Giám sát và xác định đặc tính sinh học phân tử của virus cúm gia cầm H9N2 ở Hà Nội và Bắc Ninh

Luận văn thạc sĩ phân tích vnua giám sát sự lưu hành và xác định một số đặc tính sinh học phân tử của virus cúm gia cầm type a, đánh giá thực trạng, chỉ ra hạn chế, đề xuất giải

• Tác giả: Nguyễn Mạnh Thưởng
• Người hướng dẫn: PGS. Trịnh Đình Thâu
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Thú y
• Đề tài: Giám Sát Sự Lưu Hành Và Xác Định Một Số Đặc Tính Sinh Học Phân Tử Của Virus Cúm Gia Cầm Type A/H9N2 Ở Gia Cầm Sống Bán Tại Một Số Chợ Của Thành Phố Hà Nội Và Tỉnh Bắc Ninh Năm 2017
• Loại tài liệu: Luận văn
• Năm xuất bản: 2019
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 1.1. Danh mục chữ viết tắt
• 1.2. Danh mục bảng
• 1.3. Danh mục hình
• 1.4. Trích yếu luận văn
• 1.5. Mục tiêu của đề tài
• 1.6. Ý nghĩa của đề tài
• 1.7. Tổng quan tài liệu
• 1.8. Vật liệu và phương pháp nghiên cứu
• 1.9. Kết quả và thảo luận
• 1.10. Kết luận và kiến nghị
• Tài liệu tham khảo
• 2. ĐẶT VẤN ĐỀ

Tóm tắt

I. Tổng quan về nghiên cứu virus cúm gia cầm H9N2 tại Hà Nội

Virus cúm gia cầm H9N2 là một trong những chủng virus gây bệnh nghiêm trọng cho gia cầm và có khả năng lây lan sang người. Nghiên cứu này được thực hiện tại Hà Nội và Bắc Ninh vào năm 2017 nhằm xác định sự lưu hành và đặc tính sinh học phân tử của virus này. Kết quả nghiên cứu không chỉ cung cấp thông tin quan trọng về tình hình dịch bệnh mà còn giúp xây dựng các biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

1.1. Đặc điểm của virus cúm gia cầm H9N2

Virus cúm gia cầm H9N2 thuộc nhóm virus cúm A, có khả năng gây bệnh ở nhiều loài gia cầm. Đặc điểm sinh học của virus này bao gồm cấu trúc gen và protein, ảnh hưởng đến khả năng lây lan và độc lực của virus.

1.2. Tình hình dịch cúm gia cầm tại Việt Nam

Tình hình dịch cúm gia cầm tại Việt Nam đã diễn biến phức tạp từ năm 2003. Các chủng virus như H5N1, H7N9 và H9N2 đã gây ra nhiều ổ dịch lớn, ảnh hưởng nghiêm trọng đến ngành chăn nuôi và sức khỏe cộng đồng.

II. Vấn đề và thách thức trong nghiên cứu virus H9N2

Nghiên cứu virus cúm gia cầm H9N2 tại Hà Nội và Bắc Ninh gặp nhiều thách thức. Sự đa dạng của các chủng virus và điều kiện chăn nuôi không đồng nhất là những yếu tố chính ảnh hưởng đến kết quả nghiên cứu. Việc giám sát và kiểm soát dịch bệnh là rất cần thiết để bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

2.1. Thách thức trong việc giám sát virus cúm

Việc giám sát virus cúm gia cầm H9N2 gặp khó khăn do sự di chuyển của gia cầm giữa các vùng và chợ. Điều này làm tăng nguy cơ lây lan virus và gây khó khăn trong việc kiểm soát dịch bệnh.

2.2. Vấn đề trong công tác phòng ngừa

Công tác phòng ngừa dịch cúm gia cầm H9N2 còn nhiều hạn chế. Tỷ lệ tiêm phòng chưa đạt yêu cầu và ý thức của người chăn nuôi trong việc thực hiện các biện pháp an toàn sinh học còn thấp.

III. Phương pháp nghiên cứu virus cúm gia cầm H9N2

Nghiên cứu virus cúm gia cầm H9N2 được thực hiện thông qua nhiều phương pháp khác nhau, bao gồm điều tra hồi cứu, lấy mẫu và phân tích gen. Các phương pháp này giúp xác định sự lưu hành của virus và đặc tính sinh học của nó.

3.1. Phương pháp điều tra hồi cứu

Phương pháp điều tra hồi cứu được sử dụng để thu thập thông tin về tình hình chăn nuôi và dịch bệnh trong giai đoạn 2015-2018. Dữ liệu thu thập được giúp đánh giá tình hình dịch cúm gia cầm tại Hà Nội và Bắc Ninh.

3.2. Phương pháp lấy mẫu và phân tích

Mẫu dịch hầu họng và mẫu môi trường được thu thập từ các chợ gia cầm. Phân tích gen được thực hiện bằng kỹ thuật Realtime PCR để xác định sự có mặt của virus cúm A/H9N2.

IV. Kết quả nghiên cứu virus cúm gia cầm H9N2 tại Hà Nội và Bắc Ninh

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ lưu hành của virus cúm A/H9N2 trong mẫu từ gà và môi trường là khá cao. Điều này cho thấy nguy cơ lây lan virus trong cộng đồng và cần có các biện pháp phòng ngừa kịp thời.

4.1. Tỷ lệ nhiễm virus trong mẫu gà

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H9N2 trong mẫu từ gà đạt 20.39%. Kết quả này cho thấy sự hiện diện của virus trong đàn gia cầm tại các chợ nghiên cứu.

4.2. Tỷ lệ nhiễm virus trong mẫu môi trường

Tỷ lệ nhiễm virus trong mẫu môi trường là 44.76%, cho thấy môi trường chợ là nơi có nguy cơ cao lây lan virus cúm gia cầm H9N2.

V. Ứng dụng thực tiễn từ nghiên cứu virus cúm gia cầm H9N2

Nghiên cứu này không chỉ cung cấp thông tin về tình hình dịch bệnh mà còn đề xuất các biện pháp phòng ngừa hiệu quả. Việc áp dụng các biện pháp này sẽ giúp giảm thiểu nguy cơ lây lan virus trong cộng đồng.

5.1. Đề xuất biện pháp phòng ngừa

Cần tăng cường công tác tiêm phòng và nâng cao ý thức của người chăn nuôi về an toàn sinh học. Các biện pháp này sẽ giúp giảm thiểu nguy cơ lây lan virus cúm gia cầm H9N2.

5.2. Tăng cường giám sát dịch bệnh

Cần thiết lập hệ thống giám sát dịch bệnh chặt chẽ hơn để phát hiện sớm các ổ dịch và có biện pháp ứng phó kịp thời.

VI. Kết luận và tương lai của nghiên cứu virus cúm gia cầm H9N2

Nghiên cứu virus cúm gia cầm H9N2 tại Hà Nội và Bắc Ninh đã chỉ ra sự lưu hành của virus và các yếu tố nguy cơ liên quan. Tương lai của nghiên cứu cần tập trung vào việc phát triển các biện pháp phòng ngừa hiệu quả và nâng cao nhận thức cộng đồng.

6.1. Tương lai của nghiên cứu virus cúm

Cần tiếp tục nghiên cứu để hiểu rõ hơn về đặc tính sinh học và khả năng lây lan của virus cúm gia cầm H9N2. Điều này sẽ giúp xây dựng các chiến lược phòng ngừa hiệu quả hơn.

6.2. Tầm quan trọng của việc nâng cao nhận thức

Nâng cao nhận thức của cộng đồng về nguy cơ lây lan virus cúm gia cầm là rất quan trọng. Các chương trình giáo dục và truyền thông cần được triển khai để giảm thiểu nguy cơ dịch bệnh.

Nội dung chính

Tổng quan nghiên cứu

Dịch cúm gia cầm là một trong những mối đe dọa sinh học nghiêm trọng hàng đầu đối với nền kinh tế và sức khỏe cộng đồng toàn cầu. Kể từ khi xâm nhập vào Việt Nam cuối năm 2003 đến năm 2018, dịch bệnh đã bùng phát qua 5.272 ổ dịch tại các xã phường, buộc phải tiêu hủy bắt buộc trên 50 triệu con gia cầm và ghi nhận 127 ca nhiễm trên người với 64 trường hợp tử vong. Bên cạnh các chủng có độc lực cao như A/H5N1 và A/H5N6, sự lưu hành âm thầm của virus cúm gia cầm độc lực thấp type A/H9N2 đang tạo ra nguy cơ suy giảm tới 70% sản lượng trứng tại các trang trại và cung cấp khung gen nội đoạn cho các biến chủng nguy hiểm truyền lây sang người.

Thành phố Hà Nội và tỉnh Bắc Ninh là hai địa bàn trọng điểm thuộc vùng đồng bằng sông Hồng với mật độ chăn nuôi và giao thương gia cầm sống rất cao. Tuy nhiên, tập quán buôn bán, giết mổ trực tiếp tại các chợ truyền thống chưa đảm bảo an toàn sinh học đã biến nơi đây thành môi trường thuận lợi cho virus phát tán. Mục tiêu cụ thể của luận văn là giám sát tỷ lệ lưu hành của virus cúm type A và phân type A/H9N2, xác định một số đặc tính sinh học phân tử của gen kháng nguyên bề mặt HA và NA, đồng thời phân tích các yếu tố nguy cơ dịch tễ chi phối sự lây lan mầm bệnh.

Nghiên cứu được triển khai thực hiện từ tháng 10 năm 2017 đến tháng 3 năm 2018 trên 409 mẫu bệnh phẩm thu thập tại 5 chợ gia cầm sống tiêu biểu, kết hợp xử lý số liệu hồi cứu giai đoạn 2015-2018. Kết quả nghiên cứu cung cấp hệ thống dữ liệu dịch tễ phân tử có giá trị thực tiễn cao, phục vụ công tác cảnh báo sớm và điều chỉnh chính sách kiểm soát dịch tễ theo Quyết định số 172/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về Kế hoạch quốc gia phòng chống cúm gia cầm.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết áp dụng

Nghiên cứu được xây dựng dựa trên nền tảng lý thuyết dịch tễ học bệnh truyền nhiễm thú y và cơ chế tiến hóa phân tử của virus cúm gia cầm type A thuộc họ Orthomyxoviridae. Hệ gen của virus cúm A gồm 8 phân đoạn RNA sợi đơn âm, mã hóa cho 11 protein cấu trúc và chức năng. Trong đó, hai kháng nguyên glycoprotein bề mặt là Hemagglutinin (HA) và Neuraminidase (NA) đóng vai trò then chốt trong tính sinh bệnh học và khả năng thích ứng vật chủ. Kháng nguyên HA chịu trách nhiệm nhận diện và gắn kết với thụ thể chứa liên kết Gal α-2,3 sialic acid trên màng tế bào biểu mô đường hô hấp của gia cầm, khởi động quá trình xâm nhiễm. Kháng nguyên NA hoạt động như một enzyme cắt đứt liên kết acid sialic, giải phóng các hạt virus trưởng thành để lây lan sang tế bào mới.

Luận văn vận dụng lý thuyết về hai cơ chế biến đổi kháng nguyên chính: hiện tượng lệch kháng nguyên do tích lũy các đột biến điểm trong quá trình sao chép không có enzyme sửa sai, và hiện tượng trộn kháng nguyên thông qua tái tổ hợp các phân đoạn gen khi đồng nhiễm hai chủng virus khác nhau trong cùng một tế bào. Về phân loại bệnh học, virus cúm gia cầm được phân chia thành thể độc lực cao (HPAI) với tỷ lệ gây chết lên tới 100% trong 48-72 giờ và thể độc lực thấp (LPAI) như A/H9N2 với biểu hiện hô hấp nhẹ nhưng có phạm vi thích ứng vật chủ rộng từ gia cầm sang động vật có vú.

Phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu sử dụng phương pháp dịch tễ học mô tả kết hợp dịch tễ học phân tích. Cỡ mẫu nghiên cứu gồm tổng cộng 409 mẫu gộp, trong đó có 304 mẫu dịch ngoáy hầu họng từ 1.520 con gà (gộp 5 con thành 1 mẫu) và 105 mẫu môi trường quét tại các vị trí nhốt gia cầm, bàn giết mổ và thùng chứa rác thải. Địa điểm thu thập mẫu là 5 chợ buôn bán gia cầm sống hoạt động liên tục 7 ngày trong tuần, bao gồm chợ Hà Vỹ, chợ Ngũ Hiệp tại thành phố Hà Nội và chợ Thị Cầu, chợ Đọ, chợ Gà tại tỉnh Bắc Ninh. Phương pháp lấy mẫu ngẫu nhiên có chủ đích được áp dụng trên 10 hộ buôn bán gia cầm đầu tiên đến chợ mỗi ngày theo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia QCVN 01-83:2011/BNNPTNT.

Lý do lựa chọn phương pháp phân tích Realtime RT-PCR là nhằm đảm bảo độ nhạy và độ đặc hiệu tối đa trong việc phát hiện nhanh nồng độ RNA virus thấp dựa trên chu kỳ ngưỡng Ct theo tiêu chuẩn quốc gia TCVN 8400-26:2014. Toàn bộ RNA tổng số được chiết tách tự động bằng hệ thống TACO. Các mẫu dương tính được khuếch đại gen và giải trình tự nucleotide đoạn gen HA, NA. Cây phả hệ phát sinh chủng loại được xây dựng bằng phương pháp Neighbor-Joining (kết nối liền kề) trên phần mềm MEGA6 với giá trị bootstrap 1.000 lần lặp lại. Đồng thời, bảng câu hỏi dịch tễ học chuẩn hóa được sử dụng để phỏng vấn trực tiếp các chủ bán gia cầm, dữ liệu được phân tích đơn biến bằng kiểm định Chi-square với mức ý nghĩa p < 0,05 để xác định các yếu tố nguy cơ lây truyền.

Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Những phát hiện chính

Kết quả phân tích 409 mẫu bệnh phẩm tại 5 chợ thuộc Hà Nội và Bắc Ninh đã ghi nhận những chỉ số dịch tễ học nổi bật:

Thứ nhất, tỷ lệ lưu hành virus cúm type A trong các mẫu môi trường đạt 44,76% (47/105 mẫu), cao hơn rõ rệt so với tỷ lệ 34,87% (106/304 mẫu) ghi nhận trên các mẫu dịch ngoáy hầu họng từ gà sống.

Thứ hai, subtype A/H9 được xác định là tác nhân lưu hành chủ đạo với tỷ lệ dương tính đạt 20,39% trên tổng số mẫu gà (62/304 mẫu), chiếm tới 58,49% trong tổng số các mẫu dương tính với cúm type A (62/106 mẫu).

Thứ ba, có sự phân hóa mạnh mẽ về tỷ lệ nhiễm virus giữa các loại hình chợ. Tỷ lệ dương tính tại các chợ bán lẻ như Ngũ Hiệp, Thị Cầu và Chợ Đọ dao động từ 19,40% đến trên 40,00%, cao hơn đáng kể so với mức dưới 10,00% ghi nhận tại các chợ đầu mối bán buôn tập trung như Hà Vỹ và Chợ Gà.

Thứ tư, phân tích đặc tính sinh học phân tử cho thấy các chủng virus cúm A/H9N2 phân lập đều thuộc phân nhánh di truyền Y280 đối với gen HA và phân nhánh F98-like đối với gen NA. Độ tương đồng nucleotide của các chủng này đạt trên 95,00% so với các chủng virus cúm A/H9N2 từng được công bố và phân lập trước đây tại Việt Nam.

Thảo luận kết quả

Tỷ lệ phát hiện virus cúm type A trong môi trường chợ bán lẻ cao hơn mẫu cá thể gà phản ánh thực trạng vệ sinh thú y chưa đạt chuẩn. Dữ liệu này có thể được mô tả trực quan thông qua biểu đồ hình cột so sánh tỷ lệ nhiễm giữa các nhóm chợ hoặc bảng ma trận tương quan giữa nguồn nước thải, phân tươi và nguy cơ ô nhiễm bề mặt lồng nhốt. Việc các chợ bán lẻ có tỷ lệ nhiễm cao hơn chợ bán buôn xuất phát từ việc gia cầm tại chợ bán lẻ thường bị lưu giữ nhiều ngày, diện tích chật hẹp và quy trình sát trùng không được thực hiện triệt để sau mỗi buổi chợ.

Giai đoạn 2015-2018, số liệu hồi cứu cho thấy đàn gà chiếm tỷ trọng áp đảo từ 75-76% tại Hà Nội và 78-80% tại Bắc Ninh với tỷ lệ tiêm phòng vaccine đạt mức cao trên 93,00%. Tuy nhiên, các chương trình tiêm phòng quốc gia thời điểm đó chủ yếu sử dụng vaccine phòng chống phân type H5N1 (nhánh 1, 2.3.2.1C) và H5N6 (nhánh 2.3.4.4), dẫn đến việc thiếu hụt hàng rào miễn dịch đặc hiệu đối với subtype A/H9N2. Phân tích thống kê đơn biến khẳng định các hành vi thương mại như mua gà qua thương lái trung gian, nhập gia cầm từ các chợ khác hoặc nhốt gia cầm tồn dư tại nhà sau phiên chợ là những yếu tố nguy cơ có ý nghĩa thống kê làm gia tăng tỷ lệ lây lan virus cúm A với p < 0,05.

Đề xuất và khuyến nghị

Nhằm kiểm soát hiệu quả sự lây lan của virus cúm gia cầm type A/H9N2 và ngăn ngừa nguy cơ tái tổ hợp phát sinh biến chủng nguy hiểm, các giải pháp can thiệp đồng bộ cần được triển khai:

Thứ nhất, thiết lập quy trình khử trùng tiêu độc bắt buộc định kỳ 2 lần mỗi tuần tại 100% các chợ buôn bán và giết mổ gia cầm sống trên địa bàn Hà Nội và Bắc Ninh. Chi cục Chăn nuôi và Thú y địa phương cần chủ trì hướng dẫn sử dụng hóa chất sát trùng chuyên dụng nhằm giảm thiểu tỷ lệ tồn dư mầm bệnh trong môi trường xuống dưới 15,00% trong vòng 12 tháng tới.

Thứ hai, triển khai chương trình giám sát dịch tễ chủ động định kỳ 6 tháng một lần đối với phân type A/H9N2 tại các chợ bán lẻ và vùng chăn nuôi trọng điểm. Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương phối hợp cùng Chi cục Thú y các tỉnh thu thập và xét nghiệm mẫu thường quy, đặt mục tiêu duy trì tỷ lệ phát hiện virus ở mức an toàn dưới 5,00% trong giai đoạn 2020-2025.

Thứ ba, nghiên cứu tích hợp kháng nguyên A/H9N2 nhánh Y280 vào các dòng vaccine cúm gia cầm đa giá thương mại. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cùng các viện nghiên cứu cần thử nghiệm và đưa vào sử dụng các loại vaccine thế hệ mới trong vòng 24 tháng, hướng tới mục tiêu bao phủ miễn dịch bảo hộ trên 80,00% tổng đàn gà sinh sản và gà thịt thương phẩm.

Thứ tư, tăng cường quản lý chuỗi cung ứng và vận chuyển gia cầm thương phẩm. Ban quản lý các chợ dân sinh và chính quyền địa phương cần giám sát chặt chẽ, kiên quyết xử lý tình trạng đưa gia cầm tồn dư về nuôi nhốt tại hộ gia đình, đồng thời bắt buộc 100% tiểu thương ký cam kết thực hiện truy xuất nguồn gốc động vật trong thời hạn 6 tháng.

Đối tượng nên tham khảo luận văn

Nội dung và kết quả nghiên cứu của luận văn mang lại giá trị thực tiễn và học thuật cho 4 nhóm đối tượng chính:

Thứ nhất, cơ quan quản lý nhà nước và cán bộ thú y tuyến cơ sở tại Cục Thú y, Chi cục Chăn nuôi và Thú y các tỉnh thành. Luận văn cung cấp căn cứ dữ liệu thực tế để hoạch định chính sách kiểm dịch động vật, xây dựng kịch bản ứng phó dịch bệnh khẩn cấp theo Thông tư số 07/2016/TT-BNNPTNT và tối ưu hóa quy hoạch mạng lưới chợ gia cầm an toàn.

Thứ hai, các nhà khoa học, nghiên cứu sinh và học viên cao học chuyên ngành Thú y, Bệnh học động vật và Dịch tễ học phân tử. Đây là tài liệu tham khảo giá trị về quy trình chuẩn trong lấy mẫu dịch tễ, kỹ thuật Realtime RT-PCR định danh đoạn gen M-5, cùng phương pháp giải trình tự và xây dựng cây phát sinh chủng loại MEGA6.

Thứ ba, các doanh nghiệp sản xuất vaccine thú y và sinh phẩm chẩn đoán sinh học phân tử. Số liệu về sự tương đồng di truyền nhánh Y280 của gen HA và F98-like của gen NA là nguồn thông tin đầu vào thiết yếu để nghiên cứu bào chế các bộ kit xét nghiệm nhanh và phát triển vaccine đa giá phù hợp với biến chủng thực địa.

Thứ tư, chủ các trang trại chăn nuôi gia cầm quy mô công nghiệp và ban quản lý chợ truyền thống. Luận văn cung cấp bài học kinh nghiệm sâu sắc về kiểm soát các yếu tố nguy cơ dịch tễ học, giúp người chăn nuôi và kinh doanh chủ động xây dựng quy trình vệ sinh chuồng trại, cách ly đàn gia cầm và ngăn chặn thất thoát kinh tế do dịch bệnh.

Câu hỏi thường gặp

1. Virus cúm gia cầm A/H9N2 gây ra những thiệt hại kinh tế cụ thể nào cho ngành chăn nuôi gia cầm? Virus cúm gia cầm độc lực thấp A/H9N2 gây tổn thương nhẹ đường hô hấp nhưng làm suy giảm nghiêm trọng sức đề kháng của vật nuôi, khiến sản lượng trứng tụt giảm tới 70% tại các trang trại gà đẻ và tạo điều kiện cho vi khuẩn kế phát như Escherichia coli gây tỷ lệ chết từ 10% đến 20%.

2. Vì sao tỷ lệ nhiễm virus cúm type A tại mẫu môi trường chợ bán lẻ lại cao hơn mẫu dịch hầu họng ở gà? Môi trường chợ bán lẻ tích tụ lượng lớn chất thải, dịch nhầy và phân gia cầm qua nhiều phiên chợ liên tiếp mà không được khử trùng triệt để. Tỷ lệ nhiễm 44,76% ở môi trường phản ánh sự tồn lưu mầm bệnh ngoại cảnh cao gấp nhiều lần so với tỷ lệ 34,87% trên cá thể gà sống.

3. Các chủng virus cúm A/H9N2 phân lập được trong nghiên cứu thuộc phân nhánh di truyền nào? Qua phân tích trình tự nucleotide và xây dựng cây phả hệ bằng phần mềm MEGA6, các chủng virus A/H9N2 thu thập tại Hà Nội và Bắc Ninh được xác định thuộc phân nhánh Y280 đối với gen HA và phân nhánh F98-like đối với gen NA, có độ tương đồng trên 95% với các chủng lưu hành trước đó.

4. Yếu tố nguy cơ thương mại nào làm gia tăng đáng kể tỷ lệ lây truyền virus tại các chợ nghiên cứu? Phân tích dịch tễ học khẳng định việc thu mua gia cầm qua thương lái trung gian, nhập hàng từ chợ khác hoặc đưa số gà chưa tiêu thụ hết về nuôi nhốt tại gia đình làm tăng mạnh tỷ lệ lưu hành virus với độ tin cậy thống kê cao khi giá trị p nhỏ hơn 0,05.

5. Tại sao tỷ lệ tiêm phòng vaccine gia cầm đạt trên 93% nhưng virus A/H9N2 vẫn lưu hành phổ biến? Chương trình tiêm phòng tại các địa phương giai đoạn nghiên cứu tập trung chủ yếu vào các chủng độc lực cao H5N1 và H5N6. Sự thiếu vắng vaccine đặc hiệu phòng chống H9N2 tạo ra khoảng trống miễn dịch trong quần thể gà thịt, khiến virus này dễ dàng lây lan và tồn tại dai dẳng.

Kết luận

Luận văn đã hoàn thành toàn diện các mục tiêu nghiên cứu với các đóng góp quan trọng:

• Tổng đàn gia cầm tại Hà Nội và Bắc Ninh giai đoạn 2015-2018 duy trì tăng trưởng ổn định với tỷ trọng đàn gà chiếm trên 75,00% và tỷ lệ tiêm phòng vaccine đạt mức cao trên 93,00%.
• Xác định tỷ lệ lưu hành virus cúm type A đạt 34,87% ở mẫu dịch hầu họng gà và 44,76% ở mẫu môi trường tại 5 chợ buôn bán gia cầm sống.
• Chứng minh phân type A/H9N2 là tác nhân lưu hành chủ đạo, chiếm tới 58,49% tổng số mẫu dương tính với cúm type A trên đàn gà khảo sát.
• Làm rõ đặc tính sinh học phân tử của các chủng phân lập thuộc nhánh Y280 (gen HA) và F98-like (gen NA) với độ tương đồng di truyền trên 95,00% so với dữ liệu quốc gia.
• Chỉ rõ các yếu tố nguy cơ dịch tễ mang tính then chốt bắt nguồn từ mạng lưới buôn bán qua trung gian và tập quán lưu giữ gia cầm chưa tiêu thụ hết.

Về kế hoạch tiếp theo, cơ quan quản lý và các cơ sở nghiên cứu cần khẩn trương mở rộng phạm vi giám sát dịch tễ phân tử sang các tỉnh lân cận và đẩy nhanh tiến độ thử nghiệm vaccine phòng cúm H9N2 đa giá trong giai đoạn 2020-2025. Việc tăng cường ứng dụng khoa học công nghệ trong chẩn đoán và kiểm soát an toàn sinh học chuỗi cung ứng gia cầm là giải pháp cấp bách nhằm bảo vệ nền chăn nuôi bền vững và sức khỏe cộng đồng.

Trích đoạn nội dung tài liệu

ĐẶT VẤN ĐỀ Cúm gia cầm (AI - Avian Influenza) là một bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, có tốc độ lây lan nhanh với tỷ lệ chết cao trong đàn gia cầm nhiễm bệnh, gây thiệt hại kinh tế lớn cho nhiều nước trên thế giới (OIE, 2015). Tại Việt Nam, dịch cúm gia cầm bắt đầu xuất hiện từ những tháng cuối năm 2003 đầu năm 2004 và đã nhanh chóng lan rộng hầu hết các địa phương trong cả nước.272 ổ dịch cúm gia cầm với khoảng trên 50 triệu con gia cầm các loại mắc bệnh phải tiêu hủy bắt buộc, gây thiệt hại nặng nề cho ngành chăn nuôi. Nghiêm trọng hơn, virus cúm gia cầm đã lây sang người làm 127 người mắc bệnh, trong đó có 64 người tử vong (Cục Thú y, 2019). Virus cúm gia cầm có hai loại kháng nguyên bề mặt chính là Hemagglutinin (H) và Neuraminidase (N).

Có nhiều phân nhóm H và N, trong lịch sử virus có khả năng gây bệnh cao là H5 hoặc H7 và ở mức độ thấp hơn là H9. Virus cúm gia cầm hiện đang gây ra dịch lớn ở châu Á là A/H5N1, A/H5N6. Virus gây bệnh ở Pakistan trong những năm gần đây là H7N3 và H9N2. Virus cúm gia cầm cũng được phân loại theo kiểu gen với 2 thể độc lực: thể độc lực cao (Highly Pathogenic Avian Influenza - HPAI) và thể độc lực thấp (Low Pathogenic Avian Influenza - LPAI) (FAO, 2006).

Virus cúm gia cầm A/H9N2 lần đầu tiên được phân lập từ gà tây vào năm 1966, khi virus này liên quan đến bệnh hô hấp nhẹ. Ở châu Á, giám sát dài hạn tại các chợ gia cầm sống ở Hồng Kông từ năm 1975 đến 1985 đã phát hiện sự lưu hành của virus cúm H9N2 ở vịt khỏe mạnh. Kể từ đầu những năm 1990, virus cúm H9N2 đã trở nên phổ biến ở gà nhà tại châu Á. Đầu năm 2017, Indonesia đã phát hiện chủng virus cúm gia cầm độc lực thấp H9N2 gây giảm sản lượng trứng tới 70% tại các trang trại bị ảnh hưởng (FAO, 2018).

Nhiễm cúm gia cầm H9N2 gây thiệt hại nghiêm trọng về sản xuất và kinh tế cho người chăn nuôi gia cầm. Nông dân chăn nuôi gia cầm ở Myanmar từ lâu đã yêu cầu chính phủ cho phép tiêm phòng cúm gia cầm (H9N2) để bảo vệ đàn gia cầm của họ (FAO, 2019). Virus H9N2 phân lập từ gà ở Trung Quốc cho thấy sự trôi dạt kháng nguyên tiến hóa thành các nhóm kháng nguyên riêng biệt. Sự trôi dạt kháng nguyên này có thể đã dẫn đến thất bại của các chương trình tiêm chủng và có thể 1 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] giải thích sự phổ biến hiện tại của virus cúm H9N2 tại Trung Quốc.

Việc xác định các acid amin trong các vị trí kháng nguyên H9 cho thấy sự phân bố các vùng kháng nguyên khác nhau giữa các phân nhóm khác. Nhiều vị trí acid amin trong protein HA liên quan đến tính kháng nguyên của virus H9N2 đã được xác định. Virus H9N2 có vai trò quan trọng do phạm vi vật chủ rộng, thích nghi với cả gia cầm và động vật có vú, đồng thời có khả năng tái tổ hợp gen rộng rãi. Virus cúm H9N2 đã được công nhận để tái tổ hợp với nhiều subtype khác, bao gồm H6N1, H6N2 và H5N1.

Hơn nữa, virus cúm H7N9 tiếp tục tái tổ hợp với virus H9N2 lưu hành, dẫn đến nhiều kiểu gen của virus H7N9. Sự đóng góp của các gen H9N2, đặc biệt là các gen ribonucleoprotein (RNP) gây nhiễm trùng ở người cần được xác định. Chợ buôn bán gia cầm sống rất phổ biến tại nước ta, người dân có thói quen mua gia cầm sống và giết mổ tại chợ. Gia cầm đến từ nhiều nguồn khác nhau và có nhiều loài gia cầm khác nhau được bán tại chợ.

Nơi bán và giết mổ cùng một chỗ, không được vệ sinh tiêu độc khử trùng thường xuyên, người buôn bán, người mua tiếp xúc trực tiếp với gia cầm do đó nguy cơ phát tán virus cúm gia cầm nói chung và virus cúm A/H9N2 nói riêng rất cao. Điều này càng làm tăng cao khả năng lây truyền virus từ gia cầm cho người. Khu vực thủ đô Hà Nội và các tỉnh lân cận, nhất là tỉnh Bắc Ninh có mật độ chăn nuôi, buôn bán gia cầm rất cao, trong khi đây là trung tâm của cả nước, mật độ dân số cao nên nguy cơ dịch bệnh xảy ra lớn và mức độ ảnh hưởng tới tình hình kinh tế - xã hội chung của cả nước sẽ rất lớn. Trước thực tế trên, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài: “Giám sát sự lưu hành và xác định một số đặc tính sinh học phân tử của virus cúm gia cầm type A/H9N2 ở gia cầm sống bán tại một số chợ của thành phố Hà Nội và tỉnh Bắc Ninh năm 2017”, từ đó có thể giám sát sự lưu hành và xác định những biến đổi về mặt kháng nguyên của virus cúm A/H9N2 tại khu vực thành phố Hà Nội và tỉnh Bắc Ninh, trên cơ sở đó đề xuất các giải pháp thích hợp phòng, chống cúm gia cầm, nhất là H9N2.

MỤC TIÊU CỦA ĐỀ TÀI - Nắm bắt tình hình chăn nuôi, dịch bệnh trên đàn gia cầm và công tác phòng, chống cúm gia cầm tại thành phố Hà Nội và tỉnh Bắc Ninh. - Xác định được sự lưu hành của chủng virus cúm gia cầm A/H9N2 trên địa bàn các địa phương nghiên cứu và một số yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sự lưu 2 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] hành của virus cúm gia cầm nhằm cảnh báo sớm dịch cúm gia cầm và điều chỉnh các biện pháp phòng, chống dịch cho phù hợp - Xác định một số đặc tính sinh học phân tử chủng virus cúm gia cầm A/H9N2 phân lập được trên địa bàn thành phố Hà Nội và tỉnh Bắc Ninh. Ý NGHĨA CỦA ĐỀ TÀI Nắm bắt được tổng quan về tình hình chăn nuôi, công tác phòng, chống dịch bệnh trên đàn gia cầm tại Hà Nội và Bắc Ninh. Giám sát nhằm phát hiện sớm và xác định tỷ lệ lưu hành, một số yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sự lưu hành của virus cúm gia cầm và nắm được đặc điểm sinh học phân tử của virus cúm gia cầm A/H9N2 trên địa bàn thành phố Hà Nội và tỉnh Bắc Ninh sẽ giúp chính quyền, các cơ quan, ban, ngành chức năng của địa phương có cái nhìn tổng thể về sự xuất hiện, lưu hành chủng virus gây bệnh trên địa bàn, từ đó có các giải pháp cụ thể phòng, chống lây bệnh cúm ở gia cầm và biện phòng tránh lây nhiễm bệnh cúm từ động vật sang người.

Việc phân tích sự đồng nhất trình tự nucleotide và tương đồng amino acid của các chủng virus cúm gia cầm A/H9N2 là cơ sở dữ liệu quan trọng để tìm hiểu về dịch tễ học và mối quan hệ nguồn gốc tiến hóa của loại virus cúm gia cầm lưu hành tại các tỉnh nghiên cứu. Nâng cao năng lực cho thú y cơ sở các kỹ thuật trong lấy mẫu, bảo quản và vận chuyển mẫu bệnh phẩm. 3 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.

KHÁI NIỆM BỆNH CÚM GIA CẦM Cúm gia cầm (Avian Influenza - AI) là một bệnh truyền nhiễm cấp tính ở gia cầm, do nhóm virus cúm type A, thuộc họ Orthomyxoviridae gây ra. Đây là nhóm virus có biên độ vật chủ rộng, được phân chia thành nhiều subtype khác nhau dựa trên hai kháng nguyên bề mặt capsid của hạt virus là HA và NA (De Wit, 2008). Nhóm virus cúm A có 16 subtype HA (từ H1 đến H16) và 9 subtype NA (từ N1 đến N9). Sự tổ hợp giữa các subtype HA và NA sẽ tạo ra nhiều subtyp khác nhau.

Mặt khác, virus cúm A có đặc tính quan trọng là dễ dàng đột biến trong gen/hệ gen (đặc biệt ở gen NA và HA) hoặc trao đổi các gen với nhau, trong quá trình xâm nhiễm và tồn tại lây truyền giữa các loài vật chủ, dẫn đến việc tạo nên nhiều subtyp có độc tính và khả năng gây bệnh khác nhau (Nguyễn Bá Hiên và cs. Trước đây, bệnh được gọi là bệnh dịch tả gà (Fowl plague), nhưng từ Hội nghị quốc tế lần thứ nhất về bệnh cúm gia cầm tại Beltsville (Mỹ) năm 1981 đã thay thế tên này bằng tên Highly Pathogenic Avian Influenza - HPAI. Tên này dùng để chỉ các virus cúm type A có độc lực mạnh, lây lan nhanh và có tỷ lệ tử vong cao. Tổ chức Thú y thế giới đã xếp HPAI thuộc danh mục A, là 1 trong 15 bệnh nguy hiểm ở động vật.

Tại nước ta, bệnh cúm gia cầm nằm trong danh mục các bệnh động vật trên cạn phải công bố dịch; Danh mục các bệnh truyền lây giữa động vật và người; Danh mục bệnh động vật cấm giết mổ, chữa bệnh; Danh mục các bệnh truyền nhiễm nguy hiểm phải áp dụng biện pháp phòng bệnh bắt buộc bằng vaccine cho động vật nuôi và Danh mục các bệnh truyền nhiễm nguy hiểm phải áp dụng biện pháp giám sát định kỳ (Bộ NNPTNT, 2016). TÌNH HÌNH BỆNH CÚM GIA CẦM TRÊN THẾ GIỚI 2. Tình hình chung Cúm gia cầm lần đầu được phát hiện ở Italia vào năm 1878 với tên gọi là dịch tả gà (Fowl plague) nhưng tới năm 1901 mới xác định được yếu tố gây bệnh là căn nguyên siêu nhỏ có khả năng qua màng lọc và tới năm 1955 xác định được nguyên nhân chính xác gây bệnh cúm gia cầm là virus cúm type A thông qua kháng thể bề mặt A/H7N1 và A/H7N7 gây chết nhiều ở gà, gà tây và các loại động vật khác (Beard, 1998). 4 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] Bên cạnh đó virus cúm gia cầm còn lây lan và tạo ra các đại dịch gây tử vong rất lớn trên người.

Lịch sử các đại dịch cúm ở người xảy ra trên thế giới được mô tả theo sơ đồ sau: Hình 2. Sơ đồ lịch sử đại dịch cúm ở người Nguồn: Phạm Thành Long (2016) Năm 1918 - 1919, một đại dịch cúm (cúm Tây Ban Nha) đã nổ ra với mức độ trầm trọng đã gây tử vong khoảng 20 -100 triệu người trên toàn thế giới. Các nghiên cứu sau này đã chứng minh được virus gây ra đại dịch này là H1N1 (Taubenberger, 1997). Đại dịch cúm H1N1 giai đoạn 2009 - 2010 đã gây nhiễm cho khoảng hơn 100 nghìn tới gần 400 nghìn người trên thế giới.

Chủng virus cúm A/H5N1 được phát hiện lần đầu tiên gây bệnh dịch trên gà tại Scotland vào năm 1959 và có thể là biến thể H5N1 đầu tiên trên thế giới. Năm 1997 ở Hong Kong, lần đầu tiên virus cúm gia cầm H5N1 đã gây ra ổ dịch trên gia cầm và lây sang người làm 18 người nhiễm bệnh, 6 người chết và hàng triệu gia cầm đã bị tiêu hủy nhằm ngăn chặn dịch lây lan.