Nghiên Cứu Sàng Lọc Ảo Các Dẫn Xuất 2'-Hydroxychalconoid, Flavanone và Flavonol Trên Tubulin và ACLY

Đồ án nghiên cứu tốt nghiệp công nghệ kỹ thuật hóa học sàng lọc ảo các dẫn xuất 2 hydroxychalconoid flavanone và, áp dụng công nghệ tiên tiến, tối ưu giải pháp kỹ thuật cho bài

Người đăng

Ẩn danh

Thể loại

Đồ Án Tốt Nghiệp

2024

108
4
0

Phí lưu trữ

35 Point

Mục lục chi tiết

TÓM TẮT

LỜI CAM ĐOAN

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

DANH MỤC BẢNG

DANH MỤC HÌNH ẢNH

ĐẶT VẤN ĐỀ

1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN

1.1. Tổng quan về ung thư

1.2. Giới thiệu về Tubulin

1.2.1. Hành vi động của vi ống

1.2.2. Ứng dụng của Tubulin trong điều trị các bệnh ung thư

1.3. ATP citrate lyase (ACLY)

1.3.1. Giới thiệu về enzyme ACLY 6O0H

1.3.2. Vai trò của ACLY

1.4. Giới thiệu các dẫn xuất được thực hiện sàng lọc ảo

1.5. Sàng lọc ảo

1.5.1. Sàng lọc ảo dựa trên phối tử

1.5.2. Sàng lọc ảo dựa trên cấu trúc mục tiêu

1.6. Phương pháp docking

2. CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Lựa chọn cấu trúc và chuẩn bị mục tiêu tác động

2.1.1. Lựa chọn cấu trúc

2.1.2. Chuẩn bị protein bằng công cụ LigX

2.2. Cơ sở dữ liệu các phân tử hợp chất

2.2.1. Cấu trúc các phân tử hợp chất

2.2.2. Chuẩn bị cấu trúc phân tử các chất

2.3. Docking phân tử

2.3.1. Cài đặt thông số docking

2.3.2. Phân tích, đánh giá kết quả docking

3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN

3.1. Mô hình docking trên các chất ức chế 4O2B và 6O0H

3.1.1. Kết quả re-docking

3.1.2. Kết quả docking

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng Quan Về Nghiên Cứu Docking Phân Tử Các Dẫn Xuất 2 Hydroxychalconoid

Nghiên cứu docking phân tử là một phương pháp quan trọng trong việc xác định các tương tác giữa các hợp chất hóa học và protein mục tiêu. Trong bối cảnh ung thư, các dẫn xuất 2'-hydroxychalconoid, flavanone và flavonol đã được nghiên cứu để tìm ra khả năng ức chế protein Tubulin và enzyme ACLY. Việc sử dụng phương pháp này không chỉ giúp tiết kiệm thời gian mà còn tăng độ chính xác trong việc phát hiện các hợp chất tiềm năng. Các nghiên cứu trước đây đã chỉ ra rằng các hợp chất này có thể có tác dụng chống ung thư, mở ra hướng đi mới trong phát triển thuốc điều trị.

1.1. Giới Thiệu Về Docking Phân Tử

Docking phân tử là kỹ thuật mô hình hóa nhằm dự đoán vị trí và cấu dạng thuận lợi mà phân tử cơ chất có thể gắn kết trên phân tử protein. Phương pháp này giúp xác định ái lực và hoạt tính của các dược chất đối với protein, từ đó dự đoán khả năng ức chế một protein chức năng.

1.2. Tầm Quan Trọng Của Các Dẫn Xuất 2 Hydroxychalconoid

Các dẫn xuất 2'-hydroxychalconoid được biết đến với khả năng chống oxy hóa và chống viêm. Chúng có thể tương tác với các protein như Tubulin và ACLY, từ đó mở ra cơ hội phát triển thuốc kháng ung thư hiệu quả.

II. Vấn Đề Trong Nghiên Cứu Các Dẫn Xuất Flavanone và Flavonol

Mặc dù các dẫn xuất flavanone và flavonol đã được nghiên cứu rộng rãi, nhưng vẫn còn nhiều thách thức trong việc xác định chính xác các tương tác của chúng với protein mục tiêu. Các vấn đề này bao gồm độ chính xác của mô hình docking và khả năng dự đoán hoạt tính sinh học của các hợp chất. Việc tối ưu hóa các điều kiện nghiên cứu là cần thiết để đạt được kết quả chính xác hơn.

2.1. Thách Thức Trong Mô Hình Hóa Docking

Mô hình hóa docking có thể gặp khó khăn trong việc dự đoán chính xác vị trí gắn kết của các hợp chất. Điều này có thể dẫn đến việc xác định sai các hợp chất tiềm năng, ảnh hưởng đến kết quả nghiên cứu.

2.2. Khó Khăn Trong Việc Đánh Giá Hoạt Tính Sinh Học

Việc đánh giá hoạt tính sinh học của các dẫn xuất flavanone và flavonol thường gặp khó khăn do sự đa dạng trong cấu trúc và tính chất của chúng. Cần có các phương pháp thử nghiệm chính xác để xác định hiệu quả của các hợp chất này.

III. Phương Pháp Nghiên Cứu Docking Phân Tử Hiệu Quả

Phương pháp nghiên cứu docking phân tử được thực hiện bằng phần mềm MOE 2008, cho phép mô phỏng tương tác giữa các hợp chất ức chế với protein Tubulin và enzyme ACLY. Các bước chuẩn bị và cài đặt thông số docking là rất quan trọng để đảm bảo độ chính xác của kết quả. Việc phân tích và đánh giá kết quả docking cũng cần được thực hiện một cách cẩn thận.

3.1. Cài Đặt Thông Số Docking

Cài đặt thông số docking là bước quan trọng để đảm bảo mô hình hóa chính xác. Các thông số này bao gồm kích thước khoang gắn kết và năng lượng gắn kết tối ưu.

3.2. Phân Tích Kết Quả Docking

Phân tích kết quả docking giúp xác định các hợp chất tiềm năng có khả năng ức chế protein Tubulin và enzyme ACLY. Việc đánh giá các tương tác giữa các amino acid và hợp chất là cần thiết để hiểu rõ hơn về cơ chế tác động.

IV. Ứng Dụng Thực Tiễn Của Nghiên Cứu Docking Phân Tử

Kết quả nghiên cứu cho thấy tất cả các hợp chất ức chế đều được docking thành công vào khoang gắn kết của protein Tubulin và enzyme ACLY. Các hợp chất như HC9, HC19 và HC30 đã cho thấy điểm số docking âm, chứng minh tiềm năng của chúng trong việc phát triển thuốc kháng ung thư. Những phát hiện này có thể đóng góp vào việc phát triển các ứng cử viên thuốc mới.

4.1. Kết Quả Mô Phỏng Tương Tác

Kết quả mô phỏng cho thấy các hợp chất ức chế có khả năng tương tác mạnh với protein Tubulin và enzyme ACLY, mở ra hướng đi mới trong nghiên cứu thuốc kháng ung thư.

4.2. Tiềm Năng Ứng Dụng Trong Lâm Sàng

Các hợp chất tiềm năng như HC9 và HC19 có thể được nghiên cứu thêm trong các thử nghiệm lâm sàng để xác định hiệu quả và độ an toàn của chúng trong điều trị ung thư.

V. Kết Luận Về Nghiên Cứu Docking Phân Tử

Nghiên cứu docking phân tử các dẫn xuất 2'-hydroxychalconoid, flavanone và flavonol đã chỉ ra tiềm năng lớn trong việc phát triển thuốc kháng ung thư. Các kết quả đạt được không chỉ cung cấp thông tin quý giá về các tương tác phân tử mà còn mở ra hướng đi mới trong nghiên cứu và phát triển thuốc. Cần tiếp tục nghiên cứu để tối ưu hóa các hợp chất này và đánh giá hiệu quả lâm sàng của chúng.

5.1. Tương Lai Của Nghiên Cứu

Nghiên cứu trong tương lai cần tập trung vào việc tối ưu hóa cấu trúc của các hợp chất và đánh giá hiệu quả của chúng trong các thử nghiệm lâm sàng.

5.2. Đề Xuất Hướng Nghiên Cứu Mới

Cần nghiên cứu thêm về các dẫn xuất khác và áp dụng các công nghệ mới trong nghiên cứu docking để phát hiện các hợp chất tiềm năng khác.

10/07/2025
Đồ án tốt nghiệp công nghệ kỹ thuật hóa học sàng lọc ảo các dẫn xuất 2 hydroxychalconoid flavanone và flavonol trên hai mục tiêu tubulin 4o2b và acly 6o0h bằng docking phân tử

Trích đoạn nội dung tài liệu

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan về ung thư Ung thư vẫn luôn là mối quan tâm trên toàn cầu. Theo thống kê của GLOBOCAN năm 2020, tình hình mắc và tử vong do ung thư trên toàn thế giới đều có xu hướng tăng. Tại Việt Nam, ước tính có 182.563 ca mắc mới và 122.690 ca tử vong do ung thư.000 người thì có 159 người chẩn đoán mắc mới ung thư và 106 người tử vong do ung thư. Hiện nay, chỉ có 185/204 quốc gia có báo cáo thống kê về tình hình bệnh ung thư theo GLOBOCAN.

Năm 2020, Việt Nam xếp thứ 91/185 về tỷ suất mắc mới và thứ 50/185 về tỷ suất tử vong trên 100. Thứ hạng này tương ứng của năm 2018 là 99/185 và 56/185. Như vậy, có thể thấy là tình hình mắc mới và tử vong do ung thư ở Việt Nam đều đang tăng nhanh. Tình hình này cũng tương tự với nhiều quốc gia trên thế giới, trong đó có các quốc gia phát triển như Anh, Pháp, Ý, Nhật Bản, Hàn Quốc, Thái Lan, Hoa Kỳ.

Tuy nhiên, tỷ lệ tử vong do ung thư tại các quốc gia này lại giảm. Trong thời đại ngày nay mặc dù khoa học đã có những tiến bộ vượt bậc đặc biệt là trong lĩnh vực sinh học phân tử, tuy nhiên để định nghĩa bệnh ung thư là gì vẫn không dễ dàng. Tuy nhiên chúng ta có thể định nghĩa ung thư như là quá trình bệnh lý trong đó một số tế bào thoát ra khỏi sự kiểm soát, sự biệt hóa sinh lý của tế bào và tiếp tục nhân lên. Những tế bào này có khả năng xâm lấn và phá hủy các tổ chức chung quanh.

Đồng thời chúng di trú và đến phát triển ở nhiều cơ quan khác nhau và hình thành nên di căn, uối cùng ung thư gây tử vong do: Các biến chứng cấp tính như: xuất huyết ồ ạt, chèn ép não, ngạt thở. Tiến triển nặng dần tiến đến rối loạn chức năng của các cơ quan do khối di căn như thiểu năng hô hấp, suy chức năng gan thận. Sự thoái triển dần dần, kéo dài dẫn đến suy kiệt và cuối cùng bệnh nhân tử vong. Ung thư là do các tế bào bình thường bị đột biến khiến chúng sinh sôi nảy nở và cuối cùng di căn, lan rộng khắp cơ thể và gây cái chết đối với bệnh nhân.

Các phân tử nhỏ gây độc chọn lọc đối với các tế bào ung thư có tiềm năng làm thuốc chống ung thư, bằng cách tiêu diệt các tế bào khối u nhưng không ảnh hưởng đến các tế bào lành của cơ thể [2]. Khối u lành tính: Các khối u không phải ung thư. Chúng thường có thể được loại bỏ và trong hầu hết các trường hợp, chúng không quay trở lại. Các tế bào trong khối u lành tính không lây lan sang các bộ phận khác của cơ thể.

Các khối u ác tính: Khối u là ung 3 thư. Các tế bào trong những khối u này có thể xâm lấn các mô lân cận và lây lan sang các bộ phận khác của cơ thể. Sự lây lan của ung thư từ bộ phận này sang bộ phận khác của cơ thể được gọi là di căn.1 Các giai đoạn phát triển của ung thư 1.1 Giới thiệu về Tubulin Tubulin được đề cập như là một siêu họ protein. Siêu họ này bao gồm các protein tubulin khác nhau, nhưng nổi tiếng nhất là α-tubulin và β-tubulin [4].

Có sáu protein được biết đến tạo nên siêu họ tubulin trong sinh vật nhân chuẩn, tuy nhiên, không phải cả sáu đều có mặt nhất quán trên các loài sinh vật nhân chuẩn. Ngoài ra, nhiều protein prokaryotic đã được xác định là có liên quan đến tubulin. Trong một thời gian dài, tubulin được coi là đặc hiệu cho sinh vật nhân chuẩn, nhưng những phát triển gần đây đã chứng minh điều này là không đúng sự thật. Ở người, có năm phân nhóm tubulin: α-Tubulin, β- Tubulin, γ-Tubulin, δ-Tubulin và ε-Tubulin, và ζ-Tubulin.

β-Tubulin được quan tâm đặc biệt vì nó tạo thành một loại vi ống được biểu hiện độc quyền trong các tế bào thần kinh [5]. Ngoài ra, tất cả các loại thuốc liên kết với tubulin của con người cũng liên kết với β-tubulin, làm cho nó được quan tâm như một mục tiêu điều trị. Mặt khác, γ-Tubulin được biết là chịu trách nhiệm cho sự tạo mầm và định hướng cực của các vi ống. 𝛼-tubulin và β-tubulin polymer hóa thành các vi ống, một thành phần không thể thiếu cho tế bào phân chia và phát triển.

Các vi ống đóng vai trò như “những đường cao tốc năng động” bên trong tế bào, tạo điều kiện thuận lợi cho các quá trình như hỗ trợ cấu 4 trúc, vận chuyển nội bào và phân tách DNA trong quá trình nguyên phân. 𝛼 và β-tubulin trọng lượng khoảng 55.000 Dalton tương ứng với 450 amino acid.2 Cấu trúc của α-Tubulin và và β-Tubulin Các monome α và β của tubulin tồn tại dưới dạng các isotype (kiểu hình) khác nhau về trình tự amino acid được mã hóa bởi các gen khác nhau. Sự biểu hiện của các kiểu hình cụ thể của tubulin có liên quan đến ung thư, nhưng cơ chế phân tử đằng sau hiệu ứng này vẫn chưa được biết rõ. Đột biến của tubulin các kiểu hình biểu hiện ở các khối u xâm lấn ảnh hưởng đến sự gắn kết của thuốc chống ung thư và có thể góp phần gây ra kháng thuốc.

Vì vậy, hiểu được cơ chế phân tử đằng sau những tác động này sẽ giúp phát triển các mục tiêu phân tử để thiết kế các loại thuốc chống vi ống mới. Hơn nữa, α/β-tubulin được biến đổi sau dịch mã và chu trình tế bào hoặc các đường truyền tín hiệu do căng thẳng điều khiển cũng điều chỉnh động học vi ống thông qua tương tác với các protein liên kết với vi ống (MAP) bao gồm động cơ phân tử [6].1 Sự hình thành vi ống của Tubulin Microtubule – là thành phần chính của bộ khung tế bào - là polymer protein hình ống dài, dạng sợi, được tìm thấy trong tất cả các tế bào nhân chuẩn. Chúng có vai trò rất quan trọng trong việc phát triển và duy trì hình dạng tế bào, trong tín hiệu tế bào, vận 5 chuyển các túi, ty thể và các thành phần khác trong tế bào, sự di động của tế bào, trong sự phân chia tế bào, sự nguyên phân và sự phân cực của tế bào. Tất cả các tế bào nhân chuẩn đều sản xuất protein tubulin theo cách thông thường là phiên mã các gen mã hóa tubulin để tạo ra RNA thông tin, sau đó là dịch mã mRNA bởi các ribosome để tạo ra protein.

Các tế bào duy trì ít nhất hai loại tubulin mà chúng ta gọi là α-tubulin và β-tubulin (Hình 1. Tuy nhiên, người ta nghi ngờ rằng hai loại này có thể được tìm thấy trong tế bào dưới dạng protein riêng lẻ [7].3 Khối xây dựng của vi ống. 𝛼 và β-tubulin liên kết với nhau một cách tự nhiên không cộng hóa trị để tạo thành một tiểu đơn vị chức năng mà chúng ta gọi là heterodimer. Heterodimer là một protein bao gồm hai sản phẩm gen khác nhau.

Thuật ngữ này hoàn toàn mang tính mô tả - tiền tố heter có nghĩa là "khác nhau", tiền tố di- có nghĩa là "hai" và hậu tố -mer đề cập đến một đơn vị, trong trường hợp này là một polypeptide đơn. Khi các điều kiện nội bào thuận lợi cho sự lắp ráp, các dị vòng tubulin sẽ tập hợp thành các sợi nguyên sinh (Hình 1. Các sợi nguyên sinh lần lượt tập hợp lại thành các vi ống. Tất cả sự lắp ráp như vậy đều phải chịu sự điều chỉnh của tế bào [7].

Hành vi động của vi ống Đặc tính động học của vi ống được hiểu là sự thay đổi cấu trúc theo thời gian. Các microtubule cấu tạo nên các sợi siêu vi, nơi bám của các chromosome (nhiễm sắc thể) trong quá trình phân bào. Các sợi siêu vi microtubule này có tính động học rất lớn, khoảng 4 đến 100 lần so với sự thay đổi cấu trúc của các microtubule thông thường. Có 6 2 kiểu động học trong cấu trúc là: (a) “dynamic instability” cấu trúc của microtubule có thể dài ngắn tuỳ theo chu kỳ; (b) “treadmilling” đầu (+) dài ra, sau đó đầu (-) ngắn lại, nhưng chiều dài tổng thể không đổi [8].4 Cấu trúc vi ống là mục tiêu của các thuốc chống ung thư Kiểu động học thứ nhất, “Dynamic instability” được đặc trưng bởi bốn yếu tố chính: tốc độ tăng trưởng microtubule, tốc độ rút ngắn, tần suất chuyển đổi từ trạng thái tăng trưởng hoặc tạm dừng sang rút ngắn (quá trình chuyển đổi này được gọi là “catastrophe”) và tần suất chuyển đổi từ rút ngắn sang tăng trưởng hoặc tạm dừng (gọi là “rescue”).

Kiểu động học thứ hai, được gọi là “treadmilling”, là sự tăng trưởng ở đầu của một đầu microtubule và sự rút ngắn ở đầu đối diện [9]. Tính chất này xảy ra trong các tế bào cũng như trong in vitro và có thể đặc biệt quan trọng trong sự phân bào. “Treadmilling” và “dynamic instability” là những tính chất tương thích và một tập hợp microtubule đặc trưng có thể thấy chủ yếu là tính chất “treadmilling”, tính “dynamic instability” hoặc hỗn hợp cả hai. Các cơ chế kiểm soát mức độ mà một tập hợp 6 microtubule biểu hiện một hoặc một tính chất khác được hiểu một cách không rõ ràng nhưng có thể liên quan đến thành phần tubulin của quần thể vi thể, mức độ biến đổi sau dịch mã của tubulin và đặc biệt, các hoạt động của các protein điều hòa.5 Sự bất ổn định của vi ống Hình 1.6 Sự tăng trưởng ở đầu của một đầu microtubule và sự rút ngắn ở đầu đối diện 1.

Ứng dụng của Tubulin trong điều trị các bệnh ung thư Ung thư là quá trình tăng sinh tế bào không kiểm soát ở gan. Việc tăng sinh tế bào thông qua quá trình nguyên phân. Trong quá trình nguyên phân, mạng lưới vi ống tu sửa để tạo thành trục phân bào và bản chất động của các sợi vi ống cho phép phân tách chính xác các nhiễm sắc thể. Việc không gắn hoặc phân tách chính xác các nhiễm sắc thể sẽ 8 bắt đầu ngừng chu kỳ tế bào tại điểm kiểm soát phân bào và có thể dẫn đến sự khởi đầu của quá trình apoptosis (quá trình chết tế bào) [10].

Các chất liên kết tubulin bao gồm taxane, vinca alkaloids và epothilone, nhắm mục tiêu trực tiếp vào β-tubulin để ức chế động lực học của các vi ống trục chính, do đó phá vỡ sự phân tách nhiễm sắc thể để gây ngừng chu kỳ tế bào và chết tế bào.3 ATP citrate lyase (ACLY) 1.1 Giới thiệu về enzyme ACLY 6O0H ACLY là một enzyme đồng nhất phổ biến, được định vị trong tế bào và nhân.

Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ

Tài liệu "Nghiên Cứu Docking Phân Tử Các Dẫn Xuất 2'-Hydroxychalconoid, Flavanone và Flavonol Đối Với Tubulin và ACLY" cung cấp cái nhìn sâu sắc về khả năng tương tác của các dẫn xuất tự nhiên với tubulin và ACLY, hai mục tiêu quan trọng trong nghiên cứu điều trị ung thư. Nghiên cứu này không chỉ làm sáng tỏ cơ chế hoạt động của các hợp chất này mà còn mở ra hướng đi mới cho việc phát triển thuốc chống ung thư hiệu quả hơn. Độc giả sẽ tìm thấy thông tin hữu ích về cách mà các dẫn xuất này có thể ảnh hưởng đến sự phát triển của tế bào ung thư, từ đó nâng cao hiểu biết về các phương pháp điều trị tiềm năng.

Để mở rộng thêm kiến thức của bạn về lĩnh vực này, bạn có thể tham khảo tài liệu Nguyễn thị nga tổng hợp và đánh giá tác dụng kháng ung thư của một số dẫn chất n hydroxybenzamid mới mang khung 4 oxoquinazolin, nơi nghiên cứu về các hợp chất kháng ung thư mới. Ngoài ra, tài liệu Luận văn thạc sĩ sinh học nghiên cứu hoạt tính kháng ung thư của cao chiết cây lan kim tuyến anoectochilus roxburghii trong điều kiện in vitro sẽ cung cấp thêm thông tin về các nguồn gốc tự nhiên có khả năng chống ung thư. Cuối cùng, bạn cũng có thể tìm hiểu thêm về Trần hoàng lân tổng hợp và đánh giá tác dụng kháng tế bào ung thư biểu mô hạ họng của một số dẫn chất thơm mang khung 1 3 dimethyl 6 amino1h indazol, để có cái nhìn tổng quát hơn về các hợp chất chống ung thư khác. Những tài liệu này sẽ giúp bạn có cái nhìn sâu sắc hơn về các nghiên cứu hiện tại trong lĩnh vực điều trị ung thư.