MỞ ĐẦU Các nhóm vị sinh vật quan trọng trong thực phẩm bao gồm một số loài và một số typ vi khuẩn, nấm men, nấm mốc và virut. Không được đề cập đến ở đây như song tảo, nguyên sinh động vật và giun (như giun tròn) cũng có tầm quan trọng trong thực phẩm. Một số nguyên sinh động vật và giun có liên quan đến những rủi ro cho sức khỏe, còn một số tảo thì liên quan đến sự rủi ro sức khỏe qua các sản phẩm chế biến sinh học (như nguồn vitamin hay protein đơn bào). Vị khuẩn, nấm men, nấm mốc và virut có tầm quan trọng trong thực phẩm do chúng có khả năng gây ra các bệnh phát sinh từ thực phẩm và làm hư hỏng thực phẩm, đồng thời cũng được dùng để sản xuất thực phẩm hoặc các 'hợp phần của thực phẩm.
Nhiều loài vi khuẩn, một số nấm mốc và virut, nhưng trừ nấm men, có khả năng gây ra các bệnh phát sinh từ thực phẩm. Do khả năng sinh trưởng được trong thực phẩm (virut không phát triển được trong thực phẩm), đa số vi khuẩn, nấm mốc và nấm men có tiểm năng gây hư hỏng thực phẩm. Một số loài vi khuẩn, nấm mốc và nấm men thường được coi là an toàn hoặc coi là chính thực phẩm, hoặc cả hai, sẽ được sử dụng để sản xuất các loại thực phẩm lên men hay các hợp phần của thực phẩm. Trong số bốn nhóm trên, vi khuẩn là nhóm lớn nhất.
Nhờ có mặt ở khắp nơi và có tốc độ sinh trưởng nhanh, ngay dưới các điều kiện nấm men và nấm mốc không sinh trưởng được, nên chúng được cơi là nhân tố quan trọng nhất trong việc làm hư hỏng thực phẩm và trong các bệnh phát sinh từ thực phẩm. 20 Prion và các tiểu thể nhiễm trùng mang bản chất protein gần đây được xác định là tác nhân gây ra các bệnh viêm não dạng xốp ở người và động vật. Tuy nhiên, khả năng gây ra các bệnh phát sinh từ thực phẩm của chúng còn chưa được biết rõ. SU PHAN LOAI VI SINH VAT - Các sinh vật có cấu trúc tế bào trên cơ sở những mối quan hệ chủng loại phát sinh và tiến hoá lúc đầu được xếp thành năm giới, ở đó vi khuẩn thuộc nhóm sinh vật nhân sơ (tiển nhân) còn nấm mốc, nấm men (có nhân that) được xếp vào nhóm nấm.
Vào những năm 1970, domain nhân sơ được đổi thành Eubacteria (vi khuẩn thật — có murein trên thành tế bào) và Archaebacteria (vi khuẩn cổ ~ không có murein trên thành tế bào). Vào những năm 1990, các domain này được chuyển thành Bacteria và Archaea. Archaea bao gồm những vi sinh vật cực đoan nhất và không quan trọng đối với vi sinh học thực phẩm. Virut không dược coi là tế bào sống và không nằm trong hệ thống phân loại này.
Để phân loại nấm men, nấm mốc và vi khuẩn, một số thang bậc sau giới đã được sử dụng, gồm ngành, lớp, họ, chi và loài. Nhóm hệ thống học cơ sở là loài. Một số loài có các đặc tính giống nhau tạo thành chi. Ở các sinh vật nhân chuẩn, các loài của cùng một chi có thể lai với nhau.
Điều này không đúng với sinh vật nhân sơ, mặc dù sự chuyển nguyên liệu đi truyền bằng tiếp hợp cũng tổn tại ở nhiều loài vi khuẩn. Một số chỉ tạo nên họ và quy trình tương tự sẽ được tiếp tục trong các thứ bậc khác. Trong vi sinh học thực phẩm, các thứ bậc loài, chi va ho kể trên ít khi được sử dụng. Ö vi khuẩn, một loài được coi là tập hợp các chủng mang các đặc tính chung.
Một chủng là con cháu của một khuẩn lạc duy nhất (tế bào đơn). Trong số các chủng của cùng một loài, một chủng được coi là chủng chuẩn phải được sử dụng như là một chủng tham chiếu để so sánh với các đặc tính của một chủng chưa biết. Tuy nhiên, khi nắm được trình tự genom hoàn chỉnh, hệ thống này sẽ còn thay đổi trong tương lai. Một số phương pháp đã được sử dụng để xác định mối quan hệ họ hàng giữa vi khuẩn, nấm men và nấm mốc.
Ở nấm men, nấm mốc, hình thái, sinh sản, bản chất hoá sinh của các đại phân tử và mô hình trao đổi chất được sử dụng cùng với các tiêu chí khác. Đối với hình thái học vi khuẩn, đặc điểm nhuộm Gram, thành phần protein, trình tự amino axit của một số protein đặc thờ, thành phần bazơ (mol% G + €), phép lai axit nucleic (ADN va ARN), trinh tu bazd nucleic cing nhu sự phân loại số 21 với sự trợ giúp của máy tính đã được sử dụng. Thành phần protein, trình tự amino axit, thành phần bazơ, phép lai ADN và ARN và trình tự bazơ nucleotit có liên quan trực tiếp hoặc gián tiếp tới bản chất di truyền của sinh vật và đo vậy cung cấp một cơ hội tốt hơn trong việc so sánh hai cơ thể ở mức độ di truyền. Ở tỷ lệ mol% G + C, nếu hai chủng khác nhau tới 10% hoặc hơn thì chúng hầu như không có quan hệ gì với nhau.
Tương tự, trong thí nghiệm lai, hai chủng được coi là một nếu ADN của chúng có sự tương đồng tới 90% hoặc hơn. Với trình tự bazơ nucleotit thi trinh tu trong ARN riboxom 16S cua các chủng sẽ được so sánh. Một trình tự khoảng 1.500 nucleotit nằm trên một đoạn ARN riboxom 168 là đoạn được bảo toàn nhất, do vậy các chủng họ hàng phải có sự tương đồng cao. Trong phân loại số, nhiều đặc tính được so sánh như đặc tính hình thái, đặc tính sinh lý và đặc tính hoá sinh.
Mỗi đặc tính đều có giá trị tương đương. Hai chủng thuộc cùng một loài cần có mức độ tương đồng 90% hoặc hơn. Những mối quan hệ trong virut, nếu có, còn chưa được biết rõ. Hệ thống phân loại của chúng khá tuỳ tiện và đựa trên các kiểu bệnh mà chúng gây ra (ví dụ virut hepatitis gây ra bệnh viêm gan), hàm lượng axit nucleie (ADN và ARN, mạch đơn hoặc mạch kép) và các cấu.
trúc hình thái. Trong thực phẩm, hai nhóm virut có tầm quan trọng là các virut vị khuẩn (bacteriophagơ) của các vi khuẩn dùng làm giống khởi động và một số vi khuẩn gây bệnh phát sinh từ thực phẩm cũng như các virut gây bệnh cho người có liên quan tới các bệnh phát sinh từ thực phẩm. DANH PHÁP HỌC Nhóm hệ thống học cơ sở ở vi khuẩn, nấm men và nấm mốc là loài, Và mỗi loài được đặt cho một tên. Tên gồm hai phần: phần đầu là tên chi, còn phần thứ hai là tính ngữ chỉ loài.
Cả hai đều được Latin hoá; khi viết chúng được in nghiêng (hoặc gạch dưới), ký tự đầu tiên của tên chi được viết hoa (vi du, Saccharomyces cerevisiae, Penicillium roquefor tii va Lactobacillus acidophilus). Một loài vi khuẩn có thể được chia thành nhiều đưới loài (subap. ) nếu các thành viên chỉ ra những sự khác biệt nhỏ nhưng nhất quán về tính chất. Trong những trường hợp như vậy, một tính ngữ thứ 3 (dưới loài) sẽ được sử dụng (ví du Lactococcus lactis ssp.
lactis hoac Lactococcus lactis ssp. Trong một số trường hợp, các thứ bậc nằm dưới đưới loài còn được sử dụng để phân biệt các chủng, được thừa 22 nhận bởi các đặc tính đặc thù (ví dụ serovar = phản ứng kháng nguyên; biovar = sản sinh một chất trao đổi đặc thù và phagovar = man cảm với một phage đặc thù). Những thứ bậc này không có tầm quan trọng về phân loại nhưng lại có ý nghĩa thực tiễn (ví dụ Lactococcus lactis ssp. lactis biovar diacetilactis 1A mét chang Lactococcus lactis ssp.
lactic sinh diaxetyl, một hợp chất gây hương quan trọng trong một số sản phẩm sữa lên men). Mỗi chủng trong một loài có thể được nhận dạng bằng một con số chủng, hoặc một ký tự, hoặc kết hợp cả hai (ví dụ Pediococcus acidilactici LB923). Ö cấp độ họ, tên vi khuẩn được viết dưới dạng số nhiều, giống cái, rồi thêm tiếp vĩ ngữ acede (ví dụ Enterobacteriaceqe). Toàn bộ các loài và chủng trong một chỉ có thể được viết kết hợp bằng cach sti dung “spp.” sau tén chi (vi du Lactobacillus spp.) hodc viét dudi dạng danh từ số nhiều cua chi (vi du lactobacilli d6i vdi Lactobacillus; lactococci @6i véi Lactococcus: leuconostocs déi véi Leuconostoc, hoac salmonellae déi v6i Salmonella), nhung khong in nghiéng.
Tên khoa học của vi khuẩn được gọi theo quy định của Mã danh pháp quốc tế vi khuẩn (International Code of Nomenclature of Bacteria). Uỷ ban quốc tế về phân loại học vi khuẩn thuộc Liên đoàn vi sinh vật học quốc tế (International Commitee on Systematic Bacteriology of International Union of Microbiological Association) sé kiểm tra tính hiệu lực của từng tên và sau đó công bố danh sách các tên vi khuẩn đã được phê duyệt ở từng thời kỳ. Một tên mới (oài và chi) phải được công bố trong International Journal oƒ Systematie Bacteriology trước khi nó được đánh giá để đưa vào danh sách phê duyệt. Mọi thay đổi về tên (chi hoặc loài) đều phải được phê đuyệt bởi Uy ban nay.
Khi viết tên của cing mét loai trén mét lần trong một bài báo, thông thường chỉ sử dụng cả tên chi và tính ngữ loài ở lần đầu, còn sau đó thì viết tắt tên chỉ. Trong Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, chỉ có ký tự ddu tién duoc st dung (vi du: lan dau viét Listeria monocytogenes con sau dé viét L. Trong hau hét các bài báo công bố ở Mỹ, người ta cũng áp dụng cách viết như vậy. Tuy nhiên, nó sẽ gây ra sự lẫn lộn khi một bài báo chứa nhiều loài c6 cting ky tu dau tién trong tén chi (Lactobacillus lactis, Leuconostoc lactis va Lactococcus lactis déu viét dudi dang L.
Vì vậy, trong một số tạp chí Châu Âu, người ta sử dụng nhiều hơn một ký tự nhưng không theo một hệ thống nhất định nào (ví dụ Lact. Trong giáo trình này, để 23 giảm bớt sự lẫn lộn đối với bạn đọc (mà nhiều trong số các bạn không được làm quen với sự thay đổi nhanh chóng về danh pháp học vi khuẩn), chúng toi sti dung hé théng 3 ky tu (vi du Lis. typhimurium déi véi Salmonella; Shi. dysenterie doi véi Shigella: Sta.
aureus đối với Staphylococcus). Trong một vài trường hợp hiếm hoi cần phải thay đổi một chút (vi du Lactococcus lactis vA Lactobacillus lactis dude viét duéi dang Lac. lactis va Lab. lactis, dé tương ứng với hai chỉ trên).
Mới đây, hệ thống danh pháp đối với Sơlzmonelia lại đã được thay đổi. Virut, như đã nói ở trên không được gọi tên theo cách dùng cho vi khuẩn.