Nghiên Cứu Đa Dạng Di Truyền Quần Thể Chó Phú Quốc Dựa Trên Trình Tự HV1

Luận án tiến sĩ nghiên cứu nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể chó phú quốc dựa trên trình tự hv1 thuộc vùng cr trên hệ gen, phân tích chuyên sâu, xây dựng mô hình lý thuyết, đề

• Tác giả: Thái Kế Quân
• Người hướng dẫn: PGS. Trần Hoàng Dũng
• Trường học: Trường Đại học Sài Gòn
• Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học
• Đề tài: Nghiên Cứu Đa Dạng Di Truyền Quần Thể Chó Phú Quốc Dựa Trên Trình Tự HV1
• Loại tài liệu: luận án tiến sĩ
• Năm xuất bản: 2019
• Địa điểm: Thành phố Hồ Chí Minh

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỞ ĐẦU
• 1.1. Mục tiêu của đề tài
• 1.2. Mục tiêu chung
• 1.3. Mục tiêu cụ thể
• 1.4. Những đóng góp mới của đề tài
• 1.5. Ý nghĩa khoa học và ý nghĩa thực tiễn của đề tài
• 1.5.1. Ý nghĩa khoa học
• 1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn
• 1.6. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu
• 1.6.1. Đối tượng nghiên cứu
• 1.6.2. Phạm vi nghiên cứu
• 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 2.1. Tổng quan về chó lưng xoáy Phú Quốc
• 2.1.1. Giới thiệu về chó lưng xoáy Phú Quốc
• 2.1.2. Phân loại chó lưng xoáy Phú Quốc
• 2.1.3. Đặc điểm hình thái và tập tính của chó lưng xoáy Phú Quốc
• 2.2. Các nghiên cứu về nguồn gốc và di truyền chó lưng xoáy Phú Quốc
• 2.2.1. Đặc điểm di truyền của tính trạng xoáy lưng
• 2.2.2. Hệ gen ty thể của chó. Cấu trúc hệ gen ty thể của chó
• 2.2.3. Cấu trúc và đặc điểm di truyền vùng CR trên hệ gen ty thể của chó
• 2.2.4. Các nghiên cứu về nguồn gốc tiến hóa, phát sinh chủng loại và đa dạng di truyền của chó
• 2.2.4.1. Các nghiên cứu khảo cổ
• 2.2.4.2. Các nghiên cứu di truyền hiện đại
• 2.2.5. Các chỉ thị phân tử được dùng trong nghiên cứu
• 2.2.6. Nghiên cứu về nguồn gốc tiến hóa của chó nhà
• 2.2.7. Nghiên cứu về đa dạng di truyền của các giống chó
• 2.2.8. Cơ sở dữ liệu DNA GenBank và dữ liệu vùng trình tự HV1 DNA ty thể
• 2.2.8.1. Cơ sở dữ liệu DNA GenBank
• 2.2.8.2. Dữ liệu về trình tự vùng HV1 DNA ty thể trên GenBank
• 2.2.9. Nhận định chung về vấn đề nghiên cứu sự đa dạng di truyền của quần thể chó lưng xoáy Phú Quốc
• 3. NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 3.1. Nội dung nghiên cứu. Phương pháp nghiên cứu
• 3.2. Xây dựng cơ sở dữ liệu và công cụ định loại haplotype đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể
• 3.2.1. Xây dựng cơ sở dữ liệu các trình tự đoạn 582 cặp base vùng HV1DNA ty thể
• 3.2.2. Đánh số nucleotide và trình bày các đột biến
• 3.2.3. Xác định haplotype và hiệu chỉnh dữ liệu
• 3.2.4. Công cụ xác định haplotype vùng HV1 của DNA ty thể
• 3.2.5. Xây dựng cây phát sinh chủng loại
• 3.3. Xác định trình tự nucleotide đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể của chó nhà Việt Nam và chó lưng xoáy Phú Quốc
• 3.3.1. Dụng cụ và thiết bị sử dụng
• 3.3.2. Thu thập và xử lý mẫu
• 3.3.3. Tách chiết DNA tổng số từ lông chó
• 3.3.4. Kiểm tra độ tinh sạch DNA bằng quang phổ kế
• 3.3.5. Khuếch đại trình tự vùng HV1 bằng phản ứng PCR
• 3.3.6. Giải trình tự và biên tập trình tự
• 3.4. Đánh giá sự đa dạng di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc dựa trên đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể
• 3.4.1. Xác định độ đa dạng haplotype
• 3.4.2. Xác định độ đa dạng nucleotide
• 3.4.3. Xây dựng mạng lưới quan hệ của các haplotype
• 3.4.4. Xác định khoảng cách di truyền giữa hai quần thể
• 3.4.5. Phân tích phương sai phân tử (AMOVA)
• 3.4.6. Nhận định nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc
• 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 4.1. Xây dựng cơ sở dữ liệu đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó
• 4.1.1. Cơ sở dữ liệu đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó
• 4.1.2. Hiệu chỉnh dữ liệu
• 4.1.3. Công cụ xác định haplotype vùng HV1 của DNA ty thể
• 4.2. Xác định trình tự đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó nhà Việt Nam và chó lưng xoáy Phú Quốc
• 4.2.1. Xác định quy trình tách chiết DNA từ lông chó
• 4.2.2. Khảo sát các điều kiện cho quy trình tách chiết DNA
• 4.2.3. So sánh hiệu quả của quy trình tách chiết DNA từ lông chó
• 4.2.4. Tách chiết DNA từ lông chó
• 4.2.5. Khuếch đại vùng HV1
• 4.2.6. Đọc và biên tập trình tự nucleotide
• 4.3. Xác định haplotype của các mẫu chó lưng xoáy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam
• 4.4. Đa dạng di truyền vùng HV1 DNA ty thể chó lưng xoáy Phú Quốc
• 4.4.1. Sự đa dạng ở cấp độ nucleotide
• 4.4.2. Sự đa dạng ở cấp độ haplotype
• 4.5. Quan hệ di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc với các giống chó khác
• 4.5.1. Quan hệ di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc với các giống chó khác trên thế giới
• 4.5.2. Quan hệ di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam
• 4.5.2.1. Quan hệ di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam tại Kiên Giang
• 4.6. Nhận định về nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc
• 5. KẾT LUẬN – KIẾN NGHỊ
• 6. CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng Quan Nghiên Cứu Đa Dạng Di Truyền Chó Phú Quốc 55

Chó Phú Quốc, giống chó bản địa Việt Nam, nổi tiếng với xoáy lưng độc đáo, đang đối mặt với nguy cơ suy giảm đa dạng di truyền. Nghiên cứu này tập trung vào phân tích trình tự HV1 trên hệ gen ty thể để đánh giá đa dạng di truyền quần thể chó Phú Quốc. Việc hiểu rõ đặc điểm di truyền chó Phú Quốc là rất quan trọng cho công tác bảo tồn chó Phú Quốc. Nghiên cứu này sử dụng dữ liệu DNA ty thể chó Phú Quốc để làm sáng tỏ nguồn gốc và mối quan hệ di truyền của chúng. Các kết quả sẽ cung cấp thông tin quan trọng cho việc quản lý và bảo tồn giống chó quý này. Nghiên cứu trước đây đã chỉ ra rằng chó xoáy lưng Phú Quốc có những đặc điểm di truyền riêng biệt, nhưng cần nghiên cứu sâu hơn để xác định rõ hơn về cấu trúc di truyền quần thể chó Phú Quốc.

1.1. Giới Thiệu Tổng Quan Về Chó Xoáy Lưng Phú Quốc

Chó Phú Quốc là giống chó đặc hữu của Việt Nam, nổi tiếng với dải lông mọc ngược trên lưng. Giống chó này có nhiều đặc tính quý như sự trung thành, thông minh và khả năng săn mồi tốt. Tuy nhiên, nguồn gốc chó Phú Quốc vẫn còn là một bí ẩn. Cần có những nghiên cứu chuyên sâu để làm sáng tỏ lịch sử tiến hóa chó Phú Quốc.

1.2. Tầm Quan Trọng Của Nghiên Cứu Di Truyền Chó Phú Quốc

Nghiên cứu di truyền chó Phú Quốc có ý nghĩa quan trọng trong việc bảo tồn giống chó quý này. Việc xác định biến dị di truyền chó Phú Quốc giúp ngăn chặn lai tạp và bảo vệ gen chó Phú Quốc thuần chủng. Phân tích marker di truyền chó Phú Quốc cung cấp thông tin quan trọng cho công tác chọn giống.

II. Thách Thức Bảo Tồn Đa Dạng Di Truyền Chó Phú Quốc 58

Sự lai tạo không kiểm soát và mục đích thương mại đang đe dọa đa dạng di truyền chó Phú Quốc. Việc mất đi đặc điểm di truyền chó Phú Quốc thuần chủng sẽ ảnh hưởng đến sức khỏe và khả năng thích nghi của giống chó này. Cần có các biện pháp bảo tồn hiệu quả để duy trì cấu trúc di truyền quần thể chó Phú Quốc. Nghiên cứu này nhằm xác định mức độ đa dạng di truyền chó Phú Quốc hiện tại và đề xuất các giải pháp bảo tồn phù hợp. Theo nghiên cứu của Thái Kế Quân, sự lai tạo vì mục đích thương mại đã ít nhiều làm mất đi nguồn gen của chó lưng xoáy Phú Quốc.

2.1. Nguy Cơ Lai Tạo Và Mất Gen Chó Phú Quốc Thuần Chủng

Lai tạo không kiểm soát là mối đe dọa lớn đối với đa dạng di truyền chó Phú Quốc. Việc lai tạp với các giống chó khác dẫn đến mất đi đặc điểm chó Phú Quốc thuần chủng. Cần có chương trình quản lý giống chặt chẽ để bảo vệ nguồn gen chó Phú Quốc.

2.2. Thiếu Nghiên Cứu Về Nguồn Gốc Chó Phú Quốc

Nguồn gốc chó Phú Quốc vẫn chưa được xác định rõ ràng. Các giả thuyết khác nhau về lịch sử tiến hóa chó Phú Quốc cần được kiểm chứng bằng các nghiên cứu khoa học. Việc làm sáng tỏ mối quan hệ di truyền chó Phú Quốc với các giống chó khác là rất quan trọng.

2.3. Tầm Quan Trọng Của HV1 Trong Nghiên Cứu Di Truyền

HV1 (Hypervariable Region 1) là vùng có tốc độ biến đổi cao trong DNA ty thể chó Phú Quốc, cung cấp thông tin quan trọng về biến dị di truyền chó Phú Quốc. Phân tích trình tự HV1 chó Phú Quốc giúp xác định cấu trúc di truyền quần thể và mối quan hệ di truyền.

III. Phương Pháp Nghiên Cứu Trình Tự HV1 Chó Phú Quốc 52

Nghiên cứu này sử dụng phương pháp phân tích trình tự HV1 chó Phú Quốc để đánh giá đa dạng di truyền. Các mẫu DNA ty thể chó Phú Quốc được thu thập và giải trình tự. Dữ liệu trình tự HV1 được phân tích để xác định các haplotype và biến dị di truyền. Các kết quả này được sử dụng để xây dựng cây phát sinh chủng loại và đánh giá mối quan hệ di truyền chó Phú Quốc với các giống chó khác. Theo Thái Kế Quân, việc hiệu chỉnh, thống nhất các dữ liệu nhằm tạo ra bộ dữ liệu chuẩn về trình tự vùng CR ở chó là bước cần thiết làm cơ sở để tạo ra công cụ xác định nhanh haplotype, phục vụ cho việc đánh giá sự đa dạng di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc.

3.1. Thu Thập Và Xử Lý Mẫu DNA Chó Phú Quốc

Mẫu DNA chó Phú Quốc được thu thập từ lông hoặc máu của chó. Quá trình thu thập và xử lý mẫu phải đảm bảo chất lượng DNA để phân tích trình tự HV1 chính xác. Việc bảo quản mẫu đúng cách là rất quan trọng.

3.2. Giải Trình Tự Vùng HV1 DNA Ty Thể Chó Phú Quốc

Vùng HV1 của DNA ty thể chó Phú Quốc được khuếch đại bằng kỹ thuật PCR và giải trình tự. Kết quả trình tự HV1 được sử dụng để phân tích biến dị di truyền và xác định haplotype.

3.3. Phân Tích Dữ Liệu Và Xây Dựng Cây Phát Sinh Chủng Loại

Dữ liệu trình tự HV1 được phân tích bằng các phần mềm tin sinh học. Cây phát sinh chủng loại được xây dựng để thể hiện mối quan hệ di truyền chó Phú Quốc với các giống chó khác. Các phân tích thống kê được sử dụng để đánh giá đa dạng di truyền.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu Đa Dạng Di Truyền Chó Phú Quốc 59

Nghiên cứu này đã xác định được mức độ đa dạng di truyền chó Phú Quốc dựa trên trình tự HV1. Các kết quả cho thấy có sự khác biệt đáng kể về cấu trúc di truyền quần thể chó Phú Quốc so với các giống chó khác. Phân tích mối quan hệ di truyền chó Phú Quốc với các giống chó khác cung cấp thông tin quan trọng về nguồn gốc chó Phú Quốc. Các kết quả này có ý nghĩa quan trọng trong công tác bảo tồn chó Phú Quốc. Theo kết quả ban đầu của Thái Kế Quân, cho thấy có sự đa dạng di truyền cao trong vùng CR của nhóm chó lưng xoáy Phú Quốc khảo sát và đã có những manh mối ban đầu để suy đoán nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc.

4.1. Xác Định Haplotype Và Biến Dị Di Truyền Chó Phú Quốc

Nghiên cứu đã xác định được các haplotype phổ biến trong quần thể chó Phú Quốc. Các biến dị di truyền được xác định giúp phân biệt chó Phú Quốc với các giống chó khác. Thông tin này có giá trị trong việc xác định đặc điểm di truyền chó Phú Quốc.

4.2. So Sánh Di Truyền Chó Phú Quốc Với Các Giống Chó Khác

Phân tích so sánh di truyền chó Phú Quốc với các giống chó khác cho thấy mối quan hệ di truyền gần gũi với một số giống chó ở khu vực Đông Nam Á. Điều này cung cấp bằng chứng về nguồn gốc chó Phú Quốc và lịch sử tiến hóa của chúng.

4.3. Đánh Giá Mức Độ Đa Dạng Di Truyền Quần Thể Chó Phú Quốc

Nghiên cứu đã đánh giá mức độ đa dạng di truyền trong quần thể chó Phú Quốc. Kết quả cho thấy cần có các biện pháp bảo tồn để duy trì đa dạng di truyền và ngăn chặn suy thoái giống.

V. Ứng Dụng Nghiên Cứu Bảo Tồn Chó Phú Quốc 53

Kết quả nghiên cứu này có thể được ứng dụng trong công tác bảo tồn chó Phú Quốc. Thông tin về đa dạng di truyền và mối quan hệ di truyền giúp xây dựng chương trình chọn giống hiệu quả. Việc xác định đặc điểm di truyền chó Phú Quốc thuần chủng giúp ngăn chặn lai tạp và bảo vệ giống chó quý này. Nghiên cứu này cung cấp cơ sở khoa học cho việc quản lý và bảo tồn gen chó Phú Quốc.

5.1. Xây Dựng Chương Trình Chọn Giống Bảo Tồn Gen Chó Phú Quốc

Thông tin về đa dạng di truyền giúp xây dựng chương trình chọn giống hiệu quả để bảo tồn gen chó Phú Quốc. Việc chọn lọc các cá thể có đặc điểm di truyền quý hiếm giúp duy trì đa dạng di truyền trong quần thể.

5.2. Quản Lý Lai Tạo Để Duy Trì Đặc Điểm Chó Phú Quốc Thuần Chủng

Quản lý lai tạo chặt chẽ là cần thiết để duy trì đặc điểm chó Phú Quốc thuần chủng. Việc ngăn chặn lai tạp với các giống chó khác giúp bảo vệ nguồn gen chó Phú Quốc.

5.3. Nâng Cao Nhận Thức Về Giá Trị Của Chó Phú Quốc

Nâng cao nhận thức cộng đồng về giá trị của chó Phú Quốc là rất quan trọng. Việc tuyên truyền về đặc điểm di truyền và nguồn gốc của chó Phú Quốc giúp tăng cường ý thức bảo tồn.

VI. Kết Luận Và Hướng Nghiên Cứu Di Truyền Chó Phú Quốc 57

Nghiên cứu đa dạng di truyền chó Phú Quốc dựa trên trình tự HV1 đã cung cấp thông tin quan trọng về cấu trúc di truyền quần thể và mối quan hệ di truyền. Các kết quả này có ý nghĩa quan trọng trong công tác bảo tồn chó Phú Quốc. Cần có các nghiên cứu sâu hơn về hệ gen chó Phú Quốc để hiểu rõ hơn về nguồn gốc và lịch sử tiến hóa của giống chó quý này. Nghiên cứu này mở ra hướng đi mới cho việc bảo tồn và phát triển chó Phú Quốc.

6.1. Tóm Tắt Kết Quả Nghiên Cứu Về Đa Dạng Di Truyền Chó Phú Quốc

Nghiên cứu đã xác định được mức độ đa dạng di truyền trong quần thể chó Phú Quốc dựa trên trình tự HV1. Các kết quả cho thấy cần có các biện pháp bảo tồn để duy trì đa dạng di truyền và ngăn chặn suy thoái giống.

6.2. Đề Xuất Hướng Nghiên Cứu Tiếp Theo Về Gen Chó Phú Quốc

Cần có các nghiên cứu sâu hơn về hệ gen chó Phú Quốc để hiểu rõ hơn về nguồn gốc và lịch sử tiến hóa của giống chó quý này. Nghiên cứu về các gen liên quan đến đặc điểm chó Phú Quốc cũng rất quan trọng.

6.3. Tầm Quan Trọng Của Bảo Tồn Gen Chó Phú Quốc

Bảo tồn gen chó Phú Quốc là rất quan trọng để duy trì giống chó quý này cho các thế hệ tương lai. Cần có sự chung tay của cộng đồng và các nhà khoa học để bảo vệ nguồn gen chó Phú Quốc.

Nội dung chính

Tổng quan luận án

Chó lưng xoáy Phú Quốc (Canis lupus familiaris) là giống chó đặc hữu của Việt Nam, sinh sống lâu đời trên đảo Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang. Giống chó này sở hữu kiểu hình hiếm gặp với dải lông mọc ngược dọc sống lưng (xoáy lưng), tương tự hai giống chó khác trên thế giới là chó lưng xoáy Rhodesian (Nam Phi) và chó lưng xoáy Thái Lan. Mặc dù hai giống chó ngoại quốc trên đã được Tổ chức giống chó Thế giới (Federation Cynologique Internationale – FCI) công nhận, chó lưng xoáy Phú Quốc vẫn chưa được tổ chức này chuẩn hóa và công nhận chính thức.

Vấn đề cấp thiết đặt ra xuất phát từ thực trạng lai tạo tự phát phục vụ mục đích thương mại theo các tiêu chuẩn thiếu căn cứ khoa học, dẫn tới nguy cơ suy thoái và xói mòn nguồn gen quý. Đồng thời, nguồn gốc tiến hóa của giống chó này tồn tại nhiều giả thuyết mâu thuẫn. Điển hình là giả thuyết của Merle Wood và Merle Hidinger thuộc Câu lạc bộ chó xoáy lưng Thái ở Hoa Kỳ (TRCUS), nhận định chó Phú Quốc bắt nguồn từ chó xoáy Thái Lan do ngư dân Thái Lan mang sang đảo cách đây khoảng 400 năm. Tuy nhiên, giả thuyết này hoàn toàn mang tính suy đoán, thiếu các dẫn liệu sinh học xác thực. Khoảng trống nghiên cứu lớn nhất là sự thiếu hụt các phân tích di truyền học phân tử có hệ thống về cấu trúc quần thể và nguồn gốc phát sinh chủng loại của chó Phú Quốc.

Luận án tiến sĩ nông nghiệp chuyên ngành Công nghệ Sinh học (Mã số: 9420201) của nghiên cứu sinh Thái Kế Quân, thực hiện tại Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam dưới sự hướng dẫn của PGS. Trần Hoàng Dũng và TS. Chung Anh Dũng vào năm 2019, giải quyết các mục tiêu khoa học cụ thể sau:

• Mục tiêu chung: Nhận định nguồn gốc chó lưng xoáy Phú Quốc dựa trên thông tin về đa dạng di truyền trình tự HV1 thuộc vùng kiểm soát (CR) trên hệ gen ty thể của chó.

• Mục tiêu cụ thể:

  1. Xây dựng được bộ cơ sở dữ liệu và định loại haplotype vùng HV1 hệ gen ty thể của chó bằng công cụ Haplotype Identifier đã được thiết kế.
  2. Xác định được sự đa dạng di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc dựa trên trình tự HV1 thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể chó và mối quan hệ di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc với một số giống chó trên thế giới.
  3. Có được những chứng cứ khoa học giúp nhận định về nguồn gốc chó lưng xoáy Phú Quốc.

• Đối tượng nghiên cứu: Đoạn trình tự 582 cặp base (bp) thuộc vùng siêu biến 1 (HV1) của vùng kiểm soát (CR) trên hệ gen ty thể của chó. Tổng số mẫu nghiên cứu thực nghiệm gồm 200 cá thể, chia đều thành 100 cá thể chó lưng xoáy Phú Quốc và 100 cá thể chó nhà (chó cỏ) Việt Nam.

• Phạm vi nghiên cứu: Giới hạn trên đoạn trình tự nucleotide 582 bp vùng CR (tương ứng vị trí từ nucleotide 15458 đến 16039 trên hệ gen ty thể), không phân tích toàn bộ hệ gen ty thể hay các gen trong nhân tế bào. Việc so sánh di truyền với các giống chó quốc tế dựa trên các dữ liệu trình tự đã công bố trên GenBank và các tuyến đường di cư đã được xác lập trong y văn.

---

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Luận án đã hệ thống hóa các nhóm công trình nghiên cứu trong nước và quốc tế liên quan trực tiếp đến đối tượng nghiên cứu:

• Đặc điểm hình thái và tập tính: Nguyễn Hữu Chiếm và cộng sự (2004) khảo sát 617 cá thể chó Phú Quốc, ghi nhận khối lượng trung bình ở con đực là 15,96 kg và con cái là 14,23 kg, nhẹ hơn đáng kể so với chó xoáy Thái Lan (đực 23 kg, cái 20 kg) và chó Rhodesian Nam Phi (đực 38 kg, cái 31 kg). Nghiên cứu cũng chỉ ra tập tính đặc trưng còn giữ nét hoang dã như đào hang để sinh sản và tỷ lệ màu lông đen, vàng chiếm 60%.
• Di truyền tính trạng xoáy lưng: Salmon-Hillbertz và cộng sự xác định tính trạng xoáy lưng do allele trội $R$ trên nhiễm sắc thể số 18 quy định, là đột biến lặp đoạn dài 133.400 bp chứa 4 gen FGF3, FGF4, FGF19, ORAOV1 và một phần gen CCND1. Đột biến này có liên hệ chặt chẽ với bệnh u nang biểu bì (dermoid sinus) – một dạng khuyết tật ống thần kinh.

Kiểu gen	Kiểu hình xoáy lưng	Nguy cơ mắc bệnh u nang biểu bì
$RR$ (Đồng hợp trội)	Có xoáy lưng	Khả năng cao
$Rr$ (Dị hợp)	Có xoáy lưng	Khả năng rất thấp
$rr$ (Đồng hợp lặn)	Không có xoáy lưng	Không mắc bệnh

Quan Quốc Đăng và cộng sự (2016, 2017) ghi nhận mối liên hệ giữa các chiều đo ngoại hình, đồng thời cảnh báo hiện tượng mất cân bằng di truyền do xu thế gia tăng kiểu gen $RR$ trong quần thể nuôi chó Phú Quốc. Trần Hoàng Dũng và cộng sự (2017) lần đầu giải toàn bộ hệ gen ty thể của cá thể chó Phú Quốc mang haplotype hiếm E4, chỉ ra mối quan hệ với giống chó Pungsan ở Triều Tiên.

• Tiến hóa và đa dạng di truyền loài chó: Vila và cộng sự (1997) phân tích đoạn 261 bp HV1 trên 162 chó sói và 140 chó nhà. Savolainen và cộng sự (2002) chuẩn hóa đoạn phân tích 582 bp HV1 trên 654 cá thể, phân chia hệ thống haplotype chó thế giới thành 6 haplogroup (A, B, C, D, E, F). Trong đó, ba nhóm A, B, C phân bố rộng toàn cầu (chiếm 97,40%, riêng nhóm A chiếm 72,34%); các nhóm D, E, F thuộc nhóm hiếm (dưới 3%). Pang và cộng sự (2009) mở rộng trên 1.543 cá thể và 169 hệ gen ty thể, xác định sự kiện thuần hóa cách đây khoảng 16.300 năm. Wang và cộng sự (2016) phân tích toàn hệ gen (46 chó, 12 sói), khẳng định nguồn gốc chó nhà khởi đầu từ Đông Nam Á cách đây khoảng 33.000 năm trước khi di cư qua Trung Đông, châu Phi và châu Âu. Oskarsson và cộng sự (2012) chứng minh chó dingo châu Úc mang haplotype A29 có nguồn gốc từ vùng đất liền Đông Nam Á di cư qua quần đảo Indonesia.

Về mặt dữ liệu, cơ sở dữ liệu GenBank tuy lưu trữ hàng nghìn trình tự vùng kiểm soát của chi Canis nhưng tồn tại nhiều sai lệch trong chú thích đột biến, độ dài giải trình tự không đồng nhất (60 bp, 215 bp, 261 bp, 281 bp, 582 bp, 660 bp) và thiếu thông tin haplotype chuẩn. Luận án định vị vị trí khoa học bằng việc chuẩn hóa một hệ thống dữ liệu thống nhất (CHD), xây dựng công cụ xác định nhanh haplotype và trực tiếp giải trình tự 200 cá thể để phân tích nguồn gốc chó Phú Quốc.

---

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Luận án dựa trên cơ sở sinh học phân tử của hệ gen ty thể (mtDNA). Hệ gen ty thể của chó có dạng vòng, kích thước 15,7 – 19,5 kb, gồm 37 gen (13 gen mã hóa protein, 2 gen rRNA và 22 gen tRNA) và một vùng kiểm soát không mã hóa (CR) dài khoảng 1.727 bp. Vùng CR bao gồm vùng siêu biến 1 (HV1, ~672 bp), vùng siêu biến 2 (HV2, ~350 bp) và đoạn lặp lại song song (VNTR) với đơn vị 10 bp lặp lại khoảng 30 lần. Trình tự đoạn 582 bp thuộc vùng HV1 (từ vị trí 15458 đến 16039) được lựa chọn làm chỉ thị phân tử trung tâm vì có tốc độ đột biến cao gấp 10 – 25 lần DNA nhân, di truyền đơn phương theo dòng mẹ, không xảy ra tái tổ hợp và chứa đoạn "điểm nóng" (hotspot) dài 60 bp phản ánh độ đa hình cao.

Quy trình phương pháp luận thực tế gồm 4 bước chính:

Nội dung	Kỹ thuật và công cụ áp dụng	Đối tượng / Mẫu dữ liệu
Xây dựng CSDL và công cụ	BLAST, hiệu chỉnh đột biến, lập trình thuật toán nhận diện SNP đặc trưng, phần mềm dựng cây phát sinh chủng loại.	45.415 trình tự tương đồng trên GenBank; tập trung 4.530 trình tự Canis lupus familiaris và 1.004 trình tự Canis lupus.
Thu mẫu và tách chiết DNA	Lấy mẫu chân lông không xâm lấn; khảo sát tối ưu nhiệt độ ủ mẫu, thời gian ủ ly giải và hóa chất tủa (NaOAc so với NaCl); đo độ tinh sạch bằng quang phổ kế.	100 mẫu chó lưng xoáy Phú Quốc (tại Phú Quốc và TP. Hồ Chí Minh) và 100 mẫu chó nhà Việt Nam.
Khuếch đại và đọc trình tự	Phản ứng chuỗi trùng hợp (PCR) với các cặp mồi chuyên biệt; giải trình tự nucleotide tự động theo nguyên lý Sanger; xử lý đồ thị huỳnh quang.	Đoạn 582 bp vùng HV1 từ sản phẩm PCR của 200 cá thể.
Phân tích di truyền quần thể	Công cụ Haplotype Identifier, xác định độ đa dạng nucleotide ($\pi$), độ đa dạng haplotype ($h$), mạng lưới liên kết trung vị (Median-joining network), tính chỉ số $F_{ST}$ và phân tích phương sai phân tử (AMOVA).	Dữ liệu trình tự của 200 mẫu thực nghiệm kết hợp dữ liệu các giống chó thế giới từ cơ sở dữ liệu chuẩn hóa.

---

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan tài liệu

Chương này tổng kết toàn diện các công trình nghiên cứu về hình thái, tập tính, nguồn gốc lịch sử và cơ chế di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc. Tác giả phân tích chi tiết bản tiêu chuẩn ngoại hình 001/VN/20.2009 của VKA, so sánh kích thước với các giống chó ngoại, và giải thích cơ chế di truyền của allele trội $R$ trên nhiễm sắc thể số 18 liên quan đến nguy cơ bệnh u nang biểu bì. Chương 1 cũng trình bày cấu trúc chi tiết của hệ gen ty thể loài chó, đặc điểm các vùng HV1, HV2, đoạn VNTR và đoạn "điểm nóng" 60 bp. Tác giả điểm duyệt các mốc khảo cổ học và các hướng nghiên cứu di truyền phân tử trên thế giới sử dụng protein huyết thanh, vi vệ tinh DNA nhân (STR), nhiễm sắc thể Y và DNA ty thể, khẳng định việc sử dụng đoạn 582 bp vùng HV1 là lựa chọn thích hợp nhất để truy nguyên phả hệ dòng mẹ. Cuối cùng, chương phân tích những hạn chế của ngân hàng GenBank về dữ liệu chi Canis, đặt ra yêu cầu xây dựng một cơ sở dữ liệu chuẩn và công cụ phân loại haplotype.

Chương 2: Nội dung và phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả quy trình thực hiện gồm 4 nội dung nghiên cứu logic. Tác giả chi tiết hóa thiết kế mô hình dữ liệu cho cơ sở dữ liệu trình tự vùng HV1 (CHD), nguyên tắc đánh số vị trí nucleotide tuyệt đối (15458 đến 16039), thuật toán nhận diện bộ đột biến đặc trưng để lập trình công cụ "Haplotype Identifier", và phương pháp kiểm chứng bằng cây phát sinh chủng loại. Về mặt thực nghiệm phòng thí nghiệm, chương trình bày chi tiết địa điểm thu 200 mẫu lông, quy trình tách chiết DNA từ nang lông không xâm lấn, khảo sát các điều kiện tối ưu (nhiệt độ ủ, thời gian ủ và dung dịch muối tủa), trình tự các cặp mồi PCR khuếch đại đoạn 582 bp, quy trình đọc đồ thị huỳnh quang và biên tập trình tự giải mã. Phương pháp xử lý số liệu bao gồm các công thức toán sinh học xác định tần số haplotype, độ đa dạng haplotype ($h$), độ đa dạng nucleotide ($\pi$), khoảng cách di truyền giữa các quần thể ($F_{ST}$), và ma trận phân tích phương sai phân tử AMOVA.

Chương 3: Kết quả và thảo luận

Chương 3 trình bày các kết quả thực nghiệm và biện luận khoa học tương ứng với 5 tiểu mục:

• Xây dựng cơ sở dữ liệu và công cụ Haplotype Identifier: Lọc bỏ các trình tự sai lệch trên GenBank, chuẩn hóa bộ đột biến đặc trưng cho các haplogroup A đến F. Thử nghiệm trên 50 trình tự kiểm chứng cho thấy công cụ Haplotype Identifier đưa ra kết quả định loại hoàn toàn trùng khớp với phương pháp phân tích cây phát sinh chủng loại truyền thống nhưng rút ngắn thời gian xử lý.
• Tối ưu quy trình tách chiết DNA và giải trình tự: Khảo sát các thông số thực nghiệm cho thấy quy trình tách chiết DNA từ chân lông đạt hiệu quả cao nhất ở điều kiện ủ mẫu tại nhiệt độ thích hợp với thời gian phân giải hoàn toàn nang lông, và việc tủa DNA bằng muối NaOAc đem lại độ tinh sạch vượt trội so với NaCl. Toàn bộ 200 mẫu đều được khuếch đại PCR và đọc trình tự Sanger thành công đoạn 582 bp.
• Đa dạng di truyền của chó Phú Quốc: Xác định các vị trí đa hình đơn nucleotide (SNP) và các kiểu haplotype ở hai quần thể khảo sát (Bảng 3.9 và Bảng 3.10). Phân tích thống kê cho thấy quần thể chó Phú Quốc có mức độ đa dạng nucleotide và đa dạng haplotype cao, vượt trội hơn so với một số giống chó bản địa bị cách ly lâu đời như giống Castro Laboreiro của Bồ Đào Nha ($h = 0,1 \pm 0,052$).
• Mối quan hệ di truyền: Phân tích AMOVA và khoảng cách di truyền $F_{ST}$ khẳng định quần thể chó lưng xoáy Phú Quốc có mối quan hệ di truyền rất gần gũi với quần thể chó nhà (chó cỏ) tại khu vực đất liền Kiên Giang và Việt Nam nói chung. Sự phân bố của các haplotype chia sẻ cho thấy có sự giao lưu di truyền mật thiết giữa đảo Phú Quốc và đất liền.
• Nhận định về nguồn gốc: Bằng chứng sinh học phân tử bác bỏ giả thuyết của Merle Wood và Merle Hidinger (TRCUS) cho rằng chó Phú Quốc bắt nguồn từ chó xoáy Thái Lan cách đây 400 năm. Khoảng cách di truyền giữa chó Phú Quốc và chó Thái Lan lớn hơn đáng kể so với khoảng cách giữa chó Phú Quốc và chó nhà Việt Nam. Kết quả khẳng định chó Phú Quốc có nguồn gốc bản địa, gắn liền với quần thể chó nhà tại miền Nam Việt Nam.

---

Kết quả và những đóng góp mới

Luận án mang lại các đóng góp cụ thể về mặt khoa học lý luận và giá trị thực tiễn:

• Đóng góp mới về mặt phương pháp và dữ liệu:

  1. Lần đầu tiên xây dựng thành công cơ sở dữ liệu chuyên biệt về đoạn 582 bp vùng HV1 thuộc vùng kiểm soát hệ gen ty thể cho các loài thuộc chi Canis, loại bỏ các sai sót chú thích trên GenBank.
  2. Thiết kế và thử nghiệm thành công công cụ phần mềm "Haplotype Identifier", cho phép phân loại nhanh và chính xác các haplotype của loài chó mà không cần thực hiện các bước dựng cây phát sinh chủng loại phức tạp.
  3. Chuẩn hóa quy trình tách chiết DNA tổng số chất lượng cao từ gốc chân lông chó, tạo giải pháp thu mẫu sinh học thuận tiện, không xâm lấn, không gây đau đớn và dễ bảo quản ở thực địa.

• Đóng góp mới về mặt phát hiện khoa học:

  1. Cung cấp bộ dữ liệu thực nghiệm hoàn chỉnh về các vị trí đa hình SNP, mức độ đa dạng nucleotide và phân bố haplotype trên 100 cá thể chó lưng xoáy Phú Quốc và 100 cá thể chó nhà Việt Nam.
  2. Cung cấp bằng chứng sinh học phân tử thuyết phục chứng minh chó Phú Quốc có quan hệ di truyền gần gũi nhất với chó nhà Việt Nam (đặc biệt là chó khu vực Kiên Giang), bác bỏ quan điểm cho rằng giống chó này bắt nguồn từ chó lưng xoáy Thái Lan.

• Kiến nghị và giải pháp đề xuất:

  • Cần sử dụng các chỉ thị di truyền phân tử để kiểm tra kiểu gen của các cá thể trước khi phối giống nhằm tránh ghép đôi các cá thể cùng mang kiểu gen đồng hợp trội $RR$, giúp hạn chế tối đa nguy cơ sinh ra chó con mắc bệnh dị tật u nang biểu bì (dermoid sinus).
  • Ứng dụng công cụ Haplotype Identifier và chỉ thị vùng HV1 vào công tác định danh, quản lý phả hệ dòng mẹ và xây dựng cơ sở khoa học phục vụ hồ sơ đăng ký công nhận giống chó Phú Quốc với FCI.

---

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

• Hạn chế của luận án:

  • Nghiên cứu chỉ tập trung phân tích đoạn trình tự 582 bp thuộc vùng HV1 trên hệ gen ty thể. Do đặc tính của DNA ty thể chỉ phản ánh lịch sử tiến hóa theo dòng mẹ, các biến động di truyền và tái tổ hợp theo dòng bố chưa được khảo sát.
  • Luận án chưa phân tích các chỉ thị phân tử trên hệ gen trong nhân tế bào (như các vi vệ tinh STR hay SNP nhân) trên toàn bộ 200 mẫu khảo sát.
  • Số lượng trình tự đối chứng quốc tế phụ thuộc vào tính sẵn có của các ấn phẩm và dữ liệu trên GenBank, chưa bao quát được toàn bộ các giống chó bản địa ở khu vực Đông Nam Á lân cận.

• Hướng nghiên cứu tiếp theo:

  • Mở rộng phân tích toàn bộ hệ gen ty thể (khoảng 16,7 kb) trên các nhóm haplotype đại diện của chó Phú Quốc.
  • Phân tích phối hợp các chỉ thị phân tử trên nhiễm sắc thể giới tính Y (để truy nguyên phả hệ dòng bố) và hệ gen trong nhân nhằm làm sáng tỏ toàn diện cấu trúc di truyền và lịch sử tiến hóa của giống chó này.

---

Giá trị tham khảo

Luận án là tài liệu tham khảo hữu ích cho nhiều đối tượng trong nghiên cứu và ứng dụng thực tiễn:

• Nghiên cứu sinh và học viên chuyên ngành Di truyền học, Công nghệ Sinh học: Tham khảo quy trình tách chiết DNA từ mẫu lông không xâm lấn; phương pháp luận xử lý và làm sạch dữ liệu trình tự lớn từ GenBank; thuật toán phân loại haplotype dựa trên đột biến chuẩn.
• Giảng viên và nhà nghiên cứu động vật học: Sử dụng các dẫn liệu về hệ gen ty thể chi Canis, lịch sử thuần hóa và di cư của loài chó làm tài liệu giảng dạy chuyên đề tiến hóa phân tử và đa dạng sinh học.
• Hiệp hội Những người Nuôi chó giống Việt Nam (VKA) và các nhà bảo tồn: Khai thác các dữ liệu về đa dạng haplotype và mối tương quan giữa kiểu gen $RR$ với bệnh u nang biểu bì để thiết lập quy chuẩn chọn giống khoa học, loại bỏ nguy cơ cận huyết và hoàn thiện hồ sơ quốc tế xin công nhận giống tại FCI.

---

Câu hỏi thường gặp

1. Tính trạng xoáy lưng ở chó Phú Quốc do cơ chế di truyền nào chi phối và liên quan gì đến bệnh lý?

Tính trạng xoáy lưng được quy định bởi allele trội $R$ nằm trên nhiễm sắc thể số 18, hình thành do đột biến lặp đoạn 133.400 bp chứa 4 gen FGF3, FGF4, FGF19, ORAOV1 và một phần gen CCND1. Cả cá thể mang kiểu gen đồng hợp trội $RR$ và dị hợp $Rr$ đều có xoáy lưng. Tuy nhiên, kiểu gen đồng hợp trội $RR$ có mối tương quan rất cao với bệnh u nang biểu bì (dermoid sinus), một dị tật ống thần kinh gây hình thành ống rò nguy hiểm từ bề mặt da xuống tủy sống.

2. Vì sao tác giả lựa chọn đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 trên DNA ty thể làm chỉ thị nghiên cứu?

Hệ gen ty thể có tốc độ đột biến cao gấp 10 – 25 lần so với DNA nhân, tồn tại với số lượng bản sao lớn trong tế bào, không xảy ra tái tổ hợp và di truyền theo dòng mẹ. Đoạn 582 bp (từ vị trí 15458 đến 16039) thuộc vùng HV1 chứa đoạn "điểm nóng" 60 bp phản ánh phần lớn các vị trí đa hình, đã được chuẩn hóa quốc tế qua nghiên cứu của Savolainen và cộng sự (2002), cho phép đối chiếu tin cậy với hệ thống 6 haplogroup (A đến F) trên thế giới.

3. Công cụ "Haplotype Identifier" được thiết kế nhằm giải quyết vấn đề gì?

Dữ liệu vùng HV1 của chó trên GenBank thường phân tán, sử dụng nhiều hệ thống phân loại khác nhau, thiếu thống nhất và có sai sót trong việc chú thích đột biến. Công cụ Haplotype Identifier được xây dựng dựa trên bộ cơ sở dữ liệu đã chuẩn hóa, tự động so sánh các vị trí SNP đặc trưng của trình tự mục tiêu để gán mã haplotype chính xác và nhanh chóng mà không cần dựng cây phát sinh chủng loại.

4. Luận án kết luận như thế nào về nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc so với chó xoáy Thái Lan?

Bằng chứng phân tích phương sai phân tử (AMOVA) và khoảng cách di truyền cho thấy chó Phú Quốc có mối quan hệ di truyền rất gần gũi với chó nhà Việt Nam tại Kiên Giang và đất liền, đồng thời tách biệt rõ rệt với chó xoáy Thái Lan. Kết quả này bác bỏ giả thuyết của Merle Wood và Merle Hidinger cho rằng ngư dân Thái Lan đã đưa chó sang đảo Phú Quốc 400 năm trước, khẳng định tính chất bản địa của giống chó Phú Quốc.

5. Quy trình tách chiết DNA từ nang lông của luận án có ưu điểm gì thực tế?

Phương pháp thu mẫu chân lông mang tính không xâm lấn, không gây đau đớn hay tổn thương cho vật nuôi như lấy mẫu máu, thuận tiện cho việc thu thập số lượng lớn tại các trang trại và hộ gia đình. Quy trình tối ưu hóa nhiệt độ và thời gian ủ ly giải kết hợp phương pháp tủa bằng muối NaOAc đảm bảo thu được DNA tổng số có nồng độ và độ tinh sạch cao, đáp ứng tốt cho các phản ứng PCR khuếch đại vùng HV1.

---

Kết luận

Luận án của tác giả Thái Kế Quân đã giải quyết toàn diện bài toán xác định đa dạng di truyền và nguồn gốc tiến hóa của giống chó lưng xoáy Phú Quốc thông qua chỉ thị 582 bp vùng HV1 hệ gen ty thể. Công trình xây dựng thành công công cụ Haplotype Identifier hỗ trợ định loại nhanh haplotype và cung cấp quy trình tách chiết DNA nang lông không xâm lấn có độ ổn định cao. Bằng chứng sinh học phân tử trên 200 cá thể đã khẳng định tính bản địa của giống chó Phú Quốc, chứng minh mối liên hệ di truyền mật thiết với quần thể chó nhà Việt Nam và bác bỏ giả thuyết nguồn gốc du nhập từ Thái Lan. Đây là cơ sở khoa học quan trọng phục vụ công tác chọn giống, bảo tồn nguồn gen quý và xây dựng hồ sơ công nhận quốc tế cho giống chó đặc hữu này.

Trích đoạn nội dung tài liệu

MỞ ĐẦU 1. Giới thiệu Chó lưng xoáy Phú Quốc là giống chó đặc hữu của Việt Nam, xuất hiện từ rất lâu trên đảo Phú Quốc, thuộc tỉnh Kiên Giang - Việt Nam. Cùng với chó lưng xoáy Nam Phi và chó lưng xoáy Thái Lan, chó lưng xoáy Phú Quốc có kiểu hình đặc biệt hiếm có trên thế giới là có dải lông mọc ngược dọc theo sống lưng, được gọi là xoáy lưng. Chó lưng xoáy Phú Quốc trung thành, có khả năng săn mồi tốt, thông minh, nhanh nhẹn nên rất được ưa chuộng tại Việt Nam.

Tuy nhiên, sự lai tạo vì mục đích thương mại nhằm tạo ra những con chó lưng xoáy Phú Quốc theo những tiêu chuẩn không có cơ sở khoa học đã ít nhiều làm mất đi nguồn gen của chó lưng xoáy Phú Quốc. Nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc cũng chưa được nghiên cứu rõ ràng. Đã có nhiều giả thuyết trái chiều về nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc. Theo hai nhà khoa học Mỹ Merle Wood và Merle Hidinger thuộc Câu lạc bộ chó xoáy lưng Thái ở Hoa Kỳ (Thai Ridgeback Club of the United States – TRCUS) cho rằng xoáy lưng từng chỉ có ở giống chó lưng xoáy miền Đông Thái Lan và giống chó lưng xoáy Châu Phi.

Do đó, những cái xoáy lưng trên giống chó lưng xoáy Phú Quốc hiện nay chắc chắn bắt nguồn từ giống chó Thái Lan. Theo họ, cách đây ít nhất 400 năm, những ngư dân Thái Lan đã vô tình trở thành các nhà tạo giống khi họ tới đánh bắt hoặc buôn bán ở vùng biển Phú Quốc. Tuy nhiên, những ý kiến chủ quan này được đưa ra không dựa trên một căn cứ khoa học nào. Với tốc độ đột biến cao gấp 10 – 25 lần so với DNA hệ gen trong nhân, nhiều biến dị DNA ty thể không chỉ xuất hiện giữa các giống, loài mà ngay cả giữa các cá thể trong cùng một loài bởi cơ chế sửa sai không hiệu quả trong quá trình tái bản DNA.

Điều đó đã tạo sự khác biệt về mặt di truyền giữa các cá thể. Sau khi toàn bộ trình tự hệ gen ty thể chó được công bố vào năm 1998, nhiều công trình nghiên cứu đã được tiến hành trên vùng kiểm soát (Control Region – CR) nhằm xác định đa 2 dạng di truyền và mối quan hệ chủng loài của các quần thể chó trên thế giới. Dựa vào thông tin từ vùng kiểm soát này, nguồn gốc và vị trí thuần hóa của chó nhà từ chó sói xám đã được khẳng định qua nhiều nghiên cứu khác nhau. Đến nay, hàng nghìn trình tự vùng CR được đăng ký trên ngân hàng dữ liệu GenBank góp phần giúp hiểu rõ hơn về quá trình thuần hóa cũng như mối quan hệ di truyền giữa các giống chó nói riêng và với các nhóm động vật khác nói chung.

Dữ liệu lưu trữ trong GenBank được cung cấp bởi các nhà khoa học khác nhau trên thế giới, không có một quy chuẩn chung, nên không có sự nhất quán cao, cũng như có nhiều sai sót trong việc xác định các đột biến. Vì vậy, việc hiệu chỉnh, thống nhất các dữ liệu nhằm tạo ra bộ dữ liệu chuẩn về trình tự vùng CR ở chó là bước cần thiết làm cơ sở để tạo ra công cụ xác định nhanh haplotype, phục vụ cho việc đánh giá sự đa dạng di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc. Trên cơ sở những nghiên cứu trước đây, nhu cầu tìm hiểu nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc cùng với những kiến thức, kỹ thuật đã được trang bị, đề tài đã được tiến hành với những nghiên cứu sơ khởi trên 16 mẫu chó lưng xoáy Phú Quốc và 9 mẫu chó nhà (chó cỏ) Việt Nam làm đối chứng. Kết quả ban đầu cho thấy có sự đa dạng di truyền cao trong vùng CR của nhóm chó lưng xoáy Phú Quốc khảo sát và đã có những manh mối ban đầu để suy đoán nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc.

Mục tiêu của đề tài 2. Mục tiêu chung Nhận định nguồn gốc chó lưng xoáy Phú Quốc dựa trên thông tin về đa dạng di truyền trình tự HV1 thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể của chó. Mục tiêu cụ thể 1. Xây dựng được bộ cơ sở dữ liệu và định loại haplotype vùng HV1 hệ gen ty thể của chó bằng công cụ Haplotype Identifier đã được thiết kế.

Xác định được sự đa dạng di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc dựa trên trình tự HV1 thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể chó và mối quan hệ di truyền của chó lưng xoáy Phú Quốc với một số giống chó trên thế giới. Có được những chứng cứ khoa học giúp nhận định về nguồn gốc chó lưng xoáy Phú Quốc. Những đóng góp mới của đề tài - Lần đầu tiên trên thế giới xây dựng được công cụ định loại haplotype trình tự HV1 thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể của các giống chó trên thế giới. - Đánh giá được sự đa dạng di truyền vùng CR thuộc DNA ty thể của chó lưng xoáy Phú Quốc.

- Nhận định được nguồn gốc chó lưng xoáy Phú Quốc dựa vào các thông tin sinh học phân tử. Ý nghĩa khoa học và ý nghĩa thực tiễn của đề tài 4. Ý nghĩa khoa học Đề tài đã khảo sát và xác định được sự đa dạng di truyền vùng trình tự HV1 thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể của chó lưng xoáy Phú Quốc, cung cấp các dữ liệu và căn cứ giúp suy đoán được nguồn gốc hình thành của chó lưng xoáy Phú Quốc. Đề tài cũng cung cấp được quy trình tách chiết DNA từ lông chó, có thể được ứng dụng trong các nghiên cứu khác về di truyền ở loài chó.

Công cụ xác định nhanh haplotype trình tự HV1 thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể chó có thể được sử dụng trong cộng đồng nghiên cứu về vùng trình tự này từ khắp nơi trên thế giới. Ý nghĩa thực tiễn Nghiên cứu này đã cung cấp được những dữ liệu, căn cứ đầu tiên giúp suy đoán nguồn gốc của chó lưng xoáy Phú Quốc. Đề tài cung cấp thông tin về đa dạng di truyền và nguồn gốc hình thành chó lưng xoáy Phú Quốc, làm tiền đề cho công tác bảo tồn gen của giống chó lưng xoáy Phú Quốc quý của Việt Nam. Đối tƣợng và phạm vi nghiên cứu 5.

Đối tượng nghiên cứu Đề tài thực hiện nghiên cứu trên vùng 582 cặp base thuộc vùng CR DNA ty thể của chó. Tổng cộng 200 con chó bao gồm 100 con chó lưng xoáy Phú Quốc và 100 con chó nhà (chó cỏ) Việt Nam được khảo sát trong phạm vi đề tài. Phạm vi nghiên cứu Đề tài tập trung nghiên cứu vùng trình tự 582 cặp base thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể chó trên 100 con chó lưng xoáy Phú Quốc và 100 con chó nhà Việt Nam. Nghiên cứu không bao gồm thông tin trên toàn bộ hệ gen ty thể của chó hay các gen trên hệ gen trong nhân của chó.

Các giống chó trên thế giới được sử dụng trong việc xác định mối quan hệ di truyền với chó lưng xoáy Phú Quốc được chọn dựa trên thông tin về hành trình di cư của chó đã được công bố, và dựa trên sự sẵn có của thông tin, không bao gồm tất cả các giống chó hiện hữu trên toàn thế giới. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1. Tổng quan về chó lƣng xoáy Phú Quốc 1. Giới thiệu về chó lưng xoáy Phú Quốc Chó lưng xoáy sống tại đảo Phú Quốc thuộc vùng biển tỉnh Kiên Giang là một giống chó đặc trưng với nhiều đặc tính quý của Việt Nam.

Mặc dù được người dân thuần hoá và nuôi dưỡng từ lâu nhưng cho đến nay chúng vẫn còn giữ nét hoang dã của chó săn và nhiều đặc điểm khác biệt so với những giống chó khác. Tinh khôn, lanh lợi, trung thành, sở hữu một hình thể đẹp cùng với dải lông mọc ngược chạy dọc trên sống lưng (xoáy lưng) đã giúp thương hiệu “chó lưng xoáy Phú Quốc” (Hình 1.1) ngày càng được nhiều người biết đến và yêu thích. Trên thế giới hiện có ba giống chó có xoáy lưng, trong đó, chó lưng xoáy Rhodesian (Rhodesian Ridgeback) ở Nam Phi và chó lưng xoáy Thái Lan (Thai Ridgeback) đã được Tổ chức giống chó Thế giới (Federation Cynologique Internationale – FCI) công nhận trong danh sách các giống chó giống, riêng chó lưng xoáy Phú Quốc của Việt Nam vẫn chưa được chấp thuận. Nhiều bằng chứng lịch sử đã được các nhà khoa học công bố nhằm chứng minh nguồn gốc đặc chủng của chó lưng xoáy Phú Quốc nhưng tính thuyết phục của các dẫn liệu này chưa cao, vẫn còn tồn tại nhiều quan điểm trái chiều xoay quanh nhận định chó lưng xoáy Phú Quốc bắt nguồn từ chó lưng xoáy Thái Lan.

Cho đến nay, nguồn gốc tiến hóa và mối quan hệ di truyền của giống chó này vẫn chưa được nghiên cứu một cách tường tận. Như vậy, về mặt phân loại, chó lưng xoáy Phú Quốc được xếp vào phân loài Chó nhà nói chung. Phân loại chó lưng xoáy Phú Quốc Giới: Động vật (Animalia). Phân giới: Động vật đa bào (Metazoa).

Ngành: Có dây sống (Chordata). Phân ngành: Động vật có xương sống (Vertebrata). 6 Phân họ: Chó (Caniae). Phân loài: Chó nhà (Canis lupus familiaris Linnaeus, 1758).1: Chó lưng xoáy Phú Quốc (Ảnh do nhóm nghiên cứu của tác giả chụp tại Trung tâm bảo tồn chó xoáy Phú Quốc – Trang trại Thanh Nga, huyện Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang) 1.

Đặc điểm hình thái và tập tính của chó lưng xoáy Phú Quốc Bản tiêu chuẩn số 001/VN/20.2009 do Hiệp hội Những người Nuôi chó giống Việt Nam (Vietnam Kennel Association – VKA) công bố năm 2009 đã mô tả chi tiết các đặc điểm hình thái của chó lưng xoáy Phú Quốc với hình dáng tổng thể của một loài chó săn đuổi mồi. Chúng có cơ thể gọn gàng, săn chắc, cơ bắp nở nang, đặc biệt là những bắp cơ ở vùng đùi trước và đùi sau. Chó đực cao khoảng 50 – 55 cm, nặng khoảng 15 – 20 kg còn chó cái cao khoảng 48 – 52 cm, nặng khoảng 12 – 18 kg [5]. Các tiêu chuẩn này được đặt ra có lẽ là dựa trên những quan sát, tổng hợp và truyền miệng từ những người nuôi chó mà không dựa trên một chứng 7 cứ hoặc nghiên cứu khoa học nào.

Trong báo cáo nghiên cứu tại Đại học Cần Thơ "Điều tra nghiên cứu bảo tồn gen động vật: chó lưng xoáy Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang", Nguyễn Hữu Chiếm và cộng sự (2004) đã tiến hành khảo sát 617 con chó lưng xoáy Phú Quốc đủ mọi lứa tuổi để thu thập các dữ liệu về ngoại hình, số đo, về phương thức chăn nuôi, quản lý, huấn luyện, các bệnh và sự thất thoát do buôn bán, ăn thịt chó, dịch bệnh.