HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM HOÀNG MẠNH TIẾN ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ BỆNH CÚM GIA CẦM TẠI VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2015 – 2018 Ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 8640101 Người hướng dẫn khoa học: 1. Phạm Ngọc Thạch 2. Phan Quang Minh NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2019 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận văn là trung thực, khách quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn đã được cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận văn này đều được chỉ rõ nguồn gốc.
Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận văn Hoàng Mạnh Tiến i LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CẢM ƠN Trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình. Tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc đến PGS. Phạm Ngọc Thạch và TS. Phan Quang Minh đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài.
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Nội – Chẩn – Dược – Độc chất, Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận văn. Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể Lãnh đạo Cục Thú y, Lãnh đạo và cán bộ phòng Dịch tễ thú y - Cục Thú y, Trung tâm Chẩn đoán thú y Trung ương, các Chi cục Thú y vùng và các tổ chức quốc tế (CDC, FAO) đã giúp đỡ, tạo điều kiện, chia sẻ thông tin cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên khuyến khích tôi hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận văn Hoàng Mạnh Tiến ii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com MỤC LỤC Lời cam đoan.
ii Mục lục. iii Danh mục chữ viết tắt. vi Danh mục bảng. vii Danh mục hình.
viii Trích yếu luận văn. ix Thesis abstract. Tính cấp thiết của đề tài. Mục tiêu nghiên cứu.
Phạm vi nghiên cứu. Những đóng góp mới, ý nghĩa khoa học và thực tiễn. Tổng quan tài liệu. Giới thiệu về bệnh CGC.
Khái niệm bệnh CGC. Lịch sử bệnh. Vi rút gây bệnh CGC. Hình thái, cấu trúc vi rút CGC.
Cấu trúc của vi rút cúm type A. Đặc tính kháng nguyên của vi rút cúm type A. Thành phần hóa học. Quá trình nhân lên và tác động gây bệnh của vi rút.
Độc lực của vi rút. Phân loại vi rút. Nuôi cấy và lưu giữ vi rút cúm gà. Miễn dịch chống bệnh CGC.
Dịch tễ học bệnh CGC. Phân bố dịch. 19 iii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail. Động vật cảm nhiễm.
Động vật mang vi rút. Sự truyền lây. Sức đề kháng của vi rút cúm. Triệu chứng, bệnh tích của bệnh CGC.
Triệu chứng lâm sàng của bệnh CGC. Bệnh tích đại thể, vi thể của bệnh CGC. Kiểm soát bệnh. Nghiên cứu trong nước về bệnh CGC.
Một số phương pháp nghiên cứu dịch tễ học. Nghiên cứu cắt ngang (Cross-sectional study). Nghiên cứu thuần tập (Cohort study). Vật liệu nội dung và phƣơng pháp nghiên cứu.
Địa điểm nghiên cứu. Thời gian nghiên cứu. Nội dung nghiên cứu. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ bệnh CGC xảy ra ở Việt Nam giai đoạn 2015 - 2018.
Xác định mức độ lưu hành vi rút CGC tại Việt Nam trong giai đoạn 2015 - 2018. Đối tượng và vật liệu nghiên cứu. Đối tượng nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu.
Phương pháp nghiên cứu. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ bệnh CGC ở Việt Nam giai đoạn 2015 - 2018. Phương pháp xác định mức độ lưu hành các chủng vi rút CGC A/H5 tại Việt Nam. Phương pháp xử lý số liệu.
Kết quả và thảo luận. Một số đặc điểm dịch tễ mô tả bệnh CGC xảy ra ở Việt Nam giai đoạn 2015 – 2018. 31 iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail. Tình hình dịch CGC giai đoạn 2015-2018.
Đặc điểm về loài gia cầm mắc bệnh. Đặc điểm bệnh CGC theo thời gian giai đoạn 2015 - 2018. Đặc điểm của bệnh CGC theo không gian giai đoạn 2015 - 2018. Dịch tễ học phân tử các chủng vi rút CGC A/h5 lưu hành tại Việt Nam.
Kết quả nghiên cứu lấy mẫu giám sát và giải trình tự gen. Kết luận và kiến nghị. 50 Tài liệu tham khảo. 52 v LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt CDC (Centers for Disease Control and Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa dịch Prevention) bệnh CGC (Avian influenza) Cúm gia cầm CI (Confidence Interval) Mức độ tin cậy CS (Partner) Cộng sự DNA (Acid Deoxyribo Nucleic) Axit deoxyribonucleic EDR (Estimated Dissemination Ratio) Tỷ lệ phổ biến ước tính ELIsA (Enzyme Linked immuno- Enzyme Liên kết xét nghiệm miễn dịch sorbent assay) hấp thụ HA (Haemagglutination assay) Phản ứng ngưng kết hồng cầu HPAI (Highly pathogenic avian Highly pathogenic avian influenza influenza) IVPI Chỉ số gây bệnh tiêm qua đường tĩnh mạch FAO (The Food and Agriculture Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp Liên Organization of the United Nations ) Hợp Quốc LPAI (Low pathogenic avian Cúm gia cầm độc lực thấp influenza) NN&PTNT Nông nghiệp và Phát triển nông thôn OIE (World Organisation for Animal Tổ chức Thú y Thế giới Health) RNA (Ribonucleic Acid) Axit Ribonucleic RT-PCR (Reverse Transcription Phản ứng chuỗi polymerase phiên mã Polymerase Chain Reaction) ngược USD (US Dollar) Đô la Mỹ USAID (The United States Agency for Cơ quan phát triển quốc tế Hoa Kỳ International Development) WRL (World Reference Laboratory) Phòng thí nghiệm tham chiếu thế giới WHO (World Health Organization) Tổ chức Y tế Thế giớWorld WTO (World Trade Organization) Tổ chức thương mại vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC BẢNG Bảng 4.
Tình hình dịch dịch CGC giai đoạn 2015 - 2018. Số ổ dịch và tỷ lệ mắc bệnh CGC giữa các loài gia cầm giai đoạn 2015 – 2018. Bảng tổng hợp các loài gia cầm bị chết và tiêu hủy do bệnh CGC giai đoạn 2015 – 2018. Số ổ dịch và tỷ lệ mắc theo phương thức chăn nuôi.
Tổng hợp tình hình thiệt hại do bệnh CGC theo vùng sinh thái. Danh mục các vi rút thu thập từ tháng 1 đến tháng 6 ở Việt Nam năm 2018. 44 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC HÌNH Hình 2. Bản đồ phân bố dịch CGC trên thế giới năm 2019.
Cấu tạo ngoài của vi rút CGC. So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC giữa các loài năm 2015. So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC giữa các loài năm 2016. So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC giữa các loài năm 2017.
So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC giữa các loài năm 2018. So sánh tỷ lệ mắc bệnh CGC theo loài giai đoạn 2015 – 2018. Tần suất các ổ dịch CGC theo thời gian từ năm 2015 đến năm 2019. Đồ thị diễn biến các ổ dịch CGC theo thời gian từ năm 2015 đến ngày 01/01/2019.
So sánh tỷ lệ mắc giữa vi rút CGC A/H5N1 và A/H5N6 qua các năm 2015 đến 2018. Sự phân bố và số lượng gia cầm bị tiêu hủy do CGC A/H5N1 và A/H5N6 giai đoạn 2015-2018. Cây phả hệ các vi rút CGC subtype H5 lưu hành qua các năm 2016- 2018 ở Việt Nam. Cây phả hệ các vi rút CGC subtype H5 2.1c lưu hành qua các năm 2016-2018 ở Việt Nam.
Cây phả hệ các nhánh vi rút CGC subtype H5 2.4b lưu hành qua các năm 2016-2018 ở Việt Nam. 47 viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Hoàng Mạnh Tiến Tên Luận văn: Đặc điểm dịch tễ của bệnh Cúm gia cầm tại Việt Nam giai đoạn 2015 - 2018 Ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 8640101 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Phân tích đặc điểm dịch tễ học mô tả (không gian, thời gian, đối tượng mắc bệnh) của bệnh CGC tại Việt Nam giai đoạn 2015 -2018 và xác định một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng và nhánh (clade) vi rút CGC. Phƣơng pháp nghiên cứu sử dụng phương pháp dịch tễ học hồi cứu (retrospective cohort study) để tổng hợp và phân tích đặc điểm dịch tễ mô tả về không gian, thời gian, đối tượng gia cầm mắc bệnh, phương thức chăn nuôi đơn hoặc ghép giữa các loài tại các ổ dịch CGC xảy từ năm 2015 - 2018. trên cơ sở kết quả giải trình tự gen tại các phòng thị nghiệm trong nước và ngoài nước phân tích gây dựng cây phả hệ thể hiện sự biến chủng của vi rút CGC ở Việt Nam qua các năm từ 2015 - 2018.
Kết quả chính và kết luận 1. Dịch Cúm gia cầm xảy ra nhiều nhất ở gà là 69,3% (95% CI: 62,7 - 75,3), sau đó là vịt 45,9% (95% CI: 39,1-52,7) và nuôi ghép nhiều loài gia cầm 10,1% (95% CI: 6,4 - 14,9); Dịch bệnh CGC xảy rác ở các tháng trong năm và liên tục trong 4 năm (2015 - 2018), với tỷ lệ mắc CGC cao nhất vào mùa Xuân (65%), mùa Đông là 30,2%, mùa Hè là 2,5% và mùa Thu là 2,3%; Dịch bệnh CGC phân bố dịch bệnh tập trung nhiều ở các tỉnh quanh lưu vực sông Hồng và đồng bằng sông Cửu Long nơi có mật độ chăn nuôi gia cầm cao. Vi rút Cúm gia cầm lưu hành và gây bệnh tại Việt Nam từ năm 2015 đến 2018 thuộc subtype H5N1, clade 2.1c và subtype H5N6, clade 2. ix LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com THESIS ABSTRACT Author name: Hoang Manh Tien Thesis title: Epidemiological characteristics of Avian Influenza in Vietnam in the period 2015 to 2018.
Sector: Veterinary epidemiology Code: 8640101 Name of training institution: Vietnam National University of Agriculture Research purposes To analysize of descriptive epidemiological characteristics (space, time, species) of Avian Influenza in Vietnam in the period of 2015 to 2018 and identify some molecular epidemiological characteristics of strains and clades of Avian Influenza virus.