Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Ung thư gan là một trong những bệnh lý ác tính có tỷ lệ mắc mới và tử vong hàng đầu trên thế giới cũng như tại Việt Nam. Theo thống kê năm 2020 của Harriet Rumgay và cộng sự, ung thư gan là một trong ba nguyên nhân hàng đầu gây tử vong do ung thư tại 46 quốc gia và nằm trong nhóm năm nguyên nhân hàng đầu tại 90 quốc gia. Trong năm 2020, toàn cầu ghi nhận khoảng 905.700 ca mắc mới và 830.200 ca tử vong; dự báo đến năm 2040, số ca mắc mới có thể tăng 55,0% (đạt khoảng 1,4 triệu ca) và số ca tử vong tăng 56,4% (đạt khoảng 1,3 triệu ca). Tại Việt Nam, ung thư gan đứng thứ nhất về tỷ lệ mắc mới với khoảng 26.418 ca (xếp thứ 4/185 quốc gia và vùng lãnh thổ) và tỷ lệ tử vong đạt 23,2/100.000 dân. Ung thư biểu mô tế bào gan (Hepatocellular Carcinoma – HCC) là dạng phổ biến nhất, chiếm khoảng 75% tổng số ca bệnh.

Các phương pháp điều trị truyền thống như phẫu thuật cắt bỏ u, ghép gan, xạ trị và hóa trị còn gặp nhiều hạn chế do độc tính cao và tác dụng phụ nặng nề. Do đó, việc tìm kiếm các liệu pháp nhắm trúng đích phân tử có hiệu lực cao và ít độc tính trên dòng tế bào ung thư gan (HepG2) đang là hướng đi cấp thiết. Trong số các đích sinh học, protein tubulin và enzyme ATP-citrate lyase (ACLY) đóng vai trò then chốt:

  • Protein tubulin (thành phần cấu tạo nên vi ống - microtubule) chịu trách nhiệm duy trì bộ khung tế bào, vận chuyển nội bào và hình thành thoi phân bào trong quá trình nguyên phân; ức chế tubulin sẽ làm ngừng chu kỳ tế bào ở pha G2/M và kích hoạt quá trình chết rụng tế bào (apoptosis).
  • Enzyme ACLY giữ vai trò cầu nối giữa quá trình đường phân và tân tạo lipid, cung cấp acetyl-CoA cho quá trình tổng hợp acid béo, cholesterol và biến đổi biểu sinh (acetyl hóa histone) phục vụ sự tăng sinh mất kiểm soát của tế bào ung thư (hiệu ứng Warburg).

Mục tiêu và nhiệm vụ nghiên cứu của khóa luận được xác định cụ thể:

  1. Mô phỏng tương tác và đánh giá ái lực liên kết của các dẫn xuất chalconoid và 3-hydroxyflavone trên khoang gắn kết của hai mục tiêu sinh học: protein tubulin (mã PDB: 4O2B) và enzyme ATP-citrate lyase (mã PDB: 6O0H).
  2. Kiểm chứng độ tin cậy của mô hình mô phỏng bằng phương pháp docking lặp lại (re-docking) với các phối tử đồng kết tinh tương ứng (LOC và LBG).
  3. Phân tích chi tiết kiểu liên kết, tương tác không gian và năng lượng gắn kết của từng nhóm chất, từ đó sàng lọc và đề xuất các hợp chất tiềm năng dẫn đầu để định hướng tổng hợp và thử nghiệm thực nghiệm kháng ung thư gan.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

  • Đối tượng nghiên cứu: Tập dữ liệu các dẫn xuất fluorinated flavonoid gồm 4 phân nhóm (5'-fluoro-2'-hydroxychalconoid, 4'-fluoro-2'-hydroxychalconoid, 6-fluoro-3-hydroxyflavone, 7-fluoro-3-hydroxyflavone) do nhóm nghiên cứu của PGS. TS. Hoàng Minh Hảo phát triển; hai cấu trúc tinh thể đại phân tử sinh học là Tubulin (PDB ID: 4O2B) và ACLY (PDB ID: 6O0H).
  • Phạm vi nghiên cứu: Khóa luận tập trung vào phương pháp mô phỏng sàng lọc ảo in silico bằng kỹ thuật docking phân tử trên phần mềm Molecular Operating Environment (MOE), thực hiện tại Bộ môn Công nghệ Hóa học, Khoa Công nghệ Hóa học - Thực phẩm, Trường Đại học Sư phạm Kỹ thuật TP. Hồ Chí Minh, hoàn thành vào tháng 08 năm 2024.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khóa luận được xây dựng dựa trên các nền tảng lý thuyết hóa dược tính toán, sinh học phân tử và hóa học các hợp chất tự nhiên:

  • Khung lý thuyết hóa học flavonoid: Flavonoid là nhóm hợp chất polyphenol tự nhiên có khung sườn carbon cơ bản C6-C3-C6 gồm hai vòng benzen (A và B) liên kết qua dị vòng pyran (C). Đề tài tập trung vào cấu trúc chalcone (flavonoid mạch hở, hệ liên hợp $\alpha,\beta$-chưa bão hòa, đồng phân dạng trans) và 3-hydroxyflavone (flavonol có nhóm carbonyl tại C4, hydroxyl tại C3 và liên kết đôi C2=C3).
  • Cơ chế tác động của Tubulin: Tubulin heterodimer gồm hai tiểu đơn vị $\alpha$-tubulin và $\beta$-tubulin (trọng lượng phân tử mỗi đơn vị khoảng 50 kDa, chuỗi khoảng 450 amino acid). Khóa luận tập trung vào vị trí gắn kết colchicine nằm sâu giữa giao diện của hai tiểu đơn vị $\alpha$ và $\beta$, nơi các chất ức chế can thiệp vào động lực học polymer hóa/depolymer hóa của vi ống.
  • Cơ chế tác động của ACLY: ACLY ở người tồn tại ở dạng homotetramer gồm 4 tiểu đơn vị đồng nhất (mỗi chuỗi 1101 amino acid, 120 kDa). Mỗi tiểu đơn vị gồm mô đun citryl-CoA synthetase (CCS, amino acid 1–820) chứa các miền liên kết ATP, citrate, CoA và vị trí xúc tác His760, cùng mô đun citryl-CoA lyase (CCL) ở đầu C xúc tác phản ứng phân cắt retro-Claisen tạo acetyl-CoA và oxaloacetate.
  • Kỹ thuật Docking phân tử trên phần mềm MOE (Molecular Operating Environment): Phương pháp dự đoán cấu dạng và vị trí gắn kết tối ưu của phối tử vào khoang hoạt động của protein dựa trên việc tính toán năng lượng tự do liên kết ($\Delta G$) và hằng số phân ly ($K_d$). Điểm số docking (Docking Score - DS, tính theo đơn vị kcal/mol) càng âm biểu thị ái lực gắn kết càng mạnh và cấu hợp càng bền vững.

Quy trình nghiên cứu và chuẩn bị dữ liệu:

  1. Chuẩn bị cấu trúc mục tiêu sinh học: Tải cấu trúc phối hợp từ Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB) với mã 4O2B (Tubulin phức hợp với phối tử LOC) và 6O0H (ACLY phức hợp với phối tử LBG). Sử dụng công cụ LigX trên MOE để xác định khoang gắn kết, thực hiện proton hóa các gốc amino acid, tối thiểu hóa năng lượng cấu trúc dưới trường lực phân tử, cố định khung protein và loại bỏ các phân tử nước không tham gia liên kết trực tiếp.
  2. Xây dựng tập dữ liệu phối tử: Cấu trúc 2D/3D của các dẫn xuất chalconoid và 3-hydroxyflavone được nạp vào MOE, gắn điện tích bán thực nghiệm và thực hiện tối thiểu hóa năng lượng để đạt trạng thái cấu dạng bền vững nhất trước khi docking.
  3. Kiểm chứng quy trình bằng Re-docking: Tách phối tử đồng kết tinh (LOC và LBG) ra khỏi khoang hoạt động và tiến hành docking lặp lại vào đúng vị trí ban đầu. So sánh độ lệch bình phương trung bình gốc (RMSD) và tương tác không gian giữa cấu dạng tái docking và cấu dạng thực nghiệm tinh thể tia X để thẩm định độ tin cậy của các tham số thiết lập.
  4. Docking tập chất và phân tích kết quả: Áp dụng các thuật toán tìm kiếm cấu dạng và hàm tính điểm năng lượng tự do để thực hiện docking toàn bộ tập hợp chất vào khoang gắn kết của 4O2B và 6O0H. Phân tích điểm số DS, mạng lưới liên kết hydro, tương tác kỵ nước Van der Waals, tương tác vòng thơm ($\pi-\pi$, $\pi-H$) và tần suất tạo tương tác của các amino acid chủ chốt.

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan

Chương 1 hệ thống hóa toàn diện các kiến thức nền tảng và tài liệu nghiên cứu liên quan:

  • Dịch tễ học và sinh học bệnh ung thư gan: Phân tích cơ chế bệnh sinh, nguyên nhân đột biến DNA do viêm gan virus B/C mạn tính, xơ gan, nhiễm độc; các phác đồ phẫu thuật, ghép gan, hóa - xạ trị và liệu pháp trúng đích.
  • Hóa học và hoạt tính sinh học của flavonoid: Cấu trúc hóa học phân nhóm chalcone, 3-hydroxyflavone, flavanone; hoạt tính quét gốc tự do ROS, kích hoạt apoptosis, ức chế các protein kinase (EGFR, PDGFR, VEGFR, CDK) và điều hòa chu kỳ tế bào.
  • Nguyên lý kỹ thuật docking phân tử: Tổng quan các thuật toán tìm kiếm cấu dạng (Matching Algorithm, Incremental Construction, Monte Carlo, Genetic Algorithm, Molecular Dynamics) và các hàm tính điểm đánh giá năng lượng liên kết trong MOE (Alpha PMI, Triangle Matcher, London dG).
  • Sinh học cấu trúc của protein Tubulin: Cấu tạo heterodimer $\alpha/\beta$, quá trình trùng hợp vi ống từ 12–13 tiền sợi (đường kính 25 nm), các trạng thái động lực học ("sự mất ổn định" catastrophe/rescue và cơ chế "máy chạy bộ" gắn kết GTP/GDP); 7 vị trí gắn kết chất ức chế trên tubulin (vinca, colchicine, taxane, maytansine, laulimalide/peloruside, pironetin, gatorbulin) và các thuốc ức chế phân bào tương ứng.
  • Sinh học cấu trúc và chuyển hóa của enzyme ACLY: Cấu trúc homotetramer 4 tiểu đơn vị, cơ chế xúc tác 3 bước qua gốc His760 và chất trung gian citryl-CoA; vai trò của ACLY trong hiệu ứng Warburg, chuyển hóa citrate ty thể thành acetyl-CoA tế bào chất để phục vụ tổng hợp lipid qua enzyme ACACA, FAS và con đường Mevalonate (tổng hợp FPP, GGPP, cholesterol).

Chương 2: Phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả chi tiết quy trình tính toán và các bước thao tác kỹ thuật trên MOE:

  • Lựa chọn và chuẩn bị cấu trúc đại phân tử đích: Cấu trúc 4O2B (độ phân giải tinh thể của Tubulin gắn LOC) và 6O0H (cấu trúc ACLY gắn chất ức chế LBG). Các bước chuẩn hóa gồm: định vị phối tử bằng LigX, proton hóa nguyên tử hydro, loại bỏ dung môi nước dư thừa và tối ưu hóa năng lượng toàn phần.
  • Xây dựng và tối ưu hóa tập phối tử: Khảo sát 4 nhóm dẫn xuất chứa nguyên tử fluor: nhóm 5'-fluoro-2'-hydroxychalconoid, nhóm 4'-fluoro-2'-hydroxychalconoid, nhóm 6-fluoro-3-hydroxyflavone và nhóm 7-fluoro-3-hydroxyflavone. Các cấu trúc được nạp vào MOE và khử ứng suất không gian bằng thuật toán tối thiểu hóa năng lượng.
  • Thiết lập thông số docking và quy trình re-docking: Cài đặt thuật toán so khớp phối tử vào vị trí khoang gắn kết thực nghiệm, thiết lập hàm tính điểm năng lượng tự do; thực hiện docking đối chứng trên LOC và LBG để xác định độ hội tụ không gian và tính chính xác của trường lực.
  • Phương pháp phân tích và đánh giá: Xác định ái lực gắn kết qua điểm số docking score (DS), lập bản đồ tương tác 2D/3D (tương tác liên kết hydro, tương tác ion, Van der Waals, tương tác Aren-$\pi$) và thống kê tần suất xuất hiện tương tác của các gốc amino acid tại túi gắn kết.

Chương 3: Kết quả và thảo luận

Chương 3 trình bày các kết quả mô phỏng tính toán, so sánh năng lượng và giải thích cơ chế gắn kết phân tử:

  • Kết quả mô phỏng trên protein Tubulin (4O2B):
    • Phối tử đối chứng LOC thực hiện re-docking thành công với cấu dạng trùng khít cao lên cấu trúc tinh thể thực nghiệm, bảo toàn các tương tác then chốt với các amino acid trong khoang colchicine.
    • Phân tích tần suất tương tác cho thấy các amino acid tại vùng tiếp xúc $\alpha/\beta$ đóng vai trò quyết định trong việc ổn định phối tử.
    • Nhóm 5'-fluoro-2'-hydroxychalconoid: Khảo sát các hợp chất 1, 3, 4, 5; trong đó hợp chất 4 đạt điểm số gắn kết vượt trội (-11,4727 kcal/mol), tạo kiểu liên kết tương đồng cao với colchicine khi chồng chéo cấu dạng không gian.
    • Nhóm 4'-fluoro-2'-hydroxychalconoid: Khảo sát các hợp chất 8, 9, 11; hợp chất 11 thể hiện ái lực mạnh nhất phân nhóm với DS = -11,0481 kcal/mol.
    • Nhóm 6-fluoro-3-hydroxyflavone: Hợp chất 16 là chất dẫn đầu với DS = -10,6211 kcal/mol.
    • Nhóm 7-fluoro-3-hydroxyflavone: Hợp chất 21 đạt kết quả tối ưu nhất với DS = -10,9749 kcal/mol.
  • Kết quả mô phỏng trên enzyme ATP-citrate lyase (6O0H):
    • Phối tử đối chứng LBG được tái docking chính xác vào khoang liên kết cơ chất của ACLY, tái lập đầy đủ các tương tác liên kết hydro và kỵ nước dưới trường lực Van der Waals.
    • Toàn bộ các dẫn xuất flavonoid khảo sát đều định vị thuận lợi vào túi gắn kết của 6O0H.
    • Nhóm 5'-fluoro-2'-hydroxychalconoid: Hợp chất 4 tiếp tục thể hiện tương tác xuất sắc với DS = -12,6533 kcal/mol.
    • Nhóm 4'-fluoro-2'-hydroxychalconoid: Hợp chất 11 đạt điểm số cao nhất toàn bộ nghiên cứu trên ACLY với DS = -12,8082 kcal/mol.
    • Nhóm 6-fluoro-3-hydroxyflavone: Hợp chất 15 dẫn đầu phân nhóm với DS = -11,9076 kcal/mol.
    • Nhóm 7-fluoro-3-hydroxyflavone: Hợp chất 21 dẫn đầu phân nhóm với DS = -11,8797 kcal/mol.

Kết quả và đóng góp

Nghiên cứu đã hoàn thành toàn bộ quy trình sàng lọc ảo và đánh giá tương tác phân tử giữa các dẫn xuất chalconoid, 3-hydroxyflavone với hai mục tiêu sinh học Tubulin (4O2B) và ACLY (6O0H). Toàn bộ tập chất ức chế đều gắn kết thành công vào khoang hoạt động của cả hai đại phân tử, thiết lập các liên kết hydro và tương tác kỵ nước bền vững với các gốc amino acid trọng yếu.

Bảng tổng hợp các hợp chất tiềm năng dẫn đầu trên từng mục tiêu tác động:

Phân nhóm hợp chất Hợp chất dẫn đầu Điểm số Docking trên Tubulin 4O2B (kcal/mol) Hợp chất dẫn đầu Điểm số Docking trên ACLY 6O0H (kcal/mol)
5'-fluoro-2'-hydroxychalconoid Hợp chất 4 -11,4727 Hợp chất 4 -12,6533
4'-fluoro-2'-hydroxychalconoid Hợp chất 11 -11,0481 Hợp chất 11 -12,8082
6-fluoro-3-hydroxyflavone Hợp chất 16 -10,6211 Hợp chất 15 -11,9076
7-fluoro-3-hydroxyflavone Hợp chất 21 -10,9749 Hợp chất 21 -11,8797

Các kết quả và đóng góp cụ thể của tác giả:

  • Sàng lọc và xác định được 4 hợp chất tiềm năng nhất trên đích Tubulin (4O2B) gồm: hợp chất 4 (-11,4727 kcal/mol), hợp chất 11 (-11,0481 kcal/mol), hợp chất 21 (-10,9749 kcal/mol) và hợp chất 16 (-10,6211 kcal/mol).
  • Sàng lọc và xác định được 4 hợp chất tiềm năng nhất trên đích ACLY (6O0H) gồm: hợp chất 11 (-12,8082 kcal/mol), hợp chất 4 (-12,6533 kcal/mol), hợp chất 15 (-11,9076 kcal/mol) và hợp chất 21 (-11,8797 kcal/mol).
  • Phát hiện tiềm năng ức chế kép: Ba hợp chất 4, 11 và 21 đồng thời xuất hiện trong nhóm dẫn đầu ở cả hai đích tác động Tubulin và ACLY với năng lượng gắn kết rất thấp, cho thấy tiềm năng tác động đa mục tiêu trong điều trị ung thư gan.
  • Làm sáng tỏ cơ chế gắn kết phân tử: Xác định được cấu dạng không gian tối ưu và vai trò của các nhóm thế fluor, hydroxyl và khung liên hợp chalcone/flavonol trong việc hình thành mạng lưới liên kết với các gốc amino acid trong khoang colchicine của tubulin và khoang xúc tác của ACLY.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Hạn chế của nghiên cứu:

  • Đề tài được thực hiện hoàn toàn trên mô hình mô phỏng tính toán in silico (molecular docking tĩnh), chưa thực hiện mô phỏng động lực học phân tử (Molecular Dynamics simulation) để đánh giá độ bền nhiệt động học và sự biến đổi cấu dạng của phức hợp protein - phối tử theo thời gian thực.
  • Kết quả gắn kết và dự đoán hoạt tính ức chế chưa được kiểm chứng trực tiếp bằng các thử nghiệm sinh học thực nghiệm (in vitro trên dòng tế bào HepG2 hoặc thử nghiệm ức chế enzyme/protein tinh khiết).

Hướng nghiên cứu tiếp theo:

  • Tiến hành mô phỏng động lực học phân tử (MD) trong môi trường dung môi nước và ion sinh lý để khảo sát độ ổn định liên kết của các phức hợp hàng đầu (đặc biệt là phức hợp của hợp chất 4, 11 và 21).
  • Triển khai tổng hợp hóa học các dẫn xuất tiềm năng đã được sàng lọc (hợp chất 4, 11, 15, 16, 21).
  • Thực hiện các thử nghiệm sinh học in vitro để xác định giá trị $IC_{50}$ trên protein tubulin, enzyme ACLY và độc tính tế bào trên dòng tế bào ung thư gan người HepG2.

Giá trị tham khảo

Khóa luận là tài liệu tham khảo chuyên môn hữu ích cho:

  • Sinh viên, học viên cao học và nghiên cứu sinh thuộc các ngành Công nghệ Kỹ thuật Hóa học, Hóa dược, Dược học, Công nghệ Sinh học và Hóa tin học (Chemoinformatics).
  • Các nhà nghiên cứu đang thực hiện đề tài về thiết kế thuốc dựa trên cấu trúc (Structure-Based Drug Design), sàng lọc ảo các hợp chất tự nhiên và tổng hợp dẫn xuất flavonoid kháng ung thư.

Nội dung có giá trị tham khảo cao:

  • Quy trình chuẩn hóa các bước xử lý đại phân tử protein/enzyme và phối tử trên phần mềm MOE (từ bước LigX, proton hóa, khử nước, tối thiểu hóa năng lượng đến thiết lập thông số docking).
  • Phương pháp luận kiểm chứng mô hình docking thông qua kỹ thuật re-docking phối tử đồng kết tinh.
  • Tổng quan hệ thống hóa chi tiết về cấu trúc, động lực học và các vị trí liên kết thuốc trên Tubulin heterodimer cũng như cấu trúc miền chức năng và cơ chế xúc tác của ACLY trong chuyển hóa tế bào ung thư.

Câu hỏi thường gặp

Mã PDB và tên phối tử đồng kết tinh của hai mục tiêu sinh học trong nghiên cứu là gì?

Mục tiêu protein Tubulin sử dụng cấu trúc có mã PDB là 4O2B, phức hợp với phối tử đồng kết tinh LOC (tên hóa học: N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide, tức dẫn xuất colchicine). Mục tiêu enzyme ATP-citrate lyase sử dụng cấu trúc có mã PDB là 6O0H, phức hợp với phối tử đồng kết tinh LBG (tên hóa học: methyl-3-chloro-5-[(4,6-difluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)sulfamoyl]-4-hydroxybenzoate).

Quy trình chuẩn bị cấu trúc protein trên phần mềm MOE gồm những bước nào?

Quy trình chuẩn bị mục tiêu gồm 4 bước kỹ thuật chính:

  1. Xác định vị trí khoang gắn kết và phối tử đồng kết tinh bằng công cụ LigX.
  2. Proton hóa các gốc amino acid trong cấu trúc protein (bổ sung các nguyên tử hydro).
  3. Cố định khung cấu trúc và tối thiểu hóa năng lượng toàn phần phân tử.
  4. Loại bỏ các phân tử nước không tham gia liên kết trực tiếp để giải phóng khoang gắn kết.

Những hợp chất nào đạt điểm số docking tốt nhất trên từng mục tiêu nghiên cứu?

  • Trên mục tiêu Tubulin (4O2B): Hợp chất 4 đạt -11,4727 kcal/mol (nhóm 5'-fluoro-2'-hydroxychalconoid), hợp chất 11 đạt -11,0481 kcal/mol (nhóm 4'-fluoro-2'-hydroxychalconoid), hợp chất 21 đạt -10,9749 kcal/mol (nhóm 7-fluoro-3-hydroxyflavone) và hợp chất 16 đạt -10,6211 kcal/mol (nhóm 6-fluoro-3-hydroxyflavone).
  • Trên mục tiêu ACLY (6O0H): Hợp chất 11 đạt -12,8082 kcal/mol (nhóm 4'-fluoro-2'-hydroxychalconoid), hợp chất 4 đạt -12,6533 kcal/mol (nhóm 5'-fluoro-2'-hydroxychalconoid), hợp chất 15 đạt -11,9076 kcal/mol (nhóm 6-fluoro-3-hydroxyflavone) và hợp chất 21 đạt -11,8797 kcal/mol (nhóm 7-fluoro-3-hydroxyflavone).

Các dẫn xuất flavonoid trong khóa luận được chia thành những nhóm cấu trúc nào?

Tập dữ liệu phối tử được phân loại thành 4 nhóm cấu trúc chính gồm:

  1. Nhóm 5'-fluoro-2'-hydroxychalconoid.
  2. Nhóm 4'-fluoro-2'-hydroxychalconoid.
  3. Nhóm 6-fluoro-3-hydroxyflavone.
  4. Nhóm 7-fluoro-3-hydroxyflavone.

Nghiên cứu có tìm ra hợp chất nào có khả năng tác động đồng thời lên cả hai mục tiêu không?

Có. Ba hợp chất gồm hợp chất 4, hợp chất 11 và hợp chất 21 đều đồng thời nằm trong nhóm dẫn đầu về năng lượng liên kết trên cả hai đích tác động Tubulin (4O2B) và ACLY (6O0H). Điều này chỉ ra tiềm năng của các dẫn xuất này trong việc phát triển thành tác nhân điều trị đa đích đối với bệnh ung thư gan.


Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của sinh viên Võ Tuấn Kiệt đã thực hiện thành công việc mô phỏng và phân tích tương tác phân tử giữa các dẫn xuất chalconoid, 3-hydroxyflavone với hai mục tiêu sinh học Tubulin (4O2B) và ACLY (6O0H) bằng kỹ thuật docking phân tử trên phần mềm MOE. Kết quả nghiên cứu đã xác định được các hợp chất tiềm năng dẫn đầu ở mỗi nhóm cấu trúc, đặc biệt làm nổi bật các hợp chất 4, 11 và 21 có khả năng liên kết mạnh mẽ trên cả hai đích tác động. Đây là cơ sở dữ liệu in silico quan trọng, cung cấp định hướng cấu trúc tin cậy cho các giai đoạn tổng hợp hóa dược và thử nghiệm sinh học thực nghiệm tiếp theo nhằm phát triển các thuốc điều trị ung thư gan hiệu quả cao.