CHƯƠNG 1: KHÁI QUÁT VỀ ẢNH Y TẾ VÀ BÀI TOÁN NỘI SUY Nội dung của chương này trình bày một cách khái quát về ảnh y tế, các chuẩn được sử dụng để lưu trữ ảnh y tế nói chung và chi tiết cấu trúc chuẩn DICOM nói riêng. Phần tiếp theo của chương trình bày về bài toán nội suy ảnh y tế, các hướng tiếp cận và ứng dụng kỹ thuật nội uy trong lĩnh vực xử lý ảnh y tế.1 Khái quát về ảnh y tế Ngày nay, với sự phát triển của công nghệ thông tin, việc sử dụng các kỹ thuật xử lý ảnh để nâng cao hiệu quả sử dụng các thiết bị chẩn đoán đo lường bằng hình ảnh là một vấn đề thời sự luôn được quan tâm và phát triển trong nhiều lĩnh vực như trong trong y học, khoa học vật liệu, công nghệ nano,… Đặc biệt trong y tế, việc chẩn đoán thông qua các xét nghiệm lâm àng giúp bác ĩ chẩn đoán bệnh một cách chính xác tình trạng bệnh lý của bệnh nhân. Một số thiết bị chuyên dụng cao cấp như máy chụp X-quang, CT, MRI đã được phát triển và ứng dụng cho chẩn đoán hình ảnh. Mục đính chính là tái hiện lại hình ảnh bên trong cơ thể bệnh nhân một cách rõ nét nhất để có thể phân biệt được các bộ phận liền kề nhau và phát hiện các tổn thương.
Hình ảnh được tái cấu trúc có thể chỉ là một lát cắt 2 chiều của không gian cần chẩn đoán, hình ảnh đó được gọi là ảnh y tế. Các thực thể tạo ảnh y tế (Medical image moldality) khác nhau cung cấp các thông tin đặc tính riêng biệt về các cơ quan bên trong cơ thể hay của các tổ chức mô. Độ tương phản và độ nhìn thấy của ảnh y tế phụ thuộc vào thực thể tạo ảnh, hàm đáp ứng cũng như phụ thuộc vào các vùng bệnh lý. Như vậy sự khác biệt đầu tiên của ảnh y tế với ảnh số thông thường đó là cách thức tạo ảnh.
Từ đó việc hiển thị ảnh y tế cũng có ự khác nhau giữa các loại ảnh khác nhau. Đối với ảnh CT chỉ số Window/Level thể hiện độ sáng của ảnh hiển thị khá quan trọng bởi trong ảnh này vùng sáng thể hiện cấu trúc xương và mô của vùng chụp, nếu hiển thị ảnh với độ sáng quá cao sẽ khiến bác ĩ khó phân biệt vùng tổn thương hay yếu tố bệnh lý. Giá trị này sẽ được kỹ thuật viên điều chỉnh trong quá trinh chụp bằng thiết bị chẩn đoán hình ảnh. Sự khác biệt thứ hai đó là ảnh y tế cần lưu trữ thêm thông tin chung của ảnh như các thông tin 11 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com cá nhân của bệnh nhân, loại ảnh (ví dụ như vùng chụp, ảnh CT hay MRI…) cũng như một số chỉ số riêng phụ thuộc vào thiết bị chẩn đoán hình ảnh.
Bởi vậy cấu trúc của ảnh y tế khác với ảnh số thông thường. Theo sự phát triển chung của các thiết bị chẩn đoán hình ảnh, có một số chuẩn lưu trữ ảnh y tế được đưa ra như: HL7, DICOM. Thông tin về một số chuẩn ảnh y tế được trình bày trong mục 1.1 và cấu trúc ảnh DICOM được mô tả chi tiết trong mục 1.1 Một số chuẩn ảnh y tế Chuẩn DICOM DICOM được viết tắt từ cụm từ Digital Imaging and Communications in Medicine – Chuẩn ảnh số và truyền thông trong y tế. DICOM là chuẩn ảnh y tế được ra đời đầu tiên vào năm 1985 do ACR (American College of Radiologi t) và NEMA (National Electrical Manufacturers Association) phát triển.
Qua quá trình phát triển, chuẩn DICOM đã có 3 phiên bản. Phiên bản đầu tiên (V1.0) ra đời năm 1985 và có hai lần chỉnh sửa vào năm 1986, 1988. Tiếp theo đó, phiên bản thứ hai (V2.0) được đưa ra năm 1988 với một số tiêu chuẩn mới được bổ sung. Khi phát triển hai phiên bản này, tên gọi của chuẩn ảnh là ACR-NEMA.
Phiên bản hiện tại (V3.0) được công bố vào năm 1993, bản chỉnh sửa cuối của phiên bản này được sử dụng hiện nay được phát hành năm 1999 và chính thức được gọi là chuẩn DICOM. Vai trò của chuẩn ảnh DICOM là cung cấp các phương thức để tích hợp các thiết bị, hệ thống, phương thức tạo ảnh, tạo ra một môi trường liên lạc thống nhất với nhau. DICOM cho ph p tích hợp máy can, erver, trạm làm việc, máy in và các trang thiết bị mạng từ nhiều nhà cung cấp vào thành một hệ thống truyền tải và lưu trữ ảnh. Ngày nay, hầu hết các bệnh viện trên thế giới đều áp dụng chuẩn DICOM vào các thiết bị y khoa, máy trạm, erver, các hệ thống quản l trong hoạt động khám và chữa bệnh.
Chi tiết về cấu trúc chuẩn DICOM được trình bày trong phần tiếp theo và chuẩn DICOM cũng được lựa chọn để cài đặt thực nghiệm của luận văn. Chuẩn HL7 HL7 (Health Level Seven) được đưa ra để quản lý dữ liệu không chỉ là hình ảnh. HL7 cung cấp các phương thức để trao đổi, quản lý và tích hợp các dữ 12 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com liệu khác nhau trong hồ ơ ức khỏe điện tử của bệnh nhân. HL7 được phát triển bởi một tổ chức phi lợi nhuận thành lập năm 1987 có trụ sở tại Arbor, Michigan, Hoa Kỳ và họ công bố chuẩn HL7 năm 1990.
Tên gọi HL7 được bắt nguồn từ mô hình OSI 7 tầng: tầng vật lý (Physical), tầng liên kết dữ liệu (Data Link), tầng mạng (Network), tầng vận chuyển (Transport), tầng phiên (Session), tầng biểu diễn dữ liệu (Presentation), tầng ứng dụng (Application). HL7 có vai trò là chuẩn để trao đổi, kết hợp, chia sẻ, truy xuất các thông tin y tế điện tử trong các bệnh viện hay các tổ chức y tế. IHE được phát triển nhằm giải quyết xung đột xảy ra trong thực tế khi hệ thống phải giao tiếp với cả hai chuẩn HL7 và chuẩn DICOM.1: Cấu trúc một tập tích hợp thông tin bệnh nhân2 2 Nguồn ảnh: http://www.vn/home/news/80/detail/125/dicom-hl-va-ihe.aspx 13 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com IHE đặt ra các tập tích hợp thông tin bệnh nhân (intergration profile) nhằm hướng dẫn các thông tin hoặc quy trình làm việc dựa trên tiêu chuẩn có sẵn như là HL7 và DICOM, tạo ra sự tương thích cho hệ thống thông tin sức khỏe điện tử. Có nhiều “intergration profile” mang lại lợi ích thiết thực trên thực tế như “Con i tent pre netation image profile” đảm bảo hình ảnh được hiển thị một cách thống nhất trên các thiết bị vật lý khác nhau như in ra film, hiển thị trên máy tính hay trên những thiết bị hiển thị hình ảnh khác.2 Cấu trúc chuẩn ảnh DICOM Ngày nay, hầu hết các thiết bị y tế đều sử dụng chuẩn ảnh DICOM, như: CR (Computed Radiography), CT (Computed Tomography), DX (Digital Radiography), EC (Echocardiography), ECG (Electrocardiograms), ES (Endoscopy), MG (Mammography), MR (Magnetic Resonance), NM (Nuclear Medicine), RF (Radio Fluoroscopy), US (Ultrasound), XA (X-Ray Angiography)… Các thành phần cơ bản của chuẩn DICOM bao gồm: - Introduction and Overview: Mang những thông tin tổng quan.
- Conformace: Định nghĩa các nguyên tắc thực thi chuẩn như là bản mẫu báo cáo thống nhất sự phối hợp giữa các thiết bị. - Information Object Definition: Định nghĩa đối tượng thông tin một cách trừu tượng về các thực thể có thể ứng dụng để truyền thông tin hình ảnh y tế. - Service Cla Definition: Định nghĩa các lớp dịch vụ. - Data Structure and Encoding: Quy định cấu trúc dữ liệu và quy tắc mã hóa thông tin trong bộ dữ liệu của một bản tin.
- Data Dictionary: Từ điển dữ liệu. Trong từ điển này các nhãn tên được thể hiện bằng nhãn VR, các giá trị mã hóa được gán nhãn VM. - Message Exchange Protocol: Giao thức trao đổi thông tin. Thành phần này xác định dịch vụ và giao thức được sử dụng bởi một ứng dụng trao đổi thông tin ảnh y tế.
14 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com - - Network Communication Support for Message Exchange: cung cấp các dịch vụ và giao thức hỗ trợ truyền và trao đổi thông tin giữa các ứng dụng sử dụng chuẩn DICOM. - Point-to-Point Support: quy định các dịch vụ và giao thức được sử dụng cho truyền tin điểm-điểm trong dịch vụ in ấn. - Media Storage and File Format: định nghĩa chuẩn định dạng tập tin và lưu trữ, hỗ trợ quá trình trao đổi dữ liệu một cách thống nhất. - Media Storage Application Profiles: Phần này quy định các thành phần riêng ứng dụng thực thi chuẩn DICOM phải tuân thủ.
- Media Formats and Physical Media for Data Interchange: xác định các cấu trúc mô tả mối quan hệ giữa các mô hình lưu trữ trung gian và một thiết bị vật lý với định dạng cụ thể. - Grayscale Standard Display Function: Chức năng hiển thị chẩn mức xám. - Security Profile: Quy định ơ lược về thông tin an toàn. - Content Mapping Resource: Nguồn ánh xạ nội dung.
- Explanatory Information: Thông tin chú thích - Web Access to DICOM Persistent Objects (WADO): Thông tin truy cập web về các đối tượng DICOM. c file DICOM Tập tin DICOM có phần mở rộng là .dcm và có cấu trúc gồm hai phần: Tiêu đề (Header) và Nội dung (Content).2: Cấu trúc file DICOM3 3 Nguồn ảnh: https://www.com/sdk/medical/dicom-spec1.htm 15 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Phần tiêu đề chứa những thông tin chung như: thông tin cá nhân của bệnh nhân, vị trí vùng chụp, số lần thăm khám, thiết bị chụp, định dạng ảnh nội dung về kích thước, độ phân giải… Hình ảnh bên cạnh hiển thị một giải thiết về file ảnh DICOM. Trong ví dụ này, 794 byte đầu tiên được ử dụng cho phần header của file ảnh DICOM, nó mô tả kích thước ảnh và giữ lại thông tin văn bản khác về ự nội oi cắt lớp. ích thước của header này thay đồi phụ thuộc vào thông tin header được lưu trữ.
đây, header định nghĩa một file ảnh có kích thước 109x91x2 pixel với độ phân giải dữ liệu 1byte pixel (như vậy toàn bộ kích thướccủa ảnh ẽ là 19838). Dữ liệu ảnh đi theo thông tin header (header và dữ liệu ảnh được lưu trữ trong cùng một file). Thông tin haeder bao gồm thông tin bộ định danh dữ liệu được đưa vào file, nó bắt đầu bởi 128 byte Preamble được đưa về 00H. Sau đó là 4 byte k tự “DICM” dùng để nhận dạng file DICOM.
Các thành phần dữ liệu đầu file bắt buộc với mọi file DICOM gồm các trường: tag (nhãn) có dạng (0002,xxxx) với xxxx là ố thành phần bất kỳ, VR (Value Representation) – giá trị thể hiện được mã hóa theo cú pháp chuyển đổi giá trị thể hiện ẩn IVR (Implicit Value Representation), VL (Value Length) – chiều dài giá trị, gồm 4 byte chứa chiều dài trường giá trị, trường Value gồm một ố chẵn byte chứa giá trị của thành phần dữ liệu. Thứ tự các byte quy định theo kiểu Little Endian.