng, tốc độ gây chết cấp tính và thiệt hại kinh tế tại các vùng nuôi thủy sản.
  • Các gen chức năng: Vai trò sinh học của các gen chuyển hóa (FAD, hutH, aceA, mglB, argF, metF, ggt), gen cấu trúc tiên mao (flgA, flgF) và gen độc lực (ahh1, hcp1, mfd).
  • Kỹ thuật tiêm xoang bụng: Nguyên lý đưa mầm bệnh trực tiếp, ưu điểm kiểm soát đồng đều liều lượng và yêu cầu thao tác gây mê tránh tổn thương nội quan.
  • Kỹ thuật Real-time PCR: Nguyên lý đo tín hiệu huỳnh quang SYBR Green theo thời gian thực, ưu thế so với PCR truyền thống và ứng dụng định lượng biểu hiện gen tương đối.

Chương 3. Vật liệu và phương pháp

Chương này mô tả chi tiết nguồn gốc vật liệu thí nghiệm, bao gồm đàn cá tra thương phẩm từ Công ty Vĩnh Hoàn, chủng vi khuẩn vAh An Giang (2013) và chủng đột biến mLuxS bảo quản tại -80°C. Tác giả lập bảng chi tiết trình tự mồi, nhiệt độ nóng chảy (Tm), kích thước sản phẩm khuếch đại của 12 cặp mồi mục tiêu, 1 cặp mồi tham chiếu rpoB và 2 cặp mồi nhận diện (2968 F/R, LuxS F/R). Toàn bộ quy trình thực nghiệm từ chuẩn bị cá, hoạt hóa 3 chu kỳ in vivo, bố trí các nghiệm thức công độc (khảo sát sơ bộ và công độc chính thức), quy trình tách chiết RNA, tổng hợp cDNA, tối ưu nhiệt độ PCR đến các bước chạy qPCR trên hệ thống LightCycler 96 đều được chuẩn hóa chi tiết.

Chương 4. Kết quả và thảo luận

Chương 4 trình bày toàn bộ số liệu thực nghiệm thu được:

  • Đàn cá thí nghiệm đạt khối lượng 13,776 ± 6,377 g/con, kết quả điện di sản phẩm PCR với mồi 2968 F/R âm tính, khẳng định cá sạch bệnh trước khi thử nghiệm.
  • Khuẩn lạc vAh hoang dại và đột biến sau hoạt hóa đều có dạng tròn, lồi, bóng, màu trắng đục, đường kính 1 - 2 mm. Sản phẩm PCR khẳng định chủng hoang dại cho 2 vạch (167 bp và 510 bp), chủng đột biến chỉ cho 1 vạch (167 bp do đã xóa gen luxS).
  • Thí nghiệm khảo sát sơ bộ xác định tỷ lệ cá chết ở các liều 2,5 x 10^5; 1,0 x 10^5; 7,5 x 10^4 CFU/cá lần lượt là 83,33%; 66,67%; 33,33%; từ đó xác định liều gây chết ~80% là 1,5 x 10^5 CFU/cá.
  • Thí nghiệm công độc chính thức ghi nhận tỷ lệ chết tích lũy của chủng hoang dại là 77,50 ± 10,61%, cao hơn đáng kể so với chủng đột biến mLuxS (30,00 ± 7,07%) với p = 0,004 (độc lực giảm 258%). Cá chết xuất hiện các triệu chứng xuất huyết nội tạng, gan thận sưng hoại tử, lồi mắt, hậu môn viêm đỏ.
  • Kiểm tra PCR 12 cặp mồi ghi nhận 10 cặp mồi khuếch đại thành công (aceA, mglB, argF, FAD, hutH, flgA, flgF, hcp1, ahh1, rpoB); 3 cặp mồi mfd, metF, ggt không khuếch đại được sản phẩm mong muốn.
  • Phân tích qPCR bằng REST 2009 cho thấy 6 gen giảm biểu hiện đáng kể (aceA, mglB, FAD, hutH, flgA, flgF), 2 gen tăng biểu hiện (hcp1, ahh1) và 1 gen không đổi (argF).

Chương 5. Kết luận và kiến nghị

Tác giả đúc kết hai kết luận chính về sự suy giảm độc lực 258% và sự thay đổi biểu hiện các nhóm gen của chủng đột biến mLuxS so với chủng hoang dại; đồng thời đề xuất hai kiến nghị về việc mở rộng thử nghiệm trên các giai đoạn cá khác nhau và phân tích thêm các gen liên quan trong mạng lưới QS tuýp 2.


Kết quả và đóng góp

Kết quả nghiên cứu thực nghiệm chính

  1. Kết quả thử nghiệm độc lực in vivo trên cá tra:
    • Thí nghiệm sơ bộ xác định nồng độ vi khuẩn vAh gây chết khoảng 80% cá tra qua đường tiêm xoang bụng là 1,5 x 10^5 CFU/cá.
    • Thử nghiệm công độc chính thức trong 21 ngày cho thấy sự khác biệt rõ rệt về độc lực giữa hai chủng vi khuẩn:
Nghiệm thức Chủng vi khuẩn / Tác nhân Nồng độ tiêm (CFU/cá) Tỷ lệ chết Bể 1 (%) Tỷ lệ chết Bể 2 (%) Tỷ lệ chết trung bình (%) ± SD Phân nhóm thống kê (Duncan, α = 0,05)
NT1 vAh hoang dại 1,5 x 10^5 85,00 70,00 77,50 ± 10,61 Nhóm A
NT2 vAh đột biến (mLuxS) 1,5 x 10^5 35,00 25,00 30,00 ± 7,07 Nhóm B
NT3 Đối chứng âm (PBS 1X) 0 0,00 0,00 0,00 ± 0,00 Nhóm B

Cá chết tập trung chủ yếu trong 1 - 3 ngày đầu sau khi tiêm với các bệnh tích lâm sàng đặc trưng của bệnh xuất huyết vi khuẩn (sưng đỏ quanh hốc mắt, lồi mắt, xuất huyết vây, hoại tử gan, thận và viêm xuất huyết hậu môn). Tỷ lệ gây chết của chủng hoang dại cao hơn chủng đột biến mLuxS là 258% (phân tích ANOVA ghi nhận F = 56,38; p = 0,004 < 0,05).

  1. Kết quả phân tích biểu hiện gen bằng kỹ thuật Real-time PCR (REST 2009):
    • Trong số 12 gen khảo sát ban đầu, có 9 gen được đưa vào định lượng qPCR cùng gen tham chiếu rpoB (hiệu suất phản ứng đạt 0,90 - 1,00). Ba gen mfd, metF, ggt không khuếch đại được sản phẩm đặc hiệu qua PCR nên đã bị loại.
    • Kết quả phân tích biểu hiện gen tương đối ở chủng vAh đột biến mLuxS so với chủng vAh hoang dại:
Tên gen Chức năng sinh học Phản ứng biểu hiện ở chủng mLuxS Ý nghĩa thống kê P(H1)
aceA Isocitrate lyase (chuyển hóa/sinh trưởng) Giảm biểu hiện (Down-regulated) p < 0,005
mglB Protein liên kết màng periplasm (vận chuyển đường/độc lực) Giảm biểu hiện (Down-regulated) p < 0,005
FAD Electron transfer flavoprotein beta (vận chuyển điện tử) Giảm biểu hiện (Down-regulated) p < 0,005
hutH Histidine ammonia-lyase (cân bằng năng lượng/màng sinh học) Giảm biểu hiện (Down-regulated) p < 0,005
flgA Flagella basal body P-ring formation protein (cấu trúc tiên mao) Giảm biểu hiện (Down-regulated) p < 0,005
flgF Flagellar basal-body rod protein (vận động tiên mao) Giảm biểu hiện (Down-regulated) p < 0,005
hcp1 Type VI secretion system effector (yếu tố độc lực T6SS) Tăng biểu hiện (Up-regulated) p < 0,005
ahh1 Hemolysin (độc tố làm tan máu) Tăng biểu hiện (Up-regulated) p < 0,005
argF Ornithine carbamoyltransferase (sinh tổng hợp arginine) Không khác biệt có ý nghĩa p > 0,05

Giải pháp và khuyến nghị đề xuất từ tác giả

  • Độc lực của chủng vi khuẩn vAh mang tính đa yếu tố, không phụ thuộc duy nhất vào một gen đơn lẻ. Do đó, quy trình đánh giá và tuyển chọn chủng vi khuẩn độc lực cao trong nghiên cứu thủy sản cần kết hợp đồng thời việc tầm soát gen độc lực, định lượng mức độ biểu hiện gen (qPCR) và kiểm chứng khả năng xâm nhiễm, gây chết thực tế in vivo.

Đóng góp mới của khóa luận

  • Đây là một trong những công trình thực nghiệm đầu tiên tại Việt Nam so sánh định lượng độc lực và biểu hiện gen giữa chủng A. hydrophila độc lực cao (vAh - ST251) hoang dại với chủng đột biến hệ Quorum Sensing tuýp 2 (mLuxS).
  • Chứng minh thực nghiệm rằng việc loại bỏ gen luxS dẫn đến sự suy giảm rõ rệt độc lực gây chết trên cá tra (giảm 258%) và làm giảm mức độ biểu hiện của hàng loạt gen liên quan đến sinh trưởng, vận động tiên mao (flgA, flgF) và chuyển hóa năng lượng, mặc dù có sự tăng biểu hiện mang tính bù trừ của hai gen độc tố hcp1 và ahh1.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

  • Hạn chế của nghiên cứu:
    • Chưa tối ưu hóa thành công điều kiện phản ứng PCR cho 3 cặp mồi (mfd, metF, ggt), dẫn đến việc chưa thể đánh giá toàn bộ 12 gen dự kiến ban đầu trên hệ thống real-time PCR.
    • Thử nghiệm công độc mới chỉ thực hiện trên một nhóm cỡ cá tra cố định (cá bột nuôi đạt trọng lượng 13,776 ± 6,377 g) và sử dụng duy nhất phương pháp tiêm xoang bụng trong môi trường bể composite nhân tạo, chưa khảo sát qua đường cảm nhiễm tự nhiên (ngâm hoặc qua thức ăn).
  • Hướng nghiên cứu tiếp theo được tác giả đề xuất:
    • Mở rộng thí nghiệm phân tích độc lực của chủng vAh hoang dại và vAh đột biến mLuxS trên các giai đoạn phát triển khác của cá tra như cá bột mới tiêu noãn hoàng và cá tra trưởng thành cỡ thương phẩm.
    • Thiết kế lại các cặp mồi và khảo sát thêm các gen chức năng khác nhằm làm sáng tỏ toàn diện mạng lưới điều hòa phiên mã chịu sự kiểm soát của hệ thống Quorum Sensing tuýp 2 ở chủng vAh.

Giá trị tham khảo

Tài liệu khóa luận mang lại giá trị tham khảo chuyên môn cho sinh viên, học viên cao học và nghiên cứu viên thuộc các chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Bệnh học Thủy sản, Vi sinh vật học và Nuôi trồng Thủy sản:

  • Quy trình thực nghiệm in vivo: Cung cấp chi tiết các bước chuẩn bị cá sạch bệnh theo TCVN 8710-15:2015, kỹ thuật hoạt hóa phục hồi độc lực vi khuẩn qua 3 chu kỳ tiêm cá, và phương pháp xác định liều gây chết (LD) chuẩn xác bằng tiêm xoang bụng.
  • Tài liệu kỹ thuật sinh học phân tử: Cung cấp bộ thông số mồi PCR đặc hiệu định danh vAh (2968 F/R), nhận diện đột biến luxS (LuxS F/R), cùng bảng trình tự các cặp mồi qPCR định lượng biểu hiện gen chuyển hóa và độc lực vi khuẩn.
  • Phương pháp phân tích biểu hiện gen tương đối: Cung cấp quy trình ứng dụng phần mềm REST 2009 kết hợp gen tham chiếu nội chuẩn rpoB trong nghiên cứu biểu hiện gen vi khuẩn gây bệnh thủy sản.

Câu hỏi thường gặp

1. Chủng vi khuẩn vAh hoang dại và chủng đột biến mLuxS sử dụng trong nghiên cứu có nguồn gốc từ đâu?

Chủng Aeromonas hydrophila độc lực cao (vAh) hoang dại thuộc phân loại trình tự ST251, được phân lập từ ổ dịch xuất huyết trên cá tra tại An Giang vào năm 2013. Chủng đột biến hệ Quorum Sensing tuýp 2 (mLuxS) được tạo ra từ chính chủng vAh hoang dại này bằng kỹ thuật tái tổ hợp tương đồng nhằm loại bỏ gen luxS, cả hai chủng đều được lưu giữ ở -80°C tại Phòng Công nghệ Sinh học Thủy sản, Trung tâm Công nghệ Sinh học TP. Hồ Chí Minh.

2. Nồng độ vi khuẩn chuẩn được lựa chọn để tiến hành thí nghiệm công độc so sánh là bao nhiêu và căn cứ vào đâu?

Nồng độ được chọn cho thí nghiệm công độc chính thức là 1,5 x 10^5 CFU/cá (thể tích tiêm 100 µL/cá). Nồng độ này được xác định dựa trên kết quả khảo sát sơ bộ với 3 mức nồng độ (2,5 x 10^5 CFU/cá gây chết 83,33%; 1,0 x 10^5 CFU/cá gây chết 66,67%; 7,5 x 10^4 CFU/cá gây chết 33,33%), nhằm đạt mục tiêu gây chết khoảng 80% ở đàn cá đối chứng nhiễm chủng hoang dại.

3. Sự khác biệt về tỷ lệ gây chết trên cá tra giữa chủng vAh hoang dại và chủng đột biến mLuxS đạt mức bao nhiêu?

Sau 21 ngày theo dõi công độc ở cùng liều 1,5 x 10^5 CFU/cá, chủng vAh hoang dại gây tỷ lệ chết trung bình là 77,50 ± 10,61%, trong khi chủng đột biến mLuxS chỉ gây tỷ lệ chết 30,00 ± 7,07%. Độc lực của chủng hoang dại cao hơn chủng đột biến 258%, sự khác biệt có ý nghĩa thống kê rõ rệt qua phân tích ANOVA (F = 56,38; p = 0,004 < 0,05).

4. Những gen nào bị giảm hoặc tăng mức độ biểu hiện ở chủng đột biến mLuxS khi phân tích bằng REST 2009?

Khi phân tích trên phần mềm REST 2009 so với gen tham chiếu rpoB:

  • 6 gen bị giảm biểu hiện (Down-regulated, p < 0,005): aceA, mglB, FAD, hutH, flgA, flgF.
  • 2 gen bị tăng biểu hiện (Up-regulated, p < 0,005): hcp1, ahh1.
  • 1 gen không có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê: argF (p > 0,05).

5. Vì sao ba gen mfd, metF và ggt không xuất hiện trong kết quả phân tích Real-time PCR cuối cùng?

Trong bước kiểm tra khả năng khuếch đại mồi bằng phản ứng PCR gradient, cả ba cặp mồi mfd_F/R, metF_F/R và ggt_F/R đều không tạo ra sản phẩm khuếch đại đặc hiệu đúng kích thước mong muốn. Mặc dù đã tiến hành tối ưu hóa lại nhiệt độ bắt cặp, các cặp mồi này vẫn không khuếch đại thành công nên tác giả đã loại bỏ, không sử dụng cho phản ứng Real-time PCR tiếp theo.


Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của sinh viên Đào Duy Tiên đã hoàn thành việc đánh giá so sánh độc lực và mức độ biểu hiện gen giữa chủng Aeromonas hydrophila độc lực cao hoang dại (vAh) và chủng đột biến hệ quorum sensing tuýp 2 (mLuxS) trên cá tra (Pangasianodon hypophthalmus). Kết quả thực nghiệm in vivo khẳng định chủng đột biến mất gen luxS có độc lực gây chết giảm 258% so với chủng hoang dại ở nồng độ 1,5 x 10^5 CFU/cá. Phân tích real-time PCR chỉ ra sự suy giảm biểu hiện của 6 gen chuyển hóa và cấu trúc tiên mao (aceA, mglB, FAD, hutH, flgA, flgF), chứng minh hệ thống QS tuýp 2 đóng vai trò điều hòa quan trọng đối với khả năng sinh trưởng và độc lực của vi khuẩn vAh. Công trình cung cấp cơ sở dữ liệu sinh học phân tử có giá trị phục vụ công tác nghiên cứu cơ chế bệnh sinh và định hướng kiểm soát dịch bệnh xuất huyết trong nuôi trồng thủy sản.