Khóa luận tốt nghiệp: Phân tích đặc điểm di truyền gen stn của Salmonella Enterica trong môi trường nhà yến

• Tác giả: Chau Ngoc Huynh Nhu
• Người hướng dẫn: PTS. Dinh Xuan Phat
• Trường học: Nong Lam University - Ho Chi Minh City
• Chuyên ngành: Biotechnology
• Đề tài: Sequencing and analyzing genetic characteristics of the stn gene of Salmonella enterica subsp. enterica isolated from swiftlet house environments
• Loại tài liệu: Graduation thesis
• Năm xuất bản: 2019-2023
• Địa điểm: Thu Duc City

• ACKNOWLEDGEMENTS
• CONFIRMATION COMMITMENT
• ABSTRACT
• TÓM TẮT
• 1. CHƯƠNG 1: BACK GROUND
• 1.1. Introduction to Salmonella and Salmonella enterica subsp.
• 1.2. Taxonomy of Salmonella enterica subsp.
• 1.3. Basic biological characteristics of Salmonella
• 1.4. Basic genomic characteristics of Salmonella
• 1.5. Salmonella enterotoxin (stn)
• 2. CHƯƠNG 2: MATERIALS AND METHODS
• 2.1. Time and location of the research
• 2.2. Positive controls, negative controls, and field samples
• 2.3. Equipment and instrument
• 2.4. DNA extraction using WizPrepTM Viral DNA/RNA Mini Kit
• 2.5. Designing primers used for amplifying full-length gene
• 2.6. Detection of the presence of Salmonella enterica subsp. enterica in the swiftlet house
• 2.7. Amplifying and sequencing
• 3. CHƯƠNG 3: RESULTS AND DISCUSSION
• 3.1. Designing primers used for amplifying full-length stn gene
• 3.2. Detection of the presence of Salmonella enterica subsp. enterica in swiftlet house
• 3.3. Amplifying and sequencing full-length gene
• 3.4. Phylogenetic analysis
• 4. CHƯƠNG 4: CONCLUSION AND RECOMMENDATION
• LIST OF ABBREVIATIONS
• LIST OF TABLES
• LIST OF FIGURES
• REFERENCES

I. Di truyền và gen stn

Nghiên cứu tập trung vào di truyền và gen stn của Salmonella Enterica, đặc biệt trong môi trường nhà yến. Gen stn là một yếu tố độc lực quan trọng, góp phần gây bệnh tiêu chảy ở vật chủ. Phân tích tính chất di truyền của gen này giúp hiểu rõ hơn về cơ chế gây bệnh và khả năng lây nhiễm của vi khuẩn. Kết quả cho thấy gen stn xuất hiện với tỷ lệ 100% trong các mẫu dương tính với Salmonella Enterica. Điều này khẳng định vai trò quan trọng của gen trong bệnh Salmonella.

1.1. Đặc điểm di truyền của gen stn

Gen stn có chiều dài 750 bp, được khuếch đại và giải trình tự thành công. Phân tích trình tự nucleotide cho thấy độ tương đồng từ 98.4% đến 100%, trong khi độ tương đồng axit amin đạt 94.8% đến 100%. Có 18 vị trí axit amin thay đổi, điều này có thể ảnh hưởng đến khả năng gây bệnh của vi khuẩn. Cây phát sinh loài được xây dựng dựa trên trình tự gen stn, giúp so sánh và phân loại các chủng Salmonella Enterica.

II. Salmonella Enterica trong môi trường nhà yến

Salmonella Enterica được phân lập từ môi trường nhà yến ở miền Nam Việt Nam, bao gồm các mẫu phân và mẫu phết bề mặt tổ yến. Kết quả phân lập cho thấy 6/90 mẫu dương tính với Salmonella Enterica, chiếm tỷ lệ 6.67%. Điều này cho thấy sự hiện diện của vi khuẩn trong môi trường nhà yến, tiềm ẩn nguy cơ lây nhiễm sang người thông qua tiêu thụ tổ yến. Phương pháp phân tích gen PCR được sử dụng để xác định sự hiện diện của gen stn, với tỷ lệ phát hiện 100%.

2.1. Đặc điểm sinh học của Salmonella Enterica

Salmonella Enterica là vi khuẩn Gram âm, có khả năng di động và sản xuất hydrogen sulfide. Vi khuẩn này có thể phát triển trên các môi trường như MacConkey agar, bismuth sulfate agar (BSA), và xyline lysine deoxycholate (XLD) agar. Đặc điểm sinh học của Salmonella Enterica bao gồm khả năng lên men glucose và mannose, nhưng không lên men lactose và sucrose. Nhiệt độ tối ưu cho sự phát triển của vi khuẩn là từ 35°C đến 40°C.

III. Phương pháp phân tích gen

Nghiên cứu sử dụng phương pháp phân tích gen PCR để phát hiện và khuếch đại gen stn của Salmonella Enterica. Các mẫu dương tính được giải trình tự và phân tích di truyền. Kết quả cho thấy gen stn có độ tương đồng cao với các trình tự trên GenBank, từ 98.4% đến 100%. Phương pháp này không chỉ xác định sự hiện diện của vi khuẩn mà còn cung cấp thông tin chi tiết về tính chất di truyền của gen stn, giúp hiểu rõ hơn về cơ chế gây bệnh của Salmonella Enterica.

3.1. Thiết kế primer và khuếch đại gen

Primer được thiết kế để khuếch đại gen stn với chiều dài 750 bp. Quá trình khuếch đại và giải trình tự được thực hiện thành công, cho phép phân tích chi tiết về đặc điểm di truyền của gen. Các bước trong quy trình PCR bao gồm chiết xuất DNA, khuếch đại gen, và giải trình tự. Kết quả điện di cho thấy sự hiện diện rõ ràng của gen stn trong các mẫu dương tính.

IV. Ứng dụng thực tiễn

Nghiên cứu về gen stn của Salmonella Enterica trong môi trường nhà yến có ý nghĩa quan trọng trong việc kiểm soát và phòng ngừa bệnh Salmonella. Kết quả phân tích tính chất di truyền của gen giúp xác định các chủng vi khuẩn có khả năng gây bệnh cao, từ đó đề xuất các biện pháp phòng ngừa hiệu quả. Ngoài ra, việc phát hiện sự hiện diện của Salmonella Enterica trong môi trường nhà yến giúp nâng cao chất lượng và an toàn của sản phẩm tổ yến.

4.1. Phòng ngừa và kiểm soát bệnh Salmonella

Việc phát hiện và phân tích gen stn của Salmonella Enterica giúp xác định các chủng vi khuẩn có khả năng gây bệnh cao. Điều này hỗ trợ trong việc phát triển các phương pháp chẩn đoán và điều trị hiệu quả. Ngoài ra, nghiên cứu cũng đề xuất các biện pháp vệ sinh và kiểm soát môi trường để giảm thiểu nguy cơ lây nhiễm Salmonella từ môi trường nhà yến.